Biochimie des Nucléotides

Pr. A. Diatta M.D., PhD

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 OBJECTIFS
1-Citer 4 fonctions biologiques des
nucléotides
2- Ecrire les formules des bases azotées
dérivées des noyaux purine et
pyrimidines
3-Représenter la structure d’un
nucléoside et d’un nucléotide
4-Citer les différents éléments d’ un
nucléoside et nucléotide en définissant
le mode de liaison
 OBJECTIFS (suite)
5- Décrire l’action des enzymes sur les
acides nucléiques.
6- Définir les termes suivants: Tm, courbe
de fusion de l’ADN, réappariement,
annealing, Hybridation, PCR, RT-PCR
7- Décrire les principales caractéristiques
de la molécule d’ADN
8- Citer les différents types et rôles des
ARN
 PLAN DU COURS
I. Introduction
II. Structure des acides nucléiques
II.1- le sucre
II.2-les bases azotées
II.3- l’acide phosphorique
II.4- les nucléosides
II.5- les nucléotides
II.6- Nomenclature
III- Hydrolyse des acides nucléiques
 Plan (suite)
IV- Acide désoxyribonucléique (ADN)
IV-1. Caractéristiques de l’ADN
IV-2. Structure de l’ADN
IV-3.Propriétés physico-chimiques
V- Acide Ribonucléique (ARN)
V-1. Caractéristiques
V-2. Types d’ARN
 Introduction
Définition
Les acides nucléiques sont des polymères
dont l’unité est le nucléotide. Celui-ci est
formé de base azotée, de Sucre et de
phosphore. Et Ces nucléotides sont liés les
uns aux autres par des
liaisons phosphodiester.

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 Introduction
Intérêts :
 Précurseurs des A.N (DNA,RNA)
→Synthèse et Réparation de l’ADN: dATP; dGTP;
dCTP; dTTP
→Synthèse des différents ARN: ATP; GTP; UTP;
CTP
 Formes de stockage de l’énergie produite (ATP)
les ribonucléotides triphosphates ATP et GTP
possèdent des liaisons phosphates riches en
énergie
 Introduction
Intérêts :
 Régulateurs Métaboliques
-AMP cyclique : second messager ubiquitaire;
-GMP cyclique: contrôle l’ouverture et la
fermeture de canaux ioniques dans les cellules
photoréceptrices de la rétine.
 Intermédiaires pour la biosynthèse de
macromolécules:
-UDP est le transporteur du galactose
-CDP transporte l’éthanolamine pour la synthèse
des lipides membranaires
 Introduction
Intérêts :
 Transporteurs d’électrons (de protons)
(NAD+, FAD) en relation avec la production
d’énergie dans la cellule.
 Médecine Clinique
- Allopurinol: analogue structural de
l’hypoxanthine, est utilisé dans le traitement de
la goutte
- AZT inhibiteur de la transcriptase inverse est
utilisé dans le traitement du SIDA.
 II. Structure des Acides
Nucléiques

 Acides Nucléiques = polymères de

nucléotides
 Nucléotide est composé de:
- acide phosphorique
- sucre à 5 atomes de C (pentose)
- bases azotées (puriques ou
pyrimidiques)
 II.1- Le sucre

 Le sucre : pentose : (D- Ribose et 2’ D- désoxyribose)

Le 2’ désoxyribose provient de la réduction de la fonction
alcool secondaire en 2’.
 II.1- Le sucre

 Numérotation du sucre par consensus

 Structure cyclique du sucre sous forme

β- D furane

 Propriétés
-réaction de BIAL → couleur vert émeraude
(ARN)
-réaction de FULGEN → couleur rouge (ADN)
 II.2- Les bases azotées: bases puriques
 Double noyau aromatique: cycle hexagonal
cycle pentagonal

6 N
7
N 1 5

2 4
9
3
N
N H

PURINE
 II.2- Les bases azotées: bases puriques
 Deux bases principales:
 Adénine (A) = 6 amino-purine

NH2
6 N
7
N 1 5

2 4
9
3
N
N H
 II.2- Les bases azotées: bases puriques
 Guanine (G)= 2 amino-6 oxy-purine
O
H 6 N
7
N
1 5

2 4
2HN 9
3
N
N H

GUANINE
 NH2
6 N
N1 7
5

6 N 8
7
N1 5 2 4
9
8 3 N
2
N H
4 Adénine (A) = 6-amino-purine
9
3 N
N O
H
H 6 N
7
N1 5
8
2 4
H2.N
2 9
3
NOYAU PURINE N
N H

Guanine (G) = 2-amino-6-oxy-purine

 II.2- Les bases azotées: bases puriques

 Trois dérivés naturels:

- hypoxanthine (6 oxy-purine)
- xanthine (2-6 dihydroxy-purine)
- acide urique (2-6-8 trihydroxy-purine)
 II.2- Les bases azotées: bases pyrimidiques
 Un noyau aromatique hexagonal

Noyau pyrimidine
 II.2- Les bases azotées: bases pyrimidiques
 Trois principales
 Uracile (U) = 2- 4- dioxypyrimidine
O

4
H N3 5

2 6
O 1
N
H
 II.2- Les bases azotées: bases pyrimidiques
 Thymine (T) =2-4-dioxy5méthyl-pyrimidine
ou 5- méthyl uracile
O

H 4 CH3
N3
5

2 6
O
1
N
H
 II.2- Les bases azotées: bases pyrimidiques
 Cytosine (C) : 2-oxy- 4 amino-pyrimidine
HN 2

4
N 3 5

2
6
O
N
1
H
 O

4 4
N3 5 H N3 5
2 6
2 O 1
6 N
1 H
N
PYRIMIDINE Uracile (U) = 2, 4- dioxypyrimidine

O
NH2
H 4 CH3
N
4 3 5
N3 5
2 6
2 1 6 O 1
O N
N H
H
Cytosine (C) : 2-oxy -4 amino- Thymine (T) =2,4-dioxy-5-méthyl-pyrimidine
ou 5- méthyl uracile
pyrimidine
 II.2- bases azotées: Bases mineures

 Bases puriques et pyrimidiques mineures

 Associations entre une base et un radical
méthyl et hydroxyméthyl
5- méthyl cytosine
5- hydroxyméthylcytosine
2- méthyl adénine
1- méthyl guanine
 II.2- Les bases azotées: propriétés
 Solubilité : très peu solubles dans l’eau

 Absorption très intense dans l’ ultra-

violet

 Notion de Tautomérie: deux formes

tautomériques fonction du pH du
milieu.
 II.2- Les bases azotées: propriétés

 Bases oxygénées (pyrimidiques) ⇒ forme d’un acide faible

quand on opère en milieu basique et ceci grâce à la
formation d’un hydroxyle en 2 (forme lactime) en
équilibre avec la forme lactame (forme céto) retrouvée à
pH 7,0.
 II.2- Les bases azotées: propriétés

 les bases aminées (puriques)⇒ 2 formes

tautomères
-la forme amine primaire retrouvée à PH acide
-la forme imine n’est présente que
dans les cas de PH neutre ou à la limite basique.

Ces deux formes sont également en équilibre.

II.2- Les bases azotées:Tautomérie des bases
 II.3- L’acide phosphorique

 Acide phosphorique H3PO4

 Trois fonctions acides

O
HO - P - OH
OH
 II.4- Les nucléosides
 Nucléoside:
- base azotée
(purique ou pyrimidique)
- sucre (ribose ou 2’ désoxyribose)
 Nature de la liaison = liaison β N-osidique
 Les atomes impliqués
- sucre: carbone 1’ ( ribose ou 2’ désoxyribose)
- base: N1 → pyrimidine et N9 → purine
II.4- Les nucléosides
 II.4- Les nucléosides

 Les principaux ribonucléosides

Adénosine
Guanosine
Cytidine
Uridine
 II.4- Les nucléosides

 Les principaux désoxyribonucléosides

Désoxyadénosine
Désoxyguanosine
Désoxycytidine
Désoxythymidine
BASE RIBONUCLEOSIDE DESOXYRIBONUCLEOSIDE

Adénine Adénosine Désoxyadénosine

Guanine Guanosine Désoxyguanosine

Uracile Uridine Désoxyuridine

Cytosine Cytidine Désoxycytidine

Thymine Thymine Désoxythymidine ou
ribonucléoside ou
ribothymidine(rare)
33
 II.5- Les nucléotides

 Nucléotide =
- Nucléoside phosphorylé
- ester phosphate d’un nucléoside
→ Nucléoside + acide orthophosphorique
 Liaison: carbone 5’ +++, 3’ ou 2’ +/-
II.5- Les nucléotides
 II.5- Les nucléotides

 Les principaux ribonucléotides

Adénosine 5’ monophosphate (AMP)
Guanosine 5’ monophosphate (GMP)
Uridine 5’ monophosphate (UMP)
Cytidine 5’ monophosphate (CMP)
 II.5- Les nucléotides

 Les principaux désoxyribonucléotides

Désoxyadénosine 5’ monophosphate ou dAMP

Désoxyguanosine 5’ monophosphate ou dGMP
Désoxycytidine 5’ monophosphate ou d CMP
Désoxythymidine 5’monophosphate ou d TMP
II.6-NUCLÉOTIDES CELLULAIRES

• Les nucléotides cellulaires peuvent être

mono, di ou tri phosphate.
• La synthèse d’ADN se fait à partir de
désoxyribonucléotides
• triphosphate.
• Les structures mono, di et tri phosphate sont
impliquées dans beaucoup d’autres réactions
biologiques (stockage d’énergie sous forme
d’ATP, second messager AMPc…).
• Les structures mono et di phosphate sont
dans la plupart des cas des produits de
dégradation des structures tri phosphate.
STRUCTURE SHÉMATIQUE DES
NUCLÉOTIDES CELLULAIRES
STRUCTURE DES NUCLÉOTIDES CELLULAIRES
Polymère de nucléotides
 II.6- La nomenclature

• Les abréviations suivantes seront

couramment utilisées pour désigner
• les différents nucléotides :
• Base – Ribonucléotide -
Désoxyribonucléotide
• Adénine - AMP- dAMP
• Guanine - GMP - dGMP
• Uracile - UMP- dUMP
• Cytosine - CMP - dCMP
• Thymine - TMP - dTMP
 II.6- La nomenclature

 Bases pyrimidiques
- Le nucléoside se termine par idine
- Le nucléotide se termine par idylique

 Bases puriques
- Le nucléoside → osine
- Le nucléotide → ylique

 L’appellation est complétée par l’abréviation

« d » ou désoxy si l’ose est un 2’
désoxyribose.
BASE Ribonucléoside-5'- Désoxyribonucléoside-5'-
monophosphate Mono phosphate
Adénine AMP = Adénosine-5'- dAMP=désoxyadénosine
monophosphate = 5’monophosphate
GMP = Guanosine-5'- dGMP =
Guanine monophosphate Désoxyguanosine-5'- mono
phosphate

Uracile UMP = Uridine-5'- dUMP = Désoxyuridine-5'-

monophosphate monophosphate

Cytosine CMP = Cytidine-5'- dCMP =

monophosphate = Désoxycytidine-5'-monophosphate

Thymine Thymine riboside-5'- Mono Désoxythymidine-5'-mono

phosphate (rare) phosphate = dTMP 44
 II.6- La nomenclature

 Représentation des acides nucléiques de

5’ → 3’
 ARN : pA : le P estérifie le 5’ OH
Ap : le P estérifie le 3’ OH
pApU : ?→ le premier P estérifie le 5’ OH de A et le
deuxième P estérifie à la fois le 3’ OH de A et le 5’OH de
U
 ADN : même convention
sauf mettre d (pour désoxyribose) devant et les bases T
à la place de U.
 II.6- La nomenclature

 ADN/ ARN : d-pA-G-C / G- C- A- Gp

ou A G C

a O- P-3’
a
P P
b b
5’-H-O-
 III-1-Hydrolyses par les exonucléases
 exonucléases : phosphodiestérases
 pas de spécificité vis à vis des bases
 attaquent à partir de l’extrémité OH
libre 3’ ou 5’
 III-1-Hydrolyses par les exonucléases
 Exonucléases de classe a
ex : phosphodiestérase du venin de serpent
- attaquent à partir de l’extrémté 3’ OH libre en coupant
les liaisons de type a.
- exemple 1 : CpApApU → pU + pA + pA + C
- exemple 2 : d-TpTpCpGp →
 Exonucléases de classe b
ex : phosphodiestérase splénique bovine
- attaque à partir de l’extrémité 5’ OH libre en coupant les
liaisons b.
- Exemple : ApTpCpG → Ap + Tp + Cp + G
 III-2-Hydrolyses par les endonucléases

Caractéristiques :

 attaquent les acides nucléiques en

plusieurs endroits à l’intérieur de la
chaîne
 spécifiques des bases
 Deux classes d’endonucléases : classes
a et b
 III-2-Hydrolyses par les endonucléases
 Endonucléases de classe a
ex : la désoxyribonucléase I ou DNAse I
- coupe la liaison a entre un nucléotide
à base purique suivi d’un nucléotide à
base pyrimidique d’un ADN.
exemple : d -pGpCpApCpApAp
↓
d-pG +d-pCpA+d-pCpApAp
 III-2-Hydrolyses par les endonucléases
 Endonucléases de classe b
ex: la désoxyribonucléase II ou DNAse
II
- coupe la liaison b entre un nucléotide à
base pyrimidique suivi d’un nucléotide
à base purique d’un ADN.
ex : d-pGpCpGpTpAp → d-pGpCp + d-
GpTp +dAp
 III-2-Hydrolyses par les endonucléases
Ribonucléase I
- coupe les liaisons b d’un ARN si la liaison a
correspondante est fixée sur un nucléotide
pyrimidique.
Ribonucléase T1
- coupe les liaisons b si la liaison a correspondante est
liée à un nucléotide guanylique.
Ribonucléase T2
- coupe les liaisons b si la liaison a correspondante est
liée à un nucléotide pyrimidique ou adénylique.