Caractérisation du transcriptome foliaire de plante de tomates greffées après

inoculation rhizosphérique avec Azospirillum baldaniorum or

Paraburkholderia graminis

Introduction
L’objectif de cet article été l’évaluation et la sélection des différences au niveau de
transcriptome foliaire des tomates pour chaque inoculation rhizobacterienne avec Azospirillum
baldaniorum et baraburkholderia graminis en utilisant une technique basée sur l’analyse de
séquençage d’ARN et en choisissant les tomates autant qu’une plante model pour évaluer
l’interaction plante-PGPR également dans les organes éloignés du point d’inoculation .

Matériel et méthodes
■ Préparation du matériel végétal et conditions de croissance et inoculation bactérienne
■ Colonisation de la rhizosphère par les rhizobactérie
■ Extraction d’ARN et séquençage illumina
■ Traitement des données RNA-Seq et analyse de l'expression génétique différentielle
■ Annotation et enrichissement de GO
■ Validation de la PCR quantitative en temps réel (RT-Real Time PCR)

Résultat

Colonisation par des rhizobactéries aérobies cultivables

Les données ont montré une colonisation du sol par la rhizosphère significativement plus élevée
dans les deux traitements pour PG et AB, respectivement par rapport au témoin non traité.

L’analyse de l'expression différentielle

Le traitement PG a conduit à un nombre plus élevé de transcrits DE qu'AB, de plus, plus de

transcrits étaient régulés à la hausse qu'à la baisse dans les deux traitements.

A partir de diagramme de Venn des transcriptions régulées à la hausse et à la baisse en AB et

PG on a un total de 47 transcrits régulés à la hausse et 24 transcrits à la baisse ont été partagés
entre les traitements,

Analyses d'annotation fonctionnelle et d'enrichissement GO

L'annotation fonctionnelle et l'identification des catégories de Gene Ontology (GO)

surreprésentées parmi les transcrits DE nous ont permis d'identifier les termes GO affectés par
les traitements par A. baldaniorum (AB) et P. graminis (PG) dans les feuilles de tomates
greffées. Au total, 65 et 60 termes GO ont été identifiés comme étant significativement enrichis
par les traitements AB et PG
Discussion
Le profilage de la transcription a permis d'identifier des protéines codées par le gène
Solyc02g062390.3.1 appelés les déhydrines notamment la dehydrineDHN2a peuvent améliorer
les performances des plantes, en particulier dans le cas de stress hydrique par les mécanismes
d’hydratation et la réduction de la perte d’eau chez les plantes.
L’inoculation de PG à induit l’expression de cinq gènes et un seul gène dans le traitement avec
AB codant pour les facteurs de résistance des plantes de tomate contre Phytophthora infestans,
Le traitement avec les deux bactéries AB et PG induit aussi l’expression de nombreux gènes
facteurs de transcription appartenant aux familles MYB et WRKY qui sont modulées en
réponse au différent stress biotiques et abiotiques.
Le traitement avec AB a induit l’expression de SlMYB71 avec SlMYB49 qui sont régulé à la
hausse lors de développement du fruit, aussi induit l’expression du gène SlMYB41 qui aurait
affecté l'architecture racinaire et amélioré la tolérance à la salinité des plants de tomates, et
SlMYB63, un facteur de transcription spécifique à la racine fonctionnant comme un nœud de
convergence dans les voies de signalisation de la résistance systémique induite et de la carence
en Fe.
Les gènes impliqués dans le métabolisme et la signalisation des auxines, des gibbérellines, de
l'éthylène et de l'acide abscissique ont été induits dans au moins un des deux traitements.
Solyc01g107390 codant pour GH3.1 a été induit par un traitement avec AB, assurant la
nouaison et la croissance précoce des fruits chez la tomate, aussi un nombre de fruits plus élevé
par rapport au traitement avec PG.
De nombreux ERF (facteurs de réponse à l’éthylène) liés à la maturation des fruits ont été régulé
à la hausse et deux autres seraient impliqués dans la tolérance au sel et à la sécheresse et dans
les processus de la photosynthèse et la régulation de la croissance, ont également été induits par
le traitement avec PG

Conclusion
le séquençage d’ARN a permis de décrypter les mécanismes qui sous-tendent les interactions
entre les microorganismes et les organes éloignés de racine, L’analyse fonctionnelle de DEG a
permis d’identifier des mécanismes communs modulés par les deux traitements , Ainsi que AB
a induit des gènes codant pour différents facteurs de transcription MYB connus pour être
impliqués dans la réponse aux stress biotiques et abiotiques et PG a régulé 5 gènes codant pour
la résistance putative au mildiou.

LAZA Ihssane
KHACHABI Achraf
ESSAHLI Zouhir