3ème Année Médecine 2017/2018 Module de Microbiologie Zine-Eddine LOUCIF

Les Cocci B-Streptococcus : Cocci à GRAM - :

Cocci à GRAM + :
A- Staphylococcus :
- Cocci gram + en amas (grappe de raisin) possédant une
coagulase (responsable de thrombophlébite).
- Aero anaérobie facultatifs
- Gites habituels : Narines, peau humide et muqueuses
- Répondu chez nombreuses espèces animales et
l’homme.
- Responsable de :
Méningites purulentes.
TIA : par la sécrétion d’exotoxines thermostable.
Infections cutanées
- Exigent en CO2 pour la culture
- Il existe des porteurs sains
- La transmission : Contact direct interhumain – indirect
par objets souillées – épidémies nosocomiales
- Souches de staph aureus sont :
Sensibles aux Péni M ; Macrolides ; Synergistines
Résistant à la Péni G + Péni A
- En Algérie, les staph sont résistants à la Pénicilline.
- Anti staph : Oxacilline – Pristinamycine – vancomycine
– Fosfomycine.
- Propriétés :
Elabore un pigment doré
Tolère de forte concentration de NaCl
Secrète de nombreuses toxines
Produit une coagulase et de nombreuses autres Enzy.
Produits :
Hémolysines, leucocidine, l’exfoliatine (lésions bulleuses
cutanés), Entérotoxines, Coagulase, Catalase, TSST
B-lactamase (+)
Bactéries qui se multiplie à 4C° :
Listeria monocytogènes
- Disposées en chainettes – Métabolisme anaérobie –
Oxydation positive – Catalase (-)
- Milieux riches (sang) – Aérotolérante
S. pneumoniae :
- Diplocoque G+ (en flamme de bougie) ; Encapsulé ;
Plusieurs sérotypes, 𝜶hémolytique.
- Fragile ayant tendance à s’autolyse dans les cultures
- Strictement humaine
- Commensale du rhinopharynx (v. aer sup ).
- Responsable de : Infection des V.resp ;
Méningites ;Bactériémies
- Résistance naturelle à : Pénicilline + Gentamycine
- Sensible à la Péni G
S. pyogènes (Groupe A) :
- Responsable de : Angine eryth-pultacé ; scarlatine,
impétigos
- Transmission : Contact direct + Voie aérienne.
- Produits : Streprolysine O,S , Streptokinase,
Hyaluronidase, Streptodornase, toxines érythrogènes
- Sensible à : Péni G, AminoPéni, Macrolides
- Résistent aux aminosides
- Pyogènes + Agalactiae  𝜷hémolytique.
Complications Post-streptococcique :
RAA + Glomérulonéphrite Aigue.
C- Enterococcus : Faecalis, Faecium
- En diplocoque / chainettes
- Catalase (-)
- 𝜸hémolytique (groupe D)
- Milieu usuels ou hostiles (forte concentration NaCl)
- Commensal du TD d’homme et animal.
- Infection nosocomiale. (Résiste Vanco + Céphalo)
- Représenté par les Neisseroceae :
- En diplocoques, Aéroanaérobie facultatifs
- Saccharose +.
- Fragile non cultivant que sur des milieux riches
- Les complications des septicémies à G- :
Néphropathie tubulo-interstitielle aigue
Choc endotoxinique
Coagulation intraveineuse disséminée
Méningite purulente
N. Meningitidis :
- Caractères : Capsulé + Spécifiquement humaine.
Pathogène, Laisse un Ag soluble dans le LCR, plusieurs
sérogroupes.
- Réservoir : Rhinopharynx
- Transmission : Aérienne (sécrétion rhinopharyngées)
- Responsable de : Méningites + Septicémies à
méningocoque
- TRT : B-Lactamine, Sensibilité diminué à Péni G
- Vaccin possible.
N. Gonorrhoeae :
- Strictement humaine.
- Transmission : Sexuelle.
- Prélèvement au niv des v. Génitales
- Localisation : Intra-leucocytaire au microscope.
- Responsable : des ulcérations génitales, Blennoragie,
l’ophtalmie purulente du Nv-né, Atteintes articulaires,
Septicémie.
- Nécessite une atmosphère enrichie en CO2
- Sécrétion possible de Béta lactamase (Pénicillinase)
en Algérie -> Résistance à la pénicilline
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Les Bacilles
Bacilles à GRAM - :
A- Les entérobactéries :
- Culture facile, Non sporulés, en(a)capsulé, (Im)mobile
- Aéro-anaérobies facultatifs, oxydase (-)
- Dégrade le glucose par voie fermentaire
- Cultivent en milieux ordinaires
- Siège : Intestin d’homme et animaux
- Pathogènes ou non
Pathogènes strict :
Salmonella, E.coli, Shigella, Yersinia
Opportunistes :
Proteae, Groupe KES, Citrobacter.
Shigella dysenteriae : (flexneri – sonnei – boydi)
- Responsable de : Fièvre (40), diarrhée hémorragique,
douleur abdominale, vomissement.
Salmonella :
- Salmonelle majeure, ne produit jamais de gaz
- Mobiles par la ciliature péritriche.
- Les antigènes : O, H, K, Vi , présence de porteurs sains
- Pouvoir entéroinvasif , Chez l’homme et l’animal
- Transmission : Per Os + Manuportage
- Sérotypes typhi et paratyphi Responsable de fièvre
typho-paratyphoides. A point de départ lymphatique 
TRT à forte diffusion
- Les décharges bactériennes se font à partir d’une
adénite mésentérique.
- Sensible à tt les ATB
Yersinia pestis :
- Agent de la Peste
- Une croissance améliorée par le sérum
- Transmission vectorielle (puce du rat) ou aérienne
Module de Microbiologie
E. Coli : (souches = ECE : TIPH)
- Commensale du TD
- Pathogène surtout chez l’immunodéprimés.
- La cause plus fréquente d’infections urinaires.
- Responsable des gastro-entérites.
- Les méningites du Nv-né à E.coli sont favorisées par les
infections urinaires de la mère, un rupture prématurée
des membranes, une naissance prématuré
B- Les vibrionaceae – Bordetella – Brucella –
Legionella :
Infections contagieuses :
Coqueluche – Diphtérie – Tuberculose
La coqueluche :
- Transmise par voie aérienne
- Agent = Bordetella pertussis
La brucellose :
- Transmise en ingérant des laitages crus (aliments
contaminés)
- Diagnostic par :
Sérodiagnostic de Wright
Réaction d’ag tamponné au Rose Bengale
L’immunofluorescence
Réaction immuno- enzymatique
C- Pseudomonas, Campylobacter, Haemophilus
et Helicobacter pylori :
Pseudomonas aeruginosa :
- Bacille G-, Mobile, Oxydase (+) , Aérobie strict
- Cultive dans milieu usuels, Asporulé
- Responsable d’infection nosocomiales
- Transmission ; interhumaine ou par matériel environm
- Produit des pigments, à croissance rapide.
Zine-Eddine LOUCIF
- Responsable de :
Infections graves chez les brulés + le diabétique
Infection pulmonaire sur mucoviscidose
Infections oculaires vers la panophtalmie
- Résistance à Nbrx Bêtalactamines et aminosides
Helicobacter pylori :
- Bacille G- Incurvé spiralé , Oxydase catalase Uréase (+)
- Cultive sur mieux sélectifs
- Diagnostic : Test : sérologique – Respiratoire à l’urée –
Rapide à l’urée sur biopsie gastrique.
- Sensible au : Métronidazole +Erythromycine
- Pathologies : Gastrite chronique, Cancer gastrique,
Ulcère gastro-duodénale.
Campylobacter : (jéjuni- coli – fetus – lari)
- Bactéries très exigeantes
- Micro aérophiles, Réservoir = TD des volailles + homme
- Cytochrome oxydase (+), catalase variable
- Jéjuni donne : Syndrome de Guillian-BARRE,
Gastroentérite,
Haemophilus :
- Polymorphisme d’examen direct
- Colonisation des V. resp hautes
- Différence entre les 2 espèces : H. influenza et ducrey
(Agent du chancre mou) en exigences nutritives
complexes.
- Résistance par sécrétion de B-lactamase plasmidique.
Haemophilus influenza :
- Bactérie exigeante en facteurs de croissance (X- V)
- Commensale de l’oropharynx, Immobile
- Aéro-anaérobie facultatif, Capsule inconstante
- Infection ORL et méningite ;
- Résistant à l’ampicilline par b-lactamase.
- Sensible au céfotaxime
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Bacilles à GRAM + :
A- Listéria, Bacillus, Corynébactéries :
Aero-anaérobie
Bacillus :
- Gros BG+, Mobiles (Sauf anthracis immobile), Sporulés
- Transmission : Cutanée (animaux), Pulmonaire
(spores), Alimentaire (viande), Professionnelle
(pas de transmission interhumaine)
- Bacillus cereus  Responsable de TIA
- Bacillus Anthracis  Charbon cutané (pustule maligne)
+ pulmonaire (industriel) ; Synthétise des ATB
Listeria :
- Manocytogènes résiste à : Céfotaxime + Colistine
Atteint les sujets fragilisés : Agé, enceinte, ID, Nv-né
Isolé de : Sang, LCR, Placenta, Liq amniotique, peau du
nv né.
Mobile à 10-25 C°, Non sporulé, Non capsulé.
- Responsable de la Listériose qui se manifeste par :
Avortement du 1er trimestre, Méningite, Encéphalite,
Septicémie + Infections respiratoires néonatales précoces
(7ème J) + Méningites (2-8 semaines)
Corynebacterium diphteriae :
- Famille des Actinomycetales
- Cultive en gélose au sang+ sérum (Loeffler)
- Paroi très riche en Acide gras, Aero anaérobie facultatif
- Produit une toxine protéique, la toxine diphtérique
- Isolée d’un prélèvement de gorge + hémoculture
- Pouvoir toxique par Conversion lysogénique
La diphtérie :
- Toxi-infection strictement humaine
- à déclaration obligatoire
- Se manifeste par angine pseudomembraneuse
- Traitée par sérothérapie précoce associé à une
ATBthérapie.
Module de Microbiologie
Les Mycobactéries :
Mycobacterium Tuberculosis :
- Bacille acido-alcoolo résistant (BAAR) = paroi riche en
acides mycoliques = Koch
- Aérobie strict
- Double sa population toutes les 20h
- Incubation lente (3 à 4 semaines)
- Isolé à partir d’un milieu à base d’œuf coagulé.
- Milieu enrichi au sang + atmosphère riche en Oxygène
- Sensibilité aux agents physiques
- Tué par l’alcool dilué à 70°
Tuberculose :
- Strictement humaine.
- à déclaration obligatoire
- Diagnostic : Microscope (coloration Ziel-Neelsen)
Culture milieu Lowenstein en atm aérobie
(Colonies en choux fleurs)
- Localisations : Pulmonaires, Ostéoarticulaire, Ggaire,
Génito-urinaires, péritonéale.
BCG : Souche atténuée de Mycobacterium Bovis.
Complications du BCG :
Adénite axillaire, Ostéite, Abcès au point d’injection,
BCGite généralisée chez l’immunodéprimé.
Zine-Eddine LOUCIF
Bactéries anaérobies strictes
- Incapable de croitre en présence d’O2
- à métabolisme fermentaire.
Genre Clostridium :
- Anaérobies strictes, Peut produire des toxines
- Bacilles à Gram (+), Sporulés
- Sensible à la pénicilline
- C. Perfringens :
Peut être responsable de la gangrène gazeuse.
L’intoxication alimentaire.
- L’homme se contamine à partir de son Tube digestif
Prélèvement des suppurations profondes :
- Chasser l’aire de la seringue après ponction
- Adresser rapidement au labo
Infections à B. anaérobies stricts :
Abcès hépatique/poumon/rénal, Péritonite,
Pneumonie , Otite chronique, Colite
pseudomembraneuse, Endométrite, cellulite bucco-
dentaire, Botulisme, Gangrène gazeuse, Tétanos.
Signes cliniques :
Localisation profonde de l’infection, Odeur fétide,
crépitement des tissus, Grains jaunâtres dans le pus,
Présence de bulles d’air.
Infection prés de l’anus, app génital, buccal
Notion de morssure, ID, Diabétique (pied)
Bactéries aérobies strictes :
Pseudomonas aeruginosa
Legionella pneumophila
Botulisme : Due à une toxine de nature protéique
thermolabile.
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Diagnostic des infections bactériennes
Le diagnostic sérologique permet :
- La mise en évidence d’anticorps spécifiques développés
suite à une infection bactérienne.
- L’appréciation d’efficacité de vaccination.
- D’évaluer la sensibilité des bactéries aux ATB.
Les prélèvements qui doivent être conservés à 4C° :
Urines – Selles – Crachat – tubage gastrique
Les prélèvements qui doivent être conservés 37C° :
Flacons d’hémoculture – LCR – Liquide de ponction
Pus d’abcès NON fistulisés – Prothèse – Pièces
opératoires.
Pas de conservation
Prélèvement de gorge - Pus d’oreille - Abcès fistulisés
Pvts gynécologiques, génitaux masculins
Prélèvement d’urine destiné à une ECBU :
Effectué de préférence au laboratoire
Acheminé au laboratoire dans l’heure qui suit
Effectué après toilette soigneuse des organes génitaux
Prélèvement du LCR :
Doit être acheminés immédiatement au laboratoire
A l’abri du froid (dans le creux de la main)
Après la réception d’un LCR purulent  Examen
microscopique, et téléphoner au médecin traitant pour
lui communiquer les résultats.
Diagnostic bactériologique d’une infection :
Prélèvement -> Examens microscopiques -> mise en
culture -> identification biochimique ->
Antibiogramme.
Module de Microbiologie
But des conditions d’asepsie pour le prélèvement :
- D’éviter d’introduire des germes du milieu extérieur
dans le prélèvement et/ou de contaminer le malade
- Pour éviter de contaminer le malade
- Obtenir un prélèvement stérile.
Prélèvements dans la Fièvre typhoïde :
Selles pour coproculture
Sang pour hémoculture et sérologie
Le diagnostic bactériologique indirect est obtenu
par :
- Le diagnostic sérologique à partir de deux
prélèvements de sang distants de 10 à 15 jrs.
- La recherche d’une hypersensibilité retardée.
Les examens bactériologiques immunologiques :
- Utilisés pour rechercher les antigènes bactériens
directement dans le produit pathologique.
- Nécessite l’utilisation d’AC bactérien spécifique.
Les Techniques d’immunofluorescence :
- Microscopiques basées sur le principe du couplage
d’un AC avec un fluorochrome.
- Utilisées pour le diagnostic rapide par la mise en
évidence direct des germes dans les frottis effectués à
partir de certains prélèvements.
- Présentent l’avantage d’une très grande spécificité.
La mise en culture permet :
- Obtenir le développement in vitro des germes
- Nécessaire à l’identification de la bactérie.
- l’isolement des différents germes lorsqu’on est en
présence d’un prélèvement polymicrobien.
Zine-Eddine LOUCIF
La fiche de renseignement :
- Nécessaire pour orienter les investigations du
bactériologiste.
- Facilite son travail, permet la rapidité de dgstc
- Diminue le risque d’erreur.
- doit être rempli par le médecin traitant
Les examens microscopiques :
- Renseignent sur la morphologie et la mobilité des
bactéries.
- Constituent un élément d’orientation diagnostique et
d’antibiothérapie.
- Peuvent être rendus spécifiques en utilisant des AC.
Test pour l’efficacité d’un TRT :
Le pouvoir bactéricide du sérum
Diagnostique d’une septicémie  Hémocultures.
L’Hémoculture :
- Doivent se faire toutes les 3 heures, au pic thermique
- Sont d’un apport important pour le calcul du pouvoir
bactéricidie du sérum.
- Peuvent être négatives dans l’endocardite infectieuse