Etude des flux par modélisation

compartimentale
 I- Introduction
Métabolomique/Fluxomique

Métabolome : ensemble des événements métaboliques vécus par une molécule ou un

nutriment

Métabolomique : description quantitative du métabolome

Métabolomique analytique : étude des métabolites

Empreinte métaboliques
• Approches globales/ciblées
• Approches Qualitatives/quantitatives

Métabolomique dynamique :

• Description quantitative des flux

• Analyse des flux métaboliques (vitesses réelles de conversion dans
la cellule ou l’organisme)

Fluxomique,

Méthodes d’exploration cinétique :

Analyse compartimentale
Traceurs (stables ou radio-isotopes)
 II- Exemple d’application
Le métabolisme lipidique et le risque cardiovasculaire

Lipoprotéines plasmatiques = moyen de transport des lipides

hydrophobes dans le plasma (milieu aqueux)

Lipides très hydrophobes : Triglycérides (TG) et

Lipoprotéine cholestérol estérifié (CHE)

Protéines amphiphiles = apolipoprotéines

Lipoprotéines à apoB100 très impliquées dans les pathologies cardiovasculaires

VLDL : Very Low Density Lipoprotein
Athérogènes
LDL : Low Density Lipoprotein

HDL : High density lipoprotein Anti-athérogènes

 II- Exemple d’application
Le métabolisme lipidique et le risque cardiovasculaire

Lipoprotéines plasmatiques = moyen de transport des lipides

hydrophobes dans le plasma (milieu aqueux)

Lipides très hydrophobes : Triglycérides (TG) et

Lipoprotéine cholestérol estérifié (CHE)

Protéines amphiphiles = apolipoprotéines

Lipoprotéines à apoB100 très impliquées dans les pathologies cardiovasculaires

VLDL : Very Low Density Lipoprotein
Athérogènes
LDL : Low Density Lipoprotein

HDL : High density lipoprotein Anti-athérogènes

 Métabolisme des lipoprotéines à apolipoprotéine B100

Cellule
Foie CHE dont Foie
TG TG
Lipides Lipolyse Lipolyse
LDL
CHE CHE
(TG/CHE)/ApoB100 B100
VLDL IDL
B100 B100 RapoB10O

Acides gras

Tissus adipeux
Muscle
 Enjeux physiopathologiques

Syndrome métabolique : HyperVLDL émie (Hypertriglycéridémie) associée à une baisse des

HDL : facteur de risque cardiovasculaire
Facteurs de risque indépendants

Hypercholestérolèmie :
HyperLDLémie : facteur de risque cardiovasculaire

Corrélation positive entre LDL-cholestérol et risque de mortalité coronarienne

Facteurs de risque indépendants

Les concentrations VLDL et LDL sont modulables indépendamment par différentes

interventions : Exemple l’alimentation
Fibres alimentaires et phytostérols Baisse des LDL

Acides gras w3 et cathéchines Baisse des VLDL

 Intérêt et enjeu d’une étude cinétique :
Ciblage des processus métabolique
Recherche fondamentale ou clinique :

Quels sont les processus touchés dans les pathologies?

Quantifier les différents flux
Quels sont les processus susceptibles de modulation?
Expérimentation animale ou cas
clinique
Recherche appliquée :

Quelles sont les cibles thérapeutiques Potentielles (pharmacologiques ou nutritionnelles)

Quelle réponse thérapeutique envisagée pour une dyslipidémie?

Vers quels type d’alimentation préventive s’orienter?

EX VLDL : Débit (flux) de production (acides gras oméga3)

Activité (in vivo) de la LPL (Insuline)

LDL : Débit (flux) de production (Phytostérol, inhibiteurs de synthèse de CH)

Catabolisme (récepteurs) (AGS, Antioxydants, Fibres alimentaires)
 Métabolisme des lipoprotéines à apolipoprotéine B100

Cellule
Foie CHE dont Foie
TG TG
Lipides Lipolyse Lipolyse
LDL
CHE CHE
(TG/CHE)/ApoB100 B100
VLDL IDL
B100 B100 RapoB10O

Acides gras

Tissus adipeux
Muscle
 Métabolisme des lipoprotéines à apolipoprotéine B100

Cellule
Foie CHE dont Foie
TG TG
Lipides Lipolyse Lipolyse
LDL
CHE CHE
(TG/CHE)/ApoB100 B100
VLDL IDL
B100 B100 RapoB10O

Acides gras

Tissus adipeux
Muscle
 III- Approche cinétique
Définitions : Systèmes, modèles, indicateurs

Un système est un ensemble de molécules composé de parties (ou sous ensembles) ayant des
liens entre elles et éventuellement avec le milieu extérieur.

La décomposition du système en parties s’arrête à des parties indécomposables dont les

parties ne sont pas discernables, il s’agit d’un compartiment

Entrée Sortie

Exemple cholestérol

Relations intrinsèques

Relations extrinsèques
 Tracé Q : masse (mM..)

K : paramètre, taux de catabolisme, probabilité de renouvellement (h-1)

R : Débit de production (mM/h..)

Re Rs
Q R=k*Q

q : quantité de traceur (mci…)

Traceur a=q/Q

a : Concentration de traceur(mci/mM)

Enrichissement isotopique (traceur/tracé)

 Nomenclature
Système (tracé), Q quantité de matière

Rim Rji k0j

Qm Qi Qj
kim kji

k0i

Rji=kji*Qi
État stationnaire dQi/dt=0
Système (traceur), q quantité de traceur

rji k0j
qm rim qi
Qj
Qm Qi
kim kji

r0i
k0i
dqi/dt=rim-(rji+r0i)=Kim*qm-Kji*qi-k0i*qi
Concentration de traceur
rji=kji*qi=Rji*ai ai=qi/Qi
 Utilisation de traceurs pour identifier les paramètres
d’un système

On s’intéresse au tracé en équilibre massique

On introduit un traceur

Traceur = molécule qui a le même comportement que le tracé (k (traceur)=k (tracé))

Mais que l’expérimentateur peut suivre

On étudie le comportement du traceur et on mesure le k du traceur

On déduit k du tracé

L’écriture des bilans massiques nous permet le calcul de Re

A l’équilibre : Re=Rs=kQ
 IV- Étude d’un système par les traceurs
Approche partielle
Traceur (injection ou perfusion)

qm Rim qi Rji qj

Qm Kim Qi Kji Qj

K0i
50000 1
40000 1
dqi/dt= -(k0i+kji)qi
30000
(Ln) q1 qi=qi0(e-(k0i+kji)t)
20000
10000
qi0 k0’i =k0i+kji
0
- k0’i 0 2 4 6 8
Temps

Détermination du paramètre de sortie

Temps
Détermination du débit de production Ri0=k0’i*Qi
V- Application dans le contexte des
maladies cardiovasulaires
 Marquage endogène de l’apoB100 par perfusion
ou injection d’un acide aminé marqué (ex leucine
deutérée)
(Injection ou
perfusion)

Chromatographie
Hydrolyse échangeuse
acide de cations
Electrophorèse

Ultracentrifugation
Séquentielle
VLDL Dérivation

LDL HDL

GC-MS

Modélisation
Courbes
multicompartimentale
d’enrichissement
(SAAMII)
 Renouvellement de l’apoB100 des VLDL :
administration ponctuelle
q10

R10 q1 R01
a1 IDL, LDL
Foie Q1 K01 (LPL+ Captation cellulaire)

Injection de VLDL marquées sur l’apoB100

(ln) a1
(ln) q1
(Ln) a10
(Ln) q10
k01
k01

Temps
Temps
q1=q10e-k01t a1=a10e-k01t
a10=q10/Q1
Determination du paramètre k01 = activité in vivo de la LPL + captation cellulaire
Determination du R10
R10 = R01=k01*Q1 (débit ou flux d’apoB100)
 Système monocompartimental :
administration continue
r10

R10 q1 R01
a1
Q1 K01

dq1/dt=r10-k01q1 (r10=k01*q1(infini)), q1 infini=qeq=quantité de traceur à l’équilibre

q1=q1(infini) (1-e-k01t) ou
a1=a1(eq) (1-e-k01t)
a1(eq)-a1=a1(eq)*e-k01t)

(ln) (a1(eq)-a1)
(ln) q1
(ln) (a(eq)-a1)
(ln) q(eq)
k01

Temps
Temps
Détermination du paramètre k01
Détermination du R10
R10 = R01 = k01*Q1
 Système bicompartimental ouvert à sortie unique

R10 R20
q10

q1 k21 q2 dq1/dt=k12*q2-(k21+k01)q1 q1(0)=q10

Q1 Q2
k12 dq2/dt=k21*q1-k12*q2 q2(0)=0
k01
Solution analytique qui consiste à l’écriture des équation
différentielles et à leur intégration mathématique
q10
q1= (k12-a1) e-a1t + (a2-k12) e-a2t 2
(a2-a1) a2, a1 = S± S -4P
2
A1e-a1t + A2e-a2t
S=k12+k21+k01
Ln(q1) P=k12*k01
q10 k12= A1(a2-a1) + a1
A2 q10
k01= a2a
A1
a1 k12
a2 K21 = a1 + a2 –(k01+k12)

Démarche très lourde et critiquable

 Application au renouvellement de LDL
qi PR

LDL k21
B100 LDL B100
intraV ExtraV
k12

k01
K01, captation tissulaire (récepteurs apoB et
q1= A1e-a1t + A2e-a2t récepteur scavenger)
Ln(q1)
q10
A2
A1
a1 Décomposition de la courbe biexponentielle
a2

A1,A2,a1,a2 k01,k12,k21
PR=k01*Q, Débit de production des LDL
 Exemple d’application de l’approche partielle
cas d’hypercholestérolémie familiale

PR
0,736h-1
LDL
B100 LDL B100 Témoin
intraV ExtraV
0,266h-1
0,372h-1
PR
0,586h-1
LDL Hypercholestérolémie
B100 LDL B100
ExtraV familiale hétérozygote
intraV
0,261h-1
0,229h-1

PR
0,777h-1
LDL
B100 LDL B100 Hypercholestérolémie
ExtraV
intraV familiale homozygote
0,266h-1
0,168h-1
 VI- Étude d’un système par les traceurs
Approche intégrée (Modélisation compartimentale)

k1 k2 k5
Entrée q1 q2 Sortie

k3 q3 k4 Exemple cholestérol

dq1/dt=k2q2-k3q1
dq2/dt=k4q3-(k2+k5)q2
dq3/dt=k3q1-k4q3

Expérience : q10

q1(0)=q10
Conditions initiales q2(0)=0
q3(0)=0

Observation (ou mesure) de q1, q2 et q3 à différents temps expérimentaux

 Méthode du Modèle

Données expérimentales

Données simulées Critère

Simulation
Test de convergence

Modèle mathématique Optimisation

(Paramètres Ki)

Initialisation Paramètres retenus

Caractérisation

Modélisation élémentaire
Méthodes simples d’identification
Connaissances préalables
Critère : fonction de l’écart entre les données simulées et les données expérimentales

q
Courbe simulée (modèle)

temps
 Resultats d’analyse par la méthode du modèle

PR
0,633h-1
LDL
B100 LDL B100 Témoin
intraV ExtraV
0,250h-1

0,334h-1
PR
0,630h-1
LDL Hypercholestérolémie
B100 LDL B100
ExtraV familiale hétérozygote
intraV
0,252h-1

0,235h-1
PR
0,641h-1
LDL
B100 LDL B100 Hypercholestérolémie
ExtraV
intraV familiale homozygote
0,219h-1

0,136h-1