Partie 2 Enzymo FEV 12

NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION
La majorit des enzymes sont nommes

d'aprs la raction qu'elles catalysent.
Les enzymes sont classes en SIX

grandes catgories dpendant du type de
ractions quelles contrlent: Chaque
enzyme se voit attribuer un numro de
code, un nom systmatique et
ventuellement un nom commun
recommand.
Enzymologie 2098/2010
Pr Mohammed Bekkali
Universit Hassan II Casablanca
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Pr Mohammed Bekkali
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CLASSES D ENZYMES
OXYDOREDUCTASES
HYDROLASES
ISOMERASES
TRANSFERASES
LYASES
LIGASES (synthtases)
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OXYDOREDUCTASES
EXEMPLES
alcool dshydrognase
ADH
thanol + NAD+
thanal + NADH + H+
lactate dshydrognase
L-lactate + NAD+
LDH
pyruvate + NADH + H
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HYDROLASES
EXEMPLES
a amylase
amidon
dextrines + maltose
trypsine hydrolyse
les liaisons peptidiques du type

ArgY ou
avec Y = Pro
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LysY
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ISOMERASES
EXEMPLES
glucose 6 phosphate isomrase
D-glucose 6 P
D-fructose 6 P
glucose pimrase
b-D-glucose
a-D-glucose
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TRANSFERASES
EXEMPLES
phosphofructokinase
D-fructose 6 P + ATP
D-fructose 1,6 di P + ADP
alanine aminotransfrase
L-alanine + 2-oxo-glutarate
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pyruvate + L-glutamate
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LYASES
EXEMPLE
fumarase
L-malate
fumarate + H2O
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LIGASES
EXEMPLES
butyryl CoA synthtase (thiokinase)
butyrate + HSCoA + ATP
butyryl CoA + AMP + PPi
glutamine synthtase
L-glutamate + ATP + NH4+
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L-glutamine + ADP + Pi
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Units d'activit enzymatique

Unit officielle: katal (kat), quantit d'enzyme
qui catalyse la transformation
de 1 mole de substrat par seconde. Le katal n'est jamais utilis,
car beaucoup trop grand. On doit utiliser des sous-units
comme les kat (10-6 katal),
nkat (10-9 katal) ou pkat (10-12 katal).
La plupart des biochimistes prfrent l' "unit internationale"
(IU, International Unit), qui est la quantit d'enzyme
qui catalyse la transformation
de 1 mole de substrat par minute ou bien
la formation de 1micromole de produit par minute.
60 IU valent donc 1 kat ( dmontrer).
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Le nombre de rotations ( kcat ) est :

le nombre de molcules de substrat transformes
par molcule d'enzyme par seconde
(ou le nombre de moles de substrat transformes par
On peut aussi calculer l'activit molculaire (AM) ou leTurn Over (TO), =
le nombre de moles de substrat transformes
par mole d'enzyme par minute (kcat x 60).
Si on ne connat pas le poids molculaire de l'enzyme,
on peut quand mme mesurer l'activit spcifique (AS),
soit l'activit par mg de protine purifie.
Normalement, elle est donne en IU/mg protine (ou kat/mg).
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mole
d'enzyme
EXEMPLE
CO2 + H2O
H2CO3
E= carbonate dshydratase. E du sang avec Zn++.

A 37 C et pH=7.0
1 mg E permet d atteindre la Vmax =1,2 mmoles CO2/min
La masse de E = 30000 g/mole, donc 1 mg de E contient 3,33.10 -11 mole
AM = UI/mole d enzyme
AM = TO = Vmax / nb mole E = 1.2 10 -3 /
3.33. 10-11
36 MILLIONS moles de CO2/min/mole de E
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C est dire que E catalyse

linteraction de 36 millions de
molcules de gaz carbonique
par minute et par mole de E.
Lactivit molculaire est une
VITESSE
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Si on calcule l'activit spcifique sur un extrait non purifi

(soit un mlange de protines),
elle indique la puret d'une enzyme.
Au cours d'une purification d'enzyme, on mesurera donc rgulirement:
l'activit totale (IU ou kat)
la quantit totale de protines (mg)
et le volume total de solution (ml).
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De ces trois valeurs, on pourra calculer:

l'activit spcifique (activit totale / quantit totale de protine, IU/mg),
le rendement :
(activit totale / activit totale avant la premire tape de purification)
et le taux de purification :
(activit spcifique / activit spcifique avant la premire tape de purification).

L'activit spcifique et le taux de purification
atteignent une valeur maximale lorsque l'enzyme est pure.
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ALLOSTERIE
Pr Mohammed Bekkali
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Enzymes avec plusieurs substrats

Avec plusieurs substrats, la thorie devient un peu plus complique.
Il faut en particulier distinguer diffrents
selon l'ordre de fixation et

de largage des diffrents substrats et produits.
mcanismes
Ces mcanismes peuvent tre

distingus
selon l'influence de la concentration d'un

substrat
sur Vmax et Km de l'autre substrat:
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1.Mcanisme squentiel ordonn

Si le site actif de l'enzyme a la forme d'une poche,
l'un des substrats doit pntrer en premier.
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2.Mcanisme squentiel alatoire

Si les sites de fixation sont tous les deux accessibles
la surface de l'enzyme,
l'ordre de fixation importe peu.
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3.Mcanisme en ping-pong
Souvent un premier substrat transmet
un groupe chimique l'enzyme, qui le transmet
au second substrat (raction de transfert de groupe).
Un premier produit quitte l'enzyme avant

que le second substrat vienne se lier.
Aprs la premire raction, l'enzyme est modifie.
C'est la deuxime raction qui restore l'tat initial.
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Exemple:
Les transaminases contiennent un groupe prosthtique,
le pyridoxal (un aldhyde; pyridoxine = vitamine B6),
qui peut tre amin en pyridoxamine:
E-pyridoxal + glutamine <--> E-pyridoxamine + glutamate
E-pyridoxamine + aspartate <--> E-pyridoxal + asparagine
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EQUATION DE MICHAELIS MENTEN
S
V Vmax .
Km S
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SIGNIFICATION DE Vmax
Vmax = constante mme si S augmente
Ceci est important pour la cellule pour maintenir sa propre constance dans un
environnement variable.
Vmax reflte lefficacit daction de lenzyme.
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LES INHIBITEURS
Une enzyme peut tre bloque de plusieurs manires:
Par un inhibiteur comptitif

Par un inhibiteur non-comptif
Par un inhibiteur incomptitif
Par un inhibiteur irrversible
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1. Les inhibiteurs comptitifs
Ils se lient de manire rversible au site actif de l'enzyme et

en bloquent l'accs au substrat.
Ils diminuent donc la concentration d'enzyme libre ([E]).
n gnral ils ressemblent chimiquement au substrat (analogues)
D'ailleurs, si une enzyme a plusieurs substrats possibles,
ceux-ci peuvent
aussi agir comme inhibiteurs comptitifs rciproques.
Les meilleurs inhibiteurs sont souvent en fait
des analogues de l'tat de transition de la raction.
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inhibiteur comptitif
Dans l'quation de Michaelis-Menten, Km est remplac par:

Km' = Km (1 + [I]/Ki)
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O K i est la constante de dissociation de l'inhibiteur.

Le Km apparent (Km) augmente donc,
il y a perte apparente d'affinit pour le substrat.
Cependant un excs (supplment) de substrat peut
lever cette inhibition et la vitesse maximale
Vmax reste la mme.
Km augmente et devient Km ; Vmax = constan
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Sans I
I1
I2
I3
Vmax
= Cte
Exemple pour un inhibiteur avec Ki = 4 mM et [I] = 0, 2, 4, 8 mM,

et donc des Km apparents = 3, 4.5, 6, 9 mM
Les quatre courbes ont la mme asymptote Vmax = 5 kat
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En reprsentation des inverses,

on obtient des droites de pentes diffrentes qui se croisent 1/[S] = 0 :
1/Vmax est donc le mme, mais -1/Km est de plus en plus petit (flches colores),
alors que la pente augmente.
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Exemples d'inhibiteurs comptitifs:

Un nombre croissant de mdicaments sont
des inhibiteurs comptitifs.
Leur dveloppement est facilit
par l'identification
d'une enzyme cible,
sa purification et sa cristallisation.
La connaissance prcise de la structure
tertiaire permet
l'adaptation plus prcise au site actif, afin de diminuer
le risque d'effets indsirables sur des enzymes apparentes.
La mme approche permet aussi de dvelopper
des inhibiteurs irrversibles
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Exemples de mdicaments:
Le mthotrexate, un analogue structurel du ttrahydrofolate,
est un inhibiteur comptitif de la dihydrofolate rductase,
sur laquelle il se fixe 1000 fois mieux que
le substrat naturel. C'est un mdicament anticancreux.
. Zanamivir (Relenza), utilis par inhalation,
et GS4104 (Tamiflu)forme utilisable oralement de la substance
active, GS4071, sont des inhibiteurs comptitifs (Ki < 1 nM)
de la neuraminidase du virus de la grippe.
Le virus a besoin de cet enzyme pour se dtacher
de la cellule qui l'a produit.
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Le sildenafil citrate (Viagra) est un analogue du

cGMP et en consquence un inhibiteur comptitif de
la phosphodiesterase de type 5 spcifique du cGMP (PDE5).
Il augmente l'effet du signal transmis dans les corps caverneux
du sexe mle et renforce donc l'rection.
Remarques: PDE6 est implique dans la vision des couleurs,
PDE3 dans la contraction cardiaque,
ce qui explique certains effets secondaires
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Inhibiteurs de protases, d'amylase, etc.

chez les plantes:
Ils inhibent la digestion du tissu vgtal par
un herbivore, en diminuent donc la valeur nutritive.
Ils protgent les plantes contre les herbivores.
C'est cause entre autres de ces inhibiteurs

que la cuisson peut augmenter
la digestibilit des aliments
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Les inhibiteurs non-comptitifs

Ils se lient de manire rversible mais ailleurs qu'au site actif
de l'enzyme et n'en empchent pas l'accs.
Il s'agit donc d'inhibiteurs allostriques,
c'est--dire agissant un autre (allo-) site.
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L inhibiteur non comptitif se fixe sur l

enzyme comme sur le complexe ES
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Graphique de linweaver-Burck (inverses)
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PROPRIETES
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APPLICATIONS DES ENZYMES
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NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION

La majorit des enzymes sont nommes

Les enzymes sont classes en SIX

les liaisons peptidiques du type

D-fructose 1,6 di P + ADP

butyryl CoA synthtase (thiokinase)

butyrate + HSCoA + ATP

butyryl CoA + AMP + PPi

L-glutamate + ATP + NH4+

Units d'activit enzymatique

Le nombre de rotations ( kcat ) est :

E= carbonate dshydratase. E du sang avec Zn++.

La masse de E = 30000 g/mole, donc 1 mg de E contient 3,33.10 -11 mole

36 MILLIONS moles de CO2/min/mole de E

C est dire que E catalyse

Lactivit molculaire est une

Si on calcule l'activit spcifique sur un extrait non purifi

De ces trois valeurs, on pourra calculer:

(activit spcifique / activit spcifique avant la premire tape de purification).

Enzymes avec plusieurs substrats

selon l'ordre de fixation et

Ces mcanismes peuvent tre

selon l'influence de la concentration d'un

1.Mcanisme squentiel ordonn

l'un des substrats doit pntrer en premier.

2.Mcanisme squentiel alatoire

l'ordre de fixation importe peu.

Un premier produit quitte l'enzyme avant

EQUATION DE MICHAELIS MENTEN

Une enzyme peut tre bloque de plusieurs manires:

Par un inhibiteur comptitif

1. Les inhibiteurs comptitifs

Ils se lient de manire rversible au site actif de l'enzyme et

Dans l'quation de Michaelis-Menten, Km est remplac par:

O K i est la constante de dissociation de l'inhibiteur.

Km augmente et devient Km ; Vmax = constan

Exemple pour un inhibiteur avec Ki = 4 mM et [I] = 0, 2, 4, 8 mM,

En reprsentation des inverses,

Exemples d'inhibiteurs comptitifs:

Le sildenafil citrate (Viagra) est un analogue du

Inhibiteurs de protases, d'amylase, etc.

C'est cause entre autres de ces inhibiteurs

Les inhibiteurs non-comptitifs

L inhibiteur non comptitif se fixe sur l

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