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Il dispose pour cela du matériel permettant de réaliser des « modèles moléculaires » qui
sont une représentation, à l’échelle, de la réalité expérimentale. Ces modèles lui permettent de
construire les principales molécules organiques, les différentes fonctions (hydrocarbure,
acide, alcool, cétone, ester, etc…), les isomères de structures et les stéréoisomères.
Dans ces deux derniers cas, surtout, les modèles sont une aide précieuse et efficace
pour le chimiste. Ils permettent en outre de mieux comprendre et d’élucider la plus grande
partie des problèmes de stéréochimie conformationnelle. Ainsi l’on s’apercevra qu’un isomère
à priori possible sur le papier devient au contraire impossible à réaliser en trois dimensions, à
cause d’un encombrement stérique par exemple.
PLAN DE LA MANIPULATION
I/ Stéréochimie :
2/ Utilisation : Sous la forme éclatée, ces modèles sont destinés à mieux représenter les
distances et les angles valentiels et sont utilisés pour l’étude de la stéréochimie générale et
notamment pour l’analyse de conformation, ainsi que pour l’analyse des effets stériques.
3/ Composition d’une boite de modèles : C’est une collection de différentes liaisons (en métal
et en Rilsan) et de calottes atomiques de différentes hybridations. L’ensemble permet de
réaliser des liaisons simples (C-H, O-H, C-O, C-C, C-Cl, C-N, ..etc..) mais aussi des liaisons
doubles (C=C, C=N, C=O,..etc..). Une fois vous serez en possession de votre boite
moléculaire d’autres explications vous seront fournies en salle de travaux pratiques.
MANIPULATION
I/ STEREOCHIMIE :
La stéréochimie a pour objet l’étude des caractéristiques géométriques des molécules, de la
façon dont les atomes sont disposés les uns par rapport aux autres dans l’espace et les
répercussions éventuelles de cette disposition sur le comportement chimique de la molécule.
A/ L’ATOME DE CARBONE :
1) Le carbone saturé ou tétraédrique :
Le carbone saturé est relié à 4 atomes, sachant que le carbone saturé possède 4 valences,
représentez, à l’aide des modèles moléculaires mis à votre disposition, cet atome de carbone
avec ses 4 valences ou liaisons dirigées. Les angles de valence sont tous égaux ; deux liaisons
font entre elles un angle de 109°28’. Les quatre valences du carbone sont donc orientées vers
les sommets d’un tétraèdre régulier dont il occuperait le centre. Ce carbone est également
appelé carbone tétragonal. Il est hybridé SP3.
*Complétez le schéma en faisant le modèle de la molécule de méthane, puis de
dichlorométhane en perspective.
Cela veut dire qu’un atome de carbone doublement lié (groupement C=C, C=O, C=N) n’est
plus tétraédrique. Ce carbone doublement lié est dit trigonal. Il est hybridé SP 2.
*Réalisez, à l’aide des atomes est des liaisons correspondantes, la molécule d’éthylène. On
remarque tout de suite la rigidité consécutive à la présence, dans cette molécule, d’une double
liaison. Pour cela, construire une molécule d’éthane et comparez.
b) La triple liaison :
Pour un atome de carbone triplement lié (groupements –C=C-, -C=N-), l’axe de la triple
liaison et celui de la liaison simple sont dans le prolongement l’un de l’autre.
*Construire une molécule d’acétylène. Faire sur cette molécule les remarques analogues aux
précédentes (relatives à l’éthylène). Quelles sont vos déductions ?
On pourra également construire des molécules (au choix) comportant les fonctions :
La géométrie complète d’une molécule ne peut être établie que si l’on connaît, outre les
angles valentiels, les longueurs des liaisons : On appelle ainsi la distance séparant les centres
de deux atomes liés.
Le tableau ci-dessous indique la longueur des principales liaisons que l’on rencontre en
chimie organique.
Liaisons simples Liaisons multiples
1) Les radicaux :
Un radical est un groupe d’atomes, (un « morceau de formule »), comportant une ou plusieurs
valences libres, c'est-à-dire un ou plusieurs électrons non appariés.
Principaux radicaux Symbole usuel
-CH3 méthyle Me
-CH2 – CH3 éthyle Et
-CH2 – CH2 – CH3 propyle normal Pr
-CH2 – CH – CH3 iso-propyle iPr
-CH2 – CH2 – CH2 - CH3 butyle normal primaire Bu
-CH2 – CH2 – CH3 butyle secondaire sBu
CH3
CH3
-C – CH3 butyle tertiaire tBu
CH3
-CH2 – CH – CH3 iso-butyle iBu
CH3
-CH2- méthylène
-OH hydroxyle
-C = O carbonyle
-Cl chloro
L’unité structurale fondamentale ou chaine principale est celle qui comporte le groupe
fonctionnel principal s’il en a un seul, qui comporte le plus grand nombre de groupes
fonctionnels principaux s’il en a plusieurs. (Voir paragraphe d / ).
S’il subsiste un choix, la chaine principale est celle qui possède par ordre de préférence :
- Un système cyclique
- Le cycle de degré d’hydrogénation minimum
- Le plus grand nombre de liaisons multiples
- Le plus grand nombre d’atomes de carbone
- Le plus grand nombre de doubles liaisons
- Le plus grand nombre de substituants cités comme préfixes
- Les indices les plus bas à l’ensemble des substituants.
On choisit le sens de numérotation de manière à attribuer les indices de position les plus bas
possibles aux caractères structuraux examinés successivement dans l’ordre suivant :
- Substituants fonctionnels principaux
- Liaisons multiples
- Liaisons éthyléniques
- Substituants désignés par des préfixes considérés tous ensemble
- Parmi les substituants désignés par des préfixes ceux qui sont nommés les premiers
(ordre alphabétique)
d/ Note : Si une molécule présente plusieurs fonctions, l’une d’elle est prioritaire : C’est la
fonction principale.
-CO2H > -SO3H > anhydride > ester > amide > nitrile > aldéhyde >
cétone > alcool > imine.
Exemple:
3) Chaîne carbonée saturée : Isomérie de structure.
a) Les alcanes :
On construit tout d’abord l’éthane, puis le butane C 4H10. On s’aperçoit alors qu’il existe deux
structures possibles en accord avec la formule brute du butane. On aura ainsi un exemple
d’isomérie de chaîne en réalisant les deux molécules de butane et d’isobutane. On remplace
ensuite, dans la formule brute du butane, un hydrogène par le radical hydroxyle. On obtient
ainsi un alcool. A l’aide de vos modèles, combien d’alcools isomères (qui auront la même
formule brute) pourrez-vous réaliser ?
*Donnez les noms des alcools obtenus, sachant que ces isomères sont cette fois, des isomères
de position.
Remarque :
- Ces deux types d’isomères, de chaine et de position, sont dits isomères de structure. Ils
contiennent les mêmes types et les mêmes nombres d’atomes, mais les combinaisons
des paires d’atomes liés sont différentes dans chaque isomère.
- En utilisant les modèles moléculaires on observe également que pour passer d’un
isomère à un autre, il faut démonter une portion de la molécule pour la refixer sur une
autre liaison, à un autre endroit de cette molécule.
b) Les cyclanes :
On cherchera à « fermer » une chaine saturée ouverte. On verra la difficulté pour former un
cycle à trois (cyclopropane) et même quatre (cyclobutane) atomes de carbone.
En effet on se rend compte avec ces modèles que la cyclisation est incompatible avec le
maintien de l’angle valentiel normal du carbone : 109,5°. La déformation imposée à cet angle
produit dans la molécule, et par conséquent dans les modèles réalisés, des tensions ou
«
contrainte » .Si les tensions sont trop fortes il y aura rupture spontanée du cycle (cela se
produit sur les modèles par l’impossibilité de fermer le cycle sans rompre les liaisons,
l’étudiant n’insistera pas). Par contre, la réalisation d’un cycle en C 5 ne pose aucune difficulté.
On comprend tout de suite pourquoi, en comparant la valeur de l’angle formé par deux
liaisons consécutives dans le cycle à celle connue pour l’angle valentiel du carbone tétragonal.
* Quelle remarque pouvez-vous faire concernant la situation spatiale des atomes de carbone
dans ces premiers cycles ? Réalisez ensuite un cycle à six puis à sept atomes de carbone.
Existe-t-il une contrainte entres les liaisons C – C ? Pourquoi ?
Ceci doit vous permettre d’expliquer pourquoi il n’y a pas de contradiction avec la
théorie qui veut que le cycle ne soit stable que si les angles valentiels sont très voisins de
110°. Or un hexagone par exemple conduit à des angles de 120°…
4) Stéréochimie conformationnelle.
Ces trois conformations sont différentes. Pour passer de l’une à l’autre, il ne s’agit pas de
rompre des liaisons comme dans le cas des isomères précédentes (donc pas de démontage),
mais seulement d’une déformation de la molécule. Dans de tels « isomères », nous trouvons les
mêmes combinaisons d’atomes, mais leur orientation dans l’espace est différente.
Remarque :
L’angle dièdre est l’angle formé par l’intersection des plans CH3(x)C1C2 et C1C2 CH3(y) par
exemple. Donc α = 0 pour une conformation éclipsée.
On sait qu’il existe une répulsion entre atomes non liés, de même nature, répulsion qui
augmente si les atomes s’approchent les uns des autres.
En fait, les deux atomes C 1 et C2 peuvent tourner librement autour de la liaison C 1 – C2. Ces
trois conformères ne sont que des positions particulières, figées dans l’instant. On peut
seulement dire, compte tenu de ce que nous venons de voir, que la conformation anti est la
«
plus favorisée » et la conformation éclipsée la « moins favorisée ». Autrement dit,
statistiquement, il y a plus de molécules « décalées » que de molécules « éclipsées ». La
proportion est constante pour une température donnée.
*Tout ceci sera appliqué lors de la construction de la molécule de 1,2 – dichloroéthane. Vous
chercherez à avoir, en vous plaçant dans le cas d’un observateur considérant une projection de
Newmann, les différentes positions permises (on regarde la molécule dans le prolongement de
l’axe C1 – C2). Vous représenterez alors les différents conformères que vous aurez identifiés.
Connaissant les valeurs numériques des longueurs des liaisons ainsi que les angles de valence
et les angles dièdres, on pourra déterminer les distances Cl – Cl dans les différentes
conformations :
- Pour quelle conformation x sera le plus grand
- Pour quelle conformation x sera le plus petit
Ceci sera bien évidemment en relation directe avec la stabilité plus ou moins grande du
conformère considéré.
b/ Chaine cyclique :
*Vous construirez une molécule de cyclohexane (C6H12) en identifiant les formes chaise et
bateau.
*Vous devez distinguer les principales différences stériques (positions relatives des C – H,
distances des H…H, etc…)
*Ces deux conformations offrent-elles la même rigidité ?
*Laquelle est selon vous, la plus favorisée, donc la plus stable ? Pourquoi ?
*Donner une représentation de Newmann du cycle du cyclohexane en forme chaise et en
forme bateau (on suppose que l’on regarde la molécule en plaçant l’œil dans le plan contenant
deux cotés parallèles du cycle). Que remarque-t-on quant à la disposition relative des
hydrogènes portés par deux carbones voisins ?
C’est un cas particulier d’un type d’isomérie plus générale, l’isomérie erythro – thréo étudiée
en série aliphatique dans le cadre du chapitre consacré à l’isomérie optique (voir ci-après II/).
Ici, on se rend compte qu’il y a un blocage entre C 1 et C2 qui n’existe pas en série aliphatique
et les substituants se trouvent, soit du même côté, soit de part et d’autre de C 1 – C2. Pour cette
raison ces deux isomères sont le plus souvent désignés par le préfixe « cis et trans » par
analogie au cas des carbones doublement liés (voir § suivant).
*********
II/ ISOMERIE OPTIQUE
1) Activité optique :
Certaines molécules possèdent la particularité d’être « optiquement actives » ou
encore douées de pouvoir rotatoire » : Ces molécules lorsqu’elles sont traversées par un
«
faisceau de lumière polarisée plane elles provoquent une rotation du plan de polarisation de
cette lumière.
L’angle α peut être positif ou négatif selon que le plan de polarisation tourne vers la droite ou
vers la gauche. Pour α positif on dira que la substance est dextrogyre (droite) et son nom sera
précédé de la lettre « d ». Pour α négatif on dira que la substance est lévogyre (gauche) et son
nom sera précédé de la lettre « l ».
a/ actives à l’état cristallin seulement : L’activité résulte d’un arrangement des molécules les
unes par rapport aux autres ; c’est l’exemple du quartz qui à l’état fondu devient inactif.
b/ actives quel que soit leur état, solide, liquide en solution ou gazeux : L’activité est la
conséquence d’une propriété intrinsèque de la molécule.
En 1860, Pasteur constate que l’activité optique est liée à une dissymétrie
moléculaire; cette dissymétrie pouvant se traduire non seulement par la présence de un ou
plusieurs carbones dits « asymétriques » c'est-à-dire dont les substituants sont différents (on les
représente par C*), mais surtout par l’absence d’éléments de symétrie dont la nature et la
définition sont données au paragraphe suivant.
*Construire à l’aide des modèles une molécule contenant un atome de carbone asymétrique,
puis réaliser son image dans un miroir.
Dans ce cas la molécule et son image dans un miroir constituent deux isomères optiques, non
superposables (tout comme la main gauche ne peut se superposer à la main droite) dont l’un
dévie le plan de polarisation de la lumière polarisée vers la droite (le dextrogyre), l’autre vers
la gauche (le lévogyre) d’un angle dont la valeur absolue est égale dans les deux cas.
Définitions et nommenclature.
a/ Un plan de symétrie : C’est un plan tel que si, à partir de l’un quelconque des éléments
constitutifs de la molécule on trace une perpendiculaire au plan et qu’on la prolonge d’une
longueur égale, on rencontre un élément identique à celui dont on était parti. En d’autres
termes, une moitié de la molécule est l’image dans un miroir de l’autre moitié, le plan de
symétrie coïncidant avec le plan imaginaire du miroir.
b/ Un centre de symétrie : C’est un point tel que si l’on joint ce point, un quelconque des
éléments constitutifs de la molécule et qu’on prolonge le segment obtenu d’une égale
distance, on rencontre un élément identique à celui dont on était parti.
c/ Un axe de symétrie impropre d’ordre n : Est tel que lorsque la molécule, possédant cet axe,
tourne autour de celui-ci d’un angle 2π/n, sa projection à travers un miroir perpendiculaire à
l’axe donne une structure identique à la première (rotation autour de l’axe et réflexion
perpendiculaire).
- Une molécule possédant un axe de symétrie propre d’ordre n peut être active. La
molécule possédant un tel axe tourne autour de lui d’un angle de 2π/n, on retrouve une
structure identique à la première (rotation sans réflexion).
Il en résulte qu’on peut prévoir de deux manières si une molécule donnée sera ou non douée
de pouvoir rotatoire, c'est-à-dire active :
On construit le modèle moléculaire, et on observe sa projection dans un miroir. Si les
deux images sont superposables, il n’y a pas d’activité optique ; il y en a dans le cas
contraire.
On recherche les éléments de symétrie de la molécule. Si elle a un plan, un centre ou
un axe de symétrie impropre, elle n’est pas active ; sinon elle est active même si elle
possède un axe de symétrie propre.
La molécule active et son image dans un miroir constituent une paire d’isomères désignés
sous le nom d’énantiomorphes, d’énantiomères, d’antipodes optiques, d’antimères ou inverses
optiques.
Remarque :
- Le signe (+) ou (-) est toujours déterminé expérimentalement, on ne peut l’attribuer à
priori.
- Si on permute deux des substituants de l’énantiomère A on obtient l’énantiomère B.
*Au cours de cette partie de la manipulation, l’étudiant doit réaliser à l’aide des modèles les
molécules ci-dessous servant d’illustration aux définitions données.
Il identifie l’élément de symétrie pour chacune de ces molécules. En utilisant le miroir dont il
dispose, il doit en construire l’image, la dessiner telle qu’il la voit et le processus annoncé
précédemment. L’étudiant vérifiera la présence ou l’absence d’activité optique ainsi que la
conformité de ses conclusions avec l’élément de symétrie attribué à la molécule considérée.
Remarque : Il peut arriver qu’une population de molécules optiquement actives soit inactive :
En effet si elle composée d’autant de molécules dextrogyres que lévogyres, la rotation à droite
à travers les unes est compensée par une rotation à gauche à travers les autres d’égale
amplitude. Une telle population est inactive par compensation : on les désigne sous le nom de
racémique.
3) Représentation de Fischer :
La représentation de Fischer présente un intérêt pour la détermination des
configurations absolues et tout particulièrement dans le cas des molécules organiques
possédant plusieurs atomes de carbone asymétriques.
Projection de Fischer
Les règles énoncées dans le cas d’un carbone asymétrique demeurent valables. Les deux
carbones asymétriques sont situés sur une droite verticale correspondant à une liaison dans le
plan du papier.
Exemple :
4) Configuration absolue
a) Composé à un carbone asymétrique : La configuration absolue d’un carbone
asymétrique est énoncée par la règle suivante :
Les groupements a, b, c, et d liés au carbone sont classés dans l’ordre décroissant du numéro
atomique de l’atome directement fixé sur le carbone asymétrique.
Exemple :
- Si a = I (Z = 53) ; b = Br (Z = 35) ; c = Cl (Z = 17) et d = H (Z = 1).
- On aura le classement : a > b > c > d
Lorsque deux substituants sont liés au carbone asymétrique par un atome du même
élément on les « départage » en considérant les atomes qui se présentent pour
chacun d’eux en deuxième position, puis si nécessaire en troisième,
quatrième.....position.
Exemple : - CH2 – CH3 a la priorité sur – CH3 car en second rang – CH3 comporte trois H
alors que – CH2 – CH3 comporte un C et deux H.
Une double ou triple liaison est considérée comme l’équivalent de deux ou trois
liaisons simples avec le même élément.
Dans les éléments du deuxième rang Br (Z = 53) est prioritaire sur O (Z = 8). Donc on aura le
classement :
1) Br 2) CHBr-COOH 3) COOH 4) H
Une fois le classement établit, on regarde la molécule dans l’axe de la liaison portant le
substituant classé dernier, celui-ci étant situé derrière le carbone asymétrique.
On examine ensuite les trois autres substituants classés par ordre décroissant de priorité. Si
pour passer du premier au second puis au troisième on tourne par rapport à l’axe :
- Dans le sens des aiguilles d’une montre, la configuration sera « R ».
- Dans le sens inverse des aiguilles d’une montre le carbone sera « S ».
*Exercice :
Construire les énantiomères du 1 – chloro – 2 – méthylbutane. D’après les conventions ci-
dessus attribuer les configurations R et S à chaque isomère et les dessiner en perspective puis
en représentation de Fischer.
1er exemple : Considérons cette molécule dans la situation présentée par la figure ci-dessous,
chaque *C est examiné séparément.
Considérons *CI :Si pour cet exemple l’ordre des substituants du *CI est le suivant :
Chacun des deux carbones asymétriques donnant lieu à deux isomères actifs (le plus souvent
sous forme d’un mélange racémique) on aura, au maximum, suivant la nature des substituants
quatre isomères actifs images deux à deux, l’un de l’autre dans un miroir pouvant constituer
les deux racémiques inactifs correspondants.
A l’intérieur de chaque couple, les deux molécules sont images l’une de l’autre dans un
miroir.
Par contre on constate que, pour passer du SR au SS par exemple on conserve au *C1 sa
configuration alors que les *C2 sont images l’un de l’autre.
Alors que les énantiomères ont leurs propriétés physiques identiques quand ils sont placés
dans un environnement symétrique (exception faite bien sûr du pouvoir rotatoire) les
diastéréoisomères peuvent avoir des propriétés nettement différentes.
Pour un composé à deux carbones asymétriques, on a trouvé utile de disposer d’un mode de
désignation de chaque couple d’énantiomères, sans distinguer chacun des énantiomères
individuellement.
En effet, le couple formé par les deux énantiomères (R,R) et (S,S) dans lesquels les deux
carbones asymétriques ont la même configuration absolue, est désigné par le couple like.
Dans l’écriture, on fait précéder le nom du composé de (R*, R*).
Par contre, le couple formé par les deux énantiomères (R,S) et (S,R) dans lesquels les
deux carbones asymétriques ont des configurations absolues différentes, est désigné par le
couple unlike.
Dans l’écriture, on fait précéder le nom du composé de (R*, S*).
Exemple : Le 2,3,4-trihydroxybutanal.
Exercice : Identifier les couples like et unlike du pentan-2,3-diol (un énantiomère de chaque
diastéréoisomère suffira).
Cas où les deux *C sont équivalents :
C'est-à-dire que chacun des deux *C porte les mêmes substituants. C’est le cas d’un composé
du type : X - *C ab - *C ab - X
On constate que l’acide tartrique forme Méso et son image dans un miroir sont identiques ; de
plus la molécule présente un plan de symétrie. L’acide méso est donc inactif par constitution.
*Exercice : Réaliser au moyen des modèles moléculaires les différents acides tartriques ; les
représenter en projective et en représentation de Newman. Définir la configuration absolue de
chaque *C dans chaque isomère. Identifier le ou les éléments de symétrie de l’acide
mésotartrique.