Cours de Microbiologie Generale

Faculté des sciences exactes et sciences de la nature et de la vie
Département des sciences de la nature et de la vie
et
Cours de Microbiologie
w.ispits. n
ww
générale
Année Universitaire 2021-2022

Introduction
Microbiologie?
Microbiologie: est une sous-discipline de la biologie basée sur l'étude des
micro-organismes et des relations avec leur environnement. (du grec : mikros=
petit ; bios = vie).
et
Microorganismes?
.ispits. n
w
ww
Microorganismes: constitue un groupe extrêmement diversifié

d‘organismes microscopiques. Ils se distinguent les uns des autres par leur forme,
leur taille et leur mode de vie.
Historique
Les phases de développement de la microbiologie:
La première phase -17ème et 18ème siècles-

Antony Van Leeuwenhoek (1632-1723), est l'homme clé de cette
période. Il est connu comme l'inventeur du microscope et le découvreur des
«
animalcules»,
La remise en cause de la notion de la génération spontanée,
La deuxième phase -19ème siècle-
Pasteur (1822-1895) et Koch (1843-1910)
et ont mis en évidence le rôle des micro-
. n
its
organismes –appelés encore microbes– pcomme:
s
w.i aliments (fermentation lactique, f. alcoolique, f. butyrique)
agents de la fermentationwdes
w
agents de certaines maladies,
chute de la théorie de la génération spontanée),
La troisième phase -20ème siècle-
la microbiologie = étude de tous les micro-organismes
(les algues, les protozoaires, les champignons et les bactéries),
la microbiologie se spécialisa dans trois domaines principaux :
la physiologie, la biochimie et la génétique. (naissance de la génie génétique et
biotechnologie).
Place des microorganismes dans le monde vivant
Classification contemporaine
Le monde du vivant peut être classé en:
Règne animal
Règne végétal,
Règne des protistes.
Les protistes: englobent tous les microorganismes: Les algues, les protozoaires, les
champignons, les bactéries. et les archaébactéries)
. net se subdivisent en :
Selon l’organisation cellulaire, les protistes
1-Protistes supérieurs (Protistes
pitseucaryotes): organisation cellulaire complexe
w.is
l'existence d'un noyau :
ww
-Les Algues (sauf les algues bleu-vert)
-Les Champignons
-Les Protozoaires
2-Protistes inférieurs (Protistes procaryotes: cellule unique dépourvue de noyau:
- Les bactéries
- Les Archaébactéries
La cellule procaryote
. net
pits
w.is
ww
La cellule eucaryote
. net
pits
w.is
ww
Comparaison entre cellules eucaryote et procaryote
Tableau 1: Les caractères différentiels entre la cellule
eucaryote et la cellule procaryote.
Structure cellulaire eucaryote procaryote
Taille 2 - 20 µm 0,3 - 2,5 µm
Presque toujours présente
Pas chez tous les protistes Polymère caractéristique :
Paroi
Pas de glycopeptide peptidoglycane
Constituants spécifiques
présence absence
Noyau
. net
plusieurs chromosomes un seul chromosome
its
. isp
Nucléole wprésence absence
ww
Membrane nucléaire présence absence
Mitochondrie présence absence
Lysosome présence absence
Appareil de Golgi présence absence
Réticulum endoplasmique présence absence
présence
Ribosome Ribosomes libres
association au RE rugueux
Asexuée (mitose)
Reproduction Asexuée
Sexuée (méiose)
La cellule bactérienne
.ispits. net
w
ww
La cellule bactérienne
Une bactérie est un micro-organisme unicellulaire "procaryote", de morphologie
différente et qui se reproduit par scissiparité. Certaines bactéries sont pathogènes pour
l’Homme, d’autres sont bénéfiques.
Chromosome
Mésosome
Pili sexuel
Chromatophore
Capsule
. net
its
Grains de réserve
.isp
w Paroi
ww
.... Périplasme
Membrane
cytoplasmique
Vacuole
Plasmide Pigments
Pilis communs
Ribosomes Flagelle
Morphologie et association
Morphologie:
Les bactéries sont des organismes unicellulaire de formes variées:
. net
Allongée ou Bacille pits Arrondie ou Cocci
w.is
ww
virgule
Spiraléé ou hélicoïdale coccobacille

Un groupe particulier des bactéries de forme filamenteuse se rapprochant des moisissures:
Les Actinomycètes
Morphologie et association
Regroupement :
Les bactéries peuvent être observées :
soit a l’etat frais, entre lame et lamelle, a partir d’un étalement de liquide biologique (pus,
crachats,…) ou d’une culture en milieu liquide.
soit, âpres coloration, a partir d’un etalement sur une lame, seche et fixe.
. net
Les formes des bactéries peuvent être its retrouvées seules, associées par deux
.isp
ww
(diplococoques, diplobacilles), en wchaînette (streptocoques, streptobacilles), en amas
(groupées), en tétrades (par quarte), amas en grappe de raisin,...etc.
Dans le tableau ci-dessous, les formes les plus retrouvées avec leurs caractéristiques, les
groupements fréquents et les schémas correspondants de chaque forme sont rapportés .
Formes caractéristiques Regroupement Schéma Exemple de genre
bactérien
Isolés Genre Micrococcus
Coques Forme sphérique généralement Diplocoques Genre Enterococcus

de Chaînettes Genre Streptococcus
0.5 à 2 µm
Genre Enterococcus
Amas réguliers, grappe de raisin
Genre Staphylococcus
Tétrades Genre Sarcina

Genre Deinococcus
Forme droite Jusqu’à 6 Souvent isolés mais retrouvés Genre Bacillus
Bacilles (Bâtonnets) µm de long, 0.5 à 2µm de large. également en paires ou en Genre Lactobacillus
Extrémités plates, arrondies ou chaînettes (streptobacilles). Genre Pesudomonas Genre
carrées Chlostridium
Genre Mycobacterium
et
Forme intermédiaire entre les
Isolés ou en paires Genre Brucella
. n
Coccobacilles coques et les bacilles.
p its Genre Pasteurella
.is
Courts et larges,
w
ww Le plus souvent Isolés
ressemblant à des coques
Incurvés Forme de virgule Genre Vibrio
Spirilles Genre Spirulina

hélices rigides en spirale Souvent en chaînettes
Genre Rhodospirillum
Spirochètes hélices flexibles Isolés Genre Treponema

Genre Borrelia
réseau de longs filaments Ramifié ou non ramifié (souvent en
Filamenteuses Genre Streptomyces
(Mycélium) chaînettes)
Pléomorphes Change de forme Isolés Genre Haemophilius
Genre Mycoplasma
Pédicule à grande capacité
Pédonculées Isolés Genre Caulobacter
adhésive due aux
polysaccharides
Structure de la cellule bactérienne
Les constituants de la cellule bactérienne
Chromosome
Mésosome
Pili sexuel
Chromatophore
Capsule
. net
its
Grains de réserve
.isp
w Paroi
ww
.... Périplasme
Membrane
cytoplasmique
Vacuole
Plasmide Pigments
Pilis communs
Ribosomes Flagelle
Certains structures sont présentes chez toutes les bactéries ,ce sont les éléments constants,
et d’autres sont retrouvées seulement chez certaines bactéries ce sont les éléments inconstants ou
facultatifs
Les éléments constants Les éléments inconstants
Paroi Capsule
t
ePlasmide
Membrane plasmique s. n
pit
is
Cytoplasme ww. Vacuole à gaz
w
Périplasme Inclusion cytoplasmique
Ribosomes Pili
Flagelle
Chromatophore
Endospore
Les flagelles :
Les bactéries mobiles se déplacent soit par glissement (cyanobactéries), soit par rotation
autour d'un axe central (spirochètes), soit au moyen de cils ou de flagelles.
Les flagelles sont des structures inconstantes chez les bactéries. composés d’une protéine
qui s’appelle « Flagelline »
Le nombre et le mode d’insertion des flagelles sur les bactéries constituent un critère de
. net
classification its
.isp
On distingue deux principaux types w
wwd’insertion
1-Insertion polaire
2-Insertion péri triche
Rôles:
La mobilité
La chimiotactisme
Propriété antigénique
Insertion polaire
Monotriche (a) Amphitriche t(b) Lophotriche (c)

e
it s.n
isp
Insertion péritriche ww.
w
Péritriche (d)
Les pilis :
Ce sont des appendices filiformes différents des flagelles. On
distingue deux catégories de morphologie et de fonction distincts :
• Pilis communs sont distribués en grand nombre autour de la

bactérie. Ils sont en rapport avec les propriétés antigéniques de la
bactérie. et
. n
• Pilis sexuels atteignant
pits 20 µm et se terminent par un
w.is
renflement. Leur nombre estww faible (1 à 4). Ils jouent un rôle dans le
transfert du chromosome de la cellule dite ♂ à la cellule ♀ (Phénomène
de conjugaison).
La capsule :
La capsule est une couche organique de nature
polysaccharidique. Elle joue un rôle important dans le pouvoir pathogène
de certaines espèces bactériennes (Streptococcus pneumoniae,
Haemophilus influenzae) par son rôle protecteur contre la phagocytose
La paroi cellulaire :
c’est un véritable exosquelette formé d'un polymère : le peptidoglycane, encore appelé

mucopeptide, muréine ou encore muco complexe,
toutes les bactéries possèdent une paroi cellulaire à l’exception des mycoplasmes,
Si on enlève la paroi, on obtient des cellules sphériques dites protoplastes.

. net
pits
Structure du peptidoglycane: .is
w w
w
Le peptidoglycane est un polymère complexe formé de 3 éléments
différents :
une épine dorsale faite d'une alternance de molécules de N-
acétylglucosamine et d'acide N-acétylmuramique;
un ensemble de chaînes latérales peptidiques identiques, composées de 4
acides aminés (L-Alanine - D-Glycine - L-Lysine - D-Alanine) et attachées à l'acide
N-acétylmuramique ;
un ensemble de « ponts interpeptidiques » identiques.
NAG: N-acétylglucosamine NAM: Acide N-acétylmuramique
. net
pits
w.is
ww
Structure du peptidoglycane
Différence structurale entre la paroi des bactéries à Gram + et à Gram-
structure de la paroi chez les Gram (+):
. net
pits
w.is
ww
structure de la paroi chez les Gram (-)
. net
pits
w.is
ww
La paroi bactérienne confère à la bactérie plusieurs

«
originalités»:
- Maintien de la pression osmotique,

. net
pits
- Propriétés antigéniques
w.is Acide téchoïque
ww
(Gram +) Antigène O (Gram -),

- Action de différents antibiotiques,
- Coloration de Gram.
Rôle de la paroi dans la différentiation entre bactéries Gram + et Gram-
. net
pits
w.is
ww
Le périplasme :
Chez les bactéries à Gram négatif ;le périplasme est l’espace qui se trouve entre la
membrane externe et la membrane cytoplasmique
Chez les bactéries à G positif, le périplasme est l’espace qui se trouve entre la paroi et
La membrane cytoplasmique . net

pits
w.is
ww
Rôle: le périplasme est le siège d’enzymes hydrolytiques et d’enzymes de détoxification
La membrane cytoplasmique
. net
pits
w.is
ww
Structure de la membrane cytoplasmique

Fonctions:
Elle joue un rôle dans:

Le transport des substances
La biosynthèse des macromolécules
La respiration
La réception des signaux du milieu t
e n
1-Transport des substances it s.
w.isp
Il existe 4 systèmes de transport
ww localisés et contrôlés dans la membrane
cytoplasmique
A-Diffusion passive (Diffusion simple):

Elle concerne les petites molécules neutres, échangées par Osmose, du milieu
le plus concentré (Hypertonique) vers le milieu le moins concentré (Hypotonique)
jusqu’à l’équilibre des concentrations(Isotonique).
B-Diffusion facilitée:
Basée sur la le même principe, mais elle est accélérée par l’intervention de
perméase spécifiques.
C- Le transport actif:
Il se fais grâce à l’intervention de protéines spécifiques de transport, et
. net
permet l’accumulation intracellulaire
pits de substrat contre le gradient de
w.is
concentration. ww
D- La translocation du groupe:
C’est un système de transport qui fonctionne aussi contre le gradient de
concentration, mais dans ce cas , le résultat est chimiquement modifié
(transformé) pendant son transfert.
2-Réspiration
Les enzymes et les coenzymes responsables de la chines resperatoire d’oxydo-réduction
se trouvent au niveau de la membrane cytoplasmique.
Production de l’energie sous forme d’ATP se fait aussi au niveau de la membrane
cytoplasmique.
3-Biosynthese des macromolécules

. net
its de synthese des lipides et des macromolécules
La membrane cytoplasmique est le isiege
p
w.s
ww
qui forment la paroi (LPS, Peptidoblycane,Acide téchoïque).
4-Réception des signaux

La membrane cytoplasmique aide la bactérie à s’adapter aux conditions du milieu,
elle porte des protéines « Antenes »qui captent des signaux chimiques et lumineux du
milieu, et qui orientent aussi la cellule vers l’endroit le plus favorable à sa croissance.
Cytoplasme et structures intra-cytoplasmiques :
Le matériel cellulaire intracellulaire peut contenir :
Le mésosome : structure formée par l’invagination de la membrane
cytoplasmique. Le mésosome est en étroite liaison avec le matériel nucléaire.
joue un rôle dans sa division et la naissance du septum séparant les deux

cellules filles.
joue un rôle dans la synthèse de la paroi.
• ARN ; il s’agit des ribosomes, sites de t biosynthèse des protéines,
e
it s.n
• inclusions. renfermant des substances de réserve, glycogène, de l’amidon,
. isp
ww
w
des lipides parfois chez certaines bactéries du soufre, du fer ou des phosphates, etc.
• Chromatophores, : chez les bactéries photosynthétiques, au niveau
desquels s’effectue la photosynthèse sont appelés chromatophores. Leur structure
est différente de celle des chloroplastes et leurs pigments photosynthétiques sont
appelés bactériochlorophylles
• Vacuoles à gaz. Rencontrées chez les cyanobactéries et les bactéries
photosynthétiques. Elles leur servent de flotteurs à la surface de l’eau ;
 Matériel génétique
• Le matériel génétique est constitué:

d’un chromosome unique formé d’une molécule unique
d’ADN bicatinaire (une double hélice composée de 2 brins monocatinaires
complémentaires). Dans le cas d’Escherichia coli, la longueur a été
. net
évaluée à un millimètre (environ 500
its à 1000 fois plus que la longueur de
.isp
w
la cellule). ww
d’un plasmide: matériel génétique extrachromosomiques,

constitué de brins circulaires d’ADN bicaténaire. Il a une réplication
autonome et contient des gènes supplémentaires (exemple : facteurs de
résistance aux antibiotiques)

Forme de résistance (Les spores):
Certaines espèces bactériennes sont capables de produire des spores
(structures de résistance lorsque les conditions du milieu deviennent
défavorables).
Spores à l’extérieur de la cellule végétative (exospores),
t
s. ne
Spores à l’intérieur de la cellule végétative (endospore).
it
w .isp
Les bactéries qui peuvent sporulée
ww sont
Bacillus: Bactérie aérobie à Gram Positif
Clostridium: Bactérie anaérobie à Gram Positif
La sporulation dure des heurs (7à10heurs), ou la cellule subit de grandes
modifications morphologiques et métaboliques pour donner la spore.
Les types de formation des spores
. net
pits
w.is
ww
Les modifications morphologiques:
Formation du filament chromatique axial
Division du filament chromatique axial en deux; un des deux génomes va vers le plole
de la cellule ;invagination de la membrane cytoplasmique qui divise la cellule en 2 parties
inégales
Formation de péri spores
Formation du cortex . net
pits
w
Formation d’une tunique sporale.is
interne
ww
Formation d’une tunique sporale externe
Lyse de la cellule mère et libération de la spore mure
Les modifications métaboliques:
Une désydratation de 80%
Apparition d’un composé nouveau « Acide dipicolinique)
Accumulation des ions de Ca
Formation du dipicolinate de calcium
La résistance de la spore:
1-La thermorésistance est due à:
La faible teneur en eau (20%)
Présence de dipicolinate de Ca
Présence du cortex
2-La résistance aux agents chimiques et ephysiques
t est due :
it s.n
w.isp
Au nombre et à la nature du tunique sporale
ww
Et aussi à la présence du dipicolinate de calcium
Germination:
Elle due quelque minute seulement
Autolyse du cortex et des tuniques sporales
Libération du dipicolinate de calcium
Réhydratation par osmose
Physiologie bactérienne
physiologie
Science des fonctions et des constantes du
fonctionnement normal des t
organismes vivants,
. ne
unicellulaires comme
w. ispit s pluricellulaires
ww
Les principaux éléments de la physiologie bactérienne
les conditions de la croissance bactérienne:
Nutritionnelles
Environnementales
1-Conditions nutritionnelles:
t
Les bactéries se multiplient à partir
.ne des aliments présents dans les milieux
its
p
.is nombre de besoins communs :
de culture. Elles ont toutes un certain
w
ww
A-Source d'énergie:
• Lumineuse : Bactérie phototrophe
• Composés minéraux ou organiques : Bactérie chimiotrophe
-élément minéral : Bactérie chimiolithotrophe
-élément organique : Bactérie chimioorganotrophe
B-Source de carbone:
• Bactérie autotrophe: utilisent le CO2 comme seule source de carbone
• Bactérie hétérotrophe: exigent des composés organiques
C-Source d’azote:
• synthèse des protéines.
. net
pits
• Quelques bactéries sont .capables de fixer l’azote moléculaire (cas
w is
ww
des Rhizobium).
• d’autres composés inorganiques peuvent être utilisés: les nitrates, les
nitrites, l’ammoniac..
D-Source de soufre
• présence dans certains acides aminés
E-Source de phosphore
• fait partie des acides nucléiques, de l’ATP et de nombreux
coenzymes.
F-Autres éléments : . net
pits
w.is
• Sodium, Potassium, Magnésium,
ww Chlore
• Oligo-éléments : Manganèse, Nickel, Zinc,
Facteurs de croissance :
Les facteurs de croissance regroupent trois catégories de substances :
• Les acides aminés : synthèse des protéines
• Les bases puriques et pyrimidiques : synthèse des acides nucléiques
• Les vitamines : synthèse des coenzymes ou précurseurs de coenzymes
t
(exemple : Nicotinamide :NAD, .transporteur d’électrons)
ne
pits
On classe les bactéries en deuxw.is
catégories :
w w
• Les prototrophes : ne nécessitent pas un apport de facteurs de
croissance dans le milieu de culture.
• Les auxotrophes : exigent un ou plusieurs facteurs de croissance dans le
milieu.
2-Conditions
A-Influence de la température :
environnementales:
- Bactéries psychrophiles: Température proche de 0°C (optimum à 10-
15°C).
- Bactéries psychrotrophes: température de croissance proche de 0°C
avec optimum des bactéries mésophiles. et
it s.n
w isp
- Bactéries mésophiles: La .température optimale se situe à 18/25°C pour
ww
les saprophytes et 25/37°C pour les pathogènes. La température minimale voisine
10°C et la température maximale 45 °C ;
- Bactéries thermophiles : se développent à des températures élevées.
B-Influence du pH :
Selon ce paramètre on distingue
- Bactéries neutrophiles se développent à pH compris entre 6 et 8
(exemple : Escherichia coli),
- Bactéries alcalinophiles ou basophiles se développent à pH alcalin (>8)
(exemple : les vibrions). . net
pits
w.is
- Bactéries acidophiles se wdéveloppent
w à pH acide (<6)
(exemple : Lactobacillus).
C-Influence de l’O2 moléculaire:
Les bactéries réagissent différemment en présence d’oxygène,
Bactéries anaérobies
Bactéries aérobies strictes
strictes
présence d’O2
absence d’O2
Exp:Pseudomonas . net
it s Exp:Clostridium
isp
ww.
w
Bactéries
Bactéries microaérophiles
Aérobies/anaérobies
faible quantité d’O2
facultatives
Exp:Campylobacter
présence ou absence d’O2
Exp:Escherichia coli
Culture des bactéries
- La culture des bactéries est réalisée sur des milieux de culture.
- Les milieux de culture contiennent les substances nutritives indispensables à la
croissance bactérienne.
Les milieux de culture sont
- liquides, bouillon nutritift
s. ne
it + l’agar-agar).
- solides (milieu liquide
p
is
w w.
w
Colonies
Trouble
Croissance sur milieu solide Croissance sur milieu liquide

Milieux de cultures :
Le choix d’un milieu de culture est fonction:
• du but que l’on veut atteindre
• des besoins de la bactérie recherchée.
Exemple de milieux de culture:
• Milieu d’isolement : utilisé pour la croissance de nombreuses espèces

. net
bactériennes (gélose nutritive…), pits
w .is
ww
• Milieu sélectif : utilisé pour la croissance de la gent recherché et inhibition de la
flore associée (chapman
• Milieu d’identification : utilisé pour l’identification des bactéries (Kligler….),

• Milieu enrichi : utilisé pour l'obtention des bactéries dites exigeantes (gélose au
sang…).
Croissance des bactéries
La croissance est l’accroissement ordonné de tous les composants d’un
organisme.
• Chez les organismes pluricellulaires elle aboutit à une augmentation de taille
ou de masse.
• Chez les microorganismes unicellulaires, elle conduit à une augmentation du
n
nombre d’individus c’est donc l’équivalent td’une
. et multiplication.
p is
w .is
Méthodes de mesure de la croissance bactérienne:
ww
méthodes directes;
Lecture au microscope (numération totale): utilisation d’un hématimètre.
Dénombrement après culture (numération viable)
Détermination du poids sec
Mesure du trouble
méthodes indirectes; mesure d’un paramètre lié à l’activité métabolique
La reproduction bactérienne
Elle se fait de façon asexuée selon un mode de division cellulaire appelée
fission binaire (ou scissiparité).
. net
pits
w.is
ww
Le temps de génération; dépend de type et de l’âge de la bactérie ainsi que des

conditions de culture.
. net
pits
w.is
ww
Courbe de croissance:
La représentation graphique de la croissance s’effectue en coordonnées semi-
logarithmique,
Le nombre ou la masse bactérienne étant traduit en nombre logarithmique sur l’ordonnée,
le temps en nombre arithmétique sur l’abscisse.
Nbre Phase stationnaire
Phase de ralentissement
. net
pits
Phase exponentielle w.is Phase de déclin
ww
Phase de latence
Temps
Classification des bactéries
Taxonomie ou systématique
Science du classement des individus, qui consiste à former des groupes
d'individus qui se ressemblent selon des critères prédéfinis et à éliminer ceux
qui s'en distinguent qui pourront former un autre groupe avec leurs
semblables.
. net
s
pit l'identification et la nomenclature des
La taxonomie est essentielle.ispour
ww
w
souches bactériennes que l'on isole chez les malades ou dans leur
environnement.
Les règles qu'on applique sont celles édictées par Linné en 1753 pour
classer les végétaux; elles sont également utilisées par les zoologistes pour
classer les animaux.
Les échelons hiérarchiques sont : Règne, Embranchement, Classe,
Ordre, Famille, Genre et Espèce.
L’espèce est l’unité fondamentale de la classification. Elle regroupe les
organismes qui possèdent de nombreux caractères communs. Cependant à
l’intérieur d’une même espèce, il est possible de distinguer des souches et des
clones : . net
pits
w.is
- Une souche est la sous-division
ww d’une espèce.
- Un clone est une population descendant d’une même souche.
Les noms des bactéries sont désignés par deux

noms latins :
le nom de genre, écrit avec une majuscule, est suivi

du nom d’espèce, écrit en minuscule. L’ensemble du
nom est écrit en italique its.net
w.isp
ww
Exemple:
Escherichia coli - E. coli
Genre Espèce
Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères :
- biochimiques (classification en biotypes ou biovars)

- antigéniques (classification en sérotypes ou sérovars)
- pathogéniques (classification en pathotypes ou pathovars)
- enzymatiques (classification en zymotypes
t ou zymovars)
s. ne
p
- de sensibilité aux antibiotiquesit (classification en antibiotypes)
is
w w.
w
- de sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou
lysovars)
Les bactéries peuvent aussi être classées selon :

- la coloration de Gram
- la morphologie, la mobilité et la capacité à sporuler,
- la température de croissance
- les besoins nutritionnels
. net
pits
- le mode respiratoire .is
w
ww
- la capacité de photosynthèse
- l’utilisation des différentes sources de carbone ou d’azote
Les archaebactéries
Les archaebactéries ?
Les archaebactéries sont des protistes procaryotes ,

adaptées à la vie dans des conditions de vie
extrêmes
. net
pits
.is
Des conditions qui ressemblent à celles de la terre
ww
w
lors de l’apparition de la vie. Se sont des bactéries

primitives, d’où leur nom. Pour leurs
caractéristiques et leur comparaison avec les
eubactéries voir tableau suivant :
Tableau comparatif entre eubactéries et archaebactéries
Bactérie "Archaea"
Présence d'acide muramique dans la Oui Non

paroi (si la paroi est présente)
Peptidoglycane
Oui Non
Lipides membranaires Acides gras aliphatiques Chaînes
liés au glycérol par des hydrocarbonées liées
et
.nliaisons Ester au glycérol par des
pits liaisons Ether
w.is
ww
Premier acide aminé initiant la N-formylméthionine Méthionine
synthèse d'une chaîne
polypeptidique
Sensibilité aux bêta-lactamines Variable Non
Synthèse des protéines inhibée par Non Oui

l'anisomycine
Synthèse des protéines inhibée par Non Oui
l'anisomycine
Synthèse des protéines inhibée par Oui Non

la streptomycine et le
chloramphénicol
Synthèse des protéines inhibée par .net Non Oui

pits
la toxine diphtérique .is
ww
w
Présence d'introns dans les gènes Non Oui
codant pour les ARNt
Inhibition de la RNA polymérase Oui Non

DNA dépendante par la rifampicine
On distingue 3 grands groupes :
Les halophiles extrêmes

Ils nécessitent une présence de sel à 9%. Ils tolèrent des pH
basiques de l’ordre de 11.5.
On les trouve dans les lacs salés, les marais salants,
saumures (eau très salée). pits.net
.is
Se sont les seules Archaebactéries
ww
w capables de
photosynthèses grâce à des pigments caroténoïdes, qui
leur confèrent une couleur rose.
Le genre Halobacterium en est l’exemple type.
Les Thermophiles extrêmes

La température optimale de croissance est de
l’ordre de 80°C et même plus. Anaérobies et
résistants aux pH acides pits extrêmes.
. net
.is
Ils sont thermoacidophiles.
ww
w
Pyridictium
occultum : 105°C ;
Sulfolobus sp : 87°C à 90°C et un pH1.
Les Méthanogènes
Anaérobies stricts, comme Méthanobactérium, il est
capable de produire le méthane (CH4 ) à partir de gaz
carbonique (CO2). Saprophytes du tube digestif des
ruminants,
net
ils sont capables de libérer
.ispits plus 1 à 2 milliards de
.
ww
tonnes de méthanes par an.
w
Les ruminants et leur méthane contribuent dans

l’effet de serre et le réchauffement de l’atmosphère.
On les trouve également dans les sédiments des
eaux de sources, sources thermales et les stations
d’épuration.
Les Virus
ww
w.ispits. net
Définitions
virus?
Un virus est une particule microscopique infectieuse
possédant un seul type d'acide net nucléique (ADN ou ARN)
its.
qui ne peut se répliquer wqu'en
.isp pénétrant dans une cellule et
w
wen utilisant sa machinerie cellulaire.
Les virus sont en général des germes pathogènes.
Propriétés générales
Les virus sont formés d’un acide nucléique protégé par une
enveloppe protéique
Les virus ne forme pas de cellules
Les virus ne peuvent pas faire les fonctions cellulaires vitales.
t
Les virus peuvent infecter les.necellules des organismes vivants
pits
w.is
Les virus sont des parasites
ww obligatoires
L’infection virale est spécifique
Structure des virus
Une particule virale complète, appelée virion, est composée :

- d’un filament d’acide nucléique,
- d’une coque protéique protectrice appelée capside.
1-L’acide nucléique représente le génome viral, est peut être
de:
- l'ADN,
. net - l'ARN.
it s
Il peut être sp
.icirculaire ou linéaire, bi caténaire ou
ww
w
monocaténaire .
2-La capside
- coque qui entoure et protège l'acide nucléique viral. La
- constituée par l'assemblage de sous-unités protéiques
appelées capsomères.
- l'ensemble de la capside et du génome est nommé
nucléocapside.
Structure des virus
. net
pits
w.is
ww
Structure générale d’un virus

Structure des virus
Les capsomères ont plusieurs fonctions:

Protection du génome virale
Participation à la liaison spécifique du virus avec la cellule hôt
Détermination de l’antigénécité du virus
net
Responsable de pla .
its synthèse structurale des virus
w.is
ww
Les capsomères sont organisés dans la capside en 2
types principaux du symétrie:
Capside tubulaire: sous la forme d’une hélice
Capside cubique: sous la forme d’un hexagone
Structure des virus
Selon la structure de la capside on distingue en général deux

groupes principaux de virus :
. net
pits
w.is
ww
Virus à symétrie cubique Virus à capside tubulaire

(ou à capside icosaédrique) hélicoïdale
Structure des virus
3-Enveloppe virale : (ou péplos)
Elle a une structure complexe , on y trouve des protéines, des glucides et
des lipides. On distingue deux groupes de virus selon la présence ou
l’absence d’une enveloppe :
. net
pits
w.is
ww
Virus enveloppés Virus nus
Les enveloppes sont acquises pendant la libération des virus à partir des
membranes cytoplasmique ou nucléaires des cellules hôtes .les virus intègrent alors leurs
propres protéines dans ces membranes modifiant ainsi leurs composition.
Exemples de Virus
. net
pits
w.is
ww
COVID 19
Reproduction des virus
Le cycle d’évolution de l’infection virale se déroule en 4 étapes:
a) Adsorption: ou attachement du virus à la surface de la cellule hôte grâce aux
composants de surface des virions ,et les récepteurs des surfaces des cellules hôtes.
L’adsorption est spécifique: chaque virus a des récepteurs spécifiques sur les cellules
hôtes qu’il peut infecter .mais une cellule peut avoir plusieurs types de récepteurs
spécifique pour plusieurs virus.
. net
b) Pénétration: du génome viral danspla its cellule
w.is
wwdu virus
Elle est différente selon la nature
Les virus infectent les animaux sont décapsidés dans le cytoplasme libérant ainsi
l’acide nucléique viral
Les virus infectent les bactéries (les bactériophages) injectent leur acide nucléique
dans le cytoplasme.
Les virus infectent les végétaux sont transmis à travers une lésion pariétale des
cellules végétales soit par un insecte vecteur.
c)Réplication:
La multiplication des virus se fait à l’intérieur du noyau cellulaire ou dans le
cytoplasme.
La multiplication se fait par :
Réplication du génome (ADN ou ARN) par les enzymes de la cellule hôte.
Synthèse des protéines de la capside
. net soit inhibé

L’ADN de la cellule infectée est soit dégradé,
pits
.is
Arrêt de la synthés des protéineswcellulaires ,mais les métabolismes cellulaires restent
w w
fonctionnels.
Les acides nucléiques et les capsides s’associent pour former les nouveaux virions
identiques au virus infectant.
d) Libération: les virus sont libérés dans le milieu extracellulaire selon 2 mécanismes:
Les virus nus sont libérés par la lyse et donc la mort de la cellule hôte
Les virus à enveloppe sont libérés par bourgeonnement au niveau de la membrane
cytoplasmique
. net
pits
w.is
ww
Les étapes de multiplication virale

Classification des virus
Classification des virus

Quatre critères sont retenus pour cette classification :
- Nature de l'acide nucléique viral : ADN ou ARN
- Symétrie de la capside : cubique ou hélicoïdale
et
- Présence ou non d'enveloppe
its. n ce qui permet de distinguer
.isp
w
ww les virus nus et ceux enveloppés.
- Nombre de capsomères pour les virus à symétrie cubique et
diamètre de la nucléocapside pour les virus à symétrie
hélicoïdale.
Les bactériophages
Virus complexe –exemple des bactériophages
- Une capside symétrique qui n’est ni hélicoïdale, ni vraiment
icosaédrique.
- Ils possédent une tête icosaédrique liée à une queue hélicoïdale à
laquelle sont attachés des poils et des fibres caudales.
. net
pits
w.is
ww
Les bactériophages
Pour les bactériophages On distingue deux cas :

1-Infection lytique: Elle concerne des virus appelés Phages
lytiques ou phages virulents. Ces virus ce multiplient à l’interieur de
la cellule bactérienne et à la fin de leur cycle de reproduction ils
lysent la bactérie en produisant dest end lysines (lysozyme et end
.ne
its
.isp
peptidase) . w
ww
2-Infection lysogene: Elle concerne des virus appelés phages
tempérés qui ne se multiplent pas dans la bactérie infectée et ne
provoquent pas sa lyse.
Les phages tempérés injectent leur acide nucléique dans la
bactérie ,mais l’acide nucléique intègre l’ADN bactérien (prophage)et
se transmet héréditerement aux cellules bactériennes filles.
Les champignons
. net
pits
w.is
ww
Définitions
Les champignons?
Les champignons microscopiques (ou mycètes) sont des organismes hétérotrophes ,
non photosynthétiques et immobiles
Héterotrophes:organisme qui utilisent des composés organiques comme source de
carbone
. net
Photosynthétiques: Organismes capables
pits d’utiliser la lumiere come source d’energie
w .is
ww2 grands groupes: Les levures et les moisissures
Les champignons sont divisés en
1-Les levures :Ce sont des champignons unicellulaires qui ne possedent pas de
mycélium (Non filamenteux)
Les levures sont constituées d’une paroi rigide composée de 80% de polysaccharides et
de 20% de protéines
Le cytoplasme des levures renferme les organites intracellulaires caractéristiques des
cellules eucaryotes
Définitions
2-Les Moisissures:
La plupart des moisissures ont une structure pluricellulaire, cependant il ya
des espèces qui sont coénocytiques
La structure des moisissures se présente sous forme de filaments ramifiés
appelés (Hyphes) , l’organisme dans son ensemble est appelé mycélium ou Thalle.
L’Hyphe est donc la structure de base t mycélium
edu
s. n
pit
is
w w.
Il se compose d’une paroi (constituée généralement de Chitine) entourant le
w
cytoplasme
Définitions
Reproduction des champignons:
A)Reproduction des levures: Il existe 2 types de reproduction
A1) Reproduction asexuée: se fait par
-Simple scission binaire de cellule
-Bourgeonnement
A2) Reproduction sexuée: se fait par t la formation de spores reproductrices
s. ne
pit
haploides (nchromosomes) :les ascospores sexuées de type sexuel (a) et de type
. is
ww
sexuel (α) w
Définitions
B)Reproduction de moisissures:
La reproduction des moisissures peut etre asexuée ou sexuée
B1)Reproduction asexuée :se fait par:
-Fragmentation du mycelium
-Formation des spores asexuées par mitose
B2) Reproduction sexuée : se fait. net la formation se spores sexuellement
par
ts pi
is
w. un nouveau mycélium
différentes ,dont le croissance donne
w
w
Définitions
La mycologie médicale?
étudie les champignons microscopiques susceptibles de provoquer chez
l’homme l’installation d’un état pathogène.
Lesitsmycoses?
.ne
t
w.isp
ww
sont des lésions provoquées chez l’homme par des champignons
microscopiques.
Classification
Selon le classement de mycologie médicale on distingue:
- les champignons filamenteux ;

- les champignons levuriformes (levures) ;
- les champignons dimorphiques.
. net
its
Les champignons
p
w.is
diwwmorphiques
champignons champignons
filamenteux levuriformes
Les mycoses
Caractéristiques cliniques des mycoses
Les mycoses se distinguent par :
- une évolution lente, d’allure chronique ou subaiguë,
pouvant durer plusieurs semaines à plusieurs mois ;
- une absence de fièvre (sauf en cas de septicémie ou de
colonisation d’organes profonds) ;
- une absence de douleurs . net
(sauf localisations nerveuses) ;
it s
w.isp
- un prurit, pour la majorité des atteintes cutanées ;
ww
- une sensation inconstante de brûlure en localisation
muqueuse.
Localisation des mycoses
- superficielles : peau, phanères, muqueuses et tube digestif

;
- profondes : viscérales, ostéo-articulaires, septicémiques
Exemples de mycoses
Les aspergilloses sont
des mycoses localisées ou généralisées,

champignons filamenteux.
des affections opportunistes allergiques ou infectieuses fréquentes.
Agents pathogènes
Le genre Aspergillus
Ces champignons microscopiques, et saprophytes
Spores, très volatiles, it s.n
w. isp
La principale voiew de dissémination des spores d’Aspergillus est
w
aérienne.
Clinique
Les aspergilloses sont des maladies cosmopolites, à localisation

essentiellement respiratoire (Aspergilloses pulmonaires). On peut rencontrer
également :
Aspergillose sinusienne
Otite aspergillaire
Exemples de mycoses
Les candidoses
Les candidoses sont des mycoses cosmopolites provoquées par des champignons
levuriformes (levures) commensaux appartenant au genre Candida. L'espèce la plus
courante est Candida albicans.
Agent pathogène: Les levures du genre Candida mesurent 2 à 15 μm et se
multiplient par bourgeonnement.
Les aspects cliniques: sont nombreux et de gravité variable.
. net
pits
w.is
ww
Les Algues
. net
pits
w.is
ww
Définitions
Les Algues‫؟‬
Ce sont des organismes phototrophes, ils utilisent l’énergie lumineuse comme
source d’énergie pour leur croissance.
La plupart des algues sont unicellulaires
. net
its
Certaines sont pluricellulairses etspd’autres coénocytiques.
w . i
ww
Structure et morphologie
La plupart des algues sont flagellées et mobiles
Les algues possèdent une paroi cellulaire rigide, formée de cellulose
Physiologie générale
Les algues poussent sur un large intervalle de températures allant de 5 à 50 C

Certaines espèces peuvent même se développes à 100 C, d’autres à des
températures inférieurs à 0 C
et PH ,certaines algues poussent sur des
Les algues tolèrent différentes valeurs.nde
ts
pi
is
milieux très acides. ww.
w
Les algues sont des microorganismes photoautotrophes
Les pigments photosynthétiques sont suivant l’espece (le chlorophyle, le
carotene et l’oxycarotene.
Reproduction
Reproduction
1-Reproduction asexuée:
Les algues pluricellulaires qui forment un mycélium, se reproduisent par
simple fragmentation d’une partie de mycelium qui peut se développer et donner
une nouvelle algue.
. net
s spores asexuées qui se developpent et
Les algues unicellulaires produisentpitdes
w.is
w
donnent des algues nouvelles et w
identiques à l’algue mère.
2-Reproduction sexuée:
La reproduction sexuée se fait par la fusion de spores de signes sexuels
compatibles.
Les algues se trouvent principalement dans les eaux douces et les eaux marines
Les algues produisent:
50à60% de l’activité photosynthétique de la planète
80% de l’oxygene de la planete . net
pits
80à90% des matières organiques
w .is
océaniques
ww
Classification
Classification
Les algues sont en 5 phylum
(Enbranchement)
Phyrrhophyta: Les dinoflagellés
Chrysophyta: Les Diatomées
. net
Phaerophyta: Algues brunes spits
w.i
ww
Rhodiphyta: Algues rouges
Chlorophyta: Algues vertes
Algue flagellée Algue diatomée Algue dinoflagellé

Les protozoaires
. net
pits
w.is
ww
Définitions
Les protozoaires?
Ce sont des organismes unicellulaires ,sans paroi cellulaire et mobiles
Ils sont chimio hétérotrophes
Structure et morphologie
.
Les protozoaires possèdent un cytosquelettenet de protéines sur toute la cellule, ce qui
pits
w .is
donne la forme spécifique des protozoaires
ww
Il existe des protozoaires ciliés , des protozoaires flagellés et des protozoaires
amiboides (ou amibés)
Protozoaire cilié Protozoaire flagellé Protozoaire amiboide

Ce sont des chimiohétérotrophes
Ils sont aérobies et mésophyles
Ils ne possedent pas de paroi cellulaire protectrice
Ils sont hyperosmotiques (les concentrations des ions et composés
t
s. ne
intacellulaires sont supérieurs aux concentrations du milieu extérieur), il se
it
w .isp
protegent de cette forte pression
wwosmotique par une osmorégulation, assurée par
des vacuoles qui expulsent l’eau en plus qui se trouve dans la cellule.
L’orsque les conditions du milieu sont défavorables, certains protozoaires se
protègent par une enveloppe (kyste)
Reproduction
Reproduction
1-Reproduction asexuée:
Par scission binaire
Par bourgeonement
Par Schzogonie (division multiple)
. net
its
2-Reproduction sexuée: w.isp
ww
2 cellules compatibles entrent en contact et s’échangent leur noyau
Les 2 cellules se séparent en étant toutes deux fécondées et leur division
donera des cellules filles à ADN recombiné
A-Ecologie
Les protozoaires ont besoin absolu d’humidité, on les trouve dans des milieux
riches eau ou ils vivent à l’état libre
Il existe des protozoaires :
. net
Saprophytes (habitants naturels d’un
its milieu donné)
.isp
w
ww et se nourrissent de cellules mortes
Néchrophages: se développent
Parasites d’insectes ;de végétaux; d’animaux et de l’homme :se développent
aux dépend de ces organismes
B-Pathologie:
Les protozoaires pathogenes sont transmis à l’homme par :
Des aliments
Des insectes
. net
Des animaux its
.isp
w
ww peuvent être des :
Chez l’homme ;les protozoaires
Parasites intestinaux: ils infectent l’homme sous forme de kyste; une fois dans
l’estomac.
Parasites sanguines et tissulaires: exemple: Plasmodium: responsable d’une
maladie grave appelée paludisme, ce protozoaire est infecté chez l’homme par
l’anophele.
Classification
Classification
Les protozoaires sont classés en 4 phylum sur la base de leur mécanisme de
mobilité:
Sarcodina:Les amides: se déplacent par pseudopodes
Mastigophora: Les protozoaires flagellés :se déplacent par des flagelles
. net
Ciliaphora: Les protozoaires ciliés s déplacent par des cils
it:se
.isp
w w
Sporozoa: Les protozoaireswimmobiles
Différents modes de transmission
des microorganismes
.ispits. net
ww
w
Différents modes de transmission
De parents à Transmission Ex:

leurs descendants transplacentaire
verticale
Transmission Transmission
directe Etre humain
t
indirecte
s. ne
pit
is
ww.
w
contact direct contamination par

avec individu Transmission l’intermédiaire
ou animal horizontale d’objet infecté,
infecté aliment
contaminé,
contamination interhumaine
Différentes voies de contamination
Voie cutanée
Voie digestive Voie respiratoire
. net
pits
w.is
ww
Etre humain
Voie sexuelle Voie transcutanée

Modes d’action des microorganismes dans
l’organisme humain
Définitions
• Bactérie commensale:
vit au contact du revêtement cutanéo-muqueux d’un hôte
sans entraîner de désordres.
• Bactérie pathogène, on distingue :

- Bactéries pathogènes .spécifiques:
net
pits
capables de provoquer
w.is une maladie chez un sujet dont les
ww
mécanismes de défense sont normaux. (ex: Mycobactérium
tuberculosis Clostridium tetani).
- Bactéries pathogènes opportunistes:

peuvent devenir pathogènes lorsque les défenses de l’hôte
sont affaiblies, mais ne donnent pas habituellement de maladie
chez le sujet sain. (ex: entérocoque, Escherichia coli,
Staphylococcus epidermidis)
pénétration
. net des micro-organismes
pits
w.is dans l’organisme
ww
multiplication
des micro-organismes
dans l’organisme
Notions de pouvoir pathogène
Pouvoir pathogène ou pathogénicité: c’est la capacité d’une

bactérie à provoquer une infection chez son hôte.
Deux éléments déterminent le pouvoir

.ne
t pathogène d’une bactérie :
pits
w.is
le pouvoir de multiplication
ww de la bactérie (pouvoir invasif ou
virulence),
la capacité de la bactérie à produire des toxines (pouvoir

toxique).
Le pouvoir invasif d'une bactérie: sa virulence.
Le pouvoir invasif d'une bactérie: c’est l’aptitude de la bactérie

à se multiplier et à se répandre dans tous les organes de l'hôte
malgré les défenses de celui-ci. .net
pits
w.is
Les facteurs favorisant lewwpouvoir invasif d'une bactérie sont :
- leur capacité à adhérer aux cellules,

- leur capacité à détruire les tissus,
- leur résistance à la phagocytose.
Le pouvoir toxique d'une bactérie : production de toxines.

Le pouvoir toxique d'une bactérie: c’est sa capacité à produire
des toxines.
Les toxines sont des molécules synthétisées par un

t
eperturber
microorganisme et capables de it s. n le fonctionnement de
.isp foyer d'infection.
certaines cellules, à distancewwdu
w
Les toxines sont également plus ou moins immunogènes : elles
sont capables d'induire une réponse immunitaire.
Il existe deux grands types de toxines :

- les endotoxines, faisant partie de LipoPolySaccharide.
- les exotoxines protéiques.
Les endotoxines
• se trouvent sur la face externe de la membrane externe
des bactéries Gram (-), elles sont lors libérées de la
croissance ou lors de la lyse cellulaire,
• sont de nature lipidique. Elles
t correspondent au lipide A
.ne
its
du LPS, w.isp
ww
•peu sensibles à la chaleur (thermostable).
•peu immunogènes, il n'y a quasiment pas d'anticorps
produits contre les endotoxines.
•On ne peut donc pas concevoir de vaccins contre elles.
•Leur pouvoir toxique est faible.
Les exotoxines
• produites par une bactérie encore vivante et libérées hors de la
cellule et diffusées dans le tissu ou la circulation sanguine,
•Thermolabiles avec un pouvoir toxique très élevé,
• de nature protéique,
t
e
•Leur pouvoir antigénique est très s. nélevé, et existence d’un vaccin
it
contre ces toxines. w.isp
ww
Exemples de toxines: toxine tétanique, botulique et diphtérique.
L'exotoxine, traitée par chauffage (40°C), et par action du formol,

perd ses propriétés toxiques, mais conserve ses propriétés
antigéniques, on l'appelle alors anatoxine.
Cette anatoxine est utilisée pour la création de vaccins
(vaccins anti-tétanique ou anti-diphtérique).
A B
Infection de la souris par deux
bactéries pathogènes A et B
Décès de la
et
souris
it s.n
w.isp
ww
Autopsie
Isolement de la bactérie A Absence de la bactérie B au

à partir des tissus de la niveau des tissus de la souris,
souris mais présence de toxines
La bactérie A est virulente La bactérie B est toxinogène
Moyens de défense de l’organisme
Lignes de défense chez l’hôte

. Il existe plusieurs lignes de défense chez l’hôte qui
net
vont s’opposer à l’implantation
pits. de nouveaux micro-
w.is
ww
organismes: ce sont
l’immunité innée (non spécifique)
et l’immunité spécifique acquise.
Défenses de la peau
Barrière physique :
2 couches (épiderme + derme),
kératinisation (production de la kératine,
présence de cellules mortes en surface,
phénomène de desquamation
et
superficielle.
it s.n
Barrière chimiqueww:.isp
w
pH acide,
sécheresse de la peau,
sécrétion de lipides toxiques et de lysozyme.
Barrière biologique :
flore commensale cutanée normale,
compétition au niveau des sites et de l’utilisation des
nutriments.
Défenses des muqueuses
Barrière physique :
élimination des bactéries avec mucus par cils
vibratiles (muqueuse respiratoire) ,
flux urinaire,
sécrétions lacrymales,… et
. n
its
Barrière chimique w.i:sp
ww
Le pH acide du milieu inhibe la multiplication
bactérienne au niveau de l’estomac, de l’urine…..
Sécrétion de produits antibactériens dans le
mucus : lysozyme, lactoferrine (chélateur du fer, prive
la bactérie de ce nutriment essentiel à sa multiplication.
Barrière biologique :
Existence de flores microbiennes
commensales,
Existence d’ un équilibre et écologique qui
s.n
s’oppose à l’implantation
w.isp
it
de bactéries pathogènes
ww
Remarque : toute modification de cet équilibre, en
particulier par les antibiotiques, entraîne un
dysmicrobisme et permet la prolifération d’espèces
pathogènes
Immunité innée et acquise
Définitions
- L'immunologie
est la branche de la biologie qui s'occupe de l'étude du système immunitaire
- Immunité
correspond à l'ensemble des mécanismes de défenses de
l'organisme. Il en existe deux types : Immunité innée et Immunité acquise.
- On appelle et
. n
réponse immunitairespleitsdéclenchement du système immunitaire face
w .i
à une maladie. ww
Un anticorps
est une protéine complexe utilisée par le système immunitairepour
détecter et neutraliser les agents pathogènes de manière spécifique. Les anticorps
sont sécrétés par des cellules dérivées des lymphocytes B : les plasmocytes.
Un antigène
est une macromolécule naturelle ou synthétique,
reconnue par des anticorps ou des cellules du système immunitaire et capable
d'engendrer une réponse immunitaire
L'immunité non spécifique, système immunitaire inné:

• est l'ensemble des défenses d'un organisme contre des
agents externes qui n'impliquent pas de reconnaissance
spéciale de l'agent infectieux.
et
• Participent à cette immunité
pits. n non spécifique:
w.is
ww
- la peau,
- les muqueuses,
- le système du complément,
- la phagocytose
- la réaction inflammatoire.
la phagocytose
C'est le processus d'ingestion et de destruction des microbes par
les phagocytes.
Bactérie
Pseudopodes
Phagocyte Phagosome
. net Fusion du lysosome
pits et du phagosome
w.is
Noyau ww Lysosome
Phase d’adhésion Phase d’englobement

Phase de digestion
La réponse acquise ou spécifique
Cette réponse fait intervenir des cellules spécialisées:
les lymphocytes B (immunité humorale):
production d’anticorps spécifiques dirigés contre un antigène.
Un anticorps sont des protéines capables de se fixer sur les
protéines étrangères et de détruiret le pathogène. On les appelle
. ne
également immunoglobulines. sp
it s
w.i
ww
Structure d’un anticorps Réponse humorale

La réponse acquise ou spécifique
les lymphocytes T (immunité cellulaire): ils peuvent

détruire directement les particules étrangères. Ils sont produits
dans le thymus.
. net
Il existe des lymphocytes
p its T et B dits à mémoire. Ces
w.is
derniers gardent le ww
souvenir d'un agent pathogène. Si cet agent
infecte une nouvelle fois l'organisme, la réponse engendrée sera
beaucoup plus rapide. C'est sur cette propriété du système
immunitaire que sont basés les vaccins.
Chapitre V:
. net
pits
w.is
Moyens de lutte contre
ww
les microorganismes
Moyens de lutte contre les microorganismes
La lutte contre la contamination et l’infection
Les agents antimicrobiens sont indispensables pour:
- lutter contre les microorganismes pathogènes,
- lutter contre les microorganismes susceptibles d'altérer
les produits alimentaires ou différents autres milieux.
. net
Les moyens de lutte sontpits variés. L'utilisation de tel ou tel
w.is
moyen dépend: ww
- des miroorganismes visés,

- de son environnement,
- de l'intensité de l'action souhaitée,
- durée d’exposition,
- Température……
Les agents antimicrobiens
Les agents antimicrobiens sont très
nombreux et très varies par leurs spécificité
et leur mode d’action
Bactericide pits. net
.is
Bacteriostatiquewww
Algicides
Fongicides
Anti-parasiraire
Virucide
Définitions
Stérilisation: procédé par lequel on détruit ou élimine

toutes les cellules vivantes, spores et virus.
Désinfection: destruction, inhibition

t
ou élimination des
ne
microorganismes pathogènes.
isp
it s.
ww.
w
Décontamination: réduction de la population
microbienne à des niveaux considérés sans danger par les
normes de santé publique.
Définitions
L’asepsie: est un ensemble de mesures préventives

permettant d’éviter la contamination par les micro-
organismes.
Les antiseptiques: ensemble . net de produits permettent de
pits
tuer les microbes à la surface
ww.is d’un organisme vivant.
w
Les antibiotiques détruisent les bactéries visées à
l’intérieur du corps. Ils sont synthétisés par les micro-
organismes (bactéries, champignons) ou par méthode
chimiques.
La vaccination permet d’empêcher l’infection par
Agents
antimicrobiens
formol béta-propiolactone
l'oxyde d'éthylène Les gaz
t
s. ne
pit
Agents ww
is
w. l'ozone Agents
physiques chimiques
composés
Les radiations phénoliques
Filtration Alcool
ammoniums
Chaleur humide Les colorants quaternaires
Chaleur sèche les conservateurs alimentaires
1.La température
Action de la température
Elle dépend de plusieurs facteurs :
Du milieu. •
De l’état physico-chimique des cellules. • Du
nombre de microbes initial.
Stérilisation par chaleur humide
- l’autoclavage
Destruction des formes végétatives et des
endospores bactériennes à 120°C +/- 1°C sous
une pression de 1 bar pendant 20 minutes pur un
petit volume de produits
Stérilisation par chaleur sèche

-Flambage à la flamme du bec de
gaz :
Destruction des spores à 400°C
durant 1 seconde
-Fours à air chaud :
destruction des formes végétatives et
des spores à 180°C durant 30 min à 1
heure ou à 160°C à 170°C pendant 2
heures
2.Les radiations:
Chaque type de radiation a une longueur
d’onde spécifique qui détermine son énergie et
donc son action
Il y’a différents types de radiations:
Les UV ; Gama; Beta,; Alpha, et X
3.La filtration
Utilisée pour stériliser des solutions renfermant des
substances thermolabiles. Actuellement, les matériaux
filtrants utilisés sont des membranes filtrantes
d’acétate de cellulose. Ces derniers sont également
utilisés pour le dénombrement des microbes dans un
liquide.
Les agents chimiques
L’agent chimique peut aussi pénétrer dans la
bactérie et, une fois à l’intérieur, diverses actions
sont possibles :
• Une oxydation et dénaturation.
• Altération de la membrane plasmique.
• Action sur le métabolisme
Il existe deux classes d’agents chimiques:*

Les agents chimiotheraoeutiques
Les antiseptiques et les desinfectants
Les Antiseptique ou les désinfectant (biocides)

Cibles multiples, pas spécifiquement
bactériennes, virus, champignons, parasites…..
Toxicité par voie générale
Utilisation limitée à la voie locale
Les antiseptiques :sont des agents
antimicrobiens utilisés sur les tissus vivants
Les désinfectants :sont des agents
antimicrobiens utilisés sur les matériaux inertes
Leur action est létale ou inhibitrice de la
croissance microbienne
Les agents chimio-thérapeutiques:

Ils tuent les micro-organismes pathogènes en
inhibant leur développement à des concentrations
. net
its
suffisamment faibles pour éviter d’occasionner des
w.isp
ww
dommages chez l’hôte.

Les sulfamides et les antibiotiques ont cette
qualité d'être de toxicité sélective.
Substances
antimicrobiennes
. net
pits
w.is
Substances ww Substances
antibactériennes antivirales
Substances
Sulfamides
antifongiques
Antibiotiques
Généralités sur les antibiotiques
Antibiotique: Du grec anti: «contre» et bios: «la vie»

 Médicament
. origine naturelle, synthétique ou
hémisynthétique,
. action spécifique.
- empêche leits.ndéveloppement
et bactérien
.isp
= bactériostase w(bactériostatique)
ww
- ou détruit les bactéries = bactéricidie

 Action spécifique sur une cible bactérienne
 Bonne absorption et bonne diffusion dans
l’organisme
Classification des antibiotiques
Origine: élaboré par un organisme vivant ou produit par
synthèse,
Nature chimique: très variable, souvent une structure de
base sur la quelle il y a hémisynthèse,
ne
t
it s.
.isp
Modes d’action: l’activité
ww
w thérapeutique
se manifeste à
très faible dose d’une manière spécifique, par
l’inhibition de certains processus vitaux.
Modalités: interaction dans le temps entre des
concentrations variables d’un antibiotique et une
bactérie
PRINCIPALES FAMILLES D’ANTIBIOTIQUES
Les ATB sont classés en familles selon leur structure
chimique, leur origine et leur mode d’action
1.Les Béta-Lactamines
2.Les Aminosides
3.Les Macrolides . net
pits
4.Les Tétracyclines www.is
5.Les polypeptides
6.Les Sulfamides
7.Les phénicilés
8.Les quinolines
Divers
Les Béta-Lactamines: les pénicillines et les céphalosporines
Les Aminosides: les streptomycines et la gentamycines
Les Macrolides: l’erythromycines
Les Tétracyclines: la tetracycline
Les polypeptides :la bacitracine et les polymixines
Les Sulfamides; le sulfanilamide
Les phénicilés :le chloramphénicol
Les quinolenes:l ’acide nalidirique

. net
pits
w.is
ww
MODE D’ACTION DES ANTIBIOTIQUES
 Paroi: polysaccharides - enveloppe externe très résistante,

rôle de protection « β-Lactamines, Glycopeptides »
 Membrane cytoplasmique: barrière osmotique,
pénétration sélective, intervient dans et la division cellulaire
« Colistine » it s.n
w .isp
 Cytoplasme : Gel amorphe ww contenant des ribosomes,
lieu de synthèse et stockage protéique » Tétracyclines,
Thiophénicol ,Macrolides, Aminosides »
 Génome:
Double brin d ’ADN circulaire, plasmides
« Quinolones, Sulfamides
Nitro-imidazolés «
Modalités: interaction entre un antibiotique et une bactérie
Antibiotique A Antibiotique B Antibiotique C
Log10 UFC/ml
. net
pits
w.is
ww
Temps (h)
Modalités: interaction entre un antibiotique et une

bactérie
. CMI: concentration minimale inhibitrice, Plus faible
concentration d’antibiotiques capable d’inhiber in vitro toute
culture visible de la souche étudiée pendant une période de
temps définie. . net
s it
isp
. CMB: www.
concentration minimale bactéricide, plus faible
concentration d'antibiotique capable de tuer les bactéries après
24 h d'incubation dans un milieu de croissance spécifique.
Détermination du CMI en milieu liquide
. net
pits
w.is
ww
Détermination du CMI en milieu gélosé

Quelle est la nécessité pour un clinicien de demande un

antibiogramme de la souche pathogène?
Un antibiogramme permet de déterminer de la sensibilité
d’une bactérie aux antibiotiques.
. net
On peut dire que la bactérie sensibles à l’antibiotique
pits
A et B. Mais résistante aux autres antibiotiques
.is
ww
w
A
B
Microorganismes et industries
La microbiologie industrielle ?
La microbiologie industrielle est une facette des

biotechnologies. Elle utilise les micro-organismes
et
et leur biodiversité pour pits produire ou modifier des
. n
.is
substances d’intérêtwwmédical, alimentaire,
w
énergétique, agronomique ou environnemental.

Isolement des souches La culture industrielle
Afin d’isoler des souches Dans un environnement
capables de faire le contrôlé, comme une
produit ou la installation industrielle, la
transformation croissance microbienne se fait
recherchée. Les dans des fermenteurs ou
microbiologistes doivent bioréacteurs. Tous les
faire des paramètres de la croissance
bioprospections dans sont contrôlés, le pH, l’02, la T,
différents biotopes. la production des métabolites.
Le volume des fermenteurs
varie de 0.5 litre à 100.000
litres.
. net
pits
w.is
ww
Bioréacteur de paillasse Bioréacteur industriel

Les produits de la microbiologie industrielle. Le tableau
suivant cite quelques exemples de produits microbiens
produits industriellement
Produits médicaux
1.Antibiotiques
Micro-organismes: Penicillium,
its. net Strptomyces, Bacillus
w.isp
ww
2.Insuline, hormone de croissance, Interféron
Micro-organismes :E. coli, Saccharomyces cerevisiae
et autres
3.Transformation des stéroïdes

Micro-organismes : Rhizopus et Arthrobacter
Les ATB ont une action inhibitrice ou létale sur les
microorganismes
Les ATB produits à l’echelle industrielle par les
. net
microorganismes sont purifiés
pits , pour utilisés comme
w.is
ww
medicaments pour soigner les maladies infectieuses qui
touchent l’homme et les animaux

1.Acide aminé Additifs alimentaires

Micro-organismes: Corynebacterium glutamicum
Vitamines
Micro-organismes: Blakeslea, Asbya, Eromothecium
3.Acide citrique
Micro-organismes: Aspergillus.neniger
t
pits
.is
Biocarburants
w
1.Hydrogène ww
Micro-organismes: Photosynthétiques
2.Méthane
Micro-organismes: Methanobcterium
3.Ethanol
Micro-organismes: Zymomonas, Themoanaerobacter
ethanolicus
Produits industriels
1.Ethanol à partir de glucose
Micro-organismes: Saccharomyces cerevisiae,
2.Ethanol à partir de lactose
. net
Micro-organismes: Kluyveromyces
.ispits fragilis
w
ww
3.Enzymes
Micro-organismes: Aspergillus, Bacillus, Mucor
4.Acétone et butanol
Micro-organismes: Clostridium acetobutylicum
Les enzymes: La cellule vivante produit une gamme très
varié d’enzymes pour ses fonctions vitales
Pour produire ces enzymes à l’echelle industrielle, il suffit de
mettre en culture d ’un microorganisme

.ne
t et des sous produits
pits
w.is
agroalimentaires wwsubstrats
comme , les MO en dégradant ces
substrats vont produire différentes enzymes qui sont
extraites puis purifiées .

Les enzymes les plus produites à l’echelle
industrielle sont les protéases Et les
amylases net
its.
.isp
Produits agricoles
ww
w
Phytohormone
Micro-organismes: Gibberella fujikuroi
Industrie alimentaire:
Les microorganismes utilises en industrie alimentaire sont les
champignons et les bactéries
a. Les champignons ; levures ou moisissures
A1.Les levures : ce sont les plus utilisés en industrie alimentaire
Saccharomyces cerevisiae est l’espece de levure la plus utilisées et la
plus étudiées
Elle est utilisées pour la production du pain
A2. Les moisissures :le genre Penicillium est utilise pour la fabrication
des fromages.
b.Les bactéries: les genres les plus utilises sont :Lactobacillus et
Streptococcus pour la production du yaourt et des fromages.
Les pains:
Le pain est produit par la levure S.cerevicea
Utilisation des micro-organismes dans des milieux naturels

Les eaux, les sédiments et les sols pollués par des
hydrocarbures, du PCB (Polychlorobiphényle), le
trichloroéthylène (solvant dégraissant et antitaches
domestique), des pesticides ou des métaux lourds, peuvent
être nettoyés (dépollués) par des MO.
Les techniques utilisées sont :
La bioremédiation,
La biostimulation
La bioaugmentation.
La Bioremédiation
Est une biodégradation de polluants par
un ensemble de micro-organismes
inconnus, présents sur le site pollué. La
biodégradation peut induire un
changement mineur dans la structure du
polluant, elle peut le fragmenter ou le
minéraliser complètement.
La Biostimulation
Consiste à stimuler au moyen d’adjuvants
chimiques ou biochimiques la dégradation
des polluants par les micro-organismes
autochtones. C'est l’une des techniques de
bioremédiation la plus utilisée du fait de
son faible cout et de sa facilité à mettre en
oeuvre.
La Bioaugmentation
Est l’apport de micro-organismes à un site

pollué, pour rendre possible ou améliorer
la biodégradation d'un polluant dans le sol
ou dans la nappe phréatique.
Processus de bioaugmentation
Les bioinsecticides ou biopesticides
On peut utiliser des MO comme agent de lutte contre les
insectes ravageurs, nuisibles aux plantes. Ces MO ne
présentent aucun danger pour l’homme, les animaux et les
plantes.
Les meilleurs du point de vue pratique, sont les bactéries,
Le gène de quelques bactéries appartenant au genre Bacillus
(B. thuringiensis et B. popilliae) utilser pour protéger des
cultures de légumes
Le gène du bio-insecticide de B. thuringiensis a été cloné
dans des plantes (Organisme génétiquement modifié, OGM).
Dans ce cas, on a plus besoin d’utiliser des bactéries.
Quelques virus qui infectent les insectes (polyédrose
nucléaire et cytoplasmique NPV et CPV ; la granulose, GV). Ils
agissent sur des papillons. Le plus connu est commercialisé
sous le nom d’Elcar pour lutter contre un ver du coton.
Les champignons microscopiques sont les plus nombreux.

On en compte quelques centaines capables d’infecter les
insectes. Les plus utilisés pour combattre le doryphore de la
pomme de terre et le cercope de la canne à sucre, sont
Beauveria bassiana et Metarhizium anisopliae
Vers gris du doryphore de la pomme Doryphore

de terre Doryphore
Verticillum et Entomophtora pour lutter contre les pucerons.
Insectes infectés par Entomophtora

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Faculté des sciences exactes et sciences de la nature et de la vie

Département des sciences de la nature et de la vie

Année Universitaire 2021-2022

Microorganismes: constitue un groupe extrêmement diversifié

La première phase -17ème et 18ème siècles-

Spiraléé ou hélicoïdale coccobacille

Coques Forme sphérique généralement Diplocoques Genre Enterococcus

Tétrades Genre Sarcina

Spirilles Genre Spirulina

Spirochètes hélices flexibles Isolés Genre Treponema

Les constituants de la cellule bactérienne

Les éléments constants Les éléments inconstants

Monotriche (a) Amphitriche t(b) Lophotriche (c)

• Pilis communs sont distribués en grand nombre autour de la

c’est un véritable exosquelette formé d'un polymère : le peptidoglycane, encore appelé

Si on enlève la paroi, on obtient des cellules sphériques dites protoplastes.

La paroi bactérienne confère à la bactérie plusieurs

- Maintien de la pression osmotique,

(Gram +) Antigène O (Gram -),

membrane externe et la membrane cytoplasmique

La membrane cytoplasmique . net

Structure de la membrane cytoplasmique

Elle joue un rôle dans:

A-Diffusion passive (Diffusion simple):

3-Biosynthese des macromolécules

4-Réception des signaux

joue un rôle dans sa division et la naissance du septum séparant les deux

• Le matériel génétique est constitué:

d’un plasmide: matériel génétique extrachromosomiques,

résistance aux antibiotiques)

Les types de formation des spores

Croissance sur milieu solide Croissance sur milieu liquide

• Milieu d’isolement : utilisé pour la croissance de nombreuses espèces

• Milieu d’identification : utilisé pour l’identification des bactéries (Kligler….),

Le temps de génération; dépend de type et de l’âge de la bactérie ainsi que des

Les noms des bactéries sont désignés par deux

le nom de genre, écrit avec une majuscule, est suivi

- biochimiques (classification en biotypes ou biovars)

Les bactéries peuvent aussi être classées selon :

Les archaebactéries sont des protistes procaryotes ,

lors de l’apparition de la vie. Se sont des bactéries

Présence d'acide muramique dans la Oui Non

Sensibilité aux bêta-lactamines Variable Non

Synthèse des protéines inhibée par Non Oui

Synthèse des protéines inhibée par Oui Non

Synthèse des protéines inhibée par .net Non Oui

Inhibition de la RNA polymérase Oui Non

Les halophiles extrêmes

Les Thermophiles extrêmes

Les ruminants et leur méthane contribuent dans

Une particule virale complète, appelée virion, est composée :

Structure générale d’un virus

Les capsomères ont plusieurs fonctions:

Selon la structure de la capside on distingue en général deux

Virus à symétrie cubique Virus à capside tubulaire

Virus enveloppés Virus nus

. net soit inhibé

Les étapes de multiplication virale

Classification des virus

Pour les bactériophages On distingue deux cas :

- les champignons filamenteux ;

- superficielles : peau, phanères, muqueuses et tube digestif

des mycoses localisées ou généralisées,