Biologie moléculaire

Pr. Mohamed Vall Mohamed AbdAllahi

Professeur en Génétique et Biologie moléculaire des
microorganismes
 Séance I
LES ACIDES NUCLÉIQUES
ET L’INFORMATION
GÉNÉTIQUE
I. INTRODUCTION

1. Définition de biologie moléculaire

2. Propriétés des gènes
3. Nature des gènes
 1. Définition de la Biologie Moléculaire
• Etude de la structure et fonction des gènes.
– Prend son essor de 1930 à 1960.
– Née de l’inter‐fécondation entre la Génétique et
la Biochimie

• Gène: Unité fonctionnelle de l’héritage,

segment d’ADN capable de réaliser un caractère.
• Génome: Totalité des gènes présents dans
une cellule.
 Biologie Moléculaire

• But : Compréhension des mécanismes de

fonctionnement de la cellule au niveau moléculaire.

• Le terme « biologie moléculaire » désigne également

toutes les techniques de:
– Manipulations d'acides nucléiques
(clonage)
– Etude des protéines, de l’ADN et de l’ARN
– Diagnostic moléculaire.
 Les conséquences du
développement de la biologie moléculaire

• des connaissances dans le domaine fondamental

• des applications pratiques :
– Vaccins
– Production de protéines d’intérêt médical
– Diagnostic en médecine
– Plantes et animaux transgéniques…
Quelques dates clés en Biologie Moléculaire …

• 1953 : Jim Watson et Francis Crick:

Structure en double hélice de la molécule
d’ADN

• 1960‐1965 : François Jacob, Jacques

Monod, André Lwoff
– Existence d’un intermédiaire entre l’ADN et
les protéines : l’ARN messager
– Contrôle de l’expression des gènes par des
protéines régulatrices
– Découverte du code génétique
II. Structure des acides
nucléiques: ADN et ARN
 1. Découverte des acides nucléiques

• 1869 : F. Miescher isole une substance riche en

phosphore dans le noyau de leucocytes : LA
NUCLÉINE.

• 1889 : R. Altmann identifie dans la nucléine des

protéines et un acide nucléique (levure,
thymus).

• 1882‐1900 : A. Kossel détermine

– la présence des bases puriques et pyrimidiques
au sein des acides nucléiques.
– Identification d’un ose. Cet ose est différent selon
l’origine : levure ou thymus.
• 1908 : P. LEVENE ET W. JACOBS
• Caractérisation du ribose (Rib pour
Rockefeller Institute of Biochemistry)

• 1929 : P. LEVENE
• Caractérisation du 2‐désoxyribose dans
l’acide nucléique de thymus
2. Nature du gène
FIG. – L’expérience de Griffith (1928): l’injection de pneumocoques (S) entraîne la mort
de la souris, alors que les pneumocoques (R) sont non pathogènes.
La co-infection par des (R) vivants et des (S) tués par la chaleur entraîne la mort de la
souris mettant en évidence la "transformation" des (R) par les (S).
• Les gènes sont constitué par les acides
nucléiques.

– ADN chez les eucaryotes et procaryotes.

– ADN ou ARN chez les virus.

• Chez les eucaryotes l'ADN est compacté

en chromatines.
– La chromatine est constituée d'un complexe
ADN-protéines (histones ou non-histones)
Histones (protéines « scaffold », facteurs de transcription et de réplication)
Solénoïde : structure hélicoïdale qui enroule les colliers de perles sur eux-mêmes
 3. Composition de l’ADN et de l’ARN

• L’ADN:
composé de
4 molécules
de base
Nucléotides.

• Le
nucléotide
est formée
de 3
éléments:
 3. 1. Les Pentoses

• Le désoxyribose a une réduction de la fonction alcool du carbone

n°2.

• Le désoxyribose confère à l’ADN une plus grande stabilité propre

à sa fonction.
 3.2. Les bases azotés
• A et G : Purines.
– Noyau purine : 2
noyaux
hétérocycliques
accolés.

• C et T :
pyrimidines.
– Noyau pyrimidine
: noyau
aromatique
Adénine : 6-aminopurine C : 2-oxo, 4-aminopyrimidine
G : 2- amino, 6-oxopurine T : 2,4-dioxo,5-méthylpyrimidine
U: 2,4-dioxopyrimidine
 Nucléotide et Nucléoside

Liaison N-glycosidique entre le pentose et N9 de la base purique

Liaison N-glycosidique entre le pentose et N1 de la base pyrimidiques

Nomenclature des unités nucléotidiques

Nucléotide: -ylate : purines -idylate: pyrimidines

Nucléoside: - osine -idine
 4. Structure primaire de l’ADN :
• Polymère de nucléotides
reliés par des liaisons
phospho-diesters entre 3’ et
5’ du sucre.

• Polarité: —5‘-PO4 et 3'-OH

• L’ordre des nucléotides définit une

séquence
5. Structure secondaire de l’ADN
Les règles de E. Chargaff (1948)
 Lois de Chargaff
▪A=T
▪G=C Vrai pour toutes les espèces

▪ A+T ≠ G + C
▪A+T
G + C Variable selon les espèces
Diffraction des rayons X (Franklin et Wilkins)
 Modèle de la structure en double hélice de l’ADN
Watson et Crick (1953)

En se basant sur les

résultats de :
- Chargaff
- des expériences de
diffraction des RX
- l’étude au microscope
électronique réalisée
par Franklin et Wilkins

Watson et Crick ont

proposé en 1953 le
modèle célèbre de la
structure en double
hélice de l’ADN
Modèle de double hélice
• L’ ADN composée de 2
chaînes enroulées
l’une autour de
l’autre

• Le diamètre = 2 nm

• Le N(pb)/tour d’hélice
= 10 (appelé pas).

• La d(pb) = 0,34 nm

• 2 sillons: un grand et
un petit.
• Liaisons
hydrogènes.

• A s’associe à T
• C s’associe à G

• Complémentarité
• Antiparallélisme.
La double hélice
• Si on connaît la séquence d’une chaîne d’ADN
on peut déterminer la séquence de l’autre par
complémentarité
• Les chaînes sont orientées dans des directions
opposées. On dit que les deux chaînes sont
antiparallèles.
Exemple : si l’une de chaîne est :
5’P-ATCGATCGATCG 3’OH, l’autre chaîne est
3’OH- TAGCTAGCTAGC 5’P
II. Propriétés physico-chimiques
de l’ADN
1. Taille de l’ADN

Exprimée en nombre de paires de bases (pb), 1000 pb = 1kilo pb

1 Kpb d’ADN-B a un PM moyen de 6,6.105 D et une longueur de 340 nm.
 2. Forme

1. ADN bicaténaire
circulaire
– Plasmides,
– Chromosomes
bactériens,
– ADN de
mitochondries
– ADN de
chloroplastes
– ADN virus de
mammifères
 2. ADN bicaténaire linéaire
• Dans les noyaux
des CE l’ADN est
associé à des
protéines.
– Les protéines
associées
déroulent
légèrement
l’hélice ;

• Lorsque les
protéines sont
enlevées de
l’ADN le nombre
habituel de tours
d’hélice droite,
ou positive est
restauré.
Les différentes formes de l’ADN PC
Le surenroulement nécessite l’intervention d’une Topoisomérase
qui va desserrer les tours d’hélice en coupant un brin ou les deux
brins ADN, puis en les faisant tourner l’un autour de l’autre
jusqu’à revenir à 10 nucléotides par tour d’hélice.
 Les conformations de l’ADN

• Lors de la transcription ou réplication, l’hélice de

l’ADN est ouverte par une Topoisomérase
(hélicase) qui permet aux enzymes l’accès au
brin modèle.

• Le fait de séparer les deux brins de la double

hélice sur plusieurs dizaines de nucléotides se
traduit par un resserrement des tours d’hélice
de part et d’autre de la boucle ainsi ouverte.
 3. Charge de l’ADN
• A pH=7,2 , l’ADN
est chargé
négativement

• Propriété due
aux
groupements P

• Migrent de –
vers +
4. Absorption de la lumière UV
• Grâce à la présence de
bases azotées, l’ADN
absorbe dans l’UV.

• La solution d’ADN
présente le maximum
d’absorption à λ = 260
nm.

• Courbe A = f (λ)
appelée Spectre
d’absorption
 4. Absorption de la lumière UV
• L’ADN simple brin
absorbe plus que
l’ADN double brin.

• Phénomène appelé
hyperchromicité
(effet hyperchrome)
5. Dénaturation et renaturation de l’ADN
• Les liaisons hydrogènes peuvent être rompues par un
processus appelé dénaturation ou fusion.
Dénaturation de l’ADN
• Peut être suivie par
spectrophotométrie
• Courbe de fusion
– allure sigmoïde ;

• Le point d’inflexion de
cette courbe est la
température de fusion
(Tm ou Tf)

• La Tm : c’est la
température pour
laquelle la moitié de
l’ADN est dénaturée.
Dénaturation de l’ADN
• Poly d AT , Tm = 70 ;
• Thymus de veau, Tm =
87 ;
• E. coli , Tm = 90 ;
• Poly d GC, Tm = 110

• Plus le pourcentage de
GC sera élevé, plus la
Tm sera élevé

Facteurs qui provoquent la dénaturation de l’ADN

-température élevé - [ions] baisse -
- pH extrêmes - Formamide, urée
dénaturation-renaturation de l’ADN

Renaturation spontanée
 III. Formes tautomériques des bases:
• La tautomérie: transformation d'un groupement
fonctionnel par déplacement simultané d'un atome
d'hydrogène et d'un doublet d'électron issu d'une
double liaison adjacente.
 Bilan des appariements

• Amino- A T • Imino- A = C
• Amino- C G • Imino-C = A
• Céto- T A • Enol- T ≡ G
• Céto- G C • Enol- G ≡ T
 La réplication de l’ADN
 la duplication ou dédoublement de l’
ADN.

 La reproduction conforme ne peut

s’expliquer que si la molécule d’ADN
parentale est capable de donner deux
molécules identiques entre eux et
identique à l’ADN parental.

 Semi-conservative et bidirectionnelle

 Continue sur un brin et discontinue sur

l’autre

 ADN polymérases
 Le transfert de l’information génétique

ADN Transcription ARN Traduction Protéine.

• Ces étapes définissent le dogme central de la

biologie moléculaire qui rend compte des flux de
l’information génétique.

• Chez les Rétrovirus, l’ARN viral peut donner par

transcription reverse un ADN ; ce qui constitue une
exception à ce concept.
Le transfert de l’information
génétique
 L’ARN : acide ribonucléique
• 3 types d’ARN:
– ARNt,
– ARNm,
– ARNr

• acheminent les
informations
génétique vers
le ribosomes.

• Assemblage
des protéines
Les acides ribonucleiques : ARN

• La séquence d’ARN est déterminée par la

séquence des bases dans le sens 5’ 3’ ; par
exemple : 5’- ACGUUCCAUG-3’
– Des nucléotides inhabituels comme l’inosine, et la
pseudo-uridine, sont trouvés dans les ARN stables
après modification post-transcriptionnelle des
molécules.
– Les précurseurs de la synthèse d’ARN sont les
ribonucléosides triphosphates.
Les ARN ribosomiques (ARNr)
– Forment les ribosomes et jouent un rôle dans leur
fonction.
– Les plus abondants dans la cellule (environ 80%
des ARN totaux).
– Les ribosomes contiennent des molécules d’ARN
qui diffèrent en nombre et en taille.
– Les classes d’ARN sont identifiées par leur taille et
leur sédimentation (Coefficient de Svedberg S) qui
reflète la densité, la masse et la forme de la
molécule.
Les ARN de transfert (ARNt) :
– sont des molécules « adaptatrices » qui
convertissent une séquence de bases en une
séquence d’acides aminés.
– Elles sont des petites molécules, leur taille
varie de 75 à 85 nucléotides.
– Ils ne représentent qu’environ 16 % des ARN
totaux.

• Les ARNt et les ARNr sont des ARN stables à

longue durée de vie.