Examen Cytobacteriologique Des Urines IPA

Institut Pasteur dAlgrie
Techniques Microbiologiques

Examen Cytobactriologique des Urines
(E.C.B.U)

F. Djennane
D. Mohammedi
D. Tiouit
D. Touati
K. Rahal

Edition 2009

IPA Techniques Microbiologiques Examen Cytobactriologique des Urines Ed. 2009

2

Dja parus dans la collection : Institut Pasteur dAlgrie
Techniques Microbiologiques:

- M.N Ouar-Korichi-H.Senouci-K.Rahal
Diagnostic bactriologique et srologique de la brucellose.
ANDS 1998, 1
ere
dition, 33pages
- R.Bellouni-H.tali-Maamar-K.Rahal
Etude cytobactriologique et biochimique du liquide
cphalorachidien.
ANDS 2000. 52pages
- A.Benslimani-K.Rahal.
Prlvements gnitaux.
ANDS 2001. 128 pages.
- A.S Merad-H.Tali-Maamar-K.Rahal
Diagnostic bactriologique et antibiothrapie des infections
oculaires .
ANDS 2003 . 40 pages.
- M.N Ouar-Korichi-H.Senouci-K.Rahal
Diagnostic bactriologique et srologique de la brucellose
humaine.
ANDS 2005 2eme dition. 58 pages
- N.Ramdani-Bouguessa-K.Rahal
Diagnostic bactriologique des infections respiratoires
ANDS 2006 . 48 pages.
- M.Azouaou.M.Lazri.S.Mahrane.H.Senouci
Diagnostic de la diphtrie
ANDS 2007 . 94 Pages


3
SOMMAIRE
CHAPITRE I................................................................................................................ 4
INTRODUCTION .......................................................................................................... 5
GENERALITES............................................................................................................. 6
RAPPEL ANATOMOPHYSIOLOGIQUE.................................................................................. 7
Rappel anatomique............................................................................................... 7
Portes d'entres..................................................................................................10
Facteurs favorisants linfection urinaires ....................................................................11
Moyens de dfense de lhte ..................................................................................12
RAPPEL CLINIQUE ..................................................................................................... 14
Cystite.............................................................................................................14
Pylonphrite ....................................................................................................14
Prostatite .........................................................................................................14
LE PRELEVEMENT...................................................................................................... 16
Indications de lE.C.B.U ........................................................................................16
Les conditions du prlvement ................................................................................17
Le matriel....................................................................................................17
Moment du prlvement ....................................................................................18
Toilette ........................................................................................................18
Recueil des urines ...........................................................................................18
Prlvement durine pour des recherches spcifiques.................................................23
Transport ......................................................................................................24
Conservation ..................................................................................................24
CHAPITRE II ............................................................................................................. 25
Examen cytobactriologique des urines...........................................................................26
Examen macroscopique...............................................................................................26
Dtermination du PH urinaire ...................................................................................... 26
Examen microscopique .............................................................................................. 27
Examen ltat frais............................................................................................27
Examen direct aprs coloration ...............................................................................33
Culture .................................................................................................................. 35
Techniques densemencement ................................................................................35
1- Mthode de rfrence : Mthode de KASS Modifie.................................................35
2- Mthode lanse calibre...............................................................................36
3- Lames immerges.........................................................................................37
4- Tests rapides ..............................................................................................38
5- Techniques base de milieux chromogniques ......................................................40
Choix des milieux de culture...................................................................................44
1- Milieux pour numration bactrienne .................................................................44
2- Milieux disolement......................................................................................44
Incubation.........................................................................................................45
Aspect des colonies..............................................................................................45
Identification biochimique des colonies......................................................................48
1- Caractres biochimiques dorientation rapide .......................................................48
2- Identification classique ..................................................................................49
3- Identification rapide (API system)......................................................................50
4- Identification des colonies sur milieux chromognes ...............................................51
5- Identification antignique...............................................................................52
6- Antibiogramme ...........................................................................................52

Chapitre III.............................................................................................................. 53
Interprtation de lECBU ............................................................................................ 54
Interprtation selon la bactriurie et la leucocyturie......................................................... 55
Interprtation selon les germes ................................................................................... 60
Interprtation chez le transplant rnal ......................................................................... 62
Chapitre VI ............................................................................................................. 63
Epidmiologie.......................................................................................................... 64
Annexe .................................................................................................................. 70
Rfrences bibliographiques....................................................................................... 74

CHAPITRE I


Chapitre I : Gnralits 5
INTRODUCTION

Linfection urinaire est une pathologie frquente, cest ainsi quelle constitue
le principal motif dexploration microbiologique (lexamen
cytobactriologique des urines reprsente plus de la moiti des examens
bactriologiques), de mme quelle est la 2
me
pathologie infectieuse
rencontre en pratique extra hospitalire et ncessite un traitement
antibiotique, do des consquences sur le cot des soins et le dveloppement
des rsistances.
Si lECBU permet un diagnostic formel de toute infection, sa qualit est
conditionne par un bon prlvement, une technique rigoureuse au
laboratoire et lutilisation de critres dinterprtation reconnus.
La prise en charge correcte dune infection urinaire ncessite la prise en
compte de 4 lments dcisionnels :
Clinique : - Sexe du patient
- Linfection : siges, symptmes, tiologie, volution,
complexit
Bactriologique : Bactrie :
- Espce
- Sensibilit aux antibiotiques
Epidmiologique : Connatre les rsistances bactriennes locales,
rgionales ou nationales.
Pharmacologique : Antibiotiques
- Diffusion
- Demivie
Le diagnostic de la tuberculose sera seulement voqu pour les raisons
suivantes :
- Symptomatologie et circonstances de dcouverte souvent diffrents
- Mthodes de diagnostic bactriologique diffrentes
- Germe particulier (mycobactries)
- Atteinte souvent mixte (appareil gnital et urinaire)
- Traitements diffrents.


GENERALITES

Les infections des voies urinaires sont dfinies par la prsence dun nombre
significatif de bactries qui se dveloppent au niveau des voies excrtrices
urinaires hautes ou basses.
Il existe trois types dinfections urinaires selon lorgane de lappareil urinaire
quelle touchent :
La cystite ou linfection de la paroi vsicale avec pullulation
bactrienne dans les urines.
La pylonphrite ou infection du parenchyme rnal
La prostatite ou infection de la prostate

Une autre situation infectieuse urinaire est constitue par la bactriurie
asymptomatique ou la colonisation, ainsi dnomme en labsence de signes
cliniques urinaires dorientation, elle correspond lune des 3 infections
prcdentes.
Linfection est dite simple en labsence danomalies urologiques
dcelables ou jouant lvidence un rle dans sa survenue et / ou sa
prsentation.
Elle est dite complique ( ne pas confondre avec une infection urinaire
grave ou svre) lorsquune anomalie urologique haute ou basse entrane une
stase urinaire ou lorsquun corps tranger tel un calcul mme minime
constitue un gte bactrien.
Les infections urinaires peuvent tre compliques galement par une maladie
gnrale : insuffisance rnale, maladie de systme notamment diabte ou
maladie immunosuppressive (cancer, SIDA), ou traitement immunosuppressif
au long cours.
Sont aussi considres comme compliques la pylonphrite aigu survenant
chez la femme enceinte et dune faon plus gnrale les pylonphrites
aigus de lhomme.


RAPPEL ANATOMOPHYSIOLOGIQUE

Rappel anatomique
- Lappareil urinaire stend des reins au mat urtral
- Au niveau du rein, des papilles calicielles sopposent au reflux intra rnal
- Des mouvements pristaltiques urtraux favorisent lcoulement de
lurine du rein vers la vessie
- Un systme anti reflux au niveau de la jonction urtro-vsicale vite le
reflux des urines vers le rein lors de la miction
- La vessie svacue par lurtre.
- Un double sphincter existe au niveau de la jonction urtro-vsicale et
assure la continence :
sphincter lisse : commande rflexe
sphincter stri : commande volontaire

Schema de larbre urinaire

SCHMA DE LAPPAREIL URINAIRE
(coupe frontale)



Schma de lappareil uro-gnital fminin
(Coupe sagittale)


Schma de lappareil uro-gnital masculin
( coupe sagittale )



Portes dentres
Tout larbre urinaire est physiologiquement strile, lexception des derniers
milimtres de lurtre et ceci, bien que lurine soit pour de nombreux germes
un bon milieu de culture, linfection peut se faire par plusieurs voies.
1- Colonisation par voie ascendante :
Elle est la plus frquente, les germes dorigine intestinale ou prinale
cheminent le long de lurtre jusqu la vessie.
La contamination est spontane ou provoque.
Spontane :
- Normalement, lurine et larbre urinaire sont striles sauf les
derniers millimtres de lurtre
- La bactrie migre au niveau du prine puis le mat urinaire,
remonte le long de lurtre et colonise la vessie : signes de
cystite
- Linfection peut se propager vers luretre, le rein
(pylonphrite), la prostate (prostatite).
Provoque (infection iatrogne)
- Le germe est apport de lurtre vers la vessie par des
manuvres instrumentales :cystoscopie, cathtrisme vsical et
sonde vsicale.
2- Colonisation par voie hmatogne
- Plus rare que la voie ascendante
- Contexte de sepsis gnralis
- Contamination du rein donnant une pyelonphrite ou plus
rarement un abcs du rein
- Est plus frquente chez le nouveau n
3 Autre voie (Exceptionnellement) :
- Urines infectes par effraction de larbre urinaire : traumatisme,
tumeurs, fistules .


Facteurs favorisants linfection urinaire
1- Facteurs lis la bactrie elle mme :
a. facteurs dadhsion (fimbriae) et autres facteurs non spcifiques, non
lis aux fimbriae :
Pour chapper aux mcanismes de dfense de lhte, les bactries
uropathognes dveloppent de nombreux mcanismes pour adhrer et
envahir les tissus.
Escherichia coli
- Produit des facteurs modulant sa virulence dans le tractus urinaire
(rsistance la phagocytose et laction du complment) :

** Adhsine
- Sont des sites de glycoreconnaissance essentiellement
fimbriale mais aussi la surface de la bactrie
- On distingue : - Adhsine type 1 mannose sensible.
- Adhsine type 2 mannose rsistante.
** Toxines
- Toxine cytotoxique ncrosante
- Hmolysine alpha :
Cytotoxique pour les cellules rnales pithliales
Permet aux bactries de sencapsuler et dchapper la
raction inflammatoire
Libre le fer hminique et favorise sa biodisponibilit
** Antigne de surface
- AgO : portion externe du Lipopolysacharide de la membrane
externe de paroi.
- Agk : polysaccharide capsulaire.
Proteus mirabilis
- Le pouvoir dadhrence par son adhsine la Proteus mirabilis
fimbriae (PMF) est mdiocre ce qui exliquerait sa raret dans les
infections urinaires habituelles. Cependant, il possde une urase
qui entrane la production durine alcaline favorisant la production
de calculs.
- Flagelles : progression dans larbre urinaire
- Hmolysine et protase
- Urase : production dammoniac qui entrane une alcalinisation de
lurine.

Staphylococcus saprophyticus :
- Il adhre fortement lurothlium par des lsions relatives un
rsidu lactosamine. Son pouvoir pathogne est amplifi par la
production du slime.
Pseudomonas aeruginosa possde une capsule polysaccharidique
paisse qui le protge de la phagocytose et de la fixation par les
anticorps.
b. linoculum bactrien : quantit des bactries qui arrivent au niveau du
tractus urinaire

2- Facteurs lis lenvironnement :
Le principal facteur cest le pH
Le pH urinaire est acide, donc inhibe la croissance bactrienne.
Une variation du pH urinaire vers lalcanisation entrane une
multiplication bactrienne.

3- Facteurs lis lhte
a- Anomalies morphologiques de larbre urinaire
b- Limmunit humorale : (rle des IgA scrtoires dans la dfense vis--
vis des agressions bactriennes : leur diminution peut entrainer une
augmentation du taux dinfection du tractus urinaire).
c- Faible rponse immunitaire de lhte : grossesse, diabte, manuvre
instrumentale (sondage), jeune enfant
d- Hygine de vie : boissons en quantit insuffisante.

Moyens de dfense de lhte
Diurse importante (1,5l/j) : le flux durine dlivr par les reins dilue la
concentration durine
pH acide des urines (< 5,5)
Osmolarit faible (< 200 milliosmoles)
Concentration leve dure urinaire et autres acides organiques. Une
modification entrane soit une augmentation du PH et donc augmentation
des risques dinfections, soit linverse une diminution du PH
(acidification des urines) et donc diminution du risque dinfection.

Chez lhomme :
- Scrtions prostatiques acides
- Longueur de lurtre
Intgrit de la muqueuse vsicale avec une couche de
mucopolysaccharides acides. La proteine de Tamm-Horsfall (secrte par
le rein) inhibe les fimbriae et amliore la clarance bactrienne lors de la
miction.
Rle bactricide du mucus vsical
La prsence dIgA scrtoires empche ladhrence des bactries sur les
cellules pithliales.



RAPPEL CLINIQUE

Cystite
Cest linfection de la vessie, elle se manifeste par un ou plusieurs des signes
suivants :
- Dysurie habituellement associe une pollakiurie
- Un besoin imprieux de miction
- Des brlures mictionnelles
- Une douleur supra-pubienne
La cystite isole ne sassocie ni de la fivre ni des douleurs lombaires
Pylonphrite
Le syndrome infectieux signe latteinte parenchymateuse. La fivre peut
saccompagner de frissons vocateurs dune bactrimie.
Les douleurs lombaires et/ ou abdominales orientent vers une pylonphrite
aigu.
Ces lombalgies sont en rgle gnrale unilatrales irradiation descendante
vers le pubis et les organes gnitaux externes, elles peuvent saccompagner
de signes digestifs tels que nauses et vomissements. A lexamen les fosses
lombaires sont souvent emptes.
Prostatite
Prostatite aigu
Comme pour la pylonphrite aigue latteinte du parenchyme prostatique
saccompagne de fivre et de frissons.
La prostate est trs douloureuse, tendue associant un ou plusieurs signes
cliniques :
- Pollakiurie
- Rtention aigu durines
- Parfois tableau de septicmie


La prostatite chronique : Elle est souvent pauci symptomatique, on peut
trouver :
- Une douleur prinale
- Une dysurie
- Des brlures mictionnelles
- Des douleurs pelviennes
- Des douleurs scrotales
- Une jaculation douloureuse
- Une hmospermie
Elle est souvent lorigine dinfection urinaire ou bactrienne
asymptomatique rcidivante chez lhomme.

Abcs du rein
Cest une maladie rare et de pronostic grave sans traitement. Son diagnostic
est souponn sur la clinique, (tat gnral altr, fivre prolonge,
frisson, douleur lombaire unilatrale par la palpation) et la biologie
(hyperleucocytose, VS acclere, ECBU ngatif). Il est confirm par limagerie
(Echographie, UIV, angiographie du rein). Labcs du rein est conscutif une
bactrimie ou une pylonphrite non ou mal traite.


LE PRELEVEMENT

Le Prlvement durine est une tape essentielle dans le diagnostic dune
infection urinaire, sa bonne excution conditionne la qualit de lexamen
cytobactriologique des urines, son but est de rcuprer les urines vsicales
et dviter leur contamination par la flore de la rgion prinale.
Indications de lE.C.B.U
Situations cliniques qui conduisent demander un ECBU.
1- Syndrome douloureux
Douleurs lombaires, douleurs pelviennes, brlures mictionnelles (per, pr
ou post miction) sensibilit au toucher rectal de la prostate (prostatite).

2- Troubles fonctionnels de la miction
Pollakiurie, incontinence urinaire, rtention urinaire, nursie secondaire
chez lenfant.

3- Fivre inexplique : Elle reprsente dans ce cas un signe en faveur de la
pylonphrite et de la prostatite. Chez le nourrisson et lenfant la
temprature peut atteindre 39 - 40.

4- Aspect anormal des urines : Hmaturie et/ou trouble.

5- Cas particuliers du nouveau n et du nourrisson
Il nexiste aucun signe spcifique. Il faut savoir voquer le diagnostic et
faire un ECBU devant des signes parfois trompeurs :
- Fivre variable (parfois trs leve, pouvant entraner une convulsion
inaugurale, mais souvent modre ou totalement absente)
- Septicmie surtout avant lge de 02 mois
- Mauvaise prise de poids ou cassure de la courbe pondrale
- Ictre persistant.

6- Infection urinaire asymptomatique : En cas de dficience immunitaire :
- Diabte
- Grossesse
- Transplantation rnale.

7- LECB des urines peut galement tre ralis avant tout geste invasif
sur lappareil urognitale, quil soit but diagnostic (U.C.R, Cystoscopie,
rsection per endoscopique) ou thrapeutique (intervention chirurgicale).

Les conditions du prlvement :
Le prlvement doit tre effectu en respectant certaines conditions
indispensables pour assurer une bonne interprtation de lE.C.B.U
Le matriel
Le matriel pour la ralisation du prlvement doit tre strile : pour ceci on
utilise :
- Des pots striles usage unique ou
des tubes col large striles.
On peut avoir recours dautres
matriels en fonction de lge, de ltat
du malade ou de la technique utilise :
- Sachet collecteur pdiatrique
- Sonde, cathter ou tui pnien
- Aiguille monte sur une seringue
- Antiseptiques non irritants (dakin ou
chlorhexidine) ou savon neutre
(savon de Marseille)
- Compresses striles ou une serviette
propre
- Gants striles (sondage, ponction sus pubienne)



Moment du prlvement
Antiobiothrapie :
Le prlvement doit tre effectu sur les urines du matin. En cas durgence
on peut raliser le prlvement nimporte quel moment de la journe
condition que les urines aient sjourn au moins trois heures dans la vessie
savoir trois heures entre la dernire miction et le prlvement pour lanalyse.
La miction est un moyen de dfense mcanique de la vessie et permet
dliminer les bactries. Quand les mictions sont frquentes elles peuvent
aboutir un rsultat faussement ngatif.
Toilette
Aprs un lavage hyginique des mains, la toilette locale doit tre effectue en
ralisant une toilette de la rgion uro-gnitale avec un antiseptique doux
(dakin, chlorhexidine) ou un savon neutre (savon de Marseille) :
Chez la femme : La toilette est ralise au niveau de la rgion vulvaire
davant en arrire pour liminer les germes vulvo-
vaginaux et digestifs.
Chez lhomme : La toilette concerne le mat urinaire (verge, gland) et
aprs rtraction du prpuce (dcalotter le prpuce) pour
le garon non circoncis.
Aussi bien chez la femme que chez lhomme, on rince abondamment leau
claire, pour liminer lantiseptique qui peut entraver la culture des bactries,
et essuyer avec une compresse strile ou une serviette propre.
Le prlvement des urines doit tre effectu avant toute antibiothrapie. Une
fentre thrapeutique de 48h 72h est ralise si le malade est sous
traitement antibiotique.
Chez un enfant prsentant une malformation de larbre urinaire avec une
antibioprophylaxie, le prlvement est ralis malgr la
prsence de lantibiotique.
Pour un contrle, dune infection urinaire traite, le prlvement doit tre
ralise 48 h aprs larrt du traitement antibiotique.
Recueil des urines
Il existe plusieurs techniques de prlvement adaptes lge et ltat du
malade, mais toutes doivent tre soumises aux conditions dasepsie
rigoureuse.
- La technique du milieu du jet :
Cette technique est simple et ralise chez des malades autonomes et
cooprants adultes et enfants de plus de deux ans.
Elle est ralise chez lenfant de plus de 02 ans et chez ladulte (homme et
femme).


Elle consiste liminer le premier jet urinaire (20 ml) qui peut contenir
jusqu 10
4
UFC/ml de bactries provenant de la flore urtrale, le milieu du
jet qui correspond lurine vsicale est rcupr dans un pot strile qui
nest ouvert qu la fin de la toilette sans toucher le bord suprieur du
rcipient, et aprs limination du dernier jet, le tube est ferm
hermtiquement.
Chez la femme il faut carter les grandes lvres, et en cas de leucorrhes
importantes il faut placer une compresse au niveau de la rgion vulvaire,
afin dviter toute contamination par la fore vaginale.
- Sachet collecteur :
Le collecteur ou la poche urine est une technique simple et non invasive.
Elle est rserve aux nouveaux ns et nourrissons qui ne font pas de miction
la demande.
Le collecteur durine prsente
une partie adhsive quon colle
sur la rgion prinale
pralablement dsinfecte et
essuye afin dassurer son
adhrence et viter le contact
avec la partie anale. Le
collecteur est laiss en place
vingt trente minutes. Si le
nourrisson na pas urin au bout
de 30 mn, il faut placer un
nouveau collecteur aprs une
nouvelle toilette ; la miction peut tre stimule en donnant boire au
nourrisson.
la fin de la miction on retire le collecteur et on le ferme en collant les
parties adhsives entre elles.
Chaque laboratoire doit disposer de fiches techniques pour expliquer la
toilette, la technique du milieu du jet ainsi que celle du sachet
collecteur, car ces deux techniques sont ralises souvent la maison
par le malade ou son parent.
- La ponction sus pubienne
La ponction sus pubienne permet de rcuperer les urines intra vsicale, mais
cest un acte invasif de pratique peu courante.
La ponction de vessie est un acte mdical invasif, ralise chez les
nourrissons fbriles ncessitant une antibiothrapie en urgence, ainsi que
devant des rsultats douteux sur plusieurs prlvements raliss par voie
basse.


Elle est ralise au moins 4 heures aprs la dernire miction (vessie pleine)
afin de visualiser le globe vsical. Le nourrisson est allong, les rgions sous
ombilicale et sus pubienne sont nettoyes puis badigeonnes dalcool iode,
le mdecin porte des gants striles et ponctionne avec une seringue strile
verticalement sur la ligne mdiane en plein matit un centimtre au
dessus de la symphyse pubienne. Lurine est aspire, laiguille est
capuchonne et le point de ponction est comprim.
- Sondage vsical ou Cathtrisme vsical : Cest une technique invasive
indique dans des cas particuliers tel que :
Rtention vsicale,
Problme dincontinence chez les personnes ges et chez la femme
Cette technique est viter car elle prsente des risques dinfections
iatrognes lors de la pose de la sonde et doit tre ralise dans les
conditions dasepsie rigoureuse.

On distingue diffrents systmes de sondage vsical :
- Le sondage demeure avec un systme ouvert :

Le prlvement est ralis par ponction au moment
de la miction des urines avec une seringue strile au
niveau de la paroi de la sonde aprs dsinfection et
clampage en aval, le point du prlvement est
obtur par du sparadrap. Ce prlvement nest pas
reprsentatif de lurine vsicale car les bactries
adhrent la paroi de la sonde et un biofilm se
forme autour delle. Il est donc prfrable de
raliser le prlvement au moment du changement de la sonde, si
possible.

- Le sondage demeure avec systme clos :
Cette technique est plus representative, car elle
soppose la colonisation par les bactries grce aux
valves anti retour. Il existe un site de prlvement et
un site de drainage du collecteur .
Lurine doit tre prleve au niveau du site de
prlvement sur la tubulure de la poche aprs sa
dsinfection avec un antiseptique. Lurine est recueillie
laide dune seringue strile.
Pour les deux types de sondage, le prlvement au
niveau de la poche de collection des urines est
proscrit car il y a une pullulation microbienne importante.

- Le sondage urinaire intermittant : Il est ralis uniquement au moment
du prlvement en introduisant une sonde urinaire dans la vessie. Le
recueil de lurine se fait directement dans un tube strile.
- Cathtrisme urtral : Il permet davoir les urines du rein gauche ou
droit, aprs dsinfection de lextrmit de la sonde, on recueille les urines
en demandant au malade en dcubitus latral de tousser plusieurs
reprises.
- Cathtrisme sus pubien : Il constitue le seul moyen pour raliser un
prlvement quand lurtre nest pas accessible ou trop abm, cest un
mode de drainage assez confortable mais il ncessite un spcialiste pour
la technique.
En cas durtrostomie et sans sondage, le prlvement est ralis avec un
collecteur durine aprs un nettoyage de la stomie urinaire

- Etui pnien :
Le prlvement par lintermdiaire
dun tui pnien est ralis en cas
dincontinence sans rtention urinaire,
ce systme est non traumatisant et
reste confortable pour le malade,il est
prfr au sondage pour le sexe masculin. Si le malade porte dj un tui
pnien il faut lenlever, raliser une toilette et placer un nouvel tui
pnien avec un sac vidangeable. Ltui pnien, comme le sac collecteur,
ne doit pas tre gard plus de vingt 30
minutes. Les urines sont recueillies
directement de ltui penien, a travers
son orifice, vers le pot strile.

- Cas particulier de la prostatite : dans ce cas le prlvement est ralis
selon la technique de MEARS-STAMEY. Aprs une abstinence sexuelle dau
moins 03 jours et aprs une toilette soigneuse, on rcupre les premires
urines et 10ml du milieu du jet. Aprs arrt de la miction, le mdecin
pratique un massage prostatique et les gouttes du liquide prostatique
tombent directement dans le pot strile, les trois pots sont tiquets
avant dtre envoys au laboratoire


Prlvement durine pour des recherches spcifiques
Recherche de mycobactries : Aprs une restriction hydrique, on rcupre la
totalit des urines du matin, trois jours de suite dans des conditions dasepsie
rigoureuse
Recherche des leptospires : A partir de la deuxime semaine de linfection,
les leptospires sont excrtes dans les urines de faon intermittente mais
prolonge. Il faut donc rpter le prlvement et le raliser de prfrence
au laboratoire car il faut des urines frachement mises encore tides afin de
raliser un examen direct avec un microscope fond noir ou une culture sur
milieux spciaux.
Recherche de gonocoque : Dans le cas durtrite gonococcique sans
coulement purulent, la recherche du gonocoque peut tre effectue sur le
premier jet urinaire.
Recherche de mycoplasmes : Raliser un prlvement urtral sans miction
depuis trois heures, avec un couvillon ou une anse calibre. Ce prlvement
est associ au premier jet urinaire et aux secrtions prostatiques.
Recherche de chlamydia : Raliser un prlvement urtral avec un couvillon
extra fin ou une curette ophtalmologique par grattage afin de ramener un
maximum de cellules. Les urines sont proscrire car elles sont souvent
toxiques pour la culture cellulaire.
Recherche danarobies : Ralise sur des urines prleves par ponction
vsicale.

Transport
Le tube est ferm hermtiquement et tiquet correctement portant nom,
prnom et heure du prlvement. Le tube doit contenir 10 20ml durine
accompagn dune fiche de renseignements qui doit comporter :
Lidentit du malade.
Lorigine du malade hospitalis ou externe.
Pathologie existante.
Notion dintervention chirurgicale sur lappareil urinaire.
Les signes cliniques.
La prise ou non dantibiotiques, avec le nom de (ou des)antibiotique(s)
et la posologie ainsi que la dure de prise.
La technique de prlvement pratique.

Ces renseignements jouent un rle trs important et permettent une
interprtation adquate selon les diffrents cas qui peuvent se prsenter.
Le transport doit tre rapide et ne doit pas dpasser trente minutes aprs la
miction. Si le transport ncessite une deux heures, lurine est place dans
de la glace afin dviter les faux positifs car temprature ambiante on a
une pullulation bactrienne.
Conservation
Lurine peut tre conserve douze vingt quatre heures +4C sans effet sur
la bactriurie, nanmoins la leucocyturie en sera altre.
La conservation est donc viter sauf en cas de ncessit.

CHAPITRE II
Examen cytobactriologique
des urines


Chapite II : Examen Cytobactriologique des Urines 26
Examen cytobactriologique des urines

Examen macroscopique
Aspect des urines : lurine normale est claire. Un aspect trouble peut tre d
une infection urinaire mais aussi la prsence de cristaux ou de sels
amorphes.
Technique : Homogniser lurine par retournement ou par agitation
mcanique et noter laspect limpide ou trouble et la prsence dune
ventuelle hmaturie
Dtermination du PH urinaire
Le but tant dvaluer ltat dacidit ou dalcalinit des urines.
Principe :
Mesure de la concentration en ions H+.
Technique :
Recueil des urines fraches labri de lair et mesure du pH grce
llectrode dun pH-mtre. Celui i doit etre calibr avec des solutions
tampon pH = 4 ou 10 et pH = 7. Les valeurs doivent tre peu prs les
mmes.
Une seconde mthode, plus simple, fait appel des bandelettes revtues de
deux indicateurs colors et dont le changement des couleurs allant de
lorange au bleu couvre une gamme de pH de 5,0 8,5. La ralisation de ce
test seffectue galement sur urines fraches.
Rsultats :
Le pH normal des urines varie de 4,5 7,8 en fonction de lalimentation et
des modifications du pH sanguin.
En cas dinfection urinaire, en particulier germes urasiques, il existe une
alcalinisation intempestive.
Physiologiquement, on observe une acidose de jene (la nuit) et une alcalose
post-prandiale.
Interprtation et intrts
Cest un examen fiable permettant linterprtation des dsordres acido-
basiques et laide au diagnostic ou la surveillance dun certain nombre
daffections dans :
- Le diagnostic des acidoses tubulaires ;
- Lexploration des lithiases uriques ou cystiniques (on sait que la solubilit de
ces cristaux est beaucoup plus grande en milieu alcalin) ;
- La surveillance des infections urinaires rcidivantes ou germes
urolytiques (il est alors important dassurer un pH urinaire acide).

Examen microscopique
Cet examen doit tre effectu dans les deux heures qui suivent le
prlvement afin de limiter laltration des lments cellulaires.
Examen ltat frais
Cest un examen qui se fait entre lame et lamelle sur cellule hmatimtrique
ou sur cellule normale ; il prsente de ce fait un double intrt :
Quantitatif : Numration des lments cellulaires
Qualitatif : Description des diffrents lments cellulaires.

a- Numration de lurine entire sur cellule numration :
- Cellule de Malassez
Elle permet la numration des leucocytes par mm3
La cellule de Malassez (de profondeur 0.2 mm) est constitue de
10 bandes verticales de 0.25 mm de large et de 10 bandes horizontales
de 0.20 mm de large formant 100 rectangles. Le volume de la cellule est
de 1 mm
3
. Chaque rectangle quadrill reprsente 1/100 mm
3
.
Selon que la leucocyturie est plus ou moins importante, les leucocytes
sont compts dans un volume diffrent : de un rectangle pour les fortes
leucocyturie la cellule entire pour les leucocyturies voisines des
valeurs normales.
- Cellule de Nageotte
La cellule de Nageotte est de 10mm de largeur sur 10mm de longueur
avec une profondeur de 0.5mm et un volume total correspondant a
50mm
3
; le dnombrement des lements se fait sur 04 bandes ; le chiffre
total obtenu est divis par 5 pour ramener le dnombrement au
millimtre cube.
Valeurs normales : le nombre de leucocyte est habituellement infrieur
5000 par ml durine. Une leucocyturie suprieure
10 000 par ml (> 10/ mm
3
) est en faveur dune infection urinaire.

b- Entre lame et lamelle (Culot de centrifugation):
Le culot peut tre obtenu par centrifugation de lurine une vitesse
moyenne de 1000 tours min ou en laissant lurine dcanter.

Lexpression quantitative de la leucocyturie sopre par examen du culot
urinaire entre lame et lamelle, lobjectif 40 x (nombre de champs
parcourir dizaine / cinquantaine).


Nombre de leucocytes par champs
microscopiques
Expression du rsultat
0-5 Rares leucocytes (= valeur normale)
5-10 Quelques leucocytes
10-20
Leucocytes en quantit un peu suprieure
la normale
Plus de 20 leucocytes isols et intacts Nombreux leucocytes intacts
Paquets de plus de 20 leucocytes
agglutins et altrs
Nombreux leucocytes altrs et prsence
de pus
Paquets de plus de 50 leucocytes
agglutins et altrs
Pus abondant
Chez lenfant : Garon : 0-10
Fille : 0-50
Rares leucocytes (=valeurs normales)

Lexpression quantitative des hmaties se fait par le mme procd :
Nombre dhmaties observes par
champ microscopique
Expression du rsultat sur la fiche
dexamen
0-5 Rares hmaties (= valeur normale)
5-10
Hmaties en quantit un peu suprieur la
normale
10-20 Hmaties assez nombreuses
Suprieur 20 Nombreuses hmaties

c- Description des lments de lurine sur une prparation ltat frais
Lexamen de lurine totale entre lame et lamelle ( x 40) permet de
distinguer les lments suivants :

1- Les leucocytes
Lorsquils sont intacts, ils se prsentent comme des disques
granuleux lintrieur desquels le noyau apparat plus
rfringent ; lorsquils sont altrs, les leucocytes ont des
contours irrguliers, frips.
La prsence de leucocytes dans les urines signe lexistence
dune raction inflammatoire. Cependant de vritables
ractions inflammatoires peuvent ne pas saccompagner
dune leucocyturie leve (foyer inflammatoire bien circonscrit,
dilution des urines, lyses des leucocytes dans lchantillon)
La prsence de leucocytes en amas tmoigne de louverture dun foyer
inflammatoire (micro-abcs).
Laltration des leucocytes peut tre lie de mauvaises conditions de
conservation du prlvement avant son examen.

2- Les hmaties :
Intactes , elles se prsentent comme de petits
disques de sept mm de diamtre aux bords plus
rfringents ; altres, elles ont un aspect en
oursin : petits disques de cinq six mm de
diamtre, hrisses de spicules priphriques.
La prsence dhmaties tmoigne dune lsion
des muqueuses de lappareil urinaire.
Au-del de 5 hmaties par champs, le passage des globules rouges dans
les urines peut tre considr comme pathologique ; les hmaties
intactes ont une forte probabilit de provenir de la vessie ou de
lurtre. Les hmaties altres viennent du rein.
Lhmaturie sobserve :
- dans les formes hmorragiques des nphrites : on pourra alors
dcouvrir des cylindres hmatiques lexamen du sdiment.
- dans le cas dune atteinte glomrulaire.
- dans les cystites hmorragiques tuberculeuses, gonococciques,
germes banaux.
- dans la tuberculose rnale.
- lhmaturie peut tre associe dautre affections dtiologie
non infectieuse : cancer, lithiase rnale, tumeurs de la vessie.

3- Les cellules pithliales :
Peuvent tre observes dans les urines : des
cellules rnales, urtrales vsicales et urtrales.

4- Les cylindres

Cylindres granuleux

Cylindres hyalins

Les cylindres sont des lments de grande taille pousant la forme
dune partie du tubule rnal. Ils sont reprs partir dun examen
entre lame et lamelle de lurine totale lobjectif x 10.
Ils peuvent tre exclusivement protiques : Les cylindres hyalins.
Ou alors plus rarement, ils peuvent provenir de la dgnrescence de
cellules pithliale : les cylindres granuleux.
Une cylindrurie na pas une grande signification. On peut lobserver
chez des individus normaux lorsque lurine est trs concentre ou trs
acide, ou encore aprs un effort musculaire trs intense. Lexcrtion
de cylindres hyalins peut accompagner dautre part nimporte quelle
protinurie quelle quen soit lorigine.
En rgle gnrale la prsence de cylindres signe une atteinte tubulaire.
Lobservation de cylindres hyalins en nombre important indique, par
contre, une affection svre du parenchyme rnal.
La prsence de cylindres granuleux est presque toujours pathologique
et signe alors une nphrite grave.
5- Les cristaux urinaires
Lurine contient des substances peu solubles qui sy trouvent
pratiquement ltat de solution sature. Dans le cas dune excrtion
accrue de ces substances, celles-ci peuvent prcipiter sous forme
cristalline et on les retrouve dans lurine. Les cristaux observs peuvent
correspondre un constituant normal de lurine ou bien un
mtabolite anormal dont elle est physiologiquement dpourvue.
Certains cristaux sont retrouvs exclusivement dans une urine acide et
dautres dans une urine alcaline. Les cristaux amorphes sont souvent
identifis par le pH.
Ainsi, si lurine est alcaline, on identifie des phosphates amorphes,
tandis que si elle est acide, on identifie des urates amorphes. Cette
pratique est un peu risque, car les phosphates amorphes et les triples
phosphates sont possibles un pH lgrement acide (6,5). Certaines
situations cliniques, qui peuvent expliquer la formation de calculs, sont
aussi susceptibles de favoriser la formation de cristaux.
PH alcalin pH acide
Phosphates amorphes Urates amorphes
Triple phosphates Acide urique
Biurate dammonium Oxalates de calcium
Phosphate de calcium Cystine
Carbonate de calcium



- Cristaux de substances prsents dans lurine normale :
Des cristaux assez frquents :

- Oxalate de calcium : en forme denveloppe de
lettre ou en cacahute.

- Acide urique : en losange, en carr, en fleur,
en fins filaments rassembls de couleur jaune
ou brun rougetre.

- Urates ammoniacaux magnsiens : en
glomrules hrisss de pointe ou en paquets
daiguille, jaune.

- Phosphate triple : en couvercle de cercueil, en
feuille de fougre, incolore rfringents.

Des cristaux moins frquents :

- Carbonate de calcium : trs petits cristaux
groups par deux, ovodes, solubles dans
lacide actique, incolores.

- Sulfate de calcium : lames plates et longues
isoles ou en paquets (urine acide).

- Phosphate bi calcique : amas de lames en
toiles, incolores (urine alcaline ou neutre).


Lobservation en quantit importante de cristaux correspondant une
de ces substances doit tre signale. Elle peut tre lie une lithiase.
Leur limination en petite quantit na pas grande signification.

Cristaux de substances anormalement prsentes dans lurine.

- Leucine : cristaux jauntres, de forme ronde
avec nombreuses situations radiales (affection
hpatique grave).

- Tyrosine : cristaux longs et fins, aiguilles en
bottes de foin (affection hpatique grave).

- Cystine : lames hexagonales incolores et trs
rfringentes (maladie hrditaire cystinurie).

- Sulfamides : retrouvs chez des malades traits aux sulfamides,
leurs prsences peuvent endommager le rein.

- Cholestrol : plaque carre avec cot en escalier, soluble
dans lther.

- Elment minraux amorphes
Sont de deux types :
Phosphates amorphes : petites granulations
blanchtres (Culot blanchtre, urine alcaline
ou neutre)

Urates amorphes : petits grains jauntres
rassembls en amas plus denses et plus larges
que les phosphates (Culot ros, urine acide)


6- Les bactries :

A ltat frais on peut apprcier la prsence
ventuelle de bactries, leurs formes (cocci ou
bacilles) et leurs mobilits.

7- Les parasites :
- Trichomonas vaginalis : parasite protozoaire globuleux, dun
diamtre de 15 m en moyenne, mobile dans les urines fraches ou
il se dplace en tourbillonnant grce une membrane ondulante et
4 flagelles.
- ufs de Schistosoma haematobium.

8- Autres lments :

- Levures : Elles prsentent ltat frais une forme
sphrique ou ovalaire, de taille variable (5 12 mm).
Certaines montrent un bourgeonnement lun de leur
ple.
- Spermatozodes : Peuvent tre observs dans les urines
fraches. Mobiles, ils sont constitus dune trs petite tte (5 mm)
prolonge dun long flagelle souple de 50 mm.

Examen direct aprs coloration

Le Bleu de mthyln(BM)
Permet la diffrenciation des leucocytes (aspect
morphologique), permet de visualiser la disposition des
bactries dans les cellules (intra ou extra cellulaire) et
aussi dapprcier le mode de groupement des bactries.
Cest une technique semi quantitative des lments cellulaires.
Les levures sont bien apprcies au BM.
Un frottis confectionn a partir de lurine totale bien mlange, est sch et
fix puis color au BM ; ce frottis permet lexamen des lments cellulaires
dans des conditions moins traumatisantes que le Gram.

Le GRAM
Permet dapprcier limportance de la population
bactrienne, son caractre monomorphe ou polymorphe et la
morphologie des bactries : cocci ou bacille Gram positif ou
Gram ngatif (aspect morpho-tinctorial) et le mode de
groupement des cocci. (Orientation pour la culture).
Une goutte (10 ou 50 ul) durine non centrifuge est dpose
sur une lame et sche lair sans talement, fixe puis
colore au Gram. (Une grande concentration de bactries va
migrer vers le sommet de la goutte).

Une bactriurie significative : N 2 bactries / champ
Une pyurie significative : N > 10 leucocytes / champ

correspondant 10
4
/ml


CULTURE

Techniques densemencement
1- Mthode de rfrence : Mthode de KASS Modifie
- Dscription de la technique
0.1 ml durine bien mlange est dilue dans 9.9 ml deau distille
strile laide dune pipette calibre 0.1 ml ; puis 0.1 ml de cette
dilution est ensuite aussitot tale sur une glose nutritive avec un
rteau pralablement strilis.
Une double dilution de lurine est effectue dans certaines situations :
sonds et paraplgiques. (Voir annexe pour schma des dilutions).
On ensemence paralllement lurine non dilue sur un milieu slectif
(hektoene ou BCP ou Mac Conkey qui permet dinhiber lenvahissement
du proteus) ou enrichie (Glose au sang) dans le cas ou on suspecte
lexamen direct ou au Gram des germes exigeants ou dficients.
- Lecture :
La numration se fait selon la formule de Kass :
N=n.10
2
.10 bactrie / ml
Ou : n : Nombre de colonie sur la bote.
10
2
: Inverse de la dilution.
10 : Inverse de linoculum.

Nombre de colonie : 1-9 : 10
3
Bact/ml Numration ngative
10-99 : 10
4
Bact/ml Numration douteuse
+ 100 : 10
5
Bact/ml Numration positive
- Interprtation :
UFC=Units formant colonie
Chaque colonie qui pousse partir de lurine dilue correspond 1000
UFC dans 01 ml dchantillon.
Une bactriurie significative est considre devant une numration
> 100 colonies sur glose nutritive ce qui correspond > 10
5
UFC / ml.


2- Mthode lanse calibre
- Dscription de la technique
Une anse calibre 10 l est utilise pour ensemencer les gloses
nutritives et slectives.
On prlve verticalement avec lanse calibre et par capillarit une
goutte durine que lon ensemence par stries sur la bote de glose :
une strie centrale est ensemence puis perpendiculairement raliser un
isolement de haut en bas de la boite en desserant lgrement les
dernires stires. (Voir annexe pour schma).
- Avantages
Simplifie la technique de Kass en vitant les dilutions de lurine.
Cette technique permet de bien sparer les colonies pour ensuite bien
les compter.
Diminution du cot.
- Inconvnients
Dans le cas de lutilisation dune anse calibre en fil de platine, le
volume dlivr par celle ci doit tre rgulirement contrl (courbe
dtalonnage au Bleu dEvans). En effet aprs un grand nombre
dutilisation la calibration de lanse peut tre modifie (corrosion,
strilisation du matriel).
- Interprtation
Chaque colonie isole correspond une concentration de 10
3
Units
viables / ml urine. La numration bactrienne est compare labaque
de lcture correspondant aux diffrentes concentrations de
bactries/ml durines.



3- Lames immerges
- Description de la technique

Une lame porte objet munie dun quadrillage en relief est recouverte
de glose CLED(Cystine Lactose Electrolyte Dficient) sur une face
et de glose Mac Conkey sur lautre. Lintrt de la glose de Mac
Conkey est dinhiber les bactries Gram+ et le dveloppement en
nappe des Proteus. La lame est conserve dans un flacon cylindrique
strile en matire plastique. Elle est fixe au couvercle du mme
flacon.
- Utilisation
Saisir la lame par lintermdiaire du couvercle auquelle elle est fixe,
immerger compltement les deux faces, retirer immdiatement, laisser
goutter lexcs. Incubation 18 24 heures 35C.
- Lecture et Interprtation
La lecture est faite sur la glose CLED (face verte) en comparant la
densit des colonies prsentes sur chaque face avec une srie de
reproductions talons correspondant : 10
3
, 10
4
, 10
5
, 10
6
, 10
7

bactries/ml durine.
- Avantages et inconvnients
La glose CLED (Cystine Lactose Electrolyte Dficient) :
- Milieu peu slectif.
- Indicateur color (Bleu de bromothymol) variation de pH aprs
consommation du milieu (Lactose) par les bactries.
- Aspect des colonies oriente lidentification des germes mais le
diagnostic est prsomptif et devra toujours tre confirm par une
identification complte biochimique.
- Inhibition de lenvahissement de Proteus par la faible teneur en
lectrolytes.


4- Tests rapides
Ces techniques de dtection rapide de la bactriurie consistent soit
mettre en vidence la prsence denzymes bactriennes, soit
dtecter prcocement la croissance bactrienne :
- Dtection prcoce de la croissance bactrienne :
Se fait grce des automates qui enregistrent en continue
laugmentation de la masse bactrienne dans un milieu standard incub
35C avec parfois une agitation pour acclrer la croissance. La
dtection des bactries se fait le plus souvent par turbidimtrie mais
peut galement faire appel la bioluminescence (mesure de lATP
bactrien) ou la radiomtrie (dtection du C
14
du CO2).
Le rapport qualit / cot de ces mthodes est mdiocre et elles sont
peu utilises.
- Mthode de criblage rapide :
Consiste rechercher simultanment une bactriurie et une
leucocyturie par dtection dans les urines denzymes bactriennes
(nitrate rductase) et leucocytaire (leucocytes estrases).
Ces mthodes qui donnent un rsultat en quelques minutes par
immersion dans lurine de bandelette ractives, sont simples et peu
coteuses. Cependant, elles ne doivent tre utilises qu deux
conditions :
- Elles doivent dtecter simultanment une bactriurie et une
leucocyturie
- Elles ne doivent tre utilises que pour dpister les urines ngatives
(bactriurie et leucocyturie ngatives). Ces chantillons pourront ne
pas tre examins sauf exception et dans ce cas, un ECBU classique
devra tre effectu.
Exemple : MULTISTIX, URITEST 2, NEPHUR TEST.

- Principes : Permettent de rechercher simultanment :
Nitrate-rductase (Test de Griess), enzyme produite par
les entrobactries.
Leucocyte-estrase (Test de la LE) produite par les
polynuclaires endommags prsents dans les urines
infectes.
Lorsque la bandelette se positive, elle dmontre une
hmaturie et une leucocyturie.

- Avantages des Bandelettes urinaires
Les mthodes de criblages rapides ont un bon pouvoir prdictif ngatif
et permettent de rduire de 30% environ le nombre dECBU raliss au
laboratoire.
- Inconvnients :
Les bactries Gram positif et les Pseudomonas ne possdent pas
de nitrate-rductase,
On ne peut pas rvler les infections faible inoculum
(<10
4
bactries/ml).
La spcificit varie de 82 98% (insuffisant pour de relles
infections urinaires).

5- Techniques base de milieux chromogniques
Ces techniques permettent lensemencement par
technique lanse calibre de lurine sur des milieux
gloss contenant des chromognes mettant en vidence
certains genres et espces bactriennes grce laspect
des colonies, ce qui permet une identification et une
orientation diagnostic avec un gain de temps non
ngligeable
- Principe du substrat chromogne
* Analogue structural dune molcule naturellement clive par une
enzyme bactrienne ou fongique.
* Initialement le substrat ne possde aucune proprit. Aprs clivage
laglycone libr acquiert des proprits chromogniques, il
prcipite sans diffuser dans la glose afin de permettre une bonne
diffrenciation des colonies dans une culture plurimicrobienne.
Sur les premiers milieux chromognes fabriqus, le substrat diffusait
dans la glose ce qui ne permettait pas une bonne distinction des
colonies
- Activits enzymatiques utilises dans les milieux de culture
chromogniques
- D-glucuronidase ou -D-galactosidase : spcifiques dEscherichia coli.
- D-glucosidases : spcifiques dEnterococcus spp. , et groupe KES-C
(Klebsiell spp. - Enterobacter spp. - Serratia spp. - Citrobacter
spp.).
- Tryptophane daminase : spcifique du groupe Proteus / Morganella
Providencia.
- D-galactosaminidase : spcifique de Candida albicans.
- Parmis ces produits nous avons :


Chromagar Orientation (Becton Dickinson)
- Milieu non slectif.
- Enzymes utilises : D-glucosidase, D-galactosidase Tryptophane
desaminase (test complmentaire)
- Substances nutritives fournies par des peptones slectionnes,
sources dlectrolytes limits (rduction du nombre despces de
Proteus).
- Conservation : + 2 8 C labri de la lumire.
- Ensemencement par se calibre pour permettre la numration
bactrienne (comparaison avec brochure).
- Incubation 35 +/- 2C en arobie 20 24 heures.
- Identification :
Directe sur bote de : E.coli, entrocoques et la plupart des
souches de S. saprophyticus.
Par dcoloration du milieu de : KES (Klebsiella-Enterobacter-
Serratia) et PMP (Proteus-Morganella-Providencia).
Les autres pathognes urinaires ne pourront tre identifis
quavec des tests biochimiques.
- Tests de confirmation
Indispensable pour diffrencier Enterococcus sp et Streptococcus
agalactiae (test pyroglutamate) et le groupe PMP (test indole
par DMCA : dimthylaminocinnamaldhyde) ; conseill pour E.coli
- Limites :
- Ne permet pas la croissance dorganismes exigeants (Neisseria,
Haemophilus, Mycoplasma).
- Pas didentification directe des autres bactries Gram ngatif.
- Aeromonas hydrophila peut produire des colonies roses similaires
E.coli (ncessit du test indole).
Uriselect 4 (BIO RAD)
- Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase,
D-galactosidase et tryptophane dsaminase (test complmentaire).
- Milieu gris opaque (lecture plus difficile pour certains techniciens).
- Limites :
- Quelques souches de staphylocoques peuvent tre inhibes.
- Quelques souches de levures ne se dveloppent pas.
- Queleques souches de Citrobacter spp indolognes dpourvues de
D-galactosidase peuvent pousser comme une E.coli (colonies
roses).

- UTI 4 (OXOID)
- Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase,
D-galactosidase et tryptophane dsaminase (test
complmentaire).
- CPS ID 2 (bioMrieux)
- Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucuronidase,
D-glucuronosidase et tryptophane dsaminase.

Comparaison des milieux chromognes aux milieux non chromognes
(Etude comparative au laboratoire de microbiologie du Centre Pierre et Marie Curie
dAlger CPMC 2004)
Une tude ralise au laboratoire de microbiologie du CPMC sur une priode
de 2 mois (Nombre dchantillons = 100) comparant le milieu chromogne :
Uriselect 4 aux milieux classiques : glose nutritive(numration bactrienne)
et hektoene(isolement) a dmontr des sensibilits quivalentes concernant
le taux de dtection et le compte bactrien. Ces milieux peuvent donc tre
utiliss pour lensemencement primaire des urines. Ils ont surtout dmontr
leur supriorit pour la dtection des urines pluri microbiennes par rapport
aux milieux classiques.
- Limites :
- Vu la couleur du milieu : gris ce qui rend lapprciation des couleurs
produites par les colonies diffrente selon les techniciens
- Les IU levure ne sont pas dtectes
- Prparation du milieu ncessite une rigueur quand lutilisation de la
verrerie strile, autoclavage et du stockage.

En rsum, les milieux chromognes prsentent les caractres suivants :
Mme capacit dtecter les germes urinaires communs du tractus urinaire
que lassociation de deux milieux non chromognes. Les milieux chromognes
peuvent donc tre utiliss comme milieu primaire disolement pour les
cultures durines.
Ces milieux permettent une meilleure discrimination des colonies donc une
meilleure sensibilit de dtection des urines poly-microbiennes, ceci les rend
plus faciles utiliser pour les personnes ayant peu dexprience.

Ils permettent une identification directe de E. coli, Enterrococcus spp et
Proteus mirabilis.
Lensemble de ces germes est retrouv environ 60 % en milieu hospitalier.
Cette identification rapide de E. coli, Enterrococcus spp et Proteus mirabilis,
prsente des avantages cliniques puisque le rsultat est rendu plus
rapidement au clinicien.
Tous ces milieux inhibent lenvahissement par Proteus.


Choix des milieux de culture
1- Milieux pour numration bactrienne
Les milieux utiliss doivent permettre une numration des bactries les
plus frquemment rencontres, cest dire les entrobactries, les
Pseudomonas , les Staphylocoques et les entrocoques qui sont toutes des
bactries peu exigeantes et cultures rapides
En routine on utilise une glose nutritive (GN), Un milieu Cysteine Lactose
Electrolytes Dficient (CLED).
2- Milieux disolement
On utilise pour lisolement des bactries peu exigeantes, des milieux
slectifs tels que : glose lactose au bromocrsol pourpre (BCP), milieu
de Mac Conkey qui permet dinhiber les bactries Gram+ et le
dveloppement en nappe du Proteus et le milieu Hektone (milieu
lactos).
Si on suspecte des bactries croissance difficile, dautres milieux de
culture devront tre utiliss. Une glose au sang frais ou cuit peut
permettre disoler des Streptocoques ou des Haemophilus. Un milieu
Loweinstein Jensen pour les Mycobactries, Une glose Columbia au sang
pour une recherche exceptionnelle danarobies strictes.
BCP :
Glose lactose au bromocrsol pourpre.
Milieux non inhibiteur.
Les germes fermentant le lactose sont reconnus par une coloration
jaune tmoin de lacidification du milieu.
Glose Mac Conkey :
Milieu slectif.
Glose lactose au rouge neutre (indicateur de pH color mettant
en vidence la fermentation du lactose par les bactries).
Prsence de sels biliaires vitant lenvahissement par Proteus et de
cristal violet inhibant la croissance des germes Gram positif en
Europe ; attention aux Etats Unis, les gloses Mac Conkey ne
contiennent pas de cristal violet.

Glose au sang :
- Milieu non slectif, sans indicateur color.
- Convient pour la culture des germes exigeants et hmolytiques.
- Si on veut inhiber lenvahissement des Proteus, on peut, lors de
lensemencement, mettre un peu dalcool dans le couvercle de la
bote.
- Lassociation acide nalidixique + colistine (ANC) inhibe les bactries
Gram ngatif et les Bacillus.
- Milieu adapt la culture des bactries Gram positif notamment
les streptocoques.

Incubation
Lincubation des milieux se fait 35C pendant 18-24 h ltuve.
Latmosphre dincubation pour les milieux enrichis se fait sous CO2 et en
anarobiose pour la recherche de germes anarobies strictes.
La dure dincubation peut tre prolonge pour la recherche de germes
croissance difficile : anarobies jusqu 72 h voir une semaine et
Mycobactries une semaine jusqu 1 mois.

Aspect des colonies

1- Milieux usuels
- Entrobactries : Colonies de 1 3 mm de diamtre gnralement
bombes , lisses et brillantes , opaques et blanchtres.


Les aspects particuliers
- Proteus vulgaris et mirabilis : envahissement de la glose en voile
montrant des vagues successives

- Salmonella donne des colonies petites et transparentes, centre
noir sur milieu hektoene

- Serratia donne des colonies pigmentes en rouge sur glose
nutritive

- P.aeruginosa donne de petites colonies plates et pigmentes en vert
sur glose nutritive.

- Les Staphylocoques : Colonies volumineuses ventuellement
pigmentes en jaune pour S.aureus sur glose nutritive.
- Les Streptocoques : Fines colonies transparentes sur glose
nutritive.



2- Milieux spcifiques
- Glose au sang frais :(GSF)
- Les Staphylocoques et les Streptocoques : peuvent faire
apparatre sur GSF une hmolyse bta = halo clair autour de la
colonie.

- Glose chromogne :
Les colonies apparaissent colores (la couleur dpend du type de
milieux chromogne utilis).
Exp colonies sur Uriselect 4 (Bio rad)

- Glose Loweinstein Jensen
Dans le cas dune tuberculose urinaire, les colonies de
Mycobactrium tuberculosis apparaissent sur ce milieu de couleur
beige clair, chamois avec un aspect de chou fleur.

E.coli + E.faecalis K.pneumoniae

Identification biochimique des colonies
1- Caractres biochimiques dorientation rapide
Oxydase

Principe :
Loxydase cytochrome assure la fixation de loxygne
molculaire sur le cytochrome rduit.
On met une colonie en prsence de la NN-dimethyl-
paraphnylne-diamine rduite et incolore soit en solution, soit
en imprgnant un disque de papier buvard et en le desschant.
Cette enzyme possde la capacit doxyder la NN-dimethyl-
paraphnylne-diamine rduit et incolore en driv semi
quinonique rose violac.
Technique :
- Sur une lame propre et dgraisse (se trouvant lintrieur
dune bote de Petri vide), dposer dans un angle une goutte
deau distille laide dune pipette Pasteur.
- A laide dune pince en plastique, saisir un disque pour la
recherche doxydase, rhydrater avec de leau distille et le
dposer au milieu de la lame, veiller ce que le liquide ne
dborde pas du disque.
- Avec une pipette Pasteur boutonne, prlever un peu de
culture pure de 18h sur milieu disolement et dposer la
colonie sur le disque, attendre quelques secondes.
Lecture :
Oxydase + : le disque devient rose fonc puis violet au niveau
du dpt.
Oxydase - : pas de changement de couleur.


Catalase

Principe :
Cette enzyme catalyse la dgradation du peroxyde dhydrogne
H2O2 produit toxique du mtabolisme arobie de nombreuses
bactries, en H2O et O2.
Cest laction directe de cette enzyme qui est mise en vidence
dans la masse microbienne, cette action est caractrise par un
dgagement gazeux rsultant de la dcomposition de leau
oxygne.
Technique :
- A laide dune pipette Pasteur dposer au milieu dune lame
propre et dgraisse se trouvant lintrieur dune bote de
Petri vide une goutte deau oxygne.
- Avec une pipette boutonne, prlever un peu de culture pure
de 18h sur milieu disolement et dposer les bactries dans
leau oxygne.
Lecture :
Catalase + : Bulles de gaz dans leau oxygne.
Catalase - : Pas de dgagement gazeux.

2- Identification classique
A laide dune suspension bactrienne, on ensemence des milieux de
culture de compositions diffrentes en tubes permettant de mettre en
vidence les principaux caractres biochimiques identifiant les
entrobactries.
Lincubation se fait 35C pendant 18-24h ; la lecture des caractres se
fait selon le tableau 1 (annexe 1).
Suivant lalgorythme des principaux caractres biochimiques rvls les
bactries seront identifies (voir annexe).
Chaque milieu utilis doit au pralable tre contrl pour viter les
diagnostics rons.

3- Identification rapide (API system)

LAPI est un systme standardis pour lidentification des bactries selon
les caractres biochimiques.
Principe :
La galerie API comporte 20 micro tubes contenant des substrats
dshydrats. Les micro tubes sont inoculs avec une suspension
bactrienne qui reconstitue les milieux dshydrats, les ractions
produites pendant la priode dincubation se traduisent par des
virages colors spontans lors de laddition des ractifs .
La lecture de ces ractions se fait laide du tableau de lecture et
lidentification est obtenue laide du catalogue analytique ou dun
logiciel didentification.
Technique :
A laide dune pipette, prlever 1 4 colonies morphologiquement
identiques et raliser une suspension avec le mdium (2ml) "solution
saline" ou avec leau physiologique.
Remplir les tubes (et non les cupules) des tests avec la suspension
prcdente pour viter la formation de bulles dair au fond des
tubes. Poser la pointe de la pipette sur le cot de la cupule en
inclinant lgrement la bote dincubation vers lavant.
Remplir les tubes et cupules des tests qui portent un cadre.
EX : GLU
Remplir dhuile de paraffine les cupules des tests souligns
EX : ADH, ure
Remplir dun peu deau la bote dincubation pour viter la
dessication lors de lincubation 35C pendant 24h.
La lecture :
- Apres incubation, la galerie sera lue et les rsultats compars au
tableau de lecture.
Noter sur la fiche de rsultats toutes les ractions spontanes ou
rvles par laddition des ractifs.

La lecture automatise :
Il existe un automate pour la lecture des Api System (Biomrieux)
en fonction des caractres rvls par la galerie biochimique, ceci
constitue un gain de temps pour linterprtation des galeries Api .
Cependant la lecture par cet automate peut poser quelques
problmes lors de la rvlation tardive de quelques caractres
biochimiques.
Interprtation :
Lidentification est obtenue partir du profil numrique. Sur la
fiche de rsultats, les tests sont spars par groupes de trois et les
valeurs 1, 2 ou 4 sont indiques pour chacun.
En additionnant lintrieur de chaque groupe les valeurs
correspondant des ractions positives, on obtient 7 chiffres, la
raction de loxydase est affecte de la valeur 4 lorsque elle est
positive.
Lidentification est ralise laide du catalogue analytique
(recherche le profil numrique dans la liste des profils).
EX : 4144532 => E.Coli

4- Identification des colonies sur milieux chromognes
Arbre dcisionnel adapt aux milieux chromognes utilisant les enzymes
-glucosidase et -D galactosidase (exemple Uriselect 4).


5- Identification antignique
- Srogroupage des streptocoques
Le groupage concerne les streptocoques bta-hmolytiques du groupe
A,B,C,Fet G et les streptocoques du groupe D. Le groupage rapide se
fait facilement par des techniques dagglutination au moyen de
particules de latex sensibilises aprs extraction enzymatique (Slidex
strepto kit de Biomrieux).

- Srotypage des Pseudomonas aeruginosa
Il sagit dun dun srotypage de lantigene O, qui est ralis grace aux
antisrums commercialiss (Diagnostic Pasteur), 16 srogroupes sont
individualiss. La technique est celle de lagglutination sur lame qui
demande quelques minutes pour apparatre. Lintret du srotypage
des P.aeruginosa est beaucoup plus pidmiologique.

6- Antibiogramme
Un antibiogramme est ralis par mthode de diffusion en disque selon les
recommandations du CLSI pour chaque germe isol (cf. Fasicule de
standardisation de lantibiogramme en mdecine humaine lechelle
nationale 5
me
Edition 2008.

CHAPITRE III
Interprtation de lECBU


Chapitre III : Interprtation de lECBU 54
Interprtation de lECBU

Linterprtation de lexamen cytobactriologique des urines doit se faire avec
un sens critique et une collaboration troite entre le clinicien et le
microbiologiste et dpend de plusieurs facteurs tels que :
La qualit du prlvement : respect des conditions dhygine, du temps
de transport et de la temprature de conservation de lchantillon
La technique de prlvement utilise (milieu du jet, sonde .etc.)
le germe ou les germes identifis (espce bactrienne et son pouvoir
pathogne reconnu)
Etat du malade et de ses antcdents
Renseignements cliniques (fivres, brlures mictionnelles, prise
dantibiotiques, sonde).
Age du malade (nouveau n, personne ge, enfant.etc.)
En plus de ces lments importants linterprtation dpend galement des
rsultats des diffrents examens cytologiques et bactriologiques raliss
partir de lurine savoir :
- Numration des lments cellulaires (leucocytes)
- Les rsultats des examens microscopiques (bleu de mthylne et
Gram)
- La numration bactrienne, quelque soit la technique choisie

Linterprtation des cultures est base sur les critres de KASS :
1- Bactriurie

10
5
UFC/ml avec un seul type de bactrie : infection
urinaire
2- Bactriurie 10
3
UFC/ml : absence dinfection urinaire
3- Bactriurie entre 10
3
UFC /ml et 10
5
UFC/ml : zone dincertitude,
elle est fonction de lespce bactrienne et du contexte clinique
contrler si ncessaire.
KASS dfinit un seuil 10
5
UFC/ml comme tant significatif, alors que dans
plusieurs situations ce taux est revu la baisse.


Interprtation selon la bactriurie et la leucocyturie

a) Urines du milieu du jet :
Leucocyturie 10
4
/ml et la bactriurie 10
3
UFC/ml : absence
dinfection urinaire.
Leucocyturie 10
4
5
UFC/ml, avec un seul type
de bactrie, il sagit dune infection urinaire certaine.
Leucocyturie 10
4
5
UFC/ml avec deux types de
bactries chez la femme et un examen direct qui retrouve de
nombreuses cellules pithliales, il sagit de deux probables possibilits :
- Infection gnitale.
- Infection urinaire mais contamine
Un second prlvement durine est demand tout en expliquant les
modalits de prlvement.
Les prlvements gnitaux sont effectus dans un service de
gyncologie.
Leucocyturie 10
4
5
UFC/ml, avec un seul type
de bactrie, cest une infection urinaire dans les cas suivants :
- Femme enceinte : confirmer par un deuxime ECBU.
- Immunodprim
- diabtique
- Nourrisson
- Personne ge
Ce cas est retrouv chez 20% de la population, ainsi quen dbut
dinfection urinaire, dans ces cas un deuxime prlvement simpose
dans lequel on doit identifier la mme bactrie (genre, espce et profil
antibiotique).
Une bactriurie sans leucocyturie peut tre galement observe lorsque
le prlvement est gard trop longtemps +4C ou lorsque les urines
sont hypertonique ou trop alcalines. Ces conditions contribuent
dtruire les leucocytes.
En cas de non respect des conditions dhygine, du temps de transport et
de la temprature de conservation, il peut sagir dune contamination
bactrienne dune urine strile (faux positifs).
Dans certains cas il peut sagir dune bactriurie asymptomatique
(colonisation sans infection).


Leucocyturie 10
4
/ml ou 10
4
/ml (prsence ou absence de
leucocytes) et la bactriurie 10
5
UFC/ml, avec deux types de
bactries, linfection urinaire poly microbienne est admise dans les
cas suivants :
- Uropathie :
Reflux vsiculo-urtral,
Maladie de la jonction pylo-urtrale
- Sond
- Paraplgique
En dehors des cas cits il peut sagir dune souillure, un deuxime
prlvement est demand au malade en rappelant les modalits de
recueil des urines.
Leucocyturie 10
4
/ml ou 10
4
/ml (prsence ou absence de
leucocytes) et la bactriurie 10
5
UFC/ml, avec plus de deux types de
bactries, la souillure est certaine, un deuxime prlvement est
demand au malade en rappelant les modalits de recueil des urines.
Leucocyturie 10
4
/ml et une bactriurie comprise entre 10
3
et

10
5
UFC/ml :
- Diurse abondante lorigine dune dilution des bactries.
- Prsence dans les urines de substances antibactriennes utilises pour
la toilette
- Un PH urinaire bas entrave la multiplication des bactries
- Micro organisme croissance lente (cocci)
- Obstruction urtrale complte
- Infection Pseudomonas sp
- Traitement antibiotique en cours
Leucocyturie 10
4
/ml et une bactriurie 10
3
UFC/ml :
- Prise dantibiotique dans les cinq jours qui prcdent le prlvement
on parle dinfection dcapite, refaire le prlvement 48 h aprs
larrt du traitement si ncessaire, car une seule prise dantibiotique
suffit dcapiter linfection en 06h 12h avec conservation des
leucocytes.
- La coloration de Gram montre une prsence de bactries extra-
cellulaire avec une numration bactrienne infrieure
10
3
UFC/ml : infection anarobies probable, utiliser les milieux de
culture et les techniques de diagnostic adquates et rechercher le
foyer de linfection (fistule rnale ou digestive).

- La coloration au Bleu de mthylne montre une prsence de cocci
intra et extra leucocytaire : infection Neisseria gonorrhoeae
probable, demander un prlvement urtral.
- Clinique en faveur de bactries quon ne peut mettre en vidence par
les techniques classiques : Chlamydia, Mycoplasme, et Mycobactries.
Rechercher ces bactries par les techniques spcifiques.
La prsence de Leucocyturie sans bactriurie peut tre observe dans
dautres situations :
- Maladie fbrile systmique.
- La fivre chez le nourrisson.
- Le rein polykystique, ou les kystes ne communiquent pas avec un
systme collecteur.
- Lithiase rnale ou calculs rnaux.
- Nphropathie interstitielle.
- Inflammation de lurothlium par laction mcanique dun dispositif
(cathter).
- Infection mycosique.
- Infection parasitaire : la bilharziose uro-gnitale.
- Personnes ges (tumeur vsicale).
- Transplant rnal : les leucocytes type lymphocytes orientent vers
une raction de rejet de greffe.
Depuis les critres de Kass le diagnostic bactriologique de linfection
urinaire est rest bas sur lassociation dune leucocyturie 10
4
/ml
et surtout dune bactriurie 10
5
UFC/ml. Le seuil significatif de la
leucocyturie est rest remarquablement consensuel fix dans tous les
crits un nombre 10
4
/ml (10/mm
3
), par contre le seuil de la
bactriurie qui est certes trs spcifique manque de sensibilit et
doit tre aujourdhui rvis la baisse dans beaucoup de situations
cliniques :
- Les infections urinaires rcidivantes
Bactriurie 10
4
UFC/ml
- Cystite simple chez la femme de 15-65 ans
Bactriurie > 10
3
UFC/ml pour les coliformes
Bactriurie > 10
4
UFC/ml pour les autres espces bactriennes
- Pylonphrite non complique
Bactriurie 10
4
UFC/ml

- Prostatites aigues
Bactriurie 10
4
UFC/ml
Pour le diagnostic dune prostatite aigue lECBU est ncessaire mais
reste insuffisant, car sil est ngatif il faut raliser lanalyse
fractionne des urines ainsi que lanalyse des scertions prostatiques
recueillies au mat urtral, aprs massage de la glande ( viter en
cas de prostatite fbrile risque de bactriemie).
- Prostatites chroniques infectieuses :
Le diagnostic est bas sur au moins un des critres suivants selon
lpreuve de Mears et Stamey :
les secrtions prostatiques et les 10 ml durine permettant
dobtenir une bactriurie 10
3
UFC/ml avec un seul type de
bactrie.
les secrtions prostatiques et les 10 ml durine limins,
contiennent la mme bactrie que les urines vsicales savoir du
milieu du jet mais une concentration 10 fois plus importante.
Il faut savoir que la technique de Mears et Stamey a ses limites, cette
technique ne peut tre applique lors de pousse infectieuse, car le
massage est douleureux et il y a risque de bactrimie. On ne peut
prouver la prostatite par cette mthode que si lurine vsicale est
strile, de plus elle exige un personnel entran et un patient
cooprant.

b) La ponction sus-pubienne : Linterprtation est base sur la prsence de
culture bactrienne. La prsence dune seule colonie sans dilution de
lurine signe linfection urinaire, les bactries proviennent directement de
lurine vsicale.
c) Le sondage vsical
La leucocyturie ne constitue pas un facteur prdictif dinfection urinaire
chez le malade sond, elle nest corrle la bactriurie qu des
concentrations microbiennes suprieures 10
7
UFC/ml.
La symptomatologie est un critre important pour linterprtation de
lECBU chez le porteur de sonde et permet de faire la diffrence entre la
colonisation et linfection urinaire proprement dite. Selon la confrence
de consensus sur les infections urinaires nosocomiales de ladulte entre la
socite francaise des pathologies infectieuses et la socite francaise
durologie qui a eu lieu lInstitut Pasteur de Paris en 2002 : 4 situations
peuvent tre observes :


Sonde Symptmes
Leucocyturie
10
4
/ml
Bactriurie
UFC/ml
Interprtation
+ ou - + + 10
3
Infection certaine
+ ou - + -
10
5
1 ou 2 espces
isoles quelque soit
lespce
bactrienne
Infection dbutante
ou sujet
neutropnique
+ ou - + -
10
3
1 ou 2 espces
isoles uro-
pathogne
reconnues (E.coli)
Infection dbutante
ou sujet
neutropnique
+ - + ou -
Seuil de dtection
10
3

colonisation

Cette interprtation nest valable que si les conditions de prlvement sur
sonde sont respectes. Si la bactriurie est dcouverte au moment de
lablation de la sonde, il est conseill de raliser un deuxime
prlvement durine 48h plus tard.
Rappelons que les urines du sachet collecteur de la sonde ne sont
analyses que si le sachet est chang (un sachet neuf) et ne reste en place
que 20 30 minutes, de mme la culture de la sonde est proscrite
(colonisation de la sonde ne veut pas dire que ces bactries sont dans
lurine vsicale).


Interprtation selon les germes

Lidentification de la bactrie mrite aussi une interprtation lorsque le
germe nappartient pas une espce courante de linfection urinaire, en
sachant que toute bactrie peut tre responsable dune infection et
linverse peut tre un contaminant.
Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae, et
Staphylococcus saprophyticus (chez la femme) sont des germes dont le
rle est bien tabli dans linfection urinaire
Les autres germes ne peuvent tre incrimins quaprs discussion,
savoir :
Stapylococcus epidermidis nest incrimin en tant que pathogne
quen prsence de matriel tranger ou aprs instrumentation au
niveau de lappareil urinaire, car cest une bactrie de la flore
cutane.

Les Staphylocoques coagulase ngative sont en nette augmentation dans
les infections urinaires, mais ils ne peuvent tre incrimins que sils sont
retrouvs dans un deuxime prlvement surtout en labsence de
leucocyturie, car ce sont des bactries de la flore cutane.
Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus meticillino-rsistant
sont incrimins avec une numration 10
4
UFC/ml dans les cas
suivants :
- Malade hospitalis
- Prise dantibiotiques large spectre
- Intervention sur larbre urinaire
Staphylococcus aureus peut tre isol lors dune prostatite.
Acinetobacter sp, Stenotrophomonas maltophilia, autres
pseudomondaceae, leur implication en pathologie exige un niveau de
bactriurie lev 10
5
UFC/mL, ainsi quune rptition de la positivit
des urines la mme bactrie, et cela doit tre associ dautres
critres, cliniques ou inflammatoires.
Streptococcus agalactiae, retrouv chez la femme enceinte.
Enterobacter sp, Serratia sp., Citrobacter sp et Proteus indole positif
sont des bactries responsables surtout dinfections urinaires
nosocomiales, leur isolement en dehors de lhpital est discuter. Ils
sont incrimins en ambulatoire suite une hospitalisation rcente ou

une prise dantibiotiques large spectre, il ne faut pas hsiter
demander un deuxime prlvement durine au moindre doute surtout
en labsence de leucocyturie.

Chez le garon non circoncis les Proteus retrouvs dans les urines peuvent
tre une simple souillure lie ladhrence prputiale de la bactrie ou de
phimosis.
Les entrocoques peuvent tre de simples contaminants, seule la
prsence de signes cliniques de cystite et dune leucocyturie leve
tmoignent dune infection vraie.
Les lactobacilles, streptocoques hmolytiques, Gardnerella
vaginalis, Bifidobactrium sp, bacilles diphtrimorphes sauf
Corynbactrium uralyticum sont des contaminants qui
appartiennent la flore urtrale ou gnitale de proximit. Leur
isolement associ la prsence de cellules pithliales urinaires
lexamen direct des urines signe de faon quasi certaine une
contamination loccasion du prlvement. Seul leur isolement
partir dune ponction durine utilisant un cathter sus pubien pourrait
permettre dvoquer leur rle pathogne.
Corynbactrium uralyticum ncessite une incubation de 48 heures.
Il est retrouv dans les infections suite une greffe du rein ou une
intervention urologique.

Interprtation chez le transplant rnal

Avant la transplantation : Leucocyturie 10
4
/ml et la bactriurie
10
5
UFC/ml, avec un seul type de bactrie, est une simple colonisation ne
traiter que si le malade est admis lhpital pour intervention.
Aprs la transplantation : Linfection urinaire peut tre prcoce, en
prsence dune sonde urinaire, ou tardive six mois aprs la greffe do la
ncessit de raliser des tests rapides (Multistix) afin de dpister une
ventuelle infection urinaire. La prsence de nitrites, de leucocytes ou
hmaties est une indication pour la ralisation dun ECBU afin de confirmer
linfection urinaire et la traiter.
Ce suivi doit tre fait durant la premire anne aprs la transplantation.

Une tude ralise au CHU de Montpellier a rpertori les principaux agents
pathognes responsables dinfections urinaires chez le transplant rnal.

Micro-organismes Nbre (%) Micro-organismes Nbre (%)
Bacilles Gram
ngatif
52 (90%) Cocci Gram positif 4 (7%)
E. coli 41 (71%) Staphylocoque
coagulase-negative
2 (3.5%)
E. coli (BLSE) 10 (17.2%)
Pseudomonas
aeruginosa
6 (10%) Enterococcus
faecalis
2 (3.5%)
Klebsiella
pneumoniae
3 (5%)
Morganella morganii 2 (4%)
Champignons Virus
Candida krusei 1 (1.5%) BK Virus 1 (1.5%)

BLSE : Betalactamase spectre largi.

CHAPITRE VI
Epidmiologie


Chapitre VI : Epidmiologie 64
Principales tiologies des infections urinaires dans les diffrents
hpitaux dAlger

CHUBM
2001-2005
HCA
2001-2005
CHUM
2005
EHS KETTAR
2001-2005
N % N % N % N %
E. coli 878 62.7 2349 63.69 538 52.03 1411 62.8
Klebsiella spp 166 11.8 439 11.90 182 17.60 258 11.5
Proteus spp 159 11.3 196 5.31 55 5.31 210 9.3
Autres
enterobactries
21 1.5 165 4.47 _ _ 12 0.5
Pseudomonas spp 46 3.3 77 2.09 64 6.18 110 5
Staphylocoque spp 68 5 199 5.40 66 6.38 131 6
Streptocoque spp 31 2.2 192 5.21 37 3.57 46 2
Enterocoque spp 5 0.4 3 0.08 16 1.54 22 1

CHU BM : Centre hospitalo-universitaire de Beni Messous
HCA : Hopital central de larme
CHU M : Centre hospitalo-universitaire Mustapha Bacha
EHS Kettar : Etablissement hospitalier spcialis dEL Kettar
N : Nombre


Rpartition des principales tiologies des infections urinaires en
fonction des tranches dges de sexe et de lorigine du malade
dans les hpitaux dAlger

H : Hospitalis , ext : externe , F : feminin , M : Masculin, N : nombre
0- 2 ANS 3-6 ANS 7-15 ANS 16 ANS
H(N) Ext(N) H(N) Ext(N) H(N) Ext(N) H(N) Ext(N)

F M F M F M F M F M F M F M F M
E.coli 42 14 21 30 37 17 88 8 112 21 128 8 108 5 138 10
Klebsiella spp 3 19 / 7 6 4 / 2 6 2 14 5 13 / 41 2
Proteus spp 2 8 5 12 2 3 6 6 11 4 8 7 10 / 15 4
Pseudomonas spp 6 2 / 4 1 1 / 3 6 / 2 1 / / / /
Staphylocoque spp / / / 2 / / 4 1 / 5 3 9 7 1 27 /
C
H
U
B
M

Streptocoque spp / 1 / / / / / / 4 3 2 1 1 / / /
E.coli 10 19 39 21 24 17 88 14 32 11 99 16 517 235 669 318
Klebsiella spp 5 18 12 9 6 1 6 8 3 10 13 2 117 105 109 76
Proteus spp 3 10 1 9 1 5 6 11 3 10 1 4 40 44 20 56
Pseudomonas spp 1 11 0 4 7 6 5 1 3 1 0 0 50 104 14 21
Staphylocoque spp 0 1 0 1 0 0 1 2 0 2 3 2 33 28 63 24
H
C
A

Streptocoque spp 1 0 2 4 2 1 1 1 2 4 3 0 48 30 49 34
E.coli 10 5 11 14 14 8 22 6 11 3 22 4 26 15 204 45
Klebsiella spp 4 10 1 6 5 5 4 1 0 11 2 2 8 16 37 17
Proteus spp 0 3 1 3 2 4 1 4 0 2 1 0 7 4 4 2
Pseudomonas spp 0 6 0 2 / / 1 0 0 4 1 0 2 13 2 8
Staphylocoque spp 0 1 0 1 1 1 / / / / 1 1 1 2 32 3
C
H
U
M

Streptocoque spp / / 1 0 / / / / / / / / 0 1 18 5

Rsistances aux antibiotiques des principaux germes isols des
Urines des diffrents hopitaux dAlger

66,6
16,9
24,4
3,4
5
1,9
6,8
45,6
0
10
20
30
40
50
60
70
Taux de rsistance %
Ampicilline Amoxicilline+Ac Clavulanique Cef azoline
Cef otaxime Gentamicine Amikacine
Of loxacine Cotrimoxazole
E.coli (CHU-Mustapha)
N= 534

Klebsiella spp (CHU-Mustapha)
N= 180

36,6
55,4
35,8
63,8
40,9
25,5
3,9
0
10
20
30
40
50
60
70
Taux de rsistance %
Amoxicilline+Ac Clavulanique Cefazoline Cefotaxime
Cotrimoxazole Gentamicine Amikacine
Ofloxacine


P.mirabilis (EHS EL Kettar)
N= 47

0
44,4
91,3
4,4
2,3
8,5
86,6
78,5
54,1
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Taux de rsistance %
Amikacine
Amoxicilline+Ac
Clavulanique
Ampicilline
Cefotaxime
Cefoxitime
Gentamicine
Ticarcilline
Cefazoline
Cotrimoxazole

Streptocoque spp (EHS EL Kettar)
N= 37

0
0
11,1
29,7
0
0
5
10
15
20
25
30
Taux de rsistance %
Penicilline G Ampicilline Gentamicine HN Erthromycine Vancomycine

*HN :Haut niveau



S.aureus (HCA)
N= 14
0
0
4
0
6
13
0 0
6
2
0
6
0
0
7
0
2
4
6
8
10
12
14
Taux de rsistance en Nombre
Amikacine
Chloramphenicol
Erythromycine
Gentamicine
Oxacilline
Penicilline G
Pristinamycine
Rifamycine
Tetracycline
Cotrimoxazole
Vancomycine
Ac Fusidique
Fosfomycine
Lincomycine
Kanamycine

Staphylocoque spp (CHU-Mustapha)
N=65

43,1
12,1
3,2
14,1
27,3
4,6
23,8
0
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
Taux de rsistance %
Penicilline G Oxacilline Gentamicine Kanamycine
Erythromycine Lincomycine Tetracycline Vancomycine
Urine (N=65)



P.aeruginosa (CHU Beni Messous)
N= 20

0
0 0
5
2
0 0 0
0
0
0,5
1
1,5
2
2,5
3
3,5
4
4,5
5
Taux de rsistance en Nombre
Ticarcilline Piperacilline Ceftazidime Imipenem Gentamicine
Tobramycine Ofloxacine Ciproloxacine Amikacine

ANNEXE


Annexe 71
Anse
Urine
0.1 ml
0.1 ml
9.9 ml
Eau physi ologique
GN
HK,BCP,Mc Conkey
GSF
Numration bactrienne Isolement sur milieux sel ecti fs
Ensemensement
avec un rat eau

Mthode de KASS modifie:

Mthode lanse calibre :

Anse calibre 10 ul
Urine
Milieux utiliss selon technique :
GN , BCP, Milieux chromognes


Annexe 72

Algorithme pour identification des Cocci Gram + :

Catalase
Esculine(+)
BGT+NaCl 6% (+)
CGP
r
Staphylocoques
Streptocoques
Coagulase
Culture sur GN
s
SCN
r
S.aureus
s r
s
Hmolyse bta
sur GSF
Enterococcus sp Srogroupage

Annexe 73
Tableau de lecture des ractions biochimiques sur Api system

Tests Rsultats
Ngatif Positif
Ure
Orange Rose
Indole
Kovacs / immdiat
Pas danneau Anneau rouge / rose

TDA
TDA / immdiat
Marron Brun rouge

VP

Vp1+vp2 / 10minute
Incolore Rose / rouge

RM

RM / IMMEDIAT
Incolore Rouge
TSI (glucose, saccharose,
lactose)
Rouge Jaune
Citrate de simmons Vert Bleu
Disque OPNG Incolore Jaune
Violet Jaune
Zone intermdiaire
Tmoin dacide amine

LDC
ODS
ADH

Violet
Violet
Violet
Jaune
Jaune
Jaune

Violet
Violet
Violet

Rfrences
Bibliographiques


Rfrences Bibliographiques 75

1- BENSMAN A. Les infections urinaires de lenfant. La revue du praticien, 2004 ;
54 ; N3 : 237-242.
2- BOTTO H. Prostatites. La revue du Praticien, 2003 ; 53 ; N16 : 1785-1789.
3- CARON F. Diagnostic bactriologique et antibiotherapie des infections
urinaires. La revue du Praticien,2003 ;53 ;N16 :1760-1769.
4- CAVALLO J D. Bonne pratique de lexamen cytobactriologique des urines au
laboratoire. feuillets de biologie , 1997 ;vol XXXVIII ;N 215 ; 7-13.
5- CAVALLO J D et Coll. Outils du diagnostic biologique des infections urinaires
nosocomiales, analyse critique .Mdecine et maladie ifectieuse 2003 ; 33 ;
447-456.
6- COCHAT et Coll. Analyse durine par bandelette ractive ; Archives
Pdiatriques, 1998 ; 5 :65-70.
7- COCHAT L. et MARQUET L. Infections urinaires de lenfant, leucocyturie,
Revue du praticien, 2003, 53 : 571-575
8- COURCOL R et Coll. Les difficults dinterprtation de lexamen
cytobactriologique des urines. Revue francaise des laboratoires, Fvrier 2005 :
21-25.
9- FOURCADE R-O, MANSI A.Cystites. La revue du Praticien, 2003 ; 53 ;
N16 :1772-1776.
10- GERARD M et Coll. Linfection urinaire du nouveau n. Archives de pdiatrie,
1998 ; 5 ; Suppl 3 : 254-259.
11- GOLDSTEIN FW. Place actuelle des tests rapides de dtection de linfection
urinaire. Mdecine Maladie infectieuse, 1991 ; 21 : 83-88.
12- GRAF J -D et Coll. Infections urinaires de ladulte : Quels examens prscrire et
comment les interprter. Mdecine et hygine,1999 ; 57 : 423-425.
13- GUIBERT J . Partenariat clinicien-biologiste devant une infection urinaire.
Feuillets de biologie, 1999 ; XXXVI ; N202 : 9-16.
14- HERVE J et Coll. Infections urinaires du sujet g. La presse mdicale, 2000 ;
29 ; N39 : 2137-2141.
15- LECOMTE F. Infections urinaires. La revue du praticien, 1998 ; 12 ;
N416 : 25-43.
16- LUCET J -C. A propos des infections urinaires nosocomiales. Lettre de
linfectiologue : 2003 ; Tome XVIII ; n4 ; 155-161.
17- LEROY V et Coll. Epidmiologie et diagnostic des infections urinaires.
Medecine Thrapeutique -Pdiatrie, 2004 ; vol. 7, n3 : p 173 186.

Rfrences Bibliographiques 76
18- MARIANI-KURKDJ AN P. Physiopathologie des infections urinaires.
MdecineThrapeutique-pdiatrie, 2004 ; vol. 7, n 3 : p 167 172.
19- MEYRIER A. Infections du haut et du bas appareil urinaire. Revue du
praticien,1995 ; 45 : 951-961.
20- MEYRIER A. Pylonphrites aigues. La revue du Praticien, 2003 ; 53 ; N16 :
1777-1784.
21- MOURAD M. et Coll. Complications infectieuses et noplasiques aprs
transplantation rnale. EMC- Nephrologie 2 , 2005 ; 158-181.
22- MOULIN F et Coll. Infections urinaires nosocomiales : Etude rtrospective dans
un hpital pdiatrique. Archives de pdiatrie, 1998 ; 5 suppl 3 :274-278.
23- RAYMOND J et Coll. Diagnostic microbiologique des infections urinaires chez
lenfant .intrt des tests rapides. Archives de pdiatrie, 1998 ; 5 ; Suppl 3 :
260-265.
24- REMY G. Prostatites, Revue du Praticien 1990 ; 40 ; 1285-1288
25- TAKAI K et Coll. Urinarytract infection following renal transplantation.
Transplantation proceedings,1998;30:3140-3141.
26- VILLEFRANQUE V, COLAU J -C. Infections urinaires au cours de la grossesse. La
revue du praticien,2000 ;50 :1379-1382.
27- REMIC 2004. Examen cytobactriologique des urines (E.C.B.U) :13-17.
28- Confrence de consensus co-organise par la socit de pathologie infectieuse
de langue francaise(SPILF) et lassociation francaise durologie (AFU). Infections
urinaires nosocomiale,Nov 2002,Institut Pasteur, Paris.
29- CRETEIL J P et Coll. Evaluation dune technique didentification et de
numration rapide des germes rencontrs dans les infections urinaires. Feuillets
de biologie ,1993 ;vol XXXIV;N 191
30- Utilisation de bandelettes urinaires :
File: http://www.bioltrop.fr/13-techbioche/bandelettes-urinaires.htm
31- Les cellules rnales et les cristaux urinaires:
http://www.agora.crosemont.qc.ca/urinesediments/docfr/doc_003.htm

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