Université Ferhat Abbas Sétif 1

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie

Département de Microbiologie

Cours de
Biochimie Microbienne L3

Pr. Nabil NANCIB

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Matière : Biochimie Microbienne
Crédits : 5
Coefficient : 3

I. Introduction : Energie, anabolisme, catabolisme

 Pour assurer sa croissance ou sa survie, une bactérie doit trouver dans son
environnement de quoi satisfaire ses besoins nutritifs : source d’énergie, de carbone,
d’azote, etc…
 Ces éléments doivent être apportés dans un milieu où règnent des conditions physico-
chimiques favorables (température, pH, pression osmotique, etc…).
 Ceux-ci vont subir diverses réactions métaboliques par la bactérie pour assurer son
fonctionnement.

Métabolisme biochimique bactérien

Définition

Le métabolisme bactérien est l’ensemble des réactions biochimiques et physiologiques se

déroulant au sein de la bactérie.

Ensemble des réactions biochimiques mises en jeu par un organisme vivant = Anabolisme +
catabolisme.

Le métabolisme peut être divisé en deux parties principales :

- Dans le catabolisme (du grec cata, en bas), des molécules plus grosses et plus complexes
sont fragmentées en molécules plus petites et plus simples avec libération d’énergie.
Une partie de cette énergie est captée et rendue disponible pour un travail ; le reste est
libéré sous forme de chaleur.
- L’énergie piégée peut ensuite être utilisée dans l’anabolisme, la seconde partie du
métabolisme. L’anabolisme (du grec ana, en haut), est la synthèse de molécules
complexes à partir de précurseurs plus simples avec consommation d’énergie.
L’ensemble de ces réactions est sous le contrôle de catalyseurs biologiques
appelés enzymes.

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Les diverses réactions métaboliques

 Réactions permettant la synthèse des molécules utiles : enzymes, coenzymes, molécules

structurales (Réactions consommant de l’énergie : réactions endergoniques).
 Réactions permettant la fourniture de l’énergie nécessaire : métabolisme énergétique
(Réactions productrices d’énergie : réactions exergoniques).

Médiateur énergétique entre réaction exergonique (réaction productrice d’énergie) et réaction

endergonique (Réaction consommatrice d’énergie). Principal médiateur : ATP

Les produits libérés par le métabolisme au cours d’une phase de croissance sont
appelés « métabolites primaires » quelle que soit leur origine, catabolisme ou anabolisme : il
s’agit des produits non spécifiques (acides aminés, nucléotides, vitamines, acides organiques,
éthanol. Le terme « métabolite secondaire » est utilisé dans le cas des produits spécifiques de
l’anabolisme, dont l’apparition n’est pas liée à la phase de croissance proprement dite
(antibiotiques, bioinsecticides).

Intérêt de la connaissance des métabolismes

Intérêt industriel :

- Connaissance des molécules produites par le microorganisme et utiles à

l’homme après extraction du milieu (antibiotiques, acides, éthanol …).
- Conservation de certaines denrées par acidification et fabrication d’aliments
(fromages, vin, bière, pain…).

Intérêt taxonomique :

- Connaissance de la réalisation de l’aptitude à réaliser certaines réactions

biochimiques précises permet la classification et l’identification.

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II. Métabolisme énergétique des microorganismes

Source d’énergie et types trophiques

Pour pouvoir transformer des aliments et fabriquer leur matière vivante, les microorganismes
doivent se procurer de l’énergie. Il s’agit bien entendu d’une énergie chimique qui est stockée
dans les cellules essentiellement sous forme d’ATP.

L’énergie peut provenir de deux modes de transformation : On définit alors deux types
trophiques :

 Transformation de l’énergie lumineuse en énergie chimique (phototrophes ou

photosynthétique).
 Ou d’énergie chimique (chimiotrophes) soit par :
- Par respiration
- Par fermentation

Organismes chimiotrophes

Les bactéries chimiotrophes sont des organismes unicellulaires (essentiellement procaryotes :

des bactéries, des levures et des moisissures incapables d’effectuer la photosynthèse) qui
utilisent l’énergie de l’oxydation de composés chimiques comme source initiale d’énergie
chimique. On les distingue des bactéries phototrophes lesquelles utilisent l’énergie lumineuse.

Selon la nature du composé utilisé, minéral ou organique, on en distingue deux grands types :

 Les bactéries chimiolitotrophes utilisent des composés minéraux (inorganiques) tels

NH3, H2S, S, CO2, Fe2+, etc., comme source d’électrons.
 Les bactéries chimiorganotrophes utilisent des composés organiques. Elles
constituent l’immense majorité des eubactéries chimiotrophes puisent leur énergie de
l’oxydation de composés organiques. Elles utilisent pour leur croissance des substrats
carbonés organiques comme source de carbone.

Organismes phototrophes

Les plantes tirent leur énergie de la lumière, celle-ci intervient également chez les algues vertes,
les cyanophycées et quelques espèces bactériennes.

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  Photolitotrophe autotrophe : Lorsqu’un organisme vivant phototrophe utilise un
composé exogène de nature minérale comme donneur primaire d’électrons pour la
régénération des coenzymes à pouvoir réducteur élevé (NAPH), il est dit
photolitotrophe.
 Photoorganotrophes : Lorsqu’un organisme vivant phototrophe utilise un composé
exogène de nature organique comme donneur primaire d’électrons pour la régénération
des coenzymes à pouvoir réducteur élevé (NADPH), il est dit photoorganotrophe.

Le processus de photosynthèse comprend deux étapes : phase lumineuse et phase obscure.

La phase lumineuse ou photophosphorylation aboutit à la formation d’ATP. C’est une réaction

génératrice d’énergie utilisable par la cellule. Cette phase nécessite la présence de pigment de
type chlorophylle. Synthèse de l’ATP et du NADPH2.

La phase obscure correspond à une phase de synthèse de composés organiques, elle aboutit à la
formation de réserves de nature glucidique en utilisant du CO2 ainsi que le pouvoir réducteur et
l’ATP formés au cours de la phase lumineuse. Synthèse des molécules réserves (molécules
glucidiques).

Selon la nature de la source d’énergie et du donneur d’hydrogène on peut définir quatre types
de métabolismes énergétiques :

Les différents types trophiques des microorganismes

Source d’électrons Source d’énergie

Chimique Lumineuse
Minérale Chimiolithotrophes Photolithotrophes
Exemples S, H2S, H2, NO3, NO2-, Fe2+ H2O, H2S, S, H2
Organismes Bactéries sulforéductrices, Algues, cyanobactéries, bactéries
nitrifiantes, méthanogènes photosynthétiques
Organique Chimioorganotrophes Photoorganotrophes
Exemples Sucres Sucres intermédiaires du C.K
Organismes Majorité des microorganismes Bactéries photosynthétiques,
halobactéries

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Accepteur final d’électrons et types de respirations

 Le système de transport des électrons est plus ou moins complexe selon la nature du
substrat oxydé, et varie d’un organisme à l’autre.
 Il s’agit de chaine d’oxydo-réduction dont le type est la chaine respiratoire ou chaine
des oxydations phosphorylantes.
 Dans les cellules eucaryotes, cette chaine est localisée pour sa grande partie dans les
mitochondries. Chez les procaryotes (bactéries), la localisation est membranaire
(membrane cytoplasmique).
 Les chaines de transport des électrons font intervenir des enzymes : (déshydrogénases,
cytochromes réductases) et des coenzymes (NAD, NADP, FAD, cytochromes,…) qui
constituent des intermédiaires à la fois accepteurs et donneurs d’électrons.

Les types respiratoires

Selon leur rapport à l’oxygène, les bactéries peuvent être classées en différents groupes :

 Les aérobies stricts peuvent vivre uniquement en présence d’oxygène.

 Les aéro-anaérobies facultatives peuvent vivre en présence ou en absence d’oxygène.
 Les anaérobies ne peuvent vivre qu’en absence d’oxygène.
 Les aéro-tolérants sont des organismes anaérobies qui peuvent tout de même survivre
en présence d’oxygène.
 Les micro-aérophiles requièrent de l’oxygène pour survivre à une concentration faible.

Selon la nature de l’accepteur d’électron final on peut rencontrer trois situations différentes :

Respiration aérobie

Dans la respiration aérobie, l’accepteur final d’électrons est l’oxygène. La voie la plus
couramment rencontrée chez les microorganismes aérobies est la voie classique des
cytochromes. L’enzyme terminale est la cytochrome oxydase, il y a formation de H2O. Ce type
de respiration est habituellement lié à la dégradation complète du substrat.

Respiration anaérobie

Dans la respiration anaérobie, l’accepteur final d’électrons est le plus souvent inorganique (par
exemple, NO3-, SO42-, CO2, Fe2+, SeO42-). Les microorganismes impliqués sont anaérobies
facultatifs ou des anaérobies stricts. Ce sont des réducteurs de nitrates, des dénitrifiants, des
réducteurs de sulfates, des réducteurs de sulfures, des méthanogènes et des acétogènes.

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La fermentation

La fermentation est un processus métabolique qui convertit le sucre en acides, en gaz ou en

alcool. Selon le produit final, il existe différents types de fermentation, des processus
cataboliques d’oxydation incomplète, qui ne nécessitent pas d’oxygène et le produit final est un
composé organique.

Fermentation oxydative

Les fermentations oxydatives donnent des produits plus oxydés que le substrat et nécessitent
habituellement la présence d’oxygène comme accepteur d’électrons (fermentation gluconique,
fermentation acétique). Il s’agit de respiration incomplète.

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III. Catabolisme des glucides

 Oses (monosaccharides) : glucose ou autre (fructose, arabinose…)

 Diholosides (disaccharides) : lactose, saccharose…)
 Polyosides (polysaccharides) : amidon, glycogène, cellulose, l’inuline…)

Pénétration des glucides dans la cellule

Remarque : pour les polyosides, nécessité que le microorganisme secrète des enzymes
hydrolytiques qui vont hydrolyser les polyosides en molécules plus petites assimilables.

Les produits formés pénètrent ensuite dans la cellule par :

 Diffusion facilité ou transport actif avec perméase membranaire (exemple : pénétration

du lactose seulement si la bactérie a une galactosidase perméase
 Système phosphotransférase.

Dégradation des glucides

Dégradation des oses (Glucose, fructose, mannose) :

- Sont phosphorylés grâce à l’ATP

- Puis entrent dans les voies métaboliques : glycolyse, voie des
pentoses ou voie d’Enter-Doudoroff.

Dégradation des diholosides : Clivés par hydrolyse ou phosphorolyse et libération des oses
constitutifs

- Soit par hydrolyse directe

Lactose + H2O -----galactosidase----> glucose + galactose
- Soit par phosphorolyse
Maltose + Pi ---Maltose phosphorylase---> glucose1P +
glucose

Dégradation des polyosides : Libération des oses constitutifs comme pour les diholosides :

- Soit par hydrolyse directe

- Soit par phosphorolyse

Les glucides susceptibles d’être dégradés par les microorganismes sont nombreux et variés. Les
polyosides comme l’amidon, la cellulose, l’inuline et parfois des plus petites molécules comme

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le saccharose, sont incapables de pénétrer dans la cellule. Ils doivent être au préalable découpés
en fragments de faible poids moléculaire par des enzymes hydrolytiques excrétées par le
microorganisme dans le milieu. Les produits formés pénètrent ensuite dans la cellule par
diffusion facilité ou transport actif.

Dans la plupart des cas, la transformation des macromolécules glucidiques, ainsi que de
diverses autres substances organiques, aboutit à la formation d’hexose (essentiellement
glucose) ou de pentose. Le glucose est point de départ des principales voies du catabolisme
cellulaire.

Catabolisme du glucose :

L’oxydation du glucose peut être réalisée par trois voies différentes qui peuvent fonctionner en
parallèle : ce sont les voies de :

 la glycolyse,
 le shunt des pentoses phosphates
 et la voie d’Entner Doudoroff qui est spécifique au monde microbien.

La glycolyse ou voie d’Embden-Meyerhof (EM) ou d’Embden-Meyerhof-Parnas (EMP) :

La glycolyse est une série de réactions enzymatiques qui oxydent le glucose en pyruvate dans
la fraction soluble du cytoplasme des procaryotes et des eucaryotes et peut être réalisée en
milieu aérobie et anaérobie.

La glycolyse est divisée en deux grandes phases :

 La première phase est celle où convergent un grand nombre d’hexoses métabolisables

après leur phosphorylation. Ils sont ensuite tous transformés en un produit commun qui
le glycéraldéhyde-3P. On l’appelle encore phase de consommation de l’ATP.
 La deuxième phase, commune à tous les hexoses, est caractérisée par une séquence de
réactions qui conduisent à la formation du pyruvate.

Les points importants de la glycolyse :

 Activation du glucose sous forme de glucose-6P au moyen de l’ATP.

 Isomérisation et seconde phosphorylation qui donne le fructose-1,6P et de l’ADP et
deux ADP.
 Clivage du fructose-1,6P en deux molécules de triose-phosphate.

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  Oxydation du 3-Pglycéraldéhyde avec réduction de NAD+. Cette réaction
s’accompagne d’une phosphorylation au niveau du substrat et conduit à la formation de
1,3diphosphoglycérate composé riche en énergie.
 Transfert d’une liaison ester phosphorique du 1.3diphosphoglycérate à l’ADP.
 Isomérisation du 3-phosphoénolglycérate suivie d’une déshydratation pour donner le
phosphoénolpyruvate (PEP) (riche en énergie).
 Transfert de la liaison ester phosphorique du PEP à l’ADP et formation de pyruvate et
de l’ATP.

Bilan énergétique de la glycolyse :

Pour chaque mole de glucose consommée il y a eu :

 Consommation de 2 ATP lors de la formation du glucose-6P et du fructose-1.6bisP.

 Chaque molécule de glucose donne 2 glycéraldéhyde-3P. Au niveau de chaque triose-
phosphate il y a formation d’1 NADH, H+, de 2 ATP et d’un pyruvate.
 Le bilan final conduit à la formation de 4 ATP et consommation de 2 ATP.
 La dégradation d’une molécule de glucose dans la glycolyse conduit donc à la synthèse
de 2 ATP et à la formation de 2 NADH, H+ et de 2 pyruvates, d’où la réaction globale :

Glucose + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+  2 pyruvates + 2 ATP + 2 NADH, H+

Résumé :

Voie d’Embden-Meyerhof :

 Aussi appelée glycolyse

 Localisée dans le cytoplasme des procaryotes et des eucaryotes
 Séquence de 10 réactions
 Opère en aérobiose ou anaérobiose
 Qui transforme le glucose en 2 pyruvates
 Produit 2 ATP et réduit 2 NAD+

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Entrée des oses dans la voie de la glycolyse

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Les alternatives de la glycolyse

La voie des pentoses phosphates :

 Cette voie est une alternative à la glycolyse avec une finalité plus anabolique
(biosynthèse) que catabolique (dégradation).
 Peut être utilisée en même temps que la glycolyse.
 Existe chez tous les eucaryotes et presque toutes les bactéries.
 Est indépendante de l’oxygène (elle a lieu en aérobiose et en anaérobiose).
 Se déroule dans le cytoplasme chez la plupart des organismes et dans les plastes chez
les plantes.
 Est aussi appelée dans la littérature : Shunt de l’hexose monophosphate ou voie
oxydative du phosphogluconate.

Les étapes de la voie des pentoses phosphates :

On peut décomposer la voie des pentoses phosphates en 3 parties :

 Une partie oxydative : série de réactions qui oxydent le glucose-6P, réduisent le NADP+
en NADPH et aboutissent à la formation du ribulose-5P.

3 G6P + 6 NADP+ + 3 H2O  3 Ribulose-5P + 6 NAPH + 6H+ + 3 CO2

 Une partie non oxydative : réactions réversibles d’isomérisation qui donnent le ribose-
5P et une épimérisation qui mène au xylulose-5P.

3 Ribulose-5P <------- > Ribose-5P + 2 Xylulose-5P

 Une partie non oxydative : réactions de trancétolisation et de transaldolisation donnent

deux molécules de fructose-6P et une molécule de glycéraldéhyde-3P.

Ribose-5P + 2 Xylulose-5P < -----------> 2 F-6P + glycéraldéhyde-3P

Intérêt de la voie

Les rôles essentiels de cette voie sont :

 La production de NADPH, utilisé pour la biosynthèse des acides gras, du cholestérol et

pour la réduction du glutathion.

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  La production de pentoses, en particulier le ribose-5P utilisé pour la biosynthèse des
coenzymes pyrimidiques (NAD+ et NADP), des coenzymes flaviniques (FMN et FAD),
du coenzyme A et pour la biosynthèse des nucléotides.
 La production d’érythrose-4P, précurseur d’acides aminés aromatiques : phénylalanine,
tyrosine et tryptophane.

Bilan :

Le résultat final est la conversion de trois glucose-6P en deux fructose-6P, un glycéraldéhyde

et trois molécules de CO2 comme le montre l’équation suivante :

3 Glucoses-6P + 6 NADP+ + 3 H2O  2 fructoses-6P + glycéraldéhyde-3P + 3 CO2 +

6 NADPH + 6H+

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La voie des pentoses phosphates

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La voie d’Entner-Doudoroff ou voie du 2-céto-3-désoxygluconate :

 Cette voie possède des étapes communes à la fois avec la voie des pentoses phosphates
et avec la glycolyse.
 Les bactéries pour la plupart possèdent les voies de la glycolyse et des pentoses
phosphates, mais quelques-unes utilisent la voie d’Entner-Doudoroff au lieu de la
glycolyse (par manque d’enzyme glycolytique, la phosphoglucokinase)
 On trouve la voie d’Entner-Doudoroff chez les Pseudomonas, Rhizobium, Azotobacter,
Agrobacterium et quelques autres bactéries Gram- négatives (bactéries aérobies).

Les étapes essentielles de cette voie sont :

 Activation du glucose par l’ATP (phosphorylation du glucose).

 Le G6P sous l’action du G6P déshydrogénase et en présence de NADP donne du
gluconate-6P.
 Le gluconate-6P perd une molécule d’eau et conduit à la formation du 2 céto-3-
désoxygluconate-6P (CDPG).
 Clivage par la CDPG-aldolase pour donner d’une part du glycéraldéhyde-3P et d’autre
part du pyruvate.
 Transformation du glycéraldéhude-3P en pyruvate au moyen de la glycolyse avec
formation de moles d’ATP et 1 mole de NADH2 par mole de triose phosphate.

Bilan énergétique :

Cette voie dégrade le glucose en pyruvate en produisant (par molécule de glucose) :

 2 Pyruvates
 1 ATP
 1 NADPH
 1NADH

Glucose + NADP+ + NAD+ + ADP + Pi  2 pyruvates + NADPH + NADH + 2 H+ + ATP

+ H2O

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19
Devenir du Pyruvate :

Rappel :

A la fin des 10 réactions enzymatiques de la glycolyse on obtient à partir du glucose, la

formation de 2 molécules d’ATP, de 2 NADH, H+ et de 2 pyruvates dans toutes les cellules. Le
devenir du pyruvate va dépendre des conditions suivantes :

 La présence ou l’absence de l’oxygène dans l’environnement de la cellule.

 La situation énergétique de la cellule.
 L’équipement enzymatique dont la cellule va disposer pour oxyder le NADH, H+.

En effet, le pyruvate peut soit :

 Entrer dans le cycle de Krebs qui se déroule dans la mitochondrie des eucaryotes ou le
cytoplasme des bactéries en aérobiose.
 Soit être métabolisé par fermentation en anaérobiose pour produire par exemple du
lactate ou de l’éthanol.

Le métabolisme anaérobie du pyruvate :

Définition de la fermentation :

La fermentation est une réaction biochimique qui se produit dans des milieux dépourvus
d’oxygène et qui transforme une substance organique sous l’effet d’enzymes. Ces enzymes sont
produites par des microorganismes comme les levures, les bactéries, les champignons et les
moisissures.

Fermentation du glucose :

 La première étape comporte les différentes voies du métabolisme intermédiaire qui

aboutissent au pyruvate.
 Puis viennent les réactions de réduction du pyruvate qui différencient les bactéries
fermentaires (anaérobies strictes ou facultatives) car elles conduisent à des produits
finaux divers, soit unique, soit plus souvent mélangés selon la nature de l’organisme.

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21
Le métabolisme aérobie du pyruvate :

Les trois étapes de la respiration aérobie chez un chimioorganotrophe :

 Grosses molécules organiques nutritives (protéines, polysachharides et lipides) 

petites molécules plus simples.
 Les petites molécules sont dégradées en pyruvate et/ou Acétyl-CoA.
 Ces molécules sont oxydées et dégradées par le Cycle de Krebs (Cycle des acides
tricarboxyliques – Cycle citrique).
 Réoxydation des coenzymes réduits (par les électrons libérés lors des 2 dernières étapes
par transfert au niveau de la chaîne respiratoire).

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 Fermentation Respiration cellulaire
Accepeteur final d’électrons est une Respiration aérobie : accpteur final
molécule organique (donc possible en d’électrons est l’oxygène.
absence d’oxygène. Respiration anérobie (chez certaines
bactéries) : accpteur final d’électrons est une
molécule inorganique autre que l’oxygène
(NO3-, SO42-, CO2 ou Fe2+ qui est alors
essentielle à la place de l’oxygène.
Se déroule entièrement dans le cytoplasme Se déroule en partie dans le cytoplasme et en
partie dans les mitochondries
Production d’ATP (efficacité faible) Production d’ATP (efficacité élevée)
2 mol ATP/Mol glucose) Jusquà 36 mol ATP/Mol glucose.

Incidence énergétique de l’aérobiose et l’anaérobiose :

 Respiration aérobie :

C6H12O6 + 6 O2 ------- 6 CO2 + 6 H2O + 668000 cal

 Respiration anaérobie :

C6H12O6 + 12 KNO3 ------ 6 CO2 + 6 H2O + 12 KNO2 + 429000 cal

 Fermentation alcoolique :

C6H12O6 ------------ 2 CO2 + 2 C2H5OH + 6 H2O + 54000 cal

La voie de la respiration cellulaire (vue d’ensemble) : (trois étapes)

 Glycolyse : oxydation du glucose (6C) en pyruvate (3C). Produit aussi de l’ATP et du

NADH, H+.
 Oxydation du pyruvate en acétyl-CoA. Cycle du citrate (ou cycle de Krebs) : libère du
CO2 et produit de l’ATP, du NADH,H+ et du FADH2.
 Chaine de transport d’électrons et phosphorylation oxydative : consomme de l’oxygène,
libère de l’H2O et produit de l’ATP (à partir des électrons riches en énergie livrés par
les transporteurs qui ont oxydé les nutriments).

23
Voie de la respiration cellulaire (vue d’ensemble) :

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25
 Le Cycle de Krebs :
 Aussi appelé cycle de l’acide citrique ou encore cycle des acides tricarboxyliques.
 Est une séquence de réactions d’oxydation de l’acétyl-CoA en CO2.
 Oxydation et dégradation complète du glucose et d’autres molécules.
 Commun chez les microrganismes aérobies stricts ou facultatifs.
 C’est un cycle puisqu’il commence par la condensation de l’oxaloacétate avec l’acétyl-
CoA et s’achève par la regénération de l’oxaloacétate.
 Il se déroule dans le cytoplasme des procaryotes et dans les mitochondries des
eucaryotes.
 Le cycle de Krebs fonctionne non seulement dans le sens du catabolisme mais aussi
dans le sens de l’anabolisme puisque de nombreux intermédiaires du cycle (-
cétoglutarate, oxaloacétate, succinyl-CoA) servent comme précurseurs de synthèse
d’une large variétés de métabolites cellulaires (acides aminés,..).

26
Le Cyle de krebs ou cycle des acides traicarboxyliques

27
Rappel :

Blan énergétique net de la glycolyse

Glucose + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+ ---- 2 pyruvates + 2 ATP + 2 H2O + 2 NADH

4 ATP formés – 2 ATP utilisés --- 2 ATP

2 NAD+ + 4 è + 4 H+ -- 2 NADH + 2 H+

Dans le cadre de la respiration cellulaire, les molécules de pyruvate et de NADH + H+

fournissent aussi de l’énergie.

Bilan énergétique du Cycle de Krebs

Pour chaque molécule d’acétyl-CoA oxydée, le cycle de Krebs produit :

 2 molécules de CO2
 3 molécules de NADH
 1 molécule de FADH2
 1 molécule de GTP

Pour chaque molécule de glucose,

 2 molécules de pyruvates obtenues, donc 2 tours de cycle (X 2).

Donc le bilan du Cycle de Krebs est :

 3 NADH,H+ - 3 x 3 ATP
 1 FADH,H+ - 1 x 2 ATP
 1 GTP - 1 x 1 ATP
 --- 12 ATP pour chaque molécule de pyruvate
 2 pyruvates - 2 Acétyl-CoA - 2 tours - 2 x 12 = 24 ATP

28
Bilan énergétique de l’oxydation complète du glucose :

Etapes de ATP/GTP Cofacteurs réduits Liaisons phosphates

l’oxydation complète formés riches en énergie correspondantes
du glucose
Glycolyse 2 ATP 2
2 NADH, H+ 6
Pyruvate  Acétyl- 2 NADH, H+ 6
CoA
Cycle de Krebs 2 GTP 2
6 NADH, H+ 18
2 FADH2 4

Cycle du glyoxylate ou shunt glyoxylique :

 Le cycle du glyoxylate est une variante du cycle de Krebs.

 On le rencontre chez certains végétaux et chez les microorganismes tels que les
moisissures, les bactéries et les levures.
 On trouve, dans ces organismes, une seconde enzyme qui n’appartient pas au cycle du
glyoxylate, la malate synthase. Cette dernière condense le glyoxylate avec un acétyl-
CoA pour former un malate, précurseur de la néoglucogénèse.
 Réaction spécifique du cycle du glyoxylate : elle est catalysée par l’isocitrate ou
isocitrate lyase qui shunte le cycle de Krebs. L’isocitrate au lieu d’être oxydé en -
cétoglutarate, est coupé en succinate et glyoxylate.

Bilan du cycle du glyoxylate :

Acétyl-CoA + NAD+ + FAD ---- 2 glyoxylate + HSCoA + NADH, H+ + FADH2 + 2 H2O

Rôle du cycle de glyoxylate :

Les organismes qui possèdent le cycle de glyoxylate, peuvent procéder à une oxydation
ménagée de l’acétyl-CoA en glyoxylate. Comme ils disposent en même temps de la malate
synthase, enzyme n’appartenant pas au cycle du glyoxylate, ils ont la capacité de condenser le
glyoxylate et l’acétyl-CoA pour former du malate. Ce dernier est un précurseur de la
néoglucogenèse. En conclusion ces organismes peuvent fabriquer du glucose à partir des

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lipides. C’est la seule voie métabolique permettant la synthèse des glucides à partir d’acides
gras.

Cycle du citrate et cycle du glyoxylate : Ce qu’il faut retenir

Caractéristiques Cycle de Krebs Cycle du glyoxylate

Localisation Mitochondries glyoxysomes
Fonction Oxydation complète de Oxydation de l’acétyl-CoA
l’acétyl-CoA en CO2 avec en glyoxylate avec
formation de cofacteurs formation de cofacteurs
réduits riche en énergie réduits riche en énergie
Substrat dégradé Acétyl-CoA Acétyl-CoA
Produit CO2 Glyoxylate
Enzymes communes Citrase-synthase
Cis-aconitase
Succinate déshydrogénase
Fumarase
Enzymes spécifiques Isocitrate  -cétoglutarate Succinate  fumarate
cétoglutaratesuccinyl- Malate  oxaloacétate
CoA
Succinate  fumarate
Malate  oxaloacétate
Cofacteurs 3 NADH, H+ 1 NADH, H+
1 FADH2 1 FADH2
Liaison riche en énergie 1 GTP Néant
Bilan Acétyl-CoA + 3NAD+ + Acétyl-CoA + NAD+ + FAD
FAD+ + GDP + Pi  2CO2 +  2glyoxylate + HSCoA +
2HSCoA + 3NADH, H+ + NADH, H+ + FADH2
FADH2 + GTP

30
Cycle du glyoxylate ou Shunt glyoxylique

31
Fermentations dérivées du cycle de Krebs et du shunt glyoxylique :

 Ce sont des fermentations aérobies essentiellement réalisées par des moisissures. Elles
aboutissent à la formation de divers acides organiques (métabolites directement issus du
cycle de Krebs ou du shunt glyoxylique ou des produits de leur transformation.
 Ces acides sont accumulés lorsque le fonctionnement du cycle est interrompu. Cette
interruption peut être obtenue par variation des conditions du milieu : pH, présence
d’inhibiteurs des enzymes transformant normalement le produit formé. Elle peut être
également obtenue par une mutation portant sur les gènes contrôlant ces enzymes.
 Les acides organiques obtenus par ces fermentations sont très variés (acide citrique,
acide itaconique, acide fumarique, acide oxalique, acide malique, acide glutarique, acide
succinique, acide époxysuccinique,..

Régulation du métabolisme chez Saccharomyces cerevisiae :

Chez les levures (anaérobies facultatives), l’orientation vers la respiration cellulaire ou la

fermentation dépend de deux facteurs : la concentration en oxygène et en glucose dans le milieu.

Métabolisme respiratoire chez Saccharomyces cerevisiae :

Dans des conditions aérobies et pour de faibles concentrations en glucose, le métabolisme est
orienté vers les voies respiratoires : à travers la glycolyse, le cycle de Krebs et la chaîne
terminale de transport d’électrons. C’est la voie principale recherchée dans la production de
protéines avec un rendement de 38 ATP par mole de glucose dégradé.

Effet Pasteur :

Définition : Passage d’un mécanisme de production d’énergie par fermentation à un mécanisme

de respiration lorsqu’il y a passage d’anaérobiose en aérobiose.

Etude expérimentale :

Louis Pasteur a constaté qu’en aérant le milieu de culture de levure, on provoque :

 Une augmentation de la multiplication des levures,

 Et une diminution de la production d’alcool.

Analyse :

 Diminution de la production d’éthanol : diminution de la fermentation.

32
  Augmentation de la multiplication des levures : les bactéries se procurent leur énergie
par respiration.

L’effet Pasteur se manifeste losque des levures en fermentation se trouvent en présence

d’oxygène. Il se traduit par une diminution de l’activité des enzymes de la glycolyse ainsi que
de certaines enzymes du cycle de Krebs, ce qui ralentit la vitesse d’utilisation du glucose.

Cette théorie repose sur une inhibition allostérique de la phosphofructojinase, enzyme

catalysant la première étape irreverssible de la glycolyse. Cette inhibition est due à une
accumulation du citrate et de l’ATP.

Métabolisme fermentaire du glucose :

Dans des conditions d’aération, mais en présence de fortes concentrations en glucose, il y a

répression de la respiration, le métabolisme devient alors essentiellement fermentaire.

Effet Crabtree :

Définition de l’effet Crabtree : inhibition de la respiration par des fortes concentrations en

glucose (même en présence d’oxygène en excès).

La déviation de la dégradation du glucose d’un métabolisme respiratoire à un métabolisme

fermentaire par de fortes conscentrations de substrat, est appelée effet Crabtree. Elle est due à
la représsion par le glucose de la synthèse de certaines enzymes du cycle de Krebs et surtout du
Shunt du glyoxylate. L’activité respiratoire de la levure se retrouve amoindrie et ses besoins en
énergie sont complétés par réduction du pyruvate en éthanol.

Implication pratique :

 Un milieu riche en glucose inhibe le métabolisme respiratoire. La concentration élevée

en glucose exerce en effet une répression sur les enzymes de la respiration
indépendamment de la présence en oxygène dans le milieu. C’est l’effet Crabtree. Ce
phénomène est très important pour la vinification. En effet, le moût est très riche en
sucres, ce qui inhibe la respiration favorisant de ce fait la fermentation alcoolique et
donc la production d’alcool dans le vin.
 Inversement pour produire des levures efficacement, il est recommandé d’avoir de
l’oxygène dans le milieu, par aération de faire fonctionner le cycle de Krebs en présence
d’oxygène car il y a plus d’ATP produits, de cellules produites et moins de glucose
consommé.

33
IV. Etude et intérêt de quelques types métaboliques :

Organismes fermentants :

Fermentation du glucose :

 La première étape comporte les différentes voies du métabolisme intermédiaire qui

aboutissent au pyruvate.
 Puis viennent les réactions de réduction du pyruvate qui différencient les bactéries
fermentaires (anaérobies strictes ou facultatives) car elles conduisent à des produits
finaux divers, soit uniques, soit plus souvent mélangés selon la nature de l’organisme.

La fermentation éthanolique (ou alcoolique) :

 Il s’agit d’une fermentation très répandue chez les levures (Saccharomyces,

Kluyveromyces, …).
 Cette fermentation utilise la voie de la glycolyse en absence totale d’oxygène.
 Elle utilise des sucres comme le glucose, du fructose, du saccharose pour obtenir comme
produits finaux un alccol, comme l’éthanol, le dioxyde de carbone en tant que gaz.

Cette fermentation se fait en deux temps :

 Conversion du pyruvate en acétaldéhyde grâce à la pyruvate décarboxylase utilisant la

thiamine pyrophosphate (TPP) comme coenzye :

CH3-CO-COOH+ ----Pyruvate décarboxylase---- CH3-CHO + CO2

 Réduction de l’acétaldéhyde en éthanol grâce à un alcool déshydrogénase en utilisant le

NADH comme coenzyme :

CH3-CHO + NADH + H+ -----Alcool déshydrogénase------- CH3CH2OH + NAD+

Bilan de la dégradation du glucose en éthanol :

Lorsque les réactions de la glycolyse sont poursuivies pour la transformation du pyruvate en

éthanol, on parle de fermentation alcoolique. La réaction globale de la dégradation d’une
molécule de glucose s’écrit :

Glucose + 2 ADP + 2 Pi ----------- 2 Ethanol + 2 CO2 + 2 ATP

Le bian en NAD+/NADH étant nul, ces coenzymes n’apparaissent pas dans l’équation globale
de la transformation du glucose en éthanol.

34
D’autres substances peuvent être produites en faibles quantités (glycérol et acide acétique en
particulier).

Applications :

Cette fermentation pratiquée par de nombreuses levures (dont Saccharomyces cerevisiae)

permet la fabrication :

 Du pain
 De certaines boisons alcoolisées tels que le vin, la bière, le cidre, etc.
 Actuellement, il est possible de synthétiser de l’éthanol industriel à grande échelle par
fermentation pour une utilisation comme biocarburant.

Fermentation lactique :

Les bactéries lactiques étant incapables d’obtenir leur énergie par la respiration, elles recourent
à la fermentation des glucides en acide lactique. Suivant les espèces, les sucres sont catabolisés
suivant 2 voies différentes :

 Les bactéries homolactiques (homofermentaires)

 Les bactéries hétérofermentaires (hétérofermentaires).

Fermentation homolactique :

 Utilise la glycolyse dans sa totalité, du glucose au pyruvate puis lactate. En condition

optimale de croissance, cette voie produit deux molécules de lactate et deux molécules
d’ATP par molécule de glucose consommée.
 Pour être qualifiée d’homolactique, cette voie doit convertir au moins 90% du glucose
consommé en lactate.
 La fermentation homolactique apporte un gain net de 2 ATP par molécule de glucose
oxydé.
 La voie homofermentaire est généralement associé aux bactéries du genre
Streptococcus, Lactococcus, Pediococcus, Lactobacillus.
 Dans des conditions de croissance non optimale (milieu appauvri, sur certaions sucres,
avec des souches mutées) les bactéries lactiques homofermentaires peuvent présenter
un métabolisme mixte caractérisé par la production d’acide lactique, d’acide acétique,
d’éthanol et d’acide formique et/ou de CO2.

35
Fermentation hétérolactique :

 Appelée aussi voie des transcétolases (voie des pentoses phosphates).

 En plus de l’acide lactique, les produits finaux de cette fermentation sont également le
CO2, l’éthanol et en faible proportion selon le substrat oxydé, l’acide acétique et le
glycérol.
 La dégradation d’une molécule de glucose conduit à la formation d’une molécule de
lactate, une molécule d’éthanol et d’un CO2 et apporte un gain net d’une seule molécule
d’ATP.
 Les bactéries dites hétérofermentaires appartiennent aux genres Lactococcus ou
Leuconostoc réalisent la fermentation hétérolactque.

Applications :

 Yaourt
 Fromages
 Les légumes lactofermentés (conservation)
 Poly-Lactic-Acid (PLA) (industrie du plastic biodégradable.

36
37
Fermentation acides mixtes et butylène glycolique (butanediolique) :

Appelée ainsi en raison de la grande diversité des composés organiques produits à partir du
pyruvate.

 C’est une fermentation anaérobie.

 Cette fermentation est réalisée par les entérobactéries.
 Selon les organismes et les conditions environnementales, les proportions des composés
organiques prédominantes diffèrent.

Deux types de fermentations sont caractérisés par les produits finaux excrétés en anaérobiose.

Le type E. coli : les acides organiques prédominent. Le butanediol n’est pas formé. Ce type
conduit à la formation d’une série d’acides organiques (acide lactique, acétique, succinique et
formique) ainsi que l’éthanol, l’hydrogène et le CO2.

Le type Enterobacter (Klebsiella, Serratia) : Fermentation butylène glycolique ou fermentation

butanediolique. Beaucoup moins importante que celle du butanediol, principal produit final. Au
cours de cette fermentation, le pyruvate est décarboxylé en acétoïne (3-hydroxy-butanone) qui
est réduit en butanediol. L’acétoïne participe au goût du beurre.

38
Voie des acides mixtes
Elle conduit à la formation de nombreux acides organiques.

39
Voie du butane-2,3-diol
Conduit principalement à la formation de butane-2,3-diol selon l'équation simplifiée :

.
La fermentation propionique :

 La fermentation propionique est une forme de métabolisme anaérobie qui se produit

chez les bactéries du genre Propionibacterium.
 Les principaux produits de cette fermentation sont : le propionate, l’acétate et le CO2.
 La réaction globale de la fermentation propionique s’écrit :

3 Lactate --------------------- 2 pyruvate + 1 acétate + 1 CO2 + 1 H2O

 Le pyruvate est carboxylé en oxaloacétate, l’oxaloacétate est ensuite réduit via le malate
et le fumarate en succinate.
 Le succinate est alors activé en succinyl-CoA qui à son tour converti en méthylmolonyl-
CoA. Le propionyl est finalement libéré à partir du propionyl-CoA par une CoA-
transférase qui transfère le CoA au succinate.

Les bactéries propioniques sont divisées en deux catégories suivant leur habitat :

 Les laitières, isolées dans les produits laitiers.

40
  Les cutanées, commensales, de la flore de la peau et des muqueuses.

Les espèces laitières : interviennent dans l’affinage des fromages à pâte pressée cuite de type
gruyère, comté et emmental. Les trous dans l’emmental et le gruyère proviennent d’un
dégagement de CO2 dans la pâte pressée et durcie. Le goût particulier de ces fromages est dû à
l’accumulation d’acide propionique.

Les espèces commensales retrouvées dans les produits pathologiques (acné). Les odeurs
corporelles sont dues en partie à l’acide propionique qui est un produit de dégradation des acides
aminés et des acides gras.

La fermentation butyrique :

 Des quantités variables d’acides (butyrate, acétate, lactate), d’alcools (butanol, éthanol,
2-propanol et de gaz (CO2, H2) sont produits au cours des fermentations clostridiales.
 Le métabolisme du glucose s’effectue via la glycolyse. L’hydrogène obtenu par
déshydrogénation du 3PGA est transféré aux acides organiques ou aux cétones
synthétisées à partir du pyruvate ou de l’acétyl-CoA, respectivement.
 Les fermentations du glucose par Clostridium butyricum et Clostridium acetobutylicum
constituent les prototypes des fermentations clostridiales. Leurs produits finaux sont :
le butyrate, l’acétate, le butanol, l’éthanol, l’acétone, le 2-propanol, le CO2 et
l’hydrogène.
 Le butyrate est le produit de la condensation de deux acétyl-CoA en acétoacétyl-CoA,
lequel est ensuite réduit en -hydroxbutyryl-CoA puis en butyryl-CoA et finalement en
butyrate. Le CoA peut être transféré à l’acétate. L’acétyl-CoA peut être utilisé pour
générer de l’ATP et de l’acétate. La production de l’acétone, du 2-propanol et du
butanol, est d’un intérêt industriel. Ils sont utilisés comme solvants organiques.

41
V. Catabolisme des autres composés organiques

Catabolisme des glucides : (Rappel)

Nature des glucides utilisés :

 Monosaccharides : glucose ou autres oses (fructose, arabinose…)

 Disaccharides : Lactose, saccharose…
 Polysaccharides : amidon, glycogène, cellulose, l’inuline…

Dégradation des monosaccharides :

Glucose, fructose, mannose :

 Sont phosphorylés grâce à l’ATP.

 Puis entrent dans les voies métaboliques (glycolyse, voie des pentoses ou voie d’Entner-
Doudoroff).

La figure ci-dessous donne un aperçu des voies cataboliques des monosaccharides (sucres
simples), glucose, fructose, mannose et galactose.

Les trois premiers sont phosphorylés grâce à l’ATP et entrent facilement dans la voie de la
glycolyse. Au contraire, le galactose doit être converti en uridine diphosphate galactose après
la phosphorylation initiale et être ensuite transformé en glucose-6P.

42
Voies cataboliques des monosaccharides

43
Dégradation des disaccharides :

Les disaccharides sont clivés en monosaccharides par deux mécanismes :

 Soit par hydrolyse directe :

Lactate + H2O -----galactosidase----- glucose + galactose

 Soit par phosphorolyse :

Maltose + Pi ----------maltose phosphorylase----- glucose 1P + glucose

1. Maltose + H2O ----------maltase----- 2 glucose

Maltose + Pi ----------maltose phosphorylase----- -D-glucose1P + glucose

2. Saccharose + H2O ----------Saccharase----- glucose + fructose

Saccharose + Pi -------Saccharose phosphorylase----- -D-glucose1P + fructose

3. Saccharose + H2O ----------galactosidase ----- galactose + glucose

Dégradation des polysaccharides :

 Les polysaccharides, comme les disaccharides sont clivés par hydrolyse et

phosphorolyse.
 Les bactéries et les mycètes dégradent les polysaccharides externes en sécrétant des
enzymes hydrolytiques qui coupent les polysaccharides en petites molécules
assimilables.
 L’amidon et le glycogène sont hydrolysés par des amylases en glucose, maltose et autres
produits.
 La cellulose est plus difficile à digérer ; de nombreuses mycètes et quelques bactéries
produisent des cellulases qui hydrolysent la cellulose en cellubiose et glucose.

Dégradation des polymères de réserve :

Les microorganismes survivent en absence d’éléments nutritifs exogènes. Dans ces conditions,
ils dégradent leurs provisions intracellulaires de glycogène, d’amidon et autres réserves
d’énergie.

44
Le glycogène et l’amidon sont dégradés par des phosphorylases. Celles-ci catalysent une
réaction de phosphorylation au cours de laquelle la chaine polysaccharidique est raccourcie
d’un glucose avec formation de glucose1P.

(glucose)n + Pi --------------- (glucose)n-1 + glucose-1P

Le glucose-1P peut entrer dans la voie de la glycolyse par le glucose-6P.

Dégradation des lipides :

 Les triglycérides constituent une source d’énergie.

 Ils sont hydrolysés en acides gras et en glycérol par des lipases.
 Ces lipases se rencontrent chez les moisissures (Aspergillus, Penicillium, Rhizopus, …),
les levures (Candida, Saccharomyces, …) et les bactéries (Serratia, Pseudomonas,
Xanthomonas).
 Le glycérol est dégradé par la glycolyse au niveau de la dihydroxyacétone.
 Les acides gras sont d’abord activés par l’ATP en présence de coenzyme A pour former
un acyl-CoA, lequel est oxydé en -céto-acyl-CoA. Après hydrolyse, il se forme de
l’acétyl-CoA. L’acétyl-CoA formé peut être incorporé dans le cycle de Krebs et le shunt
glyoxylique.

Remarque : Le catabolisme des acides gras représente donc :

 Une source énergétique riche pour la croissance des microorganismes.

 Une source de flaveur pour les fromages affinés (grâce aux molécules synthétisées à
partir des lipides dégradés).

Catabolisme des protéines :

Les protéines sont des composés organiques de haut poids moléculaire, constitués d’acides
aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques. Leur dégradation comporte les étapes
suivantes :

La protéolyse :

Les enzymes intervenant dans ces réactions sont les protéases et les peptidases.

 La plus part des protéases microbiennes agissent aussi bien sur les protéines que sur les
oligopeptides.

45
  Elles scindent la molécule protéique en fragments polypeptidiques, constitués de
quelques acides aminés par les liaisons peptidiques.
 Les espèces protéolytiques les plus connus : Cloctridium, Bacillus, Proteus,
Streptomyces et Pseudomonas.

Les peptidases hydrolysent les polypeptides et les transforment en acides aminés. Il existe deux
types :

 les endopeptidases et les exopeptidases en fonction de leur mode d’attaque de la chaine

polypeptidique.
 Les exopetidases sont-elle mêmes subdivisées en deux catégories : Les aminopeptidases
qui attaquent à partir de l’extrémité -NH2 libre du polypeptide.
 Les carboxypeptidases qui attaquent à partir de l’extrémité -COOH libre du polypeptide.

L’activité de ces différents enzymes conduit à la libération de di- et tri-peptides qui sont ensuite
hydrolysés en acides aminés.

Catabolisme des acides aminés libres :

Ces acides aminés seront ensuite dégradés selon deux voies principales : La désamination et la
décarboxylation.

Désamination :

 Retire le groupe aminé d’un acide aminé pour donner un acide et l’ammoniaque.
 L’acide organique résultant de la désamination peut être converti en pyruvate, en acétyl-
CoA ou en un intermédiaire du cycle de Krebs.
 Peut-être oxydé pour libérer de l’énergie.

Décarboxylation :

 Les décarboxylases agissent sur les aminoacides pour former du CO2 et une amine.
 Les amines sont des composés nauséabonds, parfois toxiques (histamine).

Catabolisme du méthane et méthanol :

 Les microorganismes capables de croître sur méthane et méthanol, comme seule source
de carbone, (ex. Pseudomonas) oxydent le méthane selon la chaîne :

CH4 ------- CH3OH ------ HCHO ------HCOOH -------- CO2

46
  Ces microorganismes sont dits « méthylotrophes ». Ils peuvent être méthylotrophes
stricts (ne dégradant que le méthane ou méthanol), ou méthylotrophes facultatifs
(capables de dégrader, outre le méthane et le méthanol).

Dégradation de l’éthanol :

 L’éthanol peut être dégradé totalement en CO2 et H2O comme chez certaines levures
(Brettanomyces, Debaryomyces, Hansenula …).

Comme il peut être transformé en acide acétique (Acetobacter, Gluconobacter).

Dans les deux cas, la première étape conduit à la formation de l’acétaldéhyde :

CH3-CH2-OH + NAD+ -------- CH3-CHO + NADH, H+

Dans le cas des levures, l’acétaldéhyde est incorporé dans le cycle de Krebs par
oxydation en acétal-CoA. Cette dégradation est aérobie.

CH3-CHO + CoA-SH + NAD+ ------- CH3-CO-SCoA + NADH, H+

Dans le cas des bactéries acétiques, l’acétaldéhyde est transformé directement en

acide acétique.

CH3-CHO + H2O + NAD+ ------------- CH3-COOH + NADH, H+

Dégradation du glycérol :

 Le catabolisme du glycérol a été étudié chez les Entérobactéries, les Lactobacilles, les
bactéries acétiques.
 Le glycérol est dégradé en particulier chez les bactéries acétiques. Acetobacter
suboxydans qui ne possède pas de cycle de Krebs, peut cependant métaboliser le
glycérol. Cette bactérie est utilisée pour la production de dihydroxyacétone,
intermédiaire de la dégradation du glycérol. La dihydroxyacétone est employé comme
agent tannant et en cosmétologie.
 Les Entérobactéries catabolisent le glycérol en le transformant en dihydroxyacétone ou
en glycéraldéhyde-3P lesquels sont ensuite dégradés par la voie de la glycolyse. Le
processus est uniquement fermentaire.
 Le catabolisme du glycérol chez E. coli fait intervenir une glycérol kinase qui donne
naissance à l’-glycérophosphate, qui est encore transformé en dihydroxyacétone-
phosphate.

47
Catabolisme des hydrocarbures :

Beaucoup de Pseudomonas, d’autres groupes bactériens (Micrococcus, Actinomycetes), de

levures et des moisissures sont capables d’utiliser comme seule source de carbone la quasi-
totalité des hydrocarbures paraffiniques et aromatiques. Cette capacité est importante dans la
décontamination de l’environnement pollué.

La dégradation des hydrocarbures dépend largement de leur structure :

Les hydrocarbures paraffiniques (paraffines)

 Les paraffines peuvent être utilisées par un grand nombre de bactéries. Plusieurs
groupes bactériens (Pseudomonas, Nocardia, des mycobactéries et des
Corynebactéries) des levures et des champignons sont impliqués dans la dégradation
des paraffines.
 Des hydrocarbures paraffiniques sont oxydés par des étapes successives grâce à des
déshydrogénases à NAD via l’aldéhyde et l’acide carboxylique.
 Une acyl-CoA synthétase permet d’activer cet acide monocarboxylique en acyl-CoA
qui subit la -oxydation génératrice de d’acétyl-CoA par scissions successives. Il y a
intervention d’une hydroxylase NADP dépendante.

Les hydrocarbures aromatiques

 Un certain nombre de microorganismes, notamment les Pseudomonas, sont capables de

croître sur des composés aromatiques.
 Leur oxydation aboutit dans un premier temps à des composés à seul cycle aromatique
(catéchol).
 Ensuite il y a clivage du cycle sont entre deux groupements hydroxyles voisins soit entre
un groupement hydroxyle et un groupement non-hydroxyle.
 Deux types de clivage (ortho et Méta) existent. Le clivage ortho intervient entre deux
groupements hydroxyles voisins. Le succinate est formé. Le catéchol est transformé en
cis-cis muconate puis en -cétoadipate. Ce dernier est scindé en acétyl-CoA et succinate
qui rejoindront les voies du métabolisme intermédiaire.

Le clivage méta du catéchol intervient entre un carbone hydroxylé et un carbone non hydroxylé.
Le produit du clivage est le semi-aldéhyde -hydroxymuconique. Ce dernier est engagé dans
les voies du métabolisme intermédiaire via le pyruvate et l’acétaldéhyde.

48
VI. Anabolisme et production de biomasse et de métabolites :

La production de biomasse et de métabolites présente un grand intérêt économique.

Production de biomasse et de protéines :

La production de biomasse constitue souvent le but de nombreuses fermentations industrielles.

 Production de levains pour les industries de fermentations.

 Production de biomasse-aliment et plus particulièrement production de protéines
(P.O.U) (Single Cell Proteins = Protéines d’Organismes Unicellulaire, essentiellement
des levures). Lorsque la biomasse est produite pour ses protéines contenant environ 50%
de protéines étant utilisé tel quel. Les protéines ne sont pas extraites et purifiées.
 Production pour des applications particulières comme la lutte biologique (action
insecticide).
 Production d’agents biologiques pour bioconversion (cellules utilisées libres ou
immobilisées, comme catalyseurs.
 Pour obtenir de bonnes productions de biomasse, il est nécessaire de se placer dans des
conditions où le rendement énergétique est le meilleur, c’est-à-dire lorsqu’il y a
oxydation complète du substrat par l’oxygène.
 Il est donc préférable d’utiliser des microorganismes aérobies ne possédant pas de
métabolisme fermentaire ou d’orienter le métabolisme d’un microorganisme ayant
plusieurs voies énergétiques vers la voie oxydative.

Production d’enzymes :

 De nombreuses enzymes peuvent être produites par cultures microbiennes.

 Il s’agit aussi bien d’exoenzymes recueillies dans le milieu, que d’endoenzymes qu’il
faut ensuite extraire de la cellule.
 Les enzymes sont utilisées dans les industries agroalimentaires, pharmaceutiques,
médicales, les industries de nettoyage et de décontamination.
 Les enzymes sont utilisées sous forme libres ou immobilisées.
 Les enzymes de grande importance industrielle sont :

Les cellulases, les petinases, les amylases, les lipases, les protéases (protéines et peptides),
l’invertase, le glucose oxydase, le glucose isomérase, la dextrane sucrase, la pénicillase, la
catalase.

49
Production de vitamines :

 Les microorganismes prototrophes sont capable de synthétiser tous leurs facteurs de

croissance en particulier toutes les vitamines dont ils ont besoin.
 Les processus de mutation et de sélection pouvant conduire au développement de
souches microbiennes prototrophes capable de produire en grande quantité certaines
vitamines.
 Cependant, seuls deux vitamines B, la riboflavine et la cyanobalamine sont produites
par fermentation, car la synthèse chimique des autres est moins couteuse. La vitamine
B12 est une molécule qui n’est synthétisée que par des microorganismes procaryotes.
 La -carotène précurseur de la Vitamine A peut être préparée par voie microbiologique.

Vitamines Microorganismes producteurs

B12 Bacillus megaterium
Propionibacterium freudeureichii
Streptomyces alivaceus
B2 Aerobacter, Azotobacter, Mycobacterium,
Clostridium
Candida
A Dunaliella sp.

Production des antibiotiques :

 Les antibiotiques sont des substances produites par des microorganismes et ayant le
pouvoir d’inhiber ou de détruire d’autres microorganismes. Leur intérêt économique
provient de l’utilisation médicale pour lutter contre les maladies infectieuses.
 Les antibiotiques sont des substances organiques secrétées comme des métabolites
secondaires par certains microorganismes ou produites par synthèse chimique.
 Les principaux groupes utilisés dans la production industrielle d’antibiotiques sont des
bactéries filamenteuses du genre Streptomyces et des moisissures des genres Penicillium
et Cephalosporum.

Exemples de quelques antibiotiques produits par voie microbienne :

 Pénicilline : (Penicillium chrysogenum)

 Céphalosporine : (Cephalosporium harmonium)

50
  Streptomycine : (Streptomyces griseus)
 Rifamycine (Nocordia mediterranei)
 Spiromycine : (Streptomyces ambofaciens).

Production des polysaccharides :

La plupart des microorganismes synthétisent plusieurs types de polysaccharides qui peuvent

être classés selon leur localisation dans la cellule.

 Certains se trouvent à l’intérieur de la cellule, dans le cytoplasme, où ils sont utilisés

par le microorganisme comme source d’énergie.
 D’autres sont des composants de la paroi tels que les peptidoglycanes.
 Enfin un troisième groupe de polysaccharides est excrété à l’extérieur de la cellule (ex :
dextranes, levanes, xanthanes, …etc.).

Divers microorganismes synthétisent des polyosides d’importance industrielle :

 Les dextranes sont produits par des bactéries : Acetobacter, Streptococcus, Leuconostoc.
Ils sont utilisés dans la fabrication de résines, comme additifs alimentaires et agissent
comme texturants en augmentant la viscosité et comme stabilisateurs.
 Les levanes sont produits également par des bactéries : Bacillus. Ils sont utilisés dans la
fabrication de polymères.
 Les gommes « xanthanes » sont produites par les Xanthomonas. Elles sont utilisées
comme agents émulsifiants dans l’industrie chimique ainsi que comme additifs dans de
nombreux produits alimentaires.
 Les alginates sont habituellement produits par des algues mais ils peuvent également
être obtenus à partir de bactéries. Ils sont utilisés comme gélifiants dans l’industrie
alimentaire et l’industrie pharmaceutique mais aussi dans l’industrie textile et du papier.

Production des hormones :

 De nombreuses hormones sont synthétisées au moyen du métabolisme des

microorganismes.
 Les hormones sont des molécules organiques pouvant influencer la physiologie et le
développement des plantes et des animaux.

51
  Les hormones végétales, aussi appelées phytohormones, les plus connues sont la
gibbérelline et l’abscissine. Elles jouent un rôle important dans la régulation de la
croissance et la floraison de la plante :

- Les gibbérellines peuvent être directement produites par une moisissure :

Gibberella fujukuroi.

- Des études ont montré que Bacillus amyloliquefaciens produit de l’acide

abscissique. La présence d’acide abscissique a été également démontrée chez plusieurs
champignons.

 L’hormone de croissance humaine : (Human Growth Hormone) utilisée pour traiter les
déficiences hypophysaires entrainant le nanisme.

- Elle était précédemment extraite des animaux

- C’était à la fois difficile et coûteux

- Elle n’était pas très efficace sur l’homme.

Le gène pour la synthèse de l’hormone de croissance a été introduit chez E. coli, et cette bactérie
génétiquement modifiée, constitue à présent, la source commerciale de l’homme.

 L’insuline humaine : avant de produire l’insuline par les microorganismes, on utilisait

celle, extraite des animaux (porcs, bœufs). Du point de vue structural, ce n’est pas
précisément la même que l’insuline humaine, et elle n’est pas aussi efficace. Avec le
développement du génie génétique, on s’est donc tourné vers les microorganismes. La
production à grande échelle de l’insuline est réalisée commercialement avec la bactérie
E. coli génétiquement modifiée et la levure Saccharomyces cerevisiae.

La production des toxines :

 Certaines bactéries et moisissures excrètent des toxines.

 La production industrielle de ces toxines présente un grand intérêt car cela permet la
fabrication d’antigènes, de vaccins et antiviraux qui sont utilisés en médecine.
 On peut diviser les toxines selon l’origine de leur production : les toxines produites par
des bactéries sont appelées bactériocines, celles par les champignons microscopiques
sont dénommées mycotoxines.

Les toxines bactériennes : on distingue deux types :

52
  Les endotoxines : elles se trouvent chez les bactéries Gram négatif, de nature
glucidolipidoprotéique et thermostables. Elles sont libérées suite à la lyse des bactéries.
Les principales endotoxines sont l’entérotoxine cholérique (Vibrio cholereae) et
l’endotoxine typhoïdienne (Samonella).
 Les exotoxines : produites par les bactéries à Gram positif, de nature protéique, elles
sont thermosensibles : facilement dénaturées par la chaleur et perdent ainsi leur activité
toxique. Elles sont très immunogènes : leur présence dans l’organisme provoque la
synthèse d’anticorps anti-toxiques, capables de bloquer leur activité toxique. Ces deux
propriétés sont exploitées en vaccination : il est possible de produire des toxines
inactives (anabolismes) par traitement thermique (40°C pendant 2 semaines) ou
chimique (formol). Les anatoxines ne présentent plus de pouvoir toxique, mais elles
restent immunogènes et sont donc capable d’induire une réponse immunitaire
protectrice (production d’anticorps). Les principales toxines sont la toxine diphtérique
(Corynebactrium diphteriae), les entérotoxines staphylococciques (Staphylococcus
aureus), la toxine tétanique (Clostridium tetani), les toxines botuliniques (Clostridium
botulinum). Elles sont utilisées comme source d’antigènes mais surtout comme source
d’anatoxine (vaccins).

Les toxines fungiques :

 Divers moisissures excrètent aussi des substances toxiques comme les alcaloïdes. Ces
substances sont produites par Claviceps pururea. Les alcaloïdes sont dotés de propriétés
pharmacologiques et ont un intérêt médical.
 Les aflatoxines sont produites par le champignon Aspergillus flavus. L’intérêt de la
production de ces mycotoxines est faible.

Production de lipides :

 Les lipides sont d’importants constituants de la membrane cytoplasmique et de la paroi.

Ils servent aussi comme réserves énergétiques.
 Les lipides sont synthétisés à partir de glycérol et d’acides gras.
 Le glycérol est un produit intermédiaire du métabolisme des glucides et les acides gras
sont synthétisés à partir d’acétyl-CoA.
 La production de lipides s’effectue toujours par la production de biomasse puis
extraction et purification. Cette méthode est rendue possible par la simplicité des
techniques d’extraction des lipides.

53
  Les lipides peuvent être extraits d’algues, de levures (Rhodotorula lipomyces, Candida,
…) de moisissures (Fusarium, Penicillium,…).

Production d’acides aminés :

 Les acides aminés synthétisés dans la cellule sont utilisés pour la plus grande partie
d’entre eux pour la synthèse des protéines. Il existe de nombreux systèmes de
régulations dans la cellule. Dans les phénomènes de rétroinhibition le produit obtenu en
excès inhibe le fonctionnement des enzymes intervenant au début de la chaine.
 Par mutation et sélection, des microorganismes ont été développés pour produire des
quantités importantes de la plupart des acides aminés.
 La synthèse des acides aminés s’effectue à partir de produits intermédiaires du
métabolisme des glucides : érythrose-P, triose-P, pyruvate, acétyl-CoA, oxaloacétate,
-cétoglutarate.
 Les acides aminés les plus intéressants du point de vue industriel sont les acides
indispensables.
Plusieurs acides aminés, comme la glycine et l’alanine, sont ajoutés à certains produits
alimentaires pour améliorer leur saveur.
 L’acide glutamique est produit à grande échelle par deux bactéries (Corynebacterium
glutamicum et Brevibacterium flavum) et sert, sous forme de sel (glutamate
monosodique) de renforçateur de goût.
 L’aspartame, un édulcorant, est synthétisé à partir de deux acides aminés, l’asparagine
et la phénylalanine. Il remplace avantageusement la saccharine, ou goût amer, produite
par synthèse chimique.
Certains acides aminés essentiels, comme la lysine et la méthionine, peuvent être ajoutés
aux produits végétaux qui en contiennent peu naturellement, pour augmenter la valeur
nutritive.
 Bien que des procédés de synthèse chimique existent, la production d’acides aminés par
voie microbienne prend de plus en plus d’importance. Elle est avantageuse à plusieurs
titres, mais principalement parce que les acides aminés produits ainsi le sont sous forme
directement métabolisable par notre organisme, ce qui n’est pas le cas pour les acides
aminés de synthèse chimique, non assimilable.

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Schéma simplifié de la biosynthèse des acides aminés à partir du métabolisme glucidique

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Utilisations de quelques acides aminés :

Acide aminé Utilisations

Glutamate de sodium Exhausteur de goût
L-méthionine, L-thréonine, L-tryptophane Antioxydant dans le lait en poudre
L-histidine, aspartate Amélioration du goût des jus de fruits
Aspartame Edulcorant faiblement calorique
L-lysine Ajout aux aliments d’origine végétale pour
augmenter la qualité nutritionnelle
Mélange d’Acides aminés Solutions pour des patients post-opératoires

La production de nucléotides :

 Les nucléotides, composant de base des acides nucléiques sont synthétisés :

 A partir de l’inosine monophosphate qui provient du ribose phosphate pour les
nucléotides puriques.
 A partir de l’aspartate et du carbonyl-phosphate par un intermédiaire commun, l’acide
uridylique pour les nucléotides pyrimidiques
 Comme pour les acides aminés leur production est obtenue par perturbation des
systèmes de régulation.

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Voie de biosynthèse des nucléotides puriques et leur régulation

57
Voies de biosynthèse des nucléotides pyrimidiques et leur régulation

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Bioconversions :

 Les bioconversions ou biotransformations sont des réactions biochimiques réalisées par

des cellules (libres ou immobilisées) ou catalysées par leur enzyme (libres ou
immobilisées).
 L’immobilisation des cellules ou des enzymes permet leur réutilisation, le
microorganisme joue le rôle d’un complexe enzymatique.
 Elles permettent la transformation chimique d’un substrat donné en un produit
spécifique.
 Il existe divers types de bioconversions pratiquées à l’échelle industrielle. Parmi les
principales bioconversions faisant intervenir les cellules :

- Conversion du D-sorbitol en L-sorbose par Acetobacter suboxydans (base de la

synthèse de l’acide ascorbique).

- Isomérisation du glucose par Streptomyces (glucose isomérase) (pouvoir sucrant

plus élevé que celui du glucose).

- Décomposition du raffinose en galactose et saccharose par Mortierella viviacea.

- Conversion de l’arginine en citruline par Pseudomonas putida.

- Conversion de l’acide fumarique en acide malique.

Un grand nombre d’antibiotiques peuvent être modifiés par des microorganismes. Ces
transformations ont un grand intérêt car elles permettent d’essayer d’apporter une solution au
développement de la résistance à de nombreux antibiotiques anciens.

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Références bibliographiques :

- Biochimie Microbienne : Catabolisme des glucides et lipides. Master 1.

- Cours de Biochimie Microbienne. Master 1. Université Felix Houphouet-Boigny de Cocody.

2013-2014. UFR Biosciences. Laboratoire de Biotechnologies.

- Ghoul Mostefa. Eléments de Biochimie Microbienne. Université Frehat Abbas Sétif 1.

- Zinsou C. Cours de Métabolisme. Chapitre 5.

- Zinsou C. Le cycle tricarboxylique (Cycle de Krebs ou cycle du citrate). Chapitre 7.

- Bendjama A. Métabolisme Biochimique Bactérien.

- Haichour Nora. Cours de Biochimie Microbienne. http://cte.univ-setif.dz/Moodle/

- Prescott. Harley. Klein. Microbiologie, 2è édition Française. Traduction de la 5è édition

américaine par Claire-Michelle Bocq-Calberg et Jean Dusart. De boeck.

- Scriban R ; Biotechnologie. 2è édition. Technique et Documentation Lavoisier.

- Voie des pentoses phosphates – Wikipédia.

- Nachi M. 2019-2020. Biochimie Structurale et Métabolique. La voie des pentoses phosphates.

- Voie d’Entner-Doudoroff – Wikipédia.

- Introduction au Métabolisme. La dégradation du glucose. Vue d’ensemble.

- Microbiologie, Biol 3253.

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- Destinée du pyruvate en aérobiose et anaérobiose.

http://univ.ency-education.com/uploads/1/3/1/0/13102001/

- Cycle du glyoxylate. https://fr.wikipedia.org/wiki/Cycle_du_glyoxylate

- La fermentation alcoolique. http://tpe-alcoolemie.e-monsite.com/pages/i-qu-est-ce-que-l-

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Daniel Goy, Ernst Jakob, John Haldemann. Les fermentations lactiques. Agroscope
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- Le métabolisme – Destin du pyruvate.

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- Voies fermentaires des entérobactéries.

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- Alyssa Carré-Mlouka. Bactéries lactiques et métabolismes fermentaires.

- Propionibacterium. Wikipédia. https://fr.wikipedia.org/wiki/Propionibacterium

- Définition de fermentation des acides mixtes : https://www.aquaportail.com/definition-9880-

fermentation-des-acides-mixtes.html.

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