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Biologie médicale
[90-05-0035]
Luc Dubreuil
Faculté de pharmacie, microbiologie clinique, 3, rue du Professeur-Laguesse, BP 83, 59006 Lille
cedex France
Résumé
Les anaérobies stricts appartiennent aux flores cutanée, buccale, vaginale et digestive. Lorsque
ces bactéries quittent leur territoire original, elles sont responsables d'infections sévères. Les
pneumonies de déglutition sont dues aux bactéries de l'oropharynx qui colonisent
accidentellement les poumons, de même les péritonites surviennent lorsque la flore digestive
passe dans le péritoine. Les anaérobies agissent en synergie avec les aérobies pour conduire à
des infections mixtes et ceci grâce à leurs propres facteurs de virulence.
Lorsque la flore est d'origine digestive, l'antibiothérapie doit être efficace sur les Bacteroides du
groupe fragilis. S'il s'agit d'infections respiratoires ce sont Prevotella, Porphyromonas et
Fusobacterium qui sont impliquées dans ces pathologies.
INTRODUCTION
Les anaérobies sont responsables d'un grand nombre d'infections pouvant se développer à
n'importe quel endroit du corps humain [3, 4, 10, 12]. Ils jouent un grand rôle dans les infections
pleuropulmonaires [6], oto-rhino-laryngologiques (ORL) chroniques [5, 13], de la peau et des
tissus mous, intra-abdominales, gynécologiques et dans les ostéomyélites. Il est reconnu que
ces anaérobies sont responsables d'infections modérées à très progressives; dans ce cas, la
morbidité et la mortalité sont très élevées. S'il existe d'authentiques infections à anaérobies
(ostéomyélite à Peptostreptococcus, abcès du cerveau à Propionibacterium acnes ou à Bacteroides
fragilis), dans 80 % des cas, il s'agit d'une infection mixte associant des anaérobies strictes à
des bactéries aéroanaérobies facultatives.
ORIGINE. HABITAT
Les bactéries anaérobies sont fréquentes dans le sol et les eaux douces et salées. Elles sont
parfois retrouvées à la surface des végétaux. Elles peuvent jouer un rôle de pathogènes
opportunistes si elles disposent d'une porte d'entrée : brûlure, blessure. Certains Clostridium
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telluriques sont à l'origine d'intoxications (Clostridium botulinum) ou de toxi-infections
(Clostridium tetani). La plupart du temps, les anaérobies proviennent de la flore endogène de
l'homme.
CLASSIFICATION TAXONOMIQUE
De nombreux changements taxonomiques récents ont fait éclater le genre Bacteroides [8]. Il a
été proposé de ne conserver le genre Bacteroides que pour les bactéries apparentées à
Bacteroides fragilis, et de transférer les autres espèces dans des genres différents tels que
Prevotella, Porphyromonas et Tanerella ( Bacteroides ureolyticus constituant l'exception).
Les bactéries anaérobies font partie de la flore endogène normale de l'homme. Elles sont
confinées à certains sites par d ifférentes structures anatomiques qui les empêchent
normalement de coloniser de nouveaux territoires. À l'occasion de traumatismes, d'interventions
chirurgicales, de nécrose ou au cours de maladies dégénératives, elles peuvent sortir de leur
confinement et causer des dommages modérés à très sévères.
Les anaérobies sont retrouvés dans de nombreuses situations (tableau I). La fréquence
d'isolement de ces anaérobies dans les différentes suppurations est indiquée dans le tableau
II).
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Sachant que les délais nécessaires à l'isolement puis à l'identification des anaérobies sont
particulièrement longs, il est évident que les infections sont la plupart du temps traitées en
absence de toute documentation bactériologique. Dans la mesure où les suppurations se
développent au voisinage d'une flore normale, il est possible, pour un site infectieux donné, de
prédire de façon précise les pathogènes en cause (tableaux III, IV et V).
Ainsi, la flore buccale est à l'origine d'abcès dentaires, de sinusites et otites chroniques, de
morsures humaines ou animales, des infections sur brûlures proches de la bouche, d'infections
de la tête et du cou, d'adénopathies sous-maxillaires, de lymphadénites cervicales, d'abcès
amygdaliens, de pleurésies, d'abcès du poumon, de pleuropneumopathies le plus souvent
secondaires à une régurgitation du contenu stomacal (syndrome de Mendelson, déglutition de
salive dans les comas,...) et des bactériémies associées à ces infections. Les bactéries isolées
dans ces localisations sont celles de la flore buccale : Peptostreptococcus, Fusobacterium
nucleatum, Fusobacterium necrophorum, Prevotella melaninogenica, Prevotella oralis et
Porphyromonas. Dans les parodontites, les anaérobies proviennent du sillon gingival; parmi les
nombreuses espèces présentes, les paropathogènes principaux sont : Porphyromonas gingivalis,
Prevotella intermedia, Tanerella forsythia.
Un autre site où existe une corrélation entre flore et pathogènes anaérobies est la sphère
génitale. Les infections où l'on retrouve les bactéries de la flore vaginale (Prevotella bivia,
Prevotella disiens, Porphyromonas asaccharolytica, Fusobacterium nucleatum) sont les amniotites,
avortements septiques et inflammations pelviennes : salpingites, chorioamniotites,
endométrites. Lors de déséquilibres de cette flore (vaginoses bactériennes), on trouve
Fusobacterium, Prevotella bivia, Porphyromonas asaccharolytica, Mobiluncus, associés on non à
Eikenella et Gardnerella vaginalis.
La flore colique est riche en anaérobies. Les infections où les bacilles anaérobies sont issus de
cette flore sont très variées, mais certaines espèces sont plus fréquemment associées
(Bacteroides fragilis et les autres espèces du groupe fragilis, Clostridium, Peptostreptococcus). On
les rencontre dans les péritonites après rupture d'appendice, abcès du foie, abcès et brûlures
proches du périnée, abcès intra-abdominaux et les bactériémies associées à ces infections [1,
2, 14]
. Le groupe Bacteroides fragilis est isolé des infections intra-abdominales (79 %), biliaires
(76 %), et d'hémocultures (74 %); il est parfois isolé d'infections gynécologiques (20 %),
osseuses (12 %), ou à partir des sinus (8 %). Bien qu'il n'appartienne pas à la flore buccale, on
le retrouve dans la bouche chez des patients à faible niveau d'hygiène ou ayant reçu des
antibiotiques pouvant les sélectionner. Dans ce cas, il est retrouvé dans quelques
pneumopathies d'aspiration (< 10 %), abcès du poumon, otites chroniques et abcès du cerveau.
Les bacilles anaérobies stricts à Gram négatif sont à l'origine d'environ 4 % des septicémies.
Bacteroides fragilis reste l'espèce la plus fréquemment rencontrée. Les autres espèces sont
assez souvent isolées, surtout dans les unités de cancérologie chez des malades recevant des
traitements immunosuppresseurs. Le point de départ des septicémies est le plus souvent
digestif (chirurgie, cancer). Elles peuvent être consécutives à des infections gynécologiques,
pulmonaires ou à des hémopathies malignes.
Traiter les aérobies ne suffit pas à éradiquer les infections mixtes. Dans des conditions
normales, les muqueuses et la peau hébergent un grand nombre de bactéries anaérobies. Ces
micro-organismes n'ont aucun pouvoir invasif, mais tout déplacement de ces bactéries vers les
tissus voisins peut entraîner une infection locale. À partir de ce foyer primitif, les bactéries
anaérobies se développent et diffusent dans les tissus du voisinage. Elles se comportent alors
comme des bactéries opportunistes.
Il en est de même pour les infections exogènes : les Clostridium telluriques pénètrent à
l'occasion de blessures et se développent en profitant de circonstances favorables.
L'absence de corrélation entre l'importance quantitative des anaérobies dans les flores et la
prépondérance relative de certaines espèces en pathologie infectieuse ne peut être expliquée
que par l'expression de facteurs de virulence.
On peut citer les phénomènes d'adhésion (fimbriae et pili de Bacteroides fragilis et Porphyromonas
gingivalis), la capsule polysaccharidique de Bacteroides fragilis, Porphyromonas gingivalis, des
Prevotella et Peptostreptococcus, les enzymes (protéases détruisant les immunoglobulines,
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collagénases des Prevotella, bêtalactamases, DNAses, neuraminidases, héparinases) et les
toxines (neurotoxines et toxines nécrosantes des Clostridium, leucotoxine de Fusobacterium
necrophorum, entérotoxines de Bacteroides fragilis et des Clostridium). La capsule des bacilles à
Gram négatif constitue l'un des facteurs de virulence majeurs. De nombreuses études ont
montré leur rôle dans la formation d'abcès, l'inhibition de la phagocytose tant des anaérobies
que des aérobies associés au cours des infections mixtes.
Aux facteurs propres aux anaérobies s'ajoutent des facteurs inhérents au terrain du patient :
Une infection primaire se développe; elle n'est pas forcément due aux microaérophiles ou aux
anaérobies. Les aéroanaérobies facultatifs réduisent localement le potentiel d'oxydoréduction
et créent les conditions favorables au développement des anaérobies commensaux présents au
site de l'infection.
Les bactéries peuvent gagner la circulation sanguine puis disséminer dans tout l'organisme.
Un abcès se forme et des bactéries peuvent alors disséminer par voie hématogène vers
d'autres sites.
Dans la plupart des cas, le drainage chirurgical, le débridement des tissus nécrosés sont
primordiaux. Ils sont associés à l'antibiothérapie, voire au traitement par l'oxygène hyperbare.
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Les anaérobies de la flore orale sont retrouvés dans les infections proches de ce site
(lymphadénites cervicales, abcès sous-cutanés, brûlures), dans les morsures humaines ou
animales, les abcès amygdaliens, les sinusites et otites chroniques, les parodontites,
pneumonies d'aspiration et les bactériémies survenant au cours de ces mêmes infections.
L'antibiothérapie doit être efficace sur les anaérobies prédominants, à savoir Prev otella,
Fusobacterium et Peptostreptococcus, éventuellement sur Actinomyces. Si ces bactéries
étaient initialement sensibles aux pénicillines (pénicilline G et aminopénicillines), des résistances
par production de bêtalactamase chez Prevotella et Fusobacterium ont modifié le choix des
antibiotiques.
Le même type d'association de germes est observé lors des infections gynécologiques
(amniotites, avortements septiques, infections pelviennes) où la flore anaérobie vaginale est
proche de la flore buccale, même si quelques Bacteroides fragilis peuvent être rencontrés.
Dans d'autres situations cliniques où la flore colique est en cause, de très nombreuses espèces
sont concernées; il suffit souvent d'être efficace sur l'association Clostridium - Bacteroides du
groupe fragilis- Peptostreptococcus. L'antibiothérapie doit être précoce afin de prévenir la
production des toxines par les souches de Clostridium. Parmi ces anaérobies, ce sont les
Bacteroides fragilis qui s'avèrent les plus résistants aux antibiotiques et qui peuvent en cas de
multirésistance poser des problèmes thérapeutiques.
Les macrolides ont pu être employés dans des infections modérées ou dentaires, le plus
souvent en association avec le métronidazole. La résistance à la clindamycine a augmenté
d'abord en Europe puis aux États-U nis. Les taux observés chez Bacteroides fragilis font que
l'association clindamycine-gentamicine ne constitue plus le « gold standard » de la prophylaxie
en chirurgie abdominale, d'autant que cette résistance s'observe également chez de nombreux
Clostridium, F. varium et quelques Peptostreptococcus. Cet antibiotique s'avère intéressant dans
les infections des parties molles, les ostéomyélites, la vaginose bactérienne et peut remplacer
dans certaines situations (infections osseuses) les fluoroquinolones, peu actives sur les
anaérobies.
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Le métronidazole s'avère très bactéricide sur les bacilles à Gram négatif anaérobies et les
Clostridium, il diffuse bien au niveau cérébral, mais il est inactif sur certains bacilles anaérobies à
Gram positif tels que les Actinomyces et Propionibacterium.
Les céphamycines sont largement utilisées en prophylaxie en raison de leur spectre large sur
les aérobies et anaérobies stricts.
Le thiamphénicol est réservé aux infections cérébrales ou aux infections très sévères non
documentées. Vis-à-vis des bactéries isolées dans les infections mixtes, l'imipénème possède le
spectre le plus large, englobant notamment la quasi-totalité des bacilles anaérobies stricts.
Dans les infections sévères à anaérobies, l'expérience clinique nous a montré que l'utilisation
d'un seul agent antianaérobie auquel le ou les pathogènes étaient sensibles n'était pas
toujours suffisante. On est amené à associer l'imipénème au métronidazole, au thiamphénicol
voire à la rifampicine, même si ces antibiotiques apparaissent redondants de par leur action sur
les anaérobies. L'usage de l'imipénème ne se limite pas aux infections sévères à anaérobies ou
mixtes ou aux infections n'ayant pas répondu à un traitement par d'autres antibiotiques,
l'évolution rapide de certaines gangrènes gazeuses et myonécroses peuvent inciter à l'utiliser
en première intention en raison de son pouvoir bactéricide intense.
Références
[1] Baron EJ, Bennion R, Thompson J, Strong C , Summanen P, McTeague M , et al. A microbiological
comparison between acute and complicated appendicitis. Clin Infect Dis 1992 ; 14 : 227-231
[2] Bennion RS, Thompson JE, Baron EJ, Finegold SM Gangrenous and perforated appendicitis with
peritonitis: treatment and bacteriology. Clin Therapeutics 1990 ; 12 (suppl B) : 1-14
[3] Brook I Recovery of anaerobic bacteria from clinical specimens in 12 years at two military
hospitals. J Clin Microbiol 1988 ; 26 : 1181-1188
[4] Brook I Pediatric, anaerobic infection, diagnosis and, management. St Louis: C V Mosby1989
[5] Dubreuil L Aide du laboratoire de bactériologie dans le diagnostic biologique des
sinusites. In: Paris: Masson (Ed.) : 2000; 33-45.
[6] Dubreuil L Place des bactéries anaérobies dans la pathologie respiratoire communautaire. Presse
Méd 1998 ; 27 (suppl 4) : 10-12
[7] Dubreuil L, Behra J Bactéries anaérobies strictes: taxonomie et bilan de sensibilité aux
antimicrobiens. Méd Mal Infect 2000 ; 30 (suppl 2) : S77-S85
[8] Dubreuil L, Behra-Miellet J Les anaérobies ces inconnus maltraités. Lettre Infect 2000 ; 15 : 29-
34
[9] Dubreuil L, Singer E, Jaulhac B, Mory F, Lozniewski A, Bland S , et al. Sensibilité des anaérobies
stricts aux antibiotiques. Antibiotiques 1999 ; 1 : 147-153 [interref]
[10] Duerden BI, Drasar BS Anaerobes in human disase. London: Arnold1991
[11] Engelkirk PG, Duben-Engelkirk J, Dowell VR Principles and practice of clinical anaerobic
bacteriology. Belmont: Star publishing C o1992
[12] Finegold SM, Baron EJ, Wexler HM A clinical guide to anaerobic infections. Wadsworth anaerobes
laboratory. Belmont: Star publishing C o1992
[13] Klossek MJ, Dubreuil L, Richet H, Richet B, Beutter P Bacteriology of chronic purulent secretions
in chronic rhinosinusitis. J Laryngol Otol 1998 ; 112 : 1162-1166
[14] Sédallian A, Bland S, Dubreuil L Actualités sur les infections mixtes. Lettre Infect 1999 ; 14 : 55-
61
Tableaux
Tableau I
Tableau I - Situations cliniques où les anaérobies sont en cause.
Origine exogène
Tableau II
Tableau II - Localisations principales des suppurations : fréquence dÂÂ}isolement des anaérobies.
Bactériémies 5-10
Péritonites et infections intra-abdominales >90
Salpingites péritonéales 50
Vaginose bactérienne 100
Abcès hépatique 52
Infections pleuropulmonaires
- Abcès pulmonaires > 90
- Pneumonies de déglutition 90
- Pleurésies 50
Abcès dentaires 90
Tableau III
Tableau III - Prédominance des principales espèces anaérobies isolées dans les infections intra-abdominales,
septicémies et infections cérébrales.
Anaérobies stricts
Site infectieux
Bactéries IB AH P A S E AC ES
Anaérobies stricts
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Bacteroides groupe fragilis +++ +++ +++(1 ) +++ +++ +++ ++ +
Prevotella +++ ++ ++ ++ +++ +
Fusobacterium +++(2 ) ++ ++ + ++(2 ) +++ +
Peptostreptococcus +++ + ++ ++ +++ +++ +++ +++
C lostridium + ++ ++ ++ + + ++
C lostridium perfringens +++ ++ ++ ++ +++
Actinomyces ++ ++ ++ ++ + +
Propionibacterium acnes C (3 ) ++ ++ +
Eubacterium + + ++ ++ + +
Streptococcus + ++ + + + + + +++
Enterococcus ++ ++ ++ + + +
Staphylococcus aureus + ++ ++ + + +++ ++ +++
Enterobactéries +++ ++ ++ + +++ ++ ++ +
Pseudomonas aeruginosa + + + + ++ + +
Tableau IV
Tableau IV - Prédominance des principales espèces anaérobies isolées dans les infections ORL, dentaires,
pulmonaires et gynécologiques.
Site infectieux
Bactéries AL SC OC ID PS AP A E S V
Anaérobies stricts
++ +++
Streptococcus ++(9 ) ++(9 ) +++ + ++ ++
Enterococcus + ++
Staphylococcus aureus ++ ++ ++ ++ ++
Enterobactéries +++ ++ ++ + ++ +++
Pseudomonas aeruginosa ++ ++
+++ ++ ++ +
Haemophilus
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(5 ) Espèces associées spécifiquement : Prevotella bivia, Mobiluncus sp, Gardnerella vaginalis.
(6 ) Espèces associées spécifiquement : angine de Vincent = Fusobacterium necrophorum + spirochètes.
(7 ) Espèces associées spécifiquement : Actinomyces meyeri, Eubacterium lentum.
(8 ) Espèces associées spécifiquement : Actinomyces israelii, Eikenella corrodens.
(9 ) Espèces associées spécifiquement : pneumocoque.
Les espèces anaérobies devant être prises en considération de par leur présence prédominante ont été soulignées.
Tableau V
Tableau V - Prédominance des principales espèces anaérobies isolées dans les infections de la peau et des tissus
mous et ostéoarticulaires.
Site infectieux
Bactéries UD AR MA MH AS O A
Anaérobies stricts
Streptococcus + ++ + + ++
Enterococcus ++ +
Staphylococcus aureus ++ ++ + + + ++ +
Enterobactéries ++ ++
Pseudomonas aeruginosa ++ +++ ++
++(4 ) +(5 ) ++ +
Haemophilus
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