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NUCLÉIQUES
SV-D-2 LES GRANDES FAMILLES BIOLOGIQUES
OBJECTIFS D’APPRENTISSAGE
Connaissances clés à construire Commentaires, capacités exigibles
Les nucléotides sont des molécules organiques - représenter l’organisation des nucléotides
Leur diversité est due à la nature de la base - représenter schématiquement ATP et NAD en
azotée.
Liaison avec leur fonction d’intermédiaires du
Ils forment des molécules de petite taille solubles
et mobiles ou susceptibles de s’associer à des Métabolisme ;
protéines.
La seule formule exigible est celle de l’ATP.
Les acides nucléiques sont des polymères
- représenter schématiquement et commenter les
séquencés de nucléotides.Vecteurs d’information,
ils peuvent interagir avec des protéines. Structures de l’ADN et de l’ARN, les relier à leurs
De génétique (§ IV-A)
BCPST1- ENCPB - STÉPHANIE DALAINE
INTRODUCTION Acides nucléiques
ADN = Acide DésoxyriboNucléique
ARN = Acide RiboNucléique
Structure ? Fonctions ?
Stockage et
Part des acides nucléiques
Où les trouve-t- expression de
dans une cellule on ? l’information
(% masse de matière sèche) génétique
A.VUE D’ENSEMBLE
P
base azotée Schéma de la
phosphate(s) structure de base
des nucléotides
sucre 5
base
5’ azotée
• Le sucre peut former des liaisons…
Phosphate 4’ sucre 1’ Liaison N-
… avec une base azotée en 1’
liaison N-glycosidique glycosidique
3’ 2’
… avec un phosphate en 5’
liaison phosphoester Nucléoside
Nucléotide 6
C. LE(S) PHOSPHATE(S)
Liaison
anhydride
• Il peut y avoir jusqu’à 3 phosphates phosphorique
qui s’associent par des liaisons
anhydride phosphorique base
5’ azotée
(susceptibles de libérer beaucoup
d’énergie) Phosphate 4’ sucre 1’
3’ 2’
Nucléoside
Nucléotide monophosphate
Nucléotide diphosphate
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Nucléotide triphosphate
BCPST1- ENCPB - STÉPHANIE DALAINE
PARTIE I : LES NUCLEOTIDES, PETITES MOLECULES SOLUBLES, MOBILES ET BRIQUES ELEMENTAIRES DES ACIDES NUCLEIQUES
• Il y a 5 bases différentes:
Adénine Guanine
Bases
puriques
ou purines :
2 cycles
BILAN
Liaison anhydride
Purines (2 cycles)
phosphorique Liaison
phosphoester A G
Base
5’ azotée
Liaison
N-glycosidique Pyrimidines (1 cycle)
4’ Sucr 1’
Phosphate(s)
e C
3’ 2’
OH H
Ribose Désoxyribose T U
Nucléoside
Nucléotide monophosphate
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Nucléotide diphosphate
BCPST1- ENCPB - STÉPHANIE DALAINE Nucléotide triphosphate
UC0111 – Petites biomolécules
ADN ARN
acide désoxyribonucléique acide ribonucléique
A A
G G
C C
11
T U
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PARTIE I : LES NUCLEOTIDES, PETITES MOLECULES SOLUBLES, MOBILES ET BRIQUES ELEMENTAIRES DES ACIDES NUCLEIQUES
L’ATP (Adénosine-Tri-Phosphate)
B. COENZYMES NUCLÉOTIDIQUES
Coenzyme : n.m. petite biomolécule, non protéique,
indispensable au fonctionnement d’une enzyme
12
HS CoA
ATP phosphate
AMPc
Hydroxyl 13
BILAN
Importance biologique
Monomères des acides nucléiques
Monnaies énergétiques (ATP, GTP)
Contrôle des activités cellulaires (effecteur
enzymatique, AMPc second messager, ATP
neurotransmetteur etc)
Précurseur de coenzymes
14
1 Extraction
Libérer la molécule des cellules 1
2 Purification
Séparer la molécule des autres constituants
INTRODUCTION
ADN ARN
• Deux types d’acides nucléiques dans les cellules : acide désoxyribonucléique acide ribonucléique
ADN et ARN
Noyau, mitochondrie, Noyau, cytosol
• Ce sont des polymères linéaires de nucléotides chloroplaste, cytosol (bactérie)
Nucléotide
Nucléoside
Liaison anhydride
phosphorique Liaison Bases azotées
phosphoester
Pyrimidines (1 cycle) Purines (2 cycles)
Base C A G
5’
azotée
Liaison
4’ Sucr 1’ N-glycosidique T U
Phosphate(s)
e 2’
3’
16
OH H
Convention : -
On représente les séquences d’ADN/ARN dans le sens 5’ vers 3’
Ex : 5’ - ATTCGGCATA - 3’ 3’
sens de synthèse des acides nucléiques
Extrémité
18 3’
sens de lecture par la machinerie cellulaire
3’
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PARTIE 2 : LES ACIDES NUCLEIQUES, POLYMERES DE NUCLEOTIDES A ROLE INFORMATIONNEL
Ajout de nucléotides en 3’
Réaction d’estérification
Formation d’une liaison
phosphodiester
A partir de nucléotides
triphosphates (NTP)
Enzyme : polymérase
ADN ARN
dNTP = désoxynucléotide NTP = nucléotide
triphosphate triphosphate
désoxyribose ribose
3’
19
A, T, G, C A, U, G, C
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PARTIE 2 : LES ACIDES NUCLEIQUES, POLYMERES DE NUCLEOTIDES A ROLE INFORMATIONNEL
Règles de Chargaff
Dans l’ADN, il y a …
Autant de A que de T
Autant de G que de C
Autant de purines que de
pyrimidines
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Comment expliquer ces rapports ?
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PARTIE 2 : LES ACIDES NUCLEIQUES, POLYMERES DE NUCLEOTIDES A ROLE INFORMATIONNEL
25
Et sans
calculatrice!
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A. STRUCTURE DE L’ADN
B A Z
3.Trois formes d’ADN
Forme courante dans Dans les Hybrides ???
Formes tridimensionnelles A, B, Z de la molécule d’ADN les cellules ADN/ARN
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ADN natif
Dénaturation
Tm Température
Hybridation
Absorbance de l’ADN à 260nm
L’absorbance est proportionnelle à la [ADN]
A 25°C : Amesurée < Athéorique des bases azotées30
25°C 95°C Après chauffage : Amesurée = Athéorique
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Absorbance
(260 nm)
100%
50%
Température (°C)
31
Absorbance minimale à
260nm :Bases azotées
masquées: ADN bicaténaire
Fonction
• stockage de l’information génétique dans la
séquence d’ADN
BILAN A T G C
• L’ADN est un polymère de désoxynucléotides :
Phosphate + désoxyribose + A/T/G/C 2nm
5’ 3’
• Il est constitué de 2 brins polynucléotidiques (bicaténaires) :
antiparallèles
complémentaires (liaisons H)
formant une double hélice (3 types différents ADN-A, B, Z)
BILAN
Structure
Caractéristiques structurales Propriétés et conséquences biologiques
concernée
Interactions de van der Waals entre les
Stabilité structure stable de l’hélice
paires de bases proches
Double Etat bicaténaire Contrôle Information en « double exemplaire », possibilité de réparation
hélice
Contrôle et transcription Accessibilité des complexes protéiques à la
Grand sillon et petit sillon (à cause de
séquence de base azotée (reconnaissance de la séquence, transcription.,
l’angle des bases complémentaires)
contrôle…)
Suite ordonnée de nucléotides = séquence
Expression Information codée (sous forme de triplets)
Bases de bases azotées
azotées Contrôle, transcription, stabilité Ouverture aisée de la double hélice
Liaisons H entre les bases complémentaires
pour la transcription, la réparation ou la recombinaison génétique
Contrôle, transcription, stabilité Liaisons ioniques avec des cations
Groupement
Charge négative liée aux phosphates (Mg2+, Ca2+) et des protéines basiques (facteurs de transcription, hormones
phosphate
liposolubles, protéines de structure - histones)
Liaison covalente phosphodiester entre le 3’
Liaison Stabilité Rigidité longitudinale, résistance mécanique à la rupture
OH d’un désoxyribose et le 5’ P du suivant
covalente 35
Polymérisation orientée en 3’ OH Contrôle Polymérisation contrôlée assurant une stabilité de la molécule
Extrémité 5’
• Polymère de NTP (ribose) : A, U, G, C -
- 5’
• Molécule orientée
• Fondamentalement monocaténaire* OH
-
• Molécules plus courtes que l’ADN
(101 – 106 nt)
OH
-
OH U
-
3’ OH
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Extrémité 3’
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Boucle 2
GAA =
Anticodon
• 3 boucles
• Forme globale en L 39
• Fixation d’un acide aminé
• Fixation d’un anticodon sur l’ARNm
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PARTIE 2 : LES ACIDES NUCLEIQUES, POLYMERES DE NUCLEOTIDES A ROLE INFORMATIONNEL
B. DIVERSITÉ ET FONCTIONS
ARN codant ARN non codant
ADN
ARNt
snARN ARNr
miARN TRANSCRIPTION Protéine
lncARN
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ARNm ARNm
Ribosome TRADUCTION
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PARTIE 2 : LES ACIDES NUCLEIQUES, POLYMERES DE NUCLEOTIDES A ROLE INFORMATIONNEL
B. DIVERSITÉ ET FONCTIONS
Petits ARN
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ADN ARN
acide désoxyribonucléique acide ribonucléique
Polymères de nucléotides (hétéropolymères)
5’ 3’ linéaires, orientés (5’ > 3’) et chargés négativement (P-) 5’
A dont la séquence est porteuse d’information
A
A = Adénine
G T = Thymine G
A, G, C, T U = Uracile A, G, C, U
G = Guanine
désoxyribose C = Cytosine ribose
C Bicaténaire (2 brins) Monocaténaire (1 brin) C
Molécule très longue Molécule plus courte
3’ 5’ 3’
T Structure 3D en double hélice Structure 3D variable U
dextre Possibilité d’appariement des bases
Deux brins antiparallèles Structures secondaires
Complémentarité des bases :
A/T et G/C
Petit et grand sillon
Interactions avec d’autres biomolécules (ex: protéines)
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