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PLOS GLOBAL PUBLIC HEALTH

ARTICLE DE RECHERCHE

Étiologies des syndromes grippaux et des

infections respiratoires aiguës sévères en
Tanzanie, 2017-2019
Maria Ezekiely Kelly1 , Radhika Gharpure 2 , Sabrina Shivji 2 , Miriam
Matonya1 , Solomon Moshi1 , Ambele Mwafulango1 , Vumilia Mwalongo1 , Janneth
Mghamba1 ,
Azma Simba1 , S. Arunmozhi Balajee2 , Wangeci Gatei2,3 , Marcelina Mponela3 ,
Grace Saguti4 , Toni Whistler 2 *, Nyambura Moremi1☯ , Vida Mmbaga1☯
1 Ministère de la santé, Dar es Salaam, Tanzanie, 2 Centres américains de contrôle et de prévention des
maladies, Atlanta, Géorgie, États-Unis d'Amérique, 3 Centres américains de contrôle et de prévention des
maladies, Dar es Salaam, Tanzanie, 4 Organisation mondiale de la santé, Dar es Salaam, Tanzanie.

☯ Ces auteurs ont contribué de manière égale à ce travail.

* taw6@cdc.gov

respiratoires étendus dans le cadre du programme de sécurité sanitaire mondiale du CDC des États-Unis sous le numéro de
subvention GH001247 à MEK, un accord de coopération pour cette activité de surveillance. Les coauteurs du CDC ont contribué
à la conception de l'étude, à l'analyse des données et à la préparation du manuscrit.
OPEN ACCESS

Citation : Kelly ME, Gharpure R, Shivji S, Matonya

M, Moshi S, Mwafulango A, et al. (2023) Etiologies
des syndromes grippaux et des infections
respiratoires aiguës sévères en Tanzanie, 2017-
2019. PLOS Glob Public Health 3(2) : e0000906.
https://doi.org/ 10.1371/journal.pgph.0000906

Rédacteur en chef : Julia Robinson, PLOS : Public

Library of Science, ÉTATS-UNIS

Reçu : 11 mai 2022

Accepté : 30 novembre 2022

Publié : 9 février 2023

Droits d'auteur : Il s'agit d'un article en libre accès,

libre de tout droit d'auteur, qui peut être librement
reproduit, distribué, transmis, modifié,
développé ou utilisé de toute autre manière par
quiconque dans un but licite. L'œuvre est mise à
disposition sous la licence Creative Commons
CC0 du domaine public.

Déclaration de disponibilité des données :

Toutes les données pertinentes sont présentées
dans le manuscrit et dans les fichiers
d'informations complémentaires.

Financement : Le ministère tanzanien de la santé a

reçu un financement pour les pathogènes viraux

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 fréquentes chez les enfants de moins de 5 ans. Le plus grand nombre d'échantillons a été
Résumé soumis à des tests entre décembre et avril, ce qui coïncide avec la saison des pluies en
En 2016, la Tanzanie a élargi la Tanzanie, et plusieurs pathogènes viraux ont montré des variations saisonnières (VRS,
surveillance sentinelle des métapneumovirus humain, virus de la grippe A et B, et virus de la parainfluenza). Cette
syndromes grippaux et des étude démontre que l'extension d'une plate-forme existante sur la grippe à d'autres agents
infections respiratoires aiguës pathogènes respiratoires peut fournir des informations précieuses sur l'étiologie,
sévères (IRA) pour y inclure des l'incidence, la gravité et les schémas géographiques et temporels des maladies
tests de dépistage des virus respiratoires. La poursuite de la surveillance respiratoire en Tanzanie et dans le monde
respiratoires non grippaux (VNRG) peut fournir des données précieuses, en particulier dans le contexte d'agents pathogènes
et d'autres agents pathogènes respiratoires émergents tels que le SRAS-CoV-2, et guider les interventions de santé
respiratoires dans 9 sites publique visant à réduire le fardeau des maladies respiratoires.
sentinelles. Au cours de la période
2017-2019, les échantillons
respiratoires de 2 730 cas ont fait
l'objet de tests élargis : 2 475
échantillons (90,7 %) ont été testés
à l'aide d'un test mis au point par
les Centers for Disease Control and
Prevention (CDC) des États-Unis,
couvrant 7 VRI (virus respiratoire
syncytial [VRS], rhinovirus,
adénovirus, métapneumovirus
humain, virus parainfluenza 1, 2 et
3) et les virus grippaux A et B. En
outre, 255 échantillons (9,3 %) ont
été testés à l'aide du kit Fast-Track
Diagnostics Respiratory Path- ogens
33 (FTD-33) qui couvrait les virus
mentionnés et d'autres pathogènes
viraux, bactériens et fongiques. Les
virus de la grippe ont été identifiés
dans 7,5 % de tous les échantillons
; cependant, l'utilisation du test
CDC et du kit FTD-33 a augmenté
le nombre d'échantillons avec un
agent pathogène identifié à 61,8 %
et 91,5 %, respectivement. Parmi
les 9 virus communs au test CDC et
au kit FTD-33, les agents
pathogènes les plus identifiés
étaient le VRS (22,9 %), le
rhinovirus (21,8 %) et l'adénovirus
(14,0 %) ; les co-détections de
plusieurs agents pathogènes
étaient fréquentes. Les probabilités
d'hospitalisation (SARI vs. ILI)
variaient en fonction du sexe, de
l'âge, de la zone géographique, de
l'année de diagnostic et de l'agent
pathogène identifié ; les maladies
hospitalisées étaient plus

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Tanzanie

Intérêts concurrents : Les auteurs déclarent qu'il Introduction

n'y a pas d'intérêts concurrents.
Au niveau mondial, la surveillance de la grippe est essentielle pour suivre les tendances de la
circulation saisonnière, orienter la sélection des souches pour la composition des vaccins,
détecter l'émergence de virus grippaux potentiellement pandémiques ( ) et surveiller leur
impact et leur propagation. Au niveau national, les données peuvent être utilisées pour
informer et promouvoir les stratégies de prévention et fournir des informations pour
l'élaboration des politiques et les interventions de santé publique telles que la mise en œuvre
des vaccins. En 2008, le ministère tanzanien de la santé a mis en place un système de
surveillance sentinelle de la grippe dans cinq hôpitaux du pays et a rendu compte des données
recueillies au cours des 30 premiers mois [1]. Le système de surveillance couvrait à la fois les
consultations externes pour les syndromes grippaux et les hospitalisations pour les infections
respiratoires aiguës sévères (IRA). Depuis 2009, le Centre national de la grippe de Dar es
Salaam télécharge régulièrement des données vers le système FluNet de l'Organisation
mondiale de la santé (OMS), fournissant des informations précieuses sur l'activité grippale en
Afrique de l'Est et contribuant aux recommandations biannuelles mondiales sur les souches de
vaccin contre la grippe ( ). En outre, les sites sentinelles échangent chaque semaine des
données avec le ministère de la santé par l'intermédiaire du système national de réponse
intégrée aux maladies et de surveillance ( ). Ces données de surveillance ont été utilisées
jusqu'à présent pour caractériser la charge nationale de la grippe et, à l'avenir, elles pourraient
servir à élaborer un plan d'action national pour l'introduction du vaccin antigrippal dans le
pays.
Kishamawe et al [2] ont évalué les schémas et les causes des décès liés aux maladies
respiratoires dans les hôpitaux de Tanzanie sur une période de 10 ans (2006-2015) et ont
démontré que les maladies respiratoires, principalement les infections respiratoires aiguës et
chroniques, représentaient une proportion substantielle (12,92%) de tous les décès survenus
dans les hôpitaux de Tanzanie, près d'un tiers de ces décès survenant chez des enfants de
moins de 5 ans. Cette publication de 2019 souligne l'importance de renforcer la capacité des
laboratoires à identifier les agents responsables des maladies respiratoires. Dans de nombreux
pays qui surveillent les maladies respiratoires, le virus de la grippe est l'agent pathogène le
plus fréquemment testé et qui a reçu le plus d'attention ; cependant, une analyse de la
surveillance sentinelle de la grippe dans 15 pays d'Afrique a indiqué qu'au cours de la période
2006-2010, seuls 22 % des cas de SG et 10 % des cas de SRAS étaient positifs pour le virus de
la grippe [3]. De même, de 2012 à 2017, les données de surveillance sentinelle de la grippe
spécifiques à chaque pays d'Afrique ont montré qu'entre 15 et 30 % des cas de SG et 3 à 7 %
des cas de SARI étaient positifs pour le virus de la grippe [4-7]. Compte tenu de la proportion
élevée d'échantillons négatifs pour la grippe, d'autres agents pathogènes respiratoires jouent
un rôle important dans la charge de morbidité respiratoire, ce qui souligne la nécessité
d'élargir les tests de laboratoire pour les virus respiratoires non grippaux (VNRG) au sein des
réseaux de surveillance des SG et des SRAS. En 2016, dans le cadre du programme de sécurité
sanitaire mondiale ( ), la surveillance sentinelle de la grippe pour les ILI/SARI en Tanzanie a
été étendue de 5 à 9 sites et les tests ont été élargis pour inclure 7 NIRVs et d'autres agents
pathogènes respiratoires. Cette étude résume les résultats de la surveillance élargie des
SG/SARI de 2017 à 2019 afin de combler les lacunes dans les connaissances sur l'étiologie,
l'inci- dence, la gravité et les schémas géographiques/temporels des SG/SARI en Tanzanie.

Matériels et méthodes
Sites de surveillance et recrutement des cas
Il s'agissait d'une étude de sous-ensemble de la surveillance sentinelle de la grippe en Tanzanie
[1] et aucune caractéristique supplémentaire des patients n'a été prise en compte. Le

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recrutement PUBLIC
des patients HEALTH
a donc Étiologies des SG/SARI en
suivi le protocole national de Tanzanie

routine pour la surveillance

sentinelle de la grippe dans le cadre
du Réseau mondial de surveillance
de la grippe de l'OMS. Les
échantillons destinés aux tests
respiratoires élargis ont été
sélectionnés dans les neuf sites de
surveillance sentinelle ILI/SARI
(Fig. 1). Il s'agissait de 8 hôpitaux,
régionaux et de district, et d'une
clinique, la clinique de l'école
internationale du Tanganyika, qui
ne recueillait que des données sur
les SG. La stratégie de recrutement
et d'échantillonnage des patients
atteints de SG/SARI s'est appuyée
sur les définitions de cas de SG et
de SRAS de l'OMS [8] et a inclus
tous les patients

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Tanzanie

Fig. 1. Sites sentinelles de surveillance des syndromes grippaux et des infections respiratoires aiguës sévères (IRA) en Tanzanie, par région et par zone
géographique. La carte montre les 21 régions (zones administratives officielles) et les 7 zones géographiques de la Tanzanie continentale. Les 9 sites
sentinelles pour la surveillance des ILI/SARI sont indiqués dans leurs régions respectives : Kigoma : Hôpital du district de Kibondo (KHD) ; Mwanza :
Hôpital régional de Mwanza (MRH) ; Arusha : Hôpital régional d'Arusha (ARH) et Hôpital du district de Meru (MDH) ; Manyara : Hôpital luthérien de
Haydom (HLH) ; Dodoma : Dodoma : Hôpital régional de Dodoma (DRH) ; Dar es Salaam : Mwananyamala Municipal Hospital (MMH) et International
School of Tanganyika Clinic (IST)* ; Mtwara : St. Benedict Referral Hospital (SBH). Carte créée avec MapChart (source librement accessible) :
https://www.mapchart.net/. Reproduite de MapChart sous licence CC BY avec autorisation (Texte S1), copyright original 2022. *L'IST n'a recueilli que des
données sur les SG.
https://doi.org/10.1371/journal.pgph.0000906.g001

ce qui correspond à la taille de l'échantillon journalier pour la surveillance sentinelle décrite

précédemment (1). La définition des cas de SG exigeait une infection respiratoire aiguë
accompagnée d'une fièvre documentée (axillaire
température � 38˚C) et toux apparue dans les 10 derniers jours. La définition du SRAS exigeait
des antécédents de fièvre ou une fièvre mesurée au moment de la consultation, ainsi qu'une
toux, toutes deux apparues dans les 10 jours suivant la consultation ; en outre, la maladie
nécessitait une hospitalisation.

Collecte et transport des échantillons

Un écouvillon nasopharyngé et un écouvillon oropharyngé ont été prélevés sur tous les cas de
SG/SARI enrôlés. Les deux écouvillons ont été placés dans un seul tube de milieu de transport
viral et immédiatement réfrigérés à 4˚C-8˚C. Les échantillons provenant d'hôpitaux situés en
dehors de Dar es Salaam ont été triplés et transportés dans des boîtes réfrigérantes au
National Health Laboratory Quality Assurance and Training Centre par service de messagerie
; tous les autres ont été transportés à la main jusqu'au laboratoire. Tous les spécimens ont été
immédiatement stockés à -80˚C.

Méthodes d'essai en laboratoire

Deux modalités de tests multi-pathogènes ont été mises en œuvre pour effectuer des tests
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élargis de dépistage des pathogènes respiratoires au cours de cette période de surveillance.

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Il s'agit d'une part des tests RT-PCR singleplex développés par les Centres américains de
contrôle et de prévention des maladies (US CDC) et d'autre part du kit multiplex Fast Track
Diagnostics Respiratory Pathogens 33 (FTD-33), disponible au cours de l'année 2018-2019.
La sélection des échantillons pour les tests respiratoires élargis s'est faite sur la base de
quelques critères : 50 % de tous les échantillons négatifs pour la grippe ont été sélectionnés au
hasard chaque mois et testés à l'aide des tests RT-PCR singleplex des CDC ; 10 à 20
échantillons supplémentaires ont été sélectionnés au hasard chaque trimestre parmi
l'ensemble des échantillons de surveillance reçus (indépendamment de la positivité de la
grippe) et testés à l'aide du kit FTD-33.

Essais RT-PCR en temps réel du virus respiratoire élargi des CDC

(singleplex assays)
La plupart des échantillons ont été testés à l'aide d'un panel de 9 tests de virus respiratoires à
ARN, constitué de réactions en chaîne de la polymérase en temps réel par transcription inverse
(RT-qPCR), mis au point par la division des maladies virales du National Center for
Immunization and Respiratory Diseases (Centre national pour l'immunisation et les maladies
respiratoires) des CDC américains. Les tests portaient sur les virus de la grippe A et de la grippe
B, le virus respiratoire syncytial (VRS ; sous-types A et B), le métapneumovirus humain
(hMPV ; sous-types A et B), les virus parainfluenza humains 1 (PIV1), 2 (PIV2) et 3 (PIV3), le
rhinovirus humain et l'adénovirus humain. Dans l'algorithme de test, tous les échantillons positifs
pour le virus de la grippe A ont été caractérisés à l'aide du panel de sous-typage du virus de la
grippe A (H3, H1pdm09) par RT-qPCR (RUO). Tous les réactifs utilisés pour les tests ont été
obtenus gratuitement auprès de l'International Reagent Resource (IRR ;
https://www.internationalreagentresource.org).
Brièvement, l'ARN a été extrait à partir de 140μl d'échantillon à l'aide d'un kit QIAamp
Viral RNA Mini Kit (Qiagen, Allemagne) conformément aux instructions du fabricant.
L'amplification a été réalisée à l'aide des réactifs RT-PCR en une étape AgPath-ID (Applied
Biosystems, Carlsbad, CA). Chaque mélange réactionnel se composait de 5 μl d'extrait d'acide
nucléique et de 20 μl de mélange maître (0,5 μl de SuperScript III One-Step RT-PCR System
with Platinum Taq DNA Polymerase (Life Technol- ogies), 12.5 μl de mélange réactionnel
2X, 0,5 μl de RNaseOUT Recombinant Ribonuclease Inhibitor (Invi- trogen, USA), 0,5μl de
chaque amorce (20 μM) et 0,5μl de sonde (6 μM), et 5μl d'eau exempte de RNase). Les essais
ont été réalisés sur l'instrument PCR en temps réel Applied Biosystems 7500 (Thermo Fisher
Scientific) avec des conditions de cycle de : 50˚C pendant 30 minutes (transcription inverse),
95˚C pendant 2 minutes (inactivation/dénaturation) et 45 cycles de 95˚C pendant 15
secondes et 62˚C pendant 30 secondes (amplification). Des échantillons de contrôle négatifs
et positifs appropriés ont été analysés parallèlement à chaque réaction. Lorsque tous les
contrôles répondaient aux exigences énoncées, un essai était considéré comme positif s'il
présentait une courbe bien définie qui franchissait le seuil de cycle en l'espace de 40 cycles.

Kit multiplex Fast track diagnostics respiratory pathogens (FTD-33)

Le kit FTD-33 détecte les virus respiratoires, les bactéries et les champignons suivants : grippe
A, grippe A sous-type A(H1N1)pdm09, grippe B et grippe C ; PIV1, PIV2, PIV3 et PIV4 ;
coronavirus NL63, 229E, OC43 et HKU1 ; hMPV A et B ; rhinovirus, RSV A et B ; adénovirus
; entérovirus ; parechovirus ; bocavirus ; et Pneumocystis jirovecii, Mycoplasma pneumoniae,
Chlamydia pneumoniae, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Haemophilus
influenzae type B, Staphylococcus aureus, Moraxella catarrhalis, Bordetella spe- cies (à
l'exclusion de B. parapertussis), Klebsiella pneumoniae, Legionella species et Salmonella
species. En 2018-2019, environ 10 % des échantillons de SG/SARI ont été sélectionnés au

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hasard pour être testés à l'aide du kit FTD-33.
Un extrait nucléique total a été réalisé à partir de 140μl d'échantillon à l'aide du kit
QIAamp Viral RNA Mini (Qiagen, Hilden, Allemagne) conformément au mode d'emploi du
fabricant. Chaque extrait a été testé par la méthode FTD en utilisant 10μl d'extrait. Les huit
réactions RT-qPCR multiplex ont été préparées en suivant les instructions du fabricant.

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Un contrôle d'extraction, un contrôle sans modèle et des pools de plasmides de contrôle

positif ont été inclus pour tester les huit mélanges réactionnels multiplex et le mélange
réactionnel RNase P. Tous les essais ont été amplifiés à l'aide de l'instrument PCR en temps
réel Applied Biosystems 7500 (Thermo Fisher Scientific) dans les conditions de cyclage
suivantes : 42˚C pendant 15 minutes, 94˚C pendant 3 min- utes, 40 cycles de 94˚C pendant 8
secondes et 60˚C pendant 34 secondes.

Analyse statistique
Des statistiques descriptives ont été utilisées pour résumer les variables continues et discrètes.
Les variables catégorielles ont été présentées sous forme de nombres ou de pourcentages, et les
tests du chi-carré de Pearson ont été utilisés pour comparer les groupes. Les variables continues
ont été présentées sous forme de médiane et d'intervalle interquartile (IQR). La régression
logistique a été utilisée pour évaluer les chances d'hospitalisation. Le pourcentage de positivité
(défini comme le nombre d'échantillons avec un résultat positif parmi tous les échantillons
testés) a été agrégé par mois pour les neuf pathogènes afin d'évaluer la distribution mensuelle et
saisonnière. Toutes les analyses ont été réalisées à l'aide du logiciel statistique SAS (version 9.4 ;
SAS Institute, Cary, NC).

Déclaration d'éthique
Le ministère tanzanien de la santé et de la protection sociale a estimé que la surveillance
sentinelle de la grippe était considérée comme une surveillance de routine de la santé publique
et qu'un examen éthique formel n'était donc pas nécessaire. Le consentement verbal de tous les
patients a été obtenu avant l'administration des questionnaires et le prélèvement des
échantillons. Les activités de surveillance des SG et des SRAS en Tanza- nie ont été examinées
par les CDC américains et menées conformément à la loi fédérale applicable et à la politique
des CDC américains.
Des informations supplémentaires concernant les considérations éthiques, culturelles et
scientifiques spécifiques à cette activité de surveillance sont incluses dans les informations
complémentaires (texte S2).

Résultats
Au cours de la période 2017-2019, un total de 5448 échantillons ont été soumis à des tests de
surveillance sentinelle de la grippe en laboratoire. Parmi ceux-ci, 2 730 (50,1 %) spécimens
ont fait l'objet d'une analyse élargie des agents pathogènes respiratoires. Parmi ceux-ci, 2 475
(90,7 %) échantillons ont été testés avec les tests CDC singleplex et 255 échantillons (9,3 %)
ont été testés à l'aide du kit FTD-33. Les caractéristiques démographiques des patients et
l'identification des neuf virus les plus courants étaient globalement comparables entre les
deux tests
(tableau S1), ce qui permet de combiner les résultats.
Sur les 2 730 patients dont les échantillons ont été testés, 920 (33,7 %) cas ont été classés
comme SG et 1 810 (66,3 %) comme SARI. L'âge médian était de 2 ans (IQR : 0,75-14) dans
l'ensemble ; chez les personnes atteintes d'une SG, l'âge médian était de 7 ans (IQR : 1-33) et
chez les personnes atteintes d'une SARI, l'âge médian était de 1 an (IQR : 0,58-3). Les
probabilités d'hospitalisation pour SARI (définies comme SARI vs. ILI) variaient en fonction
du sexe, de l'âge, de la zone géographique et de l'année du diagnostic (tableau 1). Plus
précisément, les cas de SARI étaient plus fréquents chez les hommes, les enfants de moins de
5 ans, dans les zones Est, Centre et Ouest, et en 2017 par rapport à 2018-2019.
Les pathogènes viraux les plus identifiés étaient le VRS (22,9 %), le rhinovirus (21,8 %) et
l'adénovirus (14,0 %) (tableau 2). Ces trois pathogènes ont été le plus souvent identifiés chez

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les enfants de moins d'un an et de 1 à 5 ans. Parmi tous les groupes d'âge, 1044 échantillons
(38,2%) n'avaient aucun des neuf pathogènes viraux identifiés ; la proportion de cas sans
aucun pathogène identifié augmentait avec l'âge et était la plus importante chez les personnes
âgées de �65 ans (56,2%). Nous avons identifié une co-détection (détection de >1 des neuf
pathogènes communs) dans 420 (15,4 %) cas ; les pathogènes les plus identifiés dans les co-
détections étaient le VRS, le rhinovirus et l'adénovirus (tableau S2). La distribution des agents
pathogènes identifiés variait légèrement en fonction de la localisation géographique (Fig. 2).

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Tableau 1. Données démographiques des patients, zone géographique, année et test de diagnostic utilisé pour la détection d'agents pathogènes respiratoires parmi
les cas de SG/SARI-Tanzanie, 2017-2019.
Total ILI SARI Valeur pa
(n = 2730) (n = 920) (n = 1810)
N n (%) n (%)
Le sexe
Femme 1247 498 (54.1) 749 (41.4)
Homme 1483 422 (45.9) 1061 (58.6) <0.0001
Groupe d'âge (années)
<1 880 168 (18.2) 712 (39.3)
1 -<5 982 250 (27.2) 732 (40.4)
5 -<18 220 111 (12.1) 109 (6.0)
18 -<65 559 360 (39.1) 199 (11.0)
�65 89 31 (3.4) 58 (3.2) <0.0001
Zone géographique b

Nord 834 338 (36.7) 496 (27.4)

L'Europe de l'Est 805 237 (25.8) 568 (31.4)
Centrale 125 12 (1.3) 113 (6.2)
Sud 260 95 (10.3) 164 (9.1)
Occidentale 453 87 (9.5) 366 (20.2)
Lac 253 151 (16.4) 102 (5.6) <0.0001
Année
2017 (n = 2093)c 483 119 (12.9) 364 (20.1)
2018 (n = 1642)c 973 311 (33.8) 662 (36.6)
2019 (n = 1713)c 1274 490 (53.3) 784 (43.3) <0.0001
Test de diagnostic
CDC 2475 821 (89.2) 1654 (91.4)
FTD-33 255 99 (10.8) 156 (8.6) 0.07

Abréviations : ILI, syndrome grippal ; SARI, infection respiratoire aiguë sévère ; CDC, U.S. Centers for Disease Control and Prevention singleplex assays ; FTD-33,
Fast-Track Diagnostics respiratory panel multiplex kit.
a Valeur p pour le test du chi carré comparant les cas de SG et de SRAS.
b La zone nord comprend l'hôpital régional d'Arusha (Arusha), l'hôpital du district de Meru (Arusha) et l'hôpital luthérien de Haydom (Manyara) ; la zone est comprend
la clinique de l'école internationale du Tanganyika (Dar es Salaam) et l'hôpital municipal de Mwananyamala (Dar es Salaam) ; la zone centrale comprend l'hôpital
régional de Dodoma (Dodoma) ; la zone sud comprend l'hôpital de référence St. Benedict (Mtwara) ; la zone ouest comprend l'hôpital du district de Kibondo (Kigoma) ;
et la zone lacustre comprend l'hôpital régional de Mwanza (Mwanza).
c
Les chiffres entre parenthèses indiquent le nombre total de spécimens SARI/ILI collectés chaque année.

https://doi.org/10.1371/journal.pgph.0000906.t001

Après inclusion des 24 pathogènes viraux et bactériens supplémentaires testés dans le kit
FTD-33 uniquement, la proportion de patients n'ayant identifié aucun pathogène est tombée
à 9,4 % ; les enfants âgés de 1 à moins de 5 ans, suivis des adultes âgés de 18 à moins de 65
ans, constituaient les groupes d'âge les plus fréquents n'ayant identifié aucun pathogène dans
le cadre du test FTD-33 (tableau 3). Les infections virales et bactériennes mixtes étaient
fréquentes (52,9 %) ; les virus les plus identifiés dans les co-détections mixtes étaient le VRS,
le rhinovirus et l'adénovirus, et les bactéries les plus identifiées étaient Klebsiella pneumoniae,
Streptococcus pneumoniae et Moraxella catarrhalis. Les agents pathogènes bactériens, y
compris les codétections, ont été le plus souvent identifiés chez les patients âgés de moins
d'un an et de 1 à 5 ans.
Nous avons évalué les probabilités d'hospitalisation pour SARI par rapport aux SG
ambulatoires parmi les 1 266 patients chez qui un seul agent pathogène viral avait été
identifié, par rapport à ceux chez qui aucun agent pathogène n'avait été identifié (tableau 4).
Après ajustement pour l'âge, le sexe et le site, l'hospitalisation était moins fréquente chez les

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patients dont les échantillons contenaient un rhinovirus (odds ratio [OR] : 0,69 ; intervalle de
confiance à 95

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Tableau 2. Pathogènes respiratoires viraux détectés, par groupe d'âge, parmi les échantillons testés sur les cas de SG/SARI, Tanzanie, 2017-2019.
Pathogène détectéa Total Groupe d'âge (années)
n (%)
(N = 2730) <1 1 -<5 5 -<18 18 -<65 �65
(n = 880) (n = 982) (n = 220) (n = 559) (n = 89)
RSV 625 (22.9) 278 (31.6) 233 (23.7) 33 (15.0) 75 (13.4) 6 (6.7)
Rhinovirus 596 (21.8) 208 (23.6) 217 (22.1) 48 (21.8) 110 (19.7) 13 (14.6)
Adénovirus 383 (14.0) 146 (16.6) 166 (16.9) 14 (6.3) 49 (8.8) 8 (9.0)
hMPV 145 (5.3) 53 (6.0) 52 (5.3) 12 (5.5) 25 (4.5) 3 (3.4)
Virus de la grippe Ab 131 (4.8) 32 (3.6) 45 (4.6) 18 (8.2) 32 (5.7) 4 (4.5)
PIV3 125 (4.6) 42 (4.8) 48 (4.9) 7 (3.2) 23 (4.1) 5 (5.6)
Virus de la grippe B 73 (2.7) 13 (1.5) 22 (2.2) 13 (5.9) 22 (3.9) 3 (3.4)
PIV1 62 (2.3) 16 (1.8) 25 (2.6) 6 (2.7) 13 (2.3) 2 (2.3)
PIV2 34 (1.3) 6 (0.7) 18 (1.8) 1 (0.5) 9 (1.6) 0 (0)
Aucun agent pathogène identifiéc 1044 (38.2) 276 (31.4) 348 (35.4) 91 (41.4) 279 (49.9) 50 (56.2)

Abréviations : ILI, syndrome grippal ; SARI, infection respiratoire aiguë sévère ; N/n, nombre d'échantillons testés ; RSV, virus respiratoire syncytial ; hMPV, human
metapneumovirus ; PIV, virus parainfluenza (1, 2 et 3) ; CDC, U.S. Centers for Disease Control and Prevention singleplex assays ; FTD-33, Fast-Track Diagnostics
respiratory panel multiplex kit.
a La somme des pourcentages des colonnes dépasse 100 % car plusieurs virus ont été détectés dans les échantillons de 420 patients.
b Inclut A/H3 (n = 78) et A/H1N1pdm (n = 53).
c
Neuf virus inclus à la fois dans les tests de diagnostic du CDC et du FTD-33 ; d'autres pathogènes viraux ont été testés à l'aide du kit FTD-33 sur un sous-ensemble de
spécimens et n'ont pas été inclus dans cette analyse.

https://doi.org/10.1371/journal.pgph.0000906.t002

[IC] : 0,52-0,91) et le virus de la parainfluenza 3 (OR : 0,52 ; 95% CI : 0,29-0,92). Les

patients des groupes d'âge <1 ans et 1-<5 ans ont eu le plus grand nombre
d'hospitalisations dues à tous les virus (tableau S3).
Nous avons observé une tendance saisonnière dans le nombre de spécimens soumis par
mois pendant 2017-2019 (Fig 3) ; le plus grand nombre a été soumis pendant les mois de
décembre- avril. Nous avons observé une tendance saisonnière dans la positivité du VRS, avec
la détection la plus importante du virus pendant les mois de janvier à mai de la période
d'étude (Fig. 4). En outre, le VMPh, les virus de la grippe A et B, et les PIV ont également
montré des signes de saisonnalité, avec un pic en janvier-mai pour le VMPh, deux pics en
avril-mai et en octobre-décembre pour les virus de la grippe, et pics en novembre-janvier
pour les PIV. Aucune saisonnalité apparente n'a été observée pour les rhinovirus ou les
adénovirus.

Discussion
La surveillance sentinelle de la grippe a débuté en Tanzanie en 2008 et le premier rapport des
données de ce système [1] a montré que 8,0% des cas de SG et de SARI étaient positifs pour le
virus de la grippe entre mai 2008 et novembre 2010. Ce chiffre est très comparable aux 7,5 %
de positivité pour le virus de la grippe (4,8 % pour le virus de la grippe A ; 2,7 % pour le virus
de la grippe B) pour les trois années de cette étude (2017-2019). Ces valeurs s'alignent
également sur les rapports antérieurs de prévalence de la surveillance sentinelle de la grippe à
travers l'Afrique : Niger 6% [9], Ouganda 13% [10], Kenya 11% [11], et Nigeria 8% [12]. Une
grande partie des maladies respiratoires n'est pas due au virus de la grippe et ces données
montrent la nécessité d'élargir les panels de tests, y compris les VNI, pour identifier l'étiologie
probable des maladies respiratoires [13]. Plusieurs pays à revenu faible ou intermédiaire ont
élargi les algorithmes de test de leurs plateformes de surveillance de la grippe pour inclure le
VRS, les rhinovirus, les adénovirus, les PIV et le VMPh [14-19]. Ces études montrent qu'il est

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possible d'étendre la surveillance respiratoire en renforçant et en développant un système de
surveillance de la grippe.

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Fig 2. Détection des virus respiratoires, au total et par site de surveillance ILI/SARI - Tanzanie, 2017-2019. Abréviations : SG, syndrome grippal ; SRAS,
infection respiratoire aiguë sévère ; MMH, hôpital municipal de Mwananyamala (Dar es Salaam) ; KDH, hôpital du district de Kibondo (Kigoma) ; ARH,
hôpital régional d'Arusha (Arusha) ; SBH, hôpital de référence de St. Benedict Referral Hospital (Mtwara) ; MRH, Mwanza Regional Hospital (Mwanza) ;
HLH, Haydom Lutheran Hospital (Manyara) ; MDH, Meru District Hospital (Arusha) ; DRH, Dodoma Regional Hospital (Dodoma) ; IST, International
School of Tanganyika Clinic* (Dar es Salaam) ; n, nombre d'échantillons testés ; RSV, virus respiratoire syncytial ; hMPV, human metapneumovirus ; PIV,
virus parainfluenza (1, 2 et 3). *L'IST n'a recueilli que des données sur les SG.
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est possible, efficace et pratique. Dans notre étude, l'utilisation d'un panel plus large d'agents
pathogènes respiratoires a permis d'augmenter le nombre d'échantillons avec un agent
pathogène identifié à 61,8 % en utilisant les tests CDC singleplex et à 91,5 % en utilisant le kit
FTD-33.
Nos données indiquent que les NIRV sont une cause majeure d'infections respiratoires en
Tanzanie, avec au moins un virus détecté dans 62% des cas. Les virus les plus souvent
identifiés sont le VRS, le RV et l'AdV, et ils sont plus fréquents dans les groupes d'âge les plus
jeunes (en particulier <1 an). La prédominance de ces virus dans l'étiologie des SG/SARI est
une constatation commune à toutes les études réalisées en Afrique et dans le monde entier
[15, 19, 20]. En outre, notre étude montre que les probabilités d'hospitalisation (SARI vs. SG)
varient en fonction de l'âge, du sexe, du lieu et de l'année, les hospitalisations étant plus
fréquentes chez les jeunes enfants (1-<5 ans) et les maladies ambulatoires se produisant plus
souvent dans les groupes d'âge plus élevés (>15 ans). La compréhension de la répartition par
âge des infections virales respiratoires et du comportement de recherche de soins en cas de
maladie grave en fonction de l'âge peut aider à orienter les mesures préventives ciblées.
Les virus respiratoires sont présents en Tanzanie tout au long de l'année ; cependant, en
utilisant le nombre de spécimens testés comme marqueur des infections respiratoires, le plus
grand nombre de cas de SG/SARI a été rapporté de décembre à avril, tombant entre les deux
saisons des pluies qui ont lieu en Tanzanie d'octobre à décembre et de mars à mai. Des études
antérieures ont suggéré que les pluies pouvaient augmenter l'exposition à la promiscuité,
entraînant ainsi une augmentation du risque et de l'incidence des infections respiratoires [21].
Les virus de la grippe A et B et les PIV

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Tableau 3. Tests élargis de dépistage des agents pathogènes respiratoires bactériens et viraux effectués sur un sous-ensemble d'échantillons de patients à l'aide du kit
multiplex FTD-33 - Tanzanie, 2018-2019a .
Variable Détection des agents pathogènes
n (%)
Total Aucun Unique Multiple
(N = 255) (n = 24) Virusb Bactériec Virald Bactériese Mixtef
(n = 21) (n = 36) (n = 2) (n = 37) (n = 135)
Classification
ILI 99 (38.8) 11 (45.8) 10 (47.6) 13 (36.1) 0 (0) 9 (24.3) 56 (41.5)
SARI 156 (61.2) 13 (54.2) 11 (52.4) 23 (63.9) 2 (100.0) 28 (75.7) 79 (58.5)
Groupe d'âge (années)
<1 78 (30.6) 2 (8.3) 7 (33.3) 10 (27.8) 0 (0) 12 (32.4) 47 (34.8)
1 -<5 101 (39.6) 9 (37.5) 6 (28.6) 14 (38.9) 1 (50.0) 14 (37.8) 57 (42.2)
5 -<18 20 (7.8) 4 (16.7) 2 (9.5) 3 (8.3) 0 (0) 4 (10.8) 7 (5.2)
18 -<65 51 (20.0) 8 (33.3) 3 (14.3) 9 (25.0) 1 (50.0) 7 (18.9) 23 (17.0)
�65 5 (2.0) 1 (4.2) 3 (14.3) 0 (0.0) 0 (0) 0 (0) 1 (0.7)

Abréviations : N/n, nombre d'échantillons testés ; FTD-33, kit multiplex de Fast-Track Diagnostics ; ILI, syndrome grippal ; SARI, infection respiratoire aiguë sévère.
a Aucun spécimen n'a été testé à l'aide du kit FTD-33 en 2017.

b Les pathogènes viraux uniques les plus fréquemment identifiés étaient le virus respiratoire syncytial (n = 12), le rhinovirus (n = 4) et le métapneumovirus humain (n = 2).
c Les pathogènes bactériens uniques les plus fréquemment identifiés étaient Klebsiella pneumoniae (n = 14), Bordetella pertussis (n = 8) et Streptococcus pneumoniae (n =
5).
d Les co-détections virales identifiées étaient l'adénovirus et le rhinovirus (n = 1) et le rhinovirus et le virus de la grippe C (n = 1).

e Les bactéries les plus identifiées dans les codétections bactériennes étaient S. pneumoniae (n = 22), Moraxella catarrhalis (n = 20) et K. pneumoniae (n = 15).
f Les virus les plus identifiés dans les codétections mixtes virales/bactériennes étaient le virus respiratoire syncytial (n = 56), le rhinovirus (n = 40) et l'adénovirus (n = 34).
Les bactéries les plus identifiées dans les codétections mixtes virales/bactériennes étaient K. pneumoniae (n = 70) ; S. pneumoniae (n = 62) ; et M. catarrhalis (n = 59).

https://doi.org/10.1371/journal.pgph.0000906.t003

Tableau 4. Odds d'hospitalisation (infection respiratoire aiguë sévère vs. syndrome grippal), par pathogène respiratoire viral, parmi les cas enrôlés avec un seul
pathogène viral détectéa , Tanzanie 2017-2019.
Pathogène Total ILI SARI Risque d'hospitalisationb Cotes d'hospitalisation, ajustéesc
(n = 2310) (n = 782) (n = 1528) OR (95% CI) aOR (95% CI)
N n (%) n (%)
RSV 409 122 (29.8) 287 (70.2) 1.14 (0.89-1.46) 0.93 (0.70-1.24)
Rhinovirus 388 140 (36.1) 248 (63.9) 0.86 (0.67-1.10) 0.69 (0.52-0.91)
Adénovirus 163 51 (31.3) 112 (68.7) 1.06 (0.74-1.51) 0.78 (0.52-1.16)
Virus de la grippe A 86 38 (44.2) 48 (55.8) 0.61 (0.39-0.95) 0.98 (0.58-1.68)
hMPV 69 21 (30.4) 48 (69.6) 1.10 (0.65-1.87) 1.06 (0.59-1.90)
PIV3 66 31 (47.0) 35 (53.0) 0.55 (0.33-0.90) 0.52 (0.29-0.92)
Virus de la grippe B 48 27 (56.3) 21 (43.8) 0.38 (0.21-0.67) 0.84 (0.43-1.66)
PIV1 26 7 (26.9) 19 (73.1) 1.31 (0.55-3.15) 1.70 (0.58-4.96)
PIV2 11 5 (45.5) 6 (54.6) 0.58 (0.18-1.91) 0.65 (0.19-2.29)
Aucun virus identifiéd 1044 340 (32.6) 704 (67.4) Réf. Réf.

Abréviations : N/n, nombre de cas inscrits ; OR, odds ratio ; aOR, odds ratio ajusté ; CI, intervalle de confiance ; RSV, virus respiratoire syncytial ; hMPV,
métapneumovirus humain ; PIV, virus parainfluenza (1, 2 et 3) ; Ref., groupe de référence.
a Les patients chez qui plusieurs virus ont été détectés (n = 420) n'ont pas été inclus dans cette analyse.
b Probabilités de SARI par rapport à ILI, en tant que résultat binaire.
c Ajusté pour l'âge, le sexe et le site hospitalier.
d Parmi les neuf virus inclus dans les tests de diagnostic du CDC et du FTD-33, d'autres pathogènes viraux ont été testés à l'aide du kit FTD-33 sur un sous-ensemble
d'échantillons et n'ont pas été inclus dans cette analyse.

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Fig 3. Nombre d'échantillons testés pour les pathogènes respiratoires viraux par mois, Tanzanie 2017-2019.
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Fig 4. Pourcentage mensuel moyen de positivité des agents pathogènes respiratoires viraux, Tanzanie 2017-2019. Pourcentage de positivité par mois pour
le virus respiratoire syncytial (A), le rhinovirus (B), l'adénovirus (C), le métapneumovirus humain (hMPV) (D), les virus de la grippe A et B (E) et les virus
parainfluenza (PIV1, PIV2 et PIV3) (F).
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ont montré des signes de saisonnalité avec des pics s'alignant sur les saisons des pluies
décrites ; ce modèle de pic bimodal pour la grippe a déjà été décrit en Tanzanie de 2011 à
2016 [22]. En revanche, sur le site , six années de données de surveillance du virus de la grippe
au Kenya, pays limitrophe de la Tanzanie au nord, n'ont pas permis de mettre en évidence
une saisonnalité distincte de l'activité grippale la plupart des années [11] ; des données et des
analyses supplémentaires sont nécessaires pour comprendre la saisonnalité de la grippe en
Afrique de l'Est [23].
Le VRS a également montré des signes de saisonnalité avec une incidence plus élevée au cours
de la première moitié de l'année, à l'instar des résultats obtenus dans d'autres pays
équatoriaux où la circulation virale est plus importante au cours de la saison des pluies [24].
Le profil du VMPh était similaire, conforme aux tendances mondiales indiquant que le
VMPh coïncide souvent avec ou suit le pic d'activité du VRS [25] et s'alignant également sur
la distribution précédemment décrite pour le VMPh dans la région côtière du Kenya [26]. Le
rhinovirus et l'adénovirus, en revanche, n'ont pas montré de saisonnalité significative, ce qui
est conforme à la littérature existante [27, 28]. En fin de compte, les facteurs contribuant à la
saisonnalité des maladies infectieuses font l'objet d'une controverse considérable et une
explication cohérente reste difficile à trouver
[29] ; la poursuite de la surveillance en Tanzanie pourrait fournir des informations
supplémentaires spécifiques à ce pays. Comprendre la saisonnalité des virus respiratoires peut
permettre aux autorités de santé publique de concentrer plus efficacement leurs ressources
limitées sur la prévention et le contrôle de la maladie à des moments optimaux de l'année
[30].
Cette étude comportait plusieurs limites. Il s'agit d'une analyse rétrospective et nous avons
rencontré des données incomplètes dans tous les sites. Les données sur les symptômes
n'étaient disponibles que pour les deux premières années et moins de 40 % de tous les cas de
2017 à 2019 ont fourni des données complètes sur les symptômes, ce qui rend difficile
l'analyse des symptômes en fonction de l'âge ou de l'étiologie. L'analyse de la saisonnalité a été
limitée par la courte période de collecte des données (3 ans) et les échantillons n'ont pas été
soumis uniformément tout au long de l'année, avec plus de cas pendant la période décembre-
avril. En outre, les caractéristiques des patients se présentant aux sites sentinelles
(principalement des hôpitaux régionaux et de district) peuvent ne pas être représentatives de
tous les patients atteints de SG/SARI en Tanzanie et ne pas être généralisables à d'autres
contextes. En particulier, les jeunes enfants représentaient un grand nombre de patients
atteints de SG/SARI (les enfants de moins d'un an représentaient 18,2 % des patients atteints
de SG et 39,3 % des patients atteints de SARI ; les enfants de 1 à 5 ans représentaient 27,2 %
des patients atteints de SG et 40,4 % des patients atteints de SARI), ce qui peut s'expliquer par
le fait que les personnes en charge des jeunes enfants cherchent davantage à se faire soigner.
La surreprésentation de ces groupes d'âge pourrait avoir faussé les résultats concernant les
étiologies détectées et le risque d'hospitalisation. Enfin, les maladies graves peuvent être
surreprésentées parmi les patients qui cherchent à se faire soigner, et les étiologies des
SG/SARI peuvent différer des étiologies des maladies respiratoires plus légères et afébrile qui
n'ont pas été détectées par la surveillance sentinelle.
Un système de surveillance solide peut être utilisé pour contrôler les agents pathogènes
inhabituels, un point qui n'a été que trop clair avec l'émergence et la propagation mondiale de
l'agent pathogène respiratoire hautement infectieux qu'est le coronavirus du syndrome
respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2). Il n'est pas facile d'extrapoler les données d'autres
pays, car les estimations spécifiques peuvent être influencées par la population étudiée, la
zone de recrutement, les définitions de cas et les critères d'inclusion, les agents pathogènes
ciblés et les techniques de laboratoire utilisées pour identifier les agents pathogènes. En
réponse à la pandémie de COVID-19, la surveillance de la grippe en Tanzanie prévoit
d'étendre les tests du panel NIRV au SARS-CoV-2. Il est essentiel d'optimiser l'utilisation des

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ressources et des investissements en personnel pour diagnostiquer et surveiller les agents
pathogènes émergents et à forte charge de morbidité. Les enseignements tirés de l'extension
2017-2019 sont que des méthodes de validation des données doivent être établies et qu'un
engagement fort de la part du personnel administratif et clinique participant aux activités de
surveillance est nécessaire pour garantir que toutes les informations pertinentes sont
collectées de manière précise et complète dans chaque site sentinelle. Si les données de
surveillance ne sont pas examinées et analysées régulièrement, elles ne peuvent pas être
transmises aux décideurs ou communiquées à ceux qui les fournissent ou à d'autres parties
intéressées.
En résumé, l'extension d'une plateforme existante sur la grippe en Tanzanie à d'autres agents
pathogènes respiratoires a permis d'obtenir des informations précieuses sur l'étiologie,
l'incidence, la gravité et l'impact de la grippe.

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les schémas géographiques/temporels des maladies respiratoires. De telles stratégies de

surveillance des maladies respiratoires peuvent être utilisées pour informer les interventions
fondées sur des données probantes afin de prévenir et de contrôler les maladies liées à toute
une série d'agents pathogènes respiratoires, y compris les coïnfections avec plusieurs agents
pathogènes respiratoires. Le renforcement et l'adaptation des systèmes de surveillance face aux
nouveaux agents pathogènes respiratoires restent une priorité de santé mondiale ; les autorités
de santé publique et les décideurs politiques devraient continuer à évaluer et à adapter les
programmes afin de fournir des données permettant d'agir.

Informations complémentaires
Texte S1. Autorisation de publier le contenu sous licence CC-BY pour MapChart.
(PDF)
Texte S2. Liste de contrôle de l'inclusivité dans la recherche mondiale.
(DOCX)
Tableau S1. Comparaison des caractéristiques des patients et de l'identification des agents
pathogènes pour les échantillons testés à l'aide des tests CDC singleplex et du kit multiplex
Fast-Track Diagnostic-Tanzanie, 2018-2019.
(DOCX)
Tableau S2. Co-détections virales parmi les cas de SG/SARI - Tanzanie, 2017-2019.
(DOCX)
Tableau S3. Agents pathogènes respiratoires viraux identifiés, par groupe d'âge et
classification des cas, parmi les cas de SG/SARI avec un seul agent pathogène détecté-
Tanzanie, 2017-2019. (DOCX)

Remerciements
Nous remercions Holly Biggs pour son expertise et son assistance technique dans la mise en
place de ce programme de surveillance.
Clause de non-responsabilité : les constatations et les conclusions de ce rapport sont
celles de l'auteur ou des auteurs et ne représentent pas nécessairement la position officielle des
Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis.

Contributions des auteurs

Conceptualisation : Maria Ezekiely Kelly, S. Arunmozhi Balajee, Wangeci Gatei.
Curation des données : Radhika Gharpure, Sabrina Shivji.
Analyse formelle : Radhika Gharpure, Sabrina Shivji, Toni Whistler.
Acquisition de fonds : Maria Ezekiely Kelly, S. Arunmozhi Balajee, Wangeci Gatei.
Enquête : Maria Ezekiely Kelly, Miriam Matonya, Solomon Moshi, Ambele Mwafulango,
Vumilia Mwalongo, Janneth Mghamba, Azma Simba.
Méthodologie : Maria Ezekiely Kelly, Radhika Gharpure.
Administration du projet : Marcelina Mponela, Grace Saguti.
Supervision : Wangeci Gatei, Nyambura Moremi, Vida Mmbaga.
Visualisation : Radhika Gharpure, Sabrina Shivji, Toni Whistler.
Rédaction - version originale : Radhika Gharpure, Sabrina Shivji, Toni Whistler.

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Tanzanie

Rédaction - révision et édition : Maria Ezekiely Kelly, Radhika Gharpure, Sabrina Shivji,
Wangeci Gatei, Toni Whistler, Nyambura Moremi.

Références
1. Mmbaga VM, Mwasekaga MJ, Mmbuji P, Matonya M, Mwafulango A, Moshi S, et al. Results from
the first 30 months of national sentinel surveillance for influenza in Tanzania, 2008-2010. J Infect
Dis. 2012 ; 206 Suppl 1:S80-6. https://doi.org/10.1093/infdis/jis540 PMID : 23169977
2. Kishamawe C, Rumisha SF, Mremi IR, Bwana VM, Chiduo MG, Massawe IS, et al. Tendances,
modèles et causes de la mortalité due aux maladies respiratoires chez les patients hospitalisés en
Tanzanie, 2006-2015. Trop Med Int Health. 2019 ; 24(1):91-100.
https://doi.org/10.1111/tmi.13165 PMID : 30303586
3. Radin JM, Katz MA, Tempia S, Talla Nzussouo N, Davis R, Duque J, et al. Influenza surveillance in
15 countries in Africa, 2006-2010. J Infect Dis. 2012 ; 206 Suppl 1:S14-21.
https://doi.org/10.1093/infdis/ jis606 PMID : 23169960
4. Tadesse M, Mengesha M, Tayachew A, Belay D, Hassen A, Woyessa AB, et al. Burden and
seasonality of medically attended influenza like illness (ILI) in Ethiopia, 2012 to 2017. BMC Infect
Dis. 2020 ; 20
(1):148. https://doi.org/10.1186/s12879-020-4827-0 PMID : 32070275
5. Yazidi R, Aissi W, Bouguerra H, Nouira M, Kharroubi G, Maazaoui L, et al. Evaluation du système de
surveillance des syndromes grippaux en Tunisie, 2012-2015. BMC Public Health. 2019 ; 19(1):694.
https://doi. org/10.1186/s12889-019-7035-3 PMID : 31170955
6. Babakazo P, Kabamba-Tshilobo J, Wemakoy EO, Lubula L, Manya LK, Ilunga BK, et al. Évaluation
du système de surveillance sentinelle de la grippe en République démocratique du Congo, 2012-2015.
BMC Pub- lic Health. 2019 ; 19(1):1652. https://doi.org/10.1186/s12889-019-8008-2 PMID :
31823763
7. Sanou AM, Wandaogo SCM, Poda A, Tamini L, Kyere AE, Sagna T, et al. Epidémiologie et
caractérisation moléculaire des virus de la grippe au Burkina Faso, Afrique sub-saharienne.
Influenza Other Respir Viruses. 2018 ; 12(4):490-6. https://doi.org/10.1111/irv.12539 PMID :
29350841
8. Organisation mondiale de la santé. Normes mondiales de surveillance épidémiologique de la grippe
2013 [Disponible à l'adresse : https://www.who.int/publications/i/item/9789241506601].
9. Maïnassara HB, Lagare A, Tempia S, Sidiki A, Issaka B, Abdou Sidikou B, et al. Influenza Sentinel
Sur- veillance among Patients with Influenza-Like-Illness and Severe Acute Respiratory Illness
within the Framework of the National Reference Laboratory, Niger, 2009-2013. PLoS One. 2015 ;
10(7) : e0133178. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0133178 PMID : 26230666
10. Lutwama JJ, Bakamutumaho B, Kayiwa JT, Chiiza R, Namagambo B, Katz MA, et al. Clinic- and
hospi- tal-based sentinel influenza surveillance, Uganda 2007-2010. J Infect Dis. 2012 ; 206 Suppl
1:S87-93. https://doi.org/10.1093/infdis/jis578 PMID : 23169978
11. Katz MA, Muthoka P, Emukule GO, Kalani R, Njuguna H, Waiboci LW, et al. Results from the first
six years of national sentinel surveillance for influenza in Kenya, July 2007-June 2013. PLoS One.
2014 ; 9 (6):e98615. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098615 PMID : 24955962
12. Dalhatu IT, Medina-Marino A, Olsen SJ, Hwang I, Gubio AB, Ekanem EE, et al. Influenza viruses in
Nigeria, 2009-2010 : results from the first 17 months of a national influenza sentinel surveillance
system. J Infect Dis. 2012 ; 206 Suppl 1:S121-8. https://doi.org/10.1093/infdis/jis584 PMID :
23169957
13. Tang JW, Lam TT, Zaraket H, Lipkin WI, Drews SJ, Hatchette TF, et al. Global epidemiology of
non-grienza RNA respiratory viruses : data gaps and a growing need for surveillance. Lancet Infect
Dis. 2017 ; 17(10):e320-e6. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(17)30238-4 PMID : 28457597
14. Chittaganpitch M, Waicharoen S, Yingyong T, Praphasiri P, Sangkitporn S, Olsen SJ, et al. Viral
etiolo- gies of influenza-like illness and severe acute respiratory infections in Thailand. Influenza Other
Respir Viruses. 2018 ; 12(4):482-9. https://doi.org/10.1111/irv.12554 PMID : 29518269
15. Alroy KA, Do TT, Tran PD, Dang TQ, Vu LN, Le NTH, et al. Expanding severe acute respiratory
infection (SARI) surveillance beyond influenza : The process and data from 1 year of implementation in
Vietnam. Influenza Other Respir Viruses. 2018 ; 12(5):632-42.
16. Timmermans A, Melendrez MC, Se Y, Chuang I, Samon N, Uthaimongkol N, et al. Human Sentinel
Sur- veillance of Influenza and Other Respiratory Viral Pathogens in Border Areas of Western
Cambodia. PLoS One. 2016 ; 11(3):e0152529. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0152529 PMID :
27028323
17. Grunberg M, Sno R, Adhin MR. Épidémiologie des virus respiratoires chez les patients atteints
d'infections respiratoires aiguës sévères et de syndromes grippaux au Suriname. Influenza Other
Respir Viruses. 2021 ; 15(1):72-
PLOS Global Public Health | 21 / 23
h t t p s : / / d o i . o r g / 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g p h . 0 0 0 0 9 0 6 9 février 2023
PLOS GLOBAL PUBLIC HEALTH Étiologies des SG/SARI en
Tanzanie
80. https://doi.org/10.1111/irv.12791 PMID : 32881286
18. Hatem A, Mohamed S, Abu Elhassan UE, Ismael EAM, Rizk MS, El-Kholy A, et al. Clinical
characteris- tics and outcomes of patients with severe acute respiratory infections (SARI) : results
from the Egyptian acute respiratory infections (SARI) : results from the Egyptian acute respiratory
infections (SARI) : results from the Egyptian acute respiratory infections (SARI) : results from the
Egyptian acute respiratory infections (SARI).

PLOS Global Public Health | 22 / 23

h t t p s : / / d o i . o r g / 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g p h . 0 0 0 0 9 0 6 9 février 2023
PLOS GLOBAL PUBLIC HEALTH Étiologies des SG/SARI en
Tanzanie

étude de surveillance 2010-2014. Multidiscip Respir Med. 2019 ; 14:11. https://doi.org/10.1186/s40248-

019-0174-7 PMID : 30976418
19. Kadjo HA, Ekaza E, Coulibaly D, Kouassi DP, Nzussouo NT, Kouakou B, et al. Surveillance sentinelle
de la grippe et des autres virus respiratoires en Coˆte d'Ivoire, 2003-2010. Influenza Other Respir
Viruses. 2013 ; 7(3):296-303.
20. Ahmed JA, Katz MA, Auko E, Njenga MK, Weinberg M, Kapella BK, et al. Epidémiologie des
infections virales respiratoires dans deux camps de réfugiés de longue durée au Kenya, 2007-
2010. BMC Infect Dis. 2012 ; 12:7. https://doi.org/10.1186/1471-2334-12-7 PMID : 22251705
21. Murray EL, Klein M, Brondi L, McGowan JE Jr, van Mels C, Brooks WA, et al. Rainfall, household
crowding, and acute respiratory infections in the tropics. Epidemiol Infect. 2012 ; 140(1):78-86.
https:// doi.org/10.1017/S0950268811000252 PMID : 21371367
22. Newman LP, Bhat N, Fleming JA, Neuzil KM. La saisonnalité de la grippe dans le monde pour
informer les programmes de vaccination au niveau national : Une analyse des données de
surveillance de la grippe du réseau FluNet de l'OMS entre 2011 et 2016. PLoS One. 2018 ;
13(2):e0193263. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0193263 PMID : 29466459
23. Hirve S, Newman LP, Paget J, Azziz-Baumgartner E, Fitzner J, Bhat N, et al. Influenza Seasonality
in the Tropics and Subtropics-When to Vaccinate ? PLoS One. 2016 ; 11(4):e0153003.
https://doi.org/10. 1371/journal.pone.0153003 PMID : 27119988
24. Obando-Pacheco P, Justicia-Grande AJ, Rivero-Calle I, Rodr'ıguez-Tenreiro C, Sly P, Ramilo O, et al.
Respiratory Syncytial Virus Seasonality : A Global Overview. J Infect Dis. 2018 ; 217(9):1356-64.
https:// doi.org/10.1093/infdis/jiy056 PMID : 29390105
25. Kahn JS. Epidémiologie du métapneumovirus humain. Clin Microbiol Rev. 2006 ; 19(3):546-57.
https:// doi.org/10.1128/CMR.00014-06 PMID : 16847085
26. Owor BE, Masankwa GN, Mwango LC, Njeru RW, Agoti CN, Nokes DJ. Human metapneumovirus
epi- demiological and evolutionary patterns in Coastal Kenya, 2007-11. BMC Infect Dis. 2016 ;
16:301. https://doi.org/10.1186/s12879-016-1605-0 PMID : 27316548
27. Horton KC, Dueger EL, Kandeel A, Abdallat M, El-Kholy A, Al-Awaidy S, et al. Viral etiology,
seasonality and severity of hospitalized patients with severe acute respiratory infections in the
Eastern Mediterra- nean Region, 2007-2014. PLoS One. 2017 ; 12(7):e0180954.
https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0180954 PMID : 28704440
28. Audi A, AlIbrahim M, Kaddoura M, Hijazi G, Yassine HM, Zaraket H. Saisonnalité des infections
virales respiratoires : Le COVID-19 suivra-t-il ? Front Public Health. 2020 ; 8:567184.
https://doi.org/10.3389/ fpubh.2020.567184 PMID : 33042956
29. Dowell SF. La saisonnalité - toujours confuse. Epidemiol Infect. 2012 ; 140(1):87-90.
https://doi.org/10.1017/ S0950268811001695 PMID : 21906417
30. Azziz Baumgartner E, Dao CN, Nasreen S, Bhuiyan MU, Mah EMS, Al Mamun A, et al.
Seasonality, timing, and climate drivers of influenza activity worldwide. J Infect Dis. 2012 ; 206(6):838-
46. https://doi. org/10.1093/infdis/jis467 PMID : 22829641

PLOS Global Public Health | 23 / 23

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