Anatomie de l’appareil respiratoire

On appelle voie aérienne l’ensemble des conduits dans lesquels l’air circule jusqu’aux poumons.

Classiquement, on distingue, les voies aériennes supérieures situées au dessus du larynx et les voies
aériennes inférieures en dessous.

Les voies aériennes supérieures (Fig. 1)

Elles comprennent :

 la cavité nasale
 le pharynx qui comprend 3 zones :
 le naso ou rhinopharynx,
 l’oropharynx,
 l’hypopharynx,
 la bouche,
 le larynx
 l’oreille reliée au rhinopharynx par la trompe d’Eustache.

Fig 1 : les voies aériennes supérieures

(Blausen gallery 2014)

Les voies aériennes inférieures (Fig. 2)

Elles sont composées de la trachée, des bronches, des bronchioles et des alvéoles pulmonaires = arbre
trachéo-bronchique
 La trachée est un tube maintenu béant par une vingtaine d’anneaux de cartilage et conduisant l’air du
larynx jusqu’aux bronches.

Les bronches sont les conduits amenant l’air de la trachée à chaque poumon. Le muscle lise qui entoure les
bronches peut lorsqu’il se contracte modifier le diamètre des bronches, on parle de bronchoconstriction.

Fig 2 : les voies aériennes inférieures

(Blausen gallery 2014)

On appelle bronchiole la ramification terminale des bronches.

Les bronchioles n’ont pas de cartilage, elles sont fines comme des cheveux et se terminent par de
minuscules sacs pleins d’air : les alvéoles pulmonaires.

Une alvéole pulmonaire est un petit sac à paroi mince, rempli d’air, situé à l’extrémité des bronchioles et
au niveau desquelles se réalisent les échanges gazeux respiratoires (Fig. 3).

Les poumons sont des organes spongieux, volumineux et coniques. Ils sont constitués par les bronchioles,
les alvéoles et les capillaires pulmonaires.

La plèvre est constituée de deux feuillets, un au contact de la paroi intérieure du thorax et l’autre au

contact des poumons. Entre les deux feuillets de la plèvre se trouve une infime quantité de liquide (le
liquide pleural) qui permet à ces deux feuillets de glisser l’un sur l’autre.
 Fig 3 : Échanges gazeux au niveau des alvéoles pulmonaires
(Blausen gallery 2014)

Mécanismes de défense de l’appareil respiratoire

Les infections respiratoires sont celles qui motivent le plus souvent une consultation.
Ces infections sont consécutives à l’inhalation d’aérosols infectieux et se développent plus facilement sur
des muqueuses altérées.
En règle générale, l’infection reste localisée à la sphère respiratoire. Toutefois, de nombreux germes
peuvent passer dans la circulation générale. Cette voie d’entrée est donc une voie privilégiée des infections
systémiques. Elle est impliquée dans un grand nombre de bactériémies.

Seules les voies aériennes supérieures hébergent une flore commensale. En effet, il existe de nombreux
mécanismes dont la fonction est de chasser les microorganismes qui tentent d’envahir les voies aériennes
inférieures. Parmi ces mécanismes, on distingue des facteurs mécaniques, cellulaire et humoraux.

Facteurs mécaniques

Parmi ces facteurs qui freinent la progression des particules étrangères, il y a :

 des poils courts et épais appelés vibrisses présents dans les narines ;
 l’escalator mucociliaire = mucus + cils vibratoires (voir son fonctionnement ci-dessous) ;
 des phénomènes comme la toux, l’éternuement.

Cependant l’efficacité de ces facteurs dépend de la taille des particules inhalées. Effectivement, ils freinent
voire arrêtent les particules les plus volumineuses. En revanche les particules inférieures à 5 µm pénètrent
en profondeur jusqu’aux alvéoles pulmonaires.
 FONCTIONNEMENT DE L’ « ESCALATOR MUCOCILIAIRE »

Le mucus piège les particules inhalées. Puis le battement des cils vibratiles des cellules ciliées fait remonter
le mucus jusqu’au pharynx. Le sujet élimine ensuite le mucus en expectorant ou en l’ingérant.

Par contre, la fonction de ce tapis roulant ou escalator mucociliaire est déficiente chez les grands fumeurs
(bronchite chronique).

© respir.com

Fig 4 : Épithélium bronchique

(© Canopé, 2013)
 Facteurs cellulaires

Les macrophages alvéolaires phagocytent les microorganismes atteignant les alvéoles, d’autant plus s’ils
sont opsonisés.
En outre, la présence de microorganismes ou l’agression des tissus déclenchent une réaction inflammatoire
se traduisant par un afflux de granulocytes neutrophiles.

Facteurs humoraux
Au niveau des bronches

 les immunoglobulines A sécrétoires  empêchent l’adhésion des microorganismes ;

 le lysozyme, sécrété par les granulocytes neutrophiles présente un pouvoir bactéricide en
hydrolysant le peptidoglycane des bactéries Gram positif ;
 la lactoferrine, également sécrétée par les granulocytes neutrophiles, présente une activité
antimicrobienne en partie liée à sa capacité à capter le fer et donc à priver les microorganismes d’un
élément indispensable à leur croissance ;
–
 l’hypothiocyanite(OSCN ) est une molécule à large spectre antimicrobien, il est le produit d’une
réaction entre le peroxyde d’hydrogène et le thiocyanate catalysée par une peroxydase.

Au niveau des alvéoles pulmonaires

 les immunoglobulines G participent à l’élimination des microorganismes en activant le système du

complément et en facilitant leur phagocytose (opsonisation) ;
 le lysozyme sécrété par les macrophages ;
 le surfactant sécrété par les pneumocytes II : opsonisation des bactéries ;
 la lactoferrine

Les pneumocytes de type I, très aplatis et très étendus, représentent 40 % des cellules, mais recouvrent 90
% de la surface alvéolaire. Ils sont adaptés aux échanges gazeux.

Les pneumocytes de type II représentent 60% des cellules du poumon, mais recouvrent 10% de la surface
alvéolaire. Ils synthétisent le surfactant et sont les précurseurs des pneumocytes I

Les macrophages alvéolaires phagocytent les fines particules atteignant les alvéoles. Ensuite, ils gagnent
la circulation lymphatique ou sont entrainés par l’air puis sont évacués, englués dans le mucus.
 Fig 5 : Alvéole pulmonaire
CC-BY-SA-3.0 via Wikimedia Common

Différentes formes cliniques des infections bronchopulmonaires

Bronchite aiguë

Cette pathologie très fréquente (10 millions de cas par an en France) correspond à une inflammation aiguë
des bronches et (ou) des bronchioles, observée surtout l’hiver. Le signe principal est la toux.

L’étiologie est virale dans 90 % des cas. Plus de 180 virus différents peuvent être impliqués dans une
bronchite aiguë. Les plus fréquents sont Myxovirus influenzae A et B (virus de la grippe), Myxovirus
parainfluenzae 1,2 et 3, les Coronavirus, les Rhinovirus et les Adénovirus.

Quelquefois des bactéries commensales des voies aériennes supérieures profitent de l’altération virale de
l’épithélium cilié et sont responsables de surinfections bactériennes. Les espèces en cause
sont principalement : Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae,
Staphylococcus aureus et Moraxella (Branhamella) catarrhalis.

La toux, initialement sèche, devient productive en quelques jours. L’expectoration est en général
muqueuse ou muco-purulente. Cela dit l’aspect purulent ne signifie pas obligatoirement une surinfection
bactérienne. En effet les virus en endommageant les cellules épithéliales peuvent aussi déclencher une
réaction inflammatoire.
 L’évolution est généralement bénigne, cependant elle peut être grave sur certains terrains (sujet âgé,
insuffisant cardiaque ou respiratoire).

Bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO)

La BPCO est une maladie chronique caractérisée par une obstruction lente et progressive des voies
aériennes et des poumons.

Elle est liée à des agressions chimiques répétées (tabac, pollution…) qui conduisent à une destruction des
cellules ciliées, une stagnation du mucus et une diminution des débits aériens.
Elle atteint les adultes de plus de 40 ans et sa fréquence augmente avec l’âge.
On évalue à 2 millions le nombre de cas par an en France avec environ 50 000 hospitalisations.

Selon des estimations récentes de l’OMS (2007), actuellement 210 millions de personnes dans le monde
ont une BPCO, et 3 millions de personnes sont mortes des suites d’une BPCO en 2005. En outre, l’OMS
prévoit que la BPCO deviendra la quatrième cause de décès dans le monde en 2030.
(source : http://www.who.int/respiratory/copd/fr/index.html)

Les symptômes les plus communs sont l’essoufflement,ou « manque d’air » ainsi que la production
excessive de mucus et une toux chronique.

L’évolution de la BPCO s’accompagne de phases d’exacerbation. À la moitié des cas d’exacerbation

s’associent des infections virales ou bactériennes. Ces dernières sont provoquées par la prolifération
rapide de bactéries provenant des flores commensales aériennes supérieures. Les espèces incriminées sont
les mêmes que précédemment : Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Moraxella
(Branhamella) catarrhalis, Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus. On observe alors une
purulence franche de l’expectoration.
 Pneumonies aiguës communautaires (PAC)

Une pneumonie aiguë se définit comme une infection aiguë des voies aériennes basses avec, à la
radiographie pulmonaire, des opacités nouvellement apparues. Elle est communautaire, si elle survient à
distance, de 14 jours ou plus, d’un éventuel séjour hospitalier.
On dénombre entre 400 000 et 600 000 cas par an en France.
Elle représente la sixième cause de décès et la première cause de décès par pathologies infectieuses dans
les pays industrialisés.

Le diagnostic est difficile car il n’existe pas de signes cliniques spécifiques de pneumonie. Le diagnostic
repose sur un faisceau d’arguments cliniques et radiologiques.

Les signes cliniques, rarement tous réunis, sont les suivants : toux, expectoration, dyspnée, douleurs
thoraciques, syndrome infectieux avec fièvre, frissons, myalgies, présence de signes auscultatoires de types
râles crépitants. La présence de râles crépitants unilatéraux a une bonne valeur prédictive positive de PAC.

Pour confirmer le diagnostic, la radiographie thoracique est indispensable.

Dès le diagnostic de PAC établi, il faut évaluer sa gravité afin de déterminer si le patient doit être
hospitalisé.

 Pour les patients non hospitalisés, un traitement antibiotique probabiliste est rapidement instauré
et l’analyse bactériologique des sécrétions broncho-pulmonaires n’est pas demandée. Ainsi il est
difficile de connaître avec précision les proportions relatives des différentes étiologies de PAC.
 Pour les patients hospitalisés, les hémocultures et l’analyse de l’expectoration sont recommandées.
Ces analyses microbiologiques n’ont pas pour objectif de poser le diagnostic (les données cliniques
et radiologiques suffisent), mais elles permettent, après avoir isolé l’agent causal et étudié sa
sensibilité aux antibiotiques, de s’assurer que le traitement antibiotique instauré à l’admission est
adapté.

Tableau 1 : Fréquences probables des principales étiologies de PAC

 Données de l’AFSAPPS utilisées lors de la XVe Conférence de consensus en thérapeutique anti-infectieuse
du 15 mars 2006 – Médecine et maladies infectieuses 36 (2006) 235–244

Les données cliniques et radiologiques permettent quelquefois d’orienter l’identification de l’agent causal
mais ne suffisent pas à son identification.

On distingue :

 la pneumonie lobaire aiguë

 les pneumonies interstitielles.

Pneumonie lobaire aiguë

C’est une infection du tissu alvéolaire. Elle se caractérise par un début brutal, avec une fièvre élevée,
frissons et douleur basithoracique (au niveau de la base du thorax). On observe localement un afflux de
granulocytes neutrophiles, une sécrétion importante de fibrine ; elle est souvent hémorragique.

Les pneumonies lobaires aiguës sont presque toujours bactériennes, l’agent étiologique le plus fréquent
est Streptococcus pneumoniae. D’autres bactéries peuvent donner des atteintes lobaires, bien qu’elles
soient moins caractéristiques : Legionella pneumophila, Haemophilus influenzae, Klebsiella
pneumoniae, Staphylococcus aureus, Moraxella (Branhamella) catarrhalis, Mycoplasma pneumoniae

Pneumonies interstitielles

On les appelle également appelées pneumonies atypiques. Leur début est plus progressif.

La distinction avec la pneumonie lobaire est faite essentiellement à partir de l’image radiologique : l’aspect
réticulaire, diffus, « en nid d’abeilles » visualise une atteinte parenchymateuse interstitielle. Elles sont,
dans 50 % des cas, d’étiologie virale. Les agents bactériens les plus fréquents sont : Legionella
pneumophila, Mycoplasma pneumoniae et Chlamydophila pneumoniae.

Pneumonies nosocomiales

Elles représentent la deuxième cause d’infection nosocomiale (environ 20%) et la première cause de décès
associée à une infection nosocomiale (létalité de 30 à 60%). Elles touchent particulièrement les patients
sous ventilation assistée.
L’étape initiale est fréquemment une colonisation de l’oropharynx par des germes d’origine digestive,
favorisée entre autres par la présence d’une sonde nasogastrique, des régurgitations gastriques et
l’impossibilité de boire.
 La contamination de l’arbre trachéobronchique est alors liée aux micro-inhalations répétées et aux
microtraumatismes de la muqueuse trachéale (dysfonctionnement de l’escalator mucociliaire).

Tableau 2 : Fréquence de l’étiologie de pneumonies nosocomiales chez des patients sous ventilation
assistée (statistiques reposant sur 24 études correspondant à 1689 cas).
Jean Chastre and Jean-Yves Fagon – Am. J. Respir. Crit. Care Med., Volume 165, Number 7, April 2002, 867-
903

* 55,7 % de S. aureus résistent à la méticilline (SARM) et 44.3 % y sont sensibles.

** répartition chez les entérobactéries : Klebsiella spp. (15,6%) ; Escherichia coli (24,1%) ; Proteus spp.
(22,3%) ; Enterobacter spp. (18,8%) ; Serratia spp. (12,1%) ; Citrobacter spp. (5,0%) ; Hafnia
alvei  (2,1%).

Complications des pneumonies

 Les bactériémies sont des complications très graves (surtout avec le pneumocoque).
 La pleurésie survient lorsque les germes pénètrent dans la plèvre. L’inflammation de la plèvre se
traduit par un épanchement (voir chapitre sur les liquides d’épanchement).
 L’abcès du poumon est une collection de pus dans une cavité creusée dans le parenchyme
pulmonaire. Il peut être primitif ou compliquer une pneumopathie ; les bactéries anaérobies de la
flore de Veillon (provenant d’un foyer dentaire ou digestif après régurgitation) et les Staphylococcus
aureus en sont les principaux responsables.
Lorsque l’abcès se vide, le sujet élimine soudainement une expectoration volumineuse et
purulente ; le produit recueilli est appelé vomique. Son odeur est fétide.
 Infections respiratoires basses chez le patient atteint de mucoviscidose

La mucoviscidose est due à une anomalie du canal échangeur d’ions chlorures (appelé CFTR) impliqué dans
la régulation des échanges ioniques épithéliaux de chlore et de sodium. C’est une maladie génétique à
transmission autosomique récessive portant sur le gène codant pour le canal CFTR.
Au niveau de la muqueuse bronchique, cela se traduit par une augmentation de la viscosité du mucus. Ce
dernier s’accumule dans les bronches puis est rapidement colonisé par des bactéries.

La colonisation bactérienne survient très tôt. Les premiers germes en cause sont H. influenzae, S. aureus et
des champignons comme Aspergillus fumigatus. Ils précèdent, de quelques mois à plusieurs années, la
colonisation par P. aeruginosa, ce dernier jouant un rôle majeur dans l’évolution de la maladie au niveau
respiratoire.

Le cercle vicieux obstruction-infection-inflammation est responsable de lésions bronchiques et

parenchymateuses aboutissant à une insuffisance respiratoire majeure.

Coqueluche

voir la page dédiée

Principaux pathogènes des voies respiratoires basses

PLAN

 Streptococcus pneumoniae
 Haemophilus influenzae
 Moraxella catarrhalis
 Bordetella pertussis
 Legionella pneumophila
 Mycoplasma pneumoniae
 Chlamydophila pneumoniae
 Mycobactéries
 Virus
 Aspergillus
 Tableau 3 : Germes à rechercher en fonction du contexte (source REMIC 2007)

Streptococcus pneumoniae

L’espèce Streptococcus pneumoniae (pneumocoque) comprend des souches commensales des voies

aériennes supérieures de 5 à 10% des adultes et de 20 à 40% des enfants et des souches beaucoup plus
virulentes.
C’est le principal agent de la pneumonie lobaire aiguë. Cette infection grave présente un taux de mortalité
de 20%. Les victimes sont essentiellement les sujets âgés.
En effet, dans les cas les plus graves, la pneumonie s’accompagne d’une bactériémie.
Le pneumocoque est aussi responsable de surinfections de bronchites virales et d’infections accompagnant
les phases d’exacerbation de BPCO.

Les facteurs de pathogénicité sont :

 la présence d’une capsule (activité antiphagocytaire) ;

 la sécrétion d’une pneumolysine dont le mode d’action dépend de sa concentration :
 à faible concentration, elle inhibe le battement des cils de l’épithélium bronchique et diminue
l’activité bactéricide des granulocytes neutrophiles
 à forte concentration : elle forme des pores dans la membrane des cellules épithéliales et les
détruit.
 la protéine A (Protéine de surface du pneumocoque appelée Psp A) : adhésion aux cellules
épithéliales et inhibition de l’activation du complément ;
 la sécrétion d’Ig A protéase : destruction des Ig A et en particulier des Ig A sécrétoires ;
 la sécrétion d’une hyaluronidase qui favorise la progression du germe dans le tissu conjonctif.

Haemophilus influenzae

Haemophilus influenzae est un commensal du rhinopharynx chez 60 % des individus (surtout les souches
non capsulées de biotype II et III).
Le portage des souches capsulées, de type b ou d’autres sérotypes est peu fréquent (moins de 5% des
sujets) et tend à se raréfier depuis la vaccination anti Haemophilus influenzae b.

Comme Streptococcus pneumoniae, le plus souvent Haemophilus influenzae agit comme un germe

opportuniste responsable de surinfections d’infections virales ou d’infection accompagnant une phase
 d’exacerbation de BPCO. Ce sont alors les souches non capsulées de biotype II et III qui en sont
responsables.

Les souches d’Haemophilus influenzae capsulée de sérotype b sont beaucoup plus virulentes. Elles sont
responsables d’infections pulmonaires aigües avec souvent dissémination sanguine et ensemencement
méningée. La capsule constitue ici un facteur de pathogénicité indéniable.

Parmi les autres facteurs de pathogénicité des Haemophilus influenzae, citons :

 les adhésines présentes à leur surface qui permettent d’adhérer aux cellules épithéliales ;
 la sécrétion d’Ig A protéase : destruction des Ig A et en particulier des Ig A sécrétoires ;
 la sécrétion d’une ciliotoxine : elle ralentit les battements des cils de l’épithélium bronchique, puis
détruit cet épithélium ;
 la capacité à engendrer la sécrétion d’histamine par les granulocytes basophiles et les mastocytes
pulmonaires : l’histamine provoque une bronchoconstriction, ce qui se traduit par une stagnation
du mucus dans lequel les germes se multiplient.

Moraxella catarrhalis

Moraxella catarrhalis est un germe commensal des voies aériennes supérieures d’environ 5% des adultes
et de plus de 70% des enfants. Il est principalement responsable d’otites, de sinusites et d’infections
bronchopulmonaiires.

C’est une des 3 espèces bactériennes les plus fréquemment rencontrées dans les épisodes d’exacerbation
de BPCO.
Legionella pneumophila

Les légionelles forment une famille comportant 46 espèces et 64 sérogroupes. Legionella pneumophila est

l’espèce la plus fréquente en pathologie humaine (95 % des légionelloses, dont 80% des cas dus
à L. pneumophila sérogroupe 1).

La légionellose ou maladie des légionnaires se caractérise par une pneumonie aiguë.

Après une incubation de 8 à 10 jours, les malades présentent une fièvre élevée, une dyspnée, une toux
sèche devenant quelquefois productive, des céphalées, des myalgies, de l’anorexie. En outre, des troubles
digestifs sont souvent associés : diarrhées, vomissements. On observe dans les formes sévères des signes
de défaillance multiviscérale. La mortalité est d’environ 20%.

Les Legionella sont des bactéries présentes naturellement dans l’environnement et plus spécialement dans

les milieux aquatiques qu’ils soient naturels ou artificiels. Ces bactéries intracellulaires facultatives
trouvent un refuge à l’intérieur des protozoaires (amibes) aquatiques où elles se multiplient activement.
Leur virulence en serait exacerbée. On les rencontre dans les circuits de distribution de l’eau et plus
particulièrement dans les circuits d’eau chaude.

La contamination des personnes exposées se fait essentiellement par inhalation d’aérosol contenant des
amibes parasitées par des Legionella. Il n’y a pas de transmission inter-humaine. Les sources sont
principalement :

 les réseaux d’eau chaude

 les panaches des tours aéro-réfrigérantes
 les systèmes de climatisations
 les eaux thermales…
 Les légionelles sont phagocytées par les macrophages alvéolaires. Beaucoup d’entre elles sont détruites
mais certaines peuvent survivre grâce à leur capacité de retarder la fusion phago-lysosomiale, un temps
suffisant pour acquérir une acidorésistance leur permettant ensuite de résister au contenu lysosomial. Elles
se multiplient ainsi dans les macrophages et entraînent leur destruction.

Bordetella pertussis

Bordetella pertussis est l’agent de la coqueluche.Voir la page dédiée.

Mycoplasma pneumoniae

Parmi les mycoplasmes, seule Mycoplasma pneumoniae présente un pouvoir pathogène respiratoire

certain.
Le caractère bien souvent bénin des infections respiratoires à Mycoplasma pneumoniae fait que la
recherche de leur étiologie n’est pas demandée, ainsi leur fréquence réelle est difficile à estimer. Ils
seraient responsables d’environ 10 % des pneumonies communautaires.

Dans sa forme la plus caractéristique, il est difficile de distinguer une pneumonie à Mycoplasma
pneumoniae de celles provoquées par les autres agents de pneumonie atypique. Elle  s’installe
progressivement puis apparait la fièvre, une atteinte de la sphère ORL ainsi qu’une toux sèche. L’image
radiologique présente un aspect réticulaire, diffus, « en nid d’abeilles » signifiant une atteinte
parenchymateuse interstitielle.

Mycoplasma pneumoniae adhère à l’épithélium respiratoire en particulier grâce à l’adhésine P1. Ensuite

elle pénètre dans les cellules épithéliales et s’y multiplie lentement. La bactérie produit des peroxydes et
des superoxydes à l’origine de la nécrose cellulaire.

Chlamydophila pneumoniae

Cette espèce est responsable de pneumonie atypique et les symptômes sont les mêmes que ceux des
pneumonies à Mycoplasma pneumoniae.
Elles seraient responsables d’environ 10 % des pneumonies communautaires.
Ce sont des bactéries à multiplication intra cellulaire obligatoire, elles détruisent les cellules dans lesquelles
elles se multiplient.

Mycobactéries

Certaines mycobactérie sont responsables de la tuberculose.

Virus

Les virus sont responsables d’infections des voies respiratoires hautes et basses. Ils se multiplient dans les
cellules épithéliales ciliées puis se propagent depuis les voies aériennes supérieures vers les voies
aériennes inférieures entrainant bronchite et pneumonie. La multiplication virale entraine une destruction
de l’épithélium et des lésions inflammatoires, ces dernières étant quelquefois ensuite surinfectées par des
bactéries.

Les infections respiratoires virales sont plus fréquentes en hiver.

Les virus sont responsables d’environ 90% des bronchites aiguës et de 10 à 30% des pneumonies aiguës
communautaires.
 Virus de la grippe

Ce sont les Myxovirus influenzae A et B ; ils appartiennent à la famille des Orthomyxoviridae. Ce sont des
virus enveloppés dont le génome se compose de 8 segments d’ARN monocaténaires à polarité négative.

Leur enveloppe présente des glycoprotéines dont l’hémagglutinine et la neuraminidase qui permettent de
différencier les souches virales (H1N1, H5N1, H3N2..). Le virus n’atteint pas les poumons mais les
surinfections bactériennes qui l’accompagnent quelquefois peuvent aboutir à des pneumonies.

Dans les pays tempérés, la grippe évolue sous forme d’épidémies hivernales. La mortalité est de l’ordre de
0,1%, ce qui représente en France 1500 à 5000 décès, essentiellement des personnes âgées de plus de 65
ans (90% des cas).

On a relevé cependant que lors de l’épidémie de grippe A nouveau variant de H1N1 en 2009, les décès
concernés les moins de 65 ans dans 75% des cas.

Virus respiratoire syncitial (VRS)

Ce virus appartient au genre Pneumovirus et à la famille des Paramyxoviridae. Ce sont des virus enveloppés

dont le génome se compose d’un seul segment d’ARN monocaténaire à polarité négative.

Ils sont responsables de :

 bronchiolites (inflammation des bronchioles) principalement chez les enfants de moins de 3 mois
 de pneumonie et bronchite chez l’enfant plus âgé et l’adulte.

En France, on dénombre environ 500 000 cas de bronchiolite par an.

Virus parainfluenzae

Ils appartiennent au genre Paramyxovirus et comme le VRS à la famille des Paramyxoviridae.

Ils sont responsables de bronchiolites et de pneumonies.

Autres virus

Les Rhinovirus, les Adenovirus, les Coronavirus, principalement responsables d’infections respiratoires

hautes (rhinites, pharyngites) peuvent quelquefois causer des bronchites et des pneumonies
 Aspergillus

Les aspergilloses pulmonaires invasives (API) affectent principalement les patients immunodéprimés
(hémopathies malignes, traitement immunosuppresseur après transplantation d’organe, SIDA). Ces
derniers temps, on observe également des cas chez des sujets souffrant de BPCO.

Cas particuliers des patients mucoviscidosiques

La viscosité anormale des secrétions ainsi que les lésions épithéliales d’origine infectieuse, dues
notamment à Pseudomonas aeruginosa, favorisent la colonisation de l’arbre respiratoire par
les Aspergillus.
Cette colonisation se traduit en général par des réactions allergiques : aspergillose broncho-pulmonaire
allergique (ABPA).
On observe également des aspergilloses pulmonaires invasives chez les patients mucoviscidosiques à qui
on vient de greffer des poumons et qui sont sous traitement immunosuppresseur pour éviter le rejet.

Difficultés de l’analyse des sécrétions bronchopulmonaires

L’analyse microbiologique des sécrétions bronchopulmonaires est complexe. Nous allons dans un premier
temps présenter les difficultés rencontrées puis dans un second temps, les solutions mises en œuvre.

PLAN

 Difficultés à surmonter
 Existence d’une flore commensale abondante dans les voies aériennes supérieures
 Fragilité et exigence de certains agents infectieux
 Solution à mettre en œuvre
 Sélection de la technique de prélèvement la plus adaptée
 Traitement non différé de l’analyse
 Fluidification des expectorations, des aspirations trachéales et bronchiques
 Évaluation quantitative
 Utilisation de milieux sélectifs
 Utilisation de kits de détection d’antigènes solubles dans les urines
 Apports de la biologie moléculaire au diagnostic des infections respiratoires

Difficultés à surmonter
Existence d’une flore commensale abondante dans les voies aériennes supérieures

L’existence de cette flore commensale est problématique pour deux raisons :

d’abord, les sécrétions bronchopulmonaires peuvent être souillées en passant par


l’oropharynx et la bouche ;
 ensuite les germes de cette flore peuvent faiblement coloniser les bronches sans pour autant
provoquer une infection.

Cette flore, très abondante est composée par :

 des hôtes constants :

 streptocoques alpha hémolytiques et non hémolytiques ;
  Neisseria commensales ;
 corynébactéries ;
 Staphylococcus epidermidis ;
 Haemophilus parainfluenzae et parahaemolyticus.
 des hôtes transitoires : ils séjournent dans le pharynx plusieurs heures après les repas. Ce
sont essentiellement des Entérobactéries.

Effectivement cette flore constitue un problème car elle peut masquer les microorganismes responsables
d’une infection. En outre, les principales espèces bactériennes (H. influenzae, S. pneumoniae, S.
aureus) responsables des pneumopathies communautaires, voire nosocomiales, peuvent être présentes à
l’état commensal dans l’oropharynx.

Alors, pour faciliter l’interprétation des résultats, il est nécessaire :

 de limiter la contamination du prélèvement lors de son passage dans les voies aériennes
supérieures ;
 de distinguer une simple colonisation d’une infection.

Fragilité et exigence de certains agents infectieux

Certaines bactéries fréquemment responsables d’infections respiratoires, sont fragiles et relativement

exigeantes (Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Legionella pneumophila, Chlamydophila
pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae). Il faudra donc en tenir en compte lors du transport des sécrétions
bronchopulmonaires, du choix des milieux d’isolement et de la méthode d’analyse.

Solutions à mettre en œuvre

Pour que l’analyse microbiologique des sécrétions bronchopulmonaires ait un sens, il faut tenir compte de
ces difficultés en mettant en œuvre les techniques les plus adéquates et en veillant à une interprétation
très critique des résultats.

Sélection de la technique de prélèvement la plus adaptée

Le choix de la méthode de prélèvement est capital. Voir la page Prélèvements des sécrétions

bronchopulmonaires.

Traitement non différé de l’analyse

Dans l’idéal, le délai entre le prélèvement et l’analyse ne doit pas excéder 2 heures ; on évitera ainsi la
prolifération des contaminants et la lyse des germes fragiles.
Cela permettra aussi d’éviter une conservation +4°C qui n’est pas recommandée en raison de la fragilité de
certains agents infectieux comme Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae.
 Fluidification  de certaines sécrétions bronchopulmonaires comme les expectorations, les aspirations
trachéales et bronchiques

La N acétylcystéine à 5% a longtemps était utilisée comme fluidifiant. De nombreux laboratoires utilisent

désormais un réactif appelé Digest-EUR® commercialisé par Eurobio.

La fluidification présente deux objectifs :

 elle permet d’obtenir un produit fluide sur lequel il est possible de faire des dilutions.
 elle provoque la libération des germes emprisonnés dans la masse de mucus (ces germes ont de
grande chance de provenir du foyer infectieux).

Évaluation quantitative

Une évaluation quantitative est nécessaire pour distinguer une infection d’une légère colonisation des
bronches supérieure ou d’une contamination de l’expectoration lors de sa traversée des voies aériennes
supérieures.
On considère que les germes isolés dans une expectoration ont généralement une signification
pathologique lorsque leur nombre dépasse 107 par mL.
Les seuils de pathogénicité dépendent des techniques de prélèvements utilisées, ils sont rassemblés dans
le tableau 5.

Utilisation de milieux sélectifs

L’emploi de milieux d’isolement sélectifs facilitent l’isolement des germes pathogènes en particulier dans le
cas d’infections plurimicrobiennes et améliorent l’orientation de leur identification. Parmi les milieux
sélectifs adaptés, citons :

la gélose au sang + ANC pour la recherche des bactéries à Gram positif comme Streptococus
pneumoniae ou Staphylococcus aureus
 la gélose chocolat enrichie + bacitracine et vancomycine pour la recherche des Haemophilus
 les géloses Drigalski ou Mac Conkey pour la recherche des bacilles à Gram négatifs non exigeants
comme les entérobactéries, les Pseudomonas et Burkholderia cepacia
 la gélose Sabouraud + chloramphénicol + gentamicine pour la recherche des levures et des
moisissures.

Utilisation de kits de détection d’antigènes solubles dans les urines

Ces kits permettent un diagnostic précoce des pneumonies à Streptococcus pneumoniae et Legionella

pneumophila sérogroupe 1.
Le principe et la technique de ces tests sont consultables à cette page : Binax Now

A l’inverse des cultures, les résultats de ces tests ne sont pas affectés chez les sujets déjà traités par des
antibiotiques.
La spécificité de ces tests est excellente. Cela signifie qu’en cas de positivité, il est quasi-certain que le
patient présente une pneumonie à pneumocoque ou à Legionella pneumophila sérogroupe 1. En revanche,
ils ne permettent pas de diagnostiquer les rechutes car ces antigènes restent présents longtemps après
une pneumonie.
 BinaxNOW® S.pneumoniae

Ce test détecte un polyoside de la paroi du pneumocoque.

Il convient seulement au diagnostic des pneumonies (ne convient pas pour les BPCO).
La sensibilité du test dépend de la sévérité de l’infection pneumococcique? Cette sensibilité est d’environ
80% lors de pneumonie bactériémique et de 50% lors de pneumonie non bactériémique.
La spécificité est voisine de 100%.

BinaxNOW® Legionella

La sensibilité du test est fonction de la gravité de la pneumonie. Elle dépend aussi du mode d’acquisition
de la légionellose (sensibilité d’environ 80% dans les formes communautaires et seulement de 50% dans
les formes nosocomiales).
Sa spécificité est supérieure à 95%.
Cependant, les antigènes urinaires tardent à apparaître. Ainsi, il faut compter au minimum un jour après le
début de la maladie. Ensuite, ils persistent très longtemps.
Néanmoins ce test est précieux pour adapter l’antibiothérapie. En effet, il permet d’exclure l’usage de
béta-lactamines, car les Legionella présentent une résistance naturelle à ce antibiotiques.

Apports de la biologie moléculaire au diagnostic des infections respiratoires

Les méthodes utilisant la PCR présentent deux avantages :

 elles permettent d’identifier des agents pathogènes difficiles à cultiver ;

 elles ne dépendent pas de la viabilité des agents pathogènes et sont donc particulièrement
intéressantes chez les sujets sous antibiotiques.

Ces méthodes sont ainsi utiles pour la recherche de :

 Legionella pneumophila : aussi sensibles que la culture

  Mycoplasma pneumoniae : elles seraient plus sensibles que les autres méthodes mais
manqueraient de spécificité. Elles présentent cependant l’avantage de pouvoir être pratiquées sur
un écouvillonnage pharyngé.
 Chlamydophila pneumoniae mais il est actuellement difficile de connaître leur sensibilité.

Cependant ces méthodes présentent des limites pour les germes dont la signification pathologique passe
par une évaluation quantitative, comme Streptococcus pneumoniae, elles sont dans l’impossibilité de
distinguer colonisation et infection.

Notons également que les méthodes utilisant la PCR sont utilisées pour le diagnostic des infections virales.

Prélèvement des sécrétions bronchopulmonaires

Le choix de la méthode de prélèvement des sécrétions bronchopulmonaires est capital. Elle doit permettre
de limiter au maximum des contaminations par des germes présents au niveau des voies aériennes
supérieures et recueillir des sécrétions provenant bien du foyer infectieux.

Les caractéristiques des principaux types de prélèvement sont présentées tableau 4.

Expectoration (crachat) : ECBC

L’ECBC signifie examen cytobactériologique du crachat.

Comme cette technique de prélèvement est très pratique, on continue à l’utiliser. Mais beaucoup la
critique. En effet, les flores commensales des voies aériennes supérieures contaminent le prélèvement. Ses
partisans la recommandent à condition de prendre certaines précautions au moment du recueil.

Les précautions pour son recueil sont les suivantes :

 recueil dans un récipient stérile ;

  de préférence le matin à jeun ;
 après un rinçage bucco-dentaire à l’eau
 lors d’un effort de toux, aidé si besoin d’une kinésithérapie.

L’idéal est de le pratiquer avant toute antibiothérapie.

Avant la mise en culture, il faut s’assurer, grâce à un examen microscopique, que les flores commensales
des voies aériennes supérieurs n’ont pas trop souillé le prélèvement (les cellules épithéliales
oropharyngées sont les témoins de cette contamination).

Aspiration bronchique et l’aspiration endotrachéale (AET)

Leur objectif est de désencombrer les patients des sécrétions bronchiques afin de faciliter leur ventilation.
On les pratique à l’aveugle (sans fibroscope) sauf pour certaines aspirations bronchiques réalisées à
l’occasion d’une fibroscopie.
L’aspiration endotrachéale concerne seulement les sujets intubés, le recueil des sécrétions se faisant par la
sonde d’intubation.
Pour ces deux modalités de prélèvements, le risque de contamination par la flore des voies aériennes
supérieures est important.

Brossage bronchique protégé (BBP)

La référence demeure le dispositif de Wimberley (Fig.7) constitué d’une brosse en polyamide fixée à
l’extrémité d’un guide métallique. Brosse et guide coulissent à l’intérieur d’un premier cathéter, lui même
placé à l’intérieur d’un second cathéter, obturé par un bouchon de polyéthylène glycol. On glisse cette
brosse télescopique au travers d’un fibroscope et on la dirige sous contrôle visuel dans une petite bronche
de 4ème ordre drainant le territoire pulmonaire radiologiquement suspect. On pousse alors le cathéter
interne. Il expulse le bouchon et permet d’avancer la brosse de quelques centimètres afin de réaliser le
prélèvement bactériologique protégé.

Ensuite, on effectue les manœuvres inverses. Une fois le dispositif retiré de l’arbre bronchique, on
désinfecte la partie externe du cathéter interne par de l’éthanol à 90%. Puis on fait sortir la brosse interne
et on la coupe avec des ciseaux stériles pour qu’elle tombe dans 1 mL d’eau physiologique tamponnée
stérile. Aussitôt, on agite l’ensemble (agitation mécanique de type vortex ®) pendant 2 min environ. Le
prélèvement est apporté sans délai au laboratoire.

Il faut d’emblée remarquer que l’échantillon prélevé ne représente qu’une faible quantité de sécrétions
respiratoires (0,8 à 1 µL) diluée dans 1 mL d’eau physiologique.

Après avoir prélevé la quantité nécessaire pour la culture, on réalise une coloration de Gram sur le culot de
centrifugation ou après cytocentrifugation.
 Figure 7 : Dispositif de Wimberley

Aspiration bronchique distale protégée

Cette méthode s’appelle également, méthode du « cathéter distal protégé » ou « prélèvement distal
protégé ».
L’introduction d’un double cathéter protégé par la sonde d’intubation se fait à l’aveugle. Si le patient n’est
pas intubé, le prélèvement peut être guidé par un fibroscope.
Après avoir retiré le dispositif, le préleveur essuie le cathéter externe avec une compresse stérile imbibée
d’alcool. Ensuite il fait ressortir de quelques centimètres le cathéter interne et le coupe avec des ciseaux
stériles. Enfin il fait passer dans la lumière du cathéter 1 mL de sérum physiologique qu’il recueille dans un
tube. Pour terminer, il sectionne le cathéter et place son extrémité distale dans le tube de recueil. Il agite
ensuite le tube pendant 2 minutes.

Lavage bronchoalvéolaire (LBA)

Ce prélèvement, réalisé sous fibroscope, consiste à injecter une solution (50 à 250 mL) de liquide
physiologique stérile à 37°C dans une bronche de 3° ou de 4° génération. On aspire ensuite une fraction de
20 à 60% du liquide injecté. Le LBA permet de récupérer les germes présents dans les bronchioles distales
et les alvéoles pulmonaires.

Ainsi, l’avantage du LBA est d’explorer un plus vaste territoire pulmonaire alvéolaire avec le recueil d’une
plus grande quantité de sécrétions. Cette méthode de prélèvement est particulièrement utile pour le
diagnostic des pneumopathies observées chez les immunodéprimés et permet de rechercher des bactéries
(Nocardia spp., Legionella spp., mycobactéries, Mycoplasma. pneumoniae, Actinomyces spp.) mais
également des virus (Cytomegalovirus, Herpès), des champignons (Aspergillus spp., Cryptococcus spp.,
Candida spp., Pneumocystis jirovecii).

Le LBA n’est pas un prélèvement protégé. La flore des voies aériennes supérieures le contamine
légèrement. L’observation de rares cellules épithéliales pharyngées témoignera de cette légère
contamination.

Mini LBA

On le réalise à l’aide d’un double cathéter stérile et obturé par un bouchon de polyéthylène glycol. Il est
positionné à l’aveugle. 20 mL de sérum physiologique sont introduits puis ré-aspirés.
 Tableau 4 : Caractéristiques des principaux types de prélèvements

Prélèvement Protégé Fibroscopie Avantages Inconvénients

Possible mais non Simple à obtenir et

Expectoration NON Forte contamination
indispensable non invasif

Aspiration bronchique NON NON Simple à obtenir Contamination

Contamination
Prélèvement possible
Aspiration endotrachéale NON NON Simple à obtenir
seulement si le patient
est intubé

Explore une grande

Mal toléré par les
Lavage bronchoalvéolaire NON OUI partie du territoire
patients
pulmonaire

Faible volume de
Brossage bronchique Prélèvement guidé sur
OUI OUI prélèvement
protégé un site précis
Coût élevé

Faible volume de
prélèvement
Bonne qualité même
Aspiration bronchique Possible mais non Pas de visualisation du
OUI sans fibroscopie
distale protégée indispensable site prélevé (en
Faible coût
l’absence de
fibroscopie)

Faible volume de
Volume de
prélèvement
prélèvement supérieur
Possible mais non Pas de visualisation du
Mini LBA OUI à celui de l’aspiration
indispensable site prélevé (en
bronchique distale
l’absence de
protégée
fibroscopie)

Analyse microbiologique des sécrétions bronchopulmonaires

PLAN

Examen macroscopique
Examens microscopiques
 Examens microscopiques des expectorations, aspirations bronchiques et endotrachéales
 Objectifs des examens microscopiques
 Éléments observés
 Évaluation de la qualité du prélèvement
 Description de la flore bactérienne
 Examens microscopiques des lavages bronchoalvéolaires
 Examens microscopiques des prélèvements protégés
 Culture et dénombrement
 Traitement des prélèvements

 Fluidification des expectorations, aspirations bronchiques et aspirations endo-
trachéales
 Traitement des sécrétions de la brosse des BBP  ou du cathéter distal protégé
 Protocoles pour une estimation quantitative de la concentration bactérienne
 Choix des milieux et mise en culture
 Interprétation
 Recherche adaptée à certains microorganismes
 Legionella  spp.
 Mycoplasma pneumoniae
 Chlamydophila psittaci et Chlamydophila pneumoniae
 Mycobactéries
 Nocardia
 Bordetella pertussis
 Pneumocystis jirovecii
 virus
 Aspergillus

Examen macroscopique

Notons que cet examen macroscopique concerne seulement les expectorations, les aspirations
bronchiques et les aspirations endotrachéales.

On décrira si l’aspect est :

 muqueux : donnant un aspect en gelée avec de rares parcelles purulentes ;

 mucopurulent : muqueux avec des parcelles de pus plus nombreuses ;
 salivaire ;
 fluide et purulent ;
 visqueux et adhérent.

Préciser aussi la couleur éventuellement : rouille, verdâtre, hémoptoïque (sang). Certaines caractéristiques
permettent d’orienter le diagnostic. Ainsi, la présence de grains jaunes est caractéristique d’une
actinomycose. De même, la perception (attention : ne pas sentir volontairement) d’une odeur fétide
témoigne de la présence d’anaérobies.

fluide et purulent salivaire

 visqueu
x et adhérent muqueux

Fig.9 : Différents aspects macroscopiques de crachat

© Pascal Fraperie

Le crachat lors de pneumonie lobaire aiguë est, par exemple, fréquemment transparent, peu aéré,
visqueux, très adhérent au récipient, de couleur rouille ou gelée de coing.

Examens microscopiques
Examens microscopiques des expectorations, aspirations bronchiques et endotrachéales

Objectifs des examens microscopiques

L’examen microscopique présente deux objectifs :

 évaluer la qualité du prélèvement en s’assurant d’une part qu’il n’a pas été trop contaminé lors du
passage par les voies aérienne supérieures et d’autre part qu’il provient bien d’un foyer infectieux
(présence de granulocytes neutrophiles).
 observer la flore bactérienne de l’expectoration afin d’orienter rapidement le diagnostic et choisir
les méthodes pour le confirmer.

Éléments observés

Tout d’abord, c’est dans les parcelles purulentes que la probabilité de trouver l’agent infectieux est la plus
grande. Il s’agit donc de prélever une parcelle purulente, de l’écraser entre 2 lames et de l’étaler sur 3
lames pour coloration au MGG, Gram et Ziehl-Neelsen.

 Le fond de la préparation se compose d’un mucus hyalin, bleu (au bleu de méthylène), réparti assez
uniformément bien que formant des zones plus épaisses par endroits. Quelquefois (cas de la
pneumonie), on pourra observer des formations d’un bleu plus foncé en forme de goutte. Il s’agit
d’un exsudat séroalbumineux.
 Un réseau de fibrine plus ou moins dense, plus ou moins bien limité, parfois filamenteux, peut
englober les granulocytes (pneumonie). Notons enfin que le mucus hyalin prédomine dans les
crachats adhérents (pneumonie, au début dans la bronchite aiguë, congestion pulmonaire).
 La réaction inflammatoire se traduira par la présence  de nombreux granulocytes neutrophiles.
 Des cellules d’origine variée peuvent être présentes : cellules épithéliales pharyngées, cellules
bronchiques, macrophages alvéolaires.
 Les germes responsables de l’infection auxquels s’ajoutent des bactéries commensales des voies
aériennes supérieures.
 Cellules de l’épithélium pharyngé

Grandes cellules pavimenteuses, à petit noyau central, cytoplasme très abondant (Fig.10 et 11) = témoins
de contamination salivaire.

Fig 10 : Cellules épithéliales pharyngées

© Canopé, 2013

Fig 11 : Cellule épithéliale pharyngée GRAM X1000

© Pascal Fraperie

Cellules de l’épithélium bronchique

Le schéma d’une coupe transversale de bronche permet de localiser les cellules de l’épithélium
bronchique. (Fig. 4 de la  page mécanismes de défense).

On les retrouve, en fait, plus ou moins tuméfiées dans les crachats. En voici quelques aspects assez
classiques (Fig. 12 et 13) :

1 — cellule bronchique peu déformée. Le noyau commence cependant à se tuméfier ;

2 — cellule bronchique dont le noyau, en dégénérescence réticulée plus avancée, s’est retiré sous
l’influence de l’étalement ;
3 — aspect réticulé isolé : trace d’un noyau d’une cellule bronchique dont le cytoplasme à disparu ;
4 — cellule bronchique presque intacte en volume, mais dont le cytoplasme commence à s’altérer et le
noyau à se tuméfier.
 Fig 12 : Cellules de l’épithélium bronchique
© Canopé, 2013

Fig 13 : Cellules de l’épithélium bronchique

Cellules d’origine pulmonaire

On retrouve deux types de cellules d’origine pulmonaire dans les expectorations : les cellules alvéolaires et
les macrophages

Cellules alvéolaires (Fig. 14)

Elles correspondent aux pneumocytes II (Fig. 5 de la  page mécanismes de défense). Leur aspect est
variable selon leur degré de maturité.
 Fig 14 : Cellules alvéolaires
© Canopé, 2013

Macrophages (Fig. 15 et 16)

cellules à noyau excentrique et cytoplasme clair. Certaines sont chargées de grains d’hémosidérine et sont
appelées « cellules poussière ».

Fig 15 : Macrophages alvéolaires

© Canopé, 2013

Fig 16 : Macrophages alvéolaires

© Pascal Fraperie

Évaluation de la qualité du prélèvement

On apprécie :

 d’abord, le degré de contamination par la salive (présence de cellules épithéliales pharyngées)

  puis l’intensité de la réaction inflammatoire (présence de granulocytes neutrophiles). En effet, en
présence de nombreux leucocytes, on présume que le prélèvement provient bien d’un foyer
infectieux.

Pour cela, au grossissement 100 (objectif 10), on dénombre les cellules épithéliales pharyngées et les
granulocytes neutrophiles par champ en faisant une moyenne sur 10 champs. C’est la méthode de Murray
et Washington.

Les résultats permettent de distinguer 5 classes de crachats. Notons que pour certaines combinaisons de
résultats, il n’a pas été donné de classe.

Tableau 4

Exemples

Fig 17 : Crachat de classe 1 (MGG au grossissement Fig 18 : Crachat de classe 5 (MGG au

X400) grossissement X400)
© Pascal Fraperie © Pascal Fraperie
 Description de la flore bactérienne

Pour commencer, la flore bactérienne observée au Gram au grossissement x 1000 (objectif x 100) doit être
décrite avec précision. Il est en particulier important de noter la prédominance d’un type bactérien car il
est très probablement responsable de l’infection. Ensuite le résultat de cet examen doit être confronté à
celui des cultures.

Examens microscopiques des lavages bronchoalvéolaires

Avec un LBA, les éléments nucléés et les hématies sont dénombrés en hématimètre (Kowaslide,
Malassez..). En absence de pathologie, on dénombre entre 105 et 2.105 éléments/mL.
Ensuite, les autres examens microscopiques sont réalisés sur des frottis obtenus par cytocentrifugation.

Étant donné que ce type de prélèvement est adapté au diagnostic des pneumonies atypiques et de
l’immunodéprimé, de nombreux types de microorganismes peuvent être recherchés. Ainsi les colorations à
mettre en œuvre sont très variées :

 une coloration au MGG pour réaliser une formule leucocytaire (chez le sujet normal 85-90% de
macrophages, 5-10% de lymphocytes et moins de 1% de granulocytes neutrophiles).
 une coloration de Gram pour observer la flore et en particulier la présence de bactéries à l’intérieur
des polynucléaires neutrophiles (pour certains plus de 5% de granulocytes contenant des bactéries
est un signe de pneumonie).
 la coloration de Ziehl-Neelsen pour la recherche des mycobactéries
 de l’immunofluorescence direct pour la recherche de Legionella ou de Pneumocystis jirovecii
 une coloration de Musto ou de Gomori-Grocott pour la mise en évidence de kystes de Pneumocystis
jirovecii.

Examens microscopiques des prélèvements protégés

Dans ce cas, les frottis sont réalisés par cytocentrifugation. Notons que seules les colorations de MGG et de
Gram sont conseillées pour ces échantillons. Ensuite les modalités de lecture sont identiques à celles
du LBA.

Culture et dénombrement

Comme nous l’avons vu précédemment, le dénombrement des germes est indispensable pour distinguer
une infection d’une légère colonisation ou d’une contamination du prélèvement par la salive. Les
prélèvements seront traités de façon à ce que ce dénombrement soit possible.

Traitement des prélèvements

Fluidification des expectorations, aspirations bronchiques et aspirations endo-trachéales

Effectivement, la fluidification (ou homogénéisation) des expectorations, aspirations bronchiques et

aspirations endo-trachéales est nécessaire pour obtenir un produit fluide sur lequel il est possible de faire
des dilutions. Elle permet également de libérer les germes emprisonnés dans la masse de mucus.
La N-acétylcystéine, contenue dans les fluidifiants, rompt les ponts disulfures de la protéine formant le
mucus, la mucine.
 Il existe de nombreux protocoles pour réaliser cette
fluidification, par exemple :

 ajouter au prélèvement une solution à 5 % de N

acétylcystéine de façon à le diluer au 1/10
 ou mélanger volume à volume le prélèvement et
une solution commercialisée par Eurobio, le Digest-
EUR®

Ces mélanges se font dans un tube à vis stérile.

Vortexer et laisser agir 15 minutes (en vortexant de temps
en temps).

ATTENTION : l’ouverture du tube se fera obligatoirement Fig 19 : Fluidification d’un produit

sous un PSM  = risques majeurs de génération d’aérosols d’expectoration
infectieux
© Pascal Fraperie

Traitement des sécrétions de la brosse des BBP  ou du cathéter distal protégé

Les sécrétions seront décollées après agitation au vortex.

Protocoles pour une estimation quantitative de la concentration bactérienne

On choisit le taux de dilution du prélèvement et le volume déposé sur les milieux de culture en fonction du
seuil de pathogénicité. L’objectif étant d’obtenir environ 100 UFC (Unité Formant Colonie) par boite quand
la concentration en germe correspond au seuil de pathogénicité.

Par exemple, pour un crachat ou une aspiration bronchique, le seuil de pathogénicité étant de
107 UFC/mL, on peut :

 réaliser un isolement avec une anse calibrée de 10 µL à partir d’une dilution finale 10 -3 du crachat
(homogénéisation + dilution)
 ou bien étaler 100 µL avec un râteau d’une dilution finale 10 -4 du crachat (homogénéisation +
dilution)

Tableau 5 : Protocoles pour un dénombrement des germes selon le type de prélèvement

 * notons que si l’examen microscopique montre la présence de nombreux germes, une série de milieux
supplémentaires sera ensemencée avec une suspension 100 fois plus diluée.

Choix des milieux et mise en culture

La liste des milieux ensemencés est généralement déterminée à l’avance et dépend des germes recherchés
et donc des contextes cliniques (Cf Tableau 6).

Tableau 6 : Milieux et conditions de culture

Enfin des milieux supplémentaires sont ensemencés dans le cas de recherches particulières (recherches
adaptées à certains microorganismes)
 Interprétation

De nombreux microorganismes responsables d’infections bronchopulmonaires proviennent des flores

commensales des voies aériennes supérieures et peuvent coloniser les voies aériennes inférieures sans
pour autant provoquer une infection. Pour cette raison, il est nécessaire de distinguer une colonisation
d’une infection. C’est pourquoi il faut connaitre la concentration des différents germes dans le
prélèvement. En effet, on considère qu’un germe est responsable d’une infection bronchopulmonaire si sa
concentration dans le prélèvement dépasse un certain seuil. Notons que les seuils retenus dépendent du
mode de recueil des sécrétions.

L’interprétation des résultats doit également prendre en compte l’ensemble des résultats biologiques et
des renseignements cliniques.
Les seuils définissant la pathogénicité peuvent par exemple être abaissés dans les cas suivants :

 observation d’une flore monomorphe pathogène à l’examen direct

 antibiothérapie administrée avant de réaliser le prélèvement
 malade immunodéprimé ou mucoviscidosique

Tableau 7 : Seuils définissant la pathogénicité selon les modalités du prélèvement

Modalités de prélèvement Seuil définissant la pathogénicité

Expectoration 107 UFC/mL 1 et 2

Aspiration endotrachéale et bronchique 105 UFC/mL

Aspiration bronchique protégée 103 UFC/mL

Lavage bronchoalvéolaire 104 UFC/mL 3

Mini LBA 103 UFC/mL

Brossage bronchique protégé 103 UFC/mL

1
 Pour certains auteurs l’examen bactériologique d’une expectoration en routine doit être proscrit : en
effet, ses résultats sont aléatoires en raison de la contamination salivaire.
2
 Pour un prélèvement de bonne qualité, on peut se poser la question de la conduite à tenir face à la
présence de bactéries commensales d’origine oropharyngée (supérieure ou égale à 10 7 UFC par mL :
streptocoques non hémolytiques, corynébactéries, par exemple). La confrontation bioclinique est là
indispensable pour la suite à donner à l’examen.
3
 Pour les bactéries des genres Nocardia, Legionella, Mycobacterium, Actinomyces, leur présence dans un
LBA à des concentrations inférieures à 104 UFC/mL sera prise en compte.

Recherche adaptée à certains microorganismes

 Recherche de Legionella spp.

Les Legionella sont des bacilles à Gram négatif, droits, souvent fusiformes, intra ou extra cellulaires, de 4
µm de long pour 0,5 à 0,7 µm de large ; on peut observer des formes filamenteuses.
L’examen microscopique apporte rarement des éléments décisifs.

La recherche d’antigènes urinaires

Elle est primordiale car elle permet un diagnostic précoce et rapide des cas de Legionella
pneumophila sérogroupe 1, ce sérotype représentant plus de 90 % des légionelloses. Devant toute
recherche d’antigène urinaire positive et en présence d’une pneumonie, la légionellose est confirmée.

L’isolement d’une souche par culture puis son identification reste indispensable pour l’enquête
épidémiologique.

Les souches sont envoyées au CNR des Legionella pour confirmation de l’identification et leur typage.

Le prélèvement le mieux adapté et donnant le plus fort taux de positivité est le lavage broncho-alvéolaire.
Si l’état clinique du patient ne permet pas ce prélèvement, il est cependant possible d’isoler des légionelles
à partir d’expectorations ainsi que de tout autre type de prélèvements pulmonaires (aspirations trachéales,
biopsies pulmonaires, liquide pleural…).

Les Legionella sont des bactéries très exigeantes qui ont besoin pour leur croissance de milieux contenant
du fer et de la cystéine. Le milieu de choix est la gélose BCYE (Buffered Charcal Yeast Extract). Mais cette
gélose non sélective ne convient pas à la recherche des Legionella dans les prélèvements plurimicrobiens,
comme les sécrétions bronchopulmonaires. Il faut alors ensemencer une gélose sélective, appelée GVPC,
qui correspond à une gélose BCYE dans laquelle ont été ajouté de la glycine, de la vancomycine, de la
polymyxine B et du cycloheximide.

Tableau 8 : Composition de la gélose BCYE

Les milieux doivent être placés dans une atmosphère ordinaire (attention : la culture est inhibée en
présence de 5 % de CO2).
 L’incubation est faite à 35°C ±1°C sous atmosphère ordinaire
pendant 10 jours avec une lecture à J3, J5 et J10.
L’aspect des colonies est caractéristique, « en verre fritté », à la
loupe binoculaire.

Les colonies suspectes sont repiquées :

 sur milieu BCYE sans cystéine ou sur gélose au sang

 sur milieu BCYE (témoin de croissance)

Les Legionella ne cultivent pas sur milieu BCYE sans cystéine, ni sur

la gélose au sang
Fig 19 : Colonies de Legionella
pneumophila sur BCYE cystéiné
(suivre flèches)
CC by CDC-PHIL, via Wikimedia
Commons

D’autres méthodes peuvent compléter le diagnostic par recherche d’antigènes urinaires et par culture

 la PCR sur les LBA présente une bonne sensibilité (probablement meilleure que la culture) et une
grande spécificité.
 l’immunofluorescence directe sur le culot.
 la sérologie : en France, l’immunoflurescence indirecte est la méthode de référence. Mais le délai
élevé pour obtenir les résultats et l’existence de faux positifs font de la sérologie un outil peu
performant pour le diagnostic, elle présente cependant un intérêt épidémiologique.

Tableau 9 : Comparaison des méthodes de diagnostic des legionelloses

Tiré de l’article de David R Murdoch : « Diagnosis of Legionella infection », Clin Infect Dis, 2003 ; 36(1) : 64-
69
 Recherche de Mycoplasma pneumoniae

Les mycoplasmes sont des bactéries de très petite taille et ne prenant pas la coloration de Gram.

La culture de Mycoplasma pneumoniae et la détection rapide des antigènes ne sont pas utilisées pour le
diagnostic.

La culture est trop longue et délicate, la détection des antigènes peu sensible et peu spécifique.

Le diagnostic est plus souvent réalisé par la PCR et la sérologie.

Les prélèvements recommandés sont le brossage bronchique protégé ou le lavage bronchoalvéolaire. Etant
donné le caractère diffus de l’infection, il est possible aussi de les rechercher dans un prélèvement de
gorge ou une aspiration nasopharyngée, l’écouvillon utilisé doit être aussitôt placé dans un milieu de
transport (milieu 2 SP).

Des protocoles de PCR en temps réel amplifient par exemple une séquence du gène de l’adhésine P1
(facteur de pathogénicité essentiel, présent seulement chez cette espèce)

En sérologie

Les techniques ELISA sont les plus pratiquées en raison de leur meilleure sensibilité et spécificité. Elles
permettent de titrer séparément les IgM, IgG et IgA dirigés contre des antigènes de Mycoplasma
pneumoniae.

Mycoplasma pneumoniae n’appartient pas à la flore commensale mais en période épidémique de

nombreux sujets peuvent être colonisés sans développer pour autant une infection. Alors que les
méthodes de culture ou d’amplification génique ne permettent pas de distinguer un état de colonisation
d’un état d’infection, la sérologie est contributive. En effet les anticorps anti-Mycoplasma pneumoniae sont
secrétés seulement lors d’une infection.

Une infection récente se traduit par la présence d’Ig M chez l’enfant et l’adolescent et d’IgA chez l’adulte
(comme chez l’adulte il s’agit dans la plupart des cas de réinfection, il est rare de retrouver des IgM)

Si le diagnostic est tardif, il s’agit alors de comparer les titres en IgG sur deux sérums prélevés à 15 jours
d’écart minimum (comparaison très recommandée car des Ig G peuvent persister longtemps chez un
individu ayant déjà développé une infection à Mycoplasma pneumoniae).

Recherche de Chlamydophila psittaci et Chlamydophila pneumoniae

Ces bactéries ne sont pas observables après une coloration de Gram.

Le diagnostic des infections respiratoires à ces deux espèces est encore problématique. Il est recommandé
d’associer la sérologie à la mise en évidence de la bactérie par PCR.

Comme pour Mycoplasma pneumoniae, le diagnostic sérologique des infections à Chlamydophila

pneumoniae est d’interprétation difficile et repose sur l’ascension du titre des IgG spécifiques sur 2 sérums
à 3 semaines d’intervalle minimum accompagnées ou non d’IgM, en cas de primo-infection.

Recherche des Mycobactéries

La recherche des mycobactéries est traitée dans diagnostic des infections à mycobactéries

 Recherche de Nocardia

Elle s’effectue principalement sur les LBA.

Examen direct

Il est capital pour orienter l’identification. Le diagnostic présomptif de nocardiose repose sur l’observation
de bacilles à Gram positif filamenteux et quelquefois ramifiés, de coloration irrégulière (Fig.20).
Ils présentent une légère acido-alcoolo-résistance, suffisante pour apparaître roses sur fond bleu à
la coloration de Kinyoun modifiée. On note qu’ils résistent également à la décontamination visant à
sélectionner les mycobactéries.

Fig 20 : Gram d’un produit d’expectoration

présentant des Nocardia
© Jean-Luc Gestin

Culture

De nombreux milieux conviennent à la culture des Nocardia : BCP, Columbia au sang de mouton, gélose

chocolat enrichie, gélose Sabouraud, BCYE, Loewenstein Jensen.

Pour faciliter leur isolement dans un prélèvement polymicrobien, la gélose BCYE sélective est intéressante.
Notons que le temps de croissance dépend de l’espèce et du milieu de culture utilisé. Ainsi il peut varier de
2 à 15 jours.

La morphologie et la couleur des colonies varient d’une espèce à une autre cependant un grand nombre
d’espèces se caractérisent par une incrustation des colonies dans la gélose et par une odeur de terreau. La
présence fréquente d’hyphes aériens se traduit par une coloration blanche, des colonies apparaissant de
loin comme « saupoudrées de sucre » (Fig.21).

Identification

Les caractères phénotypiques ne suffisent pas pour identifier le genre, notons cependant que
les Nocardia sont catalase +, nitrate réductase + et ONPG +.

Actuellement il est possible d’identifier le genre Nocardia par PCR-RFLP. C’est une méthode au cours de
laquelle est amplifiée une région de 600 pb du gène de l’ARN16S suivie d’une digestion enzymatique avec
 les enzymes de restriction Mnl1 et Sac1 (les Nocardia présentent un site de restriction pour
l’enzyme Mnl1 et aucun site pour l’enzyme Sac1).

Fig 21 : Culture de Nocardia cyriacigeorgica sur gélose au sang

© Pascal Fraperie

L’identification des espèces est confiée à des laboratoires spécialisés. Les méthodes d’identification
actuellement les plus performantes font appel au séquençage partiel des gènes hsp65, rpoB et sod et du
gène codant pour l’ARN 16S. Des outils bio-informatiques permettent de comparer les séquences obtenues
à celles présentes dans des banques génomiques.

L’Université de Lyon 1 qui est aussi l’observatoire français des nocardioses a développé la banque
génomique BIBI (bioinformatic bacterial identification), disponible sur internet https://umr5558-
bibiserv.univ-lyon1.fr/lebibi/lebibi.cgi

Recherche de Bordetella pertussis

Bordetella pertussis est l’agent de la coqueluche, une infection aiguë des voies respiratoires basses
caractérisée par des quintes de toux spasmodiques.
Le diagnostic bactériologique de la coqueluche se fait sur un prélèvement rhinopharyngé.

Recherche de Pneumocystis jirovecii

Pneumocystis jirovecii est un champignon responsable d’infection pulmonaire très grave, survenant chez
des sujets immunodéprimés, en particulier les malades du SIDA.
Le diagnostic repose sur l’examen microscopique d’un LBA après cytocentrifugation. La coloration de MGG
permet de révéler les formes végétatives alors que les colorations de Gomori-Grocott ou Musto mettent en
évidence les kystes.
Les formes végétatives sont des éléments arrondis ou ovalaires de 1,5 à 3,5 µm contenant un noyau violet.

La morphologie des kystes évolue au cours de leur maturation : les jeunes kystes font de 3 à 6µm et
possèdent un noyau, les plus âgés font 7 à 8µm et présentent jusqu’à 8 noyaux. Les kystes sont souvent
disposés en amas et présentent un aspect de « grains de raisin vidés ».
 Fig 22. Kyste de Pneumocysitis jirovecii
© Marc Pihet – CHU d’Angers

Recherche des virus

Le diagnostic des infections virales respiratoires se réalise à partir d’aspiration nasopharyngée ou

d’écouvillonnage des fosses nasales.

Auparavant, il n’existait aucune technique de diagnostic rapide puisque seules la culture virale et la
sérologie étaient employées. Désormais il est possible de mettre en évidence dans les échantillons
respiratoires soit un antigène viral par des techniques immunologiques soit un fragment du génome viral
par PCR.

Exemples :

 recherche d’antigène viral : Virus respiratoire syncitial (VRS) par méthode immunoenzymatique,
Virus de la grippe influenza A et B par méthode immunochromatographique
 ou recherche de génome viral : l’avenir est aux méthodes PCR multiplex capables de rechercher
simultanément la présence de différents.

Recherche des Aspergillus

Examen microscopique

Dans le cas d’une aspergillose, on observe, à l’examen microscopique, des filaments mycéliens septés, de
taille régulière, ramifiés et des conidies arrondies. Comme les têtes aspergillaires sont rarement observées
 et que d’autres moisissures forment des filaments semblables aux Aspergillus, il faut attendre le résultat
des cultures pour s’assurer du diagnostic. Il est tout de même recommandé de prévenir immédiatement le
clinicien, afin de débuter un traitement antifongique, le pronostic étant très défavorable chez les
immunodéprimés.

Culture

Les Aspergillus cultivent sur gélose Sabouraud + chloramphénicol ± gentamicine (mais ce milieu ne doit

surtout pas contenir d’actidione, cette dernière inhibant leur culture). On incube la gélose à 37°C.

L’identification de l’espèce repose sur les examens macroscopique et microscopique de la culture. L’espèce
la plus fréquemment isolée est Aspergillus fumigatus (Fig. 22 et 23).

Fig 23 : Aspect de la culture

recto/verso sur milieu
Sabouraud d’Aspergillus fumigatus
© Pascal Fraperie

Fig 24 : Tête aspergillaire

d’Aspergillus fumigatus
© Pascal Fraperie

L’isolement d’un Aspergillus ne permet pas de conclure systématiquement à une aspergillose car ce sont
des saprophytes fréquents.

Interprétation

Le rôle pathogène d’un Aspergillus isolé dans un prélèvement est d’autant plus probable que :

 l’examen direct est positif,

 la culture est abondante et rapide dans les tubes placés à 37°C,
 le prélèvement a été le plus protégé possible : LBA, aspiration endotrachéale.
 Le prélèvement sera, autant que possible, renouvelé.

Autres tests

Il existe également des tests détectant dans le sérum ou le LBA, un antigène polyosidique de l’organe de
fructification d’Aspergillus : le galactomannane. Ces tests, effectués deux fois par semaine, sont
particulièrement utiles pour le suivi des patients aplasiques.

Le cas du patient mucoviscidosique

Le pronostic de la mucoviscidose dépend de l’ampleur des lésions bronchiques et parenchymateuses liées

aux infections bactériennes. C’est pourquoi une surveillance bactériologique des colonisations
bactériennes est essentielle. Elle exige de respecter des recommandations concernant la qualification des
prélèvements, le seuil de dénombrement des différentes espèces, les milieux de culture et
l’antibiogramme. (recommandations pour la prise en charge des patients atteints de mucoviscidose –
conférence de consensus des 18 et 19 novembre 2002).

Modalités de prélèvement

Différents prélèvements bactériologiques sont disponibles :

 On recommande le recueil d’expectoration spontanée ou provoquée.

 En l’absence d’expectoration, on peut éventuellement réaliser :
 un écouvillonnage pharyngé, seul examen validé par comparaison au LBA ;
 l’aspiration nasopharyngée, fréquemment utilisée et bien tolérée chez le nourrisson mais pas
encore évaluée.

En revanche, le lavage bronchoalvéolaire (LBA) est trop invasif pour être utilisé. Il est cependant l’examen
de référence auquel on compare les autres techniques

Examens microscopiques

L’observation d’un frottis de l’expectoration ou de l’aspiration nasopharyngée permet de s’assurer de la

qualité du prélèvement en calculant le score de Murray et Washington (comparaison du nombre de
granulocytes neutrophiles et du nombre de cellules épithéliales pharyngées).

Dans le cas de patient mucoviscidosique, on ensemence les milieux quel que soit le score obtenu.

Fluidification

Les expectorations et aspirations nasopharyngées sont fluidifiées en les mélangeant volume à volume avec
un agent mucolytique.
 Dénombrement des germes

Les seuils au-delà desquels un antibiogramme doit être effectué sont bien plus bas que chez les sujets non
mucoviscidosiques. Ils dépendent en partie des espèces isolées (Tableau 10).

Dans le REMIC 2015, il est préconisé d’ensemencer certains milieux d’isolement avec 10 µL de fluidifiat et
d’autres avec une dilution au 1/1000 du fluidifiat. Le choix des milieux dépend bien sur des germes
recherchés.

Le schéma présente les différentes étapes de l’analyse ainsi que les milieux choisis et la justification de
leur choix.

On peut aussi choisir d’ensemencer les milieux avec 100 µL d’inoculum en utilisant les dilutions 10 -1  et 10-
4 
du fluidifiat.

Calcul du seuil de détection

Si on prend le cas d’un germe qui forme une colonie après que le milieu ait été ensemencé avec 10 µL de
fluidifiat alors sa concentration dans le crachat est la suivante :

avec :   volume déposé sur la boite = 10 µL soit 10-2 mL

dilution = 1/2 car le crachat est dilué au ½ lors de la fluidification.

Le seuil de détection est identique si on a choisi de déposer 100 µL de la dilution 10 -1 du crachat.

Dans la littérature, il est écrit que pour certains germes, il est nécessaire de faire un antibiogramme lorsque
leur concentration dépasse 2 .102 UFC/mL. En fait ce seuil est franchi dès qu’il apparait une colonie de ce
germe sur une gélose ensemencée avec 10 µL de fluidifiat.

De la même façon la concentration de 2.105 UFC/mL est dépassée chaque fois qu’une colonie est obtenue
sur une gélose ensemencée avec 10 µL de la dilution 10-3 du fluidifiat.

Interprétation des cultures selon les espèces pathogènes détectées

Staphylococcus aureus

S’il apparait pour la première fois, on réalise un antibiogramme et ce quelle que soit sa concentration.

Ensuite on refera un antibiogramme si lors des exacerbations sa concentration est supérieure ou égale à
2.105 UFC/mL.

Il existe des S. aureus « variants à petites colonies » apparaissant généralement après 48 à 72 heures
d’incubation. Ces variants sont à localisation intracellulaire et responsables en partie du caractère pérenne
de S. aureus au sein des voies aériennes bronchiques. Ces souches doivent être signalées au clinicien car la
 présence de variants à petites colonies nécessite un traitement particulier à base de rifampicine
(antibiotique présentant une bonne pénétration cellulaire) associée à de l’acide fusidique.

Pseudomonas aeruginosa

L’aspect macroscopique des colonies est souvent atypique.

Systématiquement et ce quelle que soit sa concentration, il est nécessaire de réaliser un antibiogramme.

Plusieurs morphotypes peuvent être présents simultanément et lors de la primocolonisation, il faut faire
un antibiogramme pour chacun d’eux.
Lors des exacerbations suivantes, il est permis de faire un antibiogramme en préparant un inoculum
mélangeant les différents morphotypes.

La fonction respiratoire se dégrade rapidement en présence de souches mucoïdes de Pseudomonas

aeruginosa, c’est pourquoi il est nécessaire de préciser au clinicien, le caractère muqueux ou non des
souches.

Burkholderia cepacia

Par prudence, il faut s’assurer que les colonies apparues sur la gélose sélective de B. cepacia appartiennent
bien à cette espèce.
Systématiquement et ce quelle que soit sa concentration, il est nécessaire de réaliser un antibiogramme.

Autres bacilles à Gram négatif non fermentants

Ce sont les Stenotrophomonas maltophilia, Achromobacter, Ralstonia, Inquilinus et Pandoraea.

Leur présence doit toujours être signalée et un antibiogramme systématiquement réalisé.

On les considère toutefois susceptibles d’être pathogènes seulement si leur concentration dépasse
2.105 UFC/mL.

Streptococcus pneumoniae et les entérobactéries

On réalise un antibiogramme seulement si leur concentration est supérieure ou égale à 2.10 7 UFC/mL, à
savoir au moins 100 colonies sur les milieux ensemencés avec la dilution 10 -3 du fluidifiat.

Haemophilus influenzae et Moraxella catarrhalis

On se limite à rechercher la production de bêta-lactamase par un test chromogénique si leur concentration

est supérieure ou égale à 2.107 UFC/mL.
 Levures et champignons filamenteux

Aspergillus fumigatus est l’espèce la plus fréquemment isolée.

Tableau 10 :

Coqueluche

La coqueluche est une infection aiguë des voies respiratoires basses caractérisée par des quintes de toux
spasmodiques. Elle est causée par Bordetella pertussis.

Manifestations cliniques

La coqueluche est bénigne chez l’adulte et rarement diagnostiquée. Elle passe pour un rhume banal avec
toux persistante pendant plus d’une semaine.
Chez le nouveau-né et le nourrisson, la maladie peut être très grave et nécessite souvent une
hospitalisation.

La durée d’incubation est en moyenne de dix jours.

Elle se manifeste d’abord comme un rhume avec de la toux. La toux devient ensuite quinteuse. Les quintes
sont violentes, accompagnées d’une sensation d’étouffement, entraînant une congestion du visage, et elles
finissent par une reprise inspiratoire sifflante (« chant du coq »). Elles sont épuisantes et s’accompagnent
souvent de vomissements. Chez le nourrisson, elles peuvent rendre difficile, voire impossible,
l’alimentation. La période des quintes dure de deux à quatre semaines. La phase de convalescence dure
plusieurs semaines.

On constate une absence de fièvre ou bien une fièvre modérée.

La coqueluche peut être mortelle chez le nourrisson à cause de complications broncho-pulmonaires,

nutritionnelles et neurologiques. Elle est la première cause de mortalité par infection bactérienne entre
l’âge de 10 jours et 2 mois.

Le taux d’incidence annuel chez les enfants de moins de 3 mois varie selon les années entre 200 et 800. Le
taux de mortalité est de 1%.
 Physiopathologie

Le germe pénètre dans l’organisme par voie aérienne et se fixe par ses fimbriae (hémagglutinine FHA) à la
surface des épithéliums ciliés de la trachée et des bronches. Sous l’effet de la toxine pertussique, de
l’adénylatecyclase et la cytotoxine trachéale, les mouvements des cils vibratiles sont paralysés. La bactérie
peut alors se multiplier en surface, sans pénétrer dans la muqueuse et sans jamais occasionner de
bactériémie. Les produits toxiques sont cependant libérés et il s’en suit une réaction inflammatoire locale,
une perturbation du fonctionnement cellulaire (adénylate-cyclase), une hypersécrétion de mucus qui est
éliminé par la toux avec les débris tissulaires et les bactéries (contagion).

Les quintes de toux apparaissent lors de la lyse massive des bactéries. Ce sont les toxines libérées alors en
grande quantité qui sont responsables de ces quintes.

Épidémiologie

La coqueluche est hautement contagieuse. Le réservoir est strictement humain. La transmission est
aérienne et se fait au contact d’une personne malade par les sécrétions émises par la toux.

Prévention

La prévention est assurée essentiellement par la vaccination.

Elle est pratiquée à partir de l’âge de 2 mois chez les nourrissons (2 doses à un mois d’intervalle), suivi d’un
rappel à 11 mois et d’un autre à 6 ans.

Avant l’introduction de la vaccination généralisée du nourrisson, la transmission de la maladie se faisant

d’enfant à enfant. Cette vaccination bien suivie en France a permis un recul spectaculaire de la maladie
chez les enfants.
Aujourd’hui c’est une transmission d’adolescent-adulte vers le nourrisson qui est observée. Un adulte
ayant perdu son immunité protectrice (c’est à dire n’ayant pas eu de rappel de vaccination) est le plus
souvent à l’origine de la contamination du nourrisson.

Des études montrent que dans la moitié des cas de coqueluche de l’enfant de moins de 1 an, la personne
qui l’a contaminé est l’un de ses parents.

Pour prévenir la coqueluche du nourrisson, le Conseil Supérieur d’Hygiène Publique de France

recommande la vaccination à trois groupes de population :

 les adultes susceptibles de devenir parents dans les mois ou les années à venir ;
 les membres d’un foyer : père et enfants durant la grossesse, la mère le plus tôt possible après
l’accouchement ;
 les adultes en contact professionnel avec des des nourrissons trop jeunes pour avoir reçu les trois
doses de vaccin coquelucheux (personnel médical et paramédical des maternités, des services de
pédiatrie et des crèches).

En France, des vaccins acellulaires composé de plusieurs antigènes purifiés (anatoxine pertussique et
adhésines) existent sous formes combinée :

 aux vaccins diphtérique, tétanique, polio inactive, Hib et hepatite B sous forme d’Infanrix Hexa® ;
 aux vaccins diphtérique, tétanique, polio inactive, Hib sous forme d’Infanrix Quinta® et Pentavac® ;
 ou aux vaccins diphtérique, tétanique, polio inactive sous forme d’Infanrix Tetra® et Tetravac
acellulaire® (pour les enfants) ou de Repevax® et Boostrixtetra® (pour les adultes).
 Le calendrier vaccinal français 2016 recommande :

 une primovaccination à 2 et 4 mois

 des rappels à 11 mois ; 6 ans et 13 ans

Diagnostic de la coqueluche

Le diagnostic est essentiellement clinique (quintes de toux associée à une hyperlymphocytose) et

épidémiologique (notion de contage).

Bien qu’étant une infection des voies respiratoires basses, le diagnostic au laboratoire repose sur l’analyse
d’une aspiration naso-pharyngée.

Le diagnostic bactériologique se heurte aux problèmes suivants :

 il y a peu de bacilles à la période des quintes de toux, or c’est généralement à ce moment-là que
l’analyse est pratiquée ;
 c’est un germe fragile (le prélèvement doit être acheminé immédiatement au laboratoire) ;
 c’est un germe très exigeant et à croissance lente.

Pour pallier à ces difficultés, les laboratoires privilégient le diagnostic par PCR en temps réel (remboursé
par l’assurance maladie depuis le 15 février 2011). La sensibilité de ces tests dépasse les 90% alors qu’elle
n’est que de 50 % pour la culture.

Mise en culture

Le diagnostic par mise en culture de la bactérie doit cependant être maintenu afin de surveiller l’évolution
antigénique des souches circulantes sous l’effet de la vaccination (mission du CNR des Bordetelles). Le
prélèvement doit être fait dans les deux premières semaines de la maladie.

La culture de B. pertussis nécessite des milieux spécifiques qui doivent être préchauffés avant leur
ensemencement (le germe redoutant le refroidissement).

 milieu de Bordet et Gengou au sang de mouton. C’est le milieu traditionnellement utilisé en France.

Il est à base d’infusion de pomme de terre et comprend 15% de sang frais de mouton.
 milieu de Regan-Lowe au sang de cheval. Les données les plus récentes encouragent l’utilisation de
ce milieu, il peut être conservé pendant plus d’un mois à + 4°C.
Ces milieux comprennent de la céfalexine, qui inhibe de nombreuses bactéries à Gram positif et certaines
bactéries à Gram négatif présentes dans la flore commensale.
Ils sont incubés à 35°C, en aérobiose dans une chambre humide pendant 7 à 10 jours. Notons qu’il ne faut
pas incuber les boites en atmosphère enrichie en CO2.

Observation des cultures

Les boîtes sont examinées chaque jour à l’aide d’une loupe.

Après une durée d’incubation suffisante, les colonies de B. pertussis classiquement décrites « en
gouttelettes de mercure » sont petites, blanches, bombées et brillantes. Sur milieu de Bordet Gengou au
sang de mouton, les colonies de B. pertussis peuvent présenter une faible hémolyse ß.

Culture de Bordetella pertussis sur Regan-Lowe

© Becton, Dickinson and Company

B. pertussis se différencie de la plupart des petits bacilles à Gram négatif par sa culture sur milieux
spécifiques et l’absence de culture sur gélose chocolat enrichie.

Son identification se fait désormais par spectrométrie de masse Maldi-Tof.

Les souches isolées doivent être envoyées au CNR des Bordetella pour identification, typage et
antibiogramme.

Schéma récapitulatif de l’analyse des expectorations

Schéma récapitulatif de l’analyse des LBA et BBP
Schéma récapitulatif de l’analyse d’une expectoration d’un patient mucoviscidosique