Cours de Bactériologie (Master 1 Biologie Médicale)

Escherichia coli
Klebsiella sp
Dr Lassina TIMBINE
CICM-Mali
01-03-2019

28 mars 2018
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Genre: Escherichia coli

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 PLAN
• Habitat

• Caractères bactériologiques

• Caractères antigéniques

• Pouvoir pathogène

• Diagnostic bactériologique des infections à Escherichia coli

• Sensibilité aux antibiotiques

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 Objectifs pédagogiques
Décrire le pouvoir pathogène d’Escherichia coli.

Décrire la structure antigénique d’Escherichia coli.

Citer les pathovars d’Escherichia coli responsables des

infections intestinales.

Distinguer Escherichia coli O157 des autres Escherichia coli.

Décrire le diagnostic bactériologique des infections à

Escherichia coli.

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 Genre Escherichia
Escherichia coli découvert en 1885 par Theodor Escherich, dans
des selles de nourrissons.
Le genre Escherichia comprend :
 E. blattae
 E. coli
 E. fergusonii
 E. hermannii
 E. vulneris
Escherichia coli :
1. Habitat
Hôte normal du tube digestif de l’homme et des animaux :
 80% flore intestinale aérobie.
 Indicateur de contamination fécale de l’eau (colimétrie). 5
 Variabilité d’E. coli

• Des souches en général commensales

 Partage la nourriture se son hôte sans lui nuire.

• Mais aussi des souches pathogènes

 Pathogènes intestinaux (InPEC)

 Pathogènes Extra-intestinaux (ExPEC)

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 Facteurs de virulence
• Facteurs d’adhésion
• Système de captation du fer
• P Pili

• Polysaccharide de surface
(LPS, toxine, capsule, antigène O, H)
• Capacités métaboliques
• Autres dont les facteurs de fonction non connue

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 Caractères bactériologiques
• Caractères constants
 Lactose positif.
 Indole positif.
 Urée négatif.
 Citrate négatif.
 LDC et ODC positif.

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 Caractères antigéniques
• Antigènes O
– 163 antigènes O différents (O1 à O163).
– gastro-entérites du nourrisson : 12 sérotypes (O111, O55,
O26, O119…).
• Antigènes K
- Environ 70 antigènes d’enveloppe différents sont reconnus.
- méningites néo-natales : majorité des souches type K1
• Antigènes protéiques ou adhésines.
– adhérence aux bordures en brosse.
• Antigènes flagellaires
- On en connait 52 types.
- Ce sont des souches mobiles.

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 Pouvoir pathogène

Certaines souches de colibacilles ont un pouvoir entéropathogène

intrinsèque par acquisition de gènes de pathogénicité.
 Infections entériques :
• EPEC : (Entero- Pathogene E. coli) grâce à des propriétés
d'adhésion particulières.
Diarrhées infantiles graves
sérotypes particuliers : O111, O26, O55, O86, O125, O119,
O127, O126, O128 etc.
• ETEC : (Entero- Toxinogene E. coli)
Par sécrétion d'entérotoxine (ETEC), ils peuvent provoquer des
diarrhées aiguës,« cholera-like ». La sécrétion d'entérotoxine est
codée par un plasmide.
Facteur de pathogénicité (pili d’adhésion)
Diarrhée des voyageurs
cytotoxines. 10
 Pouvoir pathogène
• EIEC: (Entero- Invasive E. coli)
Par invasion de la muqueuse colique,
Syndromes dysentériques (sang, glaire dans les selles) chez
l’adulte et l’enfant.
Avec présence de mucus, sang et leucocytes dans les selles.

• EHEC: (Entero- Hemorragic E. coli). Les EHEC hébergent un

plasmide codant pour une adhésine.
entéro hémorragique
sérotype O157 : H7 est le plus fréquent
diarrhée aqueuse puis hémorragique
cytotoxines.
Les EHEC se propagent sous forme épidémique à partir d'aliments
contaminés (« maladie du hamburger ») et provoquent jusqu'à
plusieurs centaines ou milliers de cas à la fois.
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 Pouvoir pathogène
 Infections entériques :

• EAggEC: (Entero- Agregative E. coli)

Ces souches sont responsables de diarrhées persistantes
(>14 jours) chez les enfants.
Elles adhèrent aux cellules en formant des agrégats.
Elles provoquent des nécroses du pôle apical des villosités
avec œdème et hémorragies dans la sous muqueuse.
Elles produisent une entérotoxine thermostable et une
hémolysine thermolabile.

• ECAD: (E. coli à Adhésion Diffuse ou

Diffuse Adhering E. coli)
Ces souches tout d’abord classées avec les EPEC, forment
maintenant un groupe à part, du fait de leur phénotype
d’adhésion particulier qui n’implique pas d’agrégats
microbiens.
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 Pouvoir pathogène
 Infections urinaires :

 Souches de la flore fécales

80% des infections urinaires.

 Infections néo- natales :

Méningites ou septicémies (nourrisson).
Escherichia coli possédant l’Ag K1
Composition antigénique proche de celle de Neisseria
meningitidis groupe B.

 Infections pulmonaires :
Broncho- pneumonies,
Pleurésies purulentes, etc.

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 Diagnostic bactériologique
 Cas des Infections intestinales

– Milieux de culture: gélose Drigalski, Mac Conkey, EMB.

– Colonies
• Jaunes sur Drigalski,
• violet foncée en « dos de scarabée» sur EMB (gélose éosine
bleu de méthylène)

Gélose Drigalski Gélose Uriselet Gélose EMB

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 Diagnostic bactériologique
 Cas des Infections intestinales
EPEC (enfants de moins de 2 ans)
Sérotype (agglutination avec des antisérums Nonavalents à
monovalents)
ETEC : caractérisation (laboratoires spécialisés)
EIEC
–Selles diarrhéiques + leucocytes
–Gélose Drigalski
• colonies monomorphes,
• Lactose (+)
EHEC
–Selles hémorragiques
–Gélose Mac Conkey
–Colonies incolores
–Identification (antisérum O157)
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 Cas des Infections urinaires
– Prélèvement du milieu du jet urinaire.
– Dénombrement des germes
• Infection authentique ou
• Contamination

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  Cas des Infections urinaires
Interprétation de ECBU

Les bactéries retrouvées dans les urines sont classées en fonction de leur capacité à provoquer une infection urinaire :
Groupe I (uropathogènes reconnus) :
Escherichia coli, Staphylococcus saprophyticus (surtout chez la femme jeune), Salmonella spp. (rare) et Mycobactérie
(rare)
Groupe II (bactéries moins fréquemment responsables d’infection urinaire) :
souvent infection nosocomiale avec présence de facteurs favorisants : autres entérobactéries (Klebsiella spp., Proteus
spp., Enterobacter spp., Morganella spp.), Enterococcus spp, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus,
Corynebacterium urealyticum, Haemophilus spp. (rare), Streptococcus spp. (rare)
Groupe III (bactéries qu’il faut considérer comme pathogènes si elles sont isolées à plusieurs reprises avec des bactériuries
≥ 105 UFC/mL) :
Streptococcus agalactiae, Candida spp. (surtout C. albicans et C. glabrata), Staphylocoques coagulase négative (sauf S.
saprophyticus), Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia, Olligella urethralis,
Aerococcus urinae 17
Groupe IV (bactéries de la flore uréthrale ou génitale de proximité
 Diagnostic bactériologique

 Cas des Infections urinaires

– Identification de la souche bactérienne

API 20E

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 Sensibilité aux antibiotiques
- Les souches de E. coli, sont restées relativement sensibles à la
plupart des antibiotiques actifs sur les BGN.

- Cependant la résistance aux amino et aux carboxi-pénicillines

par production de pénicillinase (TEM ou SHV) dépasse 40% des
souches.

- Une partie de ces souches résistent à l’association amoxicilline-

acide clavulanique par:
hyper-production de pénicillinase,
production d’enzymes de type TRI (TEM résistant aux
inhibiteurs).

-Les souches de E. coli sont sensibles aux aminosides, aux

fluoroquinolones, aux C3G et à la fosfomycine.
-Réhydratation (diarrhée)
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Genre : Kebsiella

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 PLAN

• Habitat

• Caractères bactériologiques

• Pouvoir pathogène

• Sensibilité aux antibiotiques

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 Objectifs pédagogiques

• Citer les espèces de Klebsiella pathogènes pour l’homme.

• Décrire le pouvoir pathogène des Klebsiella.

• Décrire les caractères bactériologiques des Klebsiella.

• Citer trois types de résistance de Klebsiella aux antibiotiques.

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 Genre Klebsiella
• Le genre Klebsiella (klebsielles) comporte 4 espèces
pathogènes pour l’homme dont l'espèce-type est Klebsiella
pneumoniae qui est la plus fréquente des bactéries à Gram
négatif impliquée dans les cas de pneumonies nosocomiales
(dont le taux de mortalité atteint souvent environ 50%).
• Les espèces pathogènes pour l’homme :
 Klebsiella pneumoniae
 Klebsiella oxytoca
 Klebsiella ozaenae
 Klebsiella rhinoscleromatis
• Les espèces de l’environnement :
 Klebsiella planticola
 Klebsiella terrigena
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 Habitat

• Les Klebsielles sont ubiquitaires, présentes dans le tube

digestif et dans l'appareil respiratoire (Hommes et Animaux)
en tant que bactéries commensales.
• Elles sont fréquentes dans les selles et peuvent être un
indicateur d'une contamination fécale.
• Elles sont abondantes dans le sol, les eaux et sont des
fixateurs de l'azote atmosphérique.

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 Caractères bactériologiques

Morphologie
Bacilles gram négatif, immobiles et capsulés (sauf 6%
des souches de K. pneumoniae subsp. pneumoniae).

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 Caractères bactériologiques

• Caractères culturaux
– Les Klebsiella poussent sur les milieux usuels après une
incubation de 24 heures à 37°C. Ils sont Lactose +.
– Les colonies sont rondes avec un diamètre de 3 – 4 mm,
muqueuses et bombées avec tendance à la confluence.

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 Caractères bactériologiques

• Caractères culturaux
– Avec la galerie API 20E, Klebsiella pneumoniae possède les
caractères biochimiques suivants : Urée +, VP +, ONPG + et
LDC +
– Klebsiella oxytoca a la particularité d’avoir Indole +.

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 Pouvoir pathogène

• Klebsiella pneumoniae détermine des infections respiratoires

(pneumonies, abcès pulmonaires, pleurésies), des infections
intestinales et urinaires.

• Elle a un effet cytotoxique sur les épithéliums des voies aériennes

et est impliquée d'infections nosocomiales.

• Son pouvoir pathogène et sa virulence seraient liés à plusieurs

facteurs :
 Sa capsule de polysaccharides ;
 une production de sidérophores ;
 une production de lipopolysaccharide (LPS) ;

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 Pouvoir pathogène

une production d'un complexe extracellulaire (toxique

pour les tissus pulmonaires notamment) ;
une production d'adhésine lui permettant de produire des
biofilms.

• Klebsiella ozenae n'est pas l'agent de l'ozène mais peut être

pathogène dans les voies respiratoires et leurs annexes.

• Klebsiella rhinoscleromatis est l'agent spécifique du

rhinosclérome.

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 Sensibilité aux antibiotiques
- Klebsiella pneumoniae a une résistance naturelle à
l’Aminopénicilline et à la Carboxypénicilline par production de
pénicillinase de bas niveau.

- Quand on a une Sensibilité (S) à l’Augmentin (Acide

clavulanique + Amoxicilline) et une Résistance (R) à la
Pipéracilline ou un statut Intermédiaire (I) à l’Azlocilline et la
Mezlocilline, on doit rendre le résultat Résistant (R) à
l’Augmentin car il y a une importante production de Bêta-
lactamase à spectre étendu (BLSE), de ce fait l’acide
clavulanique n’agit plus in vivo.

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 Sensibilité aux antibiotiques

- Comme toutes les Enterobacteriaceae, Klebsiella peut acquérir de

nombreux mécanismes de résistances aux autres antibiotiques
(pénicillinases plasmidique, céphalosporinases, enzyme TRI,
Bétalactamase à spectre étendu, etc).

- Les souches de Klebsiella sp sont sensibles aux aminosides, aux

quinolones, aux cyclines, aux sulfamides et à la fosfomycine.

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FIN

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