BIOCHIMIE

PASS – LAS 2023-2024

Option Santé
Coenzymes
D. MASSON
• De la Chimie à la Biochimie – Cours d’introduction D. Masson
• Acides aminés et protéines 1 CM M. Denis
• Glucides 1 CM G. Herbreteau
• Acides aminés et protéines CM M. Denis
• Enzymes et coenzymes CM D. Masson
• Lipides et lipoprotéines CM F. Nazih & K. Bach
• Glucides 2 CM D. Masson
• Applications médicales ED D. Masson & M. Duflot
Plan du cours
• Généralités
• Définition
• Classification
• Coenzymes
• Précurseurs – Vitamines
• ATP
• Coenzyme A
• Coenzymes nicotiniques
• Glutathion
 Généralités
• Le métabolisme est régulé par contrôle
• Du taux des enzymes
Coenzymes
• De leur activité catalytique « Petites » molécules organiques
• Intégrité structurale et fonctionnelle de l’enzyme
Groupements fonctionnels distincts des acides
• Régulation allostérique
aminés constituant l’enzyme
• Modification structurale
• Cofacteurs
Certains, dérivés de vitamines
• Métaux
• Petites molécules organiques : Coenzymes →
Participent à la réaction chimique
Liaison à l’enzyme
• De la disponibilité des substrats et/ou cofacteurs ou
• Carence Interaction  co-substrat
• Défaut d’une voie métabolique en amont
 Généralités : Coenzymes
• Ne sont pas de nature protéique
Classification fonctionnelle
• Sont de faible poids moléculaire
Transfert de groupements fonctionnels
• Sont thermostables (+ / -) - Carbonés ou non
- Phosphate
• Participent de façon stœchiométrique à la réaction - Nucléotide

• Ne sont pas responsables de la spécificité des enzymes Éléments aminés …

• Subissent une transformation réversible Transfert d’électrons, d’Hydrogènes

• Groupement prosthétique (lié)  Au sein de l’enzyme Coenzymes d’oxydoréduction

• Cosubstrat  Réactions successives Activation de molécules

Acides gras, acides aminés, oses …
• Certains ne sont pas synthétisés par l’organisme
Classification des coenzymes
Coenzymes de transfert
• ATP et nucléosides phosphate
• Coenzyme A*
• Acide folique*
• Cobamide coenzyme B12*
• Pyrophosphate de thiamine*
• Pyridoxal-phosphate*
• Biotine*
• S-adenosyl méthionine
• Phosphoadénosine phosphosulfate
Coenzymes activateurs
• ATP et nucléosides phosphates
• Coenzyme A*
Coenzymes d’oxydoréduction
• Nicotinamide adénine dinucléotide (phosphate)*
• Flavine mononucléotide / Flavine adénine
dinucléotide*
• Acide lipoïque
• Acide ascorbique*
• Glutathion
• Tétrahydrobioptérine
• Coenzyme Q10
* Dérivés d’une vitamine
 Les vitamines
• Caractéristiques
• Constituants nutritionnels indispensables
• Nécessaires en faible quantité aux mammifères
B1 – Thiamine  Pyrophosphate de Thiamine
• Ne sont pas des réserves d’énergie
• Ne sont pas stockés (+ / -) B2 – Riboflavine  FAD FMN
• Ne sont pas toujours des amines B3 (PP) – Niacine  NAD NADP
• Sont parfois des précurseurs des coenzymes
B5 – Acide Pantothénique  Coenzyme A
• « Vitamines » liposolubles B6 – Pyridoxine  Pyridoxal Phosphate
D A K E B8 – Biotine (H, B7)
B9 – Folates
• Vitamines hydrosolubles B12 – Hydroxycobalamine
‘‘les’’ B C C – Acide ascorbique
Statut Vitaminique
Alimentation
équilibrée
Couverture du besoin
Alimentation
en vitamines

Correction
Alimentation
mal équilibrée, Complément
Malnutrition, vitaminique Hypervitaminose
Malabsorption,
Médicaments

Hypovitaminose
Elimination A et D
Maladie de carence urinaire intoxication
 ATP – Adénosine triphosphate

Agent de couplage énergétique

Coenzyme de transfert
Coenzyme activateur
Source de 2nd messager
Signalisation cellulaire
…
ATP - Structure
• Structure
• Adénine = 6 amino-purine
• Base purique
• b D-Ribose
• Unité triphosphate
• Complexé à du Mg2+
Sites réactifs & Fonctions
• Liaisons « Transporteur d’énergie » = Agent de couplage énergétique
• Anhydride phosphorique Hydrolyse d’une liaison anhydride phosphorique
• Ester phosphorique ATP + H2O → ADP + Pi DG°’= - 31 kJ/mol
• b N osidique Activation de molécules (AMP)
Acides gras, Acides aminés …

Transfert de phosphate
 ATP – Origine
• Vitamine précurseur
• Non
• Synthèse
• Voie de novo (Glycine, Ribose, Glutamine … ATP)
• Régénération de l’ATP à partir de l’ADP
• Créatine-Phosphate

• Métabolisme
• Ex : Oxydation (Glucose, Ac. gras)
• Localisation : mitochondrie
• Complexe ATP synthase
ATP – Agent de couplage énergétique
• Couplage chimio-chimique
• Ligase

• Couplage chimio-mécanique
• Muscle - mouvement
• Interaction myosine / Actine
• Liaison et hydrolyse de l’ATP

• Couplage chimio-osmotique
• Maintien des concentrations salines intra-cellulaires
• Na+ intra 7 mmol/L Na+ extra 140 mmol/L
• K+ intra 140 mmol/L K+ extra 4 mmol/L
• Pompes Na+ K+ ATPase
ATP – Coenzymes des kinases
• Réactions de phosphorylation
• Glucokinase

• Tyrosine kinase
• Phosphorylation d’une protéine
• Réaction spécifique
• Réaction inverse catalysée par une hydrolase (phosphatase)
 ATP – Activation de biomolécules
• Acides gras
• Acyl-AMP
• 1 des 2 étapes indispensables à la fixation d’acides gras AG
• Ex : Synthèse des TG, des stérides …

COOH
+ ATP

COOH AMP + PPi

• Acides aminés
• Aminoacyl - AMP
• Etape indispensable de la synthèse des protéines
• Préalable au transfert d’un AA sur un ARNt
 ATP – Source de second messager
• AMPc (AMP cyclique)
• Origine 5’
• Réaction catalysée par l’adénylate cyclase

• Fonctions
• Second messager
3’
• Récepteur membranaire / Ligand (1er messager)
• Adaptateur intracellulaire (génère le 2nd messager)
Récepteur

• Activateur de voie de signalisation

• Activateur de kinases (Protéine kinase)
• Modification allostérique
Autres coenzymes nucléotidiques
• UTP Uridine triphosphate
• GTP Guanosine triphosphate
• CTP Cytidine triphosphate

• Réactions d’activation des oses

UTP + aD Glc 1 P  UDP-aD Glc + PPi

• Réactions
• Epimérisation des oses
• UDP D Glc  UDP D Gal
• UDP-Glucose épimérase

• Biosynthèse des glycannes

• Substrat des Glycosyl-transférases
 Coenzyme A
Transporteur et activateur de groupement acyle
 Coenzyme A – Structure
• Eléments structuraux
• Nucléotide : ADP
• Base = Adénine
• Sucre : b D ribose
• Groupes phosphoryles
• Unité pantothénate (B5)
• Acide alcool
• b Alanine
• Unité b-mercaptoéthylamine
• Cystéamine

• Liaisons
• 1 liaison b N osidique Site réactif : Groupement thiol
• 3 liaisons ester CoA – SH
• 1 liaison anhydride phosphorique
• 2 liaisons amide
 Coenzyme A – Origine et classification
• Synthèse • Classification
• 1 vitamine : L’acide pantothénique (B5) • coenzyme de transfert et d’activation
• ATP (Coenzyme d’acylation)
• 1 Cystéine • Transporteur et activateur de
groupement acyle (R-COOH)

• Liaison à un groupement acyle

• Thioester R – CO – S – CoA
• Acide pantothénique
• Ex : Acétyl-CoA CH3 – CO – S – CoA
• Besoins : couverts par l’alimentation
• Apports
• Viande, poisson, légumes, céréales, œuf … Acétyl-CoA + H2O  Acétate + CoA
• Pas de carence
DG°’ = -31 kJ/mol
Transfert d’acétyl exergonique
Coenzyme A – Transfert d’acyle
• Transfert de groupement Acyl
• Les 2 étapes de l’activation des acides gras
• Synthèse d’un Acyl-AMP

• Synthèse d’un Acyl-CoA

• Exemples
• Synthèse des TG, des stérides …
• N-myristylation
• Palmitylation
• …
 Coenzymes nicotiniques

NAD – Nicotinamide Adénine Dinucléotide

NADP – Nicotinamide Adénine Dinucléotide Phosphate
NAD – NADP Structure
• Structure
O
• Adénosine monophosphate Nicotinamide nucléotide
4 C
3
• Adénine 2 NH 2
• b D ribose
1
O
N
5' +
• Phosphate HO P O H 2C O
• Nucléotide à amide nicotinique
• Amide nicotinique = nicotinamide
• b D ribose
O NH 2
• Phosphate N
N1
• +/- Phosphate
2 9

• Liaison entre constituants 3

N N

• b N osidique HO P O H 2C
5'

O
• Ester phosphorique O
• Anhydride d’acide AMP
2'

-H
O—R
• Dénomination + -P
R= —H NAD
• NAD+ / NADP+ R = — PO H NADP+
3 2
 NAD – NADP Origine, Classification
• Synthèse • Classification
• Niacine (vitamine B3 / PP) • Coenzyme d’oxydo-réduction
• Nicotinamide
et
• Acide nicotinique
• ATP
• Besoins en Niacine
• Couverts par alimentation
• Viande, poisson, blé complet …
• ½ réaction d’oxydo-réduction
• Carence décrite mais rare
• Pellagre (Perte de poids, désordres
digestifs et démence)
• Cycle de régénération
• NAD – Mitochondrie  Cycle de l’acide
citrique
• NADP – Cytoplasme  Voies
métaboliques oxydatives
 NADH, H+ / NADPH, H+ – Origine de la forme réduite
• Voies métaboliques oxydatives
• Ex : Oxydation du malate en oxaloacétate
• Cycle de l’acide citrique
• Malate déshydrogénase
• Source de NADH, H+ → Chaîne respiratoire
• Synthèse d’ATP

• Ex : Oxydation du Glucose-6-phosphate
• Cycle des pentoses phosphates
• Source de NADPH, H+
• Permettre des biosynthèses réductrices

• Autres exemples d’oxydations : Alcools primaires

Alcool déshydrogénase : CH3CH2OH + NAD+  CH3CHO + NADH, H+ (EC1.1.1.1)

Aldéhyde déshydrogénase : CH3CHO + NAD+  CH3COOH + NADH, H+

NAD – NADP Propriétés optiques
• Spectre d’absorption
• Formes oxydées (NAD+ NADP+)
• UV 260 nm
• Formes réduites (NADH, H+ NADPH, H+)
• UV 260 nm et 340 nm

• Usage
• Spectrophotométrie
• Quantification de substrats ou mesures d’activités enzymatiques
• Directe ou réaction couplée
• Ex : Dosage du Glucose
Réaction 1 : Hexokinase
Réaction 2 : Glucose 6 Phosphate déshydrogénase

Dans le milieu réactionnel :

ATP – HK – G6PD – NADP+

D Abs. À 340 nm proportionnelle à la concentration

de glucose dans le plasma
 Glutathion

- Un capital antioxydant
Glutathion - Structure
• Structure
• Pseudo-tripeptide
• Glu – Cys – Gly

• Voie de synthèse : 3 AA + ATP

• g-Glutamylcystéine synthétase (Ligase)

Glutamate + Cystéine + ATP 

→ g-Glutamylcystéine + ADP + Pi

• Glutathion synthétase (Ligase)

g-Glutamylcystéine + Glycine + ATP 

→ Glutathion + ADP + Pi
 Glutathion – Site réactif et fonctions
• Fonction Thiol : - SH (GSH)

• Classification
• Coenzyme d’oxydoréduction
• Forme réduite G – SH
• Forme oxydée G–S–S–G

Glutathion péroxydase
• Fonctions
• Réduction par le GSH

Glutathion réductase
• Régénération du GSH
• De la Chimie à la Biochimie – Cours d’introduction D. Masson
• Acides aminés et protéines 1 CM M. Denis
• Glucides 1 CM G. Herbreteau
• Acides aminés et protéines CM M. Denis
• Enzymes et coenzymes CM D. Masson
• Lipides et lipoprotéines CM F. Nazih & K. Bach
• Glucides 2 CM D. Masson
• Applications médicales ED D. Masson & M. Duflot

Et pour réviser vos coenzymes … : YouTube « Nous sommes les coenzymes »

par le tutorat 2014