Les acides aminés

COO-

C C. Andres
Faculté de Médecine
R H
Université de Tours
+H
3N
CHRU Tours
Les principales classes de
molécules du vivant

- acides aminés, protéines

- glucides
- lipides
- acides nucléiques
Structure des acides aminés

• Formule générale :

H2 N COOH
R
 Nombre des acides aminés

• Incorporés au cours de la synthèse des

protéines des êtres vivants (aa
protéinogènes) :
22 acides aminés (21 chez l’Homme)

• Dans le vivant : > 800

• Artificiels, de synthèse : plusieurs milliers

Structure des acides aminés
• Caractérisés par la position relative de
la fonction amine par rapport au
carbone 1 de l’acide carboxylique :
1
C 2 COOH
C 3 C
4
NH2
Structure des acides aminés
• Caractérisés par la position relative de
la fonction amine par rapport au
carbone a :

C a COOH
C b C
g
NH2
Structure des acides a-aminés
protéinogènes
NH2 COOH
CH
Carbone 2 ou a
R
Structure des acides a-aminés
protéinogènes
NH2 COOH
CH
Carbone 2 ou a
R

Masse moyenne : 110 Da (g/mol)

Structure des acides aminés :
carbone a asymétrique

C
Structure des acides aminés :
carbone a asymétrique
COO-

C
R H
+H
3N

acides L-2-amino-carboxyliques
Ionisation des acides a-aminés
à pH 7
NH3+ COO-
CH
Carbone 2 ou a
R
 Rôles des acides aminés
Nombreux :
• Synthèse des protéines
• Synthèse des nucléotides
• Synthèse des oses
• Synthèse d’acides gras
• Synthèse de neuromédiateurs et
d’hormones (noradrénaline, NO, h.
thyroïdiennes)
• Producteurs d’énergie
 Carrefour
Oses Protéines Purines
Pyrimidines

AA Acides gras

NH3
Hème
Catabolisme Neuromédiateurs
Acides aminés protéinogènes
• 21 différents chez les mammifères

• Modifications nombreuses après la

synthèse des protéines (post-
traductionnelles) :
– phosphorylation (phosphosérine),
– glycosylation (asparagine),
– hydroxylation (hydroxylysine),
– ….
 Propriétés des acides aminés
1. Carbone asymétrique
-OOC COO-

C C
H R R H
NH3+ +H
3N

acides D 2-amino- acides L 2-amino-

carboxyliques carboxyliques
 Propriétés des acides aminés
1. Carbone asymétrique
COO-
Acides aminés
protéinogènes : C
série L
+H
R H
3N

acides L 2-amino-
carboxyliques
 Carbone asymétrique
Convention de Fisher
COO- HCO

C C
R H HOH2C
+H
3N HO H

acides L 2-amino- L-glycéraldéhyde

carboxyliques
 Carbone asymétrique

Lumière polarisée

Pouvoir rotatoire
 Propriétés des acides aminés
2. Ionisation

NH3+ COOH NH3+ COO-

CH CH
+ H+
R R
pH < 2 pH > 2
 2. Ionisation

NH3+ COO-
CH

R
Point isolélectrique : la somme des charges
est nulle : pI ou pHi
Présence d’une charge + et - : zwitterion
 2. Ionisation
Calcul du point isolélectrique : somme des
charges nulle (état zwitterion)

• Si R n’est pas chargé :

Le pHi correspond à la moyenne des pKa des
fonctions acide carboxylique et amine
 2. Ionisation
Calcul du point isolélectrique : somme des
charges nulle (état zwitterion)

• Si R n’est pas chargé :

Le pHi correspond à la moyenne des pKa des
fonctions acide carboxylique et amine

• Si R est chargé :
Le pHi correspond à la moyenne des pKa des
2 fonctions qui « entourent » le point
isoélectrique
 2. Ionisation
NH3+ COO- NH2 COO-
CH CH + H+

R R

pH < 9 pH > 9

Acide et base : amphotère

 Titration des acides aminés
exemple de la glycine
pH

10

pI = 6

Volume de base ajoutée

Glycine ou glycocolle
(Gly ou G)

a
+H N CH COO-
3

H CHAÎNE LATÉRALE
 Courbe de titration
de la glycine
pH

+
COOH , NH3
[ OH- ]
 Courbe de titration
de la glycine
pH

- + +
pKa aCOOH COO , NH3 = COOH , NH3
+
COOH , NH3
[ OH- ]
 Courbe de titration
de la glycine
pH

- +
pHi COO , NH3

- + +
pKa aCOOH COO , NH3 = COOH , NH3
+
COOH , NH3
[ OH- ]
 Courbe de titration
de la glycine
pH

pKa aNH2 -
COO , NH2
- +
= COO , NH3

- +
pHi COO , NH3

- + +
pKa aCOOH COO , NH3 = COOH , NH3
+
COOH , NH3
[ OH- ]
 Courbe de titration
de la glycine
pH -
COO , NH2

pKa aNH2 COO , NH2

-
- +
= COO , NH3

- +
pHi COO , NH3

- + +
pKa aCOOH COO , NH3 = COOH , NH3
+
COOH , NH3
[ OH- ]
Propriétes des acides aminés
3. Absorption de la lumière

Les protéines sont caractérisées par

un pic d’absorption à 280 nm

Pic à 280 nm : tyrosine, tryptophane

 Tryptophane
(Trp ou W)

a
+H N CH COO-
3

b CH2
CHAÎNE LATÉRALE :
noyau indole

NH
 Spectre d’absorption du
tryptophane
Absorbance

260 280 300 320

Longueur d ’onde (nm)
 Origine des acides aminés ?
• Expérience de Stanley Miller (1953)
 Origine des acides aminés ?
• Conditions « terrestres primitives » :
– Présence de N2, H2O, CH4
– traces de NH3

Atmosphère « réductrice »

Energie : décharges électriques

 Synthèse « spontanée »
On obtient une vingtaine d’acides aminés en
mélange racémique :
• Aspartate
• Thréonine
• Sérine
• Glutamate
• Proline
• Glycine
• Alanine
• …
 Synthèse « spontanée »
Synthèse : voie de Strecker à partir
d’aldéhydes :

amminonitrile
Comment analyser les acides
aminés ?

Chromatographie d’échange d’ions

Chromatographie d’échange
d’ions
Phase immobile : exemple résine
échangeuse d’anions
polymère à amines primaires (-NH3+)
Chromatographie d’échange
d’ions
Phase immobile : exemple résine
échangeuse d’anions
polymère à amines primaires (-NH3+)
- -
Ions mobiles
- +
++ +
+ ++ -
support
immobile
 Soluté soumis à deux forces

Force de rétention Force de mobilité

(phase stationnaire) (phase mobile)
Chromatographie

Réservoir :
Solvant = phase mobile

Colonne :
Solide poreux = phase
immobile
(ex : polymère de glucose)

Collecteur
 Courbe de titration
d’un acide aminé
pH -
COO - NH2

pKa aNH2 COO - NH2

-
- +
= COO - NH3

- +
pHi COO - NH3

- + +
pKa aCOOH COO - NH3 = COOH - NH3
+
COOH - NH3
[ OH- ]
 Résine échangeuse d’anions

Fixation d’un acide aminé à la résine

s’il est chargé négativement

pH de la phase mobile > pHi de l’acide aminé

Chromatographie par échange
d’anions
Réservoir :
Solvant = pH élevé (10)

Colonne :
Fixation des acides aminés

Collecteur
 Résine échangeuse d’anions

Elution (détachement) d’un acide aminé de la

résine s’il est chargé positivement : on modifie
le pH de la phase mobile

pH de la phase mobile < pHi de l’acide

aminé
 Résine échangeuse d’anions
Elution : par un gradient linéaire de pH

10
pH

Temps (min)
 Résine échangeuse d’anions
Elution : par un gradient linéaire de pH

10 AA1
pH

Temps (min)
 Résine échangeuse d’anions
Elution : par un gradient linéaire de pH

10 AA1
AA2
pH

Temps (min)
Chromatographie par échange
d’anions
Réservoir :
Solvant = pH bas (2)

Colonne :
Élution des acides aminés

Collecteur
 Chromatographie par échange
d’ions
Absorbance

Temps
 Chromatographie par échange
d’ions
Glu
Lys
Absorbance

Arg

Asp
His

Temps
 Chromatographie par échange
d’ions
Glu
Lys
Absorbance

Arg

Asp pH
His

Temps
 Classification des acides
aminés
En fonction de la chaîne latérale :
1. Chaîne latérale apolaire
Acides aminés hydrophobes

2. Chaîne latérale polaire

Acides aminés hydrophiles
 Classification des acides
aminés

1. Chaîne latérale apolaire

Deux sous-groupes :
1.1. Chaîne latérale ALIPHATIQUE
1.2. Chaîne latérale CYCLIQUE
 Classification des acides
aminés
2. Chaîne latérale polaire

Deux sous groupes :

2.1. Chaîne latérale NEUTRE
2.2. Chaîne latérale CHARGÉE
1. Chaîne latérale apolaire

1.1. Chaîne latérale ALIPHATIQUE

 1. Glycine (Gly ou G)

• Carbone a non asymétrique : seul

acide aminé non asymétrique

• Chaîne latérale réduite : permet une

flexibilité des chaînes protéiques

• Précurseur de synthèses : purines,

hème, choline
2. Alanine (Ala ou A)

a
+H N CH COO-
3
Chaîne latérale
CH3
méthyle
Alanine

Fréquente dans les protéines

3. Valine (Val ou V)

a
+H N CH COO-
3

CH
Chaîne latérale
H3C CH3 isopropyle
Valine

Acide aminé hydrophobe situé

à l’intérieur des protéines

N’est pas synthétisé par

l’organisme humain : aa
essentiel

Aliments riches en valine : lait,

œufs
4. Leucine (Leu ou L)

a
+H N CH COO-
3

b CH2
Chaîne latérale
g CH
isobutyle
H3C CH3
• Leucine : acide aminé le plus abondant
dans les protéines (environ 10%)
5. Isoleucine (Ile ou I)

a
+H N CH COO-
3

b H C CH
3
g CH Chaîne latérale
2 isobutyle
d CH3
 Isoleucine
+H N CH COO-
3

H C CH3
CH2

CH3
Deux carbones asymétriques
 Val, Leu, Ile
• 3 acides aminés très hydrophobes à
encombrement stérique important
• Synthèse complexe : possèdent une
fourche de 3 atomes de carbone
• Absence des enzymes de synthèse
chez l’Homme : aa essentiels.
6. Méthionine (Met ou M)
a
+H N CH COO-
3

b CH2

g CH Chaîne latérale
2

S
Méthyl-thio-éther
CH3
 Méthionine
• Acide aminé soufré

• Donneur de radical méthyle

1. Acides aminés HYDROPHOBES

1.2. chaîne latérale cyclique

 7. Tryptophane (Trp ou W)
• Acide aminé essentiel, précurseur du
métabolisme de la sérotonine, hormone
et neuromédiateur.

• Aliments riches en tryptophane :

Œufs, chocolat, banane, noix de coco, …
8. Phénylalanine (Phe ou F)
a
+H N CH COO-
3

b CH2
Chaîne latérale
noyau phényle
 Phénylalanine
• Noyau phényle : très hydrophobe,
souvent à l’intérieur des protéines

• Chaîne latérale encombrante

 9. Proline (Pro ou P)

COO-
a CH CHAÎNE
+H N
2 CH2 LATÉRALE

Noyau H2C CH2

pyrrolidine

Pro ou P
 9. Proline (Pro ou P)

COO-
Fonction amine
secondaire a CH CHAÎNE
+H N
2 CH2 LATÉRALE

Noyau H2C CH2

pyrrolidine

Pro ou P
 Proline
• Pas de rotation entre l’azote et le
carbone a
• entraîne une rigidité de la chaîne
protéique avec un coude « proline ».
2. Acides aminés HYDROPHILES

2.1. Chaîne latérale neutre

 10. Sérine (Ser ou S)

a
+H N CH COO-
3
Fonction alcool H2C OH Chaîne latérale
primaire
 11. Thréonine (Thr ou T)

a
+H N CH COO-
3
Fonction alcool HC OH
secondaire Chaîne latérale
CH3
11. Thréonine (Thr ou T)

+H N CH COO-
3

H C OH

CH3

Deux carbones asymétriques

 Acides aminés à fonction alcool

• Peuvent être modifiés dans les protéines :

phosphorylation, O-glycosylation
 12. Tyrosine (Tyr ou Y)

a
+H N CH COO-
3

b CH2

Fonction Chaîne latérale

phénol

OH
• pKa de la fonction phénol : 10,5

la chaîne latérale n’est en pratique pas

chargée à pH physiologique (7,4)
 13. Cystéine (Cys ou C)

a
+H N CH COO-
3

b CH2
Chaîne latérale
Fonction thiol SH
 Cystéine
Dissociation de la fonction thiol :

R-SH R-S- + H+
pKa = 8

pH = 7 = 8 + log S -

SH
S- = 0,1
SH
 14. Asparagine (Asn ou N)

a
+H N CH COO-
3

b CH2

C Chaîne latérale
Fonction amide
H2N O
• Asperge : riche en
asparagine (1806)

• Amide de l’aspartate

• Modification dans les

protéines :
N-glycosylation
 15. Glutamine (Gln ou Q)

a
+H N CH COO-
3

b CH2
g CH
2
Chaîne latérale
C
Fonction amide H2N O
 Glutamine
• Acide aminé le plus abondant dans
le sang

• Transporteur de l’azote de
l’ammoniaque
2. Acides aminés HYDROPHILES

2.2. Chaîne latérale chargée

 16. Lysine (Lys ou K)

a
+H N CH COO-
3

b CH2

g CH
2
Chaîne latérale
d CH2 BASIQUE

e CH2
Fonction amine
NH3+
• pKa de la fonction e amine : 10,5

la chaîne latérale est en pratique

toujours chargée
17. Arginine (Arg ou R)

a
+H N CH COO-
3

b CH2

g CH
2

d CH2 Chaîne latérale

BASIQUE
NH guanidinium
C +
H2N NH2
 Arginine
CH2 Délocalisation de
NH+ la double liaison
C
H2N NH2
 Arginine
CH2 Délocalisation de
NH+ la double liaison
C
H2N NH2

CH2
NH
C
+H N NH2
2
 Arginine
CH2 Délocalisation de
NH+ la double liaison
C
H2N NH2

CH2 CH2
NH NH
C C
+H N NH2 +
2 H2N NH2
18. Histidine (His ou H)

a
+H N CH COO-
3

CH2
C Chaîne latérale
BASIQUE
HC NH imidazole

HN CH
+
 Histidine
le pKa de l’azote du cycle imidazole est
de 6 :

R=N-H+ R=N + H+
 Histidine
le pKa de l’azote du cycle imidazole est
de 6 :
R=N-H+ R=N + H+

N
pH = 7 = 6 + log
NH+
N
= 10
NH +
19. Acide aspartique,
aspartate (Asp ou D)

a
+H N CH COO-
3

CH2 Chaîne latérale

COO
- ACIDE
 Acide aspartique
• Acide aminé le plus acide
20. Acide glutamique,
glutamate (Glu ou E)

a
+H N CH COO-
3

CH2
Chaîne latérale
CH2 ACIDE
COO
-
 Acide glutamique
• Rôle métabolique important : plaque
tournante du métabolisme des acides
aminés : réaction de transamination

2-cétoglutarate glutamate
+ acide aminé + 2-cétoacide
 Acide glutamique
• Principal neuromédiateur excitateur du
cerveau
21. Sélénocystéine (Sec ou U)

a
+H N CH COO-
3

H2C Se-
Chaîne latérale : sélénol
 Sélénocystéine

• Contient du sélénium
• Dérivé de la sérine, synthèse en co-
traductionnel sur l’ARN de transfert
• Source : plantes, viande
• Site actif de quelques enzymes
indispensables, ex : glutathion
peroxydase
Classement des acides aminés
en fonction de l’hydrophilie de la
chaîne latérale
Arg, Lys, Asp, Glu,
His, Hydrophiles
Ser, Thr, Asn, Gln,
Tyr, Cys

Pro, Gly,
Ala, Met
Trp Hydrophobes
Val, Leu, Phe,
Ile
Propriétés particulières

1. Formation de la cystine
a a
-CH- -CH-
CH2 CH2

S H H S

Cys + Cys

OXYDATION
Cystine hydrophobe

a a
-CH- -CH-
CH2 CH2
S S
Liaison (pont) disulfure
 Réduction de la cystine
a a a a
-CH- -CH- -CH- -CH-

CH2 CH2 CH2 CH2

S S S H H S
2H+ + 2e-
+
b-mercapto-éthanol
 Propriétés particulières
2. Phosphorylation de la sérine
O

Fonction alcool H2C OH HO P OH

primaire OH

Phosphosérine H2C O PO3H2

phosphoester
+ H2O
 Dérivés d’acides aminés
• Nombreux : neuromédiateurs,
hormones etc…
 ACIDE g AMINO-BUTYRIQUE

a CH2 COO-

b CH2

g CH
2

NH3+

G.A.B.A
(Gamma Amino Butyric Acid)
 Glu GABA
a CO2 +H N CH
+H N CH COO- 3 2
3

CH2 CH2
Glutamate CH2
CH2
décarboxylase
COO- COO-

Neuromédiateur Neuromédiateur
excitateur inhibiteur
 Notion d ’AA essentiel
• AA essentiel : doit être apporté par
l’alimentation

• AA non essentiel : peut être synthétisé

de novo
AA essentiels

• Val, Leu, Ile

• Phe, Trp
• Lys, Thr, Met
 Intérêt médical du dosage
des acides aminés
Maladies du métabolisme des acides
aminés, du foie, du rein

Dosage dans quels milieux ?

• Le sang (surtout plasma, sérum)

• Les urines
• Le liquide céphalo-rachidien (LCR)
 Phénylcétonurie

• Blocage de la dégradation de la
phénylalanine
• Déficit en phénylalanine hydroxylase
• Maladie autosomal récessive : mutations
du gène de la phénylalanine hydroxylase
• Fréquence : 1/10 000 en Europe
occidentale
 Dégradation de la
phénylalanine
O2

phénylalanine tyrosine +H2O

H4 H2
Phénylalanine hydroxylase

75% de la phe alimentaire est ainsi

transformée
 Dégradation de la
phénylalanine
Ac phénylpyruvique

phénylalanine tyrosine
Phénylalanine hydroxylase

Apparition des troubles : activité < 20%

 Conséquences du blocage
enzymatique
• Augmentation de la phénylalanine
plasmatique (de 60 µmol/L à plus de 1000)
• Augmentation de métabolites anormaux
dans les urines
• Naissance : normal
• Installation au cours du développement
d’un retard mental profond et épilepsie
 Détection et traitement
• Dépistage obligatoire à la naissance
(1972)
• Goutte de sang au talon sur buvard
• Dosage de la Phe
• Traitement préventif : régime pauvre en
Phe jusqu’à la fin de l’adolescence :
interdiction viande, poisson, œuf,
supplémentation en acides aminés