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bactériennes et virales
Pr T. OUASSA
Département de bactériologie-Virologie
UFR SPB/UFHB
DES BIO 3 2023-2024
Plan
Introduction
I. Généralités
II. Bactéries responsables d’infections respiratoires
III. Infections respiratoires virales
Conclusion
Plan
Introduction
I. Généralités
II. Bactéries responsables d’infections respiratoires
III. Infections respiratoires virales
Conclusion
Introduction
I. Généralités
II. Bactéries responsables d’infections respiratoires
III. Infections respiratoires virales
Conclusion
I. Généralités (flores)
I. Généralités (différentes étiologies)
Plan
Introduction
I. Généralités
II. Bactéries responsables d’infections respiratoires
III. Infections respiratoires virales
Conclusion
II. Les bactéries responsables
d’infections respiratoires
Legionella
Chlamydophyla Staphylococcus aureus
Mycoplasma Klebsiella pneumoniae
Hemophilus
Bordetella
9
LEGIONELLA
LEGIONELLA
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
LEGIONELLA
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
1-Généralités
1.1.Taxonomie
• Phylum : Proteobacteria
• Classe : Gammaproteobacteria
• Ordre : Legionellales
• Famille : Legionellaceae
• Genres : Legionella, Fluoribacter , Sarcobium, Tatlockia
• Espèces : L. pneumophila = espèce type + 49 autres espèces
• S/espèces : pneumophila, fraseri, pascuelli
1- Généralités
1.2. Réservoir
• Germes hydrotelluriques affectionnant l'eau
(stagnante+++, tiède)
• Réservoirs naturels : lacs, rivières, puits, eau
de pluie stagnante, sols et compostes
humides.
• Gîtes de prédilection : tours
aéroréfrigérantes, eau chaude des stations
thermales ou l'eau chaude sanitaire.
1- Généralités
1.2. Réservoir (2)
• Présence favorisée par température (25 à
45 °C), facteurs physicochimiques (dépôts
organiques, nature des réseaux, stagnation
de l'eau, etc.) et présence d'autres micro-
organisms (biofilm, cyanobactéries,
amibes libres, etc.) dans lesquels elles
survivent, sont protégées et peuvent ainsi
réensemencer le réseau.
• Absence de forme de résistance spécifique
mais capable de se multiplier à l'intérieur
de cellules hôtes : amibes, cyanobactéries
ou ciliées pour l'eau, et macrophages
alvéolaires pour l'homme.
LEGIONELLA
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
2. Caractères bactériologiques
• À côté des espèces classiques,
existence de Legionella à
développement intracellulaire
obligatoire = legionella-like amoebal
pathogens (LLAP)
• bacilles à Gram négatif prennant mal
le Gram
• non sporulés, non capsulés, de 0,3 à
0,9 µ m de large sur 2 à 20 µ m de
long, cocobacillaires à l'examen direct
et aspect morphologique plus
filamenteux en culture.
2. Caractères bactériologiques
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
3. Pouvoir pathogène
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
4. Diagnostic biologique
4-1 Prélèvements
• NB : absence de portage « sain » chez l’homme
4.1.1. Urines
• Diagnostic rapide par la recherche des antigènes solubles de L. pneumophila
4.1.2. Prélèvements pulmonaires
• Liquide bronchoalvéolaire (LBA), aspirations trachéales et bronchiques
• Possibilité d’utiliser les crachats
4.1.3. Autres prélèvements
• biopsies pulmonaires, liquide pleural, sang, etc.
• Prélèvements issus de localisations extrapulmonaires (cœur, foie, rate, rein, peau,
etc.)
4. Diagnostic biologique
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
5. Sensibilité aux antibiotiques
5-1 Résistance
Betalactamines
Colistine
5-1 Sensibilité
Macrolides : Erythromycine, Azithromycine, Clarithromycine
Fluoroquinolones : Ofloxacine, Ciprofloxacine
Rifampicine (à utiliser en association)
LES CHLAMYDIA
LES CHLAMYDIA
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
LES CHLAMYDIA
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
1-Généralités
1.1.Taxonomie
• Phylum : Chlamydiae
• Classe : Chlamydiae
• Ordre : Chlamydiales
• Famille : Chlamydiaceae
• Genre : Chlamydia, Chlamydophila
• Espèces : C. trachomatis, C. psittaci, C. pneumoniae
1- Généralités
1.2. Réservoir
• C. trachomatis et C. pneumoniae : pathogènes exclusifs
de l’homme
• C. psittaci
- répandu dans le monde animal (oiseaux , bovins ,
ovins)
- Homme = un hôte occasionnel
LES CHLAMYDIA
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1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
2. Caractères bactériologiques (1/4)
Chlamydia Compacte +
trachomatis Sensible 41,9-44,4 Hommes
-
Chlamydophila Diffuse Résistante 41,3 Oiseaux,
psittaci mammifères
-
Chlamydophila Compacte Sensible 40,5 Hommes
pneumoniae
Caractères taxonomiques
LES CHLAMYDIA
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
3. Pouvoir pathogène
3-1- C. pneumoniae
• Primo-infection précoce dans l’enfance.
• Début : pharyngite puis évolution vers bronchite ou pneumonie
sans signes spécifiques
• le plus souvent asymptomatique ou pauci symptomatique.
• Maladie parait plus grave chez l’adulte et le sujet âgé.
3-2- C. psittaci
• Occasionnellement, pneumopathies graves (psittacose) chez des
personnes en contact avec des oiseaux porteurs de la bactérie.
• Maladie professionnelle chez les oiseleurs, les éleveurs de
poulets, de canards et ceux travaillant à l’abattage.
LES CHLAMYDIA
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
4. Diagnostic biologique
4-1 C. psittaci
Diagnostic indirect
• Réaction de fixation du complément utilisant l’antigène de groupe
4-2 C. pneumoniae
4-2-1- Diagnostic direct
• Isolement sur œuf embryonné ou sur culture cellulaire.
• ECP = petites inclusions rondes caractéristiques.
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
5.Sensibilité aux antibiotiques
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
LES MYCOPLASMES
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
1-Généralités (1/2)
1.1.Taxonomie
• Phylum : Tenericutes
• Classe : Mollicutes
• Ordre : Mycoplasmatales
• Famille : Mycoplasmataceae
• Genre : Mycoplasma Ureaplasma
• Espèces : M. pneumoniae U. Urealyticum
M. hominis
1- Généralités (2/2)
1.2. Réservoir
• Largement répandus dans la nature, homme, animal,
insectes et plantes
• Sites principaux d’isolement :
- Arbre respiratoire : Mycoplasma pneumoniae (non
commensal), Mycoplasma orale et Mycoplasma
salivarium
- Voies génitales : Ureaplasma, Mycoplasma hominis,
M. genitalium, M. fermentans
LES MYCOPLASMES
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
2. Caractères bactériologiques (1/2)
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
3. Pouvoir pathogène
M. pneumoniae
• Responsable chez l’homme de la pneumonie atypique.
• Maladie sévissant à tout âge mais plus encore chez l’enfant à
partir de 5 ans et l’adulte jeune.
• Signes cliniques: fièvre, céphalées, myalgies , toux sèche ; état
général peu altéré.
• Complications et localisations extrapulmonaires possibles:
pleurésie, sinusites,éruptions cutanées, myalgies, péricardites,
atteintes articulaires, manifestations nerveuses.
LES MYCOPLASMES
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
4. Diagnostic biologique (1/2)
Mycoplasma pneumoniae
Diagnostic direct
• Diagnostic microscopique direct impossible
• Recherche d’antigènes par techniques immunologiques : IFI, EIA,
immunoprécipitation.
• La culture longue (2 à 3 semaines) et difficile, rarement pratiquée
• PCR excellents résultats
4. Diagnostic biologique (2/2)
Diagnostic indirect
• Diagnostic sérologique essentiel dans infections à M. pneumoniae.
• Les anticorps spécifiques révélés par IF et ELISA.
• Présence d’Ig M infection récente.
LES MYCOPLASMES
Plan
1. Généralités
2. Caractères bactériologiques
3. Pouvoir pathogène
4. Diagnostic biologique
5. Sensibilité aux antibiotiques
5. Sensibilité aux antibiotiques
I. Caractères bactériologiques
Conclusion
61
Staphylococcus
PLAN
Introduction
I. Caractères bactériologiques
Conclusion
62
Staphylococcus
63
Friedrich Julius Rosenbach
Staphylococcus
PLAN
Introduction
I. Caractères bactériologiques
Conclusion
64
I. Caractères bactériologiques
1. Taxonomie
• Domaine : Bacteria
• Phylum : Firmicutes
• Classe : Bacilli
• Ordre : Caryophanales
• Famille : Staphylococcaceae
• Genres : 11 genres dont Staphylococcus
• Espèces : 60 dont S. aureus, S. saprophyticus et S. epidermidis .
65
I. Caractères bactériologiques
• Cocci Gram positif
• Diamètre : 1 micron
• Disposition en amas
1. Taxonomie
• Immobile
2. Caractères morphologiques • Non sporulé
• Pas de capsule
3. Caractères culturaux
4. Caractères biochimiques
5. Caractères antigéniques
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I. Caractères bactériologiques
• Culture Facile sur Milieux ordinaires
• Aérobie-anaérobie Facultatif
1. Taxonomie
• Sur gélose : colonies lisses, bombées, luisantes
2. Caractères morphologiques • Pigment « or » S. aureus
• Bouillon: trouble homogène
3. Caractères culturaux • 37°C, pH 7,5
• Culture NaCl 5-10 g %
4. Caractères biochimiques • Mannitol +/- (Chapman)
• Gélose au sang (hémolyse)
5. Caractères antigéniques
67
I. Caractères bactériologiques
• Dégradation de sucres
• Mannitol + (S. aureus)
1. Taxonomie • Mannitol – (SCN)
68
I. Caractères bactériologiques
Antigènes :
• Capsulaires:
1. Taxonomie polysaccharides
• Pariétaux :
2. Caractères morphologiques • Peptidoglycane
• Acide teichoïque
3. Caractères culturaux
• Protéine A (propriété de fixer les Ig A)
4. Caractères biochimiques
• Staphylolysine alpha ou Hémolysine
alpha
5. Caractères antigéniques
- Antigènes
- Substances diffusibles
69
I. Caractères bactériologiques
Substances diffusibles (responsables du pouvoir
pathogène de S. aureus)
1. Taxonomie
- Antigènes
- Substances diffusibles
70
I. Caractères bactériologiques
1. Taxonomie • Substances diffusibles (responsables du pouvoir
pathogène de S. aureus)
2. Caractères morphologiques Hémolysines (α,β,γ,δ)
71
I. Caractères bactériologiques
72
I. Caractères bactériologiques
73
I. Caractères bactériologiques
Notion de superantigène
1. Taxonomie - Stimulation non spécifique des lymphocytes T (sans
reconnaissance antigénique normale)
2. Caractères morphologiques - Jusqu’à 1/5 LT pouvant être activée (1/10 000 en cas de
présentation normale de l'antigène
3. Caractères culturaux - libération de cytokines en grandes quantités,
symptômes du Syndrome du choc toxique
4. Caractères biochimiques
5. Caractères antigéniques
- Antigènes
- Substances diffusibles
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I. Caractères bactériologiques
2. Caractères morphologiques
Toxine du syndrome du choc toxique
3. Caractères culturaux (TSST ou Toxic-shock-syndrom-toxin)
- Substances diffusibles
75
I. Caractères bactériologiques
- Substances diffusibles
76
I. Caractères bactériologiques
1. Taxonomie
Staphylococcal Scalded Skin Syndrom
2. Caractères morphologiques
3. Caractères culturaux
4. Caractères biochimiques
5. Caractères antigéniques
- Antigènes
- Substances diffusibles
77
Staphylococcus
PLAN
Introduction
I. Caractères bactériologiques
Conclusion
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II. Caractères de l’infection
1. Epidémiologie
Habitat
Germe ubiquitaire
• Air • Portage chez l’homme
• Sol
- 30-50% des sujets sains
• Eau
• Peau - Nez, gorge, mains, périnée, selles…
• Muqueuses
Pathologie humaine
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II. Caractères de l’infection
1. Epidémiologie
Transmission – Mode épidémique
• Staphycococcies habituellement isolées mais
- Transmission directe possible possibilité de:
- Transmission indirecte++ - Graves épidémies surtout hospitalières
• Air (crèches, maternités, services de soins
intensifs…)
• Poussières
- Souvent dues à des souches multirésistantes
• Vêtements
• Aliments
• mains
80
II. Caractères de l’infection
Infection Siège Origine
1. Epidémiologie Cutanéo- Furoncle, Orgelets,
2. Pouvoir pathogène Muqueuse Panaris, Otites
• Distinction S.aureus des SCN Générale Septicémie
Profonde Pneumonie Pneumopathies
A. S. aureus nosocomiales++ (sous
ventilation mécanique)
a) Germe pyogène
• Surinfections plaies Nosocomiale Aiguille
b) Infections cutanéo -muqueuses Sondes
c) Infections générales Syndrome Ritter Érythrodermie bulleuse Exfoliatine
d) Infections profondes
e) Infections nosocomiales Syndrome choc Érythrodermie TSST
f) Syndrome de Ritter toxique desquamante
g) Syndrome choc toxique Toxi-infection Intestins Toxines A,B,C,D,E,G
h) Toxi-infection alimentaire
i) Entérocolite pseudo-membraneuse Entérocolite Intestins Toxines
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Staphylococcus
PLAN
Introduction
I. Caractères bactériologiques
Conclusion
82
III. Diagnostic biologique
1. Diagnostic direct
• Prélèvements
• Expectorations
• Fibroaspiration ;
• Aspiration endotrachéale (AET) ;
• Lavage bronchoalvéolaire (LBA) ;
• Cathéter distal protégé ;
• Brossage bronchique distal protégé
83
III. Diagnostic biologique
1. Diagnostic direct
• Examen direct
84
III. Diagnostic biologique
1. Diagnostic direct
Isolement en culture
Milieux ordinaires
• Gélose: colonies lisses, bombées, luisantes
• Pigment « or » S.aureus
• Bouillon: trouble homogène
• 37°C, pH 7,5
Culture NaCl 5-10%
• Mannitol + (Chapman)
Gélose au sang:
Hémolyse
85
III. Diagnostic biologique
1. Diagnostic direct
86
III. Diagnostic biologique
1. Diagnostic direct ANTIBIOGRAMME
Examen direct • Phenotypes de résistance
Isolement en culture • Méti-R
Diagnostic de genre et d’espèce • KTG
Identification biochimique • KT
Antibiogramme • KNm
Beta-Lactamines (Oxacilline-Penicilline) • MLS
Aminosides
Kanamycine (K) (Amikacine (An)
Tobramycine (T)
Gentamicine (G) (Nétilmicine (Nm))
Macrolides (M)
Lincosamine (L)
Synergistines (S)
Anti-Staphylococciques (Vancomycine)
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III. Diagnostic biologique
1. Diagnostic direct
2. Diagnostic indirect
• ANTI CORPS :
Anti Staphylolysines
• Normal: 0,5 – 2 Unités
• Pathologique: > 2 U
88
Staphylococcus
PLAN
Introduction
I. Caractères bactériologiques
Conclusion
89
IV. Traitement et prophylaxie
1. Traitement
• Staphylocoque Méti-S
• Pénicillines M
• Associations Pénicillines-Aminosides
• Deuxième intention :
• Céphalosporines
• Macrolides
• Lincosamines
90
IV. Traitement et prophylaxie
91
IV. Traitement et prophylaxie
1. Traitement
2. Prophylaxie
Mesures d’hygiène
Hôpital
Cuisines
92
Staphylococcus
PLAN
Introduction
I. Caractères bactériologiques
V. Conclusion
93
Conclusion
Genre Staphylococcus :
- Présence de nombreux facteurs de virulence dont les différentes toxines incluant les
entérotoxines et la TSST
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