Vous êtes sur la page 1sur 49

NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION

La majorit des enzymes sont nommes


d'aprs la raction qu'elles catalysent.

Les enzymes sont classes en SIX


grandes catgories dpendant du type de
ractions quelles contrlent: Chaque
enzyme se voit attribuer un numro de
code, un nom systmatique et
ventuellement un nom commun
recommand.
Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

menu

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

CLASSES D ENZYMES
OXYDOREDUCTASES

HYDROLASES
ISOMERASES
TRANSFERASES
LYASES
LIGASES (synthtases)
Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

menu

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

OXYDOREDUCTASES
EXEMPLES

alcool dshydrognase

ADH
thanol + NAD+

thanal + NADH + H+

lactate dshydrognase

L-lactate + NAD+

Enzymologie 2098/2010

LDH

pyruvate + NADH + H

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

menu

HYDROLASES
EXEMPLES
a amylase

amidon

dextrines + maltose

trypsine hydrolyse

les liaisons peptidiques du type


ArgY ou
avec Y = Pro

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

LysY

menu

ISOMERASES
EXEMPLES
glucose 6 phosphate isomrase

D-glucose 6 P

D-fructose 6 P

glucose pimrase

b-D-glucose
Enzymologie 2098/2010

a-D-glucose
Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

menu

TRANSFERASES
EXEMPLES
phosphofructokinase

D-fructose 6 P + ATP

D-fructose 1,6 di P + ADP

alanine aminotransfrase

L-alanine + 2-oxo-glutarate

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

pyruvate + L-glutamate

menu

LYASES
EXEMPLE
fumarase

L-malate

Enzymologie 2098/2010

fumarate + H2O

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

menu

LIGASES
EXEMPLES

butyryl CoA synthtase (thiokinase)

butyrate + HSCoA + ATP

butyryl CoA + AMP + PPi

glutamine synthtase

L-glutamate + ATP + NH4+

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

L-glutamine + ADP + Pi

menu

Units d'activit enzymatique


Unit officielle: katal (kat), quantit d'enzyme
qui catalyse la transformation
de 1 mole de substrat par seconde. Le katal n'est jamais utilis,
car beaucoup trop grand. On doit utiliser des sous-units
comme les kat (10-6 katal),
nkat (10-9 katal) ou pkat (10-12 katal).
La plupart des biochimistes prfrent l' "unit internationale"
(IU, International Unit), qui est la quantit d'enzyme
qui catalyse la transformation
de 1 mole de substrat par minute ou bien
la formation de 1micromole de produit par minute.
60 IU valent donc 1 kat ( dmontrer).

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Le nombre de rotations ( kcat ) est :


le nombre de molcules de substrat transformes
par molcule d'enzyme par seconde
(ou le nombre de moles de substrat transformes par
On peut aussi calculer l'activit molculaire (AM) ou leTurn Over (TO), =
le nombre de moles de substrat transformes
par mole d'enzyme par minute (kcat x 60).
Si on ne connat pas le poids molculaire de l'enzyme,
on peut quand mme mesurer l'activit spcifique (AS),
soit l'activit par mg de protine purifie.
Normalement, elle est donne en IU/mg protine (ou kat/mg).

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

mole

d'enzyme

EXEMPLE
CO2 + H2O

H2CO3

E= carbonate dshydratase. E du sang avec Zn++.


A 37 C et pH=7.0
1 mg E permet d atteindre la Vmax =1,2 mmoles CO2/min

La masse de E = 30000 g/mole, donc 1 mg de E contient 3,33.10 -11 mole

AM = UI/mole d enzyme
AM = TO = Vmax / nb mole E = 1.2 10 -3 /
3.33. 10-11

36 MILLIONS moles de CO2/min/mole de E

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

C est dire que E catalyse


linteraction de 36 millions de
molcules de gaz carbonique
par minute et par mole de E.

Lactivit molculaire est une

VITESSE
Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Si on calcule l'activit spcifique sur un extrait non purifi


(soit un mlange de protines),
elle indique la puret d'une enzyme.
Au cours d'une purification d'enzyme, on mesurera donc rgulirement:
l'activit totale (IU ou kat)
la quantit totale de protines (mg)
et le volume total de solution (ml).

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

De ces trois valeurs, on pourra calculer:


l'activit spcifique (activit totale / quantit totale de protine, IU/mg),
le rendement :
(activit totale / activit totale avant la premire tape de purification)
et le taux de purification :

(activit spcifique / activit spcifique avant la premire tape de purification).


L'activit spcifique et le taux de purification
atteignent une valeur maximale lorsque l'enzyme est pure.

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

ALLOSTERIE

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymes avec plusieurs substrats


Avec plusieurs substrats, la thorie devient un peu plus complique.
Il faut en particulier distinguer diffrents

selon l'ordre de fixation et


de largage des diffrents substrats et produits.
mcanismes

Ces mcanismes peuvent tre


distingus

selon l'influence de la concentration d'un


substrat
sur Vmax et Km de l'autre substrat:

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

1.Mcanisme squentiel ordonn


Si le site actif de l'enzyme a la forme d'une poche,

l'un des substrats doit pntrer en premier.

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

2.Mcanisme squentiel alatoire


Si les sites de fixation sont tous les deux accessibles
la surface de l'enzyme,

Enzymologie 2098/2010

l'ordre de fixation importe peu.

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

3.Mcanisme en ping-pong
Souvent un premier substrat transmet
un groupe chimique l'enzyme, qui le transmet
au second substrat (raction de transfert de groupe).

Un premier produit quitte l'enzyme avant


que le second substrat vienne se lier.
Aprs la premire raction, l'enzyme est modifie.
C'est la deuxime raction qui restore l'tat initial.

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Exemple:
Les transaminases contiennent un groupe prosthtique,
le pyridoxal (un aldhyde; pyridoxine = vitamine B6),
qui peut tre amin en pyridoxamine:
E-pyridoxal + glutamine <--> E-pyridoxamine + glutamate
E-pyridoxamine + aspartate <--> E-pyridoxal + asparagine

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

EQUATION DE MICHAELIS MENTEN

S
V Vmax .
Km S
Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

menu

SIGNIFICATION DE Vmax
Vmax = constante mme si S augmente

Ceci est important pour la cellule pour maintenir sa propre constance dans un
environnement variable.
Vmax reflte lefficacit daction de lenzyme.

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

LES INHIBITEURS

Une enzyme peut tre bloque de plusieurs manires:

Par un inhibiteur comptitif


Par un inhibiteur non-comptif
Par un inhibiteur incomptitif
Par un inhibiteur irrversible
Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

1. Les inhibiteurs comptitifs

Ils se lient de manire rversible au site actif de l'enzyme et


en bloquent l'accs au substrat.
Ils diminuent donc la concentration d'enzyme libre ([E]).
n gnral ils ressemblent chimiquement au substrat (analogues)
D'ailleurs, si une enzyme a plusieurs substrats possibles,
ceux-ci peuvent
aussi agir comme inhibiteurs comptitifs rciproques.
Les meilleurs inhibiteurs sont souvent en fait
des analogues de l'tat de transition de la raction.
Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

inhibiteur comptitif

Dans l'quation de Michaelis-Menten, Km est remplac par:


Km' = Km (1 + [I]/Ki)

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

O K i est la constante de dissociation de l'inhibiteur.


Le Km apparent (Km) augmente donc,
il y a perte apparente d'affinit pour le substrat.
Cependant un excs (supplment) de substrat peut
lever cette inhibition et la vitesse maximale
Vmax reste la mme.

Km augmente et devient Km ; Vmax = constan

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Sans I
I1
I2
I3

Vmax
= Cte

Exemple pour un inhibiteur avec Ki = 4 mM et [I] = 0, 2, 4, 8 mM,


et donc des Km apparents = 3, 4.5, 6, 9 mM
Les quatre courbes ont la mme asymptote Vmax = 5 kat

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

En reprsentation des inverses,


on obtient des droites de pentes diffrentes qui se croisent 1/[S] = 0 :

1/Vmax est donc le mme, mais -1/Km est de plus en plus petit (flches colores),
alors que la pente augmente.

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Exemples d'inhibiteurs comptitifs:


Un nombre croissant de mdicaments sont
des inhibiteurs comptitifs.
Leur dveloppement est facilit
par l'identification
d'une enzyme cible,
sa purification et sa cristallisation.
La connaissance prcise de la structure
tertiaire permet
l'adaptation plus prcise au site actif, afin de diminuer
le risque d'effets indsirables sur des enzymes apparentes.
La mme approche permet aussi de dvelopper
des inhibiteurs irrversibles

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Exemples de mdicaments:
Le mthotrexate, un analogue structurel du ttrahydrofolate,
est un inhibiteur comptitif de la dihydrofolate rductase,
sur laquelle il se fixe 1000 fois mieux que
le substrat naturel. C'est un mdicament anticancreux.
. Zanamivir (Relenza), utilis par inhalation,
et GS4104 (Tamiflu)forme utilisable oralement de la substance
active, GS4071, sont des inhibiteurs comptitifs (Ki < 1 nM)
de la neuraminidase du virus de la grippe.
Le virus a besoin de cet enzyme pour se dtacher
de la cellule qui l'a produit.

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Le sildenafil citrate (Viagra) est un analogue du


cGMP et en consquence un inhibiteur comptitif de
la phosphodiesterase de type 5 spcifique du cGMP (PDE5).
Il augmente l'effet du signal transmis dans les corps caverneux
du sexe mle et renforce donc l'rection.
Remarques: PDE6 est implique dans la vision des couleurs,
PDE3 dans la contraction cardiaque,
ce qui explique certains effets secondaires

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Inhibiteurs de protases, d'amylase, etc.


chez les plantes:
Ils inhibent la digestion du tissu vgtal par
un herbivore, en diminuent donc la valeur nutritive.
Ils protgent les plantes contre les herbivores.

C'est cause entre autres de ces inhibiteurs


que la cuisson peut augmenter
la digestibilit des aliments

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Les inhibiteurs non-comptitifs


Ils se lient de manire rversible mais ailleurs qu'au site actif
de l'enzyme et n'en empchent pas l'accs.
Il s'agit donc d'inhibiteurs allostriques,
c'est--dire agissant un autre (allo-) site.

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

L inhibiteur non comptitif se fixe sur l


enzyme comme sur le complexe ES

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

Graphique de linweaver-Burck (inverses)

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

PROPRIETES

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca

menu

APPLICATIONS DES ENZYMES

Enzymologie 2098/2010

Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca