CHAPITRE IV Pharmacogénétique 2023

Pharmacogénétique M1/GFA, FSB/USTHB
Chapitre IV: Pharmacogénétique
-Généralités
-Influence de la pharmacogénétique sur la
pharmacocinétique, la pharmacodynamie et sur la
réponse aux médicaments.
-Gènes impliques sur la réponse aux médicaments au
niveaux PK et PD.
2022-2023 Dr. ATMANI S.

Cours 1
Pharmacogénétique: Généralités
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Dr. ATMANI S.
Généralité Pharmacogénétique
Variations inter-individuelles
▪ Un médicament produit des effets différents chez les patients ayant la même maladie.
▪ Ces différences inter-individuelles d’efficacité ou de toxicité sont fréquemment plus
importantes que les différences que l’on observe chez la même personne (traitements
successifs) ou chez des jumeaux homozygotes.
Certaines de ces différences sont génétiquement transmises
Pharmacogénétique
Etude de la variabilité génétique dans la réponse aux médicaments principalement en terme
d’efficacité et de toxicité.
➢Elle analyse le statut génétique et permet d’établir le lien entre le polymorphisme
génétique et la variabilité de la réponse à l’effet d’un médicament.
Variabilité interindividuelle d’origine génétique peut être:

➢Pharmacocinétique :
-Enzymes impliquées dans le métabolisme des médicaments
-Protéines de transport des médicaments
➢Pharmacodynamique : variation d’expression de gènes codant pour des récepteurs.
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Dr. ATMANI S.
Génétique de la réponse aux médicaments
•Taux d’efficacité des médications varie de 25 à 80%

•>20% des médications échouent, même avec les thérapies les plus efficaces
Pharmacogénétique
•Test génétique pour prédire l’efficacité du traitement

•Comprendre les variations ethniques ou raciales dans la réponse aux
médicaments
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Dr. ATMANI S.
▪ Avec l’évolution de la pharmacogénétique plusieurs gènes sont maintenant connus pour
leur implication dans la variabilité de réponse aux médicaments.
68 gènes « VIP »
annotés dans la
bank de donnée
PharmGKB
https://www.pharmgkb.org/:
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Dr. ATMANI S.
Polymorphisme génétique
Le polymorphisme d’une séquence d’ADN chromosomique se définit comme une

modification de séquence observée chez plus de 1 % de la population.
À ne pas confondre polymorphisme avec mutation.
Les mutations sont des variations pathologiques :
-<1% de la population (rare)

-Responsables de maladies génétiques
-Impliquées dans des mécanismes physiopathologiques
-Les polymorphismes sont des variations neutres :
->1% de la population
-Responsable en partie de la variabilité interindividuelle en réponse aux médicaments
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Dr. ATMANI S.
➢Sur les trois milliards de bases du génome humain, 99,9% sont identiques d’un
individu à l’autre. Les 0,1% restants représentent les variations ou
polymorphismes, pourcentage infime mais représentant trois millions de
nucléotides, qui sont à la base des différences entre les individus.
Microremaniments:
Remaniement impliquant une à quelques nucléotides.
1-Insertions ou délétions de bases
2-Délétions d’ADN répétitif

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Dr. ATMANI S.
Microremaniments:
3-polymorphismes simples de nucléotides (SNP pour single-nucleotide polymorphism)
➢93% des gènes contiennent des SNPs chaque gène pratiquement est marqué par
une variation de séquence.
➢Un SNP apparaît toutes les 100-1500 paires de bases, soit environ 11,8 millions de SNPs
répertoriés.
➢Les SNPs représentent environ 78% des variations dans le génome humain
Les 22% restants sont des insertions, délétions, inversions et CNVs (Copy number
veriation).
Cartographie systématique des SNPs dans le génome

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Dr. ATMANI S.
SNP
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Remarque:
Macroremaniements:
-Ce sont des changements qui concernent l’ensemble du gène
-Peuvent êtres : des délétions et duplications (CNV copy

number varation) ou fusions
-Changements peu fréquents
Modification de l’expression des gènes :
Augmentation de l’activité (surexpression)

Cas de duplication (Métabolisme augmenté ou ultrarapide)
Diminution de l’activité
Cas de délétion (Métabolisme déficitaire)
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Objectifs et applications
1.Adaptation individuelle des traitements en fonction des capacités

métaboliques de chacun.
2.Définir quelle molécule à potentiel thérapeutique peut être

efficace sur un individu et non plus sur une population.
3.Déterminer les patients potentiellement réfractaires au

traitement.
4.Identifier les patients pouvant développer un effet secondaire à

un médicament.
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Objectifs et applications
▪Identification des biomarqueurs génomiques spécifiques (GBMs pour « specific genomic

biomarkers)
Deux types de GBMs
➢Ceux qui sont associés au développement de médicaments spécifiques comme les
GBMs utilisés pour la fixation des doses de médicaments, pour la sélection de cibles
thérapeutiques, ect. (Ex: les allèles des gènes qui codent pour les enzymes de
métabolisme comme les enzymes polymorphes CYP450).
➢Ceux qui sont associés à un état pathologique, à une progression de l’état

pathologique, à des changement physiologiques ou risques de toxicité, etc. (Ex: Les
niveaux de l’ARNm de Kim-1 (Kidney injury molecule 1) et de Clu (clusterine) sont
utilisés comme GBMs de toxicité tubulaire rénale aigue.
▪Détermination du mode de transmission (hérédité) et la fréquence des allèles responsables
d’une réponse anormale.
Remarque: La fréquence des traits pharmacogénétique varie considérablement

d’une région géographique à une autre et d’un groupe ethnique à un autre… toute
estimation de la fréquence d’un allèle d’un gène reste limité qu’au groupe étudié et
ne peut être généralisée.
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Approches expérimentales en
pharmacogénétique
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Généralités Pharmacogénétique
Approches expérimentales
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1.Du génotype au phénotype
•Approche utilisée pour les familles de gènes importants en

pharmacocinétique et en pharmacodynamie :
➢Enzymes du métabolisme : CYP,..
➢Transporteurs membranaires
•Voies de biosynthèses (purines/pyrimidines pour anticancéreux)

•Voies de l’inflammation (asthme)
•Cascade enzymatiques (coagulation)
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2. Du phénotype au génotype
Recherche d’un paramètre phénotypique présentant une variabilité significative:

-Taux de clairance d’un médicament,
-Pic plasmatique d’un médicament,
-Taux d’absorption d’un médicament,
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Dr. ATMANI S.
Ex: Identification d’un métaboliseur inhabituel
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Intérêts de la pharmacogénétique
•Améliorer le développement des médicaments
•Augmenter le bénéfice apporté aux patients
•Améliorer la pharmacovigilance
•Réduire les coûts de santé publique?
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Phases de développement d’un médicament
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Dr. ATMANI S.
▪Améliorer le développement des médicaments

➢Utilisation précoce au cours des essais cliniques
Phase II: établir les profils de réponse aux médicaments
➢En pratique: étude du profil SNPs du «futur» patient
Réduire variabilité inter-individuelle

Augmenter la chance de démontrer l’efficacité du produit
Réduire la durée des phases III
➢En fin d’études cliniques
Approbation du médicament pour une population «pharmacogénétique» définie.

Recherche de nouvelles approches thérapeutiques pour la population
«pharmacogénétique» non-répondeur.
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▪Augmenter le bénéfice apporté aux patients

•Traitements mieux adaptés
•Schémas de dosages spécifiques
•Traitement diminué en effets secondaires
D’un point de vue AMM, permet d’éviter un refus systématique de certaines

médications pour causes d’une population non-répondeur.
▪Améliorer la pharmacovigilance
•Caractérisation des effets secondaires rares (<1/1000)
•Retraits d’AMM
•Études de sécurités longues et coûteuses
•La pharmacogénétique permettrait de caractériser profils à haut risque et rares durant les
essais cliniques de phase III et après l’AMM.
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Réduction des coûts ?
▪Optimisation de la valeur du médicament pour l’industrie

pharmaceutique
▪Réduction des prescription inefficaces
▪Réduction du cout des effets secondaires (100 milliards USD)
▪Génotypage intensif nécessaire
▪Coût du génotypage
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Dr. ATMANI S.
Contraintes
Taille de l’échantillon à étudier qui est fonction de :
La proportion de patients présentant la réponse d’intérêt
De la fréquence de l’allèle du SNP
Du niveau de significativité nécessaire
P<0.05 hypothèses biologiques simples

P<0.00005 pour tester 1000 hypothèses
➢Les estimations actuelles sont de 160 à plusieurs milliers de patients à tester.
Si les allèles impliquées dans la réponse au médicament ne sont pas connus, il faut
faire un screening large du génome avec plusieurs milliers de marqueurs. Dans ce
cas le nombre de patients requis pourrait être supérieurs au nombre de patients
recrutés en phase II
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Cours 2
Pharmacogénétique: Influence de la
pharmacogénétique sur la pharmacocinétique
(Gènes impliques dans la réponse aux médicaments au niveaux
PK)
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Dr. ATMANI S.
Pharmacogénétique
Influence de la pharmacogénétique sur la PK et la PD
-Les polymorphismes génétiques et les mutations dans les enzymes du

métabolisme des médicaments, transporteurs, récepteurs et d’autres cibles sont
liés aux variabilités interindividuelles observées dans l’efficacité et la toxicité
des médicaments.
-La pharmacogénétique est une science qui essaye d’expliquer la relation entre
des caractères héréditaires et des différences de réponses aux médicaments.
-Des variabilités dans ces caractères héréditaires peuvent se manifester dans des
processus de pharmacocinétique et/ou pharmacodynamie des médicaments.
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Dr. ATMANI S.
Pharmacogénétique
Influence de la pharmacogénétique sur la PK
Variabilités génétiques dans des gènes impliqués dans la distribution des

médicaments (Système ADME: Absorption, Distribution, Métabolisme et
Elimination)
Changements pharmacocinétiques des médicaments ou de leur métabolites
Changements dans l’effet des médicaments (efficacité, toxicité)
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Dr. ATMANI S.
Pharmacogénétique
Variabilité génétique au niveau du métabolisme
➢La biotransformation est parmi les processus les plus importants qui détermine le
profile pharmacocinétique d’un médicament administré.
➢Le médicaments au niveau du foie peuvent subir deux types de réactions chimiques de
manière indépendante ou successive:
-Réaction de phase I: réaction de fonctionnalisation, Cytochrome P450.
-Réaction de phase II: réaction de conjugaison, UDP-glucurosyltransférase (UGT),……
➢Les gènes codant pour les enzymes des phases I et II du métabolisme des
médicaments sont connus pour présenter des polymorphismes.
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Dr. ATMANI S.
Pharmacogénétique
▪Plusieurs polymorphismes relié au DME (Drug Metabolizing Enzymes) ont été
identifiés impliquant principalement les CYP450 (CYP2D6,CYP2C9,CYP2C19,etc.),
NAT2, TPMT, l’UDP-glucoronosyltransferases (UGTs),…
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Dr. ATMANI S.
Influence de la pharmacogénétique sur la PK Pharmacogénétique
Les polymorphismes génétiques au
sein des DMEs (Drug Metabolizing
Enzymes) ont permis de distinguer
quatre phénotypes possibles quant à
la capacité à métaboliser les
médicaments en métabolites actifs
ou inactifs:
-Métaboliseurs pauvres(PM),
-Métaboliseurs intermédiaires(IM),
-Métaboliseurs efficaces ou rapides
(EM).
-Métaboliseurs ultrarapides (UM).
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Dr. ATMANI S.
ADR: Adverse drug reaction
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Dr. ATMANI S.
Enzymes du métabolisme de phase I
-Polymorphisme des enzymes du cytochrome P-450(CYPs)
➢59% des médicaments cités dans les études ADRs (adverse drug reaction) sont
métabolisés par des enzymes de phase I polymorphes dont 86% d’entre elles sont les
cytochrome P450.
La base des donnés cypalleles

fournie des informations sur la
fréquence des différents allèles
CYP chez plus de 56000 personnes.
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Dr. ATMANI S.
➢ Les enzymes impliquées dans le plus grand nombre de bio-transformations et

présentant le plus de polymorphismes génétiques sont : CYP3A4, CYP2D6,
CYP2C19 et CYP2C9, CYP2E1.
➢CYP2D6 est impliqué dans le métabolisme de 25% des médicaments.
➢on parle de polymorphisme d’hydroxylation « debrisoquine/spartéine » ou

polymorphisme du CYP 2D6.
➢Le polymorphisme du gène CYP2D6 est impliqué dans 38% des rapports ADR.
➢Le gène CYP 2D6 se trouve au niveau du locus CYP2D sur le chromosome 22q11
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Dr. ATMANI S.
Conséquences de certaines variations génétiques sur le
fonctionnement de l’enzyme CYP2D6
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Dr. ATMANI S.
Exemples pour le polymorphisme du CYP 2D6 :
o perhexilline ( antiangoreux) : une toxicité neurologique et hépatique a été observée

chez des sujets métaboliseurs lents avec dépôt de perhexilline dans le foie.
o pas d’effet analgésique de la codéine chez les métaboliseurs lents :

CYP 2D6
Codéine Morphine
o non réponse au tamoxifène chez des métaboliseurs lents (tamoxifène métabolisé en

métabolite actif par le CYP 2D6).
o Absence de réponse thérapeutique à certains médicaments métabolisés par le CYP

2D6 chez les ultra métaboliseurs : ex non réponse à certains antidépresseurs
(amitriptylline, clomipramine, desimipramine…) : il faudra utiliser un antidépresseur
empruntant une autre voie métabolique .
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Dr. ATMANI S.
-Polymorphisme de la Dihydropyrimidine déshydrogénase (DPD)
➢Enzyme clé du catabolisme de la famille des fluoropyrimidines, dont le chef de file est le 5-
fluorouracile (5-FU), et ses prodrogues orales, la capécitabine et le ftorafur.
➢ Elle transforme le 5FU en dihydro-5FU inactif.
➢l’activité de cette enzyme est caractérisée par une grande variabilité interindividuelle
agissant sur le métabolisme de 5-FU et de ses paramètres cinétiques.
➢le gène codant pour la DPD est situé sur le chromosome 1p22.
➢Les SNP touchant le site d’épissage et ceux au niveau des régions codantes du gène DPD
ont été associés à une toxicité accrue de la capécitabine.
➢La fréquence des sujets déficitaires a été évaluée entre 3 % et 5 % dans la population
générale. La mutation liée à ce déficit engendre chez des patients traités par du 5-FU des
toxicités souvent sévères, voire mortelles.
➢La
35 mutation délétère est localisée sur le site d’épissage près de l’exon 14 (IVS14+1G>A)
Dr. ATMANI S.
-Polymorphisme de la Dihydropyrimidine déshydrogénase (DPD)
Mécanisme de retentissement du SNP de l’exon 14 sur la structure et l’activité de l’enzyme.
Substitution d’une guanine par une adénine, et a comme conséquence la délétion

complète de l’exon 14 lors de l’épissage de l’ARN pré-messager.
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Dr. ATMANI S.
Enzymes du métabolisme de phase II
-Polymporphisme UDP-glucurosyltransférases (UGTs):
➢La molécule issue de cette conjugaison est généralement inactive, hydrosoluble,

moins toxique et plus facilement excrétée dans la bile ou dans l’urine.
➢Les composés endogènes et exogènes conjugués par les UGT incluent la bilirubine,
les sels biliaires, les stéroïdes ainsi que divers médicaments.
➢ La plupart des membres de la superfamille des UGTs sont exprimés dans le foie mais
aussi au niveau extra-hépatique: l’intestin, l’estomac, l’oesophage, le cerveau….
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Dr. ATMANI S.
▪Il existe 4 familles au sein de la superfamille des UGTs: UGT1A, UGT2, UGT3 et
UGT8.
▪UGT1A Médicaments substrat courent de cette famille.
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Dr. ATMANI S.
A graphic representation of the human UGT1A locus
•Chez l’homme, le gène de la famille UGT1 est localisé dans la région 2q37;
•Les membres de la famille 1 sont codés par un gène contenant 17 exons.
•Les données génomiques les plus récentes indiquent que le locus UGT1 possède au moins
treize premiers exons différents, et que grâce à un mécanisme d’épissage alternatif, 13
transcrits sont issus de ce gène.
•Les exons 2 à 5 sont communs à l’ARNm de ces différentes UGT, alors que l’exon 1 est
spécifique à chacune des formes.
• Les différents exons 1 codant pour la partie amino-terminale sont numérotés de 1 à 13 de 3’
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en 5’.
Dr. ATMANI S.
▪Il existe 4 familles au sein de la superfamille des UGTs: UGTA1, UGT2, UGT3 et
UGT8.
▪UGTA1 Médicaments substrats courants de cette famille.
➢Variants UGT1A1:
113 variants différents d'UGT1A1décrits.
▪Ces variants peuvent conférer des activités enzymatiques réduites ou accrues, ainsi que
des phénotypes enzymatiques inactifs ou normaux.
▪Ces variants individuels sont décrites comme des allèles par le comité de la nomenclature
UGT (http://www.pharmacogenomics.pha.ulaval.ca/cms/ugt_alleles/) et sont désignées par
le symbole * suivi d'un nombre.
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Dr. ATMANI S.
➢Fréquence des variants UGT1A1:

-Les allèles UGT1A1 * 36 et UGT1A1 * 37 sont présents presque exclusivement dans les
populations d'origine africaine, avec des fréquences alléliques estimées à 0,03-0,10 et 0,02-
0,07, respectivement.
-L’allèle UGT1A1 * 28 apparait chez les populations caucasiènne, afro-américaine et et

asiatique avec des fréquences respectives de 0,26-0,31, 0,42-0,56 et 0,09-0,16.
-L’allèle UGT1A1 * 6 apparait à des fréquences de 0,13, 0,23 et 0,23 dans les populations
japonaise, coréenne et chinoise, respectivement.
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Dr. ATMANI S.
➢Pharmacogénétique de UGT1A1:
UGT1A1: *6 (Gly71Arg; rs4148323)
➢La variante UGT1A1*6 est associée avec le syndrome de Gilbert chez les patients
asiatiques
➢Il s’agit d’une transition (+211 du site initial de la transcription, G vers A) au niveau du
codon 71 dans l'exon 1 qui change la glycine en arginine (G71R, UGT1A1 * 6, références 23
et 27);
➢Les patients hétérozygotes ou homozygotes pour l'allèle * 6 présentent un risque plus élevé
de neutropénie, de diarrhée, de modification de dose et d'exposition accrue au métabolite
cytotoxique SN-38
➢L'allèle * 6 a également été associé à une hyperbilirubinémie au cours du traitement par

l'indinavir.
42
Dr. ATMANI S.
➢Pharmacogénétique de UGT1A1
UGT1A1: *28 (7-TA insertion in promoter; rs8175347):
➢Dans les populations caucasiennes un polymorphisme dans la région promotrice de gène

de l’UGT1A1 est à l’origine du syndrome de Gilbert.
➢ Il s’agit de l’insertion d’un couple TA au niveau de la région (TA)6TA du promoteur du

gène UGT1A1*1 résultant ainsi l’allèle variant (TA)7TAA UGT1A1*28.
➢Ce polymorphisme est caractérisé par une diminution à 30% de niveau d’expression et
d’activité de l’enzyme.
➢les patients porteurs de ce syndrome présentent donc une diminution de la

glucuronidation du SN-38 (métabolite actif de l’irinotécan), d’où un risque potentiel de
toxicité (diaharée…).
43
Dr. ATMANI S.
-Polymporphisme N-acétyltransférase 2 (NAT2)
44
Dr. ATMANI S.
-Polymporphisme N-acétyltransférase 2 (NAT2)
➢Connu depuis les années 50, il peut être étudié chez des sujets traités par l’isoniazide
(un antituberculeux) qui est métabolisé principalement en acétyl isoniazide et
secondairement en acide pyridine carboxylique.
➢Au sein d’une population traitée par l’isoniazide, il est possible de distinguer des
individus ayant une activité d’acétylation rapide , intermédiaire et lente.
➢Cette distribution trimodale est due à une différence génétique touchant la capacité de
biotransformation due à l’activité de la N-acétyltransférase.
➢Ce polymorphisme a essentiellement été mis en évidence avec l’isoniazide, mais il

concerne toutes les substances métabolisées par l’acétyltransférase.
➢Le gène NAT2 se trouve sur le chromosome 8p22.
➢Les varients allèliques ont été classé selon l’activité de l’enzyme .
45
Dr. ATMANI S.
Variabilité génétique au niveau du transport
Les processus de transport des médicaments intéressent les étapes d’absorption, de
distribution et d’élimination. Le transport est assuré par des transporteurs membranaires
permettant le passage d’une molécule pharmaceutique de part et d’autre des membranes
externes des cellules, notamment des cellules épithéliales polarisées des entérocytes, des
hépatocytes et des cellules tubulaires rénales pour ce qui concerne l’élimination des
médicaments.
Principales localisations et
fonctions des transporteurs
impliqués en pharmacologie.
46
Dr. ATMANI S.
Les processus de transport des médicaments intéressent les étapes d’absorption, de
distribution et d’élimination. Le transport est assuré par des transporteurs membranaires
permettant le passage d’une molécule pharmaceutique de part et d’autre des membranes
externes des cellules et notamment des cellules épithéliales polarisées des entérocytes, des
hépatocytes et des cellules tubulaires rénales pour ce qui concerne l’élimination des
médicaments.
Principales localisations et
fonctions des transporteurs
impliqués en pharmacologie.
47
Dr. ATMANI S.
Problématique du passage transmembranaire
➢Nature lipophile de la Mb plasmique

–barrière physique pour les composés hydrophiles
➢Passage transmembranaire pour composés lipophiles

–dissolution dans la membrane
–selon le gradient de concentration (diffusion simple)
48 Nécessité de transporteurs membranaires

Dr. ATMANI S.
Les transporteurs membranaires
Protéine membranaire intégrale assurant le passage de xénobiotiques (médicaments) à
travers une membrane cellulaire.
–membrane plasmique (milieu extérieur-milieu intérieur)

–membrane intracellulaire (répartition milieu intracellulaire/organites intracellulaires)
•Caractéristiques du passage transmembranaire
différences avec les canaux ioniques
–un seul coté ouvert (extérieur ou intérieur)
–interaction physique directe xénobiotique/transporteur (liaisons faibles non covalentes type
liaisons H)
–notion de « drug binding site » caractérisant le transporteur
–nécessité d’apport d’énergie
49
Dr. ATMANI S.
Essentiels au passage des membranes et barrières pour de nombreuses molécules

–ions
–petites molécules
–macromolécules (ex : protéines peu lipophiles)
•Génome humain
–27% des gènes protéines membranaires
–15% des gènes 4500 transporteurs membranaires
50 Dr. ATMANI S.
Un transporteur prend généralement en charge plusieurs substrats :
–substrats endogènes (métabolites…) conséquences physiologiques

–xénobiotiques conséquences pharmacologiques
•Un substrat est souvent pris en charge par plusieurs transporteurs :
Redondance et faible spécificité / substrat

L’activité des transporteurs peut être inhibée par un grand nombre de composés
–inhibition compétitive (action au niveau du « drug binding site »)
–inhibition non-compétitive (action en dehors du « drug binding site »)
•Un inhibiteur peut inhiber plusieurs transporteurs

•Certains composés peuvent stimuler l’activité des transporteurs
–possibilité pour un même modulateur d’inhiber ou de stimuler un même transporteur
selon le type de substrat
51 Spécificité médiocre des inhibiteurs

Dr. ATMANI S.
•Conséquences de l’inhibition de l’activité des transporteurs
–Interactions médicamenteuses
–Interactions médicaments-aliments
–Toxicités (interaction avec le transport de substances endogènes)
52
Dr. ATMANI S.
Expression tissu-spécifique des transporteurs
•Expression au niveau des organes et tissus impliqués dans les

processus ADME
–Intestin
–Foie
–Rein
–Barrières hémato-tissulaires (BHE, placenta, testicule…)
•Expression large de certains transporteurs dans divers types
cellulaires (ex: MRP1/ABCC1)
–cellules souches
–certaines cellules cancéreuses (résistance MDR « Multi Drug
résistance)
53
Dr. ATMANI S.
Expression tissu-spécifique des transporteurs
54
Dr. ATMANI S.
Polymorphismes génétiques des transporteurs
•Single NucleotidePolymorphisms(SNPs)
–conséquences
•sans
•modification de l’activité du transporteur
•modification de l’expression du transporteur
•modification de la sensibilité aux inhibiteurs
–fréquence variable selon l’origine ethnique
•Maladies congénitales
–hyperbilirubinémie congénitale :Maladie de Dubin-Johnson (MRP2)
55
Dr. ATMANI S.
Classification des transporteurs membranaires
• Transporteurs SLC (Solute carrier)

– transport passif facilité (diffusion facilitée concernant les composés lipophiles)
– transport actif secondaire (couplage à un transport d’ion/métabolite )
• Transporteurs ABC (ATP-binding cassette)

– transport actif primaire (activité ATPase du transporteur)
56
Dr. ATMANI S.
Classification des transporteurs membranaires
•SLC : Solute Carrier
•ABC : ATP-Binding Cassette
SLC and ABC drug transporters that

have been implicated in the handling
of xenobiotics and drugs
57
FromSanjay K. Nigam, Nature ReviewsDrug Discov. 2015 Dr. ATMANI S.
-Transporteurs ABC
➢Les systèmes de transport à ATP binding

cassette (ABC) utilisent l’énergie de l’hydrolyse
de l’ATP pour l’import ou l’export
unidirectionnels d’une variété considérable de
substrats, des ions aux macromolécules.
➢ Ils sont organisés en quatre domaines : deux
domaines transmembranaires (DTM ou TMD
pour transmembrane domains) et deux
domaines cytoplasmiques qui lient les
nucléotides (DLN ou NBD pour nucleotide
binding domains).
Les DLN partagent trois motifs caractérisant la
« cassette » de fixation de l’ATP: les motifs de
Walker A et B communs à toutes les protéines
fixant des nucléosides triphosphates, et un
motif LSGGQ, qui constitue la « signature »
spécifique des transporteurs ABC.
➢Il ont un rôle dans l’excrétion de
xénobiotiques
Dr. ATMANI S.
58
-Transporteurs ABC
• 51 transporteurs dont 9 de xénobiotiques
•Transporteurs ABC de xénobiotiques se répartissent dans 3 familles :
–ABCB (P-glycoprotéine)
–ABCC (MRPs)
–ABCG (ABCG2/BCRP)
Principaux transporteurs ABC de médicaments :ABCB1 -MRP-BCRP
59
Dr. ATMANI S.
La glycoprotéine P (P-gp) (ABCB1/ MDR1)
-Pompe d’efflux ABC, la plus ancienne identifiée

(Julianoet Ling, 1976) et la mieux caractérisée et
étudiée
•Double fonction
–Excrétion : intestin, foie, rein
–Protection : cerveau, placenta, testicules.
•Implication dans les processus de résistance

multiple aux médicaments anticancéreux (Multi-
Drug Resistance=MDR)
60
Dr. ATMANI S.
La P-gp a une large spécificité de substrat pour des composés structurellement divergents; en
général, ses substrats sont hydrophobes et peuvent être cationiques.
61
Dr. ATMANI S.
62
Dr. ATMANI S.
➢La P-gp est le produit du gène ABCB1/ MDR1, situé sur la région chromosomique 7q21 et
consistant en 28 exons codant pour une protéine de 1280 acides aminés (environ 170 KDa).
➢1279 SNP identifiés dans la région du gène ABCB1, dont 64 codants (22 synonymes, 41 non
synonymes, et un dans le codon d'initiation).
➢Le variant ABCB1 C3435T (Ile1145Ile rs1045642) en particulier a reçu beaucoup d'attention.
-fréquence allélique 45%
–baisse d’expression de la P-gp
•CC : fort niveau d’expression
•TT : faible niveau d’expression (concentration plasmatique élevée de la Digoxine et la rifampicine)
63
Dr. ATMANI S.
Le transporteur BCRP/ABCG2 (Breast cancer resistance protéine)
-Deuxième membre de la famille G des

transporteur ABC (ATP-binding cassette).
-Pompe d’efflux identifié comme une cause
moléculaire de la multirésistance dans diverses
cellules cancéreuses (lignée MDR mammaire
MCF7; Doyle, 1998).
-BCRP fonctionne physiologiquement comme une

partie d'un mécanisme d'auto-défense de
l'organisme; il améliore l'élimination des
substances xénobiotiques et toxiques et des agents
nocifs dans l'intestin et les voies biliaires, ainsi
qu’au niveau des barrières hémato-encéphalique et
placentaire.
-Half-transporteur (Dimérisation)
64
Dr. ATMANI S.
-Le transporteur BCRP/ABCG2 (Breast cancer resistance protéine)
-Les substrats BCRP comprennent de nombreux

anticancéreux tels que les inhibiteurs de la
topoisomérase II: le topotécan. et l'irinotécan, et
les inhibiteurs de la tyrosine kinase: l'imatinib et le
géfitinib.
-Autres substrats de BCRP comprennent des
statines, des antibiotiques, de nombreuses toxines
environnementales et des substrats endogènes tels
que les hormones stéroïdiennes conjuguées, les
folates et l'acide urique.
➢Des polymorphisme du gène ABCG2 à fonction réduite, ont été identifiés:

Augmentation de la biodisponibilité des substrats BCRP (efflux réduit).
65
Dr. ATMANI S.
-Les transporteurs ABCC (MRPs; Multidrug Resistance-Associated Proteins)
- Membre de la famille MRP: MRP1 (ABCC1), MRP2 (ABCC2), et MRP4 (ABCC4)

-Leur expression peut être associée à un mauvais pronostic global ou une mauvaise
réponse à la thérapie.
-MRP2 (ABCC2) est exprimé au niveau de la membrane canaliculaire de l'hépatocyte et

au niveau de la membrane apicale des cellules endothéliales du tubule proximal rénal.
-MRP2 (ABCC2) transporte une large gamme de xénobiotiques conjugués.
-Les mutations génétiques au niveau du gène ABCC2 provoquent le syndrome de

Dubin-Johnson.
-Les polymorphismes du gène ABCC2 ont été associés à une concentration plasmatique
plus élevée de certains substrats MRP2.
66
Dr. ATMANI S.
Les transporteurs ABCC (MRPs; Multidrug Resistance-Associated Proteins)
-MRP4 est situé au niveau de le membrane basolatérale des hépatocytes , et de la

membrane apicale des cellules du tubule proximal du rein et de l'endothélium capillaire
du cerveau .
-Les substrats médicamenteux de MRP4 comprennent les antibiotiques

(céphalosporines), les inhibiteurs nucléotidiques de la transcriptase inverse, et des
agents cytotoxiques tels que le méthotrexate et la 6-mercaptopurine.
-Un SNP au niveau du gène ABCC4 (c.G2269A, rs3765534) a été associé à une
diminution de MRP4 suggérant une augmentation de la sensibilité à la myélo-
suppression induite par la thiopurine.
-Des polymorphismes du gène ABCC4 ont été associés à des effets secondaires et un
risque de morbidité chez les enfants atteints de leucémie lymphoblastique et traités par
le méthotrexate.
67
Dr. ATMANI S.
Transporteurs SLC (Solute carrier)
-Echangeurs qui fonctionnent en mode uniport, symport ou

antiport.
-Transporteurs d’influx principalement;
-Diffusion passive facilitée ou transport actif secondaire
•Plus de 430 transporteurs SLC répartis en 65 familles
• 20 à 25 % d’homologie de séquence.
–Transporteurs d’ions
•Na+
•Ca2+
•H+
•…
–Transporteurs de nutriments et métabolites
•Glucose
•Acides aminés
•Neurotransmetteurs
•…
–Transporteurs de xénobiotiques
•8 familles de SLC
68 Dr. ATMANI S.
Les transporteurs d'anions organiques (OAT / SLC22A)
➢Il déplacent de petits anions organiques contre leur gradient de concentration en

utilisant un gradient de Na +.
➢OAT1 (SLC22A6) est principalement exprimée sur la membrane basolatérale des

tubules rénaux proximaux, et OAT3 (SLC22A8) s'expriment majoritairement dans le rein.
➢Au niveau du rein, OAT1 et OAT3 facilitent l'absorption des composés du sang et
partagent une spécificité de substrat large et partiellement chevauchante.
➢Les substrats d'OAT comprennent les hormones stéroïdiennes et des médicaments tels
que les inhibiteurs de l'enzyme de conversion de l'angiotensine, le captopril et le
quinaprilate, l'olmésartan, un inhibiteur des récepteurs de l'angiotensine II, et de
nombreux antibiotiques et antiviraux.
➢De nombreux médicaments utilisés en clinique sont des inhibiteurs du transport de

l'OAT in vitro, comprenant des antibiotiques, des antiviraux et des anti-inflammatoires
non stéroïdiens (AINS).
➢Etudes pharmacogénétiques non concluantes

69
Dr. ATMANI S.
Les transporteurs de cations organiques (OCT / SLC22A)
-Transporteurs d'absorption qui contrôlent l’entrée cellulaire de petits composés positivement

chargés,
-OCTs identifiés chez l'homme comprennent OCT1 (SLC22A1) et OCT2 (SLC22A2), qui sont
principalement exprimés sur les membranes basolatérales des hépatocytes et des tubules
proximaux rénaux, respectivement, et OCT3 (SLC22A3), qui est plus largement exprimé (
retrouvé dans différents tissus du corps).
-Substrats endogènes: Les neurotransmetteurs et la créatinine monoamines.

-Substrats médicamenteux : les antinéoplasiques contenant du platine, la metformine, certains
antiviraux (aciclovir, zalcitabine) …...
-les polymorphismes SLC22A1 à fonction réduite ont été associés à une clairance rénale accrue
de la metformine.
-Le variant allélique c. T808G du gène SLC22A2 codant pour OCT2 a été associé à une
moindre néphrotoxicité du cisplatine en clinique, probablement en raison d’une moindre
accumulation intracellulaire.
70
Dr. ATMANI S.
Les polypeptides de transport d’anions organiques (OATP « Organic Anion
Transporting Polypeptides »/SLCO)
➢Les OATP ont une grande spécificité de substrat pour les molécules amphipathiques,
-Les composés endogènes tels que les acides biliaires, les hormones thyroïdiennes, et les
hormones sulfatées et glucuronidées.
-Les substrats médicamenteux tels que la rifampicine, le méthotrexate, les antidiabétiques et

les statines.
➢OATP1B1, le plus étudié , est exprimé exclusivement sur la membrane basolatérale des
hépatocytes et est considéré comme la force motrice pour l'absorption hépatique des statines
et de certains antidiabétiques ayant comme site d'action le foie.
➢Le gène SLCO1B1 est fortement polymorphe;
-C521T (rs4149056) est le varient le plus largement caractérisé avec une fréquence
d'environ 15% dans les populations asiatiques et caucasiennes.
-C’est un polymorphisme de perte de fonction Réduction de l'absorption hépatique

71
des substrats OATP1B1 chez les individus affectés.
Dr. ATMANI S.
Les transporteurs MATEs (Multidrug And Toxin Extrusion protein ) (SLC47A)
-Protéines d’efflux
-Transporteurs de cations
-Exprimés dans tout le corps, mais principalement dans le foie et les reins, où ils situés
au pôle canaliculaire des hépatocytes et au niveau de la membrane luminale des cellules
tubulaires proximales.
-Certains composés sulfunoconjugués endogènes, tels que le sulfate d’estrone, sont des
substrats de ces transporteurs.
-L’oxaliplatine, la cimétidine et la metformine sont des substrats exogènes.
-Un SNP non codant (rs2289669 G/A SNP) de SLC47A1 a été rapporté comme
influençant la réponse pharmacodynamique à la metformine, suggérant une réduction de
l'activité de transport du transporteur associée à une réduction plus importante de
l'HbA1c.
72
Dr. ATMANI S.
Cours 3
Pharmacogénétique: Influence de la
pharmacogénétique sur la pharmacodynamie
(Gènes impliques dans la réponse aux médicaments au niveaux
PD)
Dr. ATMANI S.
Pharmacogénétique
Influence de la pharmacogénétique sur la PD
Polymorphismes pharmacodynamiques
➢Récepteurs
➢Cascades physiopathologiques
➢Mécanisme de protection
➢Mécanismes immunitaires
Dr. ATMANI S.
Influence de la pharmacogénétique sur la PD Pharmacogénétique
-Récepteurs
-Polymorphisme de VKORC1
➢Les polymorphismes de VKORC1 (gène codant pour la sous-unité 1 du complexe
Vitamine K époxyde réductase) sont des facteurs génétiques importants pour la dose et la
réponse aux antivitamines K ex: la warfarine.
➢Ils peuvent êtres responsables de la résistance aux antivitamines K (AVK), pouvant
exposer au risque thrombotique.
Dr. ATMANI S.
-Récepteurs
Dr. ATMANI S.
-Récepteurs
➢Le polymorphisme G3673A au niveau de la région promotrice de VKORC1 altère le site

de liaison au facteur de transcription de VKORC1;
- Il est considéré comme le SNP causatif du phénotype « faible dose ».
- l'activité de l'allèle G est augmentée de 44% par rapport à l'activité de l'allèle A.
-Ce polymorphisme a des différences prononcées dans sa fréquence par groupe ethnique:
-l'allèle majoritaire (environ 90%) dans les populations asiatiques.
- 40% dans les populations à prédominance caucasienne.
➢C6484T, SNP au niveau du premier intron de VKORC1.
- Le variant C6484T a aussi été associé au phénotype warfarine à faible dose,
➢G9041A, SNP au niveau de 3'UTR de VKORC1, qui peut être associé à une dose plus
élevée de warfarine
Dr. ATMANI S.
-Récepteurs
Polymorphisme du récepteur beta-2-adrenergique (ADRB2)
Agonistes ß2 adrénergiques, appelés aussi ß2 stimulants, utilisés en thérapeutique pour leur

effet bronchodilatateur (Salbutamol)
Dr. ATMANI S.
-Récepteurs
Dr. ATMANI S.
-Récepteurs
➢Plus de 80 polymorphismes au niveau du gène ADRB2 ont été identifiés, dont 45

mononucléotidiques (SNP) et 2 polymorphismes d'insertion / délétion qui ont été validés
par plusieurs études pharmacogénétiques.
➢Un SNP non synonyme (changement d'acides aminés en positions 16 (Arg16Gly);

rs1042713) avec une fréquence allélique entre 40 -50%, a bien été caractérisé dans la
pharmacogénétique de l'asthme.
Des études in vitro ont démontré que l'isoforme Gly16 augmentait la régulation négative
de beta2-AR.
➢Le SNP rs1800888 codant une substitution de la thréonine par l’isoleucine en position
164 (Thr164Ile), se produit avec une fréquence de 1-3%.
Cet isoforme est trois à quatre fois moins sensible à la stimulation induite par l'agoniste
que les porteurs du Thr164 de type sauvage.
Dr. ATMANI S.
-Récepteurs
➢Polymorphisme du récepteur nucléaire SXR (Steroid Xenobiotic Receptor)(PXR,

hPAR ou NR1I2 Nuclear « receptor subfamily 1 group I member 2”)
➢Le gène de SXR (NR1I2) est situé sur le chromosome 3q13-21. Il compte environ 35kb et
il est composé de 10 exons et 9 introns.
-Ce récepteur présente 3 isoformes majoritaires décrites chez l’homme.
-C’est un régulateur transcriptionnel de l’expression des cytochromes P (CYP):un facteur

clé de transcription, responsable de l’activation de CYP3A4 etCYP3A7.
-Facteur de transcription des gènes du métabolisme de phase II: UGT1A; GST (Glutathion-
S-Transferase.
-SXR est aussi lié à l’activation de la transcription de gènes de transporteurs membranaires

ABC: MDR1, MDR2…..
Dr. ATMANI S.
-Récepteurs
Structure de SXR
Dr. ATMANI S.
-Récepteurs
Dr. ATMANI S.
-Récepteurs

➢Zhang et al., ont dépisté 36 polymorphismes au niveau des séquences non codantes
du gène de SXR. Certains ont été corrélés avec une augmentation de l’activation de
CYP3A4, et d'autres avec des faibles niveaux d’expression du gène ABCB1.
➢25385C> T (rs3814055) et 24113T> A (GenBank Accession AF364606) ont été

associé à un métabolisme deux fois plus élevé de l'érythromycine et de la rifampicine,
Dr. ATMANI S.
Pharmacogénétique
➢Cascade physiopathologique
▪La constitution génétique affecte l’évolution des maladies et la réponse aux

traitements “en aval” de l’étape de liaison aux récepteurs.
▪Polymorphisme des gènes des apolipoprotéines (APOA5, APOE et APOC3)

responsable de la gravité des dyslipidémies induites par les antirétroviraux;
▪ Augmentation du risque d’accident cardio-vasculaire et de syndrome coronarien

aigu.
Dr. ATMANI S.
▪Le polymorphisme du gène codant pour la Glucose-6-phosphate déshydrogénase (G6PD)

qui affecte un processus protégeant les érythrocytes induisant une anémie hémolytique lors
de la prise de médicaments oxydants (aspirine, primaquine, sulfapyridine).
▪La G6PD est codée par un gène constitué de 13 exons, se trouvant sur le locus q28 du
chromosome X.
Dr. ATMANI S.
➢Le NADPH joue un rôle important dans la réduction des agents oxydants, en permettant
de maintenir le pool de glutathion réduit au niveau normal, particulièrement dans les
globules rouges.
➢Le NADP réduit est indispensable à la protection de l’hématie et de son hémoglobine

contre l’oxydation compte tenu de leur rôle dans le transport de l’oxygène.
Dr. ATMANI S.
▪Sur la base de manifestations cliniques et de propriétés biochimiques ,plus de 400

variations du gène G6PD ont été décrites,
▪Les allèles du déficit en G6PD sont retrouvés dans le monde entier.
▪On estime à près de 400 millions, le nombre de personnes porteuses d'une mutation dans
le gène codant pour la G6PD et provoquant le déficit.
Dr. ATMANI S.
Pharmacogénétique
▪Une substitution qui génère une mutation faux-sens
Classification of G6PD variants
Dr. ATMANI S.
Pharmacogénétique
La propension de certaines substances à déclencher des réactions allergiques apparaît

être influencée par la constitution génétique des individus. Notamment les gènes HLA
codant pour les protéines du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH). Les gènes
les plus polymorphes de tous les gènes humains.
Dr. ATMANI S.
Pharmacogénétique
Les variant allélique HLA-A*3101 et HLA-B*1502 induisent une réaction d’hypersensibilité

(syndrome de Steven-Johnson, syndrome de Lyell) lors de la prise de carbamazépine .
– Le variant allélique HLA-B*5701 induit une réaction d’hypersensibilité (syndrome de

Steven-Johnson, syndrome de Lyell) lors de la prise de l’abacavir;
-Le variant allélique HLA-B*5081 responsable d’une allergie cutanée sévère (syndrome de
Steven-Johnson, syndrome de Lyell) lors de la prise de l’allopurinol.
Dr. ATMANI S.

CHAPITRE IV Pharmacogénétique 2023

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Pharmacogénétique M1/GFA, FSB/USTHB

Chapitre IV: Pharmacogénétique

2022-2023 Dr. ATMANI S.

Certaines de ces différences sont génétiquement transmises

Variabilité interindividuelle d’origine génétique peut être:

•Taux d’efficacité des médications varie de 25 à 80%

•Test génétique pour prédire l’efficacité du traitement

Le polymorphisme d’une séquence d’ADN chromosomique se définit comme une

À ne pas confondre polymorphisme avec mutation.

Les mutations sont des variations pathologiques :

-<1% de la population (rare)

-Les polymorphismes sont des variations neutres :

1-Insertions ou délétions de bases

2-Délétions d’ADN répétitif

Cartographie systématique des SNPs dans le génome

-Peuvent êtres : des délétions et duplications (CNV copy

-Changements peu fréquents

Modification de l’expression des gènes :

Augmentation de l’activité (surexpression)

1.Adaptation individuelle des traitements en fonction des capacités

2.Définir quelle molécule à potentiel thérapeutique peut être

3.Déterminer les patients potentiellement réfractaires au

4.Identifier les patients pouvant développer un effet secondaire à

▪Identification des biomarqueurs génomiques spécifiques (GBMs pour « specific genomic

➢Ceux qui sont associés à un état pathologique, à une progression de l’état

Remarque: La fréquence des traits pharmacogénétique varie considérablement

1.Du génotype au phénotype

•Approche utilisée pour les familles de gènes importants en

➢Enzymes du métabolisme : CYP,..

•Voies de biosynthèses (purines/pyrimidines pour anticancéreux)

Recherche d’un paramètre phénotypique présentant une variabilité significative:

•Améliorer le développement des médicaments

•Augmenter le bénéfice apporté aux patients

•Réduire les coûts de santé publique?

▪Améliorer le développement des médicaments

Phase II: établir les profils de réponse aux médicaments

➢En pratique: étude du profil SNPs du «futur» patient

Réduire variabilité inter-individuelle

➢En fin d’études cliniques

Approbation du médicament pour une population «pharmacogénétique» définie.

▪Augmenter le bénéfice apporté aux patients

•Schémas de dosages spécifiques

•Traitement diminué en effets secondaires

D’un point de vue AMM, permet d’éviter un refus systématique de certaines

Réduction des coûts ?

▪Optimisation de la valeur du médicament pour l’industrie

▪Réduction des prescription inefficaces

▪Réduction du cout des effets secondaires (100 milliards USD)

▪Génotypage intensif nécessaire

Taille de l’échantillon à étudier qui est fonction de :

La proportion de patients présentant la réponse d’intérêt

De la fréquence de l’allèle du SNP

Du niveau de significativité nécessaire

P<0.05 hypothèses biologiques simples

➢Les estimations actuelles sont de 160 à plusieurs milliers de patients à tester.

-Les polymorphismes génétiques et les mutations dans les enzymes du

Variabilités génétiques dans des gènes impliqués dans la distribution des

Changements pharmacocinétiques des médicaments ou de leur métabolites

Changements dans l’effet des médicaments (efficacité, toxicité)

-Réaction de phase I: réaction de fonctionnalisation, Cytochrome P450.

-Réaction de phase II: réaction de conjugaison, UDP-glucurosyltransférase (UGT),……

ADR: Adverse drug reaction

La base des donnés cypalleles

➢ Les enzymes impliquées dans le plus grand nombre de bio-transformations et