23-24-25 Juin 2020

Dr BOUCEHLA Rahil

Planchage N° 07 : Infections du SNC

Question N° 03 : Infections bactériennes du

SNC à S.pneumoniae

Email :rahilboucehla@yahoo.com
 Plan :

5- Culture
I- Introduction 6- Identification
II- Infections bactériennes de SNC 7- Biologie moléculaire
1- Méningites A- PCR pneumocoque
2- Encéphalites B- Approche syndromique
3- Autres 8- Recherche des antigènes solubles
III- Rappel bactériologique A- D’antigènes polysaccharidiques
IV- Epidémiologie de la capsule
1- Données épidémiologiques B- De polyoside C
2- Facteurs de risque pneumococcique (Binax NOW
V- Physiopathologie Streptococcus test)
VI- Diagnostic bactériologique 9- Etude de la sensibilité aux
1- Prélèvements antibiotiques :
2- Fiche de renseignement A- Antibiogramme par diffusion
3- Transport des disques d’antibiotiques
4- Examen direct B- Antibiogramme d’urgence
A- Macroscopique 10- Tests complémentaires
B- Analyse biochimique A- La détection de pneumocoques
C- Microscopique de sensibilité diminuée à la
a- Cytologie quantitative pénicilline G
b- Centrifugation
- Cytologie qualitative VII- Traitement
- Coloration de Gram VIII- Prévention
1- Vaccination
IX- Conclusion
 I- Introduction :
Cause majeure de morbidité et mortalité, les infections du système nerveux central à
pneumocoque et plus particulièrement les méningites représentent un fléau mondial. La
méningite bactérienne est une maladie grave de forte incidence, en particulier dans les pays
moins développés. De ce fait elle nécessite des méthodes de diagnostic rapides, sensibles et
spécifiques pour la mise en route d’un traitement adapté, cependant l’émergence des
souches de pneumocoques résistants a amené à changer les protocoles thérapeutiques des
méningites.
L'avènement et la mise en place de vaccins anti-pneumococciques ont permis
d'accomplir des progrès considérables dans la prévention des méningites contre un grand
nombre de sérotypes infectieux du pneumocoque.
Cependant la couverture vaccinale n’étant pas suffisante pour protéger la population
de façon complète d’où la nécessité de la surveillance de la résistance pour une meilleure
prise en charge en cas d’échec de la prophylaxie.

II- Infections bactériennes du SNC :

1- Méningite :
Est une inflammation des méninges, dont l'origine est généralement infectieuse. Elle se
traduit par un syndrome méningé (céphalées, raideur de la nuque, photo- et phonophobie,
vomissements) et un syndrome infectieux avec fièvre élevée.
2- Encéphalite :
Est définie par une atteinte inflammatoire du parenchyme cérébral responsable d'un ou
plusieurs des signes suivants, s'installant de manière aiguë ou rapidement progressive :
syndrome confusionnel, troubles du comportement, troubles de vigilance. Elle est
principalement d’origine virale.
3- Autres : Méningoencéphalite, Abcès cérébral.
Remarque : à l’exception des méningites, les autres infections du SNC ont rarement le
pneumocoque comme étiologie.

III- Rappel bactériologique :

Streptococcus pneumoniae (S.pneumoniae) est une bactérie communément appelée «
pneumocoque ». Elle appartient au genre Streptococcus.
Le pneumocoque se présente sous la forme de cocci à Gram positif, en diplocoque,
lancéolés, en flamme de bougie, encapsulés, groupés par paire. Sa capsule, de type
polyosidique, permet de classer les pneumocoques en 45 sérogroupes (sérotypes regroupés
selon des similitudes antigéniques) et 98 sérotypes, dont l'importance est variable en
médecine humaine (virulence en fonction de la taille et la composition de la capsule). Des
réactions croisées sont possibles entre certains sérotypes d’un même sérogroupe (Ex 19F
dans le vaccin et 19A non vaccinal; 23 F et A et B). Cette capsule permet aussi un
échappement au système immunitaire de l’hôte en résistant à la phagocytose.
S.pneumoniae se développe sur une gélose au sang, en milieu enrichi en CO2 ou
anaérobie. Le pneumocoque donne des colonies lisses, transparentes, entourées d'une zone
d'hémolyse (partielle et verdissante en présence d’oxygène et complète en l’absence),
parfois muqueuses (sérotypes 3 et 37) ou en gouttes de rosée (sérotype 34). A la suite de
plusieurs repiquages successifs en culture (autolyse spontanée), les colonies deviennent
rugueuses : cela correspond aux pneumocoques ayant perdu leurs capsules.
S. pneumoniae est une bactérie commensale des voies aériennes supérieures de
l’homme. Le réservoir est représenté essentiellement par le rhinopharynx des porteurs
asymptomatiques. La colonisation du rhinopharynx apparaît précocement au cours de la vie
et atteint son maximum en âge préscolaire.
Dans certains cas, il est capable de traverser les tissus, entraînant des infections très
diverses (essentiellement la septicémie et la méningite) représentant les formes invasives
graves de la maladie.

IV- Epidémiologie :
1- Données épidémiologiques :
S.pneumoniae est l’une des principales bactéries responsables des méningites
bactériennes communautaires, elle est à l’origine de plus de 80 % des cas confirmés avec
Neisseria meningitidis. Elle est la principale étiologie chez l’enfant avant 2 ans et chez
l’adulte à partir de 25 ans.
Les séquelles d’une infection neuroméningée à pneumocoque ne sont pas rares en
particulier pour l’adulte chez qui la fréquence est comprise entre 30 et 50 %. Chez l’enfant,
les séquelles sont moins fréquentes de l’ordre de 15 %.
Les flambées de méningite à pneumocoque signalées se limitent à l’Afrique
subsaharienne (ceinture méningitique), une zone qui couvre 26 pays où le taux de létalité est
très élevé (36%-66%).
En Europe :
L’incidence de la méningite bactérienne s’élève à 1–2 cas pour 100 000 habitants par
an, elle est majoritairement causée par S.pneumoniae (environ 50% des cas) chez l’adulte.
En Algérie :
Entre 2010 et 2014, parmi 207 épisodes d’infections invasives à pneumococque (IIP)
enregistrés au CHU Mustapha bacha, 60% des cas ont présenté des méningites. Les
sérotypes les plus fréquemment associés aux IIP, étaient de fréquence décroissante 14, 19A,
19F.

Selon le 18ème rapport (2017) du réseau Algérien de Surveillance de la Résistance des

Bactéries aux Antibiotiques (AARN) ; 88 souches de pneumocoque isolées à partir du LCR
ont été identifiées dans différents laboratoires en Algérie. Avec pour les souches testées :
70.4% (31/44) avaient une CMI à la pénicilline 0.12 µg/ml
Les sérotypes les plus isolés dans le LCR étaient : 23F, 3, 23A, 18C et 14.

2- Facteurs de risque :
Deux catégories de facteurs de risque de méningite à S.pneumoniae sont individualisables :

Risque de brèche ostéoduremérienne Sensibilité du sujet

- Antécédents de traumatisme - Ages extrêmes de la vie : < 2 ans et > 65 ans.

crânien ou de chirurgie intéressant
la base du crâne
- Existence d’une rhinorrhée
- Infections virales (la grippe++).
- Déficits immunitaires humoraux, congénitaux
ou acquis (hémopathies, infections par le
VIH….).
- Neutropénies primaires ou secondaires.
- Déficits de la clairance des pneumocoques :
hyposplénie, asplénie anatomique ou
fonctionnelle, splénectomie, drépanocytose.
- Terrains particuliers : IRC, insuffisance
cardiaque, diabète, cirrhose, alcoolisme…..
- Promiscuité : camps militaires, prisons,
foyers…..

V- Physiopathologie :
La bactérie diffuse par :
- Contiguïté à partir d’un foyer ORL, ou d’un portage oropharyngé chez les sujets
porteurs d’une brèche ostéoméningée. Parfois, elle diffuse par voie hématogène à
partir d’un foyer profond (poumon).
- Inoculation directe (rare) : postopératoire de neurochirurgie, traumatisme crânien.
 Elle peut envahir l’espace méningé, créant une « méningite à pneumocoque ».
L’invasion de l’espace méningé déclenche une réaction inflammatoire locale, de type et
d’intensité variables et selon l’immunocompétence du patient. Cette réaction inflammatoire
est délétère pour le parenchyme cérébral (du fait de phénomènes de nécrose purulente,
d’ischémie et d’hypertension intracrânienne) et peut être responsable de séquelles, voire du
décès de la personne.
La variation saisonnière des infections à pneumocoque (méningites) serait en relation avec
les infections virales saisonnières (grippe) qui joueraient un rôle facilitateur.

VI- Diagnostic bactériologique :

1- Prélèvements :
L'analyse du liquide céphalorachidien (LCR) est incontournable devant toute suspicion
d'infection du système nerveux central.
- Le LCR : est prélevé par ponction lombaire dans des conditions d’asepsie rigoureuses,
idéalement avant toute antibiothérapie. La quantité moyenne du LCR suffisante pour
la majorité des examens à réaliser est de 3 ml, recueillie dans 3 tubes stériles
numérotés 1, 2, 3 servant respectivement à l’examen biochimique, bactériologique et
cytologique.
- La réalisation d’une hémoculture systématique : Elle est positive dans 50 à 75% des
cas, il y a une corrélation directe entre l’inoculum bactérien dans le sang à celui du
LCR.
- Autres : oropharyngé, auriculaire ou respiratoire peuvent être effectué à la recherche
d’une éventuelle porte d’entrée.
2- Fiche de renseignement : qui doit préciser l’antibiothérapie en cours, l’âge, le statut
immunitaire, le type d’immunodépression, le contexte clinique et épidémiologique
(convulsion, cas dans l’entourage, actes de neurochirurgie ou de chirurgie ORL)……
3- Transport : Le transport du LCR au laboratoire doit se faire rapidement (moins de 30
minutes) en raison de la lyse rapide des polynucléaires (jusqu’à 50 % en 2 heures), en
évitant tout refroidissement.
4- Examen direct :
A- Macroscopique : elle permet de noter l'aspect du liquide : un LCR normal est limpide
« eau de roche ». Un aspect trouble (eau de riz) est observé si infection à
pneumocoque.
B- Analyse biochimique : une hypoglycorachie (interprétée en fonction de la glycémie)
et une hyperprotéinorachie (Les valeurs normales sont entre 0,10 et 0,45 g/l) sont
associées à une méningite bactérienne à pneumocoque.
C- Microscopique :
a- Cytologie quantitative : Numération des éléments en cellule hématémétrique
(Malassez, Nageotte…) : leucocytes ≥ 10/mm3.
b- Centrifugation : à partir du culot de centrifugation, on réalise :
 - Cytologie qualitative : formule leucocytaire (prédominance PNN > 50 %.), non
réalisable si moins de 10 éléments/mm3.
- Coloration de Gram : noter l’aspect caractéristique de S.pneumoniae : diplocoque en
flamme de bougie.
5- Culture : Le LCR est ensemencé en quadrant sur gélose au sang, incubé pendant 24-
48h à 35-37°C sous 5-10% de CO2. (Ou en anaérobiose)
6- Identification : se fera classiquement grâce à certains caractères biochimiques
différentiels avec les autres streptocoques après une réaction négative à la catalase :
- Epreuve à l’optochine, dont le diamètre d’inhibition autour de disque est ≤ 15mm.
- La lyse par la bile (agents tenio-actifs).
- Sérogroupage : II faut disposer d’un sérum antipneumococcique polyvalent, dirigé
contre tous les types capsulaires. La réaction peut s’effectuer soit à partir des
cultures, soit à partir du LCR.
L'antigène capsulaire peut-être révélé par gonflement capsulaire ou par technique
immunologique (contre-immuno- électrophorèse ou technique d'agglutination). Ce test
présente une spécificité de 100 % et une sensibilité de 95 %.

7- Biologie moléculaire :
A- PCR pneumocoque (spécifique) : La méthode recommandée par l’OMS est la
RT-PCR utilisant le gène LytA (code pour l’autolysine), le gène ply codant pour la
pneumolysine ou le gène spn9802 de fonction inconnue. La sensibilité entre 92-100% et
spécificité à 100%.
B- Approche syndromique : Le panel FilmArray® (Nested PCR) dédié à la
méningite et à l’encéphalite représente le premier kit complet pour le diagnostic
syndromique de ces infections, il permet la mise en évidence simultanée et rapide, en moins
d’une heure, de 14 pathogènes différents sur le même échantillon de LCR dont le
S.pneumoniae.
8- Recherche des antigènes solubles : Se fait par une méthode immunologique à la
recherche :
A- D’antigènes polysaccharidiques de la capsule : se fait habituellement par
agglutination au latex directement sur le LCR avec une sensibilité voisine de 80 %, cependant
ces tests peuvent présenter des réactions croisées avec d’autres germes (alpha
hémolytiques). En pratique, le bénéfice de cette technique est noté en cas des méningites
décapitées, en raison de la persistance des antigènes solubles après disparition des
bactéries.
B- De polyoside C pneumococcique : par une technique
d’immunochromatographie sur membrane : (Binax NOW Streptococcus test) :
 Ce test de diagnostic rapide a été validé sur les échantillons du LCR au cours des
méningites avec une bonne spécificité et sensibilité et il est susceptible de suppléer en
partie aux déficiences du Gram, des antigènes solubles capsulaires et de la culture.
Il est à effectuer sur le LCR, lorsque l’examen direct est négatif et lorsque la suspicion
de méningite est forte.

Remarque : Le diagnostic définitif de l’infection repose soit sur l’isolement de S.pneumoniae

dans le LCR, soit sur la détection de l’ADN bactérien par PCR.

9- Etude de la sensibilité aux antibiotiques :

A- Antibiogramme par diffusion des disques d’antibiotiques :
Selon les recommandations du CLSI : Suspension de 0,5 Mc Farland, Milieu : gélose Mueller-
Hinton + 5% sang de mouton, incubation 20-24 h à 35°C sous 5% de CO2.
Les disques à tester : Pénicilline G (CMI), Oxacilline (1μg), Céfotaxime ou Ceftriaxone (CMI),
Imipenème (CMI), Erythromycine, Clindamycine, Pristinamycine, Chloramphénicol,
Rifampicine, SXT, Vancomycine, Lévofloxacine, Tetracycline, Fosfomycine.

B- Antibiogramme d’urgence : l’orientation par la macroscopie permet

de réaliser directement un antibiogramme à partir du LCR s’il est en quantité suffisante. Ces
résultats obtenus en 18 h seront ensuite confirmés par un antibiogramme selon la méthode
classique.

10- Tests complémentaires :

A- La détection de pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline G (PSDP) : est
effectuée en plusieurs étapes :
- Antibiogramme : Le CLSI recommande de tester un disque d’oxacilline chargé à 1μg pour
détecter la résistance à la pénicilline. Cependant, le disque chargé à 1μg est instable et se
décharge rapidement. Par conséquent, il est préférable de tester les deux disques chargés à
1 et 5μg d’oxacilline.

Oxacilline 5μg Oxacilline 1μg

Sensible > 25 mm > 19 mm

Sensibilité diminuée à la pénicilline ≤ 25 mm ≤ 19 mm

- CMI par bandelettes E-Test : dans les mêmes conditions que l’antibiogramme standard.
- CMI en milieu liquide : Test de confirmation (PSDP si CMI ≥ 0.12 μg/ml)

NB : Les résultats sont validés seulement si ceux de la souche de référence S.pneumoniae

ATCC 49619 rentrent dans l’intervalle des valeurs critiques, données par le CLSI.

VII- Traitement :
La mise en route de l’antibiothérapie au cours des méningites bactériennes à
pneumocoque est une urgence absolue, le pronostic immédiat et à moyen terme dépendant
de sa précocité.
Devant des signes cliniques de méningite, le traitement probabiliste doit être
administré immédiatement après ponction lombaire. Il est administré au plus tard dans les
trois heures après l’arrivée à l’hôpital.
Le traitement de 1ère intention, que l’examen direct soit positif ou non repose sur des
céphalosporines de 3ème génération (C3G) à doses optimales (doses méningées), qui assure
une diffusion dans le LCR à des taux suffisants.
Après documentation microbiologique (étude de la sensibilité), la C3G utilisée dans le
traitement probabiliste est maintenue avec adaptation de la posologie ou bien remplacée
par l’amoxicilline à la dose de 200 mg/kg/jour en IV.
- CMI pénicilline ≤ 0.12 μg/ml : Pénicilline ou Amoxicilline/Ampicilline
- CMI pénicilline ≥ 0.12 μg/ml (PSDP) : Céfotaxime ou Ceftriaxone
- CMI C3G ≤ 2 μg/l : la Céfotaxime à 300 mg/kg/j en IV ou la Ceftriaxone à 100
mg/kg/jour en IV.
- CMI C3G ≥ 2 μg/l : C3G + Vancomycine / C3G+ Rifampicine / Vancomycine +
Rifampicine
(La ceftriaxone présente de plus l’avantage par rapport au céfotaxime, d’avoir une CMI
souvent plus basse et une administration plus simple).
La durée du traitement est classiquement de 10 à14 jours en fonction de l’évolution de
l’état du patient. (Avec un minimum de 5 j selon l’OMS)
VIII- Prévention :
Les mesures préventives liées à un cas de méningite à pneumocoque n’incluent ni
isolement, ni antibioprophylaxie et reposent essentiellement sur la vaccination.
1- Vaccination : Deux types de vaccins sont disponibles, le vaccin polysaccharidique
conjugué ou pneumococcal conjugate vaccine (PCV) et le vaccin polysaccharidique non
conjugué ou pneumococcal polysaccharide vaccine (PPSV).
Ces deux types de vaccins ont réduit les taux d'infections pneumococciques dans les
communautés immunisées (particulièrement enfant < 2 ans et personnes âgées avec ou sans
immunodépression).
- Le PCV13 a réduit plus de 50% le nombre de nouveaux cas de septicémies et méningites à
pneumocoque chez l’enfant entre 2008-2009 et 2014 en France. Un impact important a
également été observé chez les adultes et les personnes âgées (diminution de plus de 40% de
ces maladies), grâce à l’immunité de groupe conférée par la vaccination des enfants.
- En Algérie, le PCV13 couvre jusqu'à 90% des isolats circulants associés aux IIP.
Cependant le remplacement du sérotypes par des souches virulentes qui ne sont pas
contenues dans les vaccins polysaccharidiques a été observé après la mise en œuvre des
vaccins actuels d’où la nécessité de rechercher de nouveaux vaccins non polysaccharidiques
ayant une couverture plus large.

IX- Conclusion :
La méningite à pneumocoque reste toujours une maladie d’actualité avec un
caractère foudroyant.
Un meilleur contrôle de ces maladies nécessiterait non seulement des moyens de
diagnostic rapides et fiables, une surveillance continue de la résistance aux antibiotiques,
mais aussi la disponibilité de vaccins plus efficaces, et cela n’empêche pas de veiller à une
couverture vaccinale optimale avec les vaccins actuels.

PCV (Prevenar 13®) PPSV (le Pneumo 23®)

Composition Contient 2,2 μg de polysaccharide contient 25 μg de chaque sérotypes (1, 2, 3,

pneumococcique conjugué à la
protéine vectrice CRM197 (mutant
non toxique de la toxine diphtérique
ou tétanique) des sérotypes: 1, 3, 4, 5,
6A, 7F, 9V, 14, 18C, 19A, 19F et 23F,
et 4.4 μg de sérotype 6B.
Mode voie intramusculaire
d’administration
4, 5, 6B, 7F, 8, 9N, 9V, 10A, 11A, 12F, 14,
15B, 17F, 18C, 19A, 19F, 20, 22F, 23F,
33F).
La primovaccination comporte une injectio
intramusculaire ou sous-cutanée. Les rappe
sont recommandés tous les 5 ans pour évite
le risque théorique de phénomène d’Arthu
(3 ans chez les immunodéprimés, asplénique
et drépanocytaires).
 Avantages
- Le vaccin induit une réponse
thymo-dépendante (humorale
et cellulaire même chez enfants
de moins de 2 ans).
- Mémoire immunologique.
- Impact est donc individuel et
collectif.
L’apparition d’anticorps protecteurs
spécifiques de chaque sérotype
La protection croisée entre certains
sérotypes élargit le spectre de couverture
d’un vaccin
Pas d’immunité muqueuse (pas de
diminution du portage pharyngé du
pneumocoque).

Inconvénients Les 13 valences ne couvrent pas La protection est essentiellement

toujours l’ensemble des sérotypes
responsables des formes invasives
et/ou résistantes à la pénicilline.
individuelle.
Le vaccin induit une réponse thymo-
indépendante. L’effet immunogène est donc
nul avant l’âge de 2 ans, partiel et
hétérogène avant l’âge de 5 ans.

Annexe : Vaccins anti-pneumococcique PCV (Prevenar 13®) et PPSV (le Pneumo 23®)

Références :
- Sebastian von Arx et al, Infections du système nerveux central – partie, Méningite chez l’adulte Forum
Med Suisse 2017;17(2122):464-470.
- PILLY.E,2016-FROTTIER,2005
- (17e Conférence de Consensus en Thérapeutique Anti-infectieuse. Prise en charge des méningites
bactériennes aiguës communautaires (à l’exclusion du nouveau-né), SPILF. Reanimation (2009) 18, 353
—365)
- Van de Beek1 et al, ESCMID guideline: diagnosis and treatment of acute bacterial meningitis D, 2016.

- https://vaccination-info-service.fr/Les-maladies-et-leurs-vaccins/Meningites-pneumonies-et-
septicemies-a-pneumocoque
- Francois Denis et al, Bactériologie médicale Techniques usuelles, 2016
- Standardisation des tests de sensibilité aux antibitiques à l’échele national 7ème édition 2014.
- Surveillance de la résistance des bactéries aux antibiotiques, 18 ème Rapport d’évaluation,2018.