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Cours de BCH 301 Nomenclature Et Classification Des Enzymes
Cours de BCH 301 Nomenclature Et Classification Des Enzymes
Plan du cours
Introduction
enzymatiques.
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Introduction
Les enzymes sont des catalyseurs biologiques. Elles augmentent la vitesse des réactions
qu’elles catalysent sans pour autant subir de modifications. Les réactants des réactions
enzymatiques sont des substrats et chaque enzyme agit sur un substrat spécifique ou un groupe
de substrats pour former un produit
pro ou des produits particuliers.
Toutes les enzymes sont des protéines (à l’exception des ribozymes qui dérivent des acides
nucléiques). Cependant, plusieurs enzymes sont inactives lorsqu’elles ne sont pas associées à
un composé non protéique appelé cofacteur.. Quand c’est le cas, le composé protéique inactif
de l’enzyme prend le nom de apoenzyme ou apoprotéine,, et l’enzyme active qui inclut le
cofacteur est appelée holoenzyme.
holoenzyme
Le cofacteur peut être de nature organique (ou organométallique) ou minérale (ion métallique).
Lorsque le cofacteur est une molécule organique, il prend le nom de coenzyme. Certains
enzymes sont liéss très fortement à leurs
leur cofacteurs. Lorsque l’isolement
isolement de ces derniers
endommage l’enzyme, on les qualifie de groupement prosthétique.
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What is the difference between an
enzyme and a protein?
Les différences fondamentales entre enzymes et catalyseurs chimiques sont les suivantes:
- Les enzymes ont une grande activité catalytique qui peut être 106 -1012 fois plus élevée
que celle des agents chimiques ;
Enzymes
Lower a
Reaction’s
Activation
Energy
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- Les enzymes sont spécifiques aux types de réactions qu’elles catalysent. Le plus
souvent, leur action est influencée par des effecteurs comme les substrats, les produits,
les activateurs et les inhibiteurs. De même, la synthèse enzymatique des protéines qui
nécessite plus de 1000 résidus d’acides aminés se déroule sans erreurs alors que la
synthèse chimique de peptides d’environs 100 aminoacides contiendrait quelques
erreurs ;
- L’activité catalytique des enzymes varie avec la concentration en substrat ainsi que
celles d’autres effecteurs.
I-1- Nomenclature
Plusieurs enzymes sont nommées en ajoutant le suffixe “-ase” sur le nom du substrat qu’elle
catalyse ou sur le nom ou de la phrase qui décrit leur activité. Ainsi, l’uréase catalyse
l’hydrolyse de l’urée et l’ADN polymérase la polymérisation des nucléotides pour former
l’ADN. D’autres enzymes ont été nommées par ceux qui les ont découverts sur la base de leur
fonction générale avant que la réaction spécifique qu’elle catalyse ne soit connue. Par exemple,
l’enzyme connue pour la digestion des aliments a été désignée pepsine (du Grec pepsis,
“digestion,”) et la lysozyme pour son habilité à la lyser les membranes bactériennes. D’autres
enzymes ont été désignées par rapport à leur origine : la trypsine, du Grec tryein,“ user,” est
obtenue en écrasant du tissu pancréatique avec la glycérine. Quelques fois, une même enzyme
peut avoir deux ou plusieurs noms et deux enzymes différents peuvent porter un même nom.
A cause de ces nombreuses ambigüités et du nombre impressionnant d’enzymes découvertes, la
Commission d’Enzyme (EC) a en 1956 statuée pour rationaliser la nomenclature et la
classification des enzymes. Ceci est guidé par des principes suivants :
(a) Les réactions et les enzymes qui les catalysent sont divisées en six classes majeures
comprenant chacune 4 à 13 sous-classes ;
(b) Chaque nom d’enzyme comporte deux parties : la première est celle du nom du ou des
substrats et la seconde se terminant par le suffixe «ase» indique le type de réaction
catalysée ;
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(c) des informations additionnelles liées à la nature de la réaction, si elles existent, doivent
figurer entre parenthèses. Exemple, l’enzyme malate déshydrogénase catalyse la
réaction
Cette enzyme est désignée par le nom : L-malate : NAD oxidoréductase (décarboxylant).
L’Union Internationale de Biochimie et de Biologie moléculaire (IUMB)a donc décidé que les
enzymes doivent être classées sur la base de la nature chimique des réactions qu’elles
catalysent. Six classes ont donc été retenues :
- Le premier nombre indique à quelle classe parmi les six cette enzyme appartient ;
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- Le second indique la sous-classe ;
- Le troisième la sous-sous-classe ;
- Et le quatrième indique le numéro de la série de la sous-sous-classe.
Exemple : E.C. 2.7.1.1 représente la classe 2 (une transférase), sous-classe 7 (transfert de
groupement phosphate), sous-sous-classe 1 (un groupement alcool comme accepteur
phosphate). Le dernier numéro indique l’enzyme, hexokinase ou ATP: D-hexose-6-
phosphotransferase. Cette enzyme catalyse le transfert du phosphate de l’ATP au groupement
hydroxyle du carbone 6 du glucose.
Ces enzymes catalysent plus précisément les réactions de transfert d’électrons. Dans cette
classe, on retrouve des enzymes qui catalysent les oxydoréductions des groupements CH—
OH, C=O, CH—CH, CH—NH2 et CH=NH
Cette classe comporte neuf sous-classes et les plus importantes sont les suivantes :
Cette sous-classe contient des déshydrogénases qui agissent sur les alcools primaires,
secondaires et sur les hémiacétales.
Exemple :
EC1.2.1.51
Cette sous-classe concerne tous les enzymes qui introduisent les doubles liaisons C-C dans
leurs substrats par déshydrogénation directe sur des liaisons C-C simples. Cette sous-classe est
basée sur la nature de l’accepteur d’électrons.
Exemple :
6
Succinate + NAD+ Fumarate + NADH + H+
9- EC 1.9 Enzymes agissant sur les groupes donneurs d’électrons du type hème.
Exemple :
Cytochrome Créduit + O2 + 4H+ → cytochrome Coxydé+ 2H2O
NC: Cytochrome oxidase
NS: Cytochrome C : O2 oxidoreductase
EC 1.9.3.1
Dans cette classe d’oxydoréductase, le troisième numéro représente le plus souvent la nature de
l’accepteur d’électrons :
7
1 NAD+ ou NADP+
2 Fe3+
3 O2
. .
. .
99 Accepteur non classé
Ce groupe inclut les enzymes qui catalysent le transfert de groupes d’un carbone, de résidus
aldéhyde ou cétonique, de groupements acyl, glycosyl, alkyl, phosphorique ou sulfuriques.
Formule du nom systématique : Donneur : accepteur, groupe transféré, transférase.
Formule du nom commun : Groupe accepteur, transférase ou groupe donneur transférase.
Dans plusieurs cas, le groupe donneur est un Coenzyme et ce dernier transporte le groupement
à transférer.
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Exemple:(α-1, 4-Glucosyl)n + orthophosphate (α-1, 4-Glycosyl)n–1 + α-D-
glucose-1-phosphate
NC:Phosphorylase
NS :α -1, 4-Glucan : orthophosphate glycosyl transférase
EC2.4. 1.1
Elles catalysent l’hydrolyse de leurs substrats en ajoutant les constituants de l’eau sur des
liaisons qu’elles rompent. Parmi ces substrats, on distingue ceux qui ont des groupes esters,
glycosyles, éther, peptide, des liaisons acide –anhydre, C-C, halide et P-N.
Le schéma de classification est substrat+groupement hydrolysé+hydrolase
Les sous-classes les plus représentatives sont les suivantes :
2- Les glycosidases
On les subdivisent en O-glycosyl, N-glycocsyl et S-glycosyls.
Exemple : A β-D-galactoside + H2O An alcohol + D-galactose
NC:β -galactosidase ou lactase
NS :β -D-galactoside galactohydrolase
EC. 3.2.1.23
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5- Enzymes agissant sur des liaisons C-N autres que les liaisons peptidiques
Ces enzymes hydrolysent les liaisons amides anhydres.
Exemple1 : L-arginine + H2O L-ornithine + urea
NC: Arginase
NS : L-arginine ureohydrolase
EC 3.5.3.1
Cette classe d’enzymes clive les liaisons C-C, C-O et C-N par élimination avec formation de
doubles liaisons ou de cyle ou inversement, ajoute des groupements sur des doubles liaisons. Le
2ème numéro de cette classe indique le type de liaison rompue. Ces réactions sont différentes des
réactions d’hydrolyse et d’oxydation. Deux substrats sont nécessaires dans un direction mais
seulement un seul intervient dans l’autre direction. Quand ces enzymes agissent sur un seul
substrat, il y a élimination avec apparution d’insaturation.
Dans la classe des lyases, le 3ème chiffre indique le type de liaison éliminée.
Exemple, pour les C-C lyases, si le 1er chiffre est 1, le groupe hydrolysée est un groupe
carboxyle.
Ces enzymes transfèrent les groupes acyls, phosphoryls, amines et autres de la position 1 à une
autre position de la même molécule.
Exemple : α-D-glucose-1-phosphate α-D-glucose-6-phosphate
NC: PhosphoGlucomutase
NS :α-D-glucose-1-phosphomutase
EC 5.4.2.2
Le 3ème numéro de la classe des isomérases décrit le type de réaction intervenant dans
l’isomérisation.
3ème chiffre Substrat
1 Acides aminés
2 Acides hydroxyliques)
3 Hydrates de carbone (glucides)
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2- EC 6.2Enzymes catalysant la formation de liaisons de type Carbone-soufre
Ces enzymes synthétisent des dérivés acylCoa
Exemple : ATP + acetate + CoA AMP + PPi + acetyl-CoA
NC: Acetyl-CoA synthetase
NS : Acetate : CoA ligase (AMP formant)
EC 6.2.1.1
Aujourd’hui, environ 20.000 enzymes différent sont connues parmi lesquelles prédominent les
oxydoréductases, les transférases et les hydrolases.
ISOENZYMES OU ISOZYMES
Plusieurs enzymes se présentent sous plus d’une forme moléculaire au sein d’une même espèce,
d’un même tissu ou alors d’une même cellule. Dans ce cas, les différentes formes de l’enzyme
catalysent la même réaction mais, puisqu’elles possèdent des propriétés cinétiques différentes
et une composition en acides aminés différente, elles peuvent être séparées par des techniques
appropriées comme l’électrophorèse. De telles formes multiples de l’enzyme sont appelées
isoenzymes ou isozymes.
Exemple : la lactate déshydrogénase, LDH, (E.C. 1.1.1.27) est une enzyme qui existe sous cinq
formes moléculaires possibles dans plusieurs organes des vertébrés. La LDH catalyse la
réaction d’oxydoréduction réversible suivante: Lactate + NAD+ Pyruvate + NADH + H+
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