2eme Bio Bouzid Microbiologie 2019-2020

Cours de Microbiologie générale.D.Bouzid.
2019-2020
2. La Cellule bactérienne
2.1. Techniques d’observation de la cellule bactérienne
Il est possible d'observer les bactéries soit lorsqu'ils sont regroupés en colonies sur boîte visible à l’œil, il
s'agit alors d'une observation macroscopique ; soit à l'état de cellule, il s'agit alors d'une observation
microscopique.
1 - Observation macroscopique des colonies : c'est l'étude de l'aspect des colonies.
Une colonie est l'amas, visible à l’œil nu, constitué par des milliards de descendants d'une seule cellule
bactérienne et dont la taille, la forme, la couleur, la consistance sont caractéristiques de chaque espèce.
L'étude de l'aspect des colonies nécessite l'observation à l’œil nu, en lumière naturelle et artificielle, par
éclairage direct et par transparence des colonies.
Conditions d'examen
L'examen macroscopique des cultures est le premier examen effectué à partir de l'isolement après
incubation. L'aspect des colonies dépend du milieu utilisé, de la durée et de la température de l’incubation. Il
ne pourra être décrit convenablement qu'à partir de colonies bien isolées : les colonies sont d'autant plus
petites qu'elles sont rapprochées.
Aspect
La description des colonies doit mentionner
1 : La taille ou le diamètre de la colonie
Elle peut être mesurée à l'aide d'une règle graduée pour les grandes colonies.
2 : La forme
- allure des contours
Lisses, dentelés, déchiquetés
Réguliers, irréguliers
- relief
Surface bombée, demi-bombée, plate
Centre parfois surélevé, parfois ombiliqué (en creux)
3 : L'aspect de la surface peut être lisse ou rugueux,
4 : L'opacité Les colonies sont décrites comme:
- opaques (ne laissent pas passer la lumière)
- translucides (laissent passer la lumière mais on ne voit pas les formes au travers, comme le verre dépoli)
- transparentes (laissent passer la lumière et voir les formes au travers, comme le verre)
5 : La consistance
Au moment du prélèvement il est possible d'apprécier si les colonies sont grasses, crémeuses (on obtient
facilement des suspensions homogènes), sèches ou encore muqueuses (on obtient difficilement des
suspensions homogènes).
6 : La couleur (pigmentation)
Les colonies habituelles sont crème. Une couleur différente est due à des pigments : jaune, rouge, orange,
violette ...
Principaux types
En rassemblant les critères précédemment décrits, trois sortes de colonies peuvent être distinguées
• colonies S (de l'anglais Smooth - Lisse) : colonies à surface lisse et bords réguliers, bombées, de
consistance crémeuse et donnante des suspensions homogènes
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• colonies R (de l'anglais Rough - Rugueux) : colonies à surface rugueuse et bords dentelés,
plates, de consistances sèches et donnantes des suspensions hétérogènes
• colonies M (= Muqueuse) : colonies à surface lisse et bords réguliers, bombées, filantes sous
l'anse, et donnant des suspensions hétérogènes.
7 : Odeur une odeur caractéristique peut être présente
RONDE IRREGULIERE EN ETOILE ENVAHISSANTE
Très fréquemment observé : Bombée et plate
Couramment observé : en vague concentrique (souvent le cas des colonies envahissantes genre Proteus)
Les colonies à bords réguliers (= nets) et celles à bords irréguliers
On distingue les colonies lisses et les colonies rugueuses
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2. Les Observations microscopiques (Etat frais et mobilité, colorations)

Etudier la morphologie microbienne, au microscope photonique, c’est rechercher la forme des bactéries et
leur mode de groupement.
Ces renseignements peuvent être fournis par une simple préparation à l’état frais entre lame et lamelle, les
bactéries étant alors observées vivantes, ou par l’observation d’un frottis coloré.
Les examens microscopiques de prélèvements peuvent fournir des informations très précieuses pour le
diagnostic et le traitement d’une infection. Dans tous les cas, ils orientent le diagnostic, le choix des milieux
de culture et les conditions d’incubation.
A partir d’une souche pure, c’est le premier critère d’identification.
Les examens microscopiques d’un prélèvement polymicrobien permettent enfin de connaître les proportions
de chaque sous-population dans le prélèvement.
Observation à l’état frais
Une préparation à l’état frais permet d’examiner la mobilité des bactéries et d’en déceler la forme, bien que
ce renseignement soit plus accessible sur des frottis colorés. Si la bactérie est sporulée, l’état frais permet
également de mettre ce phénomène en évidence. Pour observer la mobilité, on doit prendre garde à ne pas
détruire les flagelles bactériens lors du prélèvement et de la préparation de la lame.
Technique de la préparation de l’état frais
Déposer une petite goutte d’eau stérile sur la lame.
Prélever une fraction de colonies sur gélose, de préférence aux bords de celle-ci (ou prélever une petite
goutte de bouillon). Faire une suspension homogène dans la goutte d’eau en incorporant progressivement
l’inoculum et en remuant très délicatement (afin de ne pas casser les flagelles).
Recouvrir d’une lamelle en évitant d’enfermer des bulles d’air. Le liquide ne doit pas déborder (sinon jeter
la lame dans une solution désinfectante et recommencer).
Observer rapidement à l’objectif 40 en mettant la lumière au maximum mais en fermant le diaphragme
(ou utiliser un système « fond noir » ou à « contraste de phase » ).
Après observation, jeter l’état frais dans un bac contenant un désinfectant à large spectre car les bactéries
sont vivantes…
Veiller à observer une grande partie de la lame, mais ne pas prolonger l’observation au-delà de 3 à 10
minutes. Ne pas hésiter à recommencer…
Des bactéries sont considérées comme mobiles lorsque des trajets très différents sont observés
(déplacement dans toutes les directions). Une bactérie immobile est animée de mouvements d’agitation
normaux dits mouvements browniens (agitation moléculaire), qu’il ne faut pas confondre avec la mobilité.
De plus, lors de la pose de la lamelle, des flux liquidiens entraînent toutes les bactéries dans le même sens et
à la même vitesse…
ATTENTION ! Une bactérie mobile peut apparaître immobile alors qu’elle est flagellée si les conditions de
l’observation ne sont pas optimales. Les flagelles ne doivent pas être cassés par la préparation ou détruit par
un instrument trop chaud ; la bactérie doit provenir d’une culture jeune. La température de l’incubation peut
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aussi avoir de l’influence : certaines bactéries immobiles à 37°C sont mobiles à 22°C (Yersinia, Hafnia par
exemple). Il est possible de confirmer la mobilité par l’ensemencement d’une gélose molle ou par la
coloration des cils.
Observation d’un frottis coloré
Réalisation d’un frottis
Avant toute coloration, il faut réaliser un frottis, c’est-à-dire un étalement, si possible monocouche, des
bactéries sur une lame.
La technique du frottis est fort simple :
Déposer sur une lame propre une goutte d’eau stérile si la culture prélevée est solide, puis prélever à l’aide
de l’anse de platine une parcelle de la culture. Mélanger afin d’obtenir une suspension homogène. Il est
également possible de déposer une goutte de milieu liquide incubé ou une goutte de suspension.
Réaliser le frottis en partant du centre de la lame, en décrivant avec l’anse des mouvements circulaires de
façon à obtenir un étalement mince et homogène sur au moins 2/3 de la lame.
Stériliser l’anse.
Sécher et fixer le frottis au-dessus de la flamme du bec Bunsen sans trop le chauffer. La technique la plus
sûre consiste à passer dans la flamme le frottis 3 ou 4 fois une demi-seconde, face sans bactéries vers la
flamme.
Le frottis étant fixé, la lame ne présente plus de danger de contamination.
On peut alors effectuer la coloration désirée.
Remarque : avant de colorer, attendre que la lame refroidisse sous peine de cristallisation du premier
colorant ou de casse de la lame…
Technique générale d’une coloration
Toutes les colorations en bactériologie suivent un même principe qui peut se définir en 3 (éventuellement 4)
étapes qui sont :
- Etape de COLORATION (c’est le colorant qui donnera un résultat positif à la fin)

- Une éventuelle étape de mordançage ou d’intensification de la coloration
- Une étape de décoloration ou EPREUVE (c’est le caractère que l’ont cherché à mettre en
évidence)
- Une étape de CONTRE COLORATION qui permet d’observer les germes décolorés
précédemment (donc c’est le colorant donnant un résultat négatif)
1- La coloration de Gram
A- Principe
La coloration de Gram est la base de l’identification d’une souche bactérienne. Elle doit être parfaitement
maîtrisée car c’est le point de départ du choix des examens complémentaires à effectuer, des milieux à
ensemencer etc…
Au terme du processus de coloration, les bactéries dites « Gram Négatives » apparaissent roses tandis que
les bactéries dites « Gram Positives » sont colorés en bleu foncé/violet (rem : certaines bactéries telles que
les Bacillus, apparaissent parfois roses et violettes sur le même frottis, on les dit « Gram labiles » et les
différences de coloration sont dues à des différences d’âge des bactéries)
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La coloration de Gram est une coloration qui teste l’alcoolo résistance d’une souche bactérienne. En effet,
les différences de coloration des bactéries reposent sur des différences de constitution de la paroi : Les
bactéries Gram négatives ont une paroi plus fine que celles à Gram positives. De plus, cette paroi est très
riche en lipides (membrane externe de la paroi) dans laquelle l’éthanol est fortement soluble…
B- Technique
- Réaliser un frottis et le fixer.
- Coloration : violet de gentiane phéniqué durant une minute. Toutes les bactéries prennent ce
colorant et sont donc colorées en violet.
- rincer à l’eau du robinet
- Mordançage : recouvrir la lame de réactif de Lugol 1 minute (réactif iodo-ioduré qui accentue la
coloration).
- Rincer à l’eau
- Epreuve (alcoolo résistance) : Plonger 3 ou 4 fois une demi-seconde dans un pot d’alcool puis
rincer à l’eau du robinet immédiatement. Pendant cette étape, les lipides de la paroi des Gram moins
sont dissous et l’alcool peut donc pénétrer dans le corps bactérien et expulser le violet de gentiane.
Les bactéries Gram moins sont alcoolo-sensibles et sont donc décolorées. La paroi des Gram plus ne
laisse pas passer l’alcool et sont dites alcoolo-résistantes et restent colorées en violet.
- Contre coloration : Fuschine diluée au 1/20ème ou de safranine pendant une minute. Toutes les
bactéries prennent le colorant mais le violet masque la fuschine. Les « Gram positives » apparaissent
donc violettes, les « Gram négatives », recolorées par la fuschine, apparaissent roses.
- Rincer à l’eau du robinet et sécher entre deux feuilles de papier absorbant.
- Observer à l’objectif 100 à immersion, à pleine lumière.
Remarque : la coloration de Gram est parfois appelée coloration V.L.A.F afin de se rappeler les colorants
et dans quel ordre ils doivent être utilisés ( Violet, Lugol, Alcool, Fuschine).
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2- La coloration de Giemsa
A- Principe
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La coloration de Giemsa est une coloration polychromatique douce. En effet, le colorant de Giemsa contient
3 colorants (bleu de méthylène, azur de méthylène et éosine, l’élément le plus important étant un composé
qui se forme spontanément dans le mélange : l’éosinate d’azur de méthyle) qui donnent des colorations
différentes selon le support où ils se fixent. En bactériologie, cette coloration conservant mieux les cellules
et étant moins agressive que le Gram permet d’observer des bactéries fragiles, trop radicalement altérées par
une autre coloration : spirochètes, spirilles, mycoplasmes etc. Par ailleurs, elle permet également de mettre
en évidence la capsule bactérienne ou les bactéries intracellulaires.
B- Technique
La technique décrite ci-après est dite « coloration lente de Giemsa ». La solution de travail ne se conservant
pas, il faut la préparer extemporanément en diluant au dixième une solution mère (conservée à l’abri de
l’humidité et de la lumière) avec de l’eau tamponnée pH=7.
Dans cette coloration, les étapes de coloration, épreuve et contre coloration sont toute faites simultanément
lors de l’action du colorant de Giemsa
- Réaliser un frottis et le fixer de manière douce. Il est préférable de la laisser sécher longtemps à
l’étuve…
- Recouvrir de solution de Giemsa (diluée) et laisser colorer 30 minutes. On peut également utiliser
une cuve à coloration.
- Eliminer le colorant et rincer à l’eau tamponnée. Rincer ensuite à l’eau du robinet.
- Sécher entre deux feuilles de papier absorbant et observer à l’objectif 100 à immersion.
3- La coloration de Ziehl
A- Principe
L’importance en pathologie des bacilles tuberculeux et paratuberculeux ou encore celui de la lèpre en
médecine humaine, a conduit à la recherche de colorations particulières. Elles sont basées sur la capacité de
ces bactéries à conserver, après coloration à chaud à la fuschine, la teinte rose malgré l’action d’un acide fort
concentré et d’éthanol à 95°. Cette propriété est en relation avec une constitution particulière de la paroi :
elle est très riche en lipides (acide mycoliques, acides gras à longues chaînes et cires) qui ne sont retrouvés
que chez ces bactéries dites « alcoolo-acido-résistantes » ou BAAR.
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B- Technique
La technique de référence est la coloration de Ziehl-Neelsen.
- Réaliser un frottis et le fixer. Ce frottis ne doit être ni trop fin, ni trop épais.
- Coloration : recouvrir complètement la lame de fuschine de Ziehl concentrée et chauffer la lame.
Ce chauffage peut se faire à l’aide d’un bec Bunsen en faisant bien attention à ne pas rester trop
longtemps au même endroit (mouvement de va et vient). Le chauffage doit se poursuivre jusqu'à
émission de vapeurs blanches de phénol. Ce dégagement de vapeur doit durer au moins une minute
et le frottis ne doit jamais sécher (rajouter de la fuschine si nécessaire)
- Eliminer le surplus de colorant, laisser refroidir un peu la lame et rincer à l’eau du robinet.
- Epreuve (acido résistance) : Recouvrir la préparation d’une solution d’acide sulfurique au 1/4 (ou
d’acide nitrique au 1/3) pendant 30 secondes.
- Rincer à l’eau du robinet
- Recouvrir de bleu de méthylène pendant 1 minute.
- Rincer à l’eau du robinet et sécher entre feuilles de papier absorbant.
- Observer à l’objectif 100 à l’immersion.
Les éléments (bactériens ou non) acido-resistants apparaissent roses, les autres apparaissent bleus.
ATTENTION, à l’occasion des TP, nous réaliserons une variante, à froid, de cette coloration. En effet, le
chauffage de la lame provoque un dégagement de phénol (toxique) et parfois l’éclatement de la lame.
L’étape de coloration à la fuchsine se fera donc de la façon suivante :
Recouvrir de fuchsine concentrée pendant 5 minutes sans chauffer. Rincer à l’eau
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Les véritables éléments acido-résistants sont : les Mycobacterium, les spores bactériennes ou végétales, les
anneaux de lignine, les grains de pollen et les cryptosporidies (parasite).
A côté de ces éléments, d’autres bactéries sont partiellement acido-résistantes (Brucella, Rhodococcus,
Nocardia, Chlamydia, Actinobacillus, Bordetella…) et ne sont pas colorées par le Ziehl, méthode trop
agressive. On réalise alors une coloration de Köster :
- Réaliser un frottis et le fixer.
- Coloration : Recouvrir d’une solution de fuschine (ou safranine) à 2% dans de la soude molaire
pendant 1 minute.
- Laver à l’eau du robinet.
- Epreuve : Décolorer par action d’acide sulfurique 0.1% pendant 10 à 20 secondes.
- Rincer à l’eau du robinet.
- Contre-colorer par du bleu de méthylène pendant 20 secondes.
- Rincer, sécher entre deux feuilles de papier absorbant et observer à l’objectif 100 à immersion.
Les bactéries partiellement acido-résistantes apparaissent roses orangées sur fond bleu.
4- La coloration des spores

Certaines espèces bactériennes, et plus particulièrement le genre Bacillus (aérobie strict ou aéro-anaérobie)
et Clostridium (anaérobie strict), ont la propriété de former des spores, forme de résistance de ces bactéries
en particulier vis-à-vis de la chaleur et de la déshydratation, capables de redonner des bacilles.
La sporulation survient lorsque les conditions du milieu deviennent défavorables : milieu pauvre, cultures
âgées, déshydratation etc…
Les spores, très imperméables, sont parfois visibles à la coloration de Gram sous la forme de zones incolores
bien délimitées dans les bactéries ou à l’extérieur. Elles apparaissent très réfringentes à l’état frais. On peut
toutefois les colorer par les méthodes décrites ci-dessous :
A- Coloration « positive »
Il existe différentes colorations basées sur la même technique : Afin de colorer la spore, on utilise en
combinaison l’action de la chaleur et une forte concentration de colorant. Nous allons décrire la
coloration au vert malachite
- Réaliser un frottis et le fixer
- Coloration : Recouvrir d’une solution de vert malachite à 5%. Chauffer jusqu'à émission de vapeurs.
Laisser refroidir et chauffer à nouveau. L’opération doit durer 10 minutes
- Epreuve : Laver soigneusement
- Contre coloration : Recouvrir la lame de safranine ou de mercurochrome à 5 % pendant 1 minute
- Laver, sécher entre deux feuilles de papier absorbant
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- Observer à l’objectif 100 à immersion

Les spores apparaissent en vert foncés, les sporanges en vert pâle et les corps bactériens en rose
On peut également utiliser la coloration de Ziehl à chaud en faisant bouillir la fuschine… Les spores
apparaissent roses dans les corps bactériens bleus.
B- Coloration « négative »
On peut plus simplement mettre en évidence les spores bactériennes dans les
corps bactériens en faisant une coloration dite « négative ». En effet, cette fois
la spore n’est pas colorée et reste donc incolore dans un corps bactérien
coloré. La coloration la plus utilisée dans ce cas est la coloration au bleu de
méthylène simple :
- Réaliser un frottis et le fixer
- Recouvrir la lame de bleu de méthylène phéniqué pendant 1 minute
- Rincer à l’eau du robinet
- Sécher entre deux feuilles de papier absorbant
- Observer à l’objectif 100 à immersion.
Les spores apparaissent incolores dans des corps bactériens bleus
2.2. Morphologie des bactéries
 Formes des cellules bactériennes : les bactéries sont des organismes unicellulaires de formes variées
- bactéries de forme arrondies ou cocci, isolées, en chaînette, en amas (nombre variable de
cellules) : Staphylocoques, Streptocoques …
- bactéries de forme allongée ou bacilles isolés, en chaînette ou amas, de longueur et diamètre
variables : E.coli, Salmonella, Bacillus etc…
- bactéries de forme spiralée spirilles, spirochètes comme Treponema
- un groupe particulier de bactéries de forme filamenteuse se rapprochant des moisissures : les
Actinomycètes
 Taille : les bactéries les plus petites ont une taille d’environ 0,2 µm (Chlamydia) et les plus longues
certains Spirochètes peuvent atteindre 250µm de long. En moyenne la taille se situe entre 1 et 10 µm
 Associations cellulaires : une espèce bactérienne peut apparaître sous forme de cellules isolées séparées
ou en groupements caractéristiques variables selon les espèces : association par paires, en amas réguliers, en
chaînette, par quatre (tétrades) etc… Cependant il faut savoir que les groupements ne sont caractéristiques
qu’au sortir de l’habitat naturel de la bactérie; exemples :
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- Les Staphylocoques isolés d’un pus présentent des groupements caractéristiques en « grappe
de raisin »
- Les Streptocoques isolés d’un lait forment des chaînettes
Ensuite lorsque ces bactéries sont cultivées sur milieux synthétiques les groupements caractéristiques sont
généralement perdus.
Dans la nature certaines bactéries vivent en groupes de cellules peu différenciées : Cyanobactéries qui
forment des trichomes
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D’autres formes comme :

Coccobacille Extrémités renflées
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Extrémités fuselées Extrémités en forme de crosse
Forme filamenteuse
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Bactéries pédonculées
Pour en apprendre davantage sur les principaux groupes de Bactéries, consultez la figure 27.17, aux pages
42-43.
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Structure générale d’une bactérie :
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Les éléments constants de la cellule bactérienne

2.3. La paroi bactérienne
Méthodes d’étude
- expériences de plasmolyse (cellule plongée dans un milieu hypertonique, la paroi se « décolle »)
- broyage des bactéries et lyse par ultrasons
- congélation / décongélation
On sépare ensuite les différents constituants par centrifugation, lavages.
On passe ensuite à l’étude en microscopie électronique ou à l’étude chimique.
b) Aspect en microscopie électronique
On distingue 2 types de parois au microscope électronique : les Gram (+) et les Gram (-).
Un dessin simplifié de la paroi des bactéries Gram+ et Gram-. Différences structurales entres les parois des
bactéries Gram + et Gram en microscopie électronique une nette différence structurale entres les parois des
bactéries Gram + et Gram
Chez Gram + : paroi épaisse (15 à 80 nm), aspect homogène.
Chez Gram - : paroi fine (6 à 15 nm), aspect stratifie et hétérogène.
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Peptidoglycane Membrane externe 7 à 8

nm
De 20 à 80 nm
(80 à 90% de la paroi)
Peptidoglycane
De 2 nm (10 % de la paroi)
Espace périplasmique
Membrane plasmique 7.5 nm

Membrane plasmique 7.5 nm
Gram + Gram -
Structure chimique de la paroi

Principaux constituants chimiques présents dans la paroi des bactéries Gram positif et Gram négatif :
Paroi des bactéries Gram (+) Paroi des bactéries Gram (-)
Osamines : N-acétyl glucosamine (NAG) et Acide N-acétyl muramique (ANAM)
Acides teïchoiques et lipoteïchoiques Pas d’acides teïchoiques ni lipoteïchoiques
(polymères de polyribitol phosphate ou
polyglycérol phosphate)
Acides aminés dont 4 majeurs : Ala (D et L) D- Mêmes acides aminés (moins de L-Lys et de
Glu, L-Lys, acide diaminopomélique (DAP) DAP)
Peu de lipides (1 à 2 %) Lipides en grande quantité (10 à 20 % dans la
membrane externe)
a- Les osamines (sucres amines)
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b. les acides aminés
Glycine Staphylococcus aureus

Acide aspartique Lactobacillus acidophilusc.
c. acide teichoiques
-uniquement chez les bacteries Gram+
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-localises à l'extérieur de la paroi

-peuvent avoir un rôle antigénique.
C1- Acides lipoteïchoiques
-polymères de polyribitol phosphate (Staphylococcus aureus)
-polyglycérol phosphate(Bacillus subtilis)
d- Les oses simples
-Glucose Galactose Mannose, ect….
-Certains sont specifiques (Rhamnose chez les Streptococcus du groupe A)
-Leurs nature et type d’association spécificité des antigènes
e- Les lipides
-Faibles quantité chez les Gram -(10 à 22%)
-presque absents chez les Gram+ (1 à 2,5%).
f- Les acides mycoliques
Présents chez certaines espèces particulières (les mycobactéries), acides gras a longues chaines (C=60).
**La coloration de Gram : Les différences de constitution et de structure chimique des parois Gram (+) et
Gram (-) permettent d’établir le principe de la coloration élaborée par Christian GRAM (1884)
Le peptidoglycane : On retrouve un composé commun dans les parois des bactéries Gram (+) et (-) : le
peptidoglycane = muréine = mucopeptide. Il est composé de motifs glucidiques et peptidiques.
N.B: La partie commune à toutes les parois bactériennes est le PEPTIDOGLYCANE, enveloppe la plus
interne (en dehors des bactéries halophiles ou thermophiles et des mollicutes qui n’ont pas de paroi).
**Un schéma simplifié du peptidoglycane en utilisant les représentations suivantes :
1: ANAM 2: NAG 3: liaison glucosidique (β1-4) 4: tétrapeptide 5: pont

interpeptidique
Cette structure de polymère en réseau, qui donne à la cellule sa rigidité, est caractérisée par:
-Les ß (1,4) entre l'acide N-acétylmuramique et la N-acétylglucosamine
-l'ordre invariable des acides aminés qui forment le tétrapeptide
-le pontage entre la D-alanine d'un tétrapeptide et la L-lysine ou le DAP d'un tétrapeptide voisin
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-la liaison ß-glucosidique qui unie chez les Gram+, l'acide teichoïque au résidu N-acétylglucosamine
Chez les bacteries Gram+ Les acides teichoiques : deuxième composant essentiel de la paroi des bactéries
Gram+ (50% du PS de la paroi et 10% du PS de la cellule totale). Leur localisation exacte au niveau des
enveloppes est mal connue.
Chez les bacteries Gram - en plus du peptidoglycane, on insiste sur la présence de 2 autres couches
L’espace périplasmique : il contient des enzymes qui participent à la nutrition (hydrolases) et des protéines
qui sont impliquées dans le transport de molécules à l’intérieur de la cellule. **Les Gram (+) excrètent
plutôt les enzymes hors de la cellule. Ce sont alors des « exoenzymes ex : nucleases, phosphatases,
penicillinases»
-Un rôle dans la dégradation de certaines molécules venant de l'extérieur
-Un rôle dans le transport des substances nutritives vers de liaisons ou binding proteins)
-Certaines protéines peuvent être impliquées dans la chimiotaxie
La membrane externe de la paroi des bactéries Gram (-) : elle est liée à la couche de peptidoglycane par
la lipoprotéine de Braun. Elle est formée d’une bicouche dont seule la partie inférieure est
phospholipidique. La partie supérieure est constituée de LPS (lipopolysaccharide). Celui-ci comprend :
- une partie lipidique (lipide A) qui comporte une activité toxique
- liée à un polysaccharide central (le « core »)
- qui porte des chaînes de 3 à 6 sucres tournées vers l’extérieur (appelées « l’antigène O » car très
antigénique)
A cause du pouvoir toxique du lipide A, le LPS est appelée une « endotoxine ».
Protéines majeures (70 °/° des protéines de la membrane externe groupées pour former des pores
« porines » traversent toutes la membrane externe et sont fortement liées au peptidoglycane, le rôle de ces
protéines de transporter des molécules de PM<600 da; sans spécificité mais de préférence des molécules
neutre et des cations.
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Protéines mineures transport spécifique de petites molécules incapables de passer à travers les porines ex :
vit B12, nucléosides et les oligosaccharides comme le maltose et servent aussi des récepteurs pour des
macrophages.
Autre type de paroi

*Chez les Archéobactéries la paroi a une structure et une composition très différentes des Eubactéries.
Mais elles peuvent être colorées par la méthode de Gram et apparaissent soit Gram+, soit Gram- en fonction
de la structure de leur paroi ,l'élément structural de la paroi est un pseudopeptidoglycane.
Les Gram + ont une paroi avec une couche épaisse et homogène de peptidoglycane mais différent de celui
des Eubactéries, on parle de pseudomuréine. La pseudomuréine contient seulement des AA L dans les ponts,
de l’acide N-acétyl alosaminuronique et pas de NAM et des liaisons osidiques  1-3.
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Les Gram- n’ont pas de membrane externe ni de peptidoglycane, mais elles possèdent une couche
superficielle de sous-unités protéiques ou lipoprotéiques.
*Les mycobactéries Se multipliant très lentement. Leur paroi est très riche en lipides et contient des cires :
acides gras en C60 (acides mycoliques), qui empêchent de « prendre » la coloration de Gram.
Ces bactéries sont dites : BAAR : bacilles acido-alcoolo-résistants. On les appelle aussi « bactéries sans
paroi ». Ex : Mycobacterium bovis, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprea.
Les rôles de la paroi
Participe à la mobilité
lysotypie
Toxicit
é
Afin d’étudier les rôles de la paroi, on utilise un enzyme lytique, le lysozyme.

Le lysozyme clive les liaisons β 1-4 glycosidiques entre le NAG et l’ANAM. Il en résulte une
destruction totale du peptidoglycane chez les bactéries Gram(+), et une fragmentation de celui-ci chez
les Gram(-) car le peptidoglycane est moins accessible à cause de la membrane externe.
Expérience :
1- On place une souche de Bacillus subtilis (bacille Gram+) en milieu hypotonique : la bactérie se
comporte normalement.
2- Si on ajoute du lysozyme à cette suspension, les bactéries gonflent et éclatent.
3- On fait la même expérience en milieu isotonique, les bactéries n’éclatent pas en présence de
lysozyme, mais elles prennent une forme sphérique appellée : PROTOPLASTE. Les
protoplastes ne possèdent plus les propriétés antigéniques de la bactérie, ne se divisent plus, ne
fixent plus les bactériophages et sont incapables de mobilité.
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4- On fait la même expérience avec Escherichia coli (bacille Gram-) : en milieu isotonique +
lysozyme, les bactéries prennent une forme sphérique appelée : SPHEROPLASTE. Les
sphéroplastes conservent toutes les propriétés initiales de la bactérie.
Rôle 1 de la paroi : assurer le maintien de la forme de la bactérie, Confère à la bactérie sa forme (si on
enlève la paroi, on obtient des cellules sphériques = protoplastes)
Rôle 2 de la paroi : assurer une protection contre la pression osmotique intracellulaire (car forte
concentration en métabolites à l’intérieur de la cellule >> l’eau rentre). Confère à la cellule sa rigidité et sa
résistance aux pressions (pression osmotique interne des bactéries 5 à 20 atm)
Rôle 3 de la paroi : propriétés antigéniques
Un protoplaste ne possède plus les propriétés antigéniques de la bactérie d’origine. En effet, on trouve
comme antigènes pariétaux (= de la paroi) :
- chez les Gram(+) : peptidoglycane + acides teïchoiques et lipoteïchoiques + polyoside C chez les
streptocoques
- chez les Gram(-) : les antigènes O du LPS.
L’étude des protoplastes met également en évidence d’autres rôles :
Rôle 4 de la paroi : permettre la fixation des bactériophages. Ils reconnaissent des récepteurs localisés
sur le peptidoglycane des Gram(+) ou la membrane externe des Gram(-). Cette propriété est utilisée pour
l’identification de certaines bactéries : c’est la lysotypie.
Rôle 5 de la paroi: participer à la mobilité. En effet, les flagelles sont implantés dans la membrane
cytoplasmique mais ne peuvent pas fonctionner en absence de peptidoglycane (d’où immobilité des
protoplastes)
Rôle 6 de la paroi : toxicité. Chez les Gram(-), le LPS est une endotoxine (effet toxique porté par le lipide
A) qui peut donner fièvres et lésions.
Rôle 7 de la paroi : perméabilité. La paroi laisse passer de petites molécules comme l’eau, les sels
minéraux ou des métabolites simples. Par contre elle est plus ou moins perméable à certains solvants
(exemple l’alcool. cf coloration de Gram). Contrôle la diffusion des molécules en fonction de leur taille,
degré d'hydrophobicité...,
assure le captage des nutriments importants : récepteurs et transporteurs membranaires spécifiques et
effectue le rejet des composés nocifs dans le milieu extérieur : pompes d'efflux.
Rôle 8 de la paroi : Adaptation
Se modifie pour permettre la croissance et la division cellulaire
Rôle 8 de la paroi : Classification
Elle est colorable par la méthode de Gram (1884).
28
2. 4.La membrane cytoplasmique

Techniques d’étude
- Expériences de plasmolyse en milieu hypertonique.
- Microscopie électronique
Structure et composition chimique
Elle possède le même type de structure que celle d’une cellule eucaryote (bicouche phospholipidique) mais
avec beaucoup moins de glucides et jamais de stérols (sauf les mycoplasmes).
Elle est composée de 60 à 70 % de protéines et 30 à 40 % de lipides.Enzymes de la chaine respiratoire (les
déshydrogénases) et Coenzymes: cytochromes, les cytochromes oxydases ect.
29
Rôles de la membrane cytoplasmique

1. Rôle de barrière semi-perméable (ou semi sélective): elle permet le passage de molécules lipophiles et
empêche le passage des molécules hydrophiles.
On distingue 2 grands types de transport :
Le transport passif : il se fait dans le sens du gradient de concentration et ne nécessite pas d’énergie.
Le transport actif : il se fait en sens inverse du gradient de concentration des molécules, ce qui nécessite
l’utilisation d’énergie (généralement fournie sous forme d’ATP).
2. Site de fixation des flagelles (voir « les flagelles » plus loin)
3. Possède des protéines membranaires ayant pour rôles :
-Enzymes responsables de la biosynthèse et de l’excrétion dans l’espace périplasmique de molécules
nécessaires à la synthèse de la paroi
-Enzymes de la chaîne respiratoire permettant la synthèse d’ATP
-Transporteurs de diverses molécules (ions, sucres, …) dans les 2 sens.
Pour plus de détails sur les mécanismes de transport au travers de la membrane plasmique se reporter aux
livres suivants : « Physiologie de la cellule bactérienne » de Neidhart et « Bactéries et environnement » de
Pelmont
De plus la membrane joue un rôle important dans la détection de composés présents dans le milieu
environnant grâce à la présence de protéines transmembranaires du chimiotactisme. Ceci permet aux
bactéries dotées de flagelles de « nager » vers les endroits qui leur sont les plus favorables, les plus riches en
nutriments par exemple et de s’éloigner des endroits défavorables comme ceux qui contiennent des
substances toxiques. Ces protéines interviennent dans le sens de rotation des flagelles.
2.5. Le cytoplasme
Délimité par la membrane cytoplasmique.
30
Sorte de gel contenant de l’eau et :

 Des ribosomes: interviennent dans la synthèse des protéines. Sont associés en chapelets sur
l’ARNm sous forme de polysomes. Sont composés de 2 sous-unités de taille différente (diamètre de
10 à 30 nm ; constante de sédimentation de 70S). Sont composés de protéines et d’ARNr (particules
ribo-nucléiques). On peut les colorer par du bleu de méthylène.
 Des substances de réserve = inclusions cytoplasmiques : en général, chaque groupe de bactéries
synthétise une seule catégorie de substances de réserve qui forment des agrégats, parfois de grande
taille. Cela peut être des glucides (amidon et surtout glycogène), des lipides (poly-hydroxy-butyrate)
et parfois des minéraux (fer, soufre).
- réserves polysaccharidiques : amidon ou glycogène qui se forment en réponse à un excès de
source de C alors que la source d’azote ou de S ou de P est limitante. Inclusions trouvées
notamment chez les bactéries des genres Bacillus, Micrococcus, Neisseria…..
- granules de PHB ( = poly-béta-hydroxybutyrate ) réservoirs de C et d ‘énergie qui
s’accumulent quand les éléments nutritifs autres que la source de C deviennent limitant. Elles
sont trouvées notamment chez les Vibrio et les Pseudomonas.
- Granules de polyphosphates inorganiques ou volutine chez la plupart des bactéries ; ce sont
des réserves de phosphate.
- Des lipides et des esters d’acides gras à longues chaînes sont stockés dans des vacuoles chez
les Mycobactéries notamment.
 Des organites spécialisés : différents de ceux trouvés dans les cellules eucaryotes. On trouve des
chromatophores (organites spécialisés dans la photosynthèse), des vacuoles à gaz (permettant aux
bactéries aquatiques de flotter à la surface de l’eau).
 Des pigments : (= molécules colorées). On trouve des bactériochlorophylles (couleur verte) ou des
caroténoïdes (couleur jaune de l’espèce Staphylococcus aureus).
Le pH du cytoplasme se situe autour de 7 – 7.2.
2.6. L’appareil nucléaire
Techniques d’étude
Elles nécessitent de distinguer l’ADN des ARN, très nombreux dans le cytoplasme, qui masquent le
chromosome bactérien.
Coloration de FEULGEN : traitement à l’acide chlorhydrique (HCl) dilué qui libère le désoxyribose et
ses fonctions aldéhyde. En présence de réactif de Schiff (colorant basique), les résidus aldéhydiques se
colorent en rouge foncé.
Technique de BOIVIN : destruction de l’ARN par une ribonucléase, puis coloration classique de l’ADN
par un colorant basique (réactif de Schiff, bleu de méthylène…)
Autoradiographie : on fait incorporer aux bactéries de la thymidine tritiée (traitée avec le Tritérium)
(base T spécifique de l’ADN) pendant leur croissance. La radioactivité résultante impressionne un film
photographique.
Structure du chromosome bactérien
Le chromosome bactérien est une unique molécule d’ADN circulaire fermée et très longue (environ 1000
fois plus longue que la bactérie : 1360 µm chez E.coli ) libre et pelotonnée dans le cytoplasme. L’absence
de membrane nucléaire conduit à parler d’appareil nucléaire ou de nucléoide plutôt que de noyau. Cet ADN
est associé à des protéines notamment des topoisomérases qui interviennent dans le repliement de la
molécule d’ADN, par contre on ne trouve pas d’histones comme chez les eucaryotes.
31
Une bactérie peut renfermer plus d’une copie de son chromosome, ceci dépend notamment des conditions de
croissance ; les cellules en croissance rapide ont plus d’une copie car la réplication de l’ADN se met en
route avant que la division cellulaire ne s’amorce et la séparation effective des deux cellules filles peut
intervenir avec retard sur la réplication.
Il y a autant de « A que de T » et autant de « C que G » par contre le rapport (A+T)/G+C) mieux connu sous
le nom de coefficient de Chargaff varie selon les espèces. On l’exprime en GC%. 50% chez E.coli 60% chez
Pseudomonas, 25 à 45% chez Clostridiums.
Rôles du chromosome bactérien
Il est le support des caractères héréditaires, de l’information génétique. Il va se répliquer à l’identique
pour que une cellule fille hérite du même potentiel génétique que la cellule mère.
Les éléments facultatifs de la cellule bactérienne

2.7. La capsule
Pour qu’elle existe il faut que :
- la bactérie possède les gènes codant pour sa fabrication
- que la bactérie ait à sa disposition dans le milieu de culture les éléments nécessaires à sa fabrication
(principalement des glucides.
Mise en évidence
Etat frais à l’encre de chine : les bactéries apparaissent sur fond sombre avec un halo clair autour du corps
bactérien qui correspond à la capsule.
Microscopie électronique
32
Techniques immunochimiques : des Ac anti-capsulaires se fixent sur les Ag capsulaires. Le complexe Ag-
Ac précipite et augmente l’épaisseur de la capsule qui devient visible au microscope. Cette réaction est
appelée : Réaction de gonflement de la capsule de NEUFELD.
Morphologie et structure chimique

De nombreuses bactéries sont capables de synthétiser des polyosides de surface. Parmi ces polyosides de
surface, on distingue de façon quelque peu arbitraire, la capsule et les couches muqueuses ou slime. *Soit
une couche gélatino-muqueuse, bien définie, entourant un ou plusieurs corps bactériens (ex :
Pneumocoques (Streptococcus pneumoniae) encapsulés en diplocoques ; Klebsielle pneumoniae encapsulée
seule) *soit une couche diffuse et visqueuse
Sur milieu solide, les colonies donnent un aspect caractéristique : type M (exemple : Klebsiella
pneumoniae)
La capsule est en général de nature polysaccharidique, et quelquefois polypeptidique (Bacillus anthracis
ou megatherium).
Couche muqueuse ou slime : couche diffuse, facilement séparable du corps bactérien. La production de
slime est fréquente chez les bactéries aquatiques et particulièrement importante chez les bactéries du genre
Zooglea qui produisent des masses gluantes. Certains polyosides produits par des bactéries ont un intérêt
industriel et sont produits comme gélifiant notamment en industries alimentaires : Leuconostoc
mesenteroides produit des dextrans, Xanthomonas des xanthanes …
Couche S : couche de surface cristalline de découverte relativement récente car elle ne peut être mise en
évidence que par microscopie électronique. Elle est constituée de sous unités protéiques organisées de façon
cristalline selon un système géométrique carré, hexagonal ou oblique (ressemble à la cotte de maille des
armures) . Elle a été trouvée chez des Archeobactéries ( Methanococcus par ex) et chez des Bactéria (
Chlamydia, Treponema, Helicobacter, Bacillus Clostridium …). La couche S joue un rôle en tant que
squelette mais elle pourrait aussi être impliquée dans l’adhésion, dans la résistance aux protéases des
macrophages et dans la protection vis à vis des bactériophages.
Rôles et propriétés
33
La capsule n’a pas un rôle vital pour la bactérie (sans elle, elle peut vivre et se multiplier), mais elle peut être
utile à la bactérie grâce à ses rôles :
 De protection : contre les UV, la dessiccation, les agents physiques et chimiques
 Dans le pouvoir pathogène :
 Elle s’oppose à la phagocytose en diminuant l’adhésion de bactéries aux macrophages
 Elle exerce un chimiotactisme négatif sur les leucocytes
 Elle empêche la pénétration des antibiotiques
Ainsi pour certains germes (ex : pneumocoques), une perte de la capsule correspond à une perte de la
virulence.
 Antigénique : les Ag capsulaires sont responsable de la spécificité sérologique (Ag K). A partir de cette
propriété, une classification peut être établie (ex : 70 types sérologiques différents chez Streptococcus
pneumoniae).
2-8 Les flagelles
Ce sont des organes locomoteurs spécialisés. Ils sont très rares chez les coques.
Mise en évidence
 Indirecte : état frais (bactéries en mouvement) ou en milieu semi-gélosé (MM)
 Directe : en microscopie optique après avoir épaissi les flagelles par des colorations spéciales (Rhodes,
Leifson : fuschine basique) ; ou en microscopie électronique.
Morphologie et mode d’insertion
Ils mesurent en moyenne 16 à 20 μm (beaucoup plus que la bactérie) et sont très fins (300 Å d’épaisseur).
Il existe différents modes d’insertion des flagelles, selon le nombre et la position de ceux-ci :
Insertions
polaires
Insertion
péritriche
Ils sont fixés à la bactérie par insertion dans la membrane cytoplasmique.

Ils sont mobiles par rotation, comme une hélice, grâce à un mécanisme similaire à un « rotor » fonctionnant
grâce à l’énergie fournie par un gradient de protons.
Le mécanisme de rotation s’effectue grâce à un complexe situé dans la paroi.
34
Architecture moléculaire
Le flagelle bactérien est constitué de 3 parties :
- le filament hélicoïdal
- le crochet
- le corpuscule basal
1. Le filament
C’est un cylindre creux constitué d’une seule protéine multimérique : la flagelline (PM : 30.000 à 60.000
g/mol). La flagelline, protéine fibreuse, se positionne en hélice rigide qui tourne à la manière de l’hélice
d’un bateau.
2. Le crochet
Il lie le filament au corpuscule basal.
Il a la même composition que le filament, mais à cet endroit, la flagelline ne possède pas le même
d’hélice, ce qui permet la formation d’un coude.
Le crochet est plus court que le filament, mais plus large. Très flexible, il permet d’induire le mouvement
de la bactérie.
La jonction crochet-filament est assurée par des « protéines associées au crochet » = protéines HAP
(Hook Associated Proteins).
3. Le corpuscule basal
Enfoui dans la cellule, il insère le flagelle dans le corps cellulaire.
Son architecture, assez complexe, peut être simplifiée en 3 parties :
- une partie mobile = le rotor
- une partie fixe = le stator
- un inverseur qui déclenche le mouvement soit dans le sens des aiguilles d’une montre
(CW) soit dans le sens inverse (CCW). Sa composition est différente chez les bactéries Gram (+) et Gram
(-).
Synthèse du flagelle
20 à 30 gènes sont impliqués dans la synthèse des flagelles. La synthèse du flagelle se fait par un
assemblage séquentiel des différents composants : disques, du corps basal, puis du crochet et enfin du
filament.
La croissance du flagelle est assurée non pas à partir de la base mais par un prolongement de l’extrémité
c’est l’auto assemblage. La destruction de la paroi par des lysozyme aboutit à la formation de protoplaste
ou spheroplaste cilié. Puisque l’origine du cil est au niveau du cytoplasme et non pas la paroi.
35
Microscopie électronique montre que le flagelle traverse la paroi et prend racine dans le cytoplasme au
niveau d’un granule basal de structure complexe, lié à l’enveloppe bactérienne. Ce corps basal comprend
deux anneaux protéiques, le plus interne est lié à la membrane cytoplasmique, le plus externe visible surtout
chez les bactéries Gram-, est lié aux LPS et au peptidoglycane.
Fonctionnement du flagelle
C’est une force « proton motrice » qui est responsable de la rotation (mécanisme pas totalement élucidé).
36
C'est-à-dire qu’un gradient de protons se dispersant au travers des 2 anneaux fournit l’énergie nécessaire à
la rotation. L’ATP ne semble pas être impliquée dans la rotation du flagelle.
 Selon le sens de rotation du flagelle, la bactérie ne se comporte pas de la même manière :
1 2
1 : Dans le sens inverse des aiguilles d’une montre (CCW), la bactérie avance en tournant légèrement sur
elle-même
2 : Dans le sens des aiguilles d’une montre (CW), la bactérie culbute et change alors de direction pour
repartir en avant avec les flagelles tournant CCW.
Remarque : pour les ciliatures péritriches :
1 : tous les flagelles sont regroupés à l’arrière du corps bactérien (comme les tentacules d’un poulpe)
2 : les flagelles se dispersent autour du corps bactérien et la bactérie culbute.
37
Rôles des flagelles

1. La locomotion
Mises en évidence sur des milieux semi-gélosés (diffusion dans la gélose) ou sur milieu solide
(envahissement de la surface de la boîte. Ex : Proteus).
2. Rôle antigénique
Les antigènes flagellaires (Ag H) déterminent différents sérotypes (exemple : sérotypage des Salmonella.
Voir TP). En présence de l’anticorps correspondant à leur Ag H, les bactéries agglutinent et les bactéries
s’immobilisent. La spécificité antigénique repose sur le nombre et la séquence des acides aminés de la
flagelline.
3. Fixation des bactériophages
Les flagelles sont le lieu de fixation de certains bactériophages.
4. Le chimiotactisme
Certaines substances attirent les bactéries mobiles, d’autres les repoussent.
Selon la composition du milieu de culture, on distingue 2 types de trajectoires :
Les mouvements se font au hasard, les Les courses sont plus longues, les culbutes
courses sont courtes, les culbutes sont moins fréquentes, et une direction
fréquentes, et il ne se dégage pas une privilégiée apparaît en fonction d’un
direction privilégiée. gradient de substances attractives ou
répulsives.
Le milieu de culture est donc neutre.

2.9. Les pili ou fimbriae
(Fimbriae = « filament » ou « fibre » en latin ; pili = « cheveu » ou « structure chevelue » en latin)
Ce sont des structures filiformes, différentes des flagelles, qui sont quasi systématiques chez les Gram (-)
et rares chez les Gram (+).
Ils sont de nature protéique.
On distingue 2 sortes de pili :
 Les pili communs ou de type I : ils sont nombreux autour de la bactérie, courts (de l’ordre de
1µm) et rigides (on les appelle également des cils). Ils sont impliqués dans les propriétés
d’adhésion des bactéries aux tissus. Ils constituent donc un facteur de virulence pour les bactéries
pathogènes.
 Les pili sexuels ou de type II : ils sont plus longs (10 µm environ) et se terminent par un
renflement. Leur nombre varie entre 1 et 4. Ils ont un rôle dans la conjugaison bactérienne (un des
3 modes de transfert de matériel génétique d’une bactérie à une autre).
38
Les pili de la bactérie donatrice vont permettre de reconnaître une bactérie réceptrice (de l’amarrer) et
entraîner la création d’un pont cytoplasmique entre les 2 bactéries, permettant ainsi le passage d’une
molécule d’ADN.
2.10. Les plasmides

Ce sont des molécules d’ADN bicaténaire, extra-chromosomiques, plus petites que le chromosome
bactérien (environ 1.000 à 3.000 pb soit 1/100 du chromosome), capables d’autoréplication. Certains
plasmides peuvent s’intégrer au chromosome bactérien : on les appelle des épisomes.
Les plasmides apportent du matériel génétique supplémentaire à la bactérie, qui code pour des caractères
additionnels, mais non indispensables au métabolisme normal de la cellule bactérienne.
Non indispensables à la survie de l’espèce, ces plasmides confèrent aux bactéries qui les hébergent des
avantages sélectifs importants : ils portent des gènes codant des résistances aux antibiotiques, à des métaux
lourds, des gènes codant des voies métaboliques nouvelles comme la possibilité d’utiliser des hydrocarbures
et des dérivés organiques complexes (très fréquents chez les bactéries du genre Pseudomonas ). Certaines
bactéries portent aussi des gènes codant la synthèse de substances comme des antibiotiques, des toxines et
des facteurs de virulence.
Remarque : importance des plasmides portant des gènes de résistance aux antibiotiques dans
l’augmentation des cas d’infections nosocomiales.
Ces plasmides peuvent se transférer d’une bactérie à une autre par différents mécanismes (voir cours de
génétique bactérienne). Les plasmides sont des outils très utiles en génie génétique : on introduit dans une
bactérie des gènes non bactériens portés par des plasmides, afin de lui faire acquérir de nouveaux
caractères (exemples : synthèse d’insuline, d’hormone de croissance, vaccin HBV…).
Mode de transfert soit par conjugaison, mobilisation, transduction ou transformation.
39
Roles des plasmides

*Résistance aux antibiotiques (streptomycine, tetracycline,…)
*Résistance aux metaux lourds comme l’Hg, cd, pb
*Intervention dans la dégradation de certains composés aromatiques
*Intervention dans la production des substances a rôle pathogène
40
Intervention dans la production de bactériocines

Caractères métaboliques : un grand nombre de caractères biochimiques des bactéries sont d’origine
plasmidique. Citons à titre d’exemples:
 Utilisation du Citrate de Na, production H2S, hydrolyse de l’urée (E. coli).
 Dégradation du lactose, saccharose dans les genres Salmonella, Proteus, Serratia.
Les plasmides qui codent pour ces propriétés inhabituelles chez la souche sauvage, sont appelés plasmides
métaboliques
Production de substances à rôle pathogène
L’exemple le plus étudié est rencontré chez les Escherichia coli, responsables de diarrhées:
 Les E. coli entéropathogènes : fréquentes diarrhées chez le nourrisson.
 Les E. coli entérotoxiques, responsables des diarrhées dans les pays en développement.
 Les E. coli entéro-invasive, pathogènie identique à celle de Shigella.
Le pouvoir pathogène dans les 3 cas est contrôlé par une information génétique portée par un plasmide,
codant pour des entérotoxines. Et des facteurs de colonisation permettant l’attachement des bactéries à la
surface de l’épithélium intestinal.
Production de bactériocines
-En 1915 Gartia remarque qu’une souche d’E. coli est capable d’en tuer une autre. La substance est appelée
bactériocine.
-Le nom dérive toujours de l’espèce : Colicines, pyocines, vibriocines
-Elles sont comme des antibiotiques par leur action bactéricides ou bactériolytiques, mais elles sont
différentes par leur nature protéique, leur mode d’action et leur transfert héréditaire
2.11. Les spores
Ce sont des structures de résistance formées par certaines bactéries lorsque les conditions deviennent
défavorables (carence en éléments nutritifs …).
Trois genres bactériens sont caractérisés par des endospores : Bacillus, Clostridium et Sporosarcina. Ce
sont toutes des bactéries Gram (+).
Mise en évidence
 Les spores sont visibles à la coloration de Gram où elles apparaissent comme des espaces vides à
l’intérieur des bactéries : seul le contour de la spore apparaît coloré.
 A l’état frais, elles apparaissent comme de petites masses réfringentes au sein de la bactérie, ou
libres dans le milieu.
 Il existe des colorations spéciales basées sur le caractère acido-alcoolo-résistant des spores.
Exemple : coloration au vert de malachite = coloration de Benito-Trujillo. Après une contre
coloration par la fushine, les spores apparaissent verte dans la bactérie rose.
Morphologie et structure
Les spores sont de petites unités ovales ou sphériques.
Elles peuvent déformer ou non le corps bactérien. Leur position dans la cellule est variable : centrale,
terminale, subterminale.
41
La spore peut-être libre ou non. La recherche de tous ces caractères se fait dans un but taxonomique.
Composition chimique
La spore possède de nombreuses enveloppes.
La spore se différentie de la cellule végétative par :
 une faible teneur en eau (d’où résistance à la dessiccation)
 une faible teneur en enzymes (activité métabolique réduite)
 la présence de dipicholinate de calcium dans une enveloppe particulière : le cortex
 une diminution du nombre de liaisons entre NAM et NAG
 la présence de protéines de type kératine dans les tuniques
42
Structure d’un endospore de Bacillus anthracis (x 150000)
La spore possède une paroi et une membrane plasmique identiques à celle de la cellule végétative.
L’enveloppe la plus externe est mince, appelée exosporium. Sous l’exosporium on trouve le manteau ou la
tunique, composée de plusieurs feuillets protéiques. Le cortex est localisé juste sous la tunique. Enfin le
protoplaste (cytoplasme) ou coeur de la spore, contient les ribosomes, le nucleoïde et des enzymes inactives.
L’exoporium de Bacillus anthracis par exemple est composée de protéines, d’osamines et de
polysaccharides neutres. Elle contient une multitude d’enzymes nécessaires à la germination et/ou à
l’interaction avec les cellules de l’hôte tels que les macrophages.
La tunique est de nature protéique et selon l’espèce elle est constituée de protéines ressemblant à la
kératine chez Bacillus cerus ou au collagène chez Bacillus subtilus. Elle contient également les enzymes
nécessaires à la germination.
Le cortex est constitué de peptidoglycane différent de celui de la paroi avec moins de ponts interpeptidiques
car 50% de NAM (acide N-acetyl muramique) sont remplacés par des MAL (résidus lactam-muramique)
Le protoplaste pauvre en eau, contenant des enzymes inertes et du dipicolinate de Calcium qui stabiliserait
l’ADN chromosomique de la spore. Il contient également d’autres protéines acides qui se fixent en grandes
concentration sur l’ADN pour également le protéger. On trouve également des enzymes de la réparation de
l’ADN lors de la germination.
Le cycle sporal
Il représente le passage de la forme végétative à la forme sporulée et inversement :
SPORULATION
Forme végétative Forme sporulée
GERMINATION
43
Afin que la spore germe, elle doit se trouver dans des conditions favorables : eau, nutriments, pH, force
ionique, température convenable, pas d’agents antimicrobiens.
Inversement, des conditions défavorables de croissance entraînent la sporulation ou l’absence de
germination de la spore.
Le cycle sporal
La sporulation :
44
La sporulation dure environ 7 heures. Elle est provoquée par l’épuisement du milieu en substrat nutritif et
elle peut nécessiter des conditions particulières : absence d’oxygène pour les Clostridium, présence
d’oxygène au contraire pour Bacillus anthracis.
Le processus de sporulation débute à la fin de la phase exponentielle et se déroule en 6 étapes :
Stade 1 : formation du filament axial : la division nucléaire n’étant pas suivie d’une division cellulaire, les
deux génomes fusionnent donnant un filament chromatique axial
Stade 2 : les deux génomes se séparent et en même temps la membrane cytoplasmique s’invagine près d’un
pôle de la cellule pour former un septum de sporulation qui partage la cellule en deux parties inégales.
Stade 3 : Ce septum va envelopper le cytoplasme de la plus petite partie pour former une préspore
caractéristique
Stade 4 : entre les deux membranes limitant la préspore se forme la paroi sporale puis apparaît rapidement le
cortex
Stades 5 et 6 : apparition des tuniques et après maturation, la cellule végétative se lyse et libère la spore.
Propriétés de la spore
La spore possède de nouvelles propriétés par rapport à la cellule végétative :
 Thermo résistance :
La spore résiste en général à des températures de 70-80°C pendant 10 minutes, parfois plus. Cette propriété
est due à la présence de l’acide dipicholinique et à la déshydratation de la spore. (Les protéines et les
acides nucléiques à l’état déshydratés sont très résistants à la dénaturation thermique).
Cette propriété entraîne des problèmes importants dans les hôpitaux, les salles de chirurgie et les industries
alimentaires (Clostridium tetani >> tétanos ; C. botulinum >> botulisme)
 Résistance aux agents physiques et chimiques :
La spore résiste aux rayons UV, X, ultrasons, antiseptiques, désinfectants, ATB (un ATB bactéricide pour
une bactérie peut s’avérer simplement sporostatique pour les spores de la même bactérie). Cela pose
également des problèmes dans les hôpitaux.
 Résistance à la dessiccation et au vieillissement :
Ces phénomènes semblent dus à la faible teneur en eau et au métabolisme ralenti : on parle d’état de
dormance.
 Synthèse d’antibiotiques :
Certaines bactéries synthétisent des ATB au début de la phase de sporulation. Exemple : Bacillus
licheniformis synthétise ainsi la Bacitracine ; Bacillus polymyxa la polymyxine
Mais aussi des toxines (entérotoxine de Clostridium perfringens) ou des substances à activité biopesticide
(Toxines létales pour des insectes) comme le corps parasporal de Bacillus thuringiensis et de Bacillus
sphaericus.
La germination
Placée dans des conditions favorables (eau glucose acides aminés) la spore redonne naissance à une cellule
végétative. On distingue 3 stades dans le processus de germination :
1. l’activation : correspondant à une lésion des enveloppes sporales par des agents physiques (choc
thermique) ou chimiques (acides, lysozyme …) ou mécaniques (abrasion, choc). Remarque : l’activation
thermique est mise à profit au cours de la tyndallisation qui consiste à chauffer 3 fois le produit à
stériliser : 30 min à 60°C (destruction des formes végétatives et induction de la germination d’éventuelles
spores), le deuxième chauffage à 60°C 30 minutes tue les spores issues de la germination et induit la
45
germination des spores résiduelles et le troisième chauffage dans les mêmes conditions détruit les
dernières formes végétatives.
2. L’initiation débute en présence de conditions favorables d’hydratation et de métabolites effecteurs
(alanine, magnésium adénosine …) qui pénètrent à travers les enveloppes endommagées. Des enzymes
hydrolytiques dégradent les constituants de la spore ; il y a libération du dipicolinate de calcium. Le cortex
est détruit, la spore s ‘imbibe d’eau et gonfle.
3. L’émergence de la nouvelle cellule végétative : grâce à l’altération des enveloppes
46

2eme Bio Bouzid Microbiologie 2019-2020

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RONDE IRREGULIERE EN ETOILE ENVAHISSANTE

Très fréquemment observé : Bombée et plate

Les colonies à bords réguliers (= nets) et celles à bords irréguliers

On distingue les colonies lisses et les colonies rugueuses

2. Les Observations microscopiques (Etat frais et mobilité, colorations)

- Etape de COLORATION (c’est le colorant qui donnera un résultat positif à la fin)

4- La coloration des spores

- Observer à l’objectif 100 à immersion

D’autres formes comme :

Extrémités fuselées Extrémités en forme de crosse

Structure générale d’une bactérie :

Les éléments constants de la cellule bactérienne

Peptidoglycane Membrane externe 7 à 8

(80 à 90% de la paroi)

Membrane plasmique 7.5 nm

Structure chimique de la paroi

a- Les osamines (sucres amines)

b. les acides aminés

Glycine Staphylococcus aureus

-localises à l'extérieur de la paroi

1: ANAM 2: NAG 3: liaison glucosidique (β1-4) 4: tétrapeptide 5: pont

Autre type de paroi

Les rôles de la paroi

Afin d’étudier les rôles de la paroi, on utilise un enzyme lytique, le lysozyme.

2. 4.La membrane cytoplasmique

Rôles de la membrane cytoplasmique

Sorte de gel contenant de l’eau et :

Les éléments facultatifs de la cellule bactérienne

Morphologie et structure chimique

Ils sont fixés à la bactérie par insertion dans la membrane cytoplasmique.

Rôles des flagelles

Le milieu de culture est donc neutre.

2.10. Les plasmides

Roles des plasmides

Intervention dans la production de bactériocines

Structure d’un endospore de Bacillus anthracis (x 150000)

Forme végétative Forme sporulée

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