LES ACIDES AMINES ET LES PROTEINES

1. Introduction
Le nom protéine vient du mot grec « prôtos » qui signifie premier. Ce nom a été donné par
Berzelius, un des pères fondateurs de la chimie moderne, à des composés thermolabiles comme
l’albumine contenue dans le blanc de l’œuf et dans le lait. Il supposait que ces composés jouaient
un rôle important parmi les composés biologiques. En effet, les protéines sont des composés
extrêmement importants tant sur le point de vue quantitatif (plus de 50% du poids sec de la
cellule) que sur le point de vue qualitatif (car à côté des protéines dites structurales se trouvent
des protéines jouant un rôle des rôles biologiques importants : les immunoglobulines assurent la
défense de l’organisme, les enzymes sont des biocatalyseurs, les hormones des médiateur d’une
information biologiques des organismes supérieurs).
Toutes les protéines contiennent 4 éléments principaux : le carbone, l’hydrogène, l’oxygène et
l’azote. Beaucoup contiennent le soufre, certaines du phosphore. La teneur moyenne en azote est
de l’ordre de 16%. Les protéines sont formées par la condensation d’un grand nombre d’unités
appelées acides aminés. On peut classer les protéines en deux grands groupes :
 Les holoprotéines : elles sont constituées uniquement d’un enchaînement d’acides aminés
 Les hétéroprotéines : outre l’enchaînement d’acides aminés elles contiennent un
groupement dit prosthétique qui peut être de nature glucidique, lipidique, nucléique ou autre.
Les acides aminés

Objectifs : A la fin de la séance l’apprenant doit :

 Connaître la structure commune à tous les acides aminés

 Classer les acides aminés en groupes caractéristiques
 Connaître la structure des vingt acides aminés
 Connaître les propriétés acido-basiques des acides aminés et leurs conséquences
au sein de l'organisme
 Connaître les grands modes de séparation et d'identification des acides aminés en
laboratoire

1. Introduction et classification
Comme leur nom l’indique, ils comportent une fonction carboxylique et une fonction amine
primaire en position α par rapport au carboxyle de sorte qu’ils répondent tous sauf la proline à la
formule générale suivante :

R CH COOH
NH2

Tout comme dans le cas des sucres on peut définir chez les acides aminés la configuration L/ D.
Les acides aminés de la série D ont leur fonction amine dirigée vers la droite tandis que les acides
aminés de la série L ont leur fonction amine dirigée vers la gauche. Les acides aminés naturels
sont de la série L, cependant il existe quelques exceptions. Exemple des peptides cycliques à
activité antibiotique et du peptidoglycanne des bactéries.
A la mort d’un organisme vivant les acides aminés, initialement de forme L se transforment
progressivement en forme D, c'est la racémisation. Cette évolution est très lente et dépend des
conditions physico-chimiques (pH, température...) du milieu. La racémisation des acides aminés
peut donc être utilisée comme méthode de datation relative des fossiles d’organismes vivants. Elle
consiste à déterminer la proportion des formes L et D des acides aminés présents dans ces fossiles
pour en déduire une datation.
La technique souvent utilisée est la chromatographie en phase gazeuse associée à spectrométrie
de masse (GC/SM). Cette méthode est utilisée, avec des succès variés, sur les ossements et dents
fossiles, les coraux, le bois, les graines, les mollusques, les foraminifères et sur la matière
organique des sédiments marins et lacustres.
Le fait que la vitesse de racémisation dépende des conditions du milieu de fossilisation cette
méthode ne permet pas d'effectuer des datations absolues. En revanche elle permet de comparer
l'âge de fossiles qui auraient évolué dans les mêmes conditions. Une des protéines les plus
utilisées est la dentine de la dent.
On trouve dans les protéines quel que soit leur origine une vingtaine d’acides aminés qui diffèrent
par le radical R. certains acides aminés ne peuvent pas être synthétisés par l’organisme humain et
doivent de ce fait être apportés par l’alimentation. Ce sont des acides aminés indispensable, au
nombre de 9 : le tryptophane, la lysine, la méthionine, la phénylalanine, la thréonine, la valine, la
leucine, l'isoleucine et l'histidine.

Groupe Acides aminés Fonctions métaboliques

Les La glycine ou glycocolle : Gly ou G, 75 Elle ne possède pas de carbone

acides Da asymétrique. Les scléroprotéines :
aminés à H2N CH2 COOH collagène, élastine, fibroïne de soie en sont
radical très riches. Elle intervient dans la synthèse
aliphatiq des purines, acides nucléiques, porphyrine,
ue créatine, glutathion, sels biliaires

L’alanine : Ala ou A 89 Da C’est un acide aminé très répandu. Elle

* intervient dans métabolisme glucidique,
H3C CH COOH
NH2 notamment dans la glycolyse

La valine : Val ou V, 117 Da C’est un acide aminé indispensable. Il existe

H3C en petite quantité dans toutes les protéines.

*
CH CH COOH Elle intervient dans le métabolisme du
H3C NH2
muscle, croissance et réparation des tissus

La leucine : Leu ou L, 131 Da C’est acide aminé indispensable, il est très

H3C répandu dans la plupart des protéines, c’est

*
CH C2H CH COOH l’homologue supérieure de la valine. Il
H3C NH2
intervient dans la régulation de la glycémie,
la production des hormones de croissance
et dans la croissance et la réparation des
tissus

L’isoleucine : Ile ou I, 131 Da Acide aminé indispensable, beaucoup

H3C H2C * moins répandu que la leucine, elle possède

*
CH CH COOH un deuxième carbone asymétrique. Elle
H3C NH2
intervient dans la formation de
 l'hémoglobine et dans la régulation de la
glycémie

Acides La sérine : Ser ou S, 105 Da Elle est très abondante dans la fibroïne de la
aminés à * soie, dans les phosphoprotéines comme la
HOH2C CH COOH
radical NH2 caséine, la phosvitine du jaune d’œuf. Elle
hydroxyl intervient dans la synthèse des purines,
é créatine, porphyrne et à participe à la
production d'anticorps

La thréonine : Thr ou T, 119 Da C’est un acide aminé indispensable, il

* * possède un second carbone asymétrique, sa
H3C CH CH COOH
OH NH2 structure rappelle celle du thréose.
Indispensable pour la croissance, la
formation du collagène et de l'élastine,
fonctionnement du foie.

Les La cystéine : Cys ou C 121 Da Cet acide aminé joue un rôle important
acides HS
*
CH2 CH COOH
dans la structure secondaire des protéines
aminés à NH2 grâce à sa fonction thiol, SH. Deux
radical cystéine molécules de cystéines peuvent se
soufrés combiner avec perte d’hydrogène pour
HOOC CH CH2 S S CH2 CH COOH
donner la cystine. La cystéine intervient
NH2 NH2
cystine dans la détoxication, la production du
collagène, l’élasticité et la texture de la
peau, du glutathion, de la

taurine, des sels biliaires. La cystine se

La méthionine : Met ou M, 149 Da
retrouve très souvent dans l’hydrolysat de
protéine mais elle ne peut s’incorporer dans
les protéines comme les acides aminés. Ce
composé se forme lorsque la synthèse des
protéines est en voie d’achèvement par
combinaison de deux cystéines voisines.
C’est un acide aminé indispensable, très
peu abondant dans la nature. Son méthyle
 * est métaboliquement mobile. C’est l’acide
H3C S CH2 CH2 CH COOH
NH2 aminé d’initiation de la protéosynthèse.
Maintient le fonctionnement du foie,
antioxydant, précurseur de la créatine, la
choline, la carnitine

Les L’acide aspartique : Asp ou D, 133 Da Très répandu, c’est le plus acide des acides
acides * aminés son pHi est de 3. Il participe au cycle
HOOC CH3 CH COOH
aminés à NH2 de l'urée, formation des nucléotides,
radical production d'anticorps
carboxyl
L’acide glutamique : Glu ou E, 147 Da Très répandu, dans les protéines il joue un
ique
O C CH2 CH2 CH COOH rôle important dans le métabolisme. Son pHi
NH est de 3,2. On trouve dans certains peptides,
acide pyroglutamique
l’acide pyroglutamique un dérivé de l’acide
HOOC glutamique. Il se forme aussi dans les
CH CH2 CH COOH
HOOC protéines intervenant dans la coagulation
NH
acide -carboxyglutamique du sang sous l’influence de la vitamine K de
* l’acide γ-carboxylglutamique. Ces acides
HOOC CH2 CH2 CH COOH
NH2 aminés se forment après incorporation de
acide glutamique l’acide glutamique dans la protéine. Il
participe à la néoglucogénèse,
neurotransmetteur cérébral, transport du
potassium, précurseur du glutathion
(système immunitaire intestinal, fourniture
d'énergie, …)
Les L’asparagine : Asn, ou N, 132 Da Il dérive de l’acide aspartique par
acides O amidification des carboxyles éloignés de
*
aminés à H2N C CH2 CH COOH l’amine
radical NH2
amide La glutamine : Gln ou Q, 146 Da Elle dérive de l’acide glutamique. Elle

O intervient dans la détoxication de

* l'ammoniac, la formation des bases azotées
H2N C CH2 CH2 CH COOH
NH2 et dans le fonctionnement du cerveau

Les La lysine : Lys ou K, 146 Da Acide aminé indispensable, très répandu il

acides est abondant dans les histones. Son pHi est
aminés à H2N
*
CH2 CH2 CH2 CH2 CH COOH
de 9,8. On trouve dans le collagène un acide
chaîne NH2 aminé voisin de la lysine, la δ-
lysine
latérale hydroxylysine. Cet acide aminé se forme à
aminée H2N CH2 CH CH2 CH2 CH COOH partir de la lysine après incorporation de
OH NH2 celle-ci. La lysine intervient dans le
-hydroxylysine
développement des os, la production
d'anticorps, d'hormones, d'enzymes, la
formation du collagène,

L’arginine : Arg ou R, 174 Da Très abondant dans les histones ou les

NH2 protamines, l’arginine est le plus basique

HN C des acides aminés. Son pHi est de 10,8. Son
*
NH CH2 CH2 CH2 CH COOH
groupement terminal est appelé guanidine.
NH2
arginine Des acides aminés voisins se retrouvent

NH2 dans les tissus mais pas dans les protéines.

HN C Il s’agit de la citrulline et de l’ornithine.
NH2
guanidine L’arginine intervient dans la détoxication
de l'ammoniac, du mercure et dans le
NH2
O C métabolisme du glycogène
NH CH2 CH2 CH2 CH COOH
NH2
citrulline

H2N CH2 CH2 CH2 CH COOH

NH2
ornithine

Les La phénylalanine : Phe ou F, 165 Da. C’est un acide aminé indispensable très
acides * répandu. Il est formé d’un noyau
CH2 CH COOH
aminés à NH2 benzénique et d’une alanine. Dans le
chaîne système nerveux, la phénylalanine aide et
latérale intervient dans le fonctionnement de la
cyclique mémoire, c’est aussi un précurseurs
d'hormones thyroïdiennes et de la
mélanine

La tyrosine : Tyr ou Y, 181 Da Répandu et très peu soluble dans l’eau,

* c’est la para-hydroxy-phénylalanine. Elle
CH2 CH COOH
NH2 peut provenir de l’oxydation de la
HO phénylalanine. La tyrosine donne avec le
 réactif phosphomolybdotungstique ou
réactif de Folin une coloration bleue. Cette
réaction est utilisée pour le dosage de la
tyrosine et des protéines qui contiennent
cet acide aminé. C’est un précurseur de la
mélanine, adrénaline et thyroxine. Elle
intervient dans le fonctionnement de la
thyroïde.

Le tryptophane : Trp ou W, 204 Da Indispensable, il existe en petite quantité

dans beaucoup de protéines, très sensible
CH2 CH COOH
NH2 aux acides, cet acide aminé est détruit au
NH
cours de l’hydrolyse acide des protéines.
C’est un précurseur de la production de
sérotonine et de l’acide nicotinique

L’histidine : His ou H, 155 Da Elle se rencontre dans toutes les protéines

CH2 CH COOH en petite quantité et est relativement

N NH
La proline : Pro ou P, 115 Da
NH2 abondante dans l’hémoglobine. Son pHi est
de 7,6. Il intervient dans la formation de
l'hémoglobine, c’est aussi le promoteur de la
formation de leucocytes. Il assure la
croissance et réparation des tissus
Particulièrement abondante dans le

HO collagène, dans la fibroïne de la soie, elle

COOH COOH joue un rôle important dans la structure des
NH NH
protéines en provoquant la formation d’une
proline hydroxyproline
courbure dans la chaîne polypeptidique. A
l’inverse des autres acides aminés qui ont
une amine primaire, l’amine de la proline est
secondaire. Un acide aminé voisin se
rencontre dans le collagène,
l’hydroxyproline. Elle se forme après
incorporation de la proline dans la chaîne
par hydroxylation.

En fonction de leur solubilité on distingue :

 - Les acides aminés apolaires : Gly, Val, Ala, Leu, Ile, Met, Phe, Trp, et Pro
- Les acides aminés polaires : les neutres (Ser, Thr, Asn, Gln, Cys, Tyr), les acides (Asp, Glu)
les basiques (Lys, Arg, His)

2. Propriétés physiques des acides aminés

2.1. Propriétés optiques
Tous les acides aminés sauf la glycine ont un Carbone asymétrique, ils présentent donc un pouvoir
rotatoire. Comme les glucides les acides aminés on définit les séries D et L.

HO O HO O
C C
C H C NH2
H2N H
CH3 CH3
L-alanine D-alanine

2.2. Ionisation des acides aminés

Les acides aminés possèdent 2 groupes ionisables : le carboxyle et l’amine

K1 - +
R' COOH R'COO + H
(anion)
+
K2 +
R'' NH2 + H R'' NH3
(cation)
Ces deux réactions sont des dissociations qui correspondent à des équilibres auxquels s’applique
la loi d’action de masse. Les deux constantes peuvent ainsi s’écrire :

- + + +
[RCOO ][H ] [R''NH3 ][H ]
K1 = (1) K2 = (2)
[RCOOH] [R''NH2]

K1 et K2 varient suivant les acides aminés, mais K1 pour un acide carboxylique est de l’ordre de 10-
4 à 10-6 et K2 pour une amine de l’ordre de 10-8 à10-10. Connaissant K1 et K2 on peut pour chaque
pH calculer le pourcentage de molécules ionisées.
Exemple Si [R’COO-] = [RCOOH], K1 = [H+] alors pH = pK1, pK1 est le pH de demi dissociation.
 - +
logK1 = log[RCOO ]+ log[H ] -log[R'COOH]
-
+ [RCOO ]
logK1 = log[H ] + log
[RCOOH]
-
[RCOO ]
pK1 = pH - log
[RCOOH]
-
[RCOO ]
pH = pK1 + log (Hasselbach)
[RCOOH]

supposons pH = pK1 - 2
- -
[RCOO ] [RCOO ] -2
log =2 = 10
[RCOOH] [RCOOH]
si pH = pK1 - 2, l'acide est dissocié au 100è

K1 indique la facilité avec laquelle cette dissociation a lieu de ce fait il mesure la force de l’acide
de même K2 mesure la force de la base. Lorsqu’on fait passer une solution d’acide aminé d’un
pH bas vers un pH élevé de pH2 à pH10 par exemple on a les transformations suivantes :
pH = 2 pH = 10
+ + - -
H3N CH COOH H3N CH COO H2N CH COO
R R R
zw ittérion

Le pH auquel l’acide aminé est sous forme de zwittérion est le point isoélectrique ou
isoionique. A ce pH, la solubilité est maximale et l’acide aminé ne migre pas dans le champ
électrique. C’est sous cette forme qu’on retrouve les acides aminés cristallisés

3. Propriétés chimiques
Les α-COOH, les α-NH2 et le radical R confèrent aux acides aminés des propriétés chimiques
particulières.

3.1. Propriétés dues au α-COOH

On a :
- La formation des sels avec les bases
- La formation des esters avec les alcools
- La formation des amides avec les amines
- La décarboxylation : elle aboutit à la perte de la fonction carbonyle qui s’en va sous la
forme de CO2.

R CH COOH R CH2 NH2 + CO2

NH2 amine
biogène
Par décarboxylation, les acides aminés donnent des amines biogènes qui sont des composés doués
de propriétés pharmacologiques. L’histamine qui provient de la décarboxylation de l’histidine est
allergisante et hypotenseur.

3.2. Propriétés dues au α-NH2

- La N alkylation : elle correspond à la substitution des hydrogènes de l’amine par des
radicaux aliphatiques.

H CH COOH H CH COOH H CH COOH

+
NH N H3C N CH3
H3C CH3 CH3
CH3
N-méthylglycine N-diméthylglycine bétaïne

La bétaïne est un composé qui stimule le muscle lisse pour accélérer la digestion.
- La N-arylation : c’est la substitution par des groupements aromatiques
- La N-acylation : c’est la réaction avec les acides organiques tels que l’acide acétique

R CH COOH + CH3COOH R CH COOH + H2O

NH2 NH
O C
CH3

- L’action du formol : le formol agit avec l’amine à température ambiante et à pH neutre

pour donner des dihydroxyméthyles

R CH COOH + 2HCHO R CH COOH

NH2 N
HOH2C CH2OH

- Action de l’acide nitreux : l’acide nitreux agit avec les acides aminés en libérant de
l’azote.

R CH COOH + HNO2 R CH COOH + N2 + H2O

NH2 OH

- La désamination- transamination : c’est la perte de la fonction amine suite à une

réaction enzymatique, la transamination étant un transfert réversible du NH2 d’un
acide aminé à un α-cétoacide sans libération de NH3.
- La réaction à la ninhydrine : Elle est utilisée dans l’identification et le dosage des
acides aminés car c’est une réaction colorée.
 O O
OH R OH R
+ H2N CH COOH + NH3 + CO2 + H C O
OH H
O acide aminé O
ninhydrine oxydée ninhydrine réduite

O O O O
OH H H
+ N H+ N
OH H OH
O O O O
ninhydrine oxydée ninhydrine réduite complexe bleu pourpre

Le groupement α-aminé d’un acide aminé est déshydraté en groupement imino. Celui-ci se
désintègre avec la perte d’un CO2 et d’un NH3 entraînant la formation d’un aldéhyde possédant un
carbone en moins. La ninhydrine réduite se condense avec une molécule de ninhydrine non
réduite pour former un composé bleu pourpre. Cette réaction est appliquée au dosage
colorimétrique et à la révélation des acides aminés en chromatographie

3.3. Propriétés dues au radical R

Ce sont les radicaux qui confèrent aux protéines leurs propriétés chimiques car exception faites
aux extrémités N et C-terminales, la quasi-totalité des α-NH2 et α-COOH sont engagés dans les
liaisons peptidiques. On distingue comme principales caractéristiques celles des hydroxyles
alcooliques pouvant être estérifiés avec l’acide phosphorique ou acétylé ; les noyaux aromatiques
pouvant être substitués (T3 et T4 avec la tyrosine),…