LU2SV311 - Génétique I

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Les feuilles de pissenlit sont tout à fait comestibles.

Cependant certains individus sont intolérants. Cette
intolérance se caractérise par une destruction des cellules
de la paroi intestinale au cours de la digestion après
ingestion de pissenlit. Des études ont montré qu’il existait
une composante génétique importante pour cette maladie.
Afin de mieux la comprendre, des scientifiques décident
d’en rechercher un modèle murin.
Par chance, dans un laboratoire, une lignée de souris
A présente les mêmes caractéristiques que l’intolérance au
pissenlit observée chez l'homme (phénotype noté [Pis]).

Figure 1. Pissenlit

Dans un premier temps les femelles A sont croisées avec des mâles d’une lignée sauvage de
référence tolérante au pissenlit (lignée SSR, phénotype noté [+]). Toute la descendance est de phénotype
[+].

Q1. Interprétez ce résultat. (3 points)

Lignée A [Pis] x lignée SSR [+] = test de dominance/récessivité 1 point

test de liaison à l'X ssi la femelle apporte les allèles à effet récessif
MAIS aucune information sur le nombre de gènes impliqués dans [Pis]

La F1 est [+] donc le phénotype d'intolérance de la lignée A de souris est récessif par rapport au
phénotype de référence. 1 point

Les femelles A apportent les allèles à effet récessif donc on peut conclure qu'il n'y a pas de liaison
à l'X (car sinon, tous les mâles F1 seraient [Pis] et les femelles F1 [+]) 1 point

Les femelles F1 issues de ce croisement sont ensuite croisées avec des mâles A. On obtient alors
une descendance constituée de la moitié d'individus (mâles et femelles) [Pis] et l'autre moitié (mâles et
femelles) [+].

Q2. Comment s’appelle un tel croisement ? Un test cross (back cross accepté) 1 point

Q3. Que pouvez-vous conclure du résultat obtenu? (3 points) En test cross, la descendance reflète
les gamètes du parent F1 en effectifs et en phénotype 1 point. On observe moitié [Pis], moitié [+]
ce qui reflète une ségrégation 1/2, 1/2 1 point des gamètes du parent F1 donc un seul gène mis en
jeu dans le phénotype d'intolérance de la lignée A. 1 point

Q4. D'après ce résultat, proposez un génotype possible pour les individus de la lignée A.

Gène I (autosomal), i+ = allèle de SSR, i1 = allèle muté associé à l'intolérance. Génotype de la lignée
A: i1/i1 1 point
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Afin de localiser le ou les gène(s) impliqué(s) dans le phénotype [Pis] de la lignée A, des analyses
de ségrégation sont réalisées avec plus de 200 marqueurs microsatellites répartis tout au long du génome
de la souris.

Q5. Rappelez ce qu’est un marqueur microsatellite et en quoi réside son polymorphisme. (4 points)
Locus chromosomique dont la séquence contient un motif de 1 à 10 pb 1 point répété en tandem
1point à un locus donné 1 point. Son polymorphisme réside dans le nombre de répétitions du
motif. 1 point

Pour réaliser ces analyses de ségrégation, des femelles A sont croisées avec des mâles SSR.
Puis les femelles F1 issues de ce croisement sont ensuite croisées avec des mâles A, et 50 descendants
de ce croisement analysés pour leur phénotype [Pis] ou [+] et génotypés pour les marqueurs
microsatellites. Le tableau 1 montre les résultats obtenus pour le marqueur M5 localisé sur le chromosome
5. Pour ce marqueur, les individus de la lignée A sont homozygotes pour l'allèle 13 et les individus de la
lignée SSR homozygotes pour l'allèle 17.

Phénotype/Marqueur M5 Nombre d'individus

[Pis]; (13) 14
[+]; (13,17) 12
[+]; (13) 13
[Pis]; (13,17) 11
Tableau 1: Phénotype et génotype (pour le marqueur M5) des descendants du croisement entre femelles F1 et
mâles A. (13) ou (17) signifient que seul l’allèle 13 ou l’allèle 17 du locus M5 a été détecté. (13,17) signifie que les
deux allèles ont été détectés.

Q6. Interprétez ces résultats en écrivant les génotypes des parents et des descendants de ces
croisements. Que pouvez-vous en conclure quant à la localisation du (ou des) gènes impliqué(s)
dans le phénotype [Pis] par rapport à M5? (8 points)

Femelles A [Pis, 13] i1 ? 13 X mâles SSR [+, 17] i+ ? 17 1 point génotype 1 point phénotype
i1 13 i+ 17

F1 [+, 13/17] i1 ? 13 1 point phenotype 1 point génotype

i+ 17

Puis tableau de croisement des gamètes: 1 point pour le tableau de gamète juste
Femelles F1 i1 ? 13 (P1) i+ ? 17 (P2) i1 ? 17 (R1) i+ ? 13 (R2)

Mâles A i1 ? 13 i1 ? 13 i+ ? 17 i1 ? 17 i+ ? 13
i1 13 i1 13 i1 13 i1 13
[Pis, 13] [+, 17/13] [Pis, 17/13] [+, 13]
Effectifs 14 12 11 13
observés/50

On calcule P= 14+12= 26 et R= 11+13=24 : P=R 1 point

le gène I est indépendant génétiquement du locus microsatellite M5. 1 point
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Donc soit I et M5 sont localisés sur des chromosomes différents, soit ils sont éloignés sur le même
chromosome (le 5). 1 point

Pour quatre marqueurs du chromosome 13 (M1301, M1302, M1303, M1304), les résultats de la
même analyse sont présentés dans les tableaux suivants 2, 3, 4, 5.

Phénotype/ Marqueur M1301 Nombre d'individus

[Pis]; (25) 23
[+]; (25,31) 24
[+]; (25) 1
[Pis]; (25,31) 2
Tableau 2: Phénotype et génotypage (marqueur M1301) des descendants du croisement entre femelles F1 et mâles
A. Pour ce marqueur, les individus A sont homozygotes pour l'allèle 25 et les individus SSR homozygotes pour l'allèle
31.

Phénotype/Marqueur M1302 Nombre d'individus

[Pis]; (7) 16
[+]; (7,8) 17
[+]; (7) 8
[Pis]; (7,8) 9
Tableau 3: Phénotype et génotypage (marqueur M1302) des descendants du croisement entre femelles F1 et mâles
A. Pour ce marqueur, les individus A sont homozygotes pour l'allèle 7 et les individus SSR homozygotes pour l'allèle
8.

Phénotype/ Marqueur M1303 Nombre d'individus

[Pis]; (11) 12
[+]; (11,13) 13
[+]; (11) 11
[Pis]; (11,13) 14
Tableau 4: Phénotype et génotypage (marqueur M1303) des descendants du croisement entre femelles F1 et mâles
A. Pour ce marqueur, les individus A sont homozygotes pour l'allèle 11 et les individus SSR homozygotes pour l'allèle
13.
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Phénotype/ Marqueur M1304 Nombre d'individus

[Pis]; (31) 22
[+]; (31,33) 21
[+]; (31) 3
[Pis]; (31,33) 4
Tableau 5: Phénotype et génotypage (marqueur M1304) des descendants du croisement entre femelles F1 et mâles
A. Pour ce marqueur, les individus A sont homozygotes pour l'allèle 31 et les individus SSR homozygotes pour l'allèle
33.

Q7. Que pouvez-vous en conclure quant à la localisation du (ou des) gènes impliqué(s) dans le
phénotype [Pis] par rapport à M1301 (tableau 2)? (4 points)

Femelles A [Pis, 25] i1 ? 25 X mâles SSR [+, 31] i+ ? 31

i1 25 i+ 31

F1 [+, 25/31] i1 ? 25
i+ 31

Puis tableau de croisement des gamètes:

Femelles F1 i1 ? 25 (P1) i+ ? 31 (P2) i1 ? 31 (R1) i+ ? 25 (R2)

Mâles A i1 ? 25 i1 ? 25 i+ ? 31 i1 ? 31 i+ ? 25
i1 25 i1 25 i1 25 i1 25
[Pis, 25] [+, 31/25] [Pis, 31/25] [+, 25]
Effectifs 23 24 2 1
observés/50

On calcule P= 23+24= 47 et R= 1+2=3 1 point

P>R, le gène I est lié génétiquement au locus microsatellite M1301. 1 point
Pourcentage de recombinaison = 3x100/50= 6% 1 point donc d(I-M1301) = 6 cM. 1 point

Q8. Pour ce marqueur, dessinez un schéma de méiose COMPLET permettant la production du

gamète MATERNEL à l'origine des individus [Pis]; (25,31). 4 points enlever des points par erreur si
la meiose n’a aucun sens, mettre 0

i1 25
i1 25
i1 25 i1 25 i1 25
i1 31 gamète à l’origine
i1 25 i1 25 i1 31 des individus
i+ 31 i+ 31 [Pis, 25/31]
i+ 25
i+ 31 i+ 25
i+ 31 i+ 31
crossing-over i+ 31
i+ 31
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Q9. Sans écrire les génotypes, interprétez les résultats des tableaux 3, 4, 5 et concluez sur la
localisation du (ou des) gènes impliqué(s) dans le phénotype [Pis] par rapport à M1302, M1303 et
M1304. (9 points)

Pour le locus M1302: on calcule P= 16+17= 33 et R= 8+9=17 1 point

Pourcentage de recombinaison = 17x100/50= 34% 1 point donc d(I-M1302) >
34 cM. 1 point

Pour le locus M1303: on calcule P= 12+13= 25 et R= 11+14=25 1 point

P=R, le gène I est indépendant génétiquement du locus microsatellite M1303.
1 point comme les marqueurs sont sur le meme chromosome, ils sont forcément liés
physiquement (- 1 si l’option independance physique est retenue ici)

Pour le locus M1304: on calcule P= 22+21= 43 et R= 3+4=7 1 point

Pourcentage de recombinaison = 7x100/50= 14% 1 point donc d(I-M1304) > 14
cM. 1 point

Le gène I est donc sur le chromosome 13 chez la souris, proche des locus microsatellites M1301
et M1304 1 point

Q10. Ces analyses permettent-elles de préciser votre réponse à la Q6?

En Q6, nous avions conclu que I et M5 étaient localisés sur des chromosomes différents ou
éloignés sur le même chromosome (le 5). On peut affirmer maintenant que I n'est pas sur le
chromosome 5. 1 point

La figure 2 montre la carte génétique des marqueurs M1301, M1302, M1303 et M1304 du
chromosome 13. Les distances génétiques sont données en cM.

Q11. Après avoir reproduit cette carte sur votre copie, indiquez la position approximative du (ou
des) gènes impliqué(s) dans le phénotype [Pis]. 5 points en tout : 1 point position du gène, 1 point
par distance (4 distances)

Figure 2: Carte génétique montrant la position des marqueurs M1301, M1302, M1303 et M1304
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6% 14%
34%
Indépendance génétique
Gène I

Ces expériences de cartographie génétique ont permis d’identifier une région chromosomique
précise contenant le (ou les) gènes impliqué(s) dans le phénotype [Pis] de la lignée A. Cette région contient
sept gènes connus, pour lesquels il existe des lignées simples mutantes (notées L1 à L7). Ces sept lignées
ont un phénotype, appelé [Pislike], proche du phénotype [Pis] de la lignée A. Des femelles de chacune de
ces lignées sont croisées avec des mâles SSR ou avec des mâles de la lignée A, puis on détermine le
phénotype des individus F1 issus de ces croisements. Les résultats sont présentés dans le tableau 6.

Lignées croisées L1 L2 L3 L4 L5 L6 L7
SSR [+] [+] [+] [+] [Pislike] [+] [+]
A [+] [+] [Pis] [+] [Pislike] [+] [+]
Tableau 6: phénotype des individus F1 issus des croisements entre chaque lignée mutante L et, soit la lignée SSR,
soit la lignée A.

Q12. Quel nom donne-t-on à ces deux types de croisements et quel est leur but? (4 points)

Les croisements lignée L x SSR sont des tests de dominance /récessivité 1 point, nécessaires pour
établir la relation de dominance récessivité entre les différents allèles d'un locus. 1 point

Les croisements lignée A x lignée L sont des tests de complémentation fonctionnelle 1 point,
utilisés pour savoir si deux parents de même phénotype mutant (ou de phénotype proche)
présentent au moins un gène muté en commun 1 point

Q13. Interprétez les résultats de ces expériences. (5 points)

Tests de dominance /récessivité: avec les lignées L1, L2, L3, L4, L6 et L7, les F1 sont [+] donc le
phénotype [Pis] est récessif par rapport au phénotype [+] pour ces lignées (ce qui est le cas pour
la lignée A également cf Q3). 1 point
Avec la lignée L5, la F1 est [Pislike] donc le phénotype [Pislike] de L5 est dominant par rapport au
phénotype [+]. 1 point

Tests de complémentation fonctionnelle:

On exclut du test la lignée L5. 1 point
Avec les lignées L1, L2, L4, L6 et L7, la F1 est [+] donc la lignée A n'est pas mutée dans le même
gène que ces 5 lignées. 1 point
Avec la lignée L3, la F1 est [Pis] donc les lignées A et L3 sont mutées dans le même gène (gène I).
1 point
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Un gène impliqué dans le phénotype [Pis] de la lignée A a finalement été identifié. Afin de trouver
la mutation causale, la séquence codante du gène a été séquencée dans les lignées A et SSR. La figure
3 représente la séquence obtenue pour la lignée SSR (séquence de référence). Elle indique également
les polymorphismes identifiés lors de la comparaison de cette séquence de référence avec celle obtenue
pour la lignée A. La figure 4 donne le code génétique.

Q14. Analysez la figure 3. Ces résultats permettent-ils d'expliquer le phénotype [Pis] de la lignée
A? Justifiez votre réponse. (6 points)

On observe trois polymorphismes:

Codon 31, CCT devient CCG, codant tous deux la proline 1 point
Codon 165, CGC devient CGT, codant tous deux l'arginine 1 point
Codon 181, CAT devient CAC, codant tous deux l'histidine 1 point
Les trois polymorphismes correspondent donc à des substitutions synonymes 1 point, mutations
normalement silencieuses 1 point qui ne permettent pas d'expliquer le phénotype [Pis] de la lignée
A. 1 point

Q15. Proposez une hypothèse moléculaire permettant d'expliquer le phénotype [Pis] de la lignée
A. Décrivez succinctement une expérience qui permettrait de tester votre hypothèse. 2 points

Hypothèse la plus simple: la mutation responsable du phénotype [Pis] est localisée dans les
séquences régulatrices de l'expression du gène I, par exemple le promoteur. 1 point
Le défaut de synthèse en résultant peut être mis en évidence par Northern blot sur tissus de la
lignée A (en comparaison avec la lignée SSR). 1 point

Hypothèse plus audacieuse: un des trois polymorphismes identifiés en Q14 permet de destabiliser
l'ARNm du gène I, ce qui peut être mis en évidence par Northern blot également.

Hypothèse encore plus audacieuse: un des trois polymorphismes identifiés en Q14 permet de
diminuer l'efficacité de traduction (biais d'utilisation des codons), ce qui peut être mis en évidence
par Western blot (en comparaison avec la lignée SSR).

Figure 3 : Séquence nucléotidique de la séquence codante du gène identifié dans la lignée SSR. La séquence est
formatée en codons. Les 3 sites nucléotidiques polymorphes entre la lignée SSR et la lignée A sont en gras (fond
grisé). Pour ces trois positions, le nucléotide du haut correspond à celui trouvé dans la lignée A.

> Séquence de référence (lignée SSR).

1 ATG TTT CCA CCG CTC TCT TTC CTG GGA TTT GTC ATT TCG GAG AAC 45

46 AGC ATT CAG ATG GAC CCA GCA AAG GTT AGT GCA GTC ACT GAG TGG 90

G
91 CCT ACA CCT TCC AAT CAG AAA CTC ATG CAA CGA TTT TTG GGC TTT 135

136 GCA AAT TTC TAC AGA CGT TTC ATC AGA AAC TAT AGT TCT GTG GCT 180
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181 GCC CCA CTG CAT GCT TTG ACC TCC CCC AAG GTG AAG TTC CAA TGG 225

226 TCC CCC CTA GCA GAA CAG GCT TTT CAG AGG CTT AAG AGG AGC TTC 270

271 ACT TCA GCC CCT ATT CTC ACG CTT CCT GAT CCA CTT CAG CAG TTT 315

316 GTG GTC GAA GTG GAC GCT TCA GAT GTG GGC GTT GGG GCA GTC ATC 360

361 TCT CAA AGG TCA AAG AAG GAC AAC AAG CTC CAC CCC TGT GCT TTC 405

406 CTG TCT CGG AAA CAC TCC CCA GCC GAG AGA AAC TAT GAT GTG GGT 450

T
451 AAC AGG GAG CTG TTG GCA ATT AAG GTG GCT TTG GAG GAG TGG CGC 495

496 CAC TGG CTG GAG GGA ACT GAG CAC CCT TTC CTA GTC TGG ACC GAT 540

C
541 CAT AAG AAC CTT CAG TAC ATC AGA TCT GCA AGA CGC CTC AAC TCC 585

586 AGA CAA GCC AGG TGG GCC CTA TTC TTT ACC CGA TTC AAC TTC ACC 630

631 CTG TCA TAC CGT CCC AGT TCT AAG AAC GCT AAA GCT GAT GCT CTA 675

676 TCC CGC CTG TTT GAT TCC GAT CCA GCT CCT CGC ACT CCC TCA CTA 720

721 ATC ATT CCC CCC TCT TGT GTA GTG GGG GCA GTC ACA TGG GAC ATT 765

766 GAG GAG AGG GTC AGG CAG GCG AGT GCT AAT GTT TTG GTT CCC GAC 810

811 GGT TGC CCA CAG AAC CGG TTG TTT GTT CCT GAC CCT CTT CTC TCA 855

856 CAG GTC ATC CAC TGG GCA CAT ACT TCC CTC CTC TCC TGC CAT CCT 900

901 GGT GTT CGC CGC ACC ATG TTC TTC ATT AAG CAG CGG TTC TGG TGG 945

946 CCC TCC ATG GAG AGG TCT GTC AAG GAG TAC GTG GCA GCC TGT TAA 990
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Figure 4. Code Génétique