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Micrococcus spp.
1ere année de résidanat de
Microbiologie Médicale
2016-2017
STAPHYLOCOCCUS SPP.
Introduction
• Les staphylocoques sont des cocci à Gram positif
classiquement disposés en amas. Actuellement, on
distingue 54 espèces. L’espèce S. aureus se
distingue généralement des autres staphylocoques
appelés staphylocoques à coagulase négative (SCN)
par la présence d’une coagulase.
• Sur gélose au sang frais GSF, les colonies peuvent être β-hémolytiques ou
non hémolytiques.
Caractères bactériologiques
Caractères culturaux
• Parfois la culture est plus difficile : présence de colonies naines
(microcolonies) poussant en 48-72 heures non pigmentées et non
hémolytiques, catalase et coagulase négatives et apparaissent
résistantes aux aminosides sur MH.
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Colonies de S. aureus β-hémolytiques Colonies de S. saprophyticus jaunes
sur gélose au sang frais sur milieu Chapman
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Caractères bactériologiques
Caractères biochimiques
• Catalase positive, oxydase négative. S. aureus possède
une coagulase contrairement aux autres espèces de
staphylocoques.
• Toxines associées au syndrome de choc toxique staphylococcique (TSS) : TSST-1 : 95% des
souches de S. aureus isolées du vagin en produisent, les portes d’entrée sont : infection
vaginale ou opératoire.
• Entérotoxines A, B et C : médiateur essentiel TNF α.
Caractères bactériologiques
Enzymes diffusibles
• Coagulase libre
• Définit l’espèce S. aureus, propriété de former un complexe avec la
prothrombine entrainant la coagulation en quelques heures du plasma
humain ou de lapin, protège la bactérie de la phagocytose en les
recouvrant d’une coque de fibrine et favorise leur dissémination à
l’origine de thrombophlébite.
Résistance acquise
• Les β-lactamines
• Production de pénicillinase : plasmidique dont le gène appartient à un transposon. Présente
chez plus de 91,92 % de souches (données du 15ème rapport d’évaluation 2014).
• Les β-lactamases sont sensibles aux IBL/acide clavulanique (activité la plus importante) suivi
par le tazobactam puis le sulbactam (10 fois moins actif).
Sensibilité aux antibiotiques
Modification de cible
• Acquisition d’une PLP exogène : la PLP2a ou PLP2’
• Modification de la synthèse des PLP endogènes
Production de PLP2a
• Celle-ci possède une activité transpeptidasique résistante aux β-lactamines entrainant une
résistance croisée entre toutes les β-lactamines excepté les céphalosporines de 5ème
génération (cèftobiprole, cèftaroline).
• Codée par le gène mecA régulé par les gènes mecI et mecRI
• Les gènes régulateurs de la production de la pénicillinase bla I et bla RI régulent également
la transcription du gène mecA
• La production de la PLP2a est très souvent inductible
• Organisation génétique du complexe mec : le complexe des gènes mec se situe sur un
élément génétique mobile très particulier qui s’intègre sur le chromosome à un site unique
près de l’origine de la réplication et du gène de résistance à la novobiocine ; il est associé à
un complexe de deux gènes de recombinases de la famille des intégrases-résolvases
désignées ccr A et ccr B qui permettent l’intégration et l’excision du complexe mec-ccr que
l’on appelle SCCmec (staphylococcus cassette chromosomal).
• Nouveau variant décrit : gène mecC (non détecté par certaines méthodes phénotypiques et
par toutes les méthodes moléculaires actuellement commercialisés).
Sensibilité aux antibiotiques
• On distingue 5 types de cassettes, le type IV est décrit chez les MRSA communautaires,
ce type ne présente que peu de résistances associées (K, TE, FA) mais produit parfois la
toxine de PVL (Panton et Valentine) et souvent associées à des infections cutanées.
• Les souches SARM représentent 42,93 % (données du 15ème rapport d’évaluation 2014
sur la surveillance de la résistance des bactéries aux antibiotiques).
Sensibilité aux antibiotiques
Résistance par modification de PLP (souches MODSA)
• Ce sont des souches qui ont une CMI de l’oxacilline légèrement augmentée
mais ne possèdent pas le gène de la PLP2a et certaines sont dépourvues de
pénicillinase.
MLSBi Plasmidique R S* S
(inductible)
MLSBc Chromosomique R R S
(constitutif)
LSA Chromosomique S I/R S/I
MLSB + SA Chromosomique R R R
• Résistance fréquente.
• Plasmidique, gène tet L et tet K (efflux actif), confère la résistance à la
tétracycline et la doxycycline.
• Les souches méti R sont résistantes à toutes les cyclines, les souches méti S
sont le plus souvent résistantes aux tétracyclines.
Tests d’agglutination
• Plusieurs tests d’agglutination détectant un ou plusieurs
antigènes ou récepteurs de surface (récepteur pour le
fibrinogène, protéine A, antigènes capsulaires) sont
commercialisés.
• En pratique, il est recommandé d’utiliser deux tests pour
l’identification de S. aureus : le test à la coagulase et le
test d’agglutination. Toute discordance entre les deux
devra conduire à une identification biochimique.
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Diagnostic bactériologique
Identification biochimique
• La détermination de l’espèce peut être réalisée à l’aide de galeries
biochimique/ID 32 Staph.
Identification automatisée
• Plusieurs automates existent sur le marché et permettent l’identification et
la sensibilité des germes aux antibiotiques/Vitek2 Compact, Phoenix,
Microscan Wolk Away.
Interprétation
• Les staphylocoques et en particulier les staphylocoques à coagulase
négative font partie de la flore naturelle de l’organisme. Ainsi
l’interprétation devra toujours tenir compte du site d’isolement de la
bactérie, des signes cliniques et cytologiques d’infection (présence de
polynucléaires). Il sera généralement nécessaire de répéter les
prélèvements ; l’isolement répété de la même souche étant un argument
en faveur d’une infection.
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Diagnostic bactériologique
Antibiogramme
• Se référer au fascicule standardisation des tests de sensibilité aux
antibiotiques à l’échelle nationale, 7ème édition 2014.
Technique de diffusion
• Inoculum à 0,5 McF en eau physiologique.
• Ensemencement par écouvillonnage sur milieu MH.
• Incubation en atmosphère ordinaire à 35°C pendant 18 voire 24
heures (notamment oxacilline, vancomycine et teicoplanine).
• Liste des antibiotique à tester : pénicilline, oxacilline (CMI
seulement), céfoxitine, amikacine, gentamicine, kanamycine,
erythromycine, clindamycine, pristinamycine, ofloxacine,
ciprofloxacine, lévofloxacine, chloramphénicol, vancomycine (CMI
seulement), teicoplanine, rifampicine, co-trimoxazole, tétracycline,
acide fusidique et fosfomycine.
Diagnostic bactériologique
Tests complémentaires
Recherche de l’absence de pénicillinase
• Test à la céfinase si diamètre de la pénicilline ≥ 29 mm.
Recherche de la résistance de Staphylococcus spp. à l’oxacilline
• Un disque est testé : céfoxitine (30 µg).
• En cas d’infection sévère à S. aureus ou à SCN :
• Recherche de la PLP2a en suivant les recommandations du fabricant
• Screening test à l’oxacilline (gélose MH + 4% NaCl + 6 µg/ml d’oxacilline, MHLAC+4
µg/ml de céfoxitine).
• Détermination de la CMI à l’oxacilline (dilution en milieu gélosé ou milieu liquide ou E-
test, M + 2% NaCl).
• Recherche du gène mecA/PCR conventionnelle ou PCR en temps réel.
• Pour S. aureus et S. lugdunensis la résistance peut être due à un mécanisme autre
que le gène mecA. Si des souches sont mecA (-) et la CMI à l’oxacilline est ≥4 µg/ml,
elles doivent être interprétées résistantes.
Diagnostic bactériologique
Recherche de Staphylococcus spp. de sensibilité diminuée aux
glycopeptides
• Détermination de la sensibilité à la vancomycine : CMI obligatoire
pour toutes les souches
– Le disque de vancomycine (30 µg) permet de détecter les souches de génotype
vanA (6 mm).
– Toute souche de S. aureus dont la CMI de la vancomycine est ≥8 µg/ml et de
SCN dont la CMI est ≥32 µg/ml doit être envoyée à un laboratoire de référence
pour confirmation (y compris génotypique).
Diagnostic bactériologique
• Détermination de la sensibilité à la teicoplanine
– Diamètre 14 mm pour la teicoplanine.
– Différence de 3 mm au moins entre les diamètres d’inhibition de la
vancomycine et de la teicoplanine.
– Présence de colonies dans les diamètres d’inhibition de la vancomycine et/ou
de la teicoplanine.
– Intéractions entre les disques de glycopeptide et d’oxacilline à 5 µg.
– Résistance de la souche à la méticilline, la gentamicine ou la à rifampicine.
– Lors d’infections sévères.
Diagnostic bactériologique
• Mise en évidence de la résistance aux glycopeptides : deux étapes
• Screening ou criblage : BHI agar + 6 µg/ml de vancomycine ou MH agar + 5 µg/ml de teicoplanine
ou E-test modifié sur BHI agar.
• Test de confirmation : CMI par dilution en milieu solide ou E-test.
• La détermination de la CMI ne permet pas d’identifier les souches hétéro-VISA (souches sensibles à
la vancomycine avec une sous-population vancomycine I et teicoplanine en général I (ou R)
analyse de population au niveau d’un laboratoire de référence.
• A défaut, une souche hétéro-VISA est suspectée si : (i) CMI de la vancomycine = 4 µg/ml en E. test,
(ii) sensibilité à la vancomycine (CMI = 2 ou 4 µg/ml) et CMI limite à la teicoplanine (8 µg/ml) en E.
test.
Micrococcus luteus
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Habitat - Pouvoir pathogène
• Habitat : peaux humaine et animale mais également
environnement (sol, poussières, eau).
• Contaminants fréquemment isolés en bactériologie
médicale.