PLAN

Enzymes

 Introduction : pourquoi des enzymes ?

 Définition - Caractères
 Classification
 Site actif des enzymes
 Cinétique enzymatique
 Régulation de l'activité enzymatique
 Propriétés et importance des enzymes
 Enzymes

 Introduction : pourquoi des enzymes ?

– Réactions chimiques
– Nécessité des enzymes
 Définition - Caractères
 Classification
 Site actif des enzymes
 Cinétique enzymatique
 Régulation de l'activité enzymatique
 Propriétés et importance des enzymes
Introduction : pourquoi des enzymes ?

 Les enzymes sont indispensables pour que les

réactions chimiques puissent se dérouler au sein de
notre organisme (de nos cellules)
– Réaction chimique :
• processus suivant lequel des espèces chimiques se
transforment en d'autres espèces chimiques par suite
d'un réarrangement des atomes
• implique coupure et/ou création de liaison(s)
 Réactions chimiques
 Eléments de la réaction
– Molécule sur laquelle va se faire la transformation : substrat
– Molécule réactif qui
• va attaquer le substrat
• provoque la réaction
• détermine le type de réaction, nucléophile ou électrophile
Exemple : CH3–Br + H2O CH3–OH + HBr
substrat réactif produits
– Types de réaction en chimie organique
4 types fondamentaux + 2 spécifiques

Substitution Elimination - Addition Transposition

élimination 
A−B + C  A−C + B A−B−C−D  B=C + A−D A−B−C  B−C−A
 addition

Réactions d'oxydo-réduction Réactions acide-base

 Addition  Elimination
A + B  C A  C + B
sur double ou triple liaison Création d'une liaison multiple
(carbone-carbone ou carbone-hétéroatome) Exemple : déshydratation d'un
Exemple : addition d'halogène sur alcool
une double liaison I + H2O

H3C CH3 + I2 H3C CH3 OH

I

 Substitution  Transposition
A + B  C + D A  B
correspond à un remplacement Déplacement d'atomes
(mécanisme nucléophile ou électrophile) Exemple : équilibre céto-énolique
Exemple : hydrolyse des esters
ou des amides
O O CH3 CH2

R C N R' + H2O R C OH + R'NH2

H O OH
  Oxydation et réduction
Oxydation Réduction
Si le nombre d'oxydation Si le nombre d'oxydation
d'un atome augmente : d'un atome diminue :
- cet élément est oxydé - cet élément est réduit
- la réaction est une oxydation - la réaction est une réduction
- elle nécessite un oxydant - elle nécessite un réducteur
- l'élément joue rôle de réducteur - l'élément joue rôle d'oxydant
- correspond à une perte d'e- - correspond à un gain d'e-

– Pas d'électrons libres  toujours couplage :

réaction d'oxydo-réduction
– Calcul du nombre d'oxydation de C
• -1 pour liaison C – H
• 0 pour liaison C – C
• +1 pour liaison C – X (X = O, N, Cl…)
H H O O

H C H H C OH H C H C O C O
État -4 H État -2 H État 0 État +2 État +4
H OH

O X Y D A T I O N C R O I S S A N T E
 Application aux réactions biochimiques
– toutes les réactions de la chimie organique sont
présentes
– souvent des dénominations différentes
• Oxydo-réduction (+++) : hydrogénation, déshydrogénation,
hydroxylation, … oxydative
• Addition : hydratation (add° des éléments d'une molécule
d'eau, H et OH)
• Elimination : déshydratation (création de double liaison,
réaction inverse de la précédente), décarboxylation
• Substitution (+++) : réactions de transfert
• Transposition : isomérisation, épimérisation
• Réactions acide-base
– solutions tampons de l'organisme
– mécanismes de catalyse chimique
– Condensation – cyclisation (application à la biochimie)
A + B  C + H 2O
• Mécanisme de substitution  eau comme un des
produits O
base

• Enchaînements de molécules  des polymères

N
—P—O—CH2
O
O sucre
base
O

– Liaisons esters : acides nucléiques (diester phosph.)

- O—P—O—CH N
2
O
O
sucre
base
O

– Liaisons amides : peptides (amides d'acides aminés)

- O—P—O—CH N
2
O
O
sucre

– Liaisons acétals : polyosides (acétals entre oses) CH2OH

• Cyclisation de molécules
CH2OH CH2OH

CH2OH CH2OH

– Liaisons esters = esters internes ou lactones (dérivés de

oses : gluconolactone)
– Liaisons amides = peptides cycliques et dérivés d'acides
aminés (pyroglutamate)
– Cas particulier d'une réaction d'addition
» Liaisons hémi-acétals = forme cyclique des oses
(glucopyrannose)
– Hydrolyse (réaction inverse de la précédente)
• Coupure par une molécule d'eau des liaisons des
polymères (ester, amide, acétal)
• Mécanisme de substitution avec eau comme réactif
 Nécessité des enzymes

 Deux raisons majeures

– Contrainte de temps (durée)
la plupart des réactions cellulaires n’auraient aucun
intérêt dans la mesure où elles sont trop lentes
“relativement à la durée de vie d’une cellule”
– Contrainte “économique”
une cellule ne fabrique que ce dont elle a besoin ou
qui est nécessaire à son environnement au moment
où elle en a besoin
  Contrainte de temps : en absence d'enzyme, la
plupart des réactions cellulaires ne pourraient pas se
produire suffisamment rapidement
– Exemple : hydratation du gaz carbonique
CO2 + H2O H2CO3
réaction importante pour le transfert du CO2 des tissus
vers le sang puis vers les poumons
réaction catalysée par l'anhydrase carbonique
Réaction chimique Réaction enzymatique Facteur
Temps de ½ Cste de vitesse Temps de ½ Cste de vitesse d'accéléra
réaction (k en s-1) réaction (kcat en s-1) tion

5 secondes 1,3 x 10-1 0,65 secondes 1 x 106 7,7 x 106

• une molécule d'enzyme peut hydrater 105 molécules de

CO2 par seconde
 facteur d'accélération 107 / à la réaction chimique
– Facteur d'accélération moyen de 103 à 1012
 – D'autres exemples

 1ère raison des enzymes : la lenteur des réactions

chimiques
Enzyme réalise un environnement approprié au sein
duquel une réaction est favorisée au plan cinétique

Vitesse des réactions compatible avec la vie

  Contrainte économique : cellule ne fabrique que ce
dont elle a besoin au moment où c’est nécessaire
– Réaction : substrat + réactif produit
– Solutions envisageables :
• ne conserver que ce qui est nécessaire comme molécules
substrat et réactif et donc éliminer le surplus
• ne fabriquer que ce qui est nécessaire en modulant les
réactions :
– environnement de la réaction : température, pH…
– environnement créé par l'enzyme
 2ème raison : la possibilité de réguler le
fonctionnement des enzymes
Enzyme peut être :
- absente ou présente en plus ou moins grande quantité
- inactive ou plus ou moins active
Adaptation de la qté produit obtenu par rapport au moment
 Enzymes

 Introduction : pourquoi des enzymes ?

 Définition – Caractères
– Enzyme est une protéine
– Enzyme est un catalyseur
– Enzyme est spécifique
 Classification
 Site actif des enzymes
 Cinétique enzymatique
 Régulation de l'activité enzymatique
 Propriétés et importance des enzymes
 Définition
 Etymologie
Emprunté à l'allemand Enzym (préfixe en- et radical
grec zyme = levain), mot dû au physiologiste W. Kühne [1837-
1900] = ce qui est dans le levain
 Indifféremment masculin ou féminin
 Définition
Enzyme : macromolécule produite par les cellules
- qui est de nature protéique
- qui assure la fonction de catalyseur biologique
- qui a une spécificité d'action élevée

3 caractères

Autre catalyseur biologique: ARN possédant activité

catalytique ou ribozyme
 Caractères : 1) protéine
 Propriétés
– macromolécule
– structures I, II, III
(et parfois IVre)
– sensible à la température, au pH
– changement conformationnel
 Composants
– Partie protéine : apoenzyme
– Eléments ou cofacteurs susceptibles d'être associés
• ions métalliques
• petites molécules organiques : coenzymes
• structure organique polycyclique : hème cofacteur

hétéroprotéines
apoenzyme holoenzyme
  Métallo enzymes  Enzyme à coenzyme
– ion métallique (oligo élément) – coenzyme (nature organique)
– associé par liaisons coordinance – associé par liaisons covalentes
(liaison forte) – sont indispensables pour la réaction
– Fe, Cu, Zn, Mo, Mn enzymatique
– ils interviennent comme : substrat
- élément essentiel de la catalyse
- agent stabilisant la structure
tertiaire
coenzyme
substrat
apoenzyme enzyme
inactif actif

apoenzyme enzyme
inactif actif

catalase
Quelques exemples de métaux et d'enzymes associés
 Caractères : 2) catalyseur
 Définition
substance qui augmente sensiblement la vitesse d'une
réaction
 Propriétés
– Il ne modifie pas les conditions thermodynamiques, mais
seulement les conditions cinétiques d'une réaction
– Il agit à dose infime
– Il est régénéré identique à lui-même
– Il n’apparaît jamais dans l’équation bilan de la réaction

Dans le cas d’un équilibre le catalyseur accélère aussi bien la

réaction dans un sens que dans l’autre
Une réaction thermodynamiquement défavorisée le reste
même en présence de catalyseur !
  Profil énergétique des réactions
– passage réactifs  produits : on passe par un état
particulier : état de transition (ou aussi complexe activé)
• État de transition
= état d’énergie plus élevée que celle des produits ou des
réactifs
= état instable dans lequel les liaisons sont plus fragiles et
plus faciles à briser

Complexe activé
• E : énergie d'activation
Etat de transition – énergie absorbée par les réactifs
E
E énergie pour  état de transition. La
d’activation réaction peut ensuite se faire à
partir de cet état de transition.
– même une réaction exergonique
Réactifs
(ΔG < 0) requiert l'absorption
Energie de d'énergie pour atteindre l'état de
réaction transition.
Produits

Trajet réactionnel
 (suite)
Etat de transition • sommet énergétique : hauteur de ce
Sommet énergétique
sommet va fixer la vitesse à laquelle
E
E énergie s’effectuera la réaction
d’activation

Réactifs
Energie de Energie d’activation élevée
réaction  une réaction lente
Produits

Trajet réactionnel Energie d’activation faible

 une réaction rapide
 Effet du catalyseur Complexe activé
–  énergie d'activation Etat de transition

E énergie Stabilisation de
• soit en stabilisant l’état de E d’activation
l’état de transition
transition en abaissant son
énergie et donc l’énergie Remplacement d’une
réaction lente par
d’activation Réactifs
deux plus rapides

• soit en remplaçant une réaction

avec un E d’activation élevé, Produits
donc lente par deux réactions Trajet réactionnel
avec des E plus faibles donc
plus rapides
– un exemple
• la réaction d'hydrolyse du
bromométhane
 Aspect
-HO---CH ---Br -
3 cinétique

HO- + CH3Br

CH3OH + Br-
Aspect
thermodynamique
Avancement de la réaction

 Exemple H2O + CH3Br HBr + CH3OH

[HOCH3Br]-
réaction non catalysée
E
réaction catalysée : ions iodure I-
 Types de catalyse [ICH3Br]-
[ICH3OH]-
– homogène
– hétérogène
CH3Br I-
+ H2O I- ICH3 CH3OH
+ HBr

Avancement de la réaction
 Applications aux réactions biochimiques
Réaction : ST Energie
enzyme E d’activation
substrat produit réaction non
catalysée
Enzyme se combine au substrat
pour former un complexe : EST
- état intermédiaire Réactifs
S

-  énergie d'activation P
Produits
Diminution de la barrière ES Energie
d’activation
énergétique donc augmentation réaction EP
enzymatique
de la vitesse
Trajet réactionnel

2 H2O2  2 H2O + 02
Vitesse Energie d’activation
Conditions
(L x mol-1 x s-1) kJ x mol-1
Pas de catalyseur 10-7 75
Fe catalyseur 56 54
Catalase 4 x 106 29
  Conséquence de la combinaison enzyme - substrat
– enzyme = macromolécule
– substrat = généralement petite molécule

macromolécule agit de façon prépondérante dans le

complexe
– Illustration
Pas d'enzyme

Modèle hypothétique :
Substrat : barreau métallique
Réaction : cassure du barreau Enzyme complémentaire du substrat

Enzyme :
- adaptée au substrat
- adaptée à état de transition
Enzyme complémentaire de l'état de transition
- Seul le 2ème modèle
d'enzyme est efficace
 caractère indispensable de
la fragilisation du substrat
par l'enzyme
 Fonctionnement de l'enzyme
– Enzyme = réacteur
extraction des réactifs et distorsion des liaisons
– Enzyme = catalyseur
multiplication des états intermédiaires
– Enzyme = intermédiaire
accepte transitoirement les éléments transférés
– Importance de l'état de transition
 Caractères : 3) spécificité

 Double spécificité :
– Spécificité de réaction
• elle est pratiquement absolue
• une enzyme ne catalyse qu'un seul type de réaction au
plan chimique
• exemple :
kinases ne catalysent que des réactions de phosphorylation

glycérokinase glucokinase

2-
 – Spécificité de substrat
• chaque enzyme agit exclusivement sur un substrat ou
sur une classe de composés possédant en commun
certains éléments bien précis d'architecture
moléculaire
• énantiosélectivité : reconnaissance de 2 énantiomères
• exemples :
Kinases agissent en assurant la phosphorylation (transfert d'un PO43-
glucokinase permet phosphorylation du D glucose
hexokinase permet la phosphorylation des aldohexoses (dont le
glucose)
Protéases agissent en hydrolysant une liaison peptidique
trypsine coupe liaison (Lys ou Arg) – X
thrombine coupe liaisons Arg – Gly
Site de coupure
Site de coupure
– Efficacité
• Le rendement des réactions catalysées est souvent de
100%
• Pas de sous-produits ou de réactions secondaires
différence considérable de la réaction biochimique /
réaction chimique
 Enzymes

 Introduction : pourquoi des enzymes ?

 Définition - Caractères
 Classification
– Différentes classes
– Nomenclature
 Site actif des enzymes
 Cinétique enzymatique
 Régulation de l'activité enzymatique
 Propriétés et importance des enzymes
 Classification des enzymes :
différentes classes

 Basée sur le type de réaction

5 types de réactions chimiques
– oxydo-réduction
– transfert d’un groupement
– rupture d'une liaison impliquant H2O
– rupture ou formation d'une liaison (2 cas)
– isomérisation
 6 classes d’enzymes numérotées de 1 à 6
 3(5) classes nécessitent un CoE*
CLASSE TYPE DE REACTION EXEMPLES
Oxydo-
réductases* + +
Ared Box Aox Bred
Transferts d’électrons Déshydrogénases
(ou d'atomes d'hydrogène
ou introduction d'atome Oxydases..
d'oxygène)

Catalyse les réactions d’oxydo-

réduction
CLASSE TYPE DE REACTION EXEMPLES

Transférases* + +
A—C B A B—C
Transfert d’un groupe Phospho-transf.
fonctionnel ou d'une Glycosyl-transf.
molécule sous forme Acyl-transférase
d'un radical

–C–H

=
O
CLASSE TYPE DE REACTION EXEMPLES

Hydrolases + +
A—B H2O A—H B—OH
Coupure d’une liaison Estérase
par les éléments d’une Glycosidase
molécule d’H2O Peptidase
Phosphatase

Catalyse les réactions de

coupure par l’eau
CLASSE TYPE DE REACTION EXEMPLES

Lyases* +
A B A—B
Addition d’un groupe sur liaison C=C
fonctionnel sur ou sur liaison C=O
formation d’une sur liaison C=N
(fonctionne surtout dans
de sens de la coupure) Déshydratase

Catalyse les réactions de

coupure
CLASSE TYPE DE REACTION EXEMPLES

Isomérases*
A isoA
Transfert d’un groupe Epimérases
fonctionnel à l’intérieur Mutases
d’une molécule

Catalyse les réactions

d’isomérisation
CLASSE TYPE DE REACTION EXEMPLES

Ligases* +
A B A—B

Formation de liaisons sur liaison C-C

covalentes C-X, couplage sur liaison C-O
à une réaction  énergie sur liaison C-N

Catalyse les réactions de

formation d’une liaison simple
avec couplage énergétique
obligatoire
 Nomenclature

 Règles de nomenclature
– Nom usuel
• Nom traditionnel
exemple : trypsine, pepsine…
• Nom du substrat + "ase"
exemple : saccharase (saccharose), uréase (urée)
• Nom du substrat et de la transformation réalisée + "ase"
exemple : lactate déshydrogénase
 – Numérotation conventionnelle
• code à quatre chiffres assigné par la Commission des enzymes
(EC) de l’union internationale de Biochimie et Biologie
Moléculaire
• (EC. W.X.Y.Z.)
– W indique la classe de la réaction enzymatique (de 1 à 6)
– X indique la sous-classe, soit le mécanisme général impliqué, soit
le substrat “général” impliqué
– Y indique le substrat spécifique qui sert d'accepteur (oxydo
réduction) ou le coenzyme
– Z indique le numéro de série de l’enzyme
Exemples : - beta galactosidase (EC.3.2.1.23) - chymotrypsine (EC.3.4.4.5)
EC.3 Hydrolase EC.3 Hydrolase
EC.3.2 Glycosydase EC.3.4 Peptidase
EC.3.2.1 Liaison O ou S glycosidique EC.3.4.4 Protéase à sérine
EC.3.2.1.23 Beta galactosidase EC.3.4.4.5 Chymotrypsine
• Pratiquement : face à un nom d'enzyme inconnu et avec le N° :
– Déterminer la classe
On peut – Déterminer le substrat et sa structure
– Adapter le type de réaction au substrat
 Enzymes

 Introduction : pourquoi des enzymes ?

 Définition - Caractères
 Classification
 Site actif des enzymes
– Définition – Caractères
– Structure – Liaison enzyme-substrat
– Fonctionnement – Mise en évidence
– Conclusion
 Cinétique enzymatique
 Régulation de l'activité enzymatique
 Propriétés et importance des enzymes
 Site actif
 Définition
zone spécifique de l’enzyme où se fixe le
substrat et se déroule la réaction
 Caractères
– Il occupe une part réduite du volume de l'enzyme
– C’est une entité tridimensionnelle
– Il correspond habituellement à une fissure ou
une crevasse
– Dans l'interaction avec le substrat, il y a
mise en œuvre d’interactions
Site
faibles non covalentes
actif – Liaison du substrat stéréospécifique
 Structure du site actif
2 parties au sens fonctionnel

- site de liaison
assure reconnaissance et maintien du
substrat par des interactions faibles
 fixation du substrat dans une zone
privilégiée et une orientation
favorable pour la réaction
Boucle Liaison du
catalytique substrat
- site catalytique
acides aminés ayant des potentialités
réactives participant au mécanisme
réactionnel
 apport d'éléments réactifs (H+, OH-)
pour la catalyse
His, Asp, Glu,
Arg, Lys,
Tyr, Ser, Cys
Eléments Eléments
impliqués dans la impliqués dans
liaison du NAD+ la catalyse

Exemple : la lactate déshydrogénase (LDH)

  Liaison enzyme-substrat
– Pas de liaison covalente pour fixer S
– Uniquement des interactions
• Interactions ioniques
– Asp, Glu, Arg, Lys, His
acides aminés • Interactions hydrogène
spécifiques
– Ser, Thr, Asp, Glu, Asn, Gln, Arg, His, Lys, Tyr
impliqués par
leur chaîne • Transfert de charge
latérale – Phe, Tyr, Trp
• Interactions hydrophobes
– Phe, Val, Leu, Ileu, Met, Trp
*Cas particuliers : Gly, Cys, Pro, Trp
acides aminés • Interactions de Van des Waals liées à la proximité des
non spécifiques atomes, non spécifiques  acides aminés auxiliaires
– Acides aminés du site de liaison déterminent :
• l’orientation du substrat
• la spécificité de l’enzyme
 Ser 82 6 interactions
hydrogène

Arg 83
Ser 128

1 interaction
ionique
Thr 127
Glu 72

Exemple : liaison de l’AMPc

– Conséquences
• dénaturation  perte de l’activité enzymatique
Site de liaison Site actif
fonctionnel

Protéine native

Dénaturation pH
température
Protéine dénaturée
ions
solvants…

• un très grand nombre d'acides aminés n'intervient pas

dans les phénomènes de contact avec le substrat, mais
ils sont indispensables pour assurer la structure
tertiaire adaptée ou pour d'autres fonctions (solubilité…)
 Site de liaison : 2 modèles Clé-serrure
– Point commun
liaison stéréospécifique
– Clé-serrure  rigide
suppose que l'enzyme a une
structure figée
– Ajustement induit  dynamique
• lors de la fixation du substrat Ajustement induit
l'enzyme change de conformation
suppose que l'enzyme a une
structure flexible
assure la déformation nécessaire
du substrat pour le fragiliser
  Exemples
– Hexokinase
hexokinase

Domaine 1 Glucose

Domaine 2 d’après MBoC 3, B. Alberts et al, ed. Garland inc.

 – Carboxypeptidase
his arg glu arg asn arg his tyr glu
N C
69 71 72 127 144 145 196 248 270 307

glu 270
arg 145
tyr 248

Enzyme Enzyme + substrat

  Fonctionnement catalytique : exemple des sérine
protéases
– Classe des hydrolases, sous classe des peptidases
action : coupure liaison peptidique
on trouve dans cette sous classe :
• Trypsine
• Chymotrypsine
- Spécificité : dépend de acide aminé placé juste avant la
liaison qui est coupée
 Trypsine coupe après a.a.  Chymotrypsine coupe après a.a.
basique (Lys ou Arg) aromatique (Phe ou Tyr ou Trp)
site profond avec charge - site large hydrophobe
Phe ou Tyr ou Trp Phe ou Tyr ou Trp
R R R R Phe ou Tyr ou Trp
l l l l
R R
N-H Lys ou Arg N-H Lys ou ArgN-H Gly N-H Gly
l l
N-H Lys ou Arg Trp N-H Trp
Gly
O=C
+ - Asp
NH3 O=C NH3+ - Asp
O=C O=C
Leu LeuTrp
l O=C
l
NHl3+ - Asp O=C
l Leu
N-H N-H N-H
l
l
l N-H N-Hl
Asp l l N-H
R TrypsineR l R Rl Chymotrypsine
 – Mécanisme de catalyse
• 3 acides aminés impliqués

• mécanismes de catalyse
– catalyse acide-base et par covalence
– Sérine 195 qui réalise la coupure doit être activée
Sérine
O
Asp 102
H
C Ser 195
O H
C
"réactive”
C — O- H—N N H — O — CH2 C — O- H N NH O—
HO — CH
CH22
C C His 57 C C
H H
Réarrangement
des liaisons
hydrogène
Premier temps
NH2 NH2 NH2
Ser Ser Ser
Peptide =
CH2 HC CH2 O HC CH2 O HC
O OC substrat O C
NH
O C
H NH
H2N

COOH COOH
Enz Premier COOH
peptide
His His His
libéré
Attaque par Etat
Sérine réactive intermédiaire

Second temps
NH2 NH2 H2N
Ser Ser Ser
CH2 O HC CH2 O HC CH2
C
O C O OH COOH
O OH NH2
H H HOOC 2 peptides =
produit
Second
Enz peptide NH2
libéré
HOOC
His His His
Attaque par Etat Etat
l’eau de l’Histidine intermédiaire initial
 – Bilan
• premier temps : sérine active  coupure
• liaison covalente transitoire enzyme-substrat
• second temps : intervention de la molécule d’eau = réactif
• 2 états intermédiaires
• les deux peptides résultants de la coupure ne sont pas
libérés en même temps
 Mise en évidence du site actif
– Plusieurs approches possibles
• Méthodes physico-chimiques
– Mesures de fluorescence intrinsèque de l'enzyme avec ou sans
substrat
– Exceptionnellement par microscopie électronique
 • Méthodes chimiques
Utilisation de composés chimiques très réactifs qui vont se
fixer sur les acides aminés du site catalytique et 
suppression de la réaction
– Réactifs de groupes
» modifient une fonction chimique qui ne peut plus
intervenir dans la liaison du substrat ou la catalyse
Acide Fonction
Réactif spécifique Formule
aminé réactive
N-éthylmaméimide Cystéine

Cys Thiol N-éthylmaléimide (NEM)

Pyrocarbonate d'éthyle
His N imidazole +
(DEPC)

Exemples de réactifs de groupes

 – Substrat ou analogue du substrat marqué
» réagit par un groupement fonctionnel et se fixe de façon
covalente dans le site actif

NH 2

N N

O O N N

F S C O CH 2
O O

5’ fluoro sulfonyl adénosine OH OH

Analogue de substrat (ATP)

Marquage de His 57 de la
chymotrypsine

Exemples : marquage d'affinité avec analogues du substrat porteurs

d'une fonction réactive
 Conclusion : site actif – catalyse
Que se passe-t-il au niveau du complexe ES ?
– maintien de ES en dehors du milieu aqueux
– orientation spécifique du substrat
– réduction des rotations et des collisions
moléculaires non efficaces au niveau du substrat
– rapprochement entre substrat et autres réactifs
– modification des conditions environnementales des
chaînes latérales des acides aminés
• modification de pH
• modification de la force ionique
• établissement ou rupture d'interactions H
– modifications chimiques du substrat en rapport avec
le mécanisme réactionnel (état de transition)
 Enzymes

 Introduction : pourquoi des enzymes ?

 Définition - Caractères
 Classification
 Site actif des enzymes
 Cinétique enzymatique
– Eléments généraux
– Relations mathématiques
– Activité enzymatique
– Conditions physico-chimiques
– Effecteurs de l'activité enzymatique
 Régulation de l'activité enzymatique
 Propriétés et importance des enzymes
 Cinétique enzymatique :
éléments généraux
 Etude de la vitesse de réaction enzymatique

E + S ES E + P S : substrat
P : produit
 Points importants : E : enzyme
– Etude des systèmes monosubstrat
– Etat initial : pas de retransformation de P
– Enzyme est sous deux états
• enzyme libre E
• enzyme lié au substrat ES
- éq : [ET] = [E] + [ES]
[ES]
- rapport
[ET]
 Déroulement de la réaction
– Vitesse de la réaction enzymatique
• quantité de substrat transformée par unité de temps
• quantité de produit formée par unité de temps

[S ou P]
mmol/L
S P

Apparition de P
-dS
V = - dS = + dP
dt dt

dP Disparition de S

t en min
dt
 – Phases de la réaction
E
État pré stationnaire : [P] S P Equilibre
formation du complexe ES mmol/L Effet du produit ES  EP = EP  ES
Etat stationnaire :
[ES] constant
Stationnaire
Vitesse initiale
[EP] 

Préstationnaire [S]>>>[P]
[ES]  t en min

• au début de l’apparition du produit

• au cours de la phase stationnaire vitesse
la concentration maximale du complexe [ES] initiale
 un rapport [ES]/[ET] maximal
 – Effet de la concentration en enzyme sur la vitesse
initiale
• Relation linéaire : v = k [E]
• Plus la concentration en enzyme est grande et plus la
vitesse initiale est grande

E
[P]
S P
mmol/L E1 < E2 < E3
E3
V = dP/dt

Vit. initiale v0
E2

E1

t en min Concentration [E]

– Effet de la concentration en substrat sur la vitesse
initiale
• Plus la concentration en substrat [S]  plus la vitesse
initiale (V0) 
• Courbe d'allure hyperbolique qui tend vers une asymptote
 Vmax : vitesse initiale de la réaction lorsque [S] tend
vers l’infini
Vmax
Vitesse initiale Vo

Vmax / 2

On définit alors la constante de

Michaelis (KM) comme la concentration en
KM substrat pour laquelle V = ½ Vmax

[S] mmol/L
 Relations mathématiques
 Equation de la vitesse en fonction de [S]
k1 k2
E+S ES E+P
k-1 k-2
– phase stationnaire : [S] est très supérieure à [P] qui est ≈ 0
– formation de [ES] maximale et EP commence à apparaître 
l’étape de recombinaison de EP est négligeable
k1 k2
E+S ES E+P
k-1
– vitesse d’apparition du produit P : V = k2 [ES]
 lorsque toute l’enzyme est complexée avec le substrat
Vmax = k2 [ET]
– En faisant le rapport
V = k2 [ES] = [ES] V = Vmax [ES]
 équation simplifiée
Vmax k2 [ET] [ET] [ET]
 k1 k2
E+S ES E+P
k-1

– vitesse de formation de ES = vitesse de disparition de ES

k1 [E] [S] = k-1 [ES] + k2 [ES]
ou k1 [E] [S] = (k-1 + k2) [ES]
On pose (k-1 + k2) = [E] [S] = K constante de Michaelis
M
k1 [ES]
si on remplace en utilisant [E] = [ET] - [ES] on obtient

KM = [ET] [S] - [ES] [S] = [ET] [S] - [S]

[ES] [ES]

KM + [S] = [ET] x [S]

[ES]
d’où une équation simplifiée Km + [S] = [ET]
[S] [ES]
 – Equation de Michaelis - Menten
Equation 1 Equation 2
V = Vmax [ES] [ET] = KM + [S]
[ET] [ES] [S]

v
Vmax
d ’où l’équation finale de
Michaelis- Menten
Vmax/2
V = Vmax [S]
KM + [S]

lorsque V = V KM [S]
max/2  KM= S

Courbe V =f(S) est une hyperbole  la réaction enzymatique est saturable

  Linéarisation :
– Plusieurs possibilités de transformer l'équation de
Michaelis Menten pour avoir une relation linéaire (utile
pour l'exploitation des résultats expérimentaux)
– Représentation la plus courante
• 1/V fonction de 1/S
• représentation dite de Lineweawer et Burk (double inverse)

1/V

Pente = Km / Vmax

Lorsque 1/[V] = 0 Lorsque 1/[S]=0

alors 1/[S] = - 1/KM alors 1/V = 1/Vmax

1/[S]
 Signification de Vmax et KM
– Vitesse maximale
• notion de saturation
– E totalement sous la forme ES
– permet d'aborder k2 également noté kcat constante
catalytique
– kcat = Vmax /[E] : correspond au nombre de molécules de
substrat transformées par unité de temps et par
molécule d'enzyme
• mesure de la Vmax
– Si [S] >> KM , on a KM + [S] ≈ [S]
d'où v = Vmax = kcat [E]
la vitesse est proportionnelle à la concentration en
enzyme
– Applications
mesures des activités enzymatiques dans les milieux
biologiques : conditions
» concentration saturante en substrat (10 x KM)
» pH et température fixes
» mesure de la vitesse initiale
 – Constante de Michaelis KM
• dimensions d’une concentration
correspond [S] lorsque v = ½ VM
• KM et stabilité du complexe ES
– En phase initiale :
Vitesse apparition de [ES] = Vitesse de disparition de [ES]
k-1 + k2 k-1
KM = ~ = KD
k1 k1
si k2 << k-1 (cas habituel)
– KM constante de dissociation du complexe enzyme-substrat
soit réaction ES  ES + S
[E] x [S] 1
KM = =
[ES] KA
– KM est alors une mesure de la force de liaison du complexe
ES, donc de l’affinité du substrat pour l’enzyme
» KM petit affinité forte
» KM grand affinité faible
 • valeurs de KM
– varient entre 10-2 et 10-8 M
– valeurs courantes : 10-3 - 10-4 M
– Efficacité des enzymes
Le rapport k2/KM (ou kcat/KM) représente l’efficacité catalytique,
notion permettant de classer les enzymes selon leur efficacité ou
efficience vis-à-vis de ≠ substrats
VM et KM sont caractéristiques d'un couple donné Enzyme-Substrat
 Activité enzymatique

Mesure d'activité = étape indispensable de l'étude d'une

enzyme
Deux mesures : vitesse de la réaction et teneur en protéines
 Aspects expérimentaux
– Conditions de mesure de la vitesse
• Conditions où la cinétique ne dépend que de la
concentration en enzyme
– mesure de Vmax donc [S] >> KM
– mesure sur des temps courts (vitesse initiale)
• Paramètres externes identiques
– pH donné
– T° donnée
• Conditions doivent figurer
 Unités d'activité enzymatique
– Système d'unité international SI : le katal (kat)
• Quantité d’enzyme qui catalyse la transformation
d’1 mole de substrat par seconde
– Unité traditionnelle : l’unité internationale (UI)
• Quantité d’enzyme qui catalyse la transformation
d’1 µmole de substrat en 1 minute
60 UI valent donc 1 µkat
 Expression
– Activité d’une enzyme dans une solution :
• Exprimée par unité de volume (généralement kat/L)
• Directement proportionnelle à la [enzyme]
– Activité spécifique
• Exprimée par unité de protéines présentes dans le
milieu (généralement kat/g ou mg de protéines)
 Exemple de calcul:
– on a utilisé 100 μl d’une préparation enzymatique
dont le volume total est de 10 ml et mesuré une
vitesse initiale de 0,1 μkatal. Le volume du test est
de 2 ml. Combien d’unités enzymatiques sont
contenues dans les 10 ml de préparation ?
– Solution:
• par définition on 0,1 μkatal dans 2 ml du dosage
• soit 0,1 μkatal dans 100 l de préparation donc dans 1
ml de préparation on a:
0,1x1000/100 = 1 μkatal/ml
• et dans 10 ml:
1 x 10 = 10 μkatal
– La préparation contient donc un total de 10 μkatal
 Exemple de calcul
– un dosage de protéine a montré que la préparation
précédente contient 0,2 mg de protéine/ml
– solution
• dans les 10 ml on a donc:
0,2 x 10 = 2 mg de protéines
• l’AS est : 10/2 = 5 μkatal/mg de protéines
ou 5 mkatal/g de protéines
 Conditions physico-chimiques

 Température
– 2 effets
• sur l'activité : accélération de la
réaction chimique

Activité relative
réaction chimique,  de la température
Vitesse de la

  des chocs entre molécules et donc

franchissement plus rapide de la
Température
barrière énergétique
• sur la stabilité : dénaturation de la
protéine et donc perte de l'activité
Activité de la

Température

fonctionnelle
protéine

 combinaison des 2 effets  courbe avec un maximum

• Remarques
Température

– Adaptation des organismes (et des enzymes) aux conditions

externes de température : organismes mésophiles et
thermophiles
– D'une façon générale les enzymes conservent en partie leur
activité après congélation
 Charges électriques des fonctions acide et amine

100 NH3+ COO-

 pH du milieu NH3+
COO-

– 2 effets 50

• sur l'activité : modification de

l'ionisation des acides aminés COOH NH2

du site catalytique  modifie les 4 7 10 pH

- interactions avec le substrat

- conditions de la catalyse acide-base
Vmax

• sur la stabilité : dénaturation de la

protéine et donc perte de l'activité
fonctionnelle
 courbe en cloche avec un maximum
ou courbe avec un plateau sur une zone de pH
• Remarques
pH
Pepsine
– adaptation des organismes (et des 100
Amylase

Activité
enzymes) aux conditions externes de pH
exemple : pepsine de l'estomac
et amylase de la salive 50

3 6 9 pH
 – exemple
Ribonucléase pancréatique : 2 histidines dans le site actif
His 119 de pKa 7,8 agissant sous forme acide
His 12 de pKa 7,2 agissant sous forme basique
pH optimum de la ribonucléase est de 7,5 : valeur de pH
pour laquelle les concentrations de 2 formes actives des His
sont maximales
forme acide forme basique

forme forme
acide basique

pKa 7,2
pKa 7,8

Activité de la
ribonucléase
 pH 2.5 pH 5

phosphatase ac.
de A. niger
de A. niger
phytase
potentiel électrostatique local :
- rouge électronégatif
- bleu électropositif

Courbes activité = f(pH) pour Effet du pH sur les charges

différentes enzymes présentes au niveau du site actif
Effecteurs de l'activité enzymatique
 Définition
– ions métalliques
enzymes activées par un métal (Na+, K+ ou Mg++) qui est
associé à l'enzyme par des liaisons réversibles
– autres composés
• composé capable de se lier avec l’enzyme et d’en
modifier la vitesse :
Enzymes
Substrat Produit
+ --
+
activateur inhibiteur
• soit en l’accélérant : activateur
• soit en la ralentissant : inhibiteur
– inhibiteur réversible
– inhibiteur irréversible ou inactivateur
  Inhibition compétitive
– Même site pour S et I
– I empêche fixation de S  modifie
l’affinité de l’enzyme pour le substrat
donc le KM
E+S ES E+P
VM [S] [ I] Facteur
+I v K’M = KM (1 + )
K’M + [S] Ki d’inhibition
Constante [E] [I] = K
i
d'inhibition Ki [EI]
EI


+I
-I 

+I -I

' '
 acid acid
COOH
COOH COOH
COOH
CH2 OH
CH2
CH2
glycine, glycine,
– Remarques
COOH
COOH ATP, CoA ATP, CoA

• implique analogie
O
structurale
COOH O
entre substrat et inhibiteur
COOH

HC COOH • blocage du C NH siteCH actif par C NH un

2 CH inhibiteur compétitif 
2
no reaction
HOOC CH l'enzyme ne
OHpeut plus fonctionner
salicyluric a. hippuric a.
fumarate
• l’équilibre peut être déplacé(excreted)
(excreted) par un excès de substrat
succinic
MPETITIVE INHIB. dehydrogenase COMPETITIVE SUBSTRATE

salicylic
acetylcholine benzoic
neostigmine salicylic benzoic
succinate malonate succinate
acid malonate acid
acid acid
COOH sulfonilamide COOH
CH3 O
O COOH H3 C COOH COOH
COOH H2 COOH COOH
CH3
H2 N CH2
COOH H2 N SO 2 NH2 H3 C C O C C CH +
NOH2 CH3 N C O OH
CH2 H2 H3 C CH2
CH3
CH N+ CH3
CH2 2 glycine, glycine,
CH3 glycine, glycine,
COOH COOH
COOH COOHATP, CoA ATP, CoA ATP, CoA ATP, CoA

tetrahydrofolic no reaction O
OCHCOOH O COOH COOH O COOH
acid 3
C NH +CH2 C NH CH2 C NH CH2 C NH CH2
HC COOH HC2 NCOOH
HO CH2 CH CH3 no reaction
no reaction no reaction
OH OH
HOOC CH HOOC CH CH 3
salicyluric salicyluric a. hippuric a.
fumarate fumarate a. hippuric a.
choline
COMPETITIVE INHIB. (excreted)
COMPETITIVE
CholineINHIB. (excreted)
estéraseesterase (excreted) (excreted)
Succinate déshydrogénase
succinic succinic
COMPETITIVE INHIB. dehydrogenase COMPETITIVE INHIB. dehydrogenase
COMPETITIVE SUBSTRATE COMPETITIVE SUBSTRATE
Inhibition compétitive Substrat compétitif
acetylcholine neostigmine acetylcholine neostigmine
sulfonilamide CH3 sulfonilamide
O CH3 H3 C O
O H3 C O
H2 H
CH3H C C O C C N+ CH
2 CH3
H2 N COOH H2 N SO 2 NH2 H3 CH2 N
C O C COOH+
C N CH H23 N N SO
C 2ONH2 3 3
N C O
  Inhibition non compétitive
– sites différents pour S et I
– I ne limite pas l’accessibilité du substrat
sur le site actif
– pas de compétition entre S et I  pas
de modification de KM
– néanmoins après fixation de l’inhibiteur NC, l’enzyme est
incapable de catalyser la réaction
E +S ES E+P Vmax
+I +I v
V'max [S] V’max =
[I] Facteur
KM + [S] (1 + )
Ki d’inhibition
EI + S ESI

– Liaison de l’inhibiteur NC à l’enzyme libre (E) ou au

complexe enzyme-substrat (ES) avec la même affinité 
complexe EI et complexe ESI inactifs
– Equation de la vitesse inchangée
• ne dépend que de ES
• [ET] diminuée de EI et ESI
– Vmax  puisque la quantité d’enzyme disponible pour
assurer la réaction 



+I
-I
-I
+I

– Remarque : il existe d'autres types d'inhibition qui ne

seront pas abordés dans ce cours
  Inhibition incompétitive
– Sites différents pour S et I
– I ne peut se fixer que si S est déjà
en place

substrat

enzyme
[I] + VM
K’M = KM (1 + ) V’M =
Ki inhibiteur [I]
(1 + )
Ki
[I]
(1 + )
Ki
+ Facteur d’inhibition

Inhibition compétitive Inhibition non compétitive

  Inhibition irréversible - inhibition "suicide"
– inhibiteurs  complexes covalents stables avec
l'enzyme  inactivation permanente
– 2 mécanismes :
Inhibition par réactifs du site Inhibition suicide
actif 1. liaison enzyme - inhibiteur
1. liaison enzyme - réactif 2. modification de inhibiteur  composé
2. réaction d'un groupement modifié très réactif
fonctionnel de l'inhibiteur avec 3. inactivation de l'enzyme par
acide aminé du site catalytique  modification covalente d'un ac. aminé
inactivation de l'enzyme Rem : enzyme contribue ainsi à sa
Rem : enzyme est protégée par propre inactivation irréversible d'où le
substrat nom d'inhibition "suicide"

– Exemples:
• DIFP : inhibiteur des estérases à sérine
• aspirine : inhibiteur suicide de la cyclooxygénase
• pénicilline : inhibiteur suicide de la transpeptidase des
bactéries
Exemple : inhibition irréversible de l'acétylcholine estérase par
le DIFP (diisopropyl fluorophosphate) ou DFP

DIFP : insecticide organophosporé,

gaz de combat toxique
 Fluortrès réactif  ester entre
OH de la sérine et le reste diisopropyl-
phoshate (sérine appartenant au
site actif)
 inhibiteur
de l'acétyl choline estérase
donc neurotoxique  paralysie

Remarque : DIFP peut être utilisé comme médicament (usage

local pour traitement des glaucomes)
Exemple : inhibition irréversible
de la cyclooxygénase I par l'aspirine

Site catalytique accessible pour le Site catalytique non accessible en

substrat : acide arachidonique raison de l'acétylation d'une sérine
Exemple : inhibition irréversible de la transpeptidase par la
pénicilline

Réaction catalysée par la transpeptidase

Blocage de la réaction par la pénicilline (cycle beta-lactame)

 Enzymes

 Introduction : pourquoi des enzymes ?

 Définition - Caractères
 Classification
 Site actif des enzymes
 Cinétique enzymatique
 Régulation de l'activité enzymatique
– Généralités
– Régulation passive
– Régulation active
 Propriétés et importance des enzymes
 Régulation de l'activité enzymatique

E2 E4 E6
 Généralités E1 P
S E3 E5 E7
– pourquoi : économie
adaptation
– notion de :
• voie métabolique : linéaire ou cycle S
• étape limitante : vitesse la plus faible E1
E4
• signal
F
E3 E2
E1 E2 E3
A H M P
Signal
- +
 Deux types de régulation
– PASSIVE : liée à l'équilibre chimique
- ACTIVE : module l'effet catalytique (vitesse)
» cinétique enzymatique (qualitatif)
» concentration enzymatique (quantitatif)

Déplacement de l’équilibre

Keq
Cinétique S P Quantité
d’enzyme
VM [S]
v=
KM + [S]
Enz v = k [E]
 Régulation passive
Keq
S + CoE P
– Equilibre chimique et son déplacement :
• concerne des réactions qui  état d'équilibre "moyen"
• disponibilité du substrat et/ou du CoE (cosubstrat)
– si  substrat déplacement vers la droite  produit et
inversement
• utilisation du produit
– si utilisation continue du produit déplacement vers la
droite et inversement
 Régulation active qualitative (activité enzymatique)
1) Sans modification structurale de l'enzyme
– Caractères
• Régulation cinétique (variateur)
• Activité modifiée tant que le signal est présent
• Visualisée sur les courbes de cinétique (v = f[S])
– Cas les plus fréquents
• Inhibition en début de chaîne
par le produit ou rétro inhibition
• Activation en fin de chaîne +
par le substrat
– 2 types
• isostérie
• allostérie
 – Isostérie : cinétique michaélienne
• régulation au niveau du site catalytique
essentiellement inhibition compétitive par le produit de la réaction
 vitesse de formation d'un produit adaptée à son utilisation
– Allostérie : cinétique non michaélienne
• Enzymes fonctionnant de façon coopérative avec une
régulation au niveau d'un site spécifique sous
l'influence d'inhibiteurs ou d'activateurs
• Enzymes allostériques : 4 caractéristiques
– protéines oligomériques : structure IVre
– cinétique non michaélienne : courbe sigmoïde
» existence d'un seuil
LDH protéine tétramèrique
– changt de conformation sans perte d’activité
– fct° régulatrice importante v
• 2 modèles
– modèle concerté ou modification affinité
– modèle séquentiel ou modification vitesse

[S]
 Conformat° Conformat°
Tendue Relachée
Points communs des 2 modèles T R
– Enzyme existe sous 2 formes, R et T, qui ont
des affinités différentes vis-à-vis du substrat Faible Forte
–  de [S] entraîne  de la forme R forte affinité Affinité Affinité
– différences des 2 modèles sur la transition TR

• Modèle concerté
– liaison coopérative : liaison de S favorise la transition
de T  R
– symétrie R-R ou T-T obligatoire  transition en bloc
• Modèle cinétique
– Basé sur les mêmes formes R et T mais le passage de
l'une à l'autre est individuel et uniquement cinétique
(la fixation de S entraîne le passage de la forme TR facilitant
la transition de la sous-unité voisine)
s s s s
s s ss
Modèle concerté s s ss ss
Modèle cinétique
 • Effets des activateurs ou inhibiteurs
– activateurs ou inhibiteurs modifient l'équilibre T  R
– ils se fixent soit
» sur un site particulier (site allostérique) ≠ site de liaison de S
» sur sous unité spécifique (sous unité régulatrice)
– ils favorisent ou non les transitions T  R
Activateur lié Inhibiteur lié » Activateur favorise la forme R et donc augmente la
 forme R  forme T liaison du substrat
» Inhibiteur favorise la forme T et donc diminue la
liaison du substrat

Courbe enzyme
allostérique en
présence V
activateur
Courbe enzyme
Courbe enzyme allostérique en
allostérique présence
totalement R inhibiteur

Courbe enzyme
Courbe enzyme allostérique
allostérique totalement T
[S]
2) Par modification structurale de l'enzyme
– Caractères
• Régulation on/off (interrupteur)
• Activité modifiée persiste après
le départ du signal
• Réactions rapides et régulées
• 2 possibilités : réversible ou irréversible
– Modification réversible :
• Modification post-traductionnelle d'un acide aminé de
l'enzyme
– phosphorylation – déphosphorylation +++
– adénylation - désadénylation
– méthylation - déméthylation

Enzyme Enzyme
inactif actif
Mécanismes des modifications covalentes réversibles
d'activation des enzymes
 Forme non phosphorylée
Site de
phosphorylation
• Exemple : phosphorylation
Modification la plus importante
Au plan moléculaire  changement conformationnel
qui est à l'origine de la modification de l'activité Domaine
Transfert protéique
de PO43- concerné

Activation par cascade de phosphorylations dans la

par kinase

transduction des messages par les récepteurs Changement

membranaires conformationnel
après
SIGNAL phosphorylation

Forme phosphorylée

EFFET FINAL
– Modification irréversible : activation par protéolyse
• protéolyse d'un précurseur inactif proenzyme (zymogène)
• phénomène qui se déroule une seule fois au cours de la
durée de vie de l'enzyme

Site de coupure

Coupure

protéolyt.

Etat inactif Catalyse

• Système de protection
– activation de l'enzyme dans le compartiment où elle doit
agir (enzymes digestifs)
– mise en route d'un mécanisme irréversible (coagulation du
sang)
Exemple : voie de la coagulation
Suite d'activation de proenzymes qui agissent en cascade

Voie intrinsèque

Voie extrinsèque

Voie commune

Réseau de fibrine

Une toute petite quantité du facteur déclenchant suffit à solliciter le

système  coagulation du sang
 – Par association de l'enzyme avec une protéine
régulatrice
• Caractères
– Régulation on/off (interrupteur)
– Activité modifiée persiste pendant la présence du signal
– Réaction rapide et régulée
– Toujours réversible
– Régulation activatrice ou inhibitrice
• Fonctionnement
– Dans la cellule : protéines de
Liaison du calcium
par la calmoduline

régulation fixant le calcium (calmoduline)

 Ca intracellulaire  activation
– Après activation, interaction avec
enzyme  modification de l'activité Changement de
de l'enzyme conformation

–  du calcium intracellulaire 
désactivation de calmoduline et sa
dissociation  enzyme revient à son Interaction
possible
état initial
avec enzyme
 • Exemples
– Kinases calcium-dépendante

toutes possèdent un domaine

de liaison de la calmoduline
(CBD)

activation de la kinase (en rouge) après

interaction avec la calmoduline saturée
en calcium
2) Quantitative (concentration enzymatique dans la cellule)
– Induction ou répression des gènes Signal
• Contrôle transcriptionnel
Récepteur-
– contrôle hormonal ou par des enzyme
facteurs de croissance, intègre
informations provenant de l'
extérieur de la cellule
Membrane
– activation de facteurs de
transcription Facteur de
– induction ou répression de transcription
l'expression des gènes
– + ou - d'enzymes Enzyme
 Enzymes

 Introduction : pourquoi des enzymes ?

 Définition - Caractères
 Classification
 Site actif des enzymes
 Cinétique enzymatique
 Régulation de l'activité enzymatique
 Propriétés et importance des enzymes
– Isoenzymes
– Utilisation médicale des enzymes
 Propriétés et importance des
enzymes

 Isoenzymes
– Protéines différentes qui catalysent la même réaction
biochimique
• Gènes différents (ex : malate déshydrogénase)
• Composition en sous-unités différentes (ex : lactate
déshydrogénase)
• Répartition différente dans l'organisme (ex : amylase)
– Différences fonctionnelles
• Affinité
• Propriétés immunologiques…
• Comportement électrophorétique
 Foie, muscle

M4

M3H Globules blancs, cerveau

Cerveau, globules rouges

M2H2

MH3 Cœur, rein

H4
Lacticodeshydrogénase (LDH)
CH3-CHOH-COOH + NAD+  CH3-CO-COOH + NADH + H+
a. lactique a. pyruvique
 Utilisation médicale des enzymes
– Enzymes et pathologies
• enzymopathies : erreurs innées du métabolisme
– exemple : phénylcétonurie, albinisme

Mutation du gène PAH 

enzyme non fonctionnelle
Accumulation de Phe Mutation du gène tyrosinase
transformé alors en acide  enzyme non fonctionnelle
phénylcétonique toxique Carence en mélanine 
pour les cellules nerveuses phénotype "albinos"

• insuffisance de sécrétion
– exemple : insuffisance pancréatique
• sécrétion inappropriée
– exemple : pancréatite aiguë
 – Enzymes et diagnostic biologique
• mesure des activités enzymatiques
– ≈ dizaine d'activités enzymatiques sont mesurées dans le
sang
– mesure de l’activité catalytique dans des conditions bien
standardisées (pH, température, force ionique,
concentration de substrats et d’effecteurs)
– substrat en large excès : Vmax est fonction de la
concentration en enzyme
– exemple
» Définition OMS de l'infarctus du myocarde (2000)
» Critère principal : une élévation suivie d'une
décroissance de la créatine phospho kinase
(CPK-MB) ou de la troponine
» Critères associés : une douleur thoracique ou
une modification du tracé ECG évocatrice
d'une nécrose
CPK : enzyme des muscles striés

• enzyme = réactif
donc non cardiospécifique, apparaît 6
à 8 heures après le début de la
nécrose. Retour à la normale : 3 jours.
Délai de rendu : moins de 45 minutes
  Enzymes et thérapeutique
– Médicaments = inhibiteurs d’enzymes
• modification du métabolisme cellulaire

Médicament Enzyme cible Effet

Salicylés (aspirine) Cyclo-oxygénase Anti-inflammatoire
Captopril, énalapril Enz de conversion de angiotensine Antihypertenseur
Statines HMG-CoA réductase Hypocholestérolémiant
Désipramine Mono amine oxydase Antidépresseur
Clorgyline Mono amine oxydase A Antidépresseur
Sélégiline Mono amine oxydase B Anti parkinsonien
Ro-41-09600 Catéchol-O-méthyltransférase Anti parkinsonien
Oméprazole H+/K+ ATPase Anti ulcéreux
Méthotrexate Dihydrofolate réductase Anti cancéreux
5 fluoro uracile Thymidilate synthétase Anti cancéreux
Exemestrane Aromatase Anti cancéreux
Sildénafil Phosphodiestérase 5 Dysfonction érectile
Zileutine 5 lipoxygénase Antiasthmatique
 Arg

NO Synthase

Monoxyde
d'azote (NO)
Analogie structurale

Guanylate cyclase

Modifications
GTP GMPc vasculaires

PDE 5 - Sildénafil (Viagra®)

GMP

Mode d'action du Viagra

 • action anti bactérienne
– pénicilline, céphalosporine, sulfamides
Action de la transpeptidase Peptidoglycanne
Mode d'action de la pénicilline

(Tpase) avec branchement

pénicilline

Analogues Hydrolyse
très lente

Intermédiaire covalent
pénicilloyl-O-TPase

– réponse : adaptation des bactéries  synthèse d'une -

lactamase, qui hydrolyse la pénicilline qui de fait ne peut
Pénicilline hydrolysée
plus se fixer sur la TPase
– Réponse des chimistes : synthèse de l'acide clavulanique
qui inhibe la -lactamase
 • action anti virale
– Herpès : acyclovir
– VIH : zidovudine
Analogues de base
• action anti toxique
– éthylène glycol toxique par son métabolite, traitement
par éthanol pour empêcher la transformation par l'ADH

– méthanol : idem
– Médicaments = enzymes
• Exogènes
– Utilisation de l'uricase pour détruire l'acide urique
 – Médicaments = enzymes (suite)
• endogènes : induction enzymatique
 Enzymes et poisons
– Inhibition irréversible d'enzymes indispensables
(respiration cellulaire, transmission neuro-musculaire)

Exemples d’inhibiteurs irréversibles = poisons

 Propriétés des enzymes

 les enzymes sont compartimentées

 les enzymes sont des protéines
 les enzymes sont des catalyseurs
 les enzymes sont spécifiques
 les enzymes sont thermosensibles
 les enzymes sont pH dépendantes
 les réactions catalysées sont réversibles
 l'activité enzymatique est régulée
 Terminologie

 Les définitions ou éléments à connaître

– Catalyse, catalyseur
– Substrat, produit, inhibiteur
– Enzyme, classes d'enzymes
– Cofacteur, coenzyme, groupe prosthétique
– Site actif, site de liaison, site catalytique
– Formules et équation de Michaelis Menten
– Signification de KM et Vmax
– Effecteurs
– Isostérie, allostérie
– Inhibitions, facteur d'inhibition
– Types de régulation : principes
 Quelques exemples
Tyrosine Dopa Dopamine Noradrénaline
+ - + - + NH +
H3N COO H3N COO 3 NH3
HC HC CH2 CH2
CH2 CoE CH2 CH2 CoE HC OH

CoE
OH CO2
OH OH
OH OH OH OH
CoE

CH3
+ NH
2
CH2
HO CH

OH
OH
Adrénaline
 Aspartate aspartatyl aspartate
phosphate semialdéhyde
O O Pi O
O O O
O O O
O
O NH3+ O NH3+ H NH3+
CoE P Coe
O O CoE

O O
O
O HO
P O O
O O NH3+ NH3+
CoE
Phosphohomosérine Homosérine
 Gln Glu

HCO3-
ATP ADP

Carbamyl Carbamyl
phosphate Aspartate aspartate

Acide
dihydro
orotique

Coe

Acide orotique
 Orotate 5'
monophosphate

Acide orotique

Uridine
monophosphate