UE C0SE1001

UNITE et DIVERSITE du VIVANT

BIOLOGIE des ORGANISMES MICROBIENS

Introduction
I - unité du vivant
II - diversité du monde microbien
III - structures et fonctions liées aux contraintes de la vie
unicellulaire :
1. les enveloppes cellulaires
2. génome
3
3. reproduction – prolifération
 UNITE du MONDE VIVANT :
les 3 niveaux d’organisation
I. Biomolécules : acides nucléiques, protéines, glucides, lipides
1. Structure et Fonctions
2. Transcription – traduction
II. Cellule
1. Transcription – traduction
2. Compartimentation
III Individu
III. I di id vs Taxon
T
1. Notion d’espèce
2 Phylogénie
2.
UNITE du VIVANT : les 3 niveaux d’organisation
g
I. Biomolécules : acides nucléiques, protéines, glucides, lipides
1. Structure
2. Grandes fonctions associées
3 Expression
3. E i génétique
é éti : ttranscription
i ti – traduction
t d ti
a. notion de gènes
b transcription
b. t i ti
c. traduction : code génétique / codon
II Cellule
II.
1. Transcription – traduction
2 Compartimentation
2.
III. Individu vs Taxon
1. Notion d’espèce
d espèce
2. Phylogénie
I. BIOMOLECULES

LIPIDES

ACIDES
NUCLEIQUES

PROTEINES

G UC
GLUCIDES
S
 BIOMOLECULES
1a. Structure des Acides Nucléiques

Acide nucléique (ADN ou ARN) =

polynucléotide = polymère de nucléotides

C 5’ -phosphate

C 3’ -OH
ACIDES NUCLEIQUES BIOMOLECULES

polymère de nucléotides
=> polymérisation par liaison entre les groupements 5’-P et 3’-OH
ACIDES NUCLEIQUES BIOMOLECULES

5’ 3’

3’ 5’
ADN = 2 chaines complémentaires et antiparallèles => double hélice
Rq : ARN souvent monocaténaire
 ACIDES NUCLEIQUES BIOMOLECULES

"Nous souhaitons suggérer une structure pour le sel de l'acide désoxyribonucléique (ADN). Cette structure présente de nouvelles
caractéristiques qui sont d'un intérêt biologique considérable. » Francis Crick et James Watson, Nature - VOL 171, page 737, 1953 - 2 Avril 1953
ACIDES NUCLEIQUES BIOMOLECULES

ADN = supportt d
de l’i
l’information
f ti génétique
é éti ((chromosome)
h )
- transmission (replication)

- expression (transcription)

ARN = forme d’expression de l’information génétique

- intermédiaire entre ADN et protéine (traduction)
- ARN fonctionnels (ARNr ; ARNt)

Protéine = « acteur » de toutes les fonctions biologiques

 BIOMOLECULES
1b. Structure des Protéines

Protéine = polymère d’acides aminés

PROTEINES BIOMOLECULES
PROTEINES BIOMOLECULES

polymère d’acides aminés

=> polymérisation par liaison entre les groupements –COOH et –NH2
 BIOMOLECULES
1c. Structure des Lipides
• focalisation sur les phospholipides : composant majeur des
membranes biologiques
• 1 phospholipide = 1 glycérol (3 C) + 1 phosphate + 2 acides gras
PHOSPHOLIPIDES BIOMOLECULES

acides gras glycérol (3 C)

X = radical R
(choline, serine
,ethanolamine, ...

liaison ester groupement phosphate

PHOSPHOLIPIDES BIOMOLECULES

bicouche phospholipidique => membrane

PHOSPHOLIPIDES BIOMOLECULES
 BIOMOLECULES
1d. Structure des Glucides

glucides = polymère d’oses ou monosaccharides (multiples de CH2O)

représentation
é t ti : chaîne
h î ouverte
t ou forme
f cyclique
li

orientation
i t ti α

orientation β
POLYSACCHARIDES BIOMOLECULES

ACIDES
PENTOSES
NUCLEIQUES

PAROIS
HEXOSES CELLULAIRES
POLYSACCHARIDES BIOMOLECULES

LIAISON
GLYCOSIDIQUE :
orientation α ou β

liaisons de type
yp α (p
(plus labiles))
=> glucides de réserve

liaisons de type β (plus stables)

=>> glucides
l id d de structure
t t
(parois)
POLYSACCHARIDES BIOMOLECULES

peptidoglycane

hétéropolysaccharide
liaisons de type β (plus stables)
ponts interpeptidiques
=> glucides de structure
(parois)
 POLYSACCHARIDES BIOMOLECULES

Nom de la Type de Monomère(s) Liaisons Fonction /

molécule polysaccharide Localisation

Amidon Homopolysaccharide  Glucose  14 Réserve énergie /

cytoplasme
Cellulose Homopolysaccharide
l h d  Glucose
l 14 Structure /
paroi
Chitine Homopolysaccharide Glucosamine 14 Structure /
paroii
Peptidoglycane Hétéropolysaccharide Glucosamine 1  4 Structure /
Acide muramique Liaison paroi
Oligopeptide interpeptidique
 BIOMOLECULES
2. Fonctions des Biomolécules

a. fonction structurale

• compartimentation cellulaire : membrane plasmique

(phospholipides, protéines, …)

• cytosquelette
t l tt : microfilaments,
i fil t microtubules
i t b l (protéines
( téi :

actine, tubuline, …)

• maintien de la forme de la cellule : paroi (polysaccharides,

protéines, …)
 BIOMOLECULES

b. fonction énergétique

• acides gras : composés très réduits, facilement stockables (sans eau) /

oxydation seulement en aérobiose => potentiel énergétique élevé

• glucides : stockage
g g plus
p limité (eau)
( ) / oxydation
y en aérobiose et

anaérobiose / libération rapide du glucose

• protéines : source de N
 BIOMOLECULES

c. fonction d’information

• support
pp de l’information génétique
g q : ADN

• formes d’expression de l’information génétique : ARN

fonctionnels (ARNm, ARNt)

• communication cellulaire : protéines

 BIOMOLECULES

3 Expression génétique : transcription et traduction

3.
EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES

3a Notion de gène
3a.

Structure schématique du gène

procaryote:
Promoteur Unité de transcription
ADN Non Traduit Séquence codante Non Traduit

Codon Codon
initiation stop
Signall
Si
poly‐A
eucaryote:
Promoteur Unité de transcription
ADN exon Intron exon

Non Traduit Séquence codante Non Traduit

ARNm
Coiffe Codon Codon Queue
initiation stop poly‐A
poly A

L’ARNm peut être polycistronique chez les procaryotes uniquement.

EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES

3b Transcription
3b.

• initiation = fixation ARN

polymérase sur promoteur

• élongation
él ti = synthèse
thè

d’ARNm dans le sens 5’  3’

(lecture du brin matrice ADN

dans le sens 3’  5’)

• terminaison = libération du

transcrit et de l’ARN
l ARN

polymérase
EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES

3b ARN messager eucaryote : épissage

3b.

promoteur unité de transcription terminateur

( queue poly-A)
(= l A)
EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES

3c Traduction : organisation
3c.
 EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES

Structure
St t ett
organisation AA
d’un
ribosome

anticodon

Amino-acyl-ARNt =
aa ARNt
aa-ARNt
EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES
EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES

3c Traduction : déroulement
3c.
EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES

Formyl Met (formyl-méthionine)

Formyl-Met
chez les Bactéries
Met (méthionine) chez les
Archées ET les Eucaryotes

Ph
Phase d’initiation
d’i iti ti d la
de l traduction
t d ti : fixation
fi ti du
d Met-ARNt
M t ARNt
ou du formyl-Met-ARNt sur codon d’initiation AUG (ARNm)
EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES

extrémité –NH2

5’ 3’

sens de
d dé
déplacement
l t
de l’ARNm

Phase d’élongation de la traduction

EXPRESSION GENETIQUE BIOMOLECULES
UNITE du VIVANT : les 3 niveaux d’organisation
g

I. Biomolécules
1. Acides nucléiques, protéines, glucides, lipides
2. Transcription – traduction
II. Cellule
1. Transcription – traduction : organisation cellulaire,
stabilité de l’ARNm
2. Compartimentation
a. microbe
i b / cellule
ll l animale
i l / cellule
ll l végétale
é é l
b. notion d’échelle
c. notion
ti d’d’endosymbiose
d bi
III. Individu vs Taxon
1 Notion d’espèce
1. d espèce
2. Phylogénie
 CELLULE

=> exclusions de formes particulières comme virus, prions, …

 chaleur

croissance
i
Ressources entretien
acquisition
i iti métabolisme
défenses

reproduction Nouvell
N
réserves
organisme
 CELLULE

1. Transcription
p et traduction : organisation
g cellulaire
CELLULE
 EUCARYOTE : CELLULE

transfert cytoplasmique

PROCARYOTE :
couplage cytoplasmique
 CELLULE

2a. Cellule p
procaryote
y vs cellule eucaryote
y

~ 100 µm

Cils

~ 10 µm
 CELLULE

2b. Notion d’échelle

 CELLULE

2c. Notion d’endosymbiose

y

Cyanobactérie

α otéobacté e
α-Protéobactérie
UNITE du VIVANT : les 3 niveaux d’organisation
g

I. Biomolécules
1. Acides nucléiques, protéines, glucides, lipides
2. Transcription – traduction
II. Cellule
1. Transcription – traduction : organisation cellulaire,
stabilité de l’ARNm
2. Compartimentation
a. microbe
i b / cellule
ll l animale
i l / cellule
ll l végétale
é é l
b. notion d’échelle
c. notion
ti d’d’endosymbiose
d bi
III. Individu vs Taxon
1 Notion d’espèce
1. d espèce
2. Phylogénie
 INDIVIDU

Qu’est-ce que la taxinomie ?

= science de la classification des êtres vivants

Taxinomie

Classification

Nomenclature

Id tifi ti
Identification

La taxinomie (ou taxonomie) est la science qui a pour objet de décrire les
organismes vivants et de les regrouper en entités appelées taxons .
 INDIVIDU

3 domaines : Bacteria / Archaea /

E k
Eukarya

Classification hiérarchique
q du vivant

existence de niveaux hiérarchiques inférieurs à l’espèce

l espèce : sous-espèce
sous-espèce,
type, souche, clone, …
 INDIVIDU

Classer…selon quel critères ?

Biochimiques ?
Morphologiques
M h l i ? Moléculaires
M lé l i ?

organisme

y gq
Physiologiques ? Pathogéniques ?

Mét b li
Métaboliques ?
Ecologiques ?

Très variables selon le but et l’évolution des techniques

INDIVIDU
 INDIVIDU

1. Notion d’espèce
p

 chez les eucaryotes : une espèce = une population d’individus

1. dont les membres peuvent naturellement se croiser
et produire une descendance fertile
2. qui est isolée d’autres espèces au niveau de la
reproduction
"species are groups of interbreeding natural populations that are reproductively

isolated from other such groups.” (Mayr, 1942)

 chez les p
procaryotes
y : la notion de descendance fertile n’a
aucun sens !!
=> définition actuelle basée sur similarités ou dissemblances
génomiques
 INDIVIDU

Nomenclature
• Binomiale, Carl von Linné (1707-1778)

• Chaque espèce est caractérisée par deux noms:

genre ett espèce
è

• En latin

• S’écrit en italique

• Correspondance avec une caractéristique de

l’organisme ou en mémoire d’un scientifique
 INDIVIDU

2 Phylogénie : enchaînement
2. h î tddes espèces
è animales
i l ett végétales
é ét l au cours
du temps (Haeckel, 1866)

Similitude = a / a + b + c
a: caractères présents dans les Caractère ?

deux groupes = attribut d’un organisme

b caractères
b: è présents
é d
dans lle
Caractère = présence d’une base à une
groupe 1
absents
b t ddans lle groupe 2 position donnée

c: caractères présents dans le 4 états de ce caractère = A, T, G ou C

groupe 2
1 gène ≥ 1000 pb
absents dans le groupe 1
 INDIVIDU

 supportt fformell de
d la
l
représentation = arbre
phylogénétique.
phylogénétique
- les feuilles = les
"espèces"
espèces étudiées ou les taxons
- les noeuds internes = les
ancêtres virtuels ayant divergé
- les arêtes = les liens de
filiation. Les arêtes sont valuées.

Construction d’un arbre phylogénétique

 INDIVIDU

L cladisme
Le l di

= établissement de groupes monophylétiques ou clades

≠ groupes paraphylétiques

≠g
groupes
p p polyphylétiques
yp y q

A : les deux groupes sont monophylétiques

B : le groupe en vert est paraphylétique
C : les deux groupes sont polyphylétiques
 PROCARYOTES

représentation actuelle de la classification du vivant : Bacteria / Archaea / Eukarya

(3 domaines, Karl Woese, 1977)
=> La Classification phylogénétique du vivant de Guillaume Lecointre et Hervé Le
Guyader, (2001, éditions Belin)
 PROCARYOTES

Bacteria Archaea

Micro organismes
Micro-organismes

protozoaires algues mycètes

Certains visibles à l’œil nu

EUCARYOTES