Diaporama Chapitre 1

Portail Louis Pasteur (L1)
Biochimie
les molécules de la vie
CM : 32 h / TD : 24 h
Ludovic Leloup
ludovic.leloup@univ-amu.fr / 04 91 32 47 29
2
TITRE DE LA PRÉSENTATION
> TITRE DE LA PARTIE
Chapitre 1 > les biomolécules

1 – introduction
2 – caractéristiques de la matière
3 – les biomolécules
L1 > biochimie > chapitre 1 : les biomolécules 3
Bibliographie
> Biochimie. Stryer, sixième édition, Médecine-Sciences Flammarion, Paris
> Lehninger Principles of Biochemistry. Nelson David L, Cox Michael M, 4th Edition
> Biochimie. Delauney, Herman, Paris
> Biochimie premier cycle. Hennen, Dunod, Paris
> L’essentiel de la Biochimie. Hames, Hooper, Houghton, Berti éds, Paris
> Biochimie génétique, biologie moléculaire. 7e édition, Etienne, Clauser, Masson, Paris
L1 > biochimie > chapitre 1 : les biomolécules > introduction 4
La biochimie dans les sciences de la vie
A+B
D
organisme vivant organe cellule réactions chimiques
biologie physiologie biologie cellulaire biochimie
La biochimie dans les sciences de la vie
organe organisme
molécule cellule 100m
10-1m / 10-2m
10-9m / 10-8m 10-6m / 10-5m
La biochimie structurale
Acides nucléiques Glucides
Lipides
Protéines
L1 > biochimie > chapitre 1 : les biomolécules > la matière 7
Propriétés de la matière
"Ce qui est vrai pour la bactérie est vrai pour l'éléphant."
Jacques Monod
Propriétés de la matière
Simplicité …
> simplicité et universalité des composants chimiques
> seulement 4 nucléotides & 20 acides aminés ...
Adénine (A) Guanine (G)
Cytosine (C) Thymine (T)
> une cellule est caractérisée par son ADN

Simplicité …
biologie =
physique – chimie
+ évolution
… et grande complexité
bactérie Escherichia coli :
> génome de 4,6 millions de paires de bases
> 6 000 molécules (dont 4 200 protéines)
Homme (homo sapiens sapiens) :
> génome de 3,2 milliards de paires de bases
> plus de 30 000 protéines

… et grande complexité
nb gènes homologie (Homme)
chimpanzé 25 000 98%
souris 29 000 90%
poisson zèbre 27 000 85%
mouche à fruits (drosophile) 13 800 36%
arabette de thalius (A. thaliana) 27 000 26%
levure (S. cerevisiae) 5 900 23%
bactérie (E. coli) 4 200 7%

Propriétés communes aux êtres vivants
> biomolécules <=> fonctions spécifiques
> extraction de l'énergie issue de l'environnement
> transformation et utilisation de cette même énergie
> capacité d'auto-reproduction

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)
> Longueurs :
> mètre : m
> millimètre : mm 10-3 m
> micromètre : µm 10-6 m
> nanomètre : nm 10-9 m
> Ångström : Å 10-10 m
ou 1 nm = 10 Å

> Échelle des tailles
atomes molécules macro-molécules organites cellules
Limite de résolution
du microscope
liaison C-C hémoglobine optique globule rouge
glucose ribosome bactérie
1Å 10 Å 102 Å 103 Å 104 Å 105 Å

10-10 m 10-9 m 10-8 m 10-7 m 10-6 m 10-5 m
1 nm 1 µm
cellule procaryote
longueur : 2 µm
ATTENTION AUX ECHELLES !!!
cellule eucaryote
diamètre : 10 µm - 100 µm
cellule procaryote
longueur : 2 µm
longueur bactérie ≈ mitochondrie
cellule eucaryote
cellule procaryote
longueur : 2 µm
limite de la résolution optique du microscope !
cellule eucaryote

> Échelle des temps
mouvement moléculaire interne

dans les protéines croissance
déroulement de bactérienne
vibration des l'hélice d'ADN synthèse d'une
liaisons et angles protéine
de valence réaction catalysée
par une enzyme
10-12 s 10-9 s 10-6 s 10-3 s 1s 103 s

ps ns µs ms

> Échelle des énergies
potentiel physique
liaison C-C
liaison non
covalente photons
kJ/mole 1 10 100 1000


> Échelle des énergies
potentiel chimique
NAD/NADH liaison C-C
liaison non
ATP/ADP covalente glucose
kJ/mole 1 10 100 1000


H O H H
–
–
> Liaison covalente –N–C– > Interaction hydrophobe –C–H H–C–
–
0,1 – 0,15 nm - H H
H
δ+ δ-
–
– O=C–
> Liaison hydrogène –N–H > Interaction de van der Waals
0,2 – 0,3 nm 0,3 – 0,4 nm H H
C
H–H
H O H H
+ –
=
–
O=C–
> Liaison ionique –N–H
–
0,2 – 0,3 nm H
L1 > biochimie > chapitre 1 : les biomolécules > composition 23
Tableau périodique des éléments

Mendeleïev - 1869
Tableau périodique des éléments

Mendeleïev - 1869
Éléments à intérêt biochimique

Mendeleïev - 1869
3 + 1 groupes d'éléments
> les atomes : C, H, O, N, P, S,...
> les ions : Na+, K+, Mg2+, Ca2+, Cl-,...
> les oligo-éléments : Fe, Cu, Zn, Co, Mn
> autres : Al, As, Bo, Br, Cr, F, Ga, I, Mo, Si, V (traces)

comparaison Homme / croûte terrestre (pourcentages atomiques)
croûte terrestre corps humain

éléments % éléments %
O 47 H 62
Si 28 O 24
Al 7,9 C 12
Fe 4,5 N 1,1
Ca 3,5 Ca 0,22
Na 2,5 P 0,22
K 2,5 S 0,04
Mg 2,2 Na 0,04

comparaison Homme / atmosphère (pourcentages atomiques)
atmosphère corps humain

molécules % éléments %
N2 78 H 62
O2 21 O 24
Ar 0,93 C 12
CO2 0,035 N 1,1
Ne 1,8.10-3 Ca 0,22
He 5,25.10-4 P 0,22
Kr 1.10-4 S 0,04
H2 1.10-4 Na 0,04
L1 > biochimie > chapitre 1 : les biomolécules > les principales biomolécules 29
Les biomolécules cellulaires

> constituants moléculaires d’E. coli
molécule % poids total nb de molécule
eau 70 1
protéines 15 4 200
acides nucléiques
> ADN 1 1
> ARN 6 > 3 000
polysaccharides (« sucres ») 3 5
lipides 2 20
molécules constitutives
et intermédiaires 2 500
molécules inorganiques 1 20
Les biomolécules cellulaires

Les lipides
fonctions
> stockage de l'énergie : tissu adipeux, huiles végétales
> constituants majeurs des membranes
localisations
cellule procaryote cellule eucaryote

Les lipides
Les glucides
fonctions
> stockage de l'énergie : glycogène, amidon
> constituants cellulaires : peptidoglycanes, cellulose
> reconnaissance cellulaire : glyco-protéines, -lipides
localisations

Les glucides
Les protéines
fonctions
> éléments de structure : collagène … > catalyseurs : enzymes
> moteur moléculaire : actine/myosine > transport : pores
> reconnaissance : récepteurs, anticorps
localisations

Les acides nucléiques

fonctions
> stockage de l’information génétique : ADN
> transmission de cette information : ARN
localisations

L1 > biochimie > chapitre 1 : les biomolécules > rappels 37
Rappels de chimie
> Nombre de masse du C : noyau = nucléons = protons + neutrons

indiqué par 12C dans le tableau périodique des éléments de Mendeleiev
> Masse atomique du 12C :

noyau + électrons =1,9926.10-26 kg
la masse atomique peut être exprimée aussi en Dalton (Da) :
1 Da = 1/12 de la masse de l’atome de 12C
Soit 1 Da = 1,66054x10-27 kg
donc la masse atomique du 12C est égale à 12 Da
Rappels de chimie
> Masse molaire :
masse d’une mole = masse atomique x nombre d’atomes
on définit la mole : 1 mol = 6,022x1023 atomes (nombre d’Avogadro -NA-)
pour 12C : 1,9926x10-26 x 6,022x1023 = 0,012 kg/mol
donc la masse molaire du 12C est égale à 12 g/mol
> Masse moléculaire : c’est la somme des masses atomiques des différents
atomes constituant une molécule. La masse moléculaire s’exprime en Da.
la masse moléculaire de l’eau (H2O) est 2 x 1 + 16 = 18 Da.
la masse molaire de l’eau est donc égale à 18 g/mol
Rappels de chimie
Nombre d’Avogadro = 6,022.1023
g
masse de X m
Nombre de moles = n=
masse molaire de X mol M
g/mol
mol
Nb de moles de X n
Concentration molaire = C=
Volume mol/L V
L
Ci
Facteur de dilution = Dilution : Ci x Vi = Cf x Vf
Cf

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> Biochimie. Stryer, sixième édition, Médecine-Sciences Flammarion, Paris

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La biochimie dans les sciences de la vie

> seulement 4 nucléotides & 20 acides aminés ...

Adénine (A) Guanine (G)

Cytosine (C) Thymine (T)

> une cellule est caractérisée par son ADN

bactérie Escherichia coli :

> génome de 4,6 millions de paires de bases

> 6 000 molécules (dont 4 200 protéines)

Homme (homo sapiens sapiens) :

> génome de 3,2 milliards de paires de bases

> plus de 30 000 protéines

chimpanzé 25 000 98%

souris 29 000 90%

poisson zèbre 27 000 85%

mouche à fruits (drosophile) 13 800 36%

arabette de thalius (A. thaliana) 27 000 26%

levure (S. cerevisiae) 5 900 23%

bactérie (E. coli) 4 200 7%

Propriétés communes aux êtres vivants

> biomolécules <=> fonctions spécifiques

> extraction de l'énergie issue de l'environnement

> transformation et utilisation de cette même énergie

> capacité d'auto-reproduction

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)

atomes molécules macro-molécules organites cellules

glucose ribosome bactérie

1Å 10 Å 102 Å 103 Å 104 Å 105 Å

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)

ATTENTION AUX ECHELLES !!!

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)

longueur bactérie ≈ mitochondrie

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)

limite de la résolution optique du microscope !

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)

mouvement moléculaire interne

10-12 s 10-9 s 10-6 s 10-3 s 1s 103 s

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)

kJ/mole 1 10 100 1000

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)

kJ/mole 1 10 100 1000

Espace, temps & énergie (ordre de grandeur)

Tableau périodique des éléments

Tableau périodique des éléments

Éléments à intérêt biochimique

Éléments à intérêt biochimique

> les atomes : C, H, O, N, P, S,...

> les ions : Na+, K+, Mg2+, Ca2+, Cl-,...

> les oligo-éléments : Fe, Cu, Zn, Co, Mn

Éléments à intérêt biochimique

croûte terrestre corps humain

Éléments à intérêt biochimique

atmosphère corps humain

Les biomolécules cellulaires

Les biomolécules cellulaires

cellule procaryote cellule eucaryote