Diversité Bactérienne

Classification

• Basée sur divers critères :

– Morphologiques (cocci, bacilles...)
– Type de Gram (négatif ou positif)
– Culturaux (aérobies, anaérobies...)
– Biochimiques (catalase, oxydase...)
– Biologie moléculaire
Systématique bactérienne
1- Galerie classique
* Critères anatomique, biochimique et physiologique
* Clef d’identification
2- Galerie API (20 E, 50CH,…) (taxonomie numérique)
3- Taxonomie basée sur l’ARNr 16S (biologie moléculaire)
Systématique bactérienne
1- Galerie classique
* Critères anatomique
* Biochimique
* Physiologique
1-Formes cellulaires

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2-Type de Gram
Coloration de Gram ETAPES Bactéries à Gram positif Bactéries à Gram négatif

Sur la surface d'une lame propre, déposer une goutte d'eau et étaler une fine couche
ETAPE 1
de bactéries à partir d'un fragment de colonie bien isolée. Laisser sécher légèrement
Fixation du frottis
sur la flamme du bec

ETAPE 2 Laisser agir une goutte de violet de gentiane pendant 1 min, puis éliminer l'excès. Le
Coloration par le cytoplasme de toutes les bactéries prend une couleur violette.
Violet de Gentiane

Laisser agir une goutte de lugol pendant 30 sec, puis rincer.

ETAPE 3
Le lugol (appelé mordanceur, renforce l'action du violet de gentiane) ; il se forme un
Fixation par le lugol
complexe chimique qui colore le cytoplasme de toutes les bactéries en violet.

Le frottis est décoloré durant 10 sec Le frottis est décoloré durant 10 sec par
par l'alcool/acétone, puis lavé l'alcool/acétone, puis lavé abondamment à
ETAPE 4
abondamment à l'eau de robinet. Les l'eau de robinet. Les bactéries à paroi
Décoloration par
bactéries à paroi imperméable à perméable à l'alcool, sont décolorées.
l'alcool/acétone
l'alcool, restent colorées en violet et
sont dites à Gram positif.

Laisser agir une goutte de Fuchsine
pendant 30 sec, puis laver. Les
ETAPE 5
bactéries à paroi imperméable à
Recoloration par
l'alcool « ne prennent pas » la
la Fuchsine
fuchsine, elles restent colorées en
violet et sont dites à Gram positif.
Laisser agir une goutte de Fuchsine pendant
30 sec, puis laver. Les bactéries à paroi
perméable à l'alcool, qui ont été décolorées,
sont recolorées par la fuchsine. Elles sont
colorées en rose et sont dites à Gram
négatif.
3- Ciliatures

un seul flagelle polaire = ciliature monotriche,

un flagelle à chaque pôle = ciliature amphitriche
une touffe de flagelles polaires = ciliature lophotriche
des flagelles entourant la bactérie = ciliature préritriche
4-Sporulation
4-Sporulation (uniquement chez les bacilles G+ )

Observation des spores au Observation directe au microscope photonique des spores d’une culture vieillie
microscope photonique après
Coloration au vert de malachite
Systématique bactérienne
2- Galerie API
 Préparation des galeries API

❶ Prenez une seule colonie isolée (à partir d'une culture pure) et faites une suspension bactérienne
dans de l'eau distillée stérile (0,5 McFarland).
❷ Réunir fond et couvercle d’une boîte d’incubation et répartir de l’eau dans les alvéoles pour créer
une atmosphère humide. Puis déposer stérilement la galerie dans la boîte d’incubation
❸ Prenez une pipette pasteur et remplissez ces compartiments avec la suspension bactérienne comme
suite (photo) :
 Lecture des galeries API

GALERIES MINIATURISEES

❹ Marquez le plateau avec un numéro d'identification, la date et vos initiales.

❺ Incubez le plateau à 37 °C pendant 18 à 24 heures.
❻ Après incubation ajouter les réactifs comme suit :

TDA Une goutte de perchlorure de fer

IND Une goutte de réactif de Kovacs

VP Une goutte de KOH + Alpha naphtol et

attendre 10 min
Pour NO- (Nitrate réductase) : ajouter dans la cupule GLU une goutte de réactif Griess (d’acide sulfanilique + alpha
3- Taxonomie numérique

• la méthode consiste à attribuer le même poids à chacun des

caractères qui sont codés + (présence du caractère) ou -
(absence du caractère).
• la taxonomie numérique n'évalue que 5 à 20% du potentiel
génétique d'une bactérie.
 Au 20 caractères biochimiques on ajoute à l’extrême droite l’Ox pour avoir 7 X 3 = 21

Le résultat est introduit dans une feuille de calcul Excel pour le traitement de l’information
par logiciel de test de similitude
4-Taxonomie basée sur l’ARNr 16S
 Importance des ARNr

* Ils sont présents dans toutes les cellules.

* Ils sont abondants dans la cellule.

* Ils ont une structure bien conservée

Espèces différentes 97 même espèces

10 30 50 70 90 100 %d’homologies des ARN 16S

18
Le séquençage du gène rRNA 16S est basé sur la réaction en chaîne de polymérase
(PCR), suivie du séquençage de l'ADN.

PCR est une méthode de biologie moléculaire utilisée pour amplifier des fragments
spécifiques d'ADN à travers une série de cycles

Puis le séquençage des fragments d'ADN purifiés est générée moyennant des
méthodes de biologie moléculaire

Après cette étape, la séquence génétique est comparée aux séquences dans la base
de données rRNA 16S.
Le pourcentage de similitude est déterminé.
Principales espèces bactériennes rencontrées dans
l’industrie agroalimentaire : caractéristiques
culturelles, biochimiques et épidémiologiques
 Bactéries peu ou pas exigeantes

Bacille, Gram-, ne sporule jamais

Oxydase + Oxydase -

Aérobie strict Aéro-anaérobie Aéro-anaérobie

Aérobie strict

Pseudomonadaceae Vibrionaceae Enterobacteriaceae

Rares Pseudomonadaceae
(Xanthomonas)
 Entérobactéries

Aéro-anaérobies Oxydase - Nitrate réductase + Fermente le glucose

Test au N,N dimethyl

paraphénylène diamine

fermentation fermentation
+ gaz CO2 +H2

Tube veillons Milieu gélosé nitraté

contenant un milieu
ajouter à la surface du milieu 3 gouttes
gélosé glucosé
d’acide sulfanilique puis 3 gouttes d’alpha
naphtylamine.
 Fermentation du lactose
Lactose +
E. Coli Lactose -
Epidémiologie
Klebsiella - Hôte du tube digestif
Citrobacter - Transmission directe (manuportée) Salmonella
Enterobacter - Transmission indirecte (eau, aliments)
Shigella
Levinia
Proteus
Physiopathologie Serratia
- Diarrhées cholériforme : bactérie
secrète la toxine
- Diarrhées dysentérique : bactérie
traverse la barrière intestinale
(invasive)

Viande hachée contaminée

 G-, bacille

Ox-, O/F glucose

lactose
+ -

Mobilité

- +

Klebsiella Cit Ind

-+ ++ + -
E. Coli Levinia V.P

- +
Citrobacter Enterobacter

Gélose à la phenyl alanine désaminase

 Gélose à la phenyl alanine désaminase

+ -

Uréase Production de H2S

- + + -

Providencia H2S Indole mobilité

- + + - + -
Proteus Edwardsiella Salmonella Serracia Shigella
ODC

- +
Morganella Providencia sp.