Cours MBIO 0301

Estelle LEGIN

Les Archées …

1
…aux frontières du vivant ?
Plan
Introduction
1. Historique de la classification du vivant : la place des Archaea
1.1. De l’antiquité à la découverte des unicellulaires
1.2. Les procaryotes et les Archaea
1.3. Le domaine des Archées : Le monde des extrêmes … Pas seulement !
1.3.1. Classement selon leur métabolisme
1.3.2. Classement selon leur génétique
2. Les Archées sont parmi nous !
2.1. Recensement et habitats
2.2. Le monde des extrêmes …. aux frontières du vivant !
2.2.1. Températures extrêmes : les psychrophiles et les thermophiles 2
2.2.2. Salinité extrême : Les halophiles extrêmes
 2.2.3. Pression extrême : les barophiles extrêmes
2.2.4. pH extrême : les acidophiles et les alcalophiles extrêmes
2.2.5. rayonnements : une souche identifiée
2.3. Caractéristiques des archées
2.3.1. cellule procaryotique
2.3.2. caractéristiques cellulaires
- forme association
- génétique
- types trophiques
2.3.3. Ressemblances et particularités
3. Applications biotechnologiques
3.1. Les enzymes
3.2. Acteurs écologiques
3.3. Autres applications 3
Introduction
1970 ….
Comment identifier
de nouvelles formes de vie,
que ce soit sur Terre ou sur
d’autres planètes ?

4
1. Historique de la classification du
vivant : la place des Archaea
1.1. De l’antiquité à la découverte des unicellulaires

Classification du vivant
selon Aristote
Minéral Végétal Animal Homme

Aristote
(384 – 322 av JC)
5
Evolution de la classification guidée par :
- les besoins (au moyen-âge connaissance des plantes médicinales ou poison)
- les courants de pensées : croyances (le créationnisme Linné et Cuvier; le
transformisme= filiation des organismes Lamarck et Geoffroy Saint Hilaire)
- Les outils : les progrès techniques d’observation et d’identification (microscope,
ADN….)
Linné 1753

6
Lamarck 1809
 Arbre phylogénétique :
Arbre schématique qui montre les relations de parentés entre des
groupes d'êtres vivants.
Chaque nœud représente l’ancêtre commun de ses descendants.
L’arbre peut être enraciné ou non.

Charles Darwin (1809-1882)

Arbre enraciné, un ancêtre commun à tous

7
Arbre non enraciné

Arbre de vie imaginé par Darwin en 1859 dans « Origine des espèces »
 Classification des êtres vivants à travers les époques

Avant Darwin

2à4
règnes

Arbre enraciné à 3 règnes Arbre monophylétique Arbre enraciné à 5 règnes

selon Haeckel (1866) selon Haeckel (1879) 8
selon Whittaker 1969

entre 2 et 4 règnes 5 règnes

Découverte des unicellulaires

16ème – 17ème siècle : loupes, invention du microscope (Gallilé avec son occhiolino en
1609 ? ou Kirscher avec ses observations en 1646 ?)
17ème siècle : découverte d’un monde unicellulaire grâce à Van Leeuwenhoek qui
attire l’attention des scientifiques sur l’intérêt d’utiliser un microscope.

9
Microscope de Van Leeuwenhoek
Antoni Van Leeuwenhoek (1632-1723)
Découverte des unicellulaires

18ème siècle : Lavoisier étudie les levures

19ème siècle : mise en évidence du rôle des levures et des

bactéries dans les maladies et les fermentations

1864 : Pasteur réfute la théorie de la génération spontanée

« Apparition spontanée de certains êtres vivants au milieu de
la matière inanimée »
1866 : Haeckel définit le groupe des protistes constitué des
protozoaires, des bactéries et des myxomycètes.

10

L’arbre du vivant de Haeckel à trois règnes

1.2. Les procaryotes et les Archaea
20ème siècle : mise en évidence de l’ultrastructure des cellules

1931 : mise au point du microscope électronique par Knoll et Ruska

Le noyau et l’ADN sont caractérisés chez les « eucaryotes »

1963 : Stanier, Doudoroff et Adelberg définissent les eucaryotes et les procaryotes

11

Cellule eucaryote Cellule procaryote

Avec la mise en évidence des procaryotes, se pose la question de
leur classification !
Classification des procaryotes :
Selon leur biochimie selon leur morphologie selon leur métabolisme

Mais ce groupe est très hétérogène et de nombreux micro-organismes semblent

inclassables comme les bactéries extrêmophiles 12
Technique qui va faire évoluer la classification des êtres vivants : le séquençage

Un gène identifié dans une cellule actuelle est en effet le variant d’un gène
qui a existé, il y a bien longtemps et qui lentement de génération en
génération s’est diversifié sur le temps de l’évolution.

GèNEs
GENE GèNE GèNES
GEnEs
GENEs
GENes
Ainsi la comparaison des gènes homologues des organismes actuels fournit
une mesure grossière de la longueur du temps écoulé depuis la
divergence, à partir de leur ancêtre commun. 13

Le champ de la phylogénie moléculaire était né !

 1965 : Utilisation par Pauling et Zuckerhandl des séquences d’acides nucléiques et
protéiques comme chronomètres moléculaires

1969 : Whittaker propose de séparer des protistes

champignons et bactéries et propose un arbre des
êtres vivants à 5 groupes.

Robert Whittaker
Prokaryota Monera
Arbre
phylogénétique de Cinq groupes Protista
Whittaker 1969 14
Fungi
Eukaryota
Animalia
Plantae
Classer les procaryotes :

EUCARYOTES PROCARYOTES

5 règnes

15

Les Monères
Carl WOESE, en 1977
Autobiogramme d’un gel
de séquençage d’ARN ribosomal
Les méthanogènes
1965 : Woese « les ARN ont une antériorité sur l’ADN »
1976 : Fox « Les empreintes de "bactéries méthanogènes"
présentent autant de différences avec les autres bactéries, qu'avec les
Eucaryotes » 16

1977 : Woese et Fox : découverte d’un nouveau groupe de micro-

organismes : les archéobactéries
1979 : Groupe des archéobactéries : En plus des méthanogènes, viennent s’ajouter
des hyperhalophiles et des thermoacidophiles.

1981 : Karl Stetter découvre une archébactérie anaérobie qualifiée

d’hyperthermophile, Pyrococcus furiosus (littéralement « la coque de feu ») capable
de se développer de façon optimale à 100°C ! Température qui tue la quasi-majorité
des êtres vivants connus !

1981 : Cavallier - Smith propose de découper le vivant en huit règnes : eubactéries,

archébactéries, archéozoaires, protozoaires, chromistes, champignons, plantes,
animaux. Pour lui, il n’y a pas de domaine avec les archées, mais un règne des
Unibacteria

1985 : Gary Olsen propose le premier arbre du vivant (non enraciné) comportant le
groupe des archéobactéries.

17
 1990 : Woese remplace le terme d'« Archéobactéries » par « Archaea » (traduit par
Archées en français) et propose un arbre phylogénétique en 3 domaines
« primitifs », révolutionnant ainsi la classification des êtres vivants :
les bactéries, les eucaryotes et les archées

18
Arbre phylogénétique du vivant en 3
domaines, proposé par Woese et coll.
1990
Karl Stetter, construit un arbre universel du vivant dans lequel les branches conduisant
de LUCA aux premières Eubactéries et Archées comportent des organismes
hyperthermophiles.

En gras les branches

concernant les
hyperthermophiles

19

1996 : L'idée d'une origine de la vie dans des fonds océaniques à hautes
températures convient à la majorité des scientifiques.
En 1999 : Forterre (Institut Pasteur) réfute l'idée d'un LUCA hyperthermophile. Il se
fonde sur les travaux de Gouy et al. , qui
comparent la richesse en bases CG de l'ARN
des différents organismes et de l'ARN de
LUCA (établi mathématiquement) ainsi que
sur les comparaisons moléculaires des
Archées et des Eubactéries.

Le débat continue ! Patrick FORTERRE et Karl STETTER, Gordon Conférence 2007

Les scientifiques sont d’accord sur la classification du vivant en trois domaines

(Eucaryotes, Archées, Bactéries), mais pas sur les caractéristiques de LUCA !

Etait-il hyperthermophile comme semble le montrer les comparaisons des 20

ARN 16S ou mésophile comme l'indique l'étude d'autres constituants
cellulaires ?
 1.3. Le domaine des Archées : Le monde des extrêmes … Pas
seulement !
1.3.1. Classement selon leur métabolisme
Sur la base uniquement métabolique, les archées peuvent être divisés en 5 groupes :
Groupe métabolisme
- Croissance entre 0 et 110°C
Méthanogènes - Anaérobies
- CO2 + 4H2 CH4 + 2 H2O
- Croissance entre 30 et 50°C
Halophiles - Aérobies photosynthétiques ss chloroph.
- Forte [ sels de sodium]
Sulfothermophiles

- Croissance entre 50 et 90°C

Thermoacidophiles
Hyperthermophiles non méthanogènes
Psychrophiles - mésophiles
- pH 0-3
- Aérobies/Anaérobies
- Croissance entre 80 et 110°C
- Métabolisme du soufre et/ou du fer 21
- Aérobies/Anaérobies
- Croissance entre 0 et 25°C
- Oxydation de l’ammoniaque
Les méthanogènes :
micro-organismes capables de produire du méthane en condition anoxique. Tous les
méthanogènes sont des archées, mais tous ne sont pas des souches extrêmophiles.
Archées méthanogènes : Methanogenium frigidans se développe à 15°C
Archées méthanogènes extremophiles : Methanopyrus se développe à 100°C
Archées méthanogènes halophiles : Methanospirillum

Les halophiles :
Organismes qui ont un besoin absolu de fortes [sel] pour vivre (min 1,5 M/ opt 3-4 M).
Micro-organisme photosynthétique sans chlorophylle (protéine avec pigment jaune à
rouge), organismes halophiles chez les procaryotes (bactéries et archées), mais aussi
chez les eucaryotes.
Archées halophiles : Halobacterium/ Halococcus / Haloferax

Les sulfothermophiles :
22
micro-organismes qui se développent à des températures supérieures à 45°C et qui
utilisent le soufre et/ou le fer comme source d’énergie.
Les sulfothermophiles que l’on découpe en deux groupes :
- Les thermoacidophiles :
micro-organismes capables de se développer dans des environnements très acides
(pH 0-3) et à des températures déjà élevées. utilisent le soufre comme source d’énergie.
Ex Sulfolobus découvert par Thomas Brock.

- Les hyperthermophiles non-méthanogènes :

micro-organismes qui se développent à des températures supérieures à 80°C et qui
utilisent le soufre et/ou le fer comme source d’énergie. Essentiellement des archées
anaérobies, mais il existe quelques aérobies tolérants.
Ex les genres Pyrolobus, Pyrococcus, Thermococcus

Les psychrophiles –mésophiles :

Non cultivables en laboratoire. Représenteraient 25 % de la biomasse marine. On a
découvert qu’elles oxydent l’ammoniaque (en 2005). Rôle important dans les cycles de
N2 et C. Ex Thaumarchées 23
 En gras les branches concernant
24
L’hyperthermophilie reste pour le moment un domaine lié les hyperthermophiles
aux archées.
 1.3.2. Classement selon leur génétique 2008 les Thaumarchaeota,
embranchement d’archées mésophiles
qui oxyde l’ammoniaque
2010 les Aigarchaeota (thermophiles)
Ca.Caldiarchaeum subterraneum

1996, avec une seule espèce

« Ca. Korarchaeum cryptofilum, »25
2006 ARMAN (Archeal Richemond Mine Acidophilic Nanoorganisms) 2008
2002 Nanoarchaeum equitans
 Avec les phyla :
- Thaumarchaeota
- Aigarchaeota
- Crenarchaeota
- Korarchaeota

En 2015, l’archée Candidatus Loki

appartiendrait du point de vue
phylogénétique, à l’embranchement
le plus proche des eucaryotes.

En 2017, les phyla ou embranchements Odinarchaeota,

Thorarchaeota et Helmdallarchaeota formeraient avec
Lokiarchaeota le super-embranchement « Candidatus Asgard » 26

https://www.uni-ulm.de/en/nawi/nawi-molbot/research/anita-marchfelder/research-projects/archaea/
 2. Les Archées sont parmi nous !
2.1. Recensement et habitats
RECENSEMENT

Biomasse des procaryotes = biomasse des végétaux

Comment peut-on évaluer la quantité de micro-organismes présents sur la terre ?

Trois indices majeurs confirment leur abondance :

- La répartition ubiquiste : répartition sur et dans toute la planète + les êtres vivants
- La composition de l’air : N2 : 78 % ; 02 : 21 %; CO2 0,035 % ; CH4 0,00017 % ; NO2 :
0,000031 %
- l’azote organique : constituant majeur de tous les organismes vivants, produit par
l’activité bactérienne (15 % des molécules d’une cellule)
27
estimation de la population des bactéries sur Terre serait de l’ordre de 1030 cellules
(= quintillion) pour toute la planète.
Estimation de la biomasse des procaryotes bactériens et archées sur la terre

Source La Recherche fév 1999

28
Habitats des archées

29
2.2. Le mondes des extrêmes … aux frontières du vivant !
2.2.1. Températures extrêmes : Les psychrophiles et les thermophiles

Procaryotes

17

Psychrophiles Psychrophiles
extrêmes
Archées uniquement Bactéries et Archées Bactéries et Archées Bactéries et Archées Archées essentiellement
Leur température Leur température
de croissance est optimale est
comprise entre comprise entre 12
-12 et qqs degrés et 15° C
30
Le lac Vostok, en Antarctique,
découvert en 1996, se situe sous
une couche de 3,6 km de glace. Les
conditions de survie y sont
drastiques : pas d'oxygène, pas de
lumière, forte pression, basse
température, peu de nourriture.
Pourtant, plusieurs espèces de
microbes hyperacidophiles sont
capables de survivre dans les fines
veines acides parcourant la glace,
au pH de 0 et par -30°C. 31
Photo : Noaa
 Procaryotes

17

Psychrophiles Psychrophiles
extrêmes

Leur température Leur température

de croissance est optimale est
comprise entre comprise entre 12
-12 et qqs degrés et 15° C
32
 33
John Baross, Université de Washington
34
 2.2.2. Salinité extrême : les halophiles extrêmes
Composition ionique d’environnements fortement salés

terme Concentration en sel Concentration (g/L)

(p/v) Ion Gd lac Mer Lac alcalin Eau de mer
salé morte type (en
halotolérant < 1% (p/v) comparaison)
halophile 1à6% Na+ 105 40,1 142 10,6
halophile modéré 3 à 15 % Mg2+ 11 44 <0,1 1,27
Halophile extrême 15 à 30 % Cl- 181 25 155 18,9
Salinité de la mer : 3,3 % pH 7,7 6,1 11 8,1

Ils accumulent du chlorure de potassium (KCl ) dans leur cytoplasme à une pression osmotique équivalente à la
pression osmotique de l’environnement extérieur.

35

Marais salants Lac Retba , Sénégal Mer morte, Israël

2.2.3. Pressions extrêmes : les barophiles extrêmes

- Souches ne pouvant vivre qu’en pression hyperbar

- Développement possible jusqu’à 1000 bars
- Archées marines vivant en eaux profondes
- Baro-thermophiles et baro-psychrophiles
- piézophiles (dont la croissance est plus rapide à haute 1 µm
Pression)
Pyrococcus yayanosii, photo microscopie
éléctronique à transmission

Pyrococcus yayanosii est l'archée isolée qui à la capacité de survie à haute pression la plus
élevée : jusqu'à 120 MPa ! De plus elle est à l'heure actuelle la seule décrite comme étant
piézophile obligatoire. Sa température optimale de croissance est de 98°C.

36
2.2.4. pHs extrêmes : les acidophiles et les alcalophiles extrêmes
Composition ionique d’environnements fortement salés
- Pas de matière vivante entre pH 11 et pH 14
Concentration (g/L)
Ion Gd lac Mer Lac alcalin Eau de mer
salé morte type (en
comparaison)
Na2+ 105 40,1 142 10,6
HCO3- ou CO3- 0,7 0,2 67 0,14
SO42- 27 0,5 23 2,65
pH 7,7 6,1 11 8,1

Lac Tanganyica

37

Mine de potasse volcan

 Facteurs contribuant à la résistance aux rayonnements
ionisants chez D. radiodurans :
2.2.5. Rayonnement : archées radio résistantes - nettoyage cellulaire,
- défenses antioxydantes et
- réparation de l'ADN.

Deinococcus radiodurans

Le nettoyage cellulaire implique la dégradation des nucléotides oxydés par les hydrolases Nudix, l'exportation des oligonucléotides endommagés et la
dégradation protéolytique des protéines endommagées. Le système de défense antioxydant est constitué de piégeurs non enzymatiques, tels que les
complexes de manganèse et les caroténoïdes, et de piégeurs enzymatiques, tels que les catalases et les superoxyde dismutases. Au sein de la machinerie de 38
réparation de l'ADN, la réparation par excision de base (BER) agit sur les bases d'ADN endommagées et la réparation par excision de nucléotides (NER)
élimine les nucléotides endommagés, tandis que l'annelage de brin dépendant de la synthèse étendu (ESDSA) et la recombinaison homologue (HR) réparent
les cassures de ADN double brin.
2.3. Les caractéristiques des archées
2.3.1. Cellules procaryotiques

- Groupe majeur des procaryotes

- sans noyau, ni organites comme les bactéries
- Pas de peptidoglycane, paroi couche S (couche de surface cristalline)
- très souvent unicellulaire

2.3.2. Caractéristiques cellulaires

- forme et association :

39
 Aperçu de la diversité morphologique des
cellules d'Archée. Entre parenthèse, la traduction
littérale de leur nom latin, qui illustre leur morphologie
ou leur métabolisme.
A : Sulfolobus (« le lobe de souffre »)
B : Ignococcus (« la coque de feu ») et son
symbionte, Nanoarcheum equitans (« l'archée
naine cavalière ») © H. Huber, M. Hohn, R. Rachel
& K. O. Stetter, Univ. Regensburg, Allemagne
C : Pyrodictium (« le filet de feu ») © R. Rachel
D : Nitrosopumilus (« le petit qui nitrifie »), une
archée marine
E : Desulfovibrio (« la virgule qui désoufre »)
F : Pyrococcus abyssi (« la coque de feu des
abysses »), où sont visibles les flagelles
G : Methanosarcina (« le paquet de méthane ») ©
Whitehead Institute Center of Genome Research
H : Haloquadratum (« le carré salé »), une cellule
carrée ! © Bolhuis et al., 2004
I : Ignococcus. On observe la membrane
extérieure, qui délimite un large espace 40
http://edu.mnhn.fr/mod/page/view.php?id=1596
périplasmique où transitent des vésicules, puis la
membrane interne qui délimite le cytoplasme ©
Huber et al., 2006
 korachaeota Thaumarchaeota Nanoarchaeota

Deux cellules de Nanoarchaeum

equitans en interaction avec leur hôte
Ignicoccus hospitalis.

Pyrolobus fumaris Lokiarchaeota Sulfolobus acidocaldarius

41
 - génétique : ADN circulaire et plasmides parfois
- types trophiques : semblables aux bactéries

Source d’énergie Donneur d’électron Source de Organismes

carbone

Phototrophes
organo
hétérotrophes
PHOTO-
chimiotrophes
lithotrophes auto
et hétérotrophe
CHEMO-

chimiotrophes
organo
42
autotrophe
 2.3.3. Ressemblances et particularités

Ressemblances avec les eucaryotes avec les bactéries :

Ressemblance avec les Eucaryotes Ressemblance avec les procaryotes

- Machinerie de réplication de l’ADN - Chromosome simple et circulaire
- histones - Opérons

D’après mlavoie@uwichill.edu.bb
- Structure de type nucléosome - Pas d’introns
- Machinerie de transcription - Canaux de transport membranaires de type
ARN polymérase bactérien
Facteur de transcription IIB
Protéine de liaison TATA
- Machinerie de traduction - Nombreux processus métaboliques
Facteurs d’initiation production d’énergie
Protéines ribosomales fixation de l’azote
Facteurs d’élongation synthèse des polysaccharides
empoisonné par la toxine de la diphtérie
43
 - Particularités propres
❑ La paroi avec la couche S (S-layer), pas de peptidoglycane ❑ La membrane plasmique
La
bicouche
lipidique
des
bactéries bactéries
et de
archées
certaines
archées

La
monocouche
lipidique des
archées

Membranes Archéennes : liaison éther et non ester / 44

lipides différents / bicouche ou mono couche
lipidique
 3. Applications biotechnologiques
3.1. Les enzymes
Polymérases
▪ Utilisation pour améliorer la PCR
▪ Taq polymérase→Pfu polymérase (issue de Pyrococcus furiosus)
▪ Résistance aux hautes températures Bactérie thermophile 1 Archée thermophile 2
▪ Plus haute fidélité

1. Thermus aquaticus
2. Pyrococcus furiosus

45
Amylases thermostables :
Procédé amidonnier : l’amidon est la première source de glucose (30 à 40 tonnes/an)
Procédé à haute température

Xylanases thermostables et alcalines :

Procédés pâte à papier : procédés chimiques très polluants (70°C, pH 11) remplacés en
partie par traitement enzymatique aujourd’hui, grâce à des hémicellulases archéennes
thermostables alcalines.

Protéases psychrophiles :
Procédés de nettoyage des lessives : les protéases agissant lors du prélavage et sont
détruites après lors de la lessive pour ne pas les retrouver sur la peau après lorsque
l’on met les vêtements
46
3.2. Acteurs écologiques

• Importance au niveau de la biosphère (rôle dans la nitrification probable et cycle de l’azote)

• Méthanogène (présent dans tractus digestif des animaux et environnement) : rôle dans le
processus d’effet de serre et cycle du carbone ainsi que dans la production de biogaz
• Biolixiviation technique d’extraction des métaux d’intérêt économique d’une roche
• Fonctionnent à haute température en réacteurs contrôlés pour le traitement de certains
minerais
• Ecologie: bioremédiation : technique consistant à augmenter la biodégradation ou bio-
transformation en incluant des micro-organismes spécifiques
• Haloferax mediterraneii et Halobacterium sp
capables de dégrader les hydrocarbures et
certains pesticides
• Estérases: détoxication des pesticides et des agents
de guerre chimique

47
 3.3. Autres applications

• Synthèse de biomatériaux
• Production de plastiques biodégradables
• Production d’isoprène
• Production de biocarburants

▪ Santé
▪ Utilisation des lipides :
Membrane artificielle et archéosome
▪ Utilisation des exopolysaccharides : cosmétique et santé
▪ Kératinases : dégradation des prions
48
Mais attention, il y a encore de nombreuses limites à ces applications :

▪ Faible connaissance sur les archées

▪ Faible rendement
▪ Mise en culture difficile
▪ Manque de recul à l’utilisation des archéosomes

49
50
 51
Arbre de vie moléculaire. Le diagramme compile les résultats de nombreuses comparaisons de sequence ARN ribosomiques
Reproduced from Microbiol. Mol. Biol. Rev., 2009, vol. 73, 565–576, doi: 10.1128/MMBR.00033-09