COURS

Microbiologie & Environnement

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 1

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 2

1
 SOMMAIRE
Introduction à la Microbiologie
Préparation et coloration des échantillons
La taille, la forme et l’arrangement cellulaire
Organisation de la cellule procaryote
Rappels de la chimie des molécules organiques
Les besoins nutritifs courants
Les besoins en carbone, oxygène et hydrogène
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 3

SOMMAIRE
Les types nutritionnels chez les micro-org.
Les besoins en azote, phosphore et soufre
Les facteurs de croissance
L’absorption des nutriments par la cellule
Les types de milieux de culture
La morphologie et la croissance des colonies
L’isolement des cultures pures
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 4

2
 SOMMAIRE
Micro-organismes et écosystèmes aquatiques
Lois d’interactions entre micro-organismes
Les micro-organismes agents biogéochimiques
Micro-organismes et eaux naturelles
Micro-organismes et eaux d’alimentation
Les étapes d’analyse microbiologique des eaux
Les méthodes de dénombrement bactérien
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 5

SOMMAIRE
Les étapes de l’identification bactérienne
Les préalables à l’identification
Les méthodes traditionnelles d’identification
L’identification numérique
Les bactéries témoins de contamination fécale
La recherche et l’identification des germes totaux
La recherche et l’identification des coliformes
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 6

3
 SOMMAIRE
La recherche et l’identification des streptocoques
La recherche et l’identification des spores
Les normes bactériologiques des eaux potables
L’interprétation des résultats d’analyse

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 7

Principales références suggérées

MICROBIOLOGIE
MICROBIOLOGIEGENERALE.
GENERALE.H.
H.Leclerc,
Leclerc,J.-L.
J.-L.Gaillard
Gaillardet
etM.
M.Simonet
Simonet
Doin
DoinEditeur,
Editeur,Paris,
Paris,1995
1995

ABREGE
ABREGEDE
DEMICROBIOLOGIE.
MICROBIOLOGIE.P.
P.Singleton,
Singleton,D.
D.Sainsbury
Sainsbury
Masson
MassonEditeur,
Editeur,Paris,
Paris,1984
1984

MICROBIOLOGIE
MICROBIOLOGIEGENERALE.
GENERALE.J.-P.
J.-P.Régnaut,
Régnaut,
Décarie
DécarieVigot
VigotEditeur,
Editeur,Paris,
Paris,Montréal,
Montréal,1990
1990

GENERAL
GENERALMICROBIOLOGY.
MICROBIOLOGY.H. H.G.
G.Schlegel
Schlegel
Sixth
Sixth Edition. Cambridge UniversityPress,
Edition. Cambridge University Press,1986
1986

MICROBIOLOGIE
MICROBIOLOGIEDES
DESEAUX
EAUXD’ALIMENTATION.
D’ALIMENTATION.
C.
C.Haslay,
Haslay,H.H.Leclerc
Leclerc
Tec.
Tec. & Doc. Lavoisier, Paris,Londre,
& Doc. Lavoisier, Paris, Londre,New
NewYork,
York,1993
1993
MICROBIOLOGIE:
MICROBIOLOGIE:LE
LETUBE
TUBEDIGESTIF,
DIGESTIF,L’EAU
L’EAUET
ETLES
LESALIMENTS
ALIMENTS
H.
H.Leclerc,
Leclerc,D.
D.A.
A.A.
A.Mossel,
Mossel,
Doin
Doin Editeur, Paris,1989
Editeur, Paris, 1989
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 8

4
 Introduction
1- Qu’
Qu’est ce que la microbiologie

Ö Etude d’organismes trop petits pour être vus à

l’œil nu, c’est-à-dire les micro-organismes

Ö On classe aujourd’hui parmi les micro-organismes :

• Les algues et les mycètes

• Les protozoaires

• Les bactéries

• Les virus

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 9

Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Premières observations :
ª La découverte des micro-organismes

Ö Premières études expérimentales :

ª Le débat sur la génération spontanée

Ö Bases scientifiques de la microbiologie :

ª Origine bactérienne des maladies infectieuses

Ö Découverte du rôle écologique des bactéries :

ª Leur effet sur la matière organique

Ö Importantes découvertes concernant les bactéries :

ª Le règne de la biologie molécualire
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 10

5
 Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Premières observations :
ª La découverte des micro-organismes
• Observation et application empirique de phénomènes de
nature bactérienne

• Van Leeuwenhoeck (1632 – 1723)

9 Premières observations et description des bactéries

• Deux siècles plus tard …

9 Les bactéries demeurent une simple curiosité scientifique

• Relance du débat sur la génération spontanée

9 « l’intervention des êtres vivants préexistants n’est pas
nécessaire à la procréation »
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 11

Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Premières études expérimentales :

ª Le débat sur la génération spontanée
• Francesco Redi (1626 – 1697)
9 Mise en doute de la théorie de la génération spontanée en ce
qui concerne les organismes plus grands

• John Needham (1713 – 1782)

9 La matière organique possède une force vitale qui pouvait
donner les propriétés de vie à la matière non vivante

• Plus tard …
9 Lazzaro spallanzani (1729 – 1799)
9 Théodore schwann (1810 – 1882)
9 Georges Friedrich Schroder et autres
Origine aérienne des contaminations

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 12

6
 Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Premières études expérimentales :

ª Le débat sur la génération spontanée
• Felix Pouchet (1859)
9 Les micro-organismes se développent sans la contamination
par l’air

• Louis Pasteur (1822 – 1895)

9 Coup de grâce, en 1861, à la théorie de la génération
spontanée

Naissance
Naissancede delalathéorie
théoriegerminale
germinale
Un
Un organisme vivant ne peut provenir
organisme vivant ne peut provenir
que
que d’un
d’un organisme
organisme vivant
vivant
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 13

Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Bases scientifiques de la microbiologie :

ª Origine bactérienne des maladies infectieuses
• Davaine (1882)
9 Description de « bactéridies » immobiles dans le sang
d’animaux morts de la maladie du charbon

• Rober Koch (1843 – 1910) et Louis Pasteur

9 Première démonstration directe du rôle des bactéries dans les
maladies (étude du charbon)

• 1884 : Publication du Postulat de Koch

9 Le micro-organisme doit être présent dans chaque cas de maladie, mais
absent des organismes sains
9 Le micro-organisme suspect doit être isolé et cultivée en culture pure
9 La maladie doit se développer quand le micro-organisme isolé est inoculé à
un hôte sain
9 Le même micro-organisme doit de nouveau être isolé de l’hôte malade
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 14

7
 Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Bases scientifiques de la microbiologie :

ª Origine bactérienne des maladies infectieuses
• Lister (1867)
9 Stérilisation des instruments chirurgicaux par la chaleur,
utilisation du phénol sur les pansements
• Koch (1843 – 1910)
9 Tentatives pour isoler les bactéries en culture pure (surface de
pommes de terre et gélatine comme agent solidifiant)
• Fannie Hesse (1850 - 1934)
9 Introduction de l’agar comme agent solidifiant
• Richard Pétri (1887)
9 Mise au point de la boîte de Pétri
• Koch (1882)
9 Lancement du bouillon nutritif et de la gélose nutritive
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 15

Introduction
2- Bref historique de la microbiologie
Maladie Agent causant la maladie Scientifique responsable Date
Charbon Bacillus anthracis Koch / Pasteur 1876
Blennorragie Neisseria gonorrhoeae Neisser 1879
Fiè
Fièvre typhoï
typhoïde Salmonella typhi Eberth 1880
Malaria Plasmodium sp. Lawran 1880
Tuberculose Mycobacterium tuberculosis Koch 1882
Cholé
Choléra Vibrio cholerae Koch 1883
Diphté
Diphtérie Corynobacterium diphteriae Klebs et Loeffler 1883-
1883-84
Tétanos Clostridium tetani Nicolaier 1885
Diarrhé
Diarrhée Escherichia coli Escherich 1885
Pneumonie Streptococcus pneumoniae Frankel 1886
Méningite Neisseria meningitidis Weischelbaum 1887
Fiè
Fièvre ondulante Brucella sp. Bruce 1887
Gangrè
Gangrène gazeuse Clostridium perfreingens Welch et Nuttal 1892
Peste Yersinia pestis Kitasato et Yersin 1894
Botulisme Clostridium botulinum Van Ermengem 1896
Dycenté
Dycentérie Shigella dycenteriae Shiga 1898
Syphilis Treponema pallidium Schaudin et Hoffman 1905

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 16

8
 Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Bases scientifiques de la microbiologie :

ª Origine bactérienne des maladies infectieuses

• Pasteur
9 Découverte du vaccin et préparation du premier vaccin contre
la rage

• Emile Von Behring (1890)

9 Préparation des antitoxines contre la Diphtérie et le Tétanos
9 Découverte indirect de l’immunité humorale (Anticorps)

• Elie Metchinkoff (1884)

9 Découverte de la phagocytose
9 Découverte indirecte de l’immunité cellulaire

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 17

Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Découverte du rôle écologique des bactéries :

ª Leur effet sur la matière organique

• Théodore Schwann (1837)

• Pasteur (entre 1847 et 1857)

« La vie ne produit pas de corps symétrique »

« La fermentation est la vie sans l’air »

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 18

9
 Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Découverte du rôle écologique des bactéries :

ª Leur effet sur la matière organique
• Sergei Winogradsky (1856 – 1931)
9 Découverte de l’oxydation du fer, du soufre et de l’ammoniaque
par les bactéries du sol
9 Découverte de l’incorporation du CO2 par les bactéries
photosynthétiques
9 Isolement des bactéries anaérobies du sol et des bactéries
fixatrices d’azote
• Martinus Beijerink (1851 - 1931)
9 Découverte des bactéries fixatrices d’azote (Azotobacter) et de
la bactérie symbiotique des légumineuses (Rhizobium)
9 Etude des bactéries sulfato-réductrices et sulfo-oxydantes
9 Développement des techniques d’enrichissement des cultures
et l’utilisation de milieux selectifs
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 19

Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Importantes découvertes concernant les bactéries :

ª Le règne de la biologie moléculaire

• Années 1940
9 Relation étroite entre la microbiologie et les autres sciences
biologiques

• Entre 1950 et 1970 : Age d’or de la biologie moléculaire

9 Elucidation du code génétique
9 Mécanismes de synthèse de l’ADN, de l’ARN et des protéines

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 20

10
 Introduction
2- Bref historique de la microbiologie

Ö Importantes découvertes concernant les bactéries :

ª Le règne de la biologie moléculaire
• Chatton (1937)
9 Découverte des cellules Eucaryotes et Procaryotes
• Griffith (1928)
9 Découverte de la transformation
• Avery, MacLeod et McCarty (1944)
9 Identification de la substance dépositaire du message
héréditaire et correspondant aux gènes
Existence
Existence de
de multiples
multiples moyens,
moyens,trèstrèsrépandus
répandusquiqui
rendent
rendent les bactéries génétiquement solidaires par un
les bactéries génétiquement solidaires par un
échange
échange optimal
optimal de
de gènes
gènes qui
qui seseproduit,
produit,de
defaçon
façon
courante,
courante, dans
dans la
la nature
nature
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 21

Introduction
3- Domaines et rôles de la microbiologie

• Microbiologie médicale
9 Maladies humaines et animales
9 Identification de l’agent responsable d’une maladie infectieuse
9 Identification de nouveau agents pathogènes

• Microbiologie de la santé publique

9 Limiter la propagation des maladies contagieuses
9 Vérification des réserves alimentaires
9 Contrôle de la qualité des eaux d’alimentation

• Microbiologie agro-alimentaire
9 Maladies végétales qui affectent les cultures d’importance alimentaire
9 Transmission des maladies alimentaires (botulisme, salmonelloses)
9 Augmenter la fertilité des sols

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 22

11
 Introduction
3- Domaines et rôles de la microbiologie

• Microbiologie industrielle
9 Utilisation des micro-organismes pour produire des substances
telles que des antibiotiques, des vaccins, des alcools et autres
solvants, des vitamines, des acides aminés, des enzymes …etc

• Ecologie bactérienne
9 Relations entre les bactéries et leur environnement
9 Fonctionnement des cycles biogéochimiques

• immunologie
9 Fonctionnement du système immunitaire
9 Mise au point de techniques de production et d’utilisation des
anticorps

• Génétique microbienne et biologie moléculaire

9 Nature de l’information génétique
9 Étude des mutations et de transfert génétiques

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 23

Introduction
4- Proprié
Propriétés fondamentales des micro-
micro-organismes

Caractéristiques distinctives des végétaux et des animaux

Végétaux Animaux
o Le plus souvent fixés o Le plus souvent libres

o Sensibilité et motilité
o Sensibilité et motilité discrètes
prononcés
o Absorption de gaz et de o Ingestion d’aliments solides
substances dissoutes
o Cellule habituellement avec o Cellule le plus souvent sans
paroi paroi
o Le plus souvent o Non chlorophylliens, non
chlorophylliens et autotrophes autotrophes
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 24

12
 Introduction
4- Proprié
Propriétés fondamentales des micro-
micro-organismes

Ö 1886 (Haeckel)
ª Proposa le règne des protistes
• Organisation cellulaire

• Unicellularité et indivisibilité

• Taille cellulaire

• Flexibilité métabolique

• Potentiel de reproduction

• Omniprésence et abondance
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 25

Introduction
4- Proprié
Propriétés fondamentales des micro-
micro-organismes

Ö Organisation cellulaire

• 1838 (Schleiden et Schwann) : théorie cellulaire

9 « la cellule est l’unité fonctionnelle de tout être vivant capable

de fonctionner de manière autonome »

• 1937 (Chatton) : deux types de cellules

9 La cellule eucaryote : noyau entouré d’une membrane et

renfermant un certain nombre d’organites cellulaires

9 La cellule procaryote : organisation cellulaire rudimentaire

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 26

13
 Introduction
4- Proprié
Propriétés fondamentales des micro-
micro-organismes

Principales caractéristiques distinctives des eucaryotes et des

procaryotes

Eucaryotes Procaryotes
Caracté
Caractéristiques
Organisation cellulaire Complexe Simple

Organisation nuclé
nucléaire Noyau vrai Appareil nucléaire

Organites spé
spécialisé
cialisés Nombreux Rares
Unicellulaure
Type d’
d’organisation Pluricellulaire Unicellulaire
Coenocytique
Principaux Algues
repré
représentants Mycètes Bactéries
protozoaires
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 27

Introduction
4- Proprié
Propriétés fondamentales des micro-
micro-organismes
m 10-10 10-9 10-8 10-7 10-6 10-5 10-4 10-3 10-2 10-1

mm 10-7 10-6 10-5 10-4 10-3 0,01 0,1 1 10 100

μm 10-4 10-3 0,01 0,1 1 10 100 103 104 105

3 4 5 6 7
nm 0,1 1 10 100 10 10 10 10 10 108

Ä 1 10 100 103 104 105 106 107 108 109

Ordre de grandeur

Chlamy-
domonas

Atomes Molécules Petits Bactério- Bactéries Globule Paramécie Puce Mouche

virus phage rouge

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 28

14
 Introduction
4- Proprié
Propriétés fondamentales des micro-
micro-organismes

Ö Flexibilité métabolique
• Très grand nombre de substrats
• Plusieurs sources d’énergie

Ö Potentiel de reproduction
• La plus part des bactéries se divisent toutes les ½ heures
• Escherichia coli : 20 minutes
• Vibrio parahaemolyticus : 10 minutes

Ö Omniprésence et abondance
• Les bactéries sont ubiquistes
• La très grande majorité est utile pour l’homme
• Intervention dans les cycles biogéochimiques

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 29

La cellule procaryote : structure & fonction

1- Méthode d’é
d’étude
tude par microscopie à lumiè
lumière
Les lentilles et la déviation de la lumière

θ1 θ4
θ2 θ3

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 30

15
 La cellule procaryote : structure & fonction
1- Méthode d’é
d’étude
tude par microscopie à lumiè
lumière
La résolution du microscope

Objectif

Distance θ
De travail

Lame
Porte objet avec échantillon

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 31

La cellule procaryote : structure & fonction

1- Méthode d’é
d’étude
tude par microscopie à lumiè
lumière
La résolution du microscope

Lame Lame
porte-objet couvre-objet

Air Huile

(0,5) (530 nm)

d= = 212 nm = 0,2 μm
1,25

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 32

16
 La cellule procaryote : structure & fonction
2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö La fixation
ª Procédé par lequel les structures internes et
externes des cellules et des organismes sont
conservées et fixées sur place
• Inactive les enzymes qui peuvent détruire la morphologie
cellulaire

• Durcit les structures cellulaires qui pourraient être

modifiées par coloration

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 33

La cellule procaryote : structure & fonction

2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö La fixation
ª Deux types fondamentalement différents de
fixation :

• Fixation à la chaleur

• Fixation chimique

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 34

17
 La cellule procaryote : structure & fonction
2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö La fixation
ª Les principaux fixateurs contiennent des
composés tels que :

• L’éthanol
• L’acide acétique

• Le chlorure mercurique

• Le formaldéhyde et le glutaraldéhyde

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 35

La cellule procaryote : structure & fonction

2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö Les colorants et la coloration simple

ª Deux propriétés pour les colorants :

• Ils sont colorés grâce à la présence de groupes

chromophores possédant des doubles liaisons
conjuguées

• Ils se lient aux cellules par interactions ioniques,

covalentes ou hydrophobes

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 36

18
 La cellule procaryote : structure & fonction
2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö Les colorants et la coloration simple

ª Les colorants ionisables se divisent en deux
classes :

• Les colorants basiques (cationiques)

9 Se fixent aux molécules chargées négativement comme les
acides nucléiques et les protéines. Ex. : Bleu de méthylène,
Fuchsine basique, Cristal violet, Safranine

• Les colorants acides (anioniques)

9 Se fixent sur les molécules chargées positivement. Ex. :
Eosine, Rose bengal, Fuchsine acide

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 37

La cellule procaryote : structure & fonction

2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö La coloration de GRAM
ª Développée en 1883 par le médecin danois
Christian Gram. C’est la méthode de coloration
différentielle la plus utilisée en microbiologie.
Elle permet de diviser les bactéries en deux
grands groupes : les Gram positives et les Gram
négatives.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 38

19
 M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 39

La cellule procaryote : structure & fonction

2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö La coloration acido-alcoolo-résistante
ª Chauffage avec un mélange de Fuchsine
basique et de phénol, suivi d’un lavage à
l’alcool-acide

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 40

20
 La cellule procaryote : structure & fonction
2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö La coloration des capsules

ª Réalisée par coloration négative à l’encre de
chine ou à la négrosine

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 41

La cellule procaryote : structure & fonction

2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö La coloration des spores

ª Procédé de Shaeffer-Fulton : les endospores
sont d’abord colorées par chauffage des
cellules bactériennes avec la safranine, ensuite
les cellules sont lavées et contre colorées au
vert de malachite

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 42

21
 La cellule procaryote : structure & fonction
2- Pré
Préparation et coloration des échantillons

Ö La coloration des flagelles

ª Les flagelles sont d’abord épaissit en les
entourant de mordant comme l’acide tannique
ou l’alun de potasse. Elles sont ensuite colorées
de fuchsine basique (méthode de Gray) ou de
pararosaniline (méthode de Leifson)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 43

La cellule procaryote : structure & fonction

3- La taille, la forme et l’l’arrangement cellulaire

Ö Les bactéries de forme ronde sont des coques

ª Groupées en chaînettes. Ce sont alors en
générale des streptocoques
STREPTOCOQUES (GRAM +)

Les streptocoques constituent un genre important dans lequel on

trouve :

ƒ Des espè
espèces pathogè
pathogènes comme Streptococcus pyogenes
agents, par exemple d’
d’angines rouges

ƒ Des espè
espèces non pathogè
pathogènes et utilisé
utilisées dans l’industrie laitiè
laitière :
les streptocoques lactiques

ƒ Des espè
espèces non pathogè
pathogènes peuplant la muqueuse buccale

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 44

22
 La cellule procaryote : structure & fonction
3- La taille, la forme et l’l’arrangement cellulaire

Ö Les bactéries de forme ronde sont des coques

ª Groupées en amas plus ou moins irréguliers. Ce
sont alors des staphylocoques ou microcoques
STAPHYLOCOQUES ET MICROCOQUES (GRAM +)

ƒ Les staphylocoques possè

possèdent une espè
espèce pathogè
pathogène :
Staphylococcus aureus (ou staphylocoque doré
doré) agent de
suppurations cutané
cutanée (pus, anthrax…
anthrax…) et de nombreuses autres
infections localisé
localisées ou gé
généralisé
ralisées

ƒ Les autres espè

espèces peuvent être considé
considérées comme non
pathogè
pathogènes habitent la peau (Staphylococcus
(Staphylococcus epidermidis)
epidermidis) ou le
cuir chevelu (Staphylococcus
(Staphylococcus capitis).
capitis). Les microcoques ne sont
pas pathogè
pathogènes et peuplent la peau

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 45

La cellule procaryote : structure & fonction

3- La taille, la forme et l’l’arrangement cellulaire

Ö Les bactéries de forme ronde sont des coques

ª Groupées en amas cubiques. C’est le cas des
Sarcines
SARCINA (GRAM +)

ƒ Ces bacté
bactéries, sans pouvoir pathogè
pathogène, sont trè
très ré
répandue dans
la nature

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 46

23
 La cellule procaryote : structure & fonction
3- La taille, la forme et l’l’arrangement cellulaire

Ö Les bactéries de forme ronde sont des coques

ª Reliées par deux : se sont des diplocoques
LE PNEUMOCOQUE (GRAM +)
Streptococcus pneumoniae est responsable chez l’l’homme de
pneumonies aiguë
aiguës, de mé
méningites et d’
d’infection de la sphè
sphère ORL

NEISSERIA (GRAM -)
Le genre Neisseria comprends
- Deux espè
espèces pathogè
pathogènes :
Neisseria gonorrhoeae,
gonorrhoeae, agent d’ d’une maladie sexuellement
transmissible : la blennorragie.
Neisseria meningitidis,
meningitidis, agent de redoutables mé
méningites cé
cérébro-
bro-
spinales
- Des espè
espèces non pathogè
pathogènes qui peuplent notre pharynx
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 47

La cellule procaryote : structure & fonction

3- La taille, la forme et l’l’arrangement cellulaire

Ö Les bactéries de forme cylindrique sont des bacilles

ª Tailles et groupements variables

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 48

24
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 49

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La membrane plasmique
ª La membrane plasmique contient à la fois des
protéines et des lipides en proportions
variables. La plus part des lipides membranaires
sont structurellement asymétriques, avec un
coté polaire et un coté non polaire. Ils sont
appelés amphipatiques.

• Le modèle le mieux accepté de la structure membranaire est le

modèle de la membrane en « mosaïque fluide » de S. Jonathon
Singer et Garth Nicholson

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 50

25
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La membrane plasmique
ª Modèle de la mosaïque fluide

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 51

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La membrane plasmique
ª Deux types de protéines membranaires

• Les protéines extrincèques (ou périphériques)

9 Associées à la membrane de manière faible
9 Solubles dans les solutions aqueuses
9 20 à 30 % des protéines membranaires totales

• Les protéines intrincèques (ou intégrales)

9 Fortement liées à la membrane
9 Insolubles dans les solutions aqueuses
9 Sont amphipatiques (comme les lipides membranaires)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 52

26
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La membrane plasmique
ª Principaux rôles de la membrane plasmique
• Elle contient le cytoplasme et le sépare de l’extérieur

• Barrière perméable et sélective

• Transport d’éléments nutritifs et de déchets

• Site de plusieurs processus métaboliques importants

• Contient des molécules réceptrices spéciales qui
permettent à la bactérie de détecter et de répondre à des
substances chimiques présentent dans son
environnement

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 53

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Le cytoplasme

• Dépourvu d’organites délimités par une membrane

• Contient beaucoup d’eau (70 % de la masse bactérienne)

• Pas de structure définie au microscope électronique et

contient beaucoup de ribosomes

• La membrane plasmique et tout ce qu’elle contient =

protoplaste

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 54

27
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les corps d’inclusion

ª Les corps d’inclusion organiques

• Le glycogène : polymère de glucose (liaison glycosidique α

(1Æ 4) dispersé dans le cytoplasme sous forme de granules
visibles uniquement au microscope électronique

• Le poly-β-hydroxybutyrate (PHB) : molécules de β-hydroxybutyrates

reliés par des liaisons esters entre groupe carboxyle et hydroxyle de
molécules adjacentes

• Le glycogène et le PHB représentent des réserves de carbone

pour la production de l’énergie et pour la biosynthèse

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 55

Rappels : Chimie des molécules organiques

1- Les molé
molécules organiques
• Molécules qui contiennent du carbone
• Le carbone tend à former quatre liaisons covalentes de manière à
compléter sa couche électronique externe avec huit électrons
• Cette propriété permet la formation de chaînes et de cycles
d’atomes de carbone qui peuvent également fixer de
l’hydrogène et d’autres atomes

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 56

28
 Rappels : Chimie des molécules organiques
2- Les groupes fonctionnels

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 57

Rappels : Chimie des molécules organiques

2- Les groupes fonctionnels

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 58

29
 Rappels : Chimie des molécules organiques
2- Les groupes fonctionnels

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 59

Rappels : Chimie des molécules organiques

2- Les groupes fonctionnels

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 60

30
 Rappels : Chimie des molécules organiques
3- Les glucides
• Les glucides sont des aldéhydes ou des cétones d’alcools
polyhydroxylés. Les glucides les plus petits et les moins
complexes sont les sucres simples ou monosaccharides

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 61

Rappels : Chimie des molécules organiques

3- Les glucides

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 62

31
 Rappels : Chimie des molécules organiques
3- Les glucides

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 63

Rappels : Chimie des molécules organiques

3- Les glucides

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 64

32
 Rappels : Chimie des molécules organiques
3- Les glucides

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 65

Rappels : Chimie des molécules organiques

3- Les glucides

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 66

33
 Rappels : Chimie des molécules organiques
4- Les proté
protéines

• L’hydrolyse d’une protéine, par chauffage à 100 °C en milieu

acide, donne un ensemble de petites molécules appelés :
acides aminés

COOH
Formule générale : R CH
NH2

• Le carbone qui porte la fonction acide et la fonction amine est un

carbone asymétrique. Il en résulte deux possibilités d’isomérisation
désignées par les lettres L et D

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 67

Rappels : Chimie des molécules organiques

4- Les proté
protéines

• Les acides aminés appartiennent à la série L lorsque la

disposition spatiale des groupements autour du carbone
asymétrique correspond à celle de la L-glycéraldéhyde

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 68

34
 Rappels : Chimie des molécules organiques
4- Les proté
protéines

• Classification des acides aminés

1. HYDROPHOBES
- R aliphatique ou aromatique

Glycine (Gly) Alanine (Ala) Valine (Val) Leucine (Leu) Isoleucine (Ile)

- R contenant un atome de soufre

Phénylalanine (Phe) Tryptophane (Trp) Méthionine (Met) Cystéine (Cys)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 69

Rappels : Chimie des molécules organiques

4- Les proté
protéines

• Classification des acides aminés

2. HYDROPHILES NON IONISES

- R avec groupement hydroxyle -OH - R avec groupement amide -CONH2

Serine (Ser) Thréonine (Thr) Asparagine (Asn) Glutamine (Gln)

M.A. BAHLAOUITyrosine (Tyr) FSTM 2006 70

35
 Rappels : Chimie des molécules organiques
4- Les proté
protéines

• Classification des acides aminés

3. HYDROPHILES ET IONISES
- R avec groupement carboxylique -COOH - R avec groupement amine -NH2

Acide aspartique (Asp) Acide glutamique (Glu) Lysine (Lys) Arginine (Arg)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 71

Rappels : Chimie des molécules organiques

4- Les proté
protéines

• Classification des acides aminés

4. SINGULIERS

Histidine (His) Proline (Pro)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 72

36
 Rappels : Chimie des molécules organiques
4- Les proté
protéines

• Liaison peptidique

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 73

Rappels : Chimie des molécules organiques

4- Les proté
protéines

• Les structures primaires, secondaires et tertiaires

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 74

37
 Rappels : Chimie des molécules organiques
5- Les associations entre espè
espèces chimiques

• Le terme glycoprotéine désigne des corps qui ont plus de

propriétés de protéines que de propriétés de polysaccharides.
La moitié glucidique n’y étant pas très importante et n’étant pas
caractérisée par des propriétés polyanioniques

• Le terme mucoprotéine désigne d’énormes édifices où la moitié

polysaccharidique est macromoléculaire, polyanionique et associée
à des quantités moins importantes de protéines

• Le terme de peptidoglycane désigne des édifices gigantesques

dans lesquels de très longues chaînes de type
polysaccharidiques, rangées cote à cote, sont transversalement
reliées pa des chaînons oligosaccharidiques

Dans ces trois cas, les monomères de la partie saccharidique

sont formés par des dérivés de sucres simples

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 75

Rappels : Chimie des molécules organiques

5- Les associations entre espè
espèces chimiques

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 76

38
 Rappels : Chimie des molécules organiques
5- Les associations entre espè
espèces chimiques

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 77

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les corps d’inclusion

ª Les corps d’inclusion organiques
Les cyanobactéries possèdent trois corps d’inclusion organique distincts

• Granules de cyanophycines : grands polypeptides (acide

aspartique + arginine). Ce sont des réserves d’azote

• Les carboxysomes: molécules polyédriques contenant de la

rubulose 1-5 biphosphate carboxylase. Ce sont des réserves
d’enzymes pouvant ête le site de fixation du CO2

• La vacuole gazeuse : présente aussi chez les bactéries

photosynthétiques pourpres et vertes. Elle a un rôle dans la
flotaison

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 78

39
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les corps d’inclusion

ª Les corps d’inclusion inorganiques

• Granules de polyphosphates ou Volutine : polymère linéaire

d’orthophosphates liés par liaisons ester. Ce sont des réservoirs
de phosphate.

• Granules de soufre: les bactéries photosynthétiques pourpres

utilisent le sulfure d’hydrogène (H2S) comme donneur d’électrons
pour la photosynthèse et accumulent le soufre produit soit dans
l’espace périplasmique soit dans des globules cytoplasmiques
spéciaux.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 79

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les ribosomes
• Structures faiblement liées à la membrane plasmique
• Eléments complexes (protéines et ARN)
• Rôle dans la synthèse des protéines
• Légèrement plus petits que les ribosomes des eucaryotes
• Appelées souvent ribosomes 70 S
• Elles mesurent 14 à 15 nm sur 20 nm ; PM = 2,7 Millions
• Formées de deux (2) sous unités : 50 S et 30 S
• S = unité SVEDBERG (unité du coefficient de sédimentation)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 80

40
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Le nucléoïde
• Les cellules Eucaryotes : 2 ou plusieurs chromosomes délimités
par un noyau
• Les Procaryotes : pas de noyau
• Le chromosome procaryote est circulaire

• Le nucléoïde est visible au microscope optique après coloration de

Feulgen

• Analyse du nucléoïde :
9 60 % d’ADN
9 Peu d’ARN
9 Faible quantité de protéines
• Escherichia coli (2 à 6 mm); le cercle d’ADN : 1400 mm

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 81

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Le nucléoïde
De nombreuses bactéries contiennent des plasmides en plus du
chromosome
• Molécules circulaires à ADN double brin
• Soit indépendant soit lié au chromosome

• Peut être transmis à la descendance

• Pas nécessaire au développement et à la reproduction
• Peut porter des gènes avantageux
9 Résistance aux médicaments
9 Nouvelles possibilités métaboliques
9 Pathogénicité
9 Etc …

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 82

41
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La structure du peptidoglycane
• Enorme polymère constitué de plusieurs sous unités liées entre
elles
• Le polymère contient deux dérivés de sucre :
9 La N-acétylglucosamine
9 La N-acétylmuramique (NAM)
• Et plusieurs acides aminés différents
• Ossature constituée de l’alternance de résidus NAG et NAM
• Un tétapéptide est lié au groupe carboxyle de la NAM
• Les chaînes du peptidoglycane sont liées par liaisons
interpeptidiques
• Souvent le groupe carboxyle de la D-alanine terminal est lié
directement au groupe amine de l’acide diaminopimélique

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 83

La cellule procaryote : structure & fonction

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 84

42
 La cellule procaryote : structure & fonction

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 85

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La paroi cellulaire procaryote

• Une des parties les plus importantes de la cellule

• la plupart des bactéries ont une paroi

• Donne la forme et protège contre la lyse osmotique

• Protège contre les substances toxiques

• Site d’action de plusieurs antibiotiques

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 86

43
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La paroi cellulaire procaryote

• La paroi cellulaire des bactéries Gram positives :

9 Couche mince de peptidoglycane ou muréine
9 20 à 80 nm d’épaisseur

• La paroi cellulaire des bactéries Gram négatives :

9 plus complexe
9 Couche de muréine (1 à 3 nm d’épaisseur)
9 Membrane externe (7 à 8 nm d’épaisseur)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 87

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La paroi cellulaire procaryote

• Espace périplasmique des bactéries Gram négatives

9 1 à 71 nm ; 20 à 40 % du volume cellulaire
9 Protéines périplasmiques (enzymes hydrolysantes)
9 Protéines fixatrices (transport de molécules)

• Espace périplasmique des bactéries Gram positives

9 Moins de protéines périplasmiques
9 Excrétion d’enzymes (exoenzymes)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 88

44
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La paroi cellulaire procaryote

ª La paroi des bactéries GRAM positives
• Paroi épaisse et homogène
• Constituée principalement de peptydoglycane

• Contient une grande quantité d’acides téichoïques

• Des acides aminés (D-alanine) ou sucres (glucose) sont attachés au
glycérol ou au rubitol

• Les acides téichoïques sont connectés:

9 Soit à la muréine elle-même :acides téichoïques
9 Soit aux lipides membranaires : acides lipotéichoïques

• Les acides téichoïques donnent à la paroi sa charge négative

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 89

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 90

45
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La paroi cellulaire procaryote

ª La paroi des bactéries GRAM négatives

• Paroi plus complexe que celle des bactéries Gram positives

• Couche fine de peptidoglycane

• Protéine la plus abondante : Lipoprotéine de Braun

• Les éléments les plus particuliers : les lipopolysaccharides

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 91

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La paroi cellulaire procaryote

ª La paroi des bactéries GRAM négatives

• IMPORTANCE DES LPS

9 Échapper aux défenses immunitaires de l’hôte
9 Contribuer à la charge négative de la paroi
9 Aider à la stabilisation de la structure membranaire
9 Les LPS sont souvent toxiques (endoenzymes)

• IMPORTANCE DE LA MEMBRANE EXTERNE

9 Barrière de protection
9 Empêche l’entrée des sels biliaires, des antibiotiques et autres
substances toxiques
9 Plus perméable que la membrane plasmique
9 Empêche la perte des constituants cellulaires

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 92

46
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 93

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö La paroi cellulaire procaryote

ª La paroi cellulaire et la protection osmotique

• Protège la bactérie contre la pression osmotique

• L’eau a tendance à entrer dans la cellule bactérienne et la pression

osmotique peut atteindre 20 atmosphères

• La membrane plasmique ne supporte pas une telle pression. Elle va

gonfler, se lyser en l’absence de la paroi

• La plasmolyse est l’inverse de la turgescence. Elle est utile pour la

préservation de la nourriture.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 94

47
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les capsules et les couches mucoïdes

• Certaines bactéries ont une couche supplémentaire à l’extérieur de

la paroi cellulaire. Exemple : Klebsiella pneumoniae, Bacteroides
• Si cette capsule est :
9 Organisée : capsule
9 Diffuse : couche mucoïde

• Capsules et couches mucoïdes sont composés de polysaccharides,

mais peuvent contenir d’autres substances. Exemple : acide poly-D-
glutamique de Bacillus anthracis

• Facilement visibles au microscope optique après coloration

négative ou coloration particulière

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 95

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les capsules et les couches mucoïdes

ª Le rôle des capsules
• Résistance à la phagocytose

• Protection contre la dessiccation

• Protection contre les virus bactérien (bactériophages)

• Protection contre la plupart des substances toxiques hydrophobes

(détergents)

• Site d’attache des bactéries sur les surfaces solides

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 96

48
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les pili ou fimbriae

ª Les pili ou fimbriae
• Courts appendices fins (comme les cheveux), plus minces que les
flagelles et ne sont pas impliqués dans le mouvement
• Une cellule peut être couverte de 1000 fimbriae, mais on ne les
voient qu’au microscope électronique

• Ils apparaissent comme de minces tubes composés de sous-unités

protéiques arrangées en hélice

• 3 à 10 nm de diamètre sur plusieurs micromètres de long

• Rôle dans l’adhésion des bactéries aux surfaces

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 97

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les pili ou fimbriae

ª Les pili sexuels
• Appendices similaires mais différents des fimbriae

• Une cellule peut contenir de 1 à 10 pili sexuels

• Souvent plus épais que les fimbriae (9 à 10 nm de diamètre)

• Rôle dans l’appariement des bactéries

• Site de fixation des virus bactérien

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 98

49
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les flagelles et la mobilité

• Appendices locomoteurs qui s’étendent à l’extérieur de la

membrane plasmique et de la paroi cellulaire

• Structures minces (environ 20 nm de diamètre sur 15 à 20 mm de

long)

• Ils sont fins et doivent être épaissies pour être observées au

microscope (cf. coloration des flagelles)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 99

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö Les flagelles et la mobilité

ª On distingue :
• Les bactéries monotriches
9 Un seul flagelle à une extrémité, il es dit polaire

• Les bactéries amphitriches

9 Un seul flagelle à chaque extrémité

• Les bactéries lophotriches

9 Une touffe de flagelles à une ou a chaque extrémité

• Les bactéries péritriches

9 Flagelles distribuées sur toute la surface

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 100

50
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

a b

c Exemples de distribution de flagelles

a) Monotriche polaire :Pseudomonas

b) Lophotriche :Spirillum
c) Péritriche :Proteus vulgaris
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 101

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
• Structure spéciale, résistante et dormante
• Les endospores se développent dans les cellules végétatives de
quelques genres bactériens : Bacillus, Clostridium (bacilles),
Sporosarcina (coque) et autres

• Les endospores sont résistantes à la chaleur, aux UV, à la

dessiccation et aux substances chimiques

• Les endospores ont une grandes importance en microbiologie

industrielle et médicale

• Les endospores représentent le moyen de survie au manque d’eau

et d’éléments nutritifs

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 102

51
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
ª Cinétique de destruction thermique
Inactivation thermique de Bacillus stearothermophilus (population initiale : N0 = 1012)
126 °C 121 °C 116 °C
Temps (min) Log N Temps (min) Log N Temps (min) Log N
0 12 0 12 0 12
1 11,34 1 11,75 6 11,5
2 10,67 2 11,5 12 11
3 10 3 11,25 18 10,5
4 9,34 4 11 24 10
5 8,67 6 10,5 30 9,5
6 8 8 10 60 7
9 6 12 9 120 2
12 4 16 8 144 0
15 2 24 6
18 0 32 4

M.A. BAHLAOUI 48 FSTM 2006 0 103

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
ª Cinétique de destruction thermique

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 104

52
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
ª Cinétique de destruction thermique
Inactivation thermique de Clostridium botulinum (population initiale : N0 = 1012)
121 °C 111 °C 101 °C
Temps (min) Log N Temps (min) Log N Temps (min) Log N
0 12 0 12 0 12
0,2 11 0,2 11,9 0,2 11,99
0,4 10 1 11,5 1 11,95
0,6 9 2 11 4 11,8
0,8 8 4 10 10 11,5
1 7 10 7 20 11
2 2 15 4,5 40 10
20 2 60 9
24 0 120 6
200 2
240 0

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 105

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
ª Cinétique de destruction thermique

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 106

53
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
ª Cinétique de destruction thermique

Conclusion
• Le nombre de micro-organisme survivant à
un traitement stérilisant décroît
exponentiellement avec le temps

• Ces résultats et ces courbes permettent de

définir le temps de réduction décimale D.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 107

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
ª Cinétique de destruction thermique

ª Pour Bacillus stearotherophilus : ª Pour Clostridium botulinum :

ƒ à 121 °C : au temps 0 : N0 = 1012 (log N0 = 12) ƒ à 121 °C : au temps 0 : N0 = 1012 (log N0 = 12)
au temps 4 min : N = 1011 au temps 0,2 min : N = 1011
(log N = 11) donc D = 4 min (log N = 11) donc D = 0,2 min

ƒ à 126 °C : au temps 0 : N0 = 1012 (log N0 = 12) ƒ à 111 °C : au temps 0 : N0 = 1012 (log N0 = 12)
au temps 1,5 min : N = 1011 au temps 2 min : N = 1011
(log N = 11) donc D = 1,5 min (log N = 11) donc D = 2 min

ƒ à 116 °C : au temps 0 : N0 = 1012 (log N0 = 12) ƒ à 101 °C : au temps 0 : N0 = 1012 (log N0 = 12)
au temps 12 min : N = 1011 au temps 20 min : N = 1011
(log N = 11) donc D = 12 min (log N = 11) donc D = 20 min

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 108

54
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
ª Cinétique de destruction thermique

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 109

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
ª Cinétique de destruction thermique

Conséquences
• Pour la plupart des spores : destruction
efficace à partir de 120 °C
• On peut quantifier le traitement thermique

• T unités de traitement = t minutes à 121 °C.

t est appelé « valeur stérilisatrice » Elle
s’exprime sans unités.
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 110

55
 La cellule procaryote : structure & fonction
4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
ª Notion de risque

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 111

La cellule procaryote : structure & fonction

4- Organisation de la cellule procaryote

Ö L’endospore bactérienne
• La spore peut être subterminale, terminale ou centrale

• La spore est constituée de :

9 Un exosporium : enveloppe délicate
9 Une tunique : responsable de la résistance
9 Un cortex : plus de la moitié du volume de la spore
9 Une paroi de la spore : entoure le protoplaste

• Mécanisme de la résistance des spores

9 Stabilisation des composés comme l’ADN grâce au complexe acide
dipicolinique-calcium
9 Déshydratation du protoplaste grâce au cortex
9 Stabilisation accrue des protéines cellulaires chez les bactéries
adaptées à une croissance à des températures élevées

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 112

56
 La nutrition bactérienne
1- Les besoins nutritifs courants

Ö Les macroéléments
• Les éléments majeurs :
9 Carbone, Oxygène, Hydrogène, Azote, Soufre, Phosphore
9 Se sont des constituants des glucides, lipides, protéines et acides
nucléiques
9 Requis à des concentrations exprimées en g/l

• Les éléments mineurs

9 Potassium, Calcium, Magésium et Fer
9 Ils existent dans la cellule à l’état de cations
9 Requis à des concentrations exprimées en mg/l

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 113

La nutrition bactérienne
1- Les besoins nutritifs courants

Ö Les oligoéléments
• Manganèse, Zinc, Cobalt, Molybdène, Nickel, et Cuivre
9 Ils font partie des enzymes et des cofacteurs
9 Ils aident à la catalyse des réactions et au maintien de la structure
des protéines
9 Requis à des concentrations exprimées en μg/l

Ö Les besoins spécifiques ou spéciaux

• Ils reflètent la nature particulière de leur morphologie ou de leur
environnement

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 114

57
 La nutrition bactérienne
2- Les besoins en carbone, hydrogè
hydrogène et oxygè
oxygène

• Ils sont souvent satisfaits ensembles.

• Les autotrophes : CO2 comme seul source de carbone.

• Les hétérotrophes : molécules préformées réduites.

• Extraordinaires possibilités des micro-organismes en ce qui

concerne les sources de carbone.

• Les besoins nutritifs des micro-organismes sont très différents

d’une espèce à l’autre et peuvent changer au sein de la même
espèce suite à des mutations.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 115

La nutrition bactérienne
2- Les besoins en carbone, hydrogè
hydrogène et oxygè
oxygène

• Prototrophe : micro-organisme qui requiert les

mêmes nutriments que la plupart des autres
membres de son espèce

• Auxotrophe : mutant prototrophe qui a perdu la

capacité de synthétiser un élément essentiel et
auquel on doit fournir cet élément ou son
précurseur

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 116

58
 La nutrition bactérienne
2- Les besoins en carbone, hydrogè
hydrogène et oxygè
oxygène

Ö Source de carbone, d’énergie et d’hydrogène

ƒ Source de carbone
9 Autotrophes CO2 comme seule ou principale source de C.
9 Hétérotrophes Molé
Molécules organiques pré
préformé
formées ré
réduites

ƒ Source d’é
d’énergie
nergie
9 Phototrophes Lumiè
Lumière
9 Chimiotrophes Oxydation composé
composés org.
org. et inorganiques

ƒ Source d’
d’hydrogè
hydrogène/é
ne/é
9 Lithotrophes Molé
Molécules inorganiques ré
réduites
9 Organotrophes Molé
Molécules organiques ré
réduites

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 117

La nutrition bactérienne
2- Les besoins en carbone, hydrogè
hydrogène et oxygè
oxygène

Ö Principaux types nutritionnels

Principaux types Sources d’é
d’énergie,
nergie, d’
d’H/é
H/é et de carbone
ƒ Autotrophes photolithotrophes Energie lumineuse
Donneur inorganique d’
d’H/é
H/é
CO2 comme source de Carbone

ƒ Hétérotrophes photoorganotrophes Energie lumineuse

Donneur organique d’
d’H/é
H/é
Source organique de carbone

ƒ Autotrophes chimiolithotrophes Source chimique d’é

d’énergie
nergie (inorganique)
Donneur inorganique d’
d’H/é
H/é
CO2 comme source de carbone

ƒ Hétérotrophes chimioorganotrophes Source chimique d’é

d’énergie
nergie (organique)
Donneur organique d’
d’H/é
H/é
M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 118
Source organique de carbone

59
 La nutrition bactérienne
3- Les besoins en azote, phosphore et soufre
• Le phosphore
9 Nécessaire à la synthèse des acides nucléiques, des
phospholipides, des nucléotides comme l’ATP et de quelques
cofacteurs.
9 Tous les micro-organismes utilisent le phosphate inorganique
comme source de phosphore et l’incorpore directement
• Le soufre
9 Nécessaire à la synthèse de substances comme la cystéine et la
méthionine, de quelques glucides, de la biotine et de la thiamine
9 La plus part des micro-organismes utilisent le sulfate comme source
de soufre et le réduisent.
9 Certains exigent une source réduite du soufre comme la cystéine

• L’azote
9 Nécessaire à la synthèse des acides aminés, des purines, des
pyrimidines et de certains glucides et lipides

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 119

La nutrition bactérienne
4- Les facteurs de croissance

• Définition
9 Ce sont des constituants cellulaires essentiels (ou leurs
précurseurs) qui ne peuvent pas être synthétisés par un organisme.
Ce dernier doit donc l’obtenir de son environnement

• Les classes de facteurs de croissance

9 Les acides aminés : Synthèse protéique
9 Les purines et pyrimidines : synthèse des acides nucléiques
9 Les vitamines : petites molécules organiques formant des
cofacteurs ou une partie de ceux-ci. Ils sont nécessaires à la
croissance en quantité très faible

• Intérêt
9 Dosage microbiologique de nombreuses substances

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 120

60
 La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

• Les micro-organismes absorbent les nutriments

• Les mécanismes d’absorption sont spécifiques

• Les micro-organismes doivent être capables de transporter les

nutriments

• Les nutriments doivent traverser la membrane plasmique

• Il existe plusieurs mécanismes de transports différents

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 121

La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö La diffusion facilitée
• Diffusion passive (= diffusion)
9 Les molécules se déplacent d’une région de concentration élevée
vers une région de concentration faible.
9 Processus peu efficace et peu utilisé.

• Diffusion facilitée
9 Processus médié par des transporteurs membranaires appelés
perméases.
9 C’est une véritable diffusion, les mouvements des molécules à
travers la membrane est dû au gradient de concentration et aucune
énergie n’est nécessaire.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 122

61
 La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö La diffusion facilitée

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 123

La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö Le transport actif

• C’est le transport de molécules contre un gradient de concentration

grâce à l’utilisation de l’énergie métabolique.

• Il ressemble au transport facilité (recours à des protéines de

transport).

• Les transporteurs ont une spécificité vis à vis des molécules.

• Dans les deux cas (transport passif et actif), des molécules

similaires peuvent entrer en compétition avec la même protéine de
transport.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 124

62
 La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö Le transport actif

• Le transport actif se caractérise aussi par la saturation des

transporteurs à des concentrations élevées en soluté.

• Le transport actif diffère de la diffusion facilitée par son utilisation

d’énergie métabolique et sa capacité à concentrer des substances.

• Les systèmes de transports utilisent des protéines spéciales

localisées dans le périplasme des bactéries Gram négatives.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 125

La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö Le transport actif
Deux sources d’énergie sont utilisées :

• L’ATP ou autres composés riches en énergie

9 Escherichia coli : arabinose, maltose, galactose, ribose, glutamate,
histidine, leucine)

• La force proton-motrice
9 Exemple de système de transport utilisant la force proton-motrice :
la perméase du lactose chez E. coli.
9 La perméase utilise le symport de protons pour transporter le
lactose.
9 Escherichia coli emploi ce système pour importer des acides
aminés, des acides organiques (succinate, malate)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 126

63
 La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö Le transport actif
La force proton-motrice peut contribuer indirectement au transport
+
actif, souvent par la formation d’un gradient d’ions sodium (Na )

• Le gradient de sodium généré, par le système antiport de protons,

conduit à l’importation de sucres et d’acides aminés

• Chez E. coli, les systèmes de transport importent le mélobiose et

l’acide glutamique quand le sodium est en même temps véhiculé à
l’intérieur de la cellule

• Les micro-organismes : diversité de système de transport donc

avantage compétitif supplémentaire

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 127

La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö Le transport actif

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 128

64
 La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö La translocation du groupe

• Processus au cours duquel une molécule est transférée dans la

cellule toute en étant modifiée chimiquement

• Le plus connu est la phosphotransferase des sucres (PTS)

dépendant du phosphoénolpyruvate (PEP). Il transfert une variété
de sucres dans les cellules procaryotes en les phosphorylant et en
utilisant le PEP comme donneur de phosphate

PEP + SUCRE (extérieur) Æ PYRUVATE + SUCRE-P (intérieur)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 129

La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö La translocation du groupe
• Le PTS est très complexe chez Escherichia coli et Salmonella
typhimurium. Il est constitué par trois enzymes et une protéine
thermostable (HPr).
• Les enzymes II et III sont spécifiques et varient selon les PTS.

• L’enzyme I et HPr sont communes à tous les PTS

• Les membres des genres Escherichia, Salmonella, Staphylococcus

et d’autres bactéries anaérobies facultatives ainsi que des bactéries
anaérobies strictes (Clostridium) possèdent des PTS.

• Escherichia coli et Salmonella typhimurium absorbent le glucose, le

fructose, la lactose, le mannitol, le sorbitol et d’autres sucres par la
translocation du groupe

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 130

65
 La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö La translocation du groupe

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 131

La nutrition bactérienne
5- L’absorption des éléments nutritifs

Ö La capture du fer
• Presque tous les micro-organismes ont besoin du fer pour les
cytochromes et de nombreux enzymes.

• La capture du fer est difficile car les ions ferriques (Fe3+) et leurs
dérivés sont très insolubles.
• Beaucoup de bactéries et de mycètes ont surmontés cette difficulté
en secrétant des sidérophores.
• Les sidérophores sont des petites molécules de faible poids
moléculaire qui complexes les ions ferriques et les fournissent à la
cellule

• Exemple de sidérophore : le ferrichrome

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 132

66
 Les milieux de culture
1- Définition

• Préparations solides ou liquides contenant tous les éléments

nutritifs nécessaires à la croissance et au développement d’un
micro-organisme

• La composition d’un milieu de culture dépend de l’espèce à cultiver

• La fonction d’un milieu de culture détermine sa composition.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 133

Les milieux de culture

2- Les milieux synthé
synthétiques ou dé
définis

• Milieux de culture de composition connue

• Très utilisés en recherche (besoins nutritifs des micro-organismes)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 134

67
 Les milieux de culture
3- Les milieux complexes

• Milieux de culture contenant des ingrédient de composition

inconnue
9 Peptones : source de carbone, d’énergie et d’azote
9 Extrait de bœuf : source d’a.a., de peptides, de nucléotides ..
9 Extrait de levure : source de vitamine B et d’autres composés
azotés

• Les milieux complexes sont utiles car un milieu peut être

suffisamment riche pour satisfaire les besoins de nombreux micro-
organismes

• Les milieux complexes sont parfois nécessaires lorsque les besoins

nutritifs d’in micro-organisme particulier sont inconnus

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 135

Les milieux de culture

3- Les milieux complexes

• On peut solidifier un milieu de culture liquide en y ajoutant de l’agar

à 1,5 %
9 L’agar est un polymère sulfaté composé de D-galactose, de 3,6-
anhydro-L-galactose et d’acide D-glucoronique

• On peut parfois utiliser d’autres agents solidifiants

9 Exemple : Gel de silice pour l’identification des sources de carbone

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 136

68
 Les milieux de culture
3- Les milieux complexes

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 137

Les milieux de culture

4- Les types de milieux

Ö Les milieux non sélectifs

• Milieux à utilisation générale permettant la croissance de la plupart
des micro-organismes
9 Bouillon et gélose nutritives
9 Bouillon et gélose au soja

Ö Les milieux sélectifs

• Milieux de culture qui favorisent la croissance de micro-organismes
particuliers en inhibant celle des micro-organismes indésirables ou
en avantageant seulement celle des micro-organismes recherchées.
9 Gélose lactosée au TTC et Tergitol
9 Gélose de MacConkey
9 Gélose Bile-Esculine-Azide

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 138

69
 Les milieux de culture
4- Les types de milieux

Ö Les milieux différentielles

• Milieux de culture permettant la distinction entre des groupes de
micro-organismes sur la base des caractéristiques biologiques
différentes
9 Gélose lactosée au TTC et Tergitol
9 Gélose de MacConkey
9 Gélose Pril-Xylose-Ampicilline-agar (PXA-agar)

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 139

Les milieux de culture

5- Mode d’
d’action d’
d’un milieux sé
sélectif et diffé
différentiel

Ö La Gélose lactosée au TTC et Tergitol

• Composition (en g/l)
9 Peptone bactériologique 10
9 Extrait de viande 5
9 Lactose 20
9 Bleu de bromothymol 0,05
9 Agar 12,75

9 TTC : ajouté stérilement (5 ml TTC à 0,05 % /100 ml)

9 Tergitol : ajouté stérilement (5 ml de Tergitol 7 à 0,2 % /100 ml

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 140

70
 Les milieux de culture
5- Mode d’
d’action d’
d’un milieux sé
sélectif et diffé
différentiel

Ö La Gélose lactosée au TTC et Tergitol

• L’heptadodécyl sulfate de sodium (Tergitol 7)
9 Inhibe les bactéries Gram positives

• Le chlorure de Triphényl 2,3,5 Tetrazolium chloride (TTC)

9 Réduit en un composé coloré en rouge par presque tous les
coliformes, sauf Escherichia coli et Enterobacter aerogenes.

• Le lactose
9 Fermenté par les Entérobactéries en acide

• Le bleu de bromothymol
9 Indicateur coloré (jaune a pH acide ; vert à pH neutre ; bleu à pH
basique

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 141

Les milieux de culture

5- Mode d’
d’action d’
d’un milieux sé
sélectif et diffé
différentiel

Ö La Gélose lactosée au TTC et Tergitol

Colonies Micro-organismes

Jaunes avec halo jaunes Esherichia coli

Rouges éventuellement avec

Autres coliformes
halo jaunes

Rougeâtres avec halo bleuâtre Germes lactose né

négatifs

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 142

71
 Les milieux de culture
6- Descripteurs morpho-
morpho-macroscopiques utilisé
utilisés

• La taille de la colonie
9 Diamètre < 1 mm ; 1 – 5 mm ; > 5 mm

• La forme de la colonie
9 2 formes horizontales : irrégulière, circulaire
9 4 formes verticales : convexe, concave, plate, pyramidale

• Le bord de la colonie
9 Régulier
9 Échancré
9 filamenteux

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 143

Les milieux de culture

6- Descripteurs morpho-
morpho-macroscopiques utilisé
utilisés

• La transparence de la colonie
9 Transparente
9 Translucide
9 opaque

• La surface de la colonie
9 État : lisse, granulaire, ambiliquée
9 Aspect : brillante, terne
9 Texture : muqueuse, ferme

• La couleur de la colonie et sa pigmentation

9 Rose, blanche, jaune, orange …
9 Pigment diffusible ou non

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 144

72
 Les milieux de culture
7- La morphologie et la croissance des colonies bacté
bactériennes

Exemple de colonies bactériennes

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 145

Les milieux de culture

11-
11- L’isolement des cultures pures
Ö Quelques définitions

• Culture pure : population de cellules identiques provenant d’une

seule cellule
• Colonie : Ensemble de micro-organismes se développant sur (ou
dans) une surface solide comme celle d’un milieu de culture gélosé,
souvent visible à l’œil nu, mais pouvant être microscopique.

Ö Approches de l’obtention de cultures pures

• Isolement sur boîtes par étalement en surface et par la technique
des stries.
• Isolement sur boîtes par inclusion en profondeur.

• Isolement à l’aide de milieux sélectifs et/ou différentiels.

M.A. BAHLAOUI FSTM 2006 146

73