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Les ARN catalytiques - Ldition - La virologie

Sommaire

Introduction! I. Les introns du groupe I (IG1)!

I.A. Distribution! 1.B. Structure primaire et secondaire! I.C. Analyses phylogntiques des structures secondaires et tertiaire! I.D. Les ions mtalliques! I.E. La raction dautopissage! I.F. Des IGI codent des endonuclases! I.G. Histoire volutive de la mobilit des IG1!

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II. Les introns du groupe II (IG2)!

II.A. Formation dun lasso! II.B. Structure des IG2!

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III. Les ARN catalytiques ou ribozymes!

III.A. La RNase P! III.B. Les virodes - virusodes!

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IV. Ldition des ARN!

IV.A. Les fonctions dditions! IV.B. Mcanismes dinsertion-dltion! IV.C. Mcanisme ddition par conversion de bases! IV.D. Implications volutives!

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V - La virologie!
V.A - Le bactriophage ! V.B - Le bactriophage MS2!
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Introduction
On pensait initialement que seule les protines t dou dune activit catalytique, car: Les structures tridimensionnelles sont extrmement varies Variabilit importante de groupes ractifs lis la nature mme des acides amins Les possibilits dans les sites catalytiques sont aussi trs varies (dues la structure tridimensionnelle justement)

Mais il se trouve que les protines ne sont pas les seules molcules du vivant porter des capacits catalytiques. Ceci a t montr par ltude de systme de maturation des ARN Certains ARN peuvent tre porteurs de diffrentes ractions catalytiques: ribozymes Ces ribozymes sont qualis comme des enzymes protiques - Activit dirige contre une molcule diffrente (activit intermolculaire) - Activit dirige contre eux-mmes (activit intramolculaire) Les exemples les plus frappants sont les introns des groupes1 et 2 qui sont dous dautopissage. On a russi in vitro modier leurs actions catalytiques. Cest le cas de la ribonuclase P : enzyme qui intervient dans le clivage de certain ARNt, cest une ribonucloprotique. Cest un complexe form dune protine, mais aussi dune molcule dARN. Les 2 sont lies de manire covalente et dans ce complexe cest lARN qui porte lactivit catalytique. La protine a juste un rle indirect dans le maintien de la conformation Il y a un socle commun toutes ces ractions catalytiques: ce sont toujours des ractions de clivage/formation de liaisons phosphodiester. La plupart des ractions ne ncessitent que lARN, mais souvent in vivo il faut une protine pour que lARN maintienne sa conformation an que laction catalytique se passe bien Les phnomnes ddition de lARN : Dans les cellules eucaryotes, il y a maturation de lARN sous forme dpissage, mais il existe un autre processus dans la modication de la squence dARN, cest ldition. Il peut y avoir des phnomnes dadditions ou de dltions. Cette dition se fait de manire individuelle. Dans la majorit des cas, ce sont des additions duridine (pour des gnes mitochondriaux). Donc cela implique 2 choses: Une trame, un modle qui indique ou doit avoir lieu la modication Le clivage et la formation de liaisons phosphodiester

I. Les introns du groupe I (IG1)

Les introns sont des squences nuclotidiques spciquement retires de leur ARN qui sont formes par le processus de transcription. A priori, ce nest pas de linformation gntique
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Il existe des introns du groupe I, II, III et splice osomaux On les classe selon: - Leurs proprits - Leurs structures - Leurs activits catalytiques Ces IG1 sont capables dpissage, mais reprsentent aussi des lments gntiques mobiles (un peu comme des transposons)

I.A. Distribution

On en a dtect dans diffrents compartiments cellulaires: Nuclaire Plastidiale Mitochondriale

Les IG1 sont prsents chez une large majorit deucaryotes, mais on en a trouv chez certains virus et Eubactries, mais pas chez les Archae. Ils ont t dcouverts en quantit importante dans lADN mitochondrial des champignons. Ils sont plutt reprsents chez les eucaryotes infrieurs, mais pas chez les animaux (sauf pour les anmones et les coraux) Au niveau du gnome, on les trouve insrs dans diffrents groupes de gnes. Il ny a pas de prfrence apparente au niveau de ces insertions nanmoins ils sont plutt insr dans des rgions conserves des gnes Les IG1 sont observs dans les gnes nuclaires eucaryotes, mais seulement dans les gnes dARNr. Chez les eubactries sont retrouv dans les boucles anticodons des ARNt

1.B. Structure primaire et secondaire

La plupart de ces lments sont composites. On trouve donc: ! Une phase ouverte de lecture (ORF) qui code la synthse dune protine Une squence ARN qui encadre cette ORF Tous les IG1 possdent la mme structure secondaire alors quil ne possde pas la mme structure primaire (structure primaire = squence nuclotidique). Cela dit la structure primaire possde des rgions tout de mme conserves. chaque extrmit, on retrouve des nuclotides identiques pour tous les IGI (commence par un T et ni toujours par un G). On a une conservation de la localisation de certaines adnosines. Les rgions P,Q,R et S sont les 4 rgions principales qui participe, en se rejoignant, la formation de la structure secondaire
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3 types de structures (rgions): - Tiges (Px) Boucles (Lx) Jonctions (Jx/y)

Les tiges P1 et P10 ont besoin de squences exoniques pour se former. Ces tiges sont formes par des bases complmentaires selon les rgles de Watson et Crick. Mais on trouve aussi des associations entre bases non complmentaires (G-U) qui sont relativement bien conserves dans la tige P1. Les tiges PI et P10 sont des tiges transitoires qui permettent un rapprochement de leurs espaces et qui aide au processus dpissage Les parties dintrons associs aux exons sont appeles : IGS. On pensait que ces rgions avaient un rle important dans les IG1 et donc dans la raction catalytique, mais apparemment elles ne sont pas si importantes que a, car quand on modie leurs squences, la raction se fait tout de mme La structure P7 est la structure la mieux conserve dans tous les IG1, elle stend sur 6 pb, un nuclotide saillant nest associ aucun nuclotide. lintrieur on trouve une paire de base GC qui est prsente universellement dans tous les IGI Les tiges sont observes dans toutes les rgions. Le corps est form de toutes les tiges sauf P2 et P10
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I.C. Analyses phylogntiques des structures secondaires et tertiaire

La structure secondaire est fondamentale pour lactivit catalytique des Introns et pour conrmer le modle, on fait des analyses de mutation en cis (on modie directement la squence de lintron) On prend le gne de la -galactosidase dans lequel on ajoute lintron de type I (on fait cette construction dans un plasmide)

Une fois dans la cellule bactrienne, on lui donne un substrat (X-Gal) incolore et des que la galactosidase coupe la liaison, le X devient bleu. Donc on voit que lintron de type I fonctionne. Si on mute lintron et quon modie sa structure secondaire, les colonies seront blanches et donc il ny aura plus dactivit catalytique On peut refaire des mutations jusqu ce que lune dentre elles permette de rcuprer lactivit catalytique normale, mais avec une squence en nuclotide diffrente (ceci est trs informatif) Les structures secondaires interagissent entre-elles aussi pour former des structures tertiaire. Elles font intervenir les boucle de lintro qui interagissente entre-elles. A linterieur des boucles,
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on trouve des ttraboucles (tetralogs) constitu de 4 nuclotides (-G N R A - ) cest au travers de ces squences que les interaction tertiaire se forment linterieur de lintron. Il y a des interactions hydrogne comme si quil sagssait de pair de base classique avec parfois des interactions boucles-tiges qui conduit la formation de triplets (3 bases qui sassocient). Ceci permet lintron de se replier sur lui-meme. Analyse de covariance : on fait varier la squence dune tetraboucle et on regard avec quelle rgion elle interagit normalement Structures secondaire et tertiaire sont essentielles pour lactivit catalytique de lintron

I.D. Les ions mtalliques

Les introns de types I sont quali de mtallo enzymes. Ces structures ont besoin dions mtallique pour pouvoir fonctionner correctement, ce sont nottament des ions divalents Role des ions divalents : - Il intervienne dans la stabilisation de la structure de lintron lui-meme Cations interagissent avec le squelette ribose phosphate charg negativement et on stabilise les rpulsion lectrostatique Pour le maintient de la structure secondaire et tertiaire, 3 ions essentiels : - Mg++ - Mn++ - Ca++ - Il intervienne dans la chime de la raction catalytique Seul le Mg et le Mn ont une activit maintenus (pas le Ca). Le plus efcace est le Mg

I.E. La raction dautopissage

Elle a t dcouvert initialement chez Ttrahymena thermophila (protozoaire cilli). Cest un modle en biologie. Il possde un ARNr qui provient dun ADN quon qualie dADNr (= pisome). Cette ADNr est completement autonome. Ces ARNr sont synthtis sous forme de prcurseur premirement (pr-ARNr) Schma Dans la partie 26 S, on trouve une rgion IVS = intervening sequence qui doit sortir du prARNr pour donner un ARNr mature Cette raction dapissage fait intervenir aussi une guanosine qui est externe lintron. Cest un cofacteur ncessaire la raction dpissage. Aucun autre base ne peut substituer la guanosine. Namoins toutes les formes de guanosine fonctionnent (GMP, GDP, GTP) pour la racton
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dapissage de lintron de type I. La raction ne ncessite donc pas dnergie (on na pas hydrolyse des groupements phosphates). Ce sont les grouement hydroxyle de la guanosine qui vont tre utilis pour la raction de catalyse (hydroxyle en 2). Limplication de cette guanosine peut tre suivi grace de la guanosine radioactive 3 ractions de transfert succesifs au cours de la ractions dpissage (ractions de trans estrication) : 1re raction : lattaque nuclophile de la guanosine sur lextrmit 5 de lintron. Cela conduit la formation dune structure intermdiaire dans laquelle on trouve la guanosine incorpor dans lintron de type I 2me raction : Cela conduit a librer un groupement 3 OH qui va attaquer le coter 3 de lintron. Cela implique la cassure dune liaison phosphodiester et la reformation dune liaison phosphodiester entre les 2 exons Ces 2 premire ractions sont interconnct, elles ont lieu en meme temps et dans un espace relativement restreint. On a jamais t capable dobserver les 2 ractions sparment. On trouve jamais les 2 exons form sous forme libre, on les observe directement attach On libre donc un intron sous forme linaire et sa guanosine supplmentaire 3me raction : circularisation de lintron de type I. Lextremit 3 OH attaque lextremit 5 ce qui conduit la reformation dun liaison phosphodiester et on obtient une boucle. On a pas besoin de formation de liaison phosphodiester supplmentaire, cest pourquoi cela ne demande pas denergie (cest juste des transformations) Si la reaction na pas besoin denergie, en gnrale cette raction se termine par un nuclaire entre les substrat et les produits naux. Or ici, pas dquilibre, la raction est totale. Car : - Dsiquilibre........ - Au nal, on perd les produits naux de la raction car lintron tire la production vers ces strucure cyclique de lintron In vitro, cette raction dexcision peut avoir lieu avec lARN seul (juste lintron, du Mg et de la guanosine). Il ny a donc aucun intervention de protine dans ce processus. Nanmoins, in vivo, ce nest pas le cas, on a besoin de protines. Les protines sont juste impliqu dans la stabilisation de la structure de lARN mais nintervienne pas dans la raction Lintron est toujours catalytique, meme quand il est excis du site dans lequel il se trouv

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2 types de ractions de cyclisation : - Soit extremit guanosine attate ...... - Soit la guanosine attaque luridine en position 20 Ces ractions de cyclisation ne sont pas dnitive, on peut les rendre nouveau linaire avec de leau. On peut avoir dautres types de ractions. Aprs lobtention dune structure circulaire, on peut avoir des raction avec des triplet duridine. Addition de triplet sur lintron. Raction de polymrisation, il ajoute des nouveaux nuclotides sa squence. Tout a sans intervention de protine Tout a montre que les ARN t les prcurseur des molcules de la vie car elles portent linformation gntique et sont capable dactivit catalytique
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In vitro, lactivit de lintro est intrinsque In vivo, lactivit besoin de protines Quelles est limplications de ces protines ? Neurospora crassa. On a isol des mutant cyt 18. Ils sont dfectueux pour lpissage de plusieurs introns de types I de la mitochondrie. Le produit du gne cyt 18 est une tyrosyl t-RNA synthtase mitochondriale. Cest une protine impliqu dune t........... La mutation pour cette protine est importante pour les introns de types I

I.F. Des IGI codent des endonuclases

Certains IGF possdent des ORF qui vont tre traduite en protine. Ces protines vont tre implqiu dans le processus de mobilit de lintron Comment on a pue montre que les IGI t mobiles ? Saccharomyces cerevisiae. On a observ des croisements polaires Gne du grand ARNr : - Forme omega + (possde lintron) - Forme omega - (possde pas lintron) alpha omega + ! x! a omega -

On obtient des descendance tous omega + -> bizzard Dans une segregation de type mendelien, on devrait obtenir 50 % domega + et 50 % domega Il y a donc un processus de mobilit de lintron. Lallle omega + va envahir lallle omega Un certian nombre dexperience ont t ensuite ralis : omega + (transgnse avec UV dessus)! On obtient 50 % ! x! x! omega -

50 % omega - (UV dessus)

on obtient 50% + et 50% -

Selon lindividu mut, on a des informatins differentes sur ce quil se passe chez ces individus : * Si mutagnse sur omga + indique quon a une perte de la mobilit de lintron. La mutagnse a induit des modication de la squence de lintron. Ou alors il y a une ORF qui contient un gne et la mutagnse UV entraine la modication de cette phase ouverte de lecture et empeche la mobilit
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* SI on fait de la mutagnse sur des individus qui ne possde pas lintron, on perd tout de meme la capacit de mobilit de lintron. Ceci est peut etre due la modication du site cible

Lendonuclase a une fonction de clivage et une activit de revers transcriptase. On a alors une coupure dans le site cible (gne sans intron). On laisse libre une extrmit 3OH libre. Lendocuclase utilise lARN (qui est lintron a inserer) comme matrice et allonge partir de lextremit 3OH. .......... Cest un mcanisme qui ressemble fort celui des rtrotransposons La squence cible est relativement longue (18 pb) et cest dans cette squence que lintron va tre incorpor. Lendonuclase se comporte comme une enzyme de restriction. On a des extremit dbordante qui sont produite. La particulart de ce mcansime semble etre universel et a quelque soit la sequence cible et meme si il ny a pas dhomogie entre les squence codante dans les introns

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La longueur (relativement grande) des squences cibles permet une grande spcicit. On va parler de domiciliation de lintron. LORF code lendonuclase (Homing Endonuclease Gene)

I.G. Histoire volutive de la mobilit des IG1

Les IG1 sont repartis de manire sporadique dans tout les classes dtre vivants. Donc cela suggre que les IG1 ont plus subit des transferts horizontaux entre les espces. Si lIG1 t apparu trs tot et quil t transmis de manire verticules, on aurait une rpartition homogne dans toutes les classes despces

Plus la lettre est grande, plus lIG1 est fortement reprsent Il est trs difcile de reconstitue lorigine dun IG1 dans une espce donne surtout si il est transmis de manire stable de descendant en descendant. Cette transmission de descendant en descendant conduit la xation de lintron ou a une perte de celui ci

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2me difcult : il sagit dlment mosaique, prsence dORF linterieur de lintron (lORF et lintron nont pas la meme histoire volutive). Lintron existait avant lORF. Au depart les IG1 nt donc pas mobile Dautre part, on obeserve linsertion de lintron dans une squence htrologue et en particulier lorsquil vient se placer dans une espce diferente (transfert horizontaux) ceci est due la variabilit de lORF entre les espces. Il y a une sorte de dindependance entre lORF et lintron

La mobilit de lintron, au cours du temps envahis toute la population. Lendonuclase na donc plus besoin de fonctionner, elle subit donc des mutations qui saccumulent au l du temps, elle ni par ntre plus fonctionnel. Et donc parfois elle est perdu. Donc encore aprs dautre individu pourront ensuite ne pas possder lintron et il ne pourra plus tre transfr chez eux car lendonuclase est perdue, jusqua ce quelle revienne -> on obtient des cycles

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II. Les introns du groupe II (IG2)

Les IG2 sautoexcise par la formation dun lasso

II.A. Formation dun lasso

On trouve ces IG2 dans les gnomes bactriens et dans les gnomes des organelles (plastes et mitochondrie) Gnome bactrie : cyanobactrie et protobactrie Ces IG2 sautoexcise selon un processus different des IG1 Le groupements nuclophyle va permettre lopeartion dexcision. Lattaque nuclo............... snRNA quon trouve dans le splicosome laisse penser quil drive dun IG2 Lintron commence par une squence de type GU et ni par une squence AG. On retrouve linterieur de cet intron, un site de branchement qui est une adnosine impliqu dans la raction dpissage (il se trouve dans un bloque de pyrimidine). Ces introns classque nont pas de structures secondaires particulires............

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La structure secondaires est trs conserv quelque soit lIG2 mais la structure primaire est trs diffrentes. Ils sont capable de s....

II.B. Structure des IG2

Structures avec 6 domaines (le plus important est le 6) : - Domaine D6 : contient ladnosine non appari qui permet lattaque nuclophile de lextrmit 5 de lintron -> transesterication - Domaine D4 : domaine dans lequel on retrouve frquemment une ORF (un gne qui permet de synthtiser une protine qui a une activit dendonuclase de de transcriptase invers comme les IG1 snRNA -> ce quon retrouve dans le spliceosome. Petit ARN quon retrouve chez les IG2 et les processus dpissage dARNm donc cela nous laisse penser que cela est li lvolution Chez les IG2, il sagit dune raction en trans, il nagisse pas sur eux meme

Au dela des structures secondaires, on retrouve aussi des structures tertiaires (boucle qui se lient entres-elles pour se replier dans lespace) Ce type de raction est aussi neutre en nergie et conduit une structure en lasso Les ORF conduit la production dune protine qui a une activit dendonuclases et transcripase inverse qui permette la domiciliation de ces IG2, meme principe que prcedemment
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La protines produite possde 3 domaines (N-ter -> transcriptase inverse ; maturase au milieu ; C-ter -> endonuclase) Maturase : impliqu dans les processus dpissage de lARN -> aide lARN de prendre sa forme mature par les diverses repliements Certains IG2 ne posde pas le gne qui permet la production de la maturase Lactivit maturase permet le maintient de lORF

III. Les ARN catalytiques ou ribozymes

! ! III.A. La RNase P

Complexe ribonucloprotique constitu de protines et dARN -LARN -> 375 nuclotides - Polypeptdide -> 20 kDa Activit dendonuclase dirig contre les ARNt chez E.Coli. Permet de produire la structure nale de ces ARNt. In vitro, on pensait au dpart que les 2 partie t necessair pour la raction catalytique mais en fait non, seul lARN est ncessair pour avoir lactivit catalytique. Cela dit la vitesse de la raction augment trs fortement si la protine est prsente

III.B. Les virodes - virusodes

On les appels les small plant RNA quon retrouve dans les plantes. Taille environ de 350 nt. Ils sont capables de ractions dautoclivages (raction en cis) 2 classes : dans tout les cas ARN monocatnaire circulaire : - viroides : molcule dARN infectieuse et qui sont fonctionnelement indpendante (elles ne codent aucun protines et pas associ des protines in vivo) - virusoides : en gnral encapsid dans les capside des virus qui infecte la plante. Ils ne peuvent pas se rpliquer de maniere independante, ils ont besoin dun virus helper

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Ils ont des processus de rplication un peu particulier dit en Rolling circle (= cercle tournant) 2 manire de procder la rplication en rolling circle : - A gauche de limage rolling circle asymtrique : formation dun ARN complmentaire de manire concatmre forme (-) (qui ne sarrete pas). Transcription de ce concatmre pour redonner une forme (+) complmentaire qui va se cliver et se refermer sur elle meme pour redonner les viroides. Cette rplication a lieu dans le noyau et seffectue probablement par lARN polII car plusieur evidences : * LARN typII puri peut transcrire lARN + in vitro * Ce processus est sensible lalpha amanitine * Experiene de coimmunoprcipitation (CEVD). Les sous unit de lARN polII vienne .... A droite, Autre rplication symmtrique : LARN + est transcrit en ARN - produit sous la forme de concatmaire. LARN - va tre autocliv, se referme pour produire des ngatif de lARN de dpart qui sert de matrice pour refaire un rolling circle et qui recrra la meme squence dorigine Pour cette famille, la rplication est permis par 2 polymrase dans le plaste (NEP et PEP) soit cest un pol synthtis par le gnome nuclaire (NEP) ou par le gnome plastidiale (PEP) Les formes concatmre de ces ARN ont une capacit dautoclivage donc qui les classes dans la catgorie des ribozyme. Ceci a t montr de manire sur dnitive. Cette raction ncessite
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la prsence dions mtalliques (comme IG1 et IG2) et ce qui est particulier cest que la raction de clivage qui intervient aprs un cycle de dnaturation renaturation. Cela indique que la structure secondaire est particulirement importante pour que la raction se fasse Structure en tete de marteau (hammerhead) :

Ce repliement est just ncessaire pour que la relation de clivage est lieu. On a pue commencer manipuler les squences de ces ARN pour produire dautres ARN capable dautocliva an de traiter des pathologies, cancers ...

IV. Ldition des ARN

! ! IV.A. Les fonctions dditions

Il y a encore une trentaine dannes, le dogme de la biologie molculaire. ADN -> ARN -> Protine directement entres toutes ces molcules. Cela a t remis en cause par lpissage des ARNm mais aussi on a dcouvert des modications post-transcriptionnel (coiffe du cot 5 et queue poly A du cot 3). Dans les Annes 80, il y a a un autre processus post-transcriptionnel a t dcouvert. On a dcouvert que des rsidus duridine t soit additionn, soit dlt, en particulier dans lARN mitochondrial et qui ne Edition concerne les 3 grandes classes dARN : ARNr, ARNm et ARNt

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Pour les ARNm, cration de nouveaux codons START ou STOP par insertion duridine ou de convertion de cytidine en uridine, obersv chez certains protozoaires, les organelles de plantes et meme chez lhomme
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On peut avoir spciquement des suppression de codon STOP par remplacement duridine par ... cration dORF par insertion de nuclotide. on peut avoir des dcalages en ORF altrnative (chez paramyxovirus) Substitution dacides amines par des changement de C en U et de U en C. Ou par de A par inosine Ces evenements ddition concerne des nuclotides trs conserv dans les ARNm ou concerne des codons qui sont essentiel lactivit de la protines. Ldition est trs rare dans les parties 5 ou 3 UTR ou dans les introns. Pour les ARNt : - Ractions ddition qui peuvent concerner les 4 types de nuclotides. Certaines raction change lidentit de lARNt, il ne reconnait plus le meme AA transporter Pour les ARNr : Trs peu de cas pour ces ARN mais dans tout les cas, ces ractions dditions sont importantes, en particulier, elles sont impliqu dans les raction catalytiques de polymrisation de peptides Diffrents types dvenements dditions :

IV.B. Mcanismes dinsertion-dltion

* Insertion ou dltion post-transcriptionnelle de nuclotide (a gauche A) Quelle est la matrice qui permet de remplacer le nuclotide de manire prcise (ciblage?) On a trouv des ARNg (= ARN guides), ils permettent de cibler le site de modication de la squence dARN. Processus de transestrication ou clivage ligation Finalement cest le processus de clivage ligation qui intervient :

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* Dltion puis insertion de nuclotide (a droite B) Cest ce quon trouve principalement chez les ARNt. Cest un processus de remplacement. Cela implique dabord une activit nuclasique (on ne sais pas si elle est endo ou exonuclase) Lenzyme qui est ncessaire la reformation est plutot particulire. Activit pol 3 -> 5 (cest le contraire en temps normal) Ce qui sert de guide est la tige qui dpasse du cot 3. Il sert de modle pour modier la squence de lARNt ! ! * Insertion de nuclotide pendant la transcription

Observ chez paramyxovirus, pour une protine particulire (protine P); On rajoute des rsidu de guanise, jusqu 4 ou 5 rsidus pendant la transcription. Modication de lORF dans tout les cas, cela est due la polymrase stuttering (= begaiement) cela se deroule dans le cytoplasme. Cest lARN polymrase du virus qui est responsable de cette raction et ncessite une matrice ribonucloprotique. Cette insrtion de G supplmentaire est li une insertion ritrrative des meme bases de la matrice. Cela arrive a des endroits ou elle sarrete de faire une pause, revenir en arrire. Il va y avoir un dcalage entre les brins complmentaire et on aura la formation de boucle

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* Insertion mixte de nuclotide Observ dans le cas du protiste chez Physarium. Processus qui se droule pendant la transcription et qui conduit linsertion de nuclotide. Linsertion se fait toujours sur lextrmit 3 OH et la aussi cest toujours li une pause de lARN polymrase. Mais cette fois ci, les 4 types de nuclotide peuvent tre incorpor (mais on ne sais pas encore ou et comment la pol doit avoir lieu la modication)

IV.C. Mcanisme ddition par conversion de bases

Observ dans les transcrit dorganelle de plante. Au niveau des ARNt dorganisme eucaryotes unicellulaire et ARNm chez vertbrs et inertbrs
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Cest phnmne de convertion sont due des dsamination (A -> I ou C -> U) ou aminations (U -> C) * Conversion de C en U Observ chez les vertbrs en particulier au niveau de lARNm de lapolipoprotine B (protine qui intervient dans la formation des lipoprotine plasmatique -> transport lipide dans le sang). On a un changement dun codon de type CAA -> UAA (codon stop). On a un arret proce de la traduction. Lvenement de dsamination est nuclaire

Cette raction a besoin de lintervention dune squence tripartite (on retrouve 3 domaine dans cette squence qui permet ldition dans lARNm) Le complexe protique Editosome qui contient une protine cytidine desaminase intervient sur ce site tripartite et permet ldition Cette dsamination nest pas spcique lapolipoprotine B mais dans dautres squence chez les certaines plante et lHomme On a pue montrer de manire formelle que ce nest pas un remplacemet de la base mais une de desamination

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* Conversion de U en C Observ chez quelques plantes terrestres infrieur, famille des hpatiques. Oberv chez mammifres dans le cas des tumeurs de Wilms (tumeur rnal qui se dveloppe chez lenfant. On ne connait pas encore les mcnismes ddition de U en C. Cela doit tre un processus similaire celui que fait la CP synthtase (elle synthtise la cytidine triphosphate) -> Elle produit le CTP partir de CDP par un mcanisme damination * Conversion de A en I Dcouvert dans les ARNt de levure et certains........ Linosine sapparie avec un cytidine 50 % de conversion dadnosine en inosine Ce type ddition peut avoir aussi lieu dans les introns (chose assez rare) Ce phnomne ddition se fait dans des rgions trs conserv en terme de structure secondaire cela suggre que ce type ddition est fait par des adnosine dsaminase et que cest enzymes sont spciques des dsRNA (double stranded RNA)
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Les enzymes concernent les meme que celles qui contiennent lAPOBEC1 vue prcedement. ADAR (adnosine dsaminase that act on RNA)

IV.D. Implications volutives

Comment quand et pourquoi ce phnomne a til lieu ? Comment lvolution de ce gne est t-elle affect par le processus ddition ?

Tout ces mcanismes sont trs diffrents, il est donc peu probable que lensemble de ces mcanismes proviennent dun seul mcanisme ancestral qui aurait diverg au cours du temps Par ailleurs la distribution de cette dition est sporadique. Argument pour dire que ces mcanismes sont apparu relativement tard dans lvolution Dautre part, on le retrouve pas chez les arches ni chez les bactries Il faut pouvoir imaginer un modle covolutif qui pourrait expliquer lorigine de ldition de lARN Le mcansime ddition permet de corriger un probleme dans la squence de lARN (dcalage de lORF, absence dun codon STOP...) mais on peut pas imaginer en terme dvolution que ldition apparait en meme temps que lerreur. Il faut penser que ldition commence appareitre alors quil nest pas requit, li au processus de la duplication dun gne (desaminase) et puisquon a 2 copies dun dsaminase (une normale, et lautre qui volue et qui a des proprits nouvelle qui agit sur des polynuclotide au lieu de nuclotide) au l du temps, cette dsami-

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nase va permettre au gne concern de lui meme commencer voluer et de produire plusieurs forme........................ Le cas de lapolipoprotine B : un gne code cette enzyme qui fait 100 kDa et linterieur de lARNm de cette protine, il y a un site ditable qui conduit la production dune protine de 48 kDa et cest 2 protines sont ncessaire pour lorganisme Ldition de A en I sexplique par les meme processus ....................

V - La virologie
On sinteresse aux cycles de rplication, de dveloppement de bactriophages Caractristiques gnrales des virus : Caractristiques biologiques : capable de se multiplier uniquement dans des cellules vivantes (virus-hte). Les hotes peuvent tres soient des cellules eucaryotes pour procaryotes Caractristique chimiques et physiques : nombre restreint de constituant protines et acides nucliques. Les particules virales qui permette linfection de se transmettre de cellule cellules = virion. Tout les virion dune famille sont identiques entre eux. Dnition dun virus (par Andr Lwoff 1953) : - Le virion ne possde quun seul type dacide nuclique (soit ARN, soit ADN) - Le virion se multiplie partir de son seul acide nuclique - Le virion est incapable de croitre et de subir des division binaire - Le virion na aucune informations gntique concernant le mtabolisme intermdiaire - La multiplication du virion implique lutilisation de la cellule hote et en particulier les ribosomes (parasitisme absolue) Terminologie : Virion : produit ultime du dveloppement viral, constitu de matriel gntique (ADN ou ARN) et se matriel gntique et protg par une ou plusieurs structure spciques, les plus simples coques protiques (capside) Capside : construite partir de sous unit protique multiple ou un seul type de protines. La capside lorsque est associ lacide nuclique on lappel nuclocapside 2 types de nuclocapside : - Nue : association de la capside et du matriel gntique seulement suft - Enveloppe : embarque des lement de la membrane de la cellule hote, formation dune enveloppe autour de la capsude, se ne sont pas des lments viraux

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V.A - Le bactriophage

Il est quali aussi de bactriophage tempr. Virus de bactrie (E.Coli) qui est constitu dune nuclocapside nue, dADN double brin de 48 000 pair de bases 2 mode de dveloppement possible : - Cycle non productif intgratif : cycle de dveloppement qui conduit ne pas produire de nouvelles particules virale et integrative dans la mesure ou le gnome de phage vient sintegrer dans celui de la bactrie - Cycle productif lytique : production de nouvelle particule virale et lytique car il conduit la lyse de la bactrie infecte Ltat integr de lambda dans la bactrie nest pas dnitif, cela veut dire que certains signaux vont faire reprendre au virus un cycle productif lytique La bactrie qui possde 1 copie du gnome lambda = bactrie lysogne Le virus integr est quant lui appel provirus/prophage Le processus de dvp de lambda est devenue un modle trs tot car on maitris bien les cycles li au dvp de ce phage et la squence complete du phage a t obtenue dans les annes 80 (grace Sanger) Quand il est linterieur de sa capside, le genome de lambda est sous forme linaire. Le phage vient se xer la surface de Coli par lintermdiaire de rcepteur. Il va injecter son ADN bicatnaire linaire dans le cytoplasme. La premire chose : lARN se circularise grace lexistence de squence cos (extrmits cohsives) qui possdent des bouts dbordants qui avec un ADN ligase va fermer les liaisons phosphodiester. Cest une raction qui ncessite de lnergie Lorsquil est sous cette forme circulaire, cest la que le choix entre les 2 cycles va se faire Si le virus choisis le cycle non productif, il sintegre dans le gnome au travers de site spcique att P = attachement et un site similaire dans la bactrie att b une recombinaison entre les 2 permet lintegration. La recombinaison se fait par la recombinase de lambda Les sites dattachement font peu pret 200 pb mais il y a une partie central qui est strictement identique, cest se niveau quil y a recombinaison. Cela ne necessite pas dnergie et rversible. Donc si le phage veut reprendre un cycle lytique, il doit imprativement sortir de lADN de la bactrie -> cest le phnomne dexcision Phnomne dexcision : Effectu aussi par lintgrase + lexcisionase (protine) etant elle aussi une protine cod par le gnome de lambda

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Lorsquil est sous la forme circulaire, des le dbut d linfection, on va avoir lexpression de gnes viraux travers 2 promoteur (PL et PR) synthse dun certains nombre de transcrit PL -> Left (controle opron de gauche) PR -> right (controle opron de droite) .......ARN pol E.Coli
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Opron de gauche : Le 1er gne rencontr est le gne N : il code un anti-terminateur de transcription (protine N) -> Protine qu empeche darreter la transcription de manire prcoce car entre N et C3, on trouve une squence qui est un terminateur de transcription (terminateur la n de chaque gne). Cette antiterminateur a un autre effet sur le gne cro sur lopron de droite, et permet dampecher la synthse Tout les gnes prsent dans lopron, sont appel gnes prcoces O et P : produisent des protines qui vont tre des rgulateur de la rplication du gnome de lambda Q : protine Q -> antiterminateur de la transcription qui va permettre lexpresion des gne tardifs (entre N et J) qui vont permettre la synthse des protine de la capside ...... Lorsque cest la voie lytique : le produit du gne Q va augmenter pour permettre lexpression des gnes tardifs Les gnes qui vont dcider lun ou lautre cycle de dvp vont etre cro et C2. Les protines correspondant ces 2 gnes la saccumule des le dbut de linfection. Ces protines ont des effets oposs essentielle au choix du dvp du virus (lytique ou integratif)
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Comment s marche ? : C2 active transcription de C1. C1 se trouve entre les 2 oprons, il est transcrit partir du promoteur PRE. La protine C1 est le represseur de lambda qui favorise le cycle intgratif. Lorsque la concentration de cette protine C1 est importante, elle peut rgul sa propre rgulation grace au promoteur CRM. C1 va bloquer les promoteur des fonctions lytiqu et en particulier la transcription du rgulateur Q cro va favoriser le dveloppement lityque du phage,

La protine C2 est ncessaire pour synthtiser C1 partir du promoteur PRE C1 rprime les gnes tardifs La protine cro favorise le dvp lytique du phage. Elle va ralentir la production d'ARNm partir des promotteur PR et PL On empeche l'ARN polymrase d'all vers C2 et ...... On rduit la synthse de O, P et Q mais il y en a assez pour maintenir un dveloppement lytique(c'est un choix dnitif) cro bloque aussi la synthse de C1 partir du promotteur PRM utilis par C1 lui meme pour sa propre production cro et C2 ont des effets oposs et priori, on ne sait toujours pas pourquoi, on peut all d'un cot ou de l'autre Comment se fait ce choix ? PR et PL -> les protine cro et C1 se xe sur ces promotteurs. Elles se xe sur des rgions qu'on appel : oprateurs. - Oprateurs OL (gauche) - Oprateurs OR (droite)

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3 oprateurs : elles ont des squences qui se ressemble mais qui ne sont pas identiques. Du coup cro et C1 auront des afnits diffrentes pour ces 3 oprateurs cro a plus d'afnit plus l'oprateur OR3 qu'avec OR1 et OR2. De ce fait en se xant sur l'oprateur OR3, elle masque le promotteur PL ce qui empeche la synthese des gene par la polymerase. Du coup, la polymrase synthtise plus de protine cro qui peuvent aprs se xer sur OR1 et OR2 C1 a plus d'afnit avec OR1 que les 2 autres. On bloque alors le promotteur PR et du coup C1 rprime la synthse de cro. Association en trimre de C1 qui recouvre OR2. Ceci permet de recruter l'ARN polymrase sur le promotteur PRM pour favoriser sa propre production. Lorsque la concentration de C1 augmente en concentration, C1 interagit avec OR3, elle masque PRM et rprime sa propre synthse (systme d'auto-rgulation -> maintient du taux de concentration uniforme) Cela se passe de la mme manire au niveau de l'oprateur PL Au dbut de l'infection, la concentration de C1 et cro sont primordiale pour le choix du dveloppement du phage. C1 est dpendant de C2. C2 est requis pour permettre la synthse de C1 partir du promotteur PRE. L'importance de la protine C2 a t montr par des analyse de mutation. Toute les mutation de C2 donnent des phages lytiques
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En fait il existe une activit de rgulation de C2 en fonction des conditions physiologique de la cellule bactrienne affect Si les conditions de croissance bactriennes sont idales (milieu glos en laboratoire par exemple) : concentration en AMPc plutt basse dans les cellules -> messager secondaire qui indique les conditions physiologique dans laquelle se trouve la cellule. L'AMPc provient de l'AMP -> ADP -> ATP et plus la croissance est idal, plus on a d'ATP. Dans ces conditions, l'activit de C2 baisse SI les conditions sont dfavorables (milieu minimum) : dans ce cas la concentration en AMPc augmente. Dans ces condition, la concentration de l'activit de C2 augmente La concentration de C2 est due la sensibilit des protases. En faisant du recyclage lorsque les conditions sont bonne, elle dgrade C2. La bactrie peut entamer un cycle lytique an d'en tirer bnce Lorsque les conditions sont faible, le mtabolisme est faible, l'activit des protase est faible, donc pas de dgradation de C2 qui va alors activer C1 D'autres conditions : le nombre d'infection par les phage : Plus le niveau d'infection est lev, plus le cycle lysogne va tre choisi et vice versa Qu'est ce qui fait qu'on a la production de C1 partir du promoteur PRE PRE : il possde une rgion -10 et -35, dans sa conguration normal il n'est pas reconnu pas l'ARN polymrase (ce n'est pas un vrai promoteur). La protine C2 vient se xer autour de la rgion -35, ce qui rend lisible le promoteur visible par l'ARN polymrase C2 agit aussi sur le promoteur PI. Il s'agit d'un promoteur qui se trouve l'interieur du gne de l'excisionnase, il favorise l'expression de l'integrase

LE role des protine N et Q : Ce sont des antiterminateur de transcription. Ce sont des protines qui agissent pour empcher une terminaison prcoce de la transcription La protine N agit sur 3 sites d'actions La protine Q rgule l'expression des gnes tardifs. PR' -> 26 kb -> polycistronique Squence nut -> permet la xation de l'antiterminateur sur l'ARN qui vient s'associer l'ARN polymrase.
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Le phnomne de rtro-rgulation : concerne le gne de l'Int donc le gne de l'intgrase. On a vu que C2 activ la synthse d'ARNm a partir de PRE pour la synthse de C1. C2 est aussi necessaire pour la synthese de l'integrase partir de Pi.Le probleme c'est que l'integrase peut etre produite partir de la transcription qui dbute au promoteur PL. DOnc la protine peut tre produite de 2 manire. En fait ce n'est pas le cas, elle peut l'tre mais pas en meme temps L'ARNm produit partir de PL ne permet pas la production de l'intgrase, il est spciquement dgrad au niveau des squences de l'intgrases. Seul celui qui est produit partir de Pi sera efcace Pourquoi cette diffrence ? cela est due la structure de l'ARNm du cot 3' :

Pour PL : l'association de l'ARN polymrase avec l'antiterminateur conduit a la production de nuclotide surnumraire qui sera sensible par la nuclase et donc elle sera dgrad Pour Pi : la structur est resistante aux nuclase Quand le phage est integr, on a que C1. Si le phage decide de reprendre un cycle lytique et il doit utilis l'integrase de lambda. Le seul promoteur qu'on peut utiliser c'est le promoteur PL pour produire l'integrase. Et l'tat integr, le fait que le genome viral est coup pour etre integr, la squence terminateur ne sera plus actif et donc l'ARN produit ne presentera plus le defaut d'instabilit qu'on observe lorsqu'il est circulaire
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La rplication de l'ADN phagique : 2 protine importantes : O et P. La protine O reconnait l'origine de replication de lambda (ori lambda) et vient s'y xer, un fois xer, il y a recrutement de la protine P. Le role de la protine P est de recruter la protine bactrienne dna B qui est une hlicase. Elle sert ouvrir la double hlice. L'origine de replication de lambda se trouve dans le gne O lui-meme.

Fixation de dimre de la protine O sur la structure bicatnaire Pour qe cela est lieu, il faut que l'ARN pol soit dans une rgion toute proche car pour transcrir, l'ARN pol ouvre la double hlice et c'est en ouvrant que l'on obtient les pingles cheveux et qu'on obtient les structure bicatnaires Le mode de rplication est variable selon le stade de dveloppement : Au dbut de l'infection : quelques cycles de rplications par les forme teta -> augmente le nombre de copie de lambda dans la cellule infect Rolling circle (cercle tournant) : mode de rplication pour les nouvelles particules virales. Il explique pour lADN phagique est sou forme linaire dans la capside et pourquoi les rgions cos sont trouv chaque extrmit du phage lambda. Il est bas sous lutilisation des formes circulaire. On va avoir un seul complexe de rgulation Mettre schma ADN pol (bactrienne) ori lambda Obtention dun concatmre. Il pourra y avoir alors encapsidation. Les capsides se forme de manire autonome. Lencapsidation de lADN se fait partir dune squence cos Coupure de la squence cos par Prot A + Nu1 (protines virales) La linarisation de lADN bicatnaire est due la coupure des sites cos Lintegration de lambda dans la bactrie est un processus stable mais qui nest pas dnitif. Il peut arriver un moment que les phages reprenent un cycle lytique. Cela implique le processus
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dexcision, lactivit de lintgrase (intgrase et excisionase). Quel type de signal va induire le cycle lytique ? Il faut une chose : inactiver la protine C1 -> rpresseur du phage lambda. Lorsque le phage est integr, cest la seul qui est produite partir du phage. C1 bloque du coup la capacit produire cro et bloque le promoteur PL Cest la quintervient le systme SOS : systme qui est mit en place par les bactries lorsquelles subissent des agressions de hautes frquence de leurs ADN (Systme de rparation). Le meilleur moyen de dclancher ce systme est de soumettre les bactries aux UV (on induit des dimres de thymine qui ne sont plus reconnus pas lADN polymrase). Le seul moyen de rparer, il faut enlever les dimres. On se retrouve alors avec des parties monocatnaires de lADN qui va permettre lintroduction du phage lambda. Rec A = protine bactrienne -> elle devient protase lorsque lADN est monocatnaire, elle agit sur la protine lex A qui est le represseur du systme SOS Rec A a aussi pour cible C1 -> rresseur de lambda -> permet donc la reprise du cycle lytique (logique pour la bactrie car si la bactrie va mal, il vaut mieux se reproduire et quitter la cellule bactrienne)

V.B - Le bactriophage MS2

Virus de bactrie. Bactriophage ARN. ARN monocatnaire quali dARN (+) car il est directement codant. Taille de lARN : 3600 nuclotides. Virus le plus simple qui soit connu. Seulement 4 gnes (4 phases de lectures) dcrites. Bactriophage particulirement prolique

1 gne de lenveloppe : correspond aux gnes de lenveloppe (protine de la capside -> 129 aa -> 180 exemplaire/virion) Gne A : Gne de maturation de la protine A (protine de 393 aa -> 1 seul exemplaire/virion) ncessaire lattachement la cellule bactrienne, on la retrouve au niveau de la capside

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Gne de la rplicase : protine de 544 aa , impliqu dans la rplication du gnome phagique Gne du lysozyme : protine de 75 aa, ncessaire la lyse de la bactrie pour la libraprotine de lyse (tion des nouveaux virions Pas de systme de rgulation aussi sophistiqu que lambda car il ny a 4 gnes

LARN du phage MS2 est monocatnaire, il a la capacit de se replier sur lui-meme et qui forme des structures secondires particulirement dvelopp. Les repliments observ au niveau de ces ARN permettent dexpliquer comment le phage rgule les diffrent gnes quon trouve lintrieur de ce gnome. Cest l manire dont lARN est repli et la formation de ces structures secondaire qui va expliquer la manire dont le phage controle et rgul les diffrent gnes que lon trouve linterieur de ce gnome. On a besoin de rgulation car on a besoin de 180 exemplaire de protines de lenveloppe par particule virale alors quon a besoin seulement dun seul exemplaire de la protine de maturation, donc il nest pas ncessaire dall produire de protine de maturation que de protine de lenveloppe. On a besoin une rgulation, cela ne sert a rien de mobiliser les ressources pour all produire une protine dont on a pas besoin, on a en besoin du moins que de seulement quelques exemplaire. Cest pareil pour la rplicase car une seul molcule de rplicase est capable de rpliquer plusieurs millier de molcule elle-seule.
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Ce qui est important cest de mobiliser les resources pour aller produire cette protine de lenveloppe. Cet ARN est repli sur lui meme aves des structures un peu particulire. Sur lARN, toutes les squences du cot 5 sont des squences qui sont non traduites en protines, elles forment en quelques sortent une rgion 5UTR. Le premier codon de traduction que lon trouve et qui permet dinitier la synthse de la protine A (codon GUG). Le gne de la protine A est reprsent par un trait jusquau codon de terminaison, puis on continue, on retrouve des structures secondaires particulirement dvelopp. On va retrouv ensuite le codon dinitiation de la capside de lenveloppe, on continue jusquau codon de terminaison de la capside, ensuite on trouve le codon dinitiation de la rplicase jusquau codon. La protine de lyse est chevauchante avec le gne d lenveloppe et celle de la rplicase et enn, tout le reste jusqu la terminaison 3OH nest pas traduit. On a donc une 5 UTR et une 3UTR. Ces rgions non traduites sont des rgions qui sont certainement ncessaire la stabilit de lARN, pour maintenir sont intgrit, les repliements empechent les attaques par les nuclases et en particuliers les nuclases de la bactrie qui sont les seules armes de la bactries fasse aux intruions de matriel gntique comme le font les enzyme de restriction Ces repliements au niveau de lARN vont tre particulirement important pour le controle de lexpression de ces diffrents gnes Comment controle t-on lexpression de ces diffrents gnes ? Les carrs noirs repreesente les sites dinitiation de la synthse des 3 protines majeures (protine A, de la capside et la rplicase). Dans ce contexte et suite aux diffrents repliement, le seul site qui est accssible aux ribosomes, est le site dinitiation de la synhse de la capside. Cest le seul site qui lorsque lARN est repli linterieur du cytoplasme dans la bactrie est accssible par les ribosomes. Les 2 autres sites dinitiation (protine A et rplicase sont dit ferm), cest a dire que les ribosomes narrivent pas les reconnaitre parce quils sont impliqu dans des structures secondaires. Du coup si les ribosomes reconnaissent uniquement le site dinitiation de la synthse de la capside, et bien ils vont venir se xer dessus et commenc la traduction du gne correspondant jusquau site de terminaison. Cest un systme qui produit en continue des protines de lenveloppe et cela est ncessair car le virus a besoin de 180 protines de lenveloppe pour form une particule viral. Lorsque les ribosomes commence lire lARN et bien forcement, ils sont oblig de casser les structures pseudo bicatnaire pour pouvoir lire correctement cette ARN et cela a une consquence cest du coup le site dinitiation de la synhse de la rplicase va souvrir. Cest les ribosomes qui sont entrain de lire le gne qui est a cot qui vont casser ses structures secondaire et ouvrir le site dinitation d la rplicase qui va tre traduit. Le probleme cest quon a pas besoin dall produire autant de rplicase que de protine de lenveloppe donc le systme doit continu de manire pour lenveloppe mais pas pour la rplicase. Le site dinitiation de la synthse de la rplicase va se refermer trs rapidement, en fait, comme la structure sest fait ouvrir, la structure a tendance se replier sous une forme particulire en forme dpingle cheveux qui nest pas la meme que la structure initial. Cela va conduire a referm le site qui va redevenir illisible pour les ribosomes qui vont tre incapable de reconnaire le codon AUG. Si cela ne tenait qu a, cela ne permettrait pas dexpliquer pourquoi le site du coup est ferm de manire trs forte et ne plus raccssible par la suite. Il se trouve
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que les protines de lenveloppe qui elles sont produites de manires importantes et qui saccumulent de manire importante dans le cytoplasmes vont tre capables dinteragir avec les structures secondaire dans lARN au nveau de squence consensus. Les protines de lenveloppe sy xent de manire trs stable. Cest ce repliement en pingle cheveux plus les protines qui bloque de manire de manire dnitive le codon dinitation de la rplicase. Comment marche le systme de rplication de ce virus ? La rplicase ne fonctionnent pas toute seule, elle est impliqu dans un complexe qui implique 3 sous unit protines bactrienne qui vont sassoci la rplicase pour favoriser la rplication du gnome phagique. Cest ce qui fome le complexe de la rplicase. Initialement, on a lintrieur de la bactrie, un seul exemplaire de lARN+. Cet ARN+ va servir de matrice pour all synthtiser un ARN- complmentaire. Tout les acides nucliques synthts in vivo sont des acides nuclques synthtis de 5 vers 3 donc du coup, on doit lire la matrice dans lautre sens, on lie la matrice de 3 vers 5 pour pouvoir synthtiser le brin complmentaire. On a la rplicase qui va venir se xer sur lextrmit 3 de lARN+ pour migrer vers lextrmit 5 et donc all synthtiser le brin complmentaire. Un fois lARN- synthtis, il sert rien dautre que de servir de matrice pour all servir de matrice pour all produire des ARN+ et du coup, le complexe de la rplicase la proprit de venir se xer sur lextrmit 3 de cet ARN- pour synthtiser un ARN+. On a systme qui produit des ARN- dont la seul fonction est dall synthtis des ARN+. On a donc besoin de synthtiser beaucoup plus dARN+ que dARN- car les ARN+ servent traduire les protines et les nouvelles particules virales. On a un systme qui favorise formtement la synthse des ARN+ tout simplement parce que la rplicase a plus dafnit pour lextrmit 3OH des ARN- que lextrmit 3OH des ARN+ Pendant le processus de rplication, on pourrait imaginer que comme les 2 brins dARN sont complmentaire forment des structures bicatnaires, aprs tout, ils sont tout fait complmentaire mais en fait, on observe jamais ces structures et cest surement la rplicase qui est responsable de cette situation, la prsence de la rplicase empeche les 2 ARN de se refermrer lun sur lautre. Cela a t observ in vitro, lorsquon dgrade la rplicase, on retrouve un appariement bicatnaire Il reste la synthse de la protine de maturation (A) celle dont on a besoin dun seul exemplaire par particule virale, quand a lieu la synthse de ces protine la ? Elle dpend de louverture du site dinitiation de la traduction. Le seul moment qui permet la synthse de la protine A est le moment ou on est entrain dall rpliquer les ARN- en ARN+. le site dinitiation de la rplicase va tre ouvert quand on est entrain de rpliquer des ARN- en ARN+. Au dbut de la synhtse de lARN+, il na pas encore eu le temps dadopter un repliement secondaires que les ribosomes ont reconnus le codon dinitiation de la traduction (GUG) et du coup il initie la traduction de la protine de maturation mais cela ne peu se passer que pendant un brve instant, ensuite il y a un repliement

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