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LABORATOIRE
DR. MELAKHESSOU MOHAMED AKRAM
TECHNIQUES DE LABORATOIRE Dr. Melakhessou Mohamed Akram
I. La microscopie
La microscopie est un ensemble de techniques permettant d'obtenir une image des structures à
l’échelle microscopique. Le principe est dans tous les cas le même : une onde est envoyée sur la
préparation et émise ensuite par la préparation. Cette onde est captée par un objectif qui la concentre
et passe par un oculaire qui crée une image observable. Cette image est soit observée à l’œil nu, soit
photographiée, soit enregistrée par caméra CCD et stocké sur ordinateur pour retraitement.
Le but du microscope est de donner accès à la structure microscopique des objets observés. Un
microscope sert donc à voir des détails plus fins de l'objet et pas seulement à en faire une image
agrandie. La performance principale de cet instrument est donc sa résolution, c'est-à- dire sa
capacité à séparer ces détails.
- L1 : le condenseur de la même charge qui permet de focaliser le flux d’électrons sur l’objet.
- sa faible longueur d’onde, faible taille et masse ce qui lui permet de donner une résolution
excellente. - Les sources électroniques sont aussi très brillantes, ce qui permet d’obtenir une
forte densité de particule dans un faible volume.
✓ Le canon à électrons
- pour produire les électrons Le filament de tungstène est chauffé et est maintenu à un voltage
négatif de 1 à 50 kV par une cathode chaude (3000°C effet thermoïonique).
- Le Wehnelt qui est un cylindre autour de la pointe est légèrement polarisé négativement (entre
0 et 200 V) par rapport à la cathode, ce qui fait converger ou focaliser les électrons vers une
région de diamètre (do) appelé le cross-over.
- Les électrons sont ensuite excités et accélérés par la forte tension d'une anode positive (jusqu'à
200 kV).
✓ Lentilles électromagnétiques
L’action d’un champ magnétique sur une particule chargée, de charge q et de vitesse v est
l’équivalent de l’optique traditionnelle mais appliquée aux particules chargées.
- Pour obtenir une lentille électromagnétique, on utilise une bobine torique parcourue par un
courant électrique qui engendre un champ magnétique axial (chargé négativement) ou Le
faisceau électronique est dévié vers l'axe (cas d'une lentille convergente) tout en subissant un
mouvement de rotation autour de l'axe.
- Ou un champ radial (chargé positivement) Le faisceau électronique est dévié vers l’extérieur.
✓ Lentilles 1 (condenseur)
Elle permet de condenser les électrons en un faisceau d’électrons sur quelques nm jusqu'à 0,1
mm de la surface de l'objet. Plus la tache électronique est réduite, plus l'analyse est précise et
le grandissement du microscope élevé.
✓ Lentille-objectif
Le faisceau d'électrons traverse l’échantillon, et ressort avec des informations sur la structure
de l'échantillon. Ces informations sont ensuite amplifiées par le système de lentilles objectif du
microscope.
✓ Lentilles Projecteur
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Elles récoltent les électrons et les convertit en photons afin que les électrons deviennent visibles
sur un écran fluorescent (le rayonnement électronique n’est pas visible). L'image détectée est
dirigée vers un ordinateur.
Les cellules doivent être coupées en tranches très fines (50 à 100 nm) pour permettre aux
électrons de les traverser, pour cela :
✓ Les cellules sont tuées par des fixateurs (glutaraldéhyde) qui préservent les
structures cellulaires.
✓ Les échantillons fixés sont lavés dans l’eau, puis déshydratés par des solvants
organiques (acétone).
✓ Les échantillons sont inclus dans un bloc de résine ou plastique
✓ Les blocs de résine renfermant l’échantillon sont ensuite coupés à l’aide d’un
ultra microtome (qui est un appareil de très grande précision qui permet des
coupes de 80 à 100 nm d'épaisseur) muni d’un couteau de verre ou de diamant.
Les coupes cellulaires sont recueillies sur une grille en cuivre. La grille est trempée dans une
solution de métaux lourds (uranium, plomb) pour noircir les structures cellulaires et augmenter
le contraste (des liaisons s'établissent entre les membranes et le métal imperméable aux
électrons.
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Est un outil d'observation de la topographie des surfaces. Il apporte des informations sur la
structure et la texture d’un échantillon et donne des images proches d’une image en trois
dimensions. Le microscope électronique à balayage est principalement constitué de :
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Le but de la préparation d’un échantillon pour le MEB est de produire un objet qui conserve la
forme et les propriétés superficielles du vivant, mais qui est totalement déshydraté, en vue de
l’observation sous vide.
Principe
Il est basé sur l'augmentation du contraste (non pas l'échantillon mais l'espace qui l'entoure)
par utilisation de produits imperméables aux électrons comme l’acide phosphotungstique. Ce
qui produit une image en négatif.
Les différentes étapes de la technique de la coloration négative sont résumées comme suit :
o Dépôt d’une goutte de ce mélange sur la grille porte objet recouverte d'une
membrane ayant de l'affinité avec l’acide phosphotungstique (des liaisons
s'établissent entre la membrane et l’acide phosphotungstique imperméable aux
électrons).
o Laisser sécher de manière ou l’acide phosphotungstique ne se retrouve que sur
la surface de la membrane, autour de l'échantillon mais pas au-dessus de ce
dernier. Les électrons qui arrivent sur la surface de la membrane recouverte
d'acide phosphotungstique seront retenus ; par conséquent, l’échantillon aura un
aspect clair sur un fond très dense.
2.4. Détecteur
Ce détecteur est entouré, pour sa partie récoltante, d'une cage électrique attirant les électrons
considérés Les interactions électrons primaires échantillon génèrent des signaux sous formes
d’électrons désexcitâtes (secondaires). Cette désexcitation de ces électrons se traduit par des
rayons lumineux sous forme d’image construite sur l’écran luminescent.
Spectroscopie UV-Visible
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1.Spectroscopie UV-Visible
2.Domaine UV-Visible
Dans une molécule, les transitions électroniques ont lieu dans la région de l’ultraviolet et du
visible.
Le domaine UV-visible s'étend environ de 10 à 800 nm.
• Visible : 400 nm -800 nm.
Pour les appareils usuels, les domaines utiles de longueur d’onde dans les domaines UV-
Visible sont :
UV Visible
200 nm < λ < 400 nm 400 nm < λ < 800 nm
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3.Appareillage
Prisme
Réseau
➢ Cuve
Visible : Verre
UV : Quartz
4. PRINCIPE DE FONCTIONNEMENT
A = log(I0/I) = ε l C.
• Bande caractérisée par position λ max, son intensité reliée au coefficient d’extinction molaire
εmax.
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✓ Analyse qualitative
✓ Analyse quantitative
L’analyse quantitative par la spectrométrie UV-visible est très employée (beaucoup plus que
l’analyse qualitative) grâce à l’utilisation de la loi de Beer-Lambert.
✓ Autres applications
D’autres applications sont connues pour le Contrôle Qualité ou le suivi de la cinétique d’une
réaction, la détermination des constantes de dissociation des acides ou des constantes de
complexation, la détermination des masses molaires…
La centrifugation
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1.La centrifugation
La centrifugation est une technique qui permet la séparation des composés d’un mélange en
fonction de leur densité sous l’action d’une force centrifuge. Elle permet de récupérer un
précipité (culot) et un surnageant. Le mélange à séparer peut-être constitué de deux phases
liquides ou de particules solides en suspension dans un liquide.
L’ultracentrifugation utilise des vitesses de rotation encore plus grandes (allant jusqu’à 75000
tours par minute) et permet la sédimentation de particules ultramicroscopiques.
1.1. Principe
g = 1.119 • 10-5 • r • N2
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où g est la force relative de centrifugation (RCF = Relative Centrifuge Force), r est le rayon de
rotation du rotor (en cm) et N (rotations par minute: rpm) exprime la vitesse de rotation.
2.Types d’ultracentrifugation
Cette technique permet de séparer en une seule fois des organites qui ont des vitesses de
sédimentation très voisines (cf. très faibles différences de densité). On travaille dans un milieu
présentant un gradient de densité, d'où le nom donné à la technique.
Principe :
à deux densités seulement avec une solution inférieure très dense Centrifugation en
gradient discontinu.
B) Les gradients continus
Ce sont des gradients pour lesquels la variation de densité est continue. Une solution de
CsCl de densité donnée soumise à une force de gravité intense forme spontanément un
gradient de densité continu . Les différents constituants vont alors migrer jusqu’à atteindre
le point précis où leur densité est égale à celle du solvant formant des bandes.
A B
Electrophorèse
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1.Définition
1.2. Principe
L’électrophorèse est une technique séparative. Elle est utilisée le plus souvent dans un but
analytique mais également parfois pour purifier des molécules solubles. Le principe consiste à
soumettre un mélange de molécules à un champ électrique ce qui entraîne la migration des
molécules chargées. En fonction de différents paramètres (charge, masse, forme, nature du
support, conditions physico-chimiques) la vitesse de migration va être variable, ce qui permet
la séparation des différentes molécules.
2-APPLICATIONS
Le choix du support est dicté par la nature des molécules à séparer et selon le support on
distingue deux types d’électrophorèse :
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est réalisée dans un tube en U de section carrée (ceci afin de pouvoir réaliser des mesures
optiques au travers du tube, comme avec une cuve de spectrophotomètre) : la séparation n'est
pas totale, mais les frontières qui se forment sont mises en évidence par des méthodes optiques
(absorption UV, indice de réfraction, fluorescence...). Cette méthode est utilisée en recherche
pour mesurer la mobilité électrophorétique et pour vérifier la pureté des protéines.
• électrophorèse bi-dimensionnelle
• Les électrophorèses peuvent aussi être réalisées en conditions dénaturantes (détergents type
SDS ou urée).
Assez peu résolutive, cette technique d'électrophorèse est surtout destinée à séparer des
molécules de petite taille, dont les acides aminés. Des phénomènes d'interférence liés à la charge
des acides aminés et de la cellulose du papier interviennent de façon notable. Une goutte de
solution contenant l'échantillon à analyser est déposée sur une bande de papier, puis séchée. La
bande de papier est humidifiée avec un tampon convenablement choisi, puis les deux extrémités
de la bande sont plongées dans deux réservoirs contenant le tampon. Chaque réservoir est
connecté à une électrode. Un champ électrique continu est appliqué, et les acides aminés se
déplacent en fonction de leur charge nette. En fin d'électrophorèse, la bande de papier est séchée
puis les acides aminés sont révélés par une réaction colorimétrique telle que celle à la
ninhydrine.
L'électrophorèse se fait dans des conditions proches de celles de l'électrophorèse sur papier. Les
bandes d'acétate de cellulose sont fragiles, mais elles limitent la diffusion des molécules à
séparer. La révélation des protéines se fait également par une réaction colorimétrique (rouge de
ponceau par exemple). Cette technique, peu résolutive, permet de séparer grossièrement des
groupes de protéines. Elle est peu coûteuse et permet une analyse rapide des protéines sériques.
L'électrophorèse sur gel d'amidon est particulièrement utile l'analyse et la séparation des
isoenzymes. Le principe de la technique repose sur une séparation électrophorétique des
protéines sur une matrice poreuse composée d'un gel d'amidon, de pH précis. Les enzymes
présentes sont détectées en incubant le gel dans une solution contenant un substrat spécifique
de l'enzyme donnant lieu à un produit coloré. Les profils obtenus sont désignés sous le nom de
zymogrammes.
Sous l'action d'un champ électrique, E, une protéine se déplace avec une vitesse(v)
proportionnelle aux champs :
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Les forces de frottement, F', dues à la viscosité (êta) vont s'opposer à la migration de
la protéine et la freiner ;
Donc, la mobilité d'une particule migrant dans un champ uniforme dépend de 3 facteurs : q,
(êta) et r.
particule, il est donc possible d’effectuer une séparation en se basant sur cette propriété.
L’électrophorèse sur gel d'agarose est une méthode utilisée en biochimie et en biologie
moléculaire : • Soit à des fins analytiques : pour séparer et identifier des fragments d'ADN, pour
déterminer leur taille, pour en estimer la quantité, • Soit à des fins préparatoires, pour purifier
un fragment d'ADN de taille connue. La taille des fragments qu'il est possible de séparer est
comprise entre 0,2 et 50 kb. Les fragments d'ADN sont facilement détectés sur le gel grâce à
un colorant fluorescent, le bromure d'éthidium (BEI). On peut ainsi visualiser en lumière UV
des quantités très faibles d'ADN (de l'ordre de 5-10 ng).
D.2.1. L’électrophorèse en conditions non dénaturantes Cette technique aussi appelé PAGE
(pour Polyacrylamide Gel Electrophoresis) est très utilisée en immunologie, dans l'étude des
protéines et également utilisée pour le séquençage de l'ADN. Le gel de polyacrylamide est
constitué d'acrylamide (extrêmement neurotoxique par ingestion ou contact avec la peau) qui
est l'unité de base et de bisacrylamide qui est l'agent portant. En faisant varier les taux de ces 2
substances on obtient différents maillages et donc différentes densités de gel.
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Les protéines migreront vers l’anode (+) selon leur ratio charge/masse
Une variante de cette technique consiste à utiliser du SDS (Sodium Dodécylsulfate) qui est un
détergent anionique fort. Il a la propriété de défaire la structure spatiale en se fixant sur les
protéines et de les charger de la même façon permettant ainsi de les séparer uniquement en
fonction de leur masse moléculaire. Les protéines sont dites dénaturées : elles ont perdu leur
structure tridimensionnelle native. Avant de procéder à la dénaturation des protéines avec du
SDS, on utilise un agent réducteur, le β-mercaptoéthanol qui réduit les ponts disulfures des
protéines les rendant ainsi sous forme monomérique. La forte charge négative globale apportée
par le SDS masque la charge intrinsèque des protéines.
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Une fois que la migration des protéines dans le gel est terminée, il faut visualiser les bandes
obtenues par les protéines - les différentes approches sont :
- une approche plus spécifique consiste à détecter la protéine d’intérêt avec un Exemple de gel
après coloration au bleu de Coomassie.
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E.1.Electrophorèse bidimensionnelle
Lorsqu'il est existé des bandes protéiques très proches, on a un chevauchement. Par les
méthodes unidimensionnelles la résolution et bon pour moins de 50 protéines. Grâce à
l'électrophorèse bidimensionnelle, on combine deux modes de séparation différents. La
résolution peut être appliquée pour plus de 1000 protéines différentes.
• DIMENSION 1
• DIMENSION 2
Séparation en fonction de la taille des protéines : SDS-PAGE Le gel étroit de protéines séparées
par FIE est soumis à une SDS-PAGE dans une direction perpendiculaire.
Techniques
immunologiques et
immunoélectrophorèse
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A – 1 – Définitions
La présence d’un anticorps spécifique peut être mesurée par plusieurs méthodes
différentes. Certaines d’entre elles mesurent la fixation directe de l’anticorps (Ac) sur l’antigène
(Ag). Ces techniques sont basées sur des interactions primaires alors que d’autres détectent les
changements physiques de l’antigène induit après la fixation de l’antigène et sont donc basées
sur des interactions secondaires. Quoi qu’il en soit, ces deux types de tests peuvent être
employés pour mesurer le titre et la spécificité des anticorps produits au cours de la réponse
immunitaire. Ces tests ayant été utilisés historiquement pour détecter la présence d’anticorps
dans le sérum de patients, on les appelle communément tests sérologiques. La quantité
d’anticorps présente dans le sérum est déterminée par titrage de celui-ci en dilution limite. Le
titre d’un sérum correspond à l’inverse de la dernière dilution positive. Il est à noter que certains
auteurs définissent le titre d’un sérum comme la dilution donnant 50% de la réaction maximale
observée. Ainsi chaque laboratoire devra fournir pour le test la définition utilisée pour calculer
le titre du sérum.
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Deux méthodes sont couramment utilisées pour mesurer la fixation directe des anticorps sur un
antigène : Le RIA (RadioImmuno Assay), l’ELISA (Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay)
et les techniques d’inhibition compétitives
L’antigène spécifique des anticorps que l’on veut détecter est préalablement marqué à
l’iode 125. La préparation contenant l’anticorps est alors incubée avec l’antigène marqué. Les
complexes Ag/Ac qui se forment en phase liquide sont alors précipités avec une solution de
chlorure d’ammonium ou de polyethylèneglycol. Le culot de précipitation est ensuite lavé avec
une solution saline et la présence de l’anticorps à doser est déterminée en mesurant la
radioactivité présente dans le précipité et en la comparant avec une gamme étalon réalisée soit
avec un sérum titré soit avec une préparation purifiée d’anticorps de concentration connue.
Cette technique bien que relativement coûteuse et délicate car utilisant des produits radioactifs,
présente l’avantage d’une grande sensibilité. En biologie clinique, cette méthode est encore
employée pour détecter la présence d’anticorps anti-ADN natif chez les patients atteints de LED
(test de Farr) ou pour la détection des anticorps anti-GAD chez les diabétiques.
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suffisant, les puits sont lavés avec une solution saline de sorte que seuls les anticorps spécifiques
restent fixés sur l’antigène et donc au plastique. on révèle la présence de l’anticorps fixé au fond
de la plaque en déposant ensuite dans le puit un anticorps anti-Immunoglobuline marquée avec
une enzyme qui peut être la phosphatase alcaline ou la peroxydase. Après lavage, il ne reste
plus qu’à révéler la présence des anticorps spécifiques en ajoutant le substrat de l’enzyme ayant
servie à marquer les anticorps anti-Immunoglobuline et à lire la réaction colorée.
Dans un dosage ELISA direct, l’antigène est lié au fond du puits de la microplaque, puis il est
lié par un anticorps qui lui est spécifique et également conjugué à une enzyme ou à une autre
molécule qui permet la détection.
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B. ELISA indirect
Dans un test ELISA indirect, l’antigène est lié au fond du puits de la microplaque, puis un
anticorps spécifique à l’antigène est ajouté. Un anticorps secondaire, conjugué à une enzyme
ou à une autre molécule de détection est ensuite lié au premier anticorps.
C.ELISA compétitif
Dans un ELISA compétitif, un antigène de référence est lié au fond des puits de la microplaque.
L’échantillon plus l'anticorps sont ajoutés aux puits, et si un antigène est présent dans
l’échantillon, il est en compétition avec l’antigène de référence pour se lier à l’anticorps. La
substance non liée est éliminée. Plus la quantité d’antigène est importante dans l’échantillon,
plus la quantité d’anticorps liée par l’antigène de référence au fond des puits est faible, et plus
le signal est faible.
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Pour le dosage ELISA de type sandwich, deux anticorps spécifiques à deux épitopes différents
sur l’antigène cible sont utilisés. L’anticorps de capture est lié au fond du puits de la
microplaque et se fixe à un épitope de l’antigène. L’anticorps de détection se lie à l’antigène à
un épitope différent et est conjugué à une enzyme qui permet la détection. (Si l’anticorps de
détection n’est pas conjugué, alors un anticorps de détection conjugué à une enzyme secondaire
est requis).