Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
Unité d'Enseignement
Epidémiologie
2ème Année – S7
DZVET 360
القرآن
األذكار
تالوة
الحديث
دعاء ختم القرآن الكريم أذكار الحج والعمرة أذكار الطعام أذكار الخالء
SOMMAIRE
Organisation du semestre :
11 CM de 45min
13 TD dont 1 non présentiel. Le cours doit être lu avant de venir en TD puisqu’il y aura des
interrogations en début de TD sur les cours dispensés par le prof faisant le TD. Calculatrice à
apporter.
Dans l’ensemble des cours, l’importance des informations est repérée par :
– Compléments
Modalités d’examen :
4 interrogations sur le cours en début de TD, une pour chaque enseignant (coeff. 0.25) ;
1 rapport noté sur un TD (expliqué plus tard) ;
1 examen final coeff. 0.75 (semaine du 6 novembre) : 1h30, documents autorisés, questions
de cours et exercices portant sur article, généralement en anglais, qui sera distribué à l’avance.
Objectifs du module :
1 sur 4
Introduction au module :
L’épidémiologie est l’étude des maladies dans les populations ainsi que l’étude des facteurs
qui déterminent leur apparition. L’objectif de l’épidémiologie est de répondre aux questions : Pourquoi
apparaissent les maladies ? Pourquoi une maladie se transmet plus ou moins rapidement ? Quelles
mesures de gestion seraient appropriées pour lutter contre une maladie ?
En épidémiologie, on s’intéresse principalement aux populations et non aux individus. Une population
se définit comme un ensemble d’individus à différentes échelles. Plusieurs échelles de populations
peuvent exister (de l’élevage à la population mondiale). Une population n’est pas uniquement une
somme d’individus, il s’agit d’un ensemble d’individus qui interagissent entre eux. Ainsi, des processus
spécifiques émergent à cette échelle populationnelle : des phénomènes de transmission et d’immunité
de groupe.
Ex : plus le taux d'animaux immunisés augmente dans une population, plus la probabilité pour un
individu non immunisé de rencontrer la maladie diminue (phénomène observé chez les volailles).
Comme on étudie des populations, on utilise en épidémiologie des méthodes statistiques pour
analyser des maladies (propagation, facteurs d'apparition, conséquences sanitaires et économiques…)
mais aussi des phénomènes de santé = tout ce qui intervient dans la santé d'une population.
Ex : la vaccination
2 sur 4
Organisation des cours :
Epidémiologie ANALYTIQUE ou explicative : étude des causes des maladies. Le principe est
l’étude du lien entre l’exposition à une cause possible et le phénomène de santé. C’est une
étude principalement longitudinale (CM6-7 ).
Ex : mesure du niveau d’exposition à la fougère chez les vaches atteintes ou non de carcinomes.
On suppose que la consommation de fougère favorise l’apparition de carcinome chez la vache.
On mesure donc le lien entre l’exposition à la fougère chez les vaches atteintes et non atteintes
de carcinome.
Epidémiologie EVALUATIVE permet de mesurer l’efficacité des actions de santé via les
traitements, les vaccinations et campagnes de vaccinations (CM8 ).
Ex : mise en place d’une vaccination anti-leishmaniose sur une population de chiens et
application d’un placebo sur une autre. On regarde ensuite les différences d’apparition de la
leishmaniose entre les 2 catégories pour savoir si la compagne de vaccination a été efficace.
3 sur 4
Application :
A la lutte contre les maladies animales CM10
A la pharmacovigilance CM 11
A RETENIR :
- Epidémiologie = études de quantification dans les populations qui vont consister à décrire,
analyser et évaluer (3 démarches à bien différencier !) ;
- Epidémiologie descriptive : estimer puis comparer ;
- Epidémiologie analytique : étudier les causes ;
- Epidémiologie évaluative : étudier l’effet des mesures de santé ;
- Epidémiologie prédictive : développement récent.
4 sur 4
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Dans ce cours, on commencera par étudier la transmission puis les facteurs de variation de la
transmission des maladies.
1 sur 12
I – La transmission
A. Les hôtes
Un hôte héberge un agent pathogène : il le reçoit, éventuellement en est la victime, et peut
le transmettre. Il peut être hôte définitif, intermédiaire…
Un hôte tangentiel ou cul-de-sac est un hôte qui héberge un agent pathogène sans le
transmettre.
Ex : Dans le cas de la brucellose, les hommes émettent beaucoup de bactéries au début et tout au long
de leur vie. Mais au bout de quelques années, ils en disséminent de moins en moins et deviennent donc
tangentiels.
Quelques définitions qui ne sont pas sur le diaporama mais qui serviront à comprendre le prochain
exemple :
Un hôte de maintien appartient à une population dans laquelle un agent pathogène existe
de manière permanente en petite quantité.
Un hôte amplificateur ne garde pas un agent pathogène très longtemps, mais le multiplie. Il
influe ainsi sur la potentialité de transmettre le pathogène.
Un hôte messager transmet juste mais n’amplifie pas le phénomène.
L’hôte final est la victime du réservoir mais ne permet pas le maintien de l’agent pathogène
à long terme.
En épidémiologie, on cherche à savoir comment fonctionne les chaînes de transmission entre les
différents hôtes, voir comment une maladie prolifère ou au contraire s’éteint.
Un vecteur est un être vivant hôte (arthropode le plus souvent) qui acquiert l’agent
pathogène au cours de relations écologiques (prédation, parasitisme...) avec un hôte et le
transmet à un autre. Il peut être mécanique ou biologique (voir ci-dessous). C’est un hôte
particulier qui est lui-même le parasite d’un hôte.
Parmi les grands groupes de vecteurs ou d’hôtes possibles, on trouve les réservoirs :
2 sur 12
Ex : Le virus HENDRA est maintenu par
des populations de chauve-souris et est
amplifié par les populations de porcs qui
contaminent l’Homme. Le réservoir est
donc constitué par l’ensemble « chauve-
souris + porcs + environnement » qui
permet les contacts/interactions entre
ces deux espèces. Une seule de ces deux
populations (chauve-souris ou porcs) ne
suffit pas.
les maladies non transmissibles (cancer, boiterie, intoxications…) pour lesquelles la proximité
d’un individu malade n’est pas un facteur de risque. Il n’y aura pas de transmission au sein
d’une population.
3 sur 12
1) Maladies transmissibles contagieuses
Une maladie transmissible est contagieuse si elle se transmet à l'intérieur d'une même espèce sans
hôte autre que des vertébrés, par contact direct ou indirect avec un organisme source de l’agent
pathogène :
Contact / voie direct(e) : d'un individu à l'autre, sans intermédiaire, sans intervention du milieu
extérieur, séparés uniquement par l’espace ou le temps. Cela concerne le sang via les morsures
(FIV, surtout les animaux agressifs), les muqueuses avec le léchage ou le contact nez à nez
(FeLV, Herpèsviroses, concerne surtout les animaux sociables)...
Contact indirect : par l’environnement, le matériel, tout ce qui est vivant ou non et qui sert de
support inactif non biologique (Ex : les roues du tracteur qui véhiculent les agents pathogènes
d’exploitations en exploitations, seringue, aérosol, litière, aliment...).
Remarque : Dans le cas d'une transmission par aérosol, la notion est floue. Certains considèrent que le
nez-à-nez est considéré comme directe si les individus sont espacés de moins de 5 cm.
La transmission d'une maladie contagieuse (surtout directe) peut emprunter deux voies :
La voie verticale (au sens large) correspond à une contagion d'une génération à l’autre. La
contagion peut être :
Remarque : Les deux premiers types de contagion sont de la transmission verticale « vraie » tandis
que la contagion néonatale est une transmission « pseudo-verticale ».
La voie horizontale concerne des individus contemporains, présents au même moment (par
contact direct ou indirect) et dépend alors de la densité de la population. Ex : le nez-à-nez.
Une maladie non contagieuse est obligatoirement transmise par un vecteur. C'est ce qui la différencie
de certaines maladies contagieuses à transmission indirecte où un vecteur peut intervenir mais n'est
pas indispensable.
4 sur 12
Dans le cas d'une maladie transmissible non contagieuse, il s'agit soit :
C. Formes de transmission
Les individus passent par différents stades : avant d’être infectés, les individus sont sains/réceptifs,
puis ils peuvent tomber malades et devenir infectieux. Ils seront ensuite immunisés puis de nouveau
réceptifs. La forme de transmission correspond à la dynamique de ces différents stades dans la
population. La composition de la population est donc tout le temps différente et l’épidémiologie a pour
objectif d’étudier le déroulement de ces différents stades.
5 sur 12
Chaque dynamique est traduite par une courbe :
Les courbes épidémiques représentent le nombre de nouveaux cas au cours du temps ; une courbe
proche de 0 cas ne veut pas dire qu'il n'y a pas de malades, mais qu'il n'y a pas de nouveaux malades.
Elles traduisent donc la vitesse de transmission de la maladie et dépendent du temps de guérison.
Une épidémie (ou épizootie chez les animaux) correspond à des variations spatio-temporelles du
nombre de nouveaux cas (il y a une longue phase de contamination avec une forte augmentation de
nouveaux cas et une phase de guérison).
On la distingue de l'endémie (ou enzootie chez les animaux) où le nombre de nouveaux cas reste
constant au cours du temps et donc prédictible (ex : variations saisonnières). Les cas sporadiques sont
éparpillés dans le temps et dans l’espace : c’est une présence occasionnelle de l’infection.
NON EVOQUE EN COURS : L'anadémie est une forme épidémique spécifique, où la source est unique
pour tous les individus, avec un ou plusieurs individus touchés, mais sans transmission entre eux. Sa
courbe est plus pointue et la vague plus asymétrique que celle de l’épidémie. Les individus ne s’infectent
pas de manière décalée dans le temps. Ex : une intoxication alimentaire.
A RETENIR :
Il existe des maladies transmissibles ou non, contagieuses ou non, à contagion horizontale,
verticale, directe ou indirecte ;
Retenir les définitions suivantes : hôtes, vecteur (mécanique ou biologique), réservoir ;
La forme épidémiologique (épidémie, endémie, maladie sporadique, anadémie) est fonction
des caractéristiques du triplet HPE : Hôte – Pathogène - Environnement
6 sur 12
II – Facteurs de variation de la transmis-
sion des maladies
A. Les agents pathogènes
1) Définition
Un agent pathogène est un agent mécanique, physique, chimique, biologique, comportemental ou
social dont la présence, l’excès ou l’insuffisance jouent un rôle dans l’apparition d’une maladie.
On peut faire des analyses individuelles et populationnelles à partir d’agents non biologiques et
biologiques.
Facteur Maladie
Génétique Héréditaire (ex : dysplasie)
Métabolique Métabolique (ex : cétose)
Parasitaire (au sens strict)
Parasites au sens large Ex : strongylose, aspergillose, toxoplasmose
Infectieuse (due à un microbe)
Les parasites au sens large regroupent les parasites au sens strict et les microbes (bactérie, virus,
prions). Les deux sont à l’origine de conséquences communes (une maladie) donc ils sont étudiés de
la même façon d’un point de vue épidémiologique, même si les microbes donnent des maladies
infectieuses contrairement aux parasites.
7 sur 12
NB : La barre horizontale représente le seuil d’excrétion des microbes par l’individu (courbe continue)
et le seuil d'apparition des signes cliniques (courbe en pointillés). En dessous de cette barre, il n’y a ni
excrétion du microbe, ni signe clinique visible.
Il y a bien deux dynamiques différentes : celle liée aux signes cliniques et celle de l’agent pathogène.
Elles déterminent les différentes phases de la maladie.
Il existe différentes
phases de la maladie,
qui sont résumées sur
le schéma suivant qui
est à connaitre:
8 sur 12
VOCABULAIRE :
L’individu infecté latent : le microbe est présent donc l’hôte est infecté (au sens microbien du
terme) mais il ne transmet pas encore l’agent pathogène car celui-ci n’a pas encore atteint les
organes permettant l’excrétion. La période de latence est importante à prendre en compte
dans les méthodes de lutte ;
L’individu infectieux ou contagieux : le microbe est arrivé à un niveau suffisant pour être
excrété.
Les stades microbiens, les stades de la transmission et les stades cliniques ne « collent
pas » entre eux, ils ne se superposent pas. Ainsi, un individu infecté au sens microbien
du terme est, du point de vue de la transmission, soit infecté latent soit
infectieux/contagieux. De la même manière, un infectieux/contagieux peut être malade
ou en incubation, selon qu’il exprime des signes cliniques ou non. Cliniquement guéri ne signifie donc
pas forcément microbiologiquement guéri.
Ex : pour la fièvre aphteuse, l’excrétion (l’individu est infectieux ou contagieux) se fait 48h avant
l’apparition des signes cliniques (l’individu est malade). Pour la lutte contre une infection il est
important de connaitre la durée de cette période infectieuse et non malade.
TOUT N’EST PAS SYNCHRONE, IL FAUT DONC BIEN ADAPTER SON LANGUAGE !!!
9 sur 12
3) Réceptivité et sensibilité
Deux notions sont importantes (et A NE PAS CONFONDRE !) pour caractériser l’état d’un hôte :
Remarque : Parfois un individu possède une bonne réceptivité mais une faible sensibilité : il est alors
porteur sain (tolérant) et l’infection est inapparente. Cela reste cependant une catégorie d’individus
importante en épidémiologie puisqu’ils peuvent tout de même transmettre les agents pathogènes.
Ex : dans un groupe d’individus avec une hiérarchie marquée, le plus stressé et donc le plus sensible c’est le 2ème
et non le dominant (l’état de stress est maximal pour l’individu juste en dessous du dominant). Il y a bien un effet
de l’organisation du groupe social et de la place de l’individu dans le groupe social.
Ex : le chat dominant du quartier aura plus de chance d’avoir le FIV que les autres car il est en contact avec de
nombreux chats.
10 sur 12
C. Les facteurs liés à l’environnement
Il y a d'une part des effets directs des conditions physiques sur l'apparition des maladies :
Survie du parasite et des vecteurs grâce à la présence d’eau, une mauvaise hygiène des
bâtiments, une mauvaise ventilation, des températures et un ensoleillement favorables ;
Présence d’autres espèces différentes des espèces cibles de la maladie comme des vecteurs,
des hôtes intermédiaires…
Structuration spatiale (augmentation des contacts favorisés par de fortes densités d’individus,
paysage)
L’environnement affecte la sensibilité des hôtes notamment par la qualité des bâtiments
(critère très important en épidémiologie), la qualité de la nourriture présente, les modalités
de gestion des troupeaux, la présence d’éléments de stress comme des conditions climatiques
extrêmes...
La présence d'autres espèces interférentes comme des prédateurs, des compétiteurs… qui
agissent sur les individus hôtes et qui modulent leur immunité.
Ex : prédateurs qui interfèrent avec la transmission de l’agent pathogène par ingestion de
l’hôte.
Il en résulte des interactions entre les 3 catégories de causes : les hôtes, les agents pathogènes et
l’environnement. Elles vont aboutir ou non à l’infection et donc à la maladie.
Ex : la sensibilité aux bronchopneumonies dépend à la fois :
des souches d'agents pathogènes ;
des animaux : race des bovins plus ou moins rustique ;
de l’environnement comme la qualité et la gestion du bâtiment qui influencent le taux de
contacts entre les animaux et leur sensibilité. Ainsi, si le bâtiment est mauvais mais qu’il n’y a
pas trop de microbes ou alors que les bovins sont résistants, la maladie ne se développera pas.
Au contraire, s’ils sont amaigris et affaiblis, même dans un bon bâtiment, ils vont développer
des bronchopneumonies.
11 sur 12
A RETENIR :
- Les déterminants de la maladie sont l’agent pathogène, l’hôte et l’environnement ;
- Pour les agents pathogènes physiques, chimiques, mais surtout les agents biologiques,
importance de la virulence et de la variété des stratégies parasitaires ;
- Hôtes : réceptivité et sensibilité variables ;
- Environnement : action directe et indirecte ;
- Les interactions entre les trois types de causes forment un réseau de causes, parfois assez
compliqué. On va donc essayer de proposer des arguments pour démêler ce réseau de causes.
Conclusion
D’après Jules Romains « la santé est un état précaire qui ne laisse présager rien de bon ». Autrement
dit, la santé est un état d'équilibre dynamique dans lequel interviennent trois composantes (= trois
possibilités de déséquilibre) :
L’agent pathogène peut faire pencher la balance d’un côté
L’hôte peut faire pencher la balance de l’autre coté
L’environnement est le socle, plus ou moins horizontal, d’où un effet sur l’équilibre.
Il y a donc un grand nombre d’agents pathogènes avec différents modes de transmission et différents
cycles. Ainsi à chaque agent pathogène on peut donc attribuer une sorte de « niche écologique ». A
cela s’ajoutent également des facteurs qui influencent la dynamique de transmission ce qui vient
compliquer encore plus les choses.
12 sur 12
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Introduction :
Le but des tests diagnostiques est de déterminer l’état d’un individu vis-à-vis d’une maladie,
c’est pourquoi ils sont de première importance. On cherche à répondre aux questions suivantes :
L’individu est-il infecté ou non ? Est-il immunisé ou non ? Ces deux états ne sont pas toujours
simultanés, et il faut donc savoir ce que l’on cherche. De même on peut chercher à déterminer le
statut d’un groupe : y a-t-il au moins un infecté ou non ? Quels sont les infectés ? (prophylaxie)
Le but est de choisir le bon test pour répondre à chaque question et en interpréter correctement le
résultat.
Les résultats d’un test ne s’interprètent pas de la même manière selon les circonstances dans
lesquelles il est appliqué. En général, il est quand même informatif mais il y a TOUJOURS un degré de
confiance à accorder au test.
Objectifs du chapitre :
Savoir choisir un test dans le cadre d’une étude particulière sur un individu ou un groupe ;
Savoir interpréter les résultats d’un test, pour un individu et pour un groupe.
Dans ce cours, on commencera par étudier les caractéristiques des tests puis on tentera de les
interpréter.
Sommaire
I - Caractéristiques des tests................................................................................................................... 2
A. Définition du cas ............................................................................................................................. 2
B. Sensibilité et spécificité ................................................................................................................... 3
1) Définition de la sensibilité et de la spécificité .......................................................................... 3
2) Estimation de la sensibilité et spécificité ................................................................................. 4
3) Le compromis entre sensibilité et spécificité ........................................................................... 5
4) Choix du seuil et distribution des résultats .............................................................................. 6
5) Compromis sensibilité-spécificité et courbe ROC..................................................................... 8
6) Comparaison de tests et courbe ROC ...................................................................................... 8
1 sur 18
C. Concordance entre les tests ............................................................................................................ 9
D. Autres caractéristiques ................................................................................................................... 9
1) Concordance du test avec lui-même........................................................................................ 9
2) Considérations pratiques ....................................................................................................... 10
3) Stratégies diagnostiques ....................................................................................................... 10
II- Interprétation des tests.................................................................................................................... 11
A. Sensibilité et spécificité de groupe ............................................................................................... 11
B. Valeurs prédictives PARTIE ESSENTIELLE !!! .................................................................................. 13
C. Prévalence réelle et apparente ..................................................................................................... 17
CONCLUSION ......................................................................................................................................... 18
Lorsque l’on veut diagnostiquer ou compter des cas, il est essentiel de commencer par définir très
précisément ce que l'on veut mesurer, à savoir le cas : « Qu’est-ce qu’un cas ? ». Cela correspond à
définir des critères afin de compter la même chose, de la même manière et ainsi de définir des cas
(possède le critère en question) et non cas (ne possède pas le critère en question). On distingue alors
deux définitions :
la définition pratique du cas est un critère biologique ou d'observation en lien avec la définition
biologique visée.
Ex de définitions pratiques : « test ELISA positif », « à la radiographie, je trouve tel ou tel signe », « à
l’auscultation j’ai une fréquence respiratoire de X cycles par minute ».
La première qualité d'un test diagnostique est de faire correspondre la définition pratique à la
définition biologique, d’un point de vue qualitatif. Un bon test est donc un test où il y a une
correspondance entre la définition biologique et pratique.
Ex : Pour connaître les individus atteints/infectés par le virus FeLV, on utilise un test de détection des
antigènes dans le sérum : si un individu a des antigènes, alors il est forcément infecté, s’il n’en a pas, il
n’est pas infecté. Ici la définition biologique du cas = « individu infecté par le FeLV », correspond
2 sur 18
parfaitement à la définition pratique du cas = « présence des antigènes ». En d’autres termes, pour le
FeLV, la présence des antigènes est un bon indicateur de l’infection.
La détection des anticorps est parfois plus délicate à interpréter car les anticorps ne sont pas toujours
sécrétés au moment du test:
- la définition pratique = « présence d’anticorps » peut ne pas correspondre à la définition
biologique = « individu atteint ». En effet dans le cas de la parvovirose, la présence d’anticorps
met en évidence les individus guéris ! Ainsi, la prévalence des Ac parvovirose donne la
prévalence des individus guéris.
- dans le cas du FIV, il existe toujours une période de quelques semaines pendant laquelle les
individus sont infectés mais n’ont pas encore les anticorps. L’absence d’anticorps n’est alors
pas synonyme d’individu sain.
B. Sensibilité et spécificité
Le tableau suivant est fondamental pour les tests :
Les colonnes sont constituées par les individus « cas » et « non-cas », selon la définition de « cas »
donnée au début de l’étude. En ligne, on a les individus pour lesquels le test donne un résultat positif
et ceux pour lesquels le test donne un résultat négatif. En marge, se trouve le total des cas et des non
cas d’un côté et le total des positifs et des négatifs de l’autre. Ce qui nous intéresse particulièrement
dans ce type de tableau ce sont les 4 cases qui font la correspondance entre « état » et « test » :
- VP = vrais positifs : ce sont les individus « cas » qui sont détectés positifs ;
- VN = vrais négatifs : ce sont les individus « non-cas » qui donnent un test négatif.
Ce sont les cas pour lesquels le test ne se trompe pas. Mais il peut y avoir des erreurs :
- FP = faux positifs : ce sont les individus « non-cas » pour lesquels le test donne un résultat
positif ;
- FN = faux négatifs : ce sont les individus « cas » pour lesquels le test est négatif.
L’objectif pour un test est que « état » et « résultat du test » correspondent le mieux possible, c’est-à-
dire qu’il y ait le minimum de FP et FN. Il s’agira de confronter les deux pour définir la sensibilité et la
spécificité, deux caractéristiques fondamentales des tests.
La sensibilité (Se) est la capacité du test à fournir un résultat positif lorsque la condition (maladie
...) est présente. C’est la capacité du test à ne pas faire d’erreur chez les « cas ». Plus un test est sensible
3 sur 18
mieux il peut détecter les atteints. Cela correspond à la probabilité que le test soit positif parmi les
vrais malades.
Ainsi, on pense souvent que la première caractéristique d’un test est la sensibilité. Mais il faut aussi
que le test ne soit pas trop souvent positif, d’où la caractéristique inverse :
La spécificité (Sp) est la capacité à fournir un résultat négatif lorsque la condition est absente («
non-cas »). C’est la capacité du test à ne pas faire d’erreur chez les individus « non-cas ». Cela
correspond à la probabilité que le test soit négatif parmi les vrais non malades.
Spécificité (Sp) :
o C’est la probabilité que le test donne une valeur négative sachant que l’animal est
atteint : Sp = P(VN/K-)
o Elle est estimée par la proportion de vrais négatifs sur l’ensemble des individus
effectivement sains : Sp = VN/(FP+VN)
Pour déterminer la spécificité, on prend des individus pour lesquels on sait qu’ils sont non atteints et
on mesure chez eux la proportion/ probabilité d’avoir un test négatif.
4 sur 18
Afin d’estimer les caractéristiques d’un test, il est donc nécessaire de pouvoir discriminer les individus
cas et les individus non-cas. Mais comment procéder ?
Pour cela, on utilise des individus de référence dont on est sûrs qu’ils sont vraiment atteints
ou non atteints, et ce grâce à une méthode de référence ou « gold standard ». Dans le cas d’une
maladie infectieuse, on réalise une infection expérimentale des individus (on est sûrs qu’ils sont
atteints). Pour les individus sains, c’est plus difficile car il faut des individus dont on est sûrs qu’ils sont
non-atteints, qu’ils ne l’ont jamais été avant et qu’ils ne sont pas atteints par une maladie proche car
cela peut influencer la spécificité et modifier les résultats du test.
Il n’est pas toujours possible de procéder à une inoculation de la maladie dans les conditions réelles
(surtout en humaine !). On peut être amenés à pratiquer la culture et l'isolement de bactéries. Ex :
pour la tuberculose.
Sensibilité et spécificité sont fournies par le fabriquant du test. Idéalement, il faut un test au maximum
sensible et au maximum spécifique (les deux proportions/probabilités doivent être proches de 1).
Mais le problème c’est, qu’assez souvent, il y a un compromis à faire entre les deux.
On définit pour chaque test un seuil (barre verticale). Un test est positif ou négatif par rapport à ce
seuil. En fonction de ce que l’on souhaite obtenir (sensibilité ou spécificité) on va choisir des seuils
différents.
Ex d’un test ELISA : Le seuil est un certain niveau de coloration du puits (axe de densité optique). Mais
où placer ce seuil ?
Parmi tous les individus atteints, quelques-uns vont répondre avec une densité optique très élevée,
mais il existe une variabilité biologique et ainsi certains vont répondre avec une densité optique
moyenne, voire faible.
Or comme on sait qu’ils sont atteints, en- dessous du seuil il s’agit de faux-négatifs. Ce sont des erreurs.
5 sur 18
Pour augmenter la sensibilité (et avoir le moins de FN possible), on diminue le seuil. On aura une
densité optique très basse comme seuil mais une sensibilité presque parfaite (elle ne l’est jamais
complètement).
Par ailleurs, il y a également une variabilité biologique parmi les individus indemnes :
Ainsi, si on veut maximiser la spécificité, il faut augmenter le seuil pour ne pas avoir trop de faux positifs
(si le seuil est trop bas). Plus le seuil augmente, plus la spécificité augmente.
Plus le seuil diminue, plus la sensibilité augmente mais plus la spécificité diminue.
Au contraire, plus le seuil augmente, plus la sensibilité diminue et plus la spécificité augmente.
Si on veut une meilleure sensibilité on aura une moins bonne spécificité.
Lorsque l’on effectue un test, on ne connaît pas le statut de l’animal. On comprend donc que pour
chaque test, il est nécessaire de faire un compromis entre la sensibilité et la spécificité en fonction de
l’objectif de l’étude. On fixe donc le seuil suivant ce que l’on cherche (sensibilité ou spécificité).
6 sur 18
Le choix du seuil est d’autant plus compliqué que les courbes sont chevauchantes. En effet, si les deux
courbes de réponse des individus atteints et des individus non-atteints sont assez proches, le
compromis est assez difficile. On aura forcément soit beaucoup de faux positifs, soit beaucoup de faux
négatifs, voire beaucoup des deux. Un graphique où les courbes ne se chevauchent pas est artificiel et
le seuil se situe alors entre ces deux courbes.
Ainsi on ne peut pas avoir à la fois un test très sensible et très spécifique. Sensibilité et spécificité sont
des valeurs antagonistes et non indépendantes.
Ex : la détection de la trichine (Nématode) chez les sangliers par un test ELISA est très rare car très
difficile. Les individus sont souvent atteints par des maladies aux effets assez proches, qui ne sont pas
celle qu’on veut détecter. Il est donc difficile d’avoir un bon test.
Exemple du nouveau test VIH à faire à la maison : ce test doit être fiable pour avoir été mis sur le
marché, la distribution de la réponse des atteints et celle des non- atteints doivent être espacées. Grâce
à cette grande marge, il y a moins de risques de faux positifs et de faux négatifs, et cela permet
d’accorder un maximum de confiance au test. Mais attention, il y a toujours un risque puisqu’un
individu atteint va forcément passer, à un moment donné, entre les deux courbes.
7 sur 18
5) Compromis sensibilité-spécificité et courbe ROC
Chaque test possède sa propre courbe ROC et on peut donc comparer différents tests entre eux grâce
à ces courbes. Elles vont permettre d’identifier les tests de plus ou moins bon compromis entre
sensibilité et spécificité, et de choisir le meilleur. Un bon test est un test où, si on augmente la
sensibilité on ne diminue pas trop la spécificité. Il se rapproche le plus possible du point (0;1). Un
mauvais test se rapproche de la droite y=x qui est la ligne où le test n’apprend rien du tout.
Ainsi le meilleur test est celui qui possède l'aire sous la courbe la plus grande. En effet, pour une
spécificité donnée, plus la sensibilité est grande, plus la courbe s'éloigne de la droite y=x et plus l'aire
sous la courbe est grande.
BILAN : La courbe ROC indique la qualité du test et va permettre de faire des comparaisons de tests.
Le meilleur test est celui qui maximise la spécificité et la sensibilité.
8 sur 18
C. Concordance entre les tests
La concordance est la similitude entre deux ou plusieurs jugements de même nature, qui se
rapportent au même objet, réalisés par des observateurs ou des techniques différents.
La concordance est fondamentale pour comparer les résultats de différents tests ou les résultats
d’études faites avec différents tests. Il est important de savoir si on a une bonne concordance entre
les tests lorsqu’on a un test et qu’on le remplace par un autre (meilleur normalement), ou encore
lorsqu’on fait une étude assez large d’un point de vue spatial qui entraîne, selon les endroits,
l’utilisation d’un autre test (tests différents entre régions différentes).
Ex : une radio et une prise de sang doivent être concordantes pour diagnostiquer le même état de santé.
Si on mesure, sur les mêmes individus, la maladie et la non-maladie avec deux tests différents, il paraît
évident que les deux jugements se ressemblent (puisqu’ils ont été réalisés sur les mêmes individus). Il
va falloir que ces similitudes aillent au-delà d’une certaine ressemblance : il faut une concordance.
D. Autres caractéristiques
9 sur 18
2) Considérations pratiques
Un certain nombre de considérations pratiques caractérisent aussi un test :
La faisabilité : un test peut avoir de très bons résultats car une personne a le coup de main
et s’en sort à force de réaliser le geste, mais si c’est la seule personne capable de le réaliser,
ce n’est pas possible. Si on n’a pas de description précise qui permet de réaliser le test toujours
de la même façon et de pouvoir l’apprendre, le test est inutile. Il va falloir un protocole clair,
une méthode d’action facile afin que n’importe qui puisse le faire.
Ex : dans le cas de la tuberculose, mettre en évidence la bactérie est plus ou moins facile car il est
impossible de la prélever sur l'animal vivant (trop invasif). On utilise un test d'intradermo réaction : une
goutte de liquide contenant les Ag est déposée sur la peau, à travers laquelle on va piquer l'épiderme
avec une aiguille. Il faut quand même une certaine formation pour le faire du coup la répétabilité est
moyenne.
Le coût nécessite souvent de faire des compromis, un diagnostic peut être plus ou moins cher
Ex : une PCR est dix fois plus coûteuse qu'un test sérologique (ELISA). On pourra donc faire une PCR pour
chercher la cause d'un avortement...mais pas pour tester un troupeau entier dans le cas de l'extension
d'une infection (afin de savoir où en est la situation épidémiologique du troupeau). Parfois on peut
même être amenés à se poser la question : ne vaut-il pas mieux faire 5 tests sérologiques plutôt qu’une
PCR ? On utilise en réalité la PCR pour prouver la présence de l’agent pathogène mais si on chercher le
stade d’évolution de la maladie, on s’orientera plutôt vers un test ELISA.
3) Stratégies diagnostiques
En réalité, un test n’est jamais utilisé seul, il fait partie d’une stratégie diagnostique. Un test est utilisé
dans un contexte précis, il doit être comparé avec un tableau clinique.
Ex : on va utiliser les tests FIV et FeLV dans un contexte particulier. On ne fait pas le dépistage FeLV-FIV
sur un chat lambda qui ne présente aucun signe clinique, mais on le fait dans le cas d'une fièvre
inexpliquée : un résultat positif sera plus fiable si l'animal présente des signes cliniques, car il
appartiendra alors à une population à forte prévalence (cf. plus loin pour l’explication mathématique).
Dans le cadre d’une stratégie diagnostique il est possible d'utiliser différents tests en cascade : A puis
B, B puis A, A et B, A ou B… On a alors une sensibilité et une spécificité propres à la stratégie.
Ex : dans le cas d'un dépistage, on réalise tout d'abord un test sensible puis on confirme le résultat par
un test spécifique. De cette manière, on a à la fois spécificité en sensibilité. Mais cette démarche peut
présenter des inconvénients : c’est long, coûteux…
A RETENIR :
Test : discrimination entre cas et non cas ;
Définition biologique et pratique du cas ;
Caractéristiques fondamentales : sensibilité, spécificité, courbe ROC ;
Concordance ;
Autres caractéristiques du test : répétabilité, reproductibilité, faisabilité, coût, enjeu
+ caractéristiques liées à l’utilisation dans un groupe (cf. plus loin)
10 sur 18
II- Interprétation des tests
On utilise souvent les tests dans les groupes soit :
Souvent les groupes testés sont des troupeaux : on parle de « sensibilité et spécificité troupeau ». Le
statut du troupeau est déterminé par l'ensemble des résultats trouvés quand on teste tous les
individus d'un troupeau. C’est ce qui est fait lors de la prophylaxie.
Ex : Le cheptel est considéré comme atteint si on trouve au moins un individu infecté (résultat positif),
parmi tous les individus testés notamment dans le cas d’une lutte collective avec une maladie
contagieuse comme la FCO et la tuberculose (un individu atteint = tout le troupeau est exposé).
La sensibilité « groupe » ou « troupeau » (SeT) est la probabilité de trouver au moins 1 positif dans un
cheptel infecté et donc de trouver le troupeau atteint.
SeT = 1 – (1-Se)n
Explications : La probabilité de trouver au moins un des A positif est : 1 - P(détecter zéro individu
atteint). Or, la probabilité de ne pas trouver le premier individu atteint est (1-Se), celle de ne pas
trouver le second individu atteint est (1-Se), de même pour le 3ème…et le nième. Ainsi, (1-Se)n, c’est
la probabilité à la fois de ne pas détecter le 1er atteint, ni le 2ème …ni le nième. C’est bien la probabilité
de ne détecter aucun individu atteint.
La sensibilité troupeau est fonction de la sensibilité du test mais aussi du nombre d’atteints. Plus la
taille du troupeau augmente, plus la sensibilité de troupeau diminue car s’il y a beaucoup de sains, la
probabilité de détecter un individu sain augmente.
Même avec un « mauvais » test (sensibilité individuelle faible), un troupeau atteint est
facilement détecté dès lors qu’il y a plusieurs individus atteints : plus la taille du troupeau
augmente et plus la SeT augmente. La sensibilité troupeau est toujours meilleure que la sensibilité
individuelle.
11 sur 18
Ex : Test ELISA pour la paratuberculose Se=0.53 faible mais
comme la paratuberculose est assez contagieuse (se propage
relativement vite) alors la probabilité de trouver un résultat
positif est bonne. On voit que :
Si la sensibilité du test n’est pas suffisante et que n est très petit, on risque de passer à côté de tous
les atteints du troupeau !
La spécificité « groupe » ou « troupeau » (SpT) est la probabilité de trouver tous les individus négatifs
dans un cheptel indemne. Le troupeau est considéré comme indemne si tous les tests donnent des
résultats négatifs.
SpT = Spn
La spécificité troupeau dépend donc de la spécificité individuelle et de la taille du troupeau, mais pas
du nombre d’infectés.
Même avec un «bon» test, le risque de faux positifs est fort dès que le test est appliqué à de
nombreux individus. Plus la taille du troupeau augmente et plus la SpT diminue. Lorsque la
taille du troupeau augmente le risque de trouver des faux positifs augmente. La spécificité groupe est
moins bonne que la spécificité individuelle.
12 sur 18
Ex : si on suppose que le test a une spécificité individuelle de 98%, c’est un très bon test. Même avec
un tel test, si on teste chacun des individus d’un troupeau de taille moyenne (50 individus), on a 40%
de chance de trouver au moins au faux positif. On considérera alors que le troupeau est atteint parce
qu’il y a un positif (alors qu’il ne l’est pas). Une spécificité individuelle de 0,98 peut poser problème
dans un troupeau de 50 individus.
Actuellement avec la taille des troupeaux qui augmente (Ex : ferme des 1000 vaches), on peut faire
n’importe quel test (même un très très bon), le troupeau sera qualifié de non indemne
systématiquement car on trouvera au moins un individu atteint. La spécificité va poser problème car
on va considérer comme non indemne un tas de troupeau qui sont peut-être sains et pour lesquels il
va y avoir des conséquences de mesure de lutte collective. On reconfirmera en général.
Se et Sp sont les probabilités de réponse du test si l’individu est de statut connu (infecté, sain). Cela
signifie que :
Mais en réalité, on applique le test sur un individu dont le statut est inconnu, et on essaye de savoir
s’il est atteint ou non atteint. On se pose donc les questions suivantes :
Si le test est positif, quelle est la probabilité que l'individu soit infecté ? Valeur prédictive
positive (VPP)
Si le test est négatif, quelle est la probabilité d’être sain ? Valeur prédictive négative (VPN)
Les valeurs prédictives du test sont des valeurs diagnostiques (=confiance du test) qui se calculent à
partir de Se et Sp (mais pas que).
13 sur 18
CALCUL DES VALEURS PREDICTIVES :
Dans les deux colonnes, on a les cas et les non cas, et pour chaque catégorie les tests positifs et les
tests négatifs.
Mais ce qui nous intéresse sur le terrain ce sont plutôt les lignes (voir les formules à côté du tableau
précèdent) :
La 1ère ligne donne tous les tests positifs (les vrais positifs et les faux positifs). Elle permet
d’obtenir la valeur prédictive positive (VPP=proba d’être malade parmi les tests +).
La 2ème ligne donne tous les tests négatifs et permet d’obtenir la valeur prédictive négative
(VPN=proba d’être sain parmi les tests -).
La prévalence (Pr) correspond à la fréquence d’atteints (les cas) dans la population = la proportion
d’individus atteints dans l’échantillon sur lequel on est en train de travailler. Ainsi, la fréquence des
non-cas (non atteints) est : 1- Pr.
14 sur 18
Pour rappel, la probabilité d’être un vrai positif parmi les cas correspond à la sensibilité. Donc, en
termes de fréquence, P(VP) est le produit de la sensibilité par la prévalence : P(VP) = Se*Pr qui
signifie « être un cas ET être positif. » Ainsi, P(FN) = probabilité d’être atteint mais pas détecté :
P(FN) = Pr*(1-Se).
De même pour les sains qui sont détectés négatifs par le test : P(VN) = Sp*(1-Pr). Et pour les sains
détectés positifs : (FP) = (1-Sp)*(1-Pr). (1-Sp) (1-Pr) signifie « être un non-cas et positif ».
Variations de la VPP :
De façon générale, plus la maladie est rare plus la valeur prédictive positive diminue, donc plus le
risque de trouver des faux positifs augmente : cela diminue donc la confiance du test. Cela pose
problème pour la tuberculose, le FeLV (cf. prochain exemple)... Mais si on s’intéresse à la VPN, celle-
ci augmente dans le cas d’une maladie rare et donc le risque de trouver des faux négatifs diminue :
on peut donc avoir confiance.
15 sur 18
Exemple du FeLV : Actuellement les tests de dépistage ELISA utilisables en clinique ont une
bonne sensibilité et une bonne spécificité, de 98%. Que veut dire un résultat positif ?
Quand le test a été mis en place dans les années 1980, on avait environ 10% d’individus
atteints. Quelle était la probabilité qu’un individu soit réellement infecté sachant que la prévalence
valait 10% ?
Si on fait le calcul de la VPP avec 0,98 pour la spécificité et la sensibilité, et qu’on utilise 0,1
pour la prévalence, on trouve une VPP de 84% : VPP = Se * Pr = 0,98*0,1 = 0,84.
Sachant que le test est positif, il y a 84% de chance pour que le chat soit vraiment atteint et
16% de chance quand même qu’il soit faux positif. C’est bien mais pas super
Depuis 30 ans, le contexte a changé car il y eu la vaccination, des mesures de prévention, des mesures
de lutte importantes dans les chatteries... Actuellement la prévalence n’est plus que de 1%.
Actuellement, avec environ 1% d’individus atteints, quelle est la probabilité qu’un individu soit
réellement infecté si son test donne un résultat positif ?
Si on calcule la VPP pour le même test avec les mêmes qualités intrinsèques (98% de
sensibilité et de spécificité), la VPP vaux 33% (environ 1/3) : VPP = Se * Pr = 0,98*0,01 = 0,33.
Ainsi, si on fait un test sur un chat lambda et qu’on a un résultat positif, on conclut (mais on
ne le dit pas comme ça au propriétaire) : « en fait, il y a 1 chance sur 3 pour qu’il soit atteint…
et donc 2 chances sur 3 pour qu’il ne soit pas atteint ».
Pour un dépistage systématique de tous les animaux, le test est inutile de nos jours puisqu'un
résultat positif signifie seulement qu'il y a 33% de chance pour que le chat soit infecté et 67%
de chance pour qu’il ne soit pas atteint (on le vaccinera quand même, peu importe le résultat).
Si on ne fait pas le test, qu’est-ce qu’on peut dire sur un chat normal sans signe clinique en le
regardant ? Est-ce qu’il a une chance d’avoir le FeLV ? Oui : une chance de 1%. Si on fait le test
et que le test est positif, on a une chance de 33%. Ce n’est pas une information très complète
mais c’est déjà totalement différent. Il reste utile de le faire notamment dans une chatterie où
on se pose la question de faire rentrer un chat ou pas, même si la probabilité qu’il soit atteint
n’est qu’à 33% le chat ne rentre pas et on ne le touche plus on l’isole directement jusqu’à avoir
confirmation ou non confirmation plus tard.
A l’heure actuelle, même si le test est positif, on ne fait pas comme si le chat était vraiment malade.
C’est ce qu’on appelle le « changement d’utilisation du test » et qui pousse quelques fois le vétérinaire
à ne pas faire de test et à assumer un risque possible… Aujourd’hui, on teste uniquement les animaux
que l'on soupçonne malades car dans cette sous-population, la prévalence est plus importante et donc
la VPP reste élevée et permet une meilleure fidélité.
16 sur 18
Variations de la VPN :
La VPN augmente quand la maladie est rare. La VPN devient faible seulement quand la maladie est
très très fréquente (Ex : 90% des individus de la population sont atteints). Autant dire qu’en général ça
n’arrive pas, la VPN n’est pas problématique.
De façon générale plus la maladie est rare, plus la VPP diminue et la VPN augmente donc on aura un
risque important de trouver des FP, mais peu voire pas de FN. La VPP pose problème, tandis que la
VPN ne devient faible que lorsque la fréquence est très très élevée.
Ex : Si le résultat est positif avec le FeLV ça va poser problème… Si le résultat est négatif : on a quand
même une information qui est solide, on est sûr qu’il l’est.
Lorsqu’on a un test pas trop bon mais qu’on connait sa spécificité et sa sensibilité, on va pouvoir
estimer la prévalence réelle à partir de la prévalence apparente.
Si le test est très bon, les prévalences (apparente et réelle) seront presque les mêmes. Si le test est
moins bon, les prévalences seront plus ou moins différentes. Mais par cette formule, même avec un
mauvais test, on va pouvoir faire une étude de prévalence : on va trouver une prévalence apparente,
on va pouvoir la corriger et obtenir une vraie estimation de prévalence. Ainsi un mauvais test peut être
utilisé dans la mesure où sa sensibilité peut être modifiée.
17 sur 18
A RETENIR :
- Utilisation des tests dans un groupe ou un troupeau : dans les groupes c’est plus facile d’avoir
une bonne sensibilité mais il peut être très difficile d’avoir une bonne spécificité :
SeT > Se et SpT < Sp.
CONCLUSION
Les tests sont les 1ers outils en épidémiologie et pour établir des diagnostics. Pour choisir une méthode
de mesure, il faut poser une définition biologique et une définition pratique du cas appropriées. Il faut
calibrer le seuil de positivé de façon à privilégier sensibilité ou spécificité. L'interprétation des tests
est fonction de la situation épidémiologique Valeurs prédictives.
18 sur 18
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Objectifs du chapitre : Connaître les différents types d’indicateurs et leur usage respectif.
Sommaire
I- Indicateurs d’état ou d’évolution ....................................................................................................... 2
A. Les différents types d’indicateurs ................................................................................................... 2
B. Echelle de temps et d’espace .......................................................................................................... 3
C. Nombres, proportions, taux, ratios ................................................................................................. 3
1) Nombre ........................................................................................................................................ 3
2) Proportion.................................................................................................................................... 3
3) Taux ............................................................................................................................................. 4
4) Ratio ............................................................................................................................................ 4
5) Odds et Odds-ratio ...................................................................................................................... 4
II- Présence de la maladie : prévalence ................................................................................................. 5
III- Evolution de la maladie : incidence .................................................................................................. 7
A. Incidence ......................................................................................................................................... 7
B. Incidence brute ............................................................................................................................... 7
C. Taux d’incidence .............................................................................................................................. 8
IV- Taux démographique ........................................................................................................................ 8
A. Indicateurs de mortalité.................................................................................................................. 8
B. Indicateurs de survie et natalité...................................................................................................... 9
Conclusion ............................................................................................................................................... 9
1 sur 10
I- Indicateurs d’état ou d’évolution
B L'objectif de l’épidémiologie descriptive par l’intermédiaire d'un indicateur (=estimateur) est
de décrire ou d'analyser la présence d'une maladie ou d'un état de santé. Un bon indicateur
doit pouvoir donner la mesure de la présence d'une maladie. Il faut être capable de choisir l'indicateur
en fonction de l'information désirée et connaître les caractéristiques des tests diagnostiques pour
bien les utiliser et les interpréter.
Des indicateurs d'évolution concernent les flux (entrées : exemple de l’eau qui coule du
robinet pour la baignoire, incidence de la maladie… et sorties : évacuation d’eau de la
baignoire, mort ou guérison...). Une maladie étant un processus dynamique, cet état est la
résultante des flux entrants et sortants de malades. Il faut comparer ce flux au flux
démographique et dynamique de la population en question.
Ainsi, une prévalence stable peut être due à une maladie à forte incidence mais avec un flux sortant
égal au flux de malades entrant, ou alors à une maladie pour laquelle aucun flux n'est constaté. Cette
différence entre les cas est extrêmement importante : dans un cas la maladie se propage, dans l'autre
non. L’état n’indique pas tout sur la dynamique d’infection !
On peut mesurer la fréquence d'un événement de santé (nombre de cas), l'évolution d'un état de
santé (nombre de nouveaux cas), la durée (de vie).... bien faire la différence entre des individus qui
sont des cas à un moment donné et des individus qui sont des nouveaux cas, car dans ce dernier cas,
on détecte alors des émergences.
2 sur 10
B. Echelle de temps et d’espace
Il faut bien définir le «cas» à l'avance (est-ce un individu infecté, un individu malade, un
troupeau présentant au moins un individu atteint ?) afin de pouvoir détecter les nouveaux cas.
Cette définition doit être pratique, c'est-à-dire qu’il faut pouvoir repérer le cas de manière
réaliste sur le terrain.
Il est également nécessaire de définir une période de travail dans le temps (ponctuelle, sur
une semaine… on regarde si cela évolue rapidement ou non au cours du temps) et une échelle
de travail dans l'espace (échelle du troupeau, du trayon, de la région…).
Note : Il faut limiter le temps de recueil des informations pour des informations ponctuelles
afin de limiter les biais car la situation peut avoir changé entre temps.
Exemple : on peut travailler sur le nombre de mammites à un moment donné, le nombre de nouveaux
cas au cours de la semaine, le nombre de vaches nouvellement atteintes au cours de la période, le
nombre d'élevages atteints à un moment donné...
Ex : le nombre de nouveaux cas de H1N1 d'une semaine peut être comparé au nombre de nouveaux cas
de H1N1 de la semaine précédente.
La plupart du temps on utilise donc la proportion.
2) Proportion A
Proportion: Quotient dans lequel le numérateur fait partie du dénominateur. Cet indicateur permet
d'estimer une probabilité.
Ex : Prévalence = proportion de cas dans la population = cas/(cas + non cas). C’est dont un estimateur
de probabilité.
3 sur 10
3) Taux A
Taux: quotient dans lequel le dénominateur peut être :
Soit un nombre d'individus.temps
Ex : si l'on suit 100 chiens pendant 3 mois, on aura 300 chiens.mois (soit environ 300 chiens en 1 mois)
C'est le sens strict du taux, il peut être > 1. Le nombre d'observations est donc un produit entre le
nombre d'individus et le temps d'observation. Ainsi, on a autant d'observations en observant 100
chiens pendant 3 mois que 300 chiens pendant 1 mois.
Soit un nombre d'individus (sens large commun). Dans ce sens là, le «taux de prévalence»
correspond au «taux de prévalence instantanée», c'est donc une proportion. Ce n'est pas un
taux, mais le terme est passé dans le langage courant.
Attention, il ne faut vraiment pas le confondre avec le «taux de prévalence au cours d'une
période» qui est un taux au sens strict (nombre de cas.temps).
4) Ratio A
Ratio: Quotient de deux nombres se rapportant à des individus différents. Le numérateur n'est pas
inclus dans le dénominateur. Il peut ne pas être compris entre 0 et 1. Il correspond au nombre
d’individus dans un cas, divisé par le nombre d’individus dans le cas inverse.
On utilise souvent des ratios car ils possèdent des propriétés plus intéressantes que les proportions.
On définit donc les Odds et Odds-ratio.
5) Odds et Odds-ratio B
Odds : C'est un rapport de la forme p/(1-p) . Il correspond à une probabilité relative.
Ex : Les odds ont une fonction importante dans les courses hippiques et sont appelés cote.
Lorsqu'un cheval est coté à 4 contre 1, cela signifie que pour chaque personne ayant parié sur lui (p), 4
personnes ont parié sur n'importe quel autre cheval (1-p).
Ex : le sexe ratio est un odds car la probabilité d’être une femelle revient à 1-proba d’être un mâle.
Odds-ratio : il s'agit d'un ratio particulier des odds. C'est une estimation du risque relatif lorsque la
fréquence de l'évènement est faible.
4 sur 10
II- Présence de la maladie : prévalence
ATTENTION : La proportion de prévalence est aussi parfois appelée « prevalence » (en anglais), taux
de prévalence (à éviter !), taux de prévalence instantanée ou encore proportion de prévalence.
Le taux de prévalence TP au cours d'une période est un taux de prévalence cumulé dans le temps. En
pratique, il est plus réalisable que le taux de prévalence instantané (il donne une idée de l’impact
global), vers lequel on essaye de tendre.
Ex : sur 75 chevaux sensibles pendant 1 an, il y a eu 6 malades au cours de l'année : TP = 6/75 = 0,08.
B AVANTAGES : La prévalence et le taux de prévalence sont simples à obtenir par des enquêtes
transversales ponctuelles.
INCONVENIENTS : Ces indicateurs dépendent de la vitesse d'apparition des nouveaux cas (incidence)
et de la durée de la maladie. On peut avoir différentes dynamiques possibles pour une même
prévalence.
5 sur 10
C Illustration par un exemple : On examine tous les 2 mois des mammites sur un troupeau fictif
de 5 vaches.
Exercice : Donnez la prévalence des mammites au 1er janvier, la proportion de prévalence au 1er janvier
et au 1er novembre.
En réalisant une observation tous les 2 mois, à chaque fois on se pose la question de savoir si l’animal
a une mammite ou non. En observant ces animaux de janvier à novembre, il y a autant d'estimations
de prévalence que de périodes d’observation du troupeau. Il y a une fluctuation de la prévalence au fil
du temps.
Ne pas oublier que le temps de participation n'est pas égal à la durée de l'étude
pour tout le monde (reforme...).
6 sur 10
III- Evolution de la maladie : incidence
Objectif : Evaluer la vitesse d’apparition de nouveaux de cas au cours du temps.
A. Incidence
L'incidence est l'indicateur des flux des maladies, elle a pour objectif de donner la vitesse
A d'apparition des cas au cours du temps. Une courbe d'incidence représente donc uniquement
les nouveaux cas. Ex : tumeur osseuse du chien
L’incidence donne donc plus d’informations que la prévalence puisqu’elle renseigne sur le nombre de
nouveaux cas au cours du temps.
Note : Dans cet exemple et pour des maladies longues ou qui dure toute la vie, l'incidence représente
la pente de la courbe de prévalence. En général, la prévalence augmente avec l'âge, de même que
l’incidence mais en fin de vie cette incidence finit par diminuer. Il faut donc bien différencier ces deux
informations différentes.
B. Incidence brute
B L'incidence brute I (incidence count) correspond au nombre de nouveaux cas au cours d'une
période. Elle est utile une fois comparée à un autre chiffre sur une même population. Par
exemple, on peut comparer l'incidence brute d'une semaine sur l'autre (H1N1 par ex). Attention
cependant à l’échelle (nombre d’individus nouvellement atteints ou nombre de nouveaux épisodes
d’une certaine maladie).
7 sur 10
C. Taux d’incidence A
Le taux d’incidence TI (incidence rate) est l’indicateur le plus utilisé. Il est défini par :
C’est donc un taux au sens strict (dénominateur = nombre de sujet.temps). Par exemple, parmi 10
sujets sensibles suivis pendant 3 ans (ou 30 sujets suivis pendant 1 an), si 1 cas se déclare TI=1/30
(sujet.an).
Retournons sur l’exemple précédent avec les mammites observées tous les deux mois.
Ainsi on peut calculer TI=4/32=0.125 cas/vache.mois (32 correspond ici à la somme des mois à risque
étudiés pour chaque vache).
A. Indicateurs de mortalité
On définit alors :
B
Taux de létalité : proportion de malades qui décèdent de la maladie (ce n’est pas un taux au
sens strict)
8 sur 10
Taux de mortalité : nombre de décès au cours d’une période sur le nombre de sujets.temps
à risque. Il correspond à l’incidence du phénomène « mort » et c’est un vrai taux :
Part de mortalité due à une cause : nombre de décès attribués à une cause sur une période
divisée par le nombre total de décès sur la même période. On peut l’utiliser pour dire que « tel
pourcentage » de la mortalité est lié à une maladie.
Taux de survie : c’est une proportion de survivants !!! Cela correspond au nombre d’individus
atteints encore en vie à un temps t divisé par le nombre d’individu au début de la période.
Lorsqu’on le mesure, il correspond à une proportion de survivants puis on en fait un taux en le
rapportant à un temps.
Espérance de vie : nombre moyen d’années vécues par les sujets. Elle est corrélée au taux
de mortalité.
Taux de natalité :
Taux de fécondité :
A RETENIR :
Conclusion
Il faut choisir l’indicateur selon l’objectif de l’estimation : état ou flux, échelle de travail (du pays à
l’individu), informations disponibles …
9 sur 10
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Introduction :
L’objectif de l’épidémiologie descriptive est d’obtenir une image instantanée (prévalence) ou sur une
période (incidence) d’un phénomène de santé, donc :
Objectifs du chapitre :
Connaitre les étapes du protocole d’une enquête descriptive ;
Savoir choisir les principaux éléments de la stratégie d’échantillonnage (type
d’échantillonnage, méthode pour éviter les biais, détermination de la taille d’échantillon) ;
Connaitre les facteurs qui conditionnent la réussite d’une enquête descriptive (précautions
dans le recueil des données) ;
Savoir réaliser une estimation et une comparaison de prévalences.
Sommaire
I - Protocole ............................................................................................................................................. 2
A. Objectif ............................................................................................................................................ 2
B. Population cible ............................................................................................................................... 3
C. Echelle de travail ............................................................................................................................. 4
D. Stratégie d’échantillonnage et biais................................................................................................ 4
1) Objectif de l’échantillonnage....................................................................................................... 4
2) Les biais ....................................................................................................................................... 5
3) Origine des biais .......................................................................................................................... 5
4) Stratégies d’échantillonnage ....................................................................................................... 7
E. Taille d’échantillon ...................................................................................................................... 8
1 sur 12
II - Conduite de l’étude ........................................................................................................................... 9
A. Constitution de l’échantillon (Cf TD1) ......................................................................................... 9
B. Questionnaires et mode de recueil des données (Cf TD3).............................................................. 9
III – Analyse ........................................................................................................................................... 10
A. Vérification de la qualité des données .......................................................................................... 10
B. Estimation d’une fréquence .......................................................................................................... 10
C. Comparaison de deux fréquences ................................................................................................. 10
D. Prise en compte des biais a posteriori .......................................................................................... 11
1) Biais de mesure lié à la qualité du test ...................................................................................... 12
2) Biais de sélection ....................................................................................................................... 12
Conclusion ............................................................................................................................................. 12
I - Protocole
Un protocole d’enquête épidémiologique doit contenir les éléments suivants :
A. Objectif
Définir précisément l’objectif permet de s’orienter vers le bon protocole. En particulier, si on veut
estimer une prévalence, une étude ponctuelle dans le temps (=étude transversale) est la plus indiquée.
Si on veut estimer une incidence il est nécessaire de faire une étude au fil du temps = étude
longitudinale.
Lorsqu’on souhaite comparer des prévalences entre groupes d’individus, l’objectif doit aussi préciser
les comparaisons souhaitées (quels facteurs mesurer en plus de la présence du phénomène de santé)
de façon à définir un protocole (taille d’échantillon en particulier) approprié. Le protocole ne peut pas
consister à mesurer « tout ce qu’on peut mesurer sur les individus facilement ».
Quelle est la prévalence des calculs urinaires chez les chiens (en utilisant des dossiers des
chiens hospitalisés au CHEV) ?
Il s’agit d’un cas d’épidémiologie descriptive : si on se base sur ces dossiers de chiens,
on ne s’occupe que des chiens hospitalisés dans un type de structure CHEV, on
s’intéresse donc à une population particulière, non représentative de toute la
population de chiens.
2 sur 12
Quelle est l’incidence des calculs urinaires chez les chiens (en utilisant des dossiers des chiens
hospitalisés au CHEV) ?
On n’a pas de suivi dans le temps pour les chiens qui ne sont plus hospitalisés : on
réalise donc une étude longitudinale en récupérant des coordonnées des propriétaires.
Comment varie la prévalence des calculs urinaires chez le chien ?
La question est trop vague, on ne précise pas ce qu’on cherche. Il y a de nombreuses
variations en fonction de l’âge, la race…
La prévalence des calculs urinaires est-elle plus élevée chez des chiens traités à l’allopurinol
que chez des chiens non traités ?
La question est bien posée car précise et descriptive mais il n’y a pas de causalité ici.
L’allopurinol cause-t-il l’apparition de calculs urinaires ?
Ici, ce n’est pas une question d’étude descriptive mais analytique : il faut donc un
protocole plus précis.
En bref, il faut un objectif descriptif et précis en termes de population et questions que l’on se pose.
B. Population cible
Il s’agit de la population à laquelle on souhaite appliquer les conclusions de l’étude. Là aussi, la définir
permet de s’orienter vers le bon protocole d’échantillonnage. A contrario, des contraintes sur
l’échantillonnage peuvent amener à redéfinir la population cible.
Exemple : si la population cible est constituée de l’ensemble des chiens de la région Rhône-Alpes-
Auvergne, un échantillon prélevé parmi les chiens reçus à la clinique de VetAgro Sup n’est pas pertinent,
les conclusions de l’étude ne s’appliqueront qu’aux chiens médicalisés dans cette école vétérinaire.
3 sur 12
1 vache par élevage dans 100 élevages de la région Rhône-Alpes
La vache est ici représentative de son troupeau : on a donc un effet troupeau
100 vaches du même élevage :
On se situe à l’échelle de la vache, or il y a une variabilité entre les vaches à différents
niveau (alimentation…) : on a ici un effet individu.
C. Echelle de travail
La population cible est structurée : par
exemple, on peut étudier l’intervalle
vêlage-chaleurs des vaches à l’échelle des
régions, des élevages, des troupeaux, des
vaches (structure hiérarchique), ou pour
une même vache étudier les variations de
cet intervalle au fil des lactations
(mesures répétées):
Il est nécessaire prendre en compte cette structuration car les mesures ne sont pas indépendantes :
des mesures répétées ont en commun d’être faites sur le même individu, des mesures faites dans le
même troupeau ne sont pas indépendantes car les individus sont dans le même environnement, avec
la même alimentation et zootechnie, etc.
Exemple : pour étudier l’intervalle vêlage-chaleurs on peut soit échantillonner 1 vache par élevage dans
100 élevages, ou 100 vaches du même élevage, ou 10 vaches chacune mesurée 10 fois au cours de sa
vie. On peut aussi mesurer l’intervalle moyen vêlage-chaleurs dans 100 élevages, d’une même région
ou de plusieurs régions. Chacun des protocoles mesure la variabilité une échelle spécifique.
1) Objectif de l’échantillonnage
4 sur 12
Exemple : pour comparer la prévalence d’une maladie infectieuse chez des chats européens et chez des
siamois, on peut être amené à constituer un échantillon composé pour moitié d’européens et pour
moitié de siamois. Si on avait pris un échantillon représentatif de la population de chats en général, il y
aurait trop peu de siamois pour réaliser une comparaison avec une puissance de test satisfaisante (voir
plus bas).
2) Les biais
Les biais de sélection : ils correspondent à une erreur au moment du choix des sujets :
Attention, on peut avoir une difficulté à obtenir des réponses sans que cela constitue un biais
de non-réponse. La non-réponse devient un biais si elle est liée au paramètre mesuré.
Exemple : pour estimer la prévalence d’une affection oculaire d’origine génétique chez des chiens de
race, on contacte des éleveurs par courrier ou via les réseaux sociaux. Il est possible d’avoir un biais car
les éleveurs qui ont ce problème dans leur élevage sont plus motivés pour répondre que ceux qui n’en
n’ont pas, aboutissant à une surestimation de la prévalence.
De même les erreurs de déclaration ne sont un biais que si elles sont liées au paramètre mesuré.
5 sur 12
Exemple classique : on estime la fréquence d’un problème de développement fœtal chez l’enfant, et on
mesure en même temps les médicaments pris par la mère pendant la grossesse. Les femmes ayant des
enfants porteurs d’un trouble de développement fœtal ont une très bonne mémorisation des
médicaments pris pendant la grossesse, tandis que les femmes ayant eu un enfant sans ces problèmes.
Les biais présents en épidémiologie descriptive seront aussi présents dans les études d’épidémiologie
analytique et évaluative, ainsi que d’autres biais.
Exemple : Le biais est donc une erreur systématique entre l’estimation et la vraie valeur du paramètre.
Il est à éviter au plus possible. Définir quels sont les types de biais nous avons lorsqu’on étudie :
100 élevages de volailles dans lesquels un même observateur mesure la prévalence de poux
rouge et le niveau d’hygiène de l’élevage :
Biais d’observation : les conditions d’hygiène de l’élevage peuvent altérer
l’observation des poux rouges. Afin de s’affranchir de ce biais, il faudrait effectuer les
deux mesures par des observateurs différents ou bien que différents observateurs
fassent ces 2 mesures puis vérifier la cohérence entre les résultats des deux
observateurs.
Enquête auprès d’éleveurs bovin ayant eu ou non la tuberculose dans leur élevage : on
s’intéresse sur les pratiques de biosécurité au cours des 2 dernières années :
Biais de déclaration : les éleveurs qui n’ont pas eu de cas de tuberculose dans leur
troupeau ne se rappellent pas forcément de ce qu’ils ont fait alors que ceux qui ont eu
des cas de tuberculose se rappellent beaucoup mieux des pratiques à risque. Il faut
donc trouver des mesures objectives.
Enquête auprès de propriétaires de chats sur les mesures de vaccination. On réalise l’enquête
par l’intermédiaire d’un questionnaire via les réseaux sociaux et notamment les groupes
« amis des chats ».
Biais de recrutement : les pro-chats vont avoir tendance à beaucoup plus vacciner que
les gens contre les chats.
Biais de non réponse : les gens répondant au questionnaire sur Internet ne sont pas
forcément représentatifs de la population totale. En effet, on ne sait pas s’il y a un lien
entre le fait d’être sur les réseaux sociaux et le fait de faire vacciner son chat. De plus
les gens qui vaccinent les chats se sentent plus concernés par le questionnaire que
ceux qui ne vaccinent pas. Il y a donc une sur-représentation des gens qui vaccinent.
6 sur 12
4) Stratégies d’échantillonnage
Exemple :
La méthode de référence est le tirage aléatoire simple : à partir de la base de sondage, réaliser un
tirage au hasard, par exemple avec un générateur de nombres aléatoires, un dé… Pour ce faire il est
indispensable de disposer d’une base de sondage.
Exemple :
La conséquence d’un échantillon mal tiré est qu’il n’est pas représentatif et possiblement biaisé.
Exemple : pour échantillonner 3 chiots par portée, on sélectionne les 3 premiers qu’on peut attraper :
l’échantillon est biaisé en faveur des animaux les plus sociables.
L’échantillonnage peut aussi être systématique (tous les individus de l’unité). Normalement le tirage
est sans remise. Les autres stratégies possibles (strates, grappes…) seront vues en TD.
7 sur 12
Exemple : Comment échantillonner les cas suivants :
Estimer la prévalence dans un troupeau bovin atteint de la gastro-entérite néonatale :
On tire au hasard des veaux sur une période de temps.
E. Taille d’échantillon
On veut estimer une prévalence, qui revient à estimer
une fréquence :
En plus de l’absence de biais, on cherche à avoir une bonne précision = une faible variance de
l’estimateur du paramètre. La précision :
Est (en général) indépendante du biais ;
Dépend de l’effectif de l’échantillon.
Une fois définis la précision souhaitée (largeur attendue de l’intervalle de confiance) et le risque alpha,
et connaissant un ordre de grandeur de p on peut calculer n :
Avec d = un nombre = précision absolue, ou d = d’*p, avec d’ = précision relative. Cette estimation
devra être corrigée si la population est petite et/ou si la fréquence est faible.
8 sur 12
Taille d’échantillon nécessaire n pour estimer une prévalence p
dans une population, avec un risque bilatéral a = 0,05 et une
précision absolue de 0,05. La courbe en trait plein représente la
formule ci-dessus.
A RETENIR :
Expliciter au maximum les objectifs et la population cible afin d’être le plus précis possible
Eviter les biais par les stratégies d’échantillonnage
Maximiser la précision
Optimiser la méthode de mesure
Connaître très bien le sujet sur lequel on travaille avant d’écrire le protocole
II - Conduite de l’étude
Les modalités pratiques de la réalisation de l’étude conditionnent sa réussite : un protocole peut être
parfait, s’il n’est réalisé qu’à moitié les résultats ne seront pas conformes aux objectifs.
Conséquence : un bon protocole est aussi un protocole véritablement faisable en pratique !
9 sur 12
III – Analyse
A. Vérification de la qualité des données
C’est une étape incontournable :
La taille d’échantillon est-elle conforme à celle prévue ? Si non, pourquoi ? En particulier peut-
on penser à un biais (une catégorie d’individus qui n’aurait pas été échantillonnée autant que
prévu) ?
L’échantillon est-il bien représentatif de la population souhaitée ? Avoir fait un tirage au hasard
ne le garantit pas totalement (le hasard peut aussi parfois faire mal les choses).
Exemple : on sait que la population cible est constituée de 75% de troupeaux bovins laitiers et de 25%
de troupeaux allaitants, l’échantillon tiré au hasard est-il bien conforme à cette distribution ? Cf cours
de Biostatistiques de S6, test de chi-deux d’ajustement.
Y a-t-il eu des écarts au protocole, comment ont-ils été traités ? Peuvent-ils aboutir à des biais
?
Exemple : si l’enquêteur qui est venu mesurer l’état sanitaire de la ferme a eu connaissance de la
présence ou de l’absence de l’agent pathogène recherché, cela peut avoir influencé son jugement.
Lorsqu’une variable n’a pas eu être mesurée pour une raison précise, il peut être pertinent de garder
cette information et de créer par exemple une modalité « non applicable » différente de la modalité «
non mesuré ».
10 sur 12
Il est équivalent d’utiliser :
Une comparaison de deux fréquences, la fréquence de la maladie dans la catégorie 1 estimée
par a/(a+b) et la fréquence de la maladie dans la catégorie 2 estimée par c/(c+d) : non vue en
cours ici ;
Un test de chi-deux d’indépendance, on teste alors l’indépendance entre le caractère
« maladie » et la catégorie. Hypothèse nulle : indépendance entre les deux caractères.
Le test de X2 d’indépendance (cf S6 Biostatistiques) nécessite de calculer pour chaque case du tableau
l’effectif théorique Cij, c’est-à-dire attendu sous l’hypothèse nulle dans la ligne i et la colonne j. Ce
calcul s’effectue à partir des sommes des lignes et des colonnes (sommes marginales) : « somme de la
ligne * somme de la colonne » / somme du tableau » : les effectifs théoriques pour le tableau ci-dessus
sont donc les suivants :
La variable de décision du test de c2 d’indépendance est une somme prenant en compte pour chaque
case de la table l’effectif observé Oij et l’effectif théorique Cij :
Cet indicateur étant aussi utilisé en épidémiologie analytique il sera revu dans les cours 5, 6 et 7.
11 sur 12
1) Biais de mesure lié à la qualité du test
2) Biais de sélection
Exemple : pour estimer la prévalence de la tuberculose dans une région comportant 75% de troupeaux
laitiers et 25% de troupeaux allaitants, on a utilisé un échantillon de 50% de chaque type. On obtient
une estimation biaisée qui peut être corrigée.
Explications de l’exemple : on considère 550 troupeaux à viande dont 17 individus sont infectés par la
tuberculose (soit 3.1%) et 450 troupeaux laitiers dont 41 individus sont infectés (soit 9.1%) dans une
région laitière du Canada possédant 75% de troupeaux laitiers. La prévalence brute est de (17+41)/1000
= 5.8%. Le biais est ici sous estimé car on prend beaucoup de troupeaux allaitants dans une région
majoritairement laitière. Il est alors possible de corriger ce taux par un taux standardisé tel que Ts=
Pv*tv+Pl*tl = 17/550*0.25+41/450*0.75 = 7.6%. Ce taux standardisé est plus élevé que le taux brut car
on fait comme si on avait utilisé un échantillon constitué de 50% de chaque type en corrigeant avec les
coefficients. Ce taux peut permettre de comparer la région étudiée avec une région possédant plus de
troupeaux allaitants.
A RETENIR :
Validation de la qualité des données en prenant en compte les non réponses ou les réponses
à côté de la question ;
Estimation et comparaison de prévalence ;
Réduction à postériori des biais.
Conclusion
L’obtention de résultats pertinents dans une enquête descriptive dépend :
De la qualité des informations recueillies : absence de biais ou biais pris en compte, donc de la
qualité du protocole et de l’analyse des données ;
De la quantité d’information, qui doit avoir été prévue en fonction des données préexistantes.
Au final, il faut écrire un bon protocole (et le suivre !), et pour écrire un bon protocole, il faut connaître
le sujet sur lequel on veut enquêter.
12 sur 12
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Objectifs du chapitre :
Connaître le principe du calcul du taux d’incidence et le distinguer du calcul d’incidence ;
Comprendre la signification d’un sujet-temps ;
Savoir calculer des taux d’incidence pour une étude globale ou une période donnée.
Sommaire
I - Rappels sur les enquêtes et les indicateurs ....................................................................................... 2
A. Etudes en épidémiologie ................................................................................................................. 2
B. Distinction entre prévalence et incidence ...................................................................................... 3
1) Prévalence et incidence instantanée ........................................................................................... 3
2) Prévalence et incidence cumulée................................................................................................. 3
3) Différences entre prévalence instantanée et taux de prévalence ............................................... 4
4) Incidence cumulée et taux d’incidence cumulée pendant une période ....................................... 4
II - Etudes longitudinales et taux d’incidence ........................................................................................ 5
A. Etudes longitudinales : notion de sujet-temps ............................................................................... 5
B. Nombre de sujet-temps .................................................................................................................. 6
C. Taux d’incidence .............................................................................................................................. 7
1 sur 10
III - Taux d’incidence dans des cas particuliers ...................................................................................... 8
A. Pour une période de temps donnée ............................................................................................... 8
B. Taux d’incidence quand le suivi est peu précis ............................................................................... 9
Conclusion ............................................................................................................................................. 10
A. Etudes en épidémiologie
Rappels sur les cours vus précédemment :
En très grande majorité les études en épidémiologie sont des enquêtes d’observation (on ne fait pas
forcément des expériences sur la propagation d’une maladie). Au sein des enquêtes d’observation, on
distingue globalement deux types d’enquêtes :
Enquêtes descriptives : on étudie la population au travers d’un échantillon, qui doit être
représentatif.
On peut réaliser deux types d’étude : soit des études transversales : image instantanée pour
des calculs de prévalence ou de taux de prévalence, soit des études longitudinales : « film »
sur une période pour des calculs d’incidence ou de taux d’incidence.
Enquêtes étiologiques ou explicatives : on étudie soit des groupes d’individus exposés et non-
exposés : il s’agit des études de cohortes ; soit des cas (malades) et des témoins (non malades)
: ce sont les études cas-témoin. Dans les deux cas, on réalise un choix dans les échantillons !!
2 sur 10
B. Distinction entre prévalence et incidence
A la fin de ce cours, il faut que la différence entre ces deux notions soit claire dans nos esprits.
A un instant donné, on a :
Incidence cumulée : quantité d’eau qui s’est rajoutée dans la baignoire nombre de
nouveaux cas déclarés entre t1 et t2. Unité : nombre de nouveaux cas (sur la période étudiée).
3 sur 10
3) Différences entre prévalence instantanée et taux de prévalence
On représente la prévalence
instantanée par l’eau de la baignoire
(=nombre de malades) et le lac représente
toujours tous les individus de la population qui
nous intéresse (tous les exposés à la maladie).
Unités :
- Prévalence instantanée : nombre de cas ;
- Taux de prévalence instantanée : pourcentage
Pendant le temps où les nouveaux cas se sont accumulés, donc pendant la période étudiée, le lac a
changé. Des individus sont entrés et d’autres sont sortis. C’est toujours le cas quand on étudie une
population, il y a toujours des nouveaux individus qui rentrent et des individus qui sortent. Il va falloir
prendre en compte ces entrées et ces sorties : on utilise donc le nombre de sujet-temps qui est la
somme des temps de participation des individus étudiés (voir la suite du cours pour définition).
Unités :
- Incidence cumulée : nombre de nouveaux cas sur la période étudiée ;
- Taux d’incidence cumulée : nombre de nouveaux cas par SUJET-TEMPS (sur la période
étudiée).
4 sur 10
II - Etudes longitudinales et taux d’incidence
A. Etudes longitudinales : notion de sujet-temps
Dans un monde parfait où les individus sont présents tout le long de l’étude, reprenons l’exemple du
calcul du taux de prévalence :
Cependant, dans un monde réel (qui n’est pas parfait), il y a constamment des entrées et des sorties
d’individus.
5 sur 10
Et dans le cas d’un monde pas parfait où les individus sortent de l’étude après la survenu de la
maladie ?
Si l’effectif de l’échantillon est petit par rapport à la population totale (<1/10N, N : effectif de
la population totale) :
La distribution de P (qui est une fréquence) suit toujours une loi binomiale et
l’on peut toujours calculer l’Intervalle de Confiance avec le logiciel R avec
binom.test()).
Une valeur approchée peut être obtenue en utilisant l’approximation par loi
normale.
Si l’effectif de l’échantillon est grand par rapport à la population totale : hors programme.
B. Nombre de sujet-temps
Entre la date d’origine et la date de dernières nouvelles, certains individus vont tomber malades et
d’autres non : il s’agit de la survenue de la maladie. Pour les individus qui sont tombés malades au
cours de l'étude, le temps de participation est le délai entre le moment où les individus sont entrés
dans l’étude et le moment où ils sont tombés malades : c’est le temps entre la date d’origine et la
survenue de la maladie. Pour ceux qui ne sont pas tombés malades, le temps de participation
correspond à leur durée dans l'étude (de la date d'origine à la date de dernières nouvelles). C’est tout
le temps qu’ils ont participé à l’étude : si on les a suivis pendant 2 ans et qu’ils n’ont pas été malades
pendant 2 ans, le temps de participation est alors de 2 ans. C’est une information importante !
6 sur 10
Visualisons dans le temps pour 10 sujets leurs entrées et sorties de l’étude ainsi que l’éventuelle
survenue de la maladie : tous les sujets n’ont pas le même poids, ils n’ont pas été observés pendant la
même durée. La durée d’observation cumulée des sujets non malades est de Nst = 6,71 sujets-année.
On observe une incidence de 4 nouveaux cas d’où un taux d’incidence de TI=4/6.71=0.596 soit 5.96
pour 10 sujets.année.
C. Taux d’incidence
Le taux d’incidence est la vitesse moyenne de production de nouveaux cas durant une période de
temps :
I = Nm/Nst
avec Nm : nombre de malades et Nst : nombre de sujets-temps
Dans l’exemple précédent, I = 4/6,71 = 0,596 = 5,96 cas pour 10 sujets-année ≠ 4/10 !!
Ce chiffre n’est pas très parlant. Il vaut mieux dire : le taux d’incidence est égal à 5,96 cas pour 10
sujets.années.
Parfois, le nombre de sujets.temps est le nombre de sujets multiplié par le temps de l'étude.
Attention, c'est un cas particulier où tous les sujets sont restés jusqu'au bout dans l'étude.
Si l’on souhaite passer d’une unité en sujet-année en sujet-mois, il suffit de diviser par 12 !
Ainsi, un taux d’incidence de 6 cas pour 10 sujets-année est équivalent à 0,5 cas pour 10 sujet-
mois, ou encore 5 cas pour 100 sujets-mois.
Ceci signifie que si l’on observe 100 sujets pendant 1 mois ou 50 sujets pendant 2 mois ou 10
sujets pendant 10 mois, on observera en moyenne 5 cas.
7 sur 10
Intervalle de confiance du taux d’incidence :
Le taux d’incidence suit une loi de Poisson (nombre d’événements sur un temps donné). Son
intervalle de confiance peut être facilement calculé avec pois.exact() dans la librairie epitools. Une
valeur approchée peut être obtenue en utilisant l’approximation par loi normale :
Dans l’exemple précédent, dans lequel on avait 4 nouveaux malades et 6,71 sujets.années, il ne faut
surtout pas utiliser la formule de l’approximation par la loi normale car elle donne un résultat faux. On
obtient IC95%=[0.163 ;1.53] cas par sujet.année. Ce résultat n’est pas du tout précis car les conditions
d’application ne sont pas vérifiées Nnm=4<25.
On obtient l’IC en utilisant R (facilement calculé car le taux d’incidence I suit une la loi de Poisson).
Il faut donc être capable de comprendre les sorties de R pour le partiel !!!
Considérons que l’on ne s’intéresse plus à l’ensemble de l’étude mais seulement à une période donnée
(Δt).
Il s’agit d’établir le taux d’incidence en comptant le nombre de nouveaux malades entre l’instant t et
l’instant t+Δt, et en calculant le nombre de sujets*temps entre ces deux dates :
De même on peut calculer l’IC à 95% (approximé par la loi normale) uniquement pour Nnm [t,t+Δt] ≥
25 :
8 sur 10
Exemple : Si, sur l’exemple
précédent, on s’intéresse au taux
d’incidence pour l’année civile de
2007 (du 1er/01 au 31/12), on
écrème tout ce qui se passe avant
et après. Il s’agira de compter le
nombre de nouveaux malades
entre le 1er janvier (t) et le 31
décembre (t+Δt) et de calculer le
nombre de sujets*temps entre
ces deux dates. Le principe est le
même mais les valeurs sont un
peu différentes.
Le temps de participation est diminué par les cas de cancer. Mais ici, c’est négligeable le nombre
de sujets-temps est de 100000 femmes.année.
9 sur 10
Dans ce cas, on considère que les individus qui tombent malades sont présents chacun la moitié du
temps, d’où un nombre de sujet-temps égal à X-Y/2 sujet-temps : X nombre de sujets-temps, Y
nombre de cas. Le fait de tomber malade est indépendant de la période de l’année. Ainsi, si on ne sait
pas exactement quand ils sont tombés malades, on considère qu’ils étaient sains la moitié de l’année
et absent car malade l’autre moitié d’année. L’étude suit donc une loi uniforme car la probabilité de
tomber malade est la même toute l’année.
On peut appliquer cette règle au cas du cancer pour estimer plus précisément les sujets.temps. Le temps
de participation plus précis peut être approché ainsi : 100000 – 12/2 femmes-années = 99994 femmes-
année. C’est effectivement négligeable dans cet exemple.
A RETENIR :
Conclusion
Il faudra faire attention : dans de nombreux ouvrages de médecine humaine et dans les revues
scientifiques internationales, le taux de prévalence et le taux d’incidence sont respectivement appelés
prévalence et incidence.
10 sur 10
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Introduction :
Dans ce cours, nous nous intéresserons à deux types d’études, les plus utilisées en épidémiologie
analytique :
Etudes prospectives : études de cohortes (exposés/non exposés) : nous arrivons avant la
maladie puis nous regardons si elle apparait dans les cohortes d’individus exposés et non
exposés.
Etudes rétrospectives : études Cas-Témoins : nous arrivons après l’apparition de la maladie et
nous regardons, s’il y a eu avant exposition à un facteur de risque.
Il y a donc plusieurs cas de figure. Par exemple, on peut étudier si le fait d’écorner les vaches est associé
à l’apparition de la leucose. Soit nous comparons les exposés et les non exposés (écornées ou pas),
dans ce cas nous faisons une étude de cohorte, soit nous comparons les malades et les non malades
et dans ce cas nous faisons une étude de cas témoins.
1 sur 12
Il y deux manières de lire le tableau :
Soit on étudie les malades et les non malades : on s’intéresse donc à la partie rouge
(horizontale) et cela revient à une étude de cas témoins.
Soit on étudie les exposés et les non exposés : on s’intéresse donc à la partie verte (verticale)
et cela revient à une étude de cohorte.
Dans ces études, contrairement aux études vues précédemment, on prend toujours en compte au
moins deux populations. Les indicateurs relatifs à ces études seront donc différents : nous calculerons
des rapports de taux d’incidence, des Risques Relatifs et des Odds Ratio.
NOTE :
Un exposé peut être non malade. Ex : on peut fumer et ne pas avoir de cancer du poumon.
Un non-exposé peut être malade. Ex : on peut ne pas fumer et avoir un cancer.
Sommaire
I- Etudes de cohortes : exposés/non exposés........................................................................................ 3
A. Principe de l’étude de cohorte ........................................................................................................ 3
B. Protocole ......................................................................................................................................... 3
1) Caractéristiques principales ........................................................................................................ 3
2) Principaux biais à éviter............................................................................................................... 4
3) Nombre de sujets nécessaires ..................................................................................................... 5
C. Analyse ............................................................................................................................................ 6
1) Risque relatif................................................................................................................................ 6
2) Rapport du taux d’incidence RT................................................................................................... 7
II- Etudes de cas-témoins........................................................................................................................ 9
A. Principe de l’étude de cas-témoin .................................................................................................. 9
B. Protocole ......................................................................................................................................... 9
1) Contraintes et avantages ............................................................................................................ 9
2) Principaux biais.......................................................................................................................... 10
C. Analyse .......................................................................................................................................... 11
Conclusion ............................................................................................................................................. 12
2 sur 12
I- Etudes de cohortes : exposés/non exposés
A. Principe de l’étude de cohorte
Il s’agit de comparer l’incidence d’une maladie chez des individus exposés et non exposés.
E+ = exposé
E- = non exposé
M+ = malade
M- = non malade
B. Protocole
1) Caractéristiques principales
L’objectif principal du protocole est de construire les deux groupes d’individus : un groupe
d’individus exposés et un groupe d’individus non exposés. On les choisit au départ non atteints et on
les suit pendant toute l’étude, en surveillant l’apparition ou non de la maladie. Le choix des sujets est
un point fondamental.
3 sur 12
Contraintes de ce protocole :
La maladie doit être à incubation courte (on peut faire une étude pour une maladie de longue
durée mais cela va prendre beaucoup trop de temps) ;
La maladie doit être relativement fréquente ;
Un individu ne doit pas changer de statut pendant la durée de l’étude.
Dans l’idéal, les individus ne doivent avoir comme unique différence que l’exposition.
Avantages de ce protocole : Choix possible des individus exposés approprié lorsque l’exposition
est rare.
Il faut que les exposés et les non exposés soient comparables sur toutes les autres caractéristiques,
notamment toutes celles qui peuvent être des facteurs de confusion.
Exemple : étude du risque de kyste ovarien chez la vache. Différents facteurs sont pris en compte :
l’âge ;
s’il y a des antécédents de kyste ovarien.
Attention, il y a un risque de confusion entre ces deux facteurs : les vaches âgées ont eu « plus
de temps » pour avoir des kystes que les jeunes vaches, celles qui ont déjà eu des antécédents
de kyste ovarien sont donc généralement plus âgées.
Stratification : on prend des individus exposés et non exposés de même tranche d’âge ;
Appariement individuel : pour chaque exposé, on prend plusieurs non exposés comparables
entres eux. On aura des données appariées avec des méthodes de mesure spécifiques. Par
exemple, on peut prendre 1 exposé pour 4 non exposés du même âge, ainsi on se soustrait du
facteur d’âge.
4 sur 12
Biais de perte de vue : biais majeur des études prospectives
Lorsqu’on réalise une étude longue ou avec un grand nombre d’individus, il est difficile de suivre tous
les individus du début à la fin de l’étude. Il arrive que certains individus de la cohorte disparaissent. La
perte de vue n’est pas un biais en soit, elle le devient si elle est liée à la maladie. Il est donc important
de repérer ces cas, et de comprendre la cause de cette disparition.
Exemple : Dans le cas des kystes ovariens, les vaches atteintes sont réformées et disparaissent donc de
l’étude. Il s’agit d’un biais de perte de vue, car le risque de maladie est alors sous-estimé.
L’exposition : entre le début et la fin de l’étude, l’exposition des individus peut évoluer. Un
individu peut être exposé à l’entrée dans l’étude mais plus ensuite, et réciproquement. Il faut
donc une exposition stable.
La maladie : l’idéal est de travailler en aveugle. Sinon il y a un risque de faire un diagnostique
personne-dépendant : si on sait qu’il y a exposition, on insiste davantage pour détecter la
maladie que si on sait qu’il n’y pas exposition.
Exemple : Lors du Wall Trade Center, les pompiers ont été exposés à des substances peu étudiées. Ils
ont donc été plus suivis, on a davantage recherché des maladies chez eux que chez une personne
lambda.
Le protocole choisi ;
Le risque de devenir malade dans les deux groupes ;
Le risque α choisi (classiquement 5%) ;
La puissance souhaitée du test (fréquemment 80%).
Pour un cas simple, autant d’exposés que de non exposés, la fonction power.prop.test() dans R permet
d’obtenir le nombre minimal nécessaire dans chaque groupe. Pour les cas plus compliqués, il existe
des outils pour les calculer.
5 sur 12
C. Analyse
1) Risque relatif
Dans toutes les études de cohortes (exposés/non exposés), on ne maitrise pas le nombre de malades
mais le nombre d’exposés. Comme dans toutes les études épidémiologiques, on commence par
réaliser un tableau 2x2 :
Le Risque Relatif (RR) signifie que le risque d’être malade chez les exposés est RR fois celui d’être
malade chez les non exposés.
Cet intervalle permet de savoir si l’association entre l’exposition et la maladie est significative. Cela
revient donc à comparer le RR à 1 (Est-il significativement différent de 1 ?). Pour cela concrètement :
6 sur 12
Exemple d’exposition associée à la protection : la supplémentation en vitamines pour avoir moins de
maladies.
Exemple : encéphalite spongiforme bovine. 1000 vaches ont été abattues en urgence, dans le cadre de
mesures sanitaires. Finalement, 1 souffrait d’ESB, et 30 étaient ESB-.
Ici, les exposés E = le groupe à risque (abattage d’urgence, signe clinique) et les non-E = les autres
abattages. D’où RR = (1/1000)/(30/1000)= 33.33, avec IC= [4.55 ; 244,192], significativement >1
(p<0.05). Le risque d’être malade est donc multiplié par 33 pour les populations exposées (groupe à
risque).
Exemple : on a recensé que la plupart des personnes qui se noyaient à la mer portaient des lunettes de
soleil. Cependant, il n’y a aucune causalité entre le fait de porter des lunettes et la noyade. Les lunettes
ne sont pas la cause de la noyade.
On va donc :
7 sur 12
Intervalle de confiance associé au rapport de taux d’incidence (RT) :
ATTENTION ! Ne pas se limiter à la significativité des résultats car parfois le résultat est
statistiquement significatif mais ne l’est pas biologiquement.
Exemple : si dans une étude avec de nombreux individus on arrive à RR = 1,02, ce résultat peut être
significatif avec un p-value de 0,001. Cependant, même si c’est significatif, cela signifie que le facteur
étudié augmente le risque d’être atteint de 2%... Ce n’est pas la même chose que si ce facteur multiplie
le risque par 3 (soit RR=300%). Il faut alors se demander si l’étude était vraiment pertinente. De plus, si
on a un RR de 3 mais que l’étude est basée sur quelques individus uniquement, le RR n’est pas significatif
et n’annonce qu’une tendance.
A RETENIR :
Une étude très fréquente en véto est l’étude de cohorte rétrospective ou historique (ex : Toxi-
infection). Le principe est de recueillir des informations au moment où la crise apparait, on
échantillonne, puis on réalise une étude rétrospective. C'est-à-dire qu’on regarde qui était exposé ou
non exposé dans la population, après l’apparition de la maladie. Si on fixe le nombre de malades et de
non malades, alors dans ce cas on fait une étude de cas-témoin.
8 sur 12
Exemple : Lors d’un banquet, on a 100 malades et 200 non malades.
Si on prend les 300 personnes dans leur globalité et que l’on regarde ce qu’ils ont mangé, on
réalise une étude rétrospective, mais on reste dans l’étude d’une cohorte.
Si on prend un échantillon parmi les malades et non malades et qu’on regarde ce qu’ils ont
mangé, on réalise une étude rétrospective mais comme on sélectionne sur la maladie : on
réalise donc une étude cas témoin.
B. Protocole
1) Contraintes et avantages
Le premier point essentiel à noter est le choix des sujets : les malades et les non malades doivent être
comparables pour d’autres caractéristiques comme les conditions de vie.
9 sur 12
Contraintes de ce protocole :
L’exposition doit être relativement simple à mesurer, car on est dans le cadre d’une étude
rétrospective. Il n’est donc pas possible de mesurer « à combien était son taux de telle ou telle
hormone il y a 5 ans » si ça n’a jamais été analysé. Il est trop tard pour faire des prélèvements
par exemple.
Il faut que l’exposition soit fréquente. Si en 20 ans les individus ont été en contact au maximum
2 fois avec l’exposition, on ne peut rien en conclure.
Avantage : Il est possible de choisir le nombre de cas et de témoins que l’on souhaite dans les deux
groupes. C’est donc pratique pour une maladie rare.
2) Principaux biais
On a ce type de biais si on ne choisit pas de la même façon les malades et les non malades ou dans le
cas d’une survie sélective des individus due à une maladie rapidement mortelle par exemple. De plus,
rappelons que les malades et les non malades doivent être comparables en termes d’âge, de sexe… Ici
aussi, il est possible de faire de l’appariement d’individus (Ex : 1 cas pour x témoins ayant le même
âge, pour se débarrasser de l’effet âge dans l’étude). Cela permet d’augmenter la puissance et de se
focaliser sur d’autres facteurs d’expositions.
Rappel : à chaque individu d’une catégorie (atteint/non atteint), on en choisit un autre semblable mais
dans l’autre catégorie tout en gardant en mémoire que leurs ressemblances les rendent non-
indépendants.
Il faut aussi prendre en compte le fait qu’un certain nombre d’individus n’est plus accessible pour faire
l’étude, car ils sont déjà morts par exemple. Il n’y a pas de biais de perte de vue mais….
La mesure de l’exposition conduit à un biais majeur dans les cas d’études rétrospectives : le biais de
mémorisation. C’est le seul biais spécifique de ces études rétrospectives. Il y a beaucoup de choses
qu’on ne prend pas en note sur le fait, mais qui plus tard se trouvent être intéressantes (hélas on ne
s’en rappelle plus). Si ce dont on ne se souvient plus n’a pas de lien avec la maladie, ce n’est pas grave.
Sinon, on se retrouve avec ce biais de mémorisation.
Exemple : ce biais a été rencontré lors d’études réalisées suite à l’observation de problèmes
malformations congénitales dues à une prise médicamenteuse durant la grossesse. Une femme
stressée a plus de risque de provoquer des problèmes congénitaux qu’une femme moins stressée. Mais
une femme stressée est aussi plus attentive à tous les médicaments qu’elle prend et elle s’en
souviendra, tandis qu’une femme moins stressée aura tendance à en oublier lorsqu’on lui posera la
question.
10 sur 12
C. Analyse
On peut reprendre la même table de contingence que
précédemment en comparant les colonnes. Cette fois
on compare le risque d’avoir été exposé chez les
malades et les non malades, c'est-à-dire qu’on compare
a/(a+c) et b/(b+d).
Remarque : ça ne sert à rien de regarder le risque global d’être malade. On choisit le nombre de malades
et de non malades pour l’étude, ainsi si on prend le même nombre d’individus pour les 2 groupes on
aura un risque relatif de 50%.
a/b = probabilité d’être malade sur celle de ne pas l’être chez les exposés ;
c/d = probabilité d’être malade sur celle de ne pas l’être chez les non exposés.
Il faut se souvenir que l’odds ration est la forme exagérée du risque relatif !
11 sur 12
A RETENIR :
L’étude cas-témoins est très répandue : par rapport aux études prospectives :
Conclusion
Selon le type d’étude et le type de comparaison, il faut utiliser le bon indice quantitatif RR
(cohorte avec temps de participation identique) vs OR (Cas-Témoin) vs RT (cohorte avec temps
de participation différents) ;
Le risque relatif est toujours plus proche de 1 que l’odds ratio ;
Ne pas utiliser forcément l’approximation de la loi normale pour l’estimation des intervalles
de confiances des RR et des OR.
12 sur 12
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Les études en épidémiologie ne s’intéressent pas aux mêmes statuts suivant le type d’étude :
Etudes descriptives statut vis-à-vis de la maladie ;
Etudes explicatives ou analytiques statut vis-à-vis de la maladie + statut vis-à-vis de
l’exposition ;
Etudes explicatives ou analytiques avec prise en compte d’un facteur de confusion statut
vis-à-vis de la maladie + statut vis-à-vis de l’exposition + statut vis-à-vis du facteur de confusion.
Dans ce dernier cas on s’intéresse au statut malade/non malade, à l’exposition ET au statut vis-à-vis
d’un 3ème facteur : le facteur de confusion. C’est complexe mais ça arrive tout le temps en
épidémiologie : il y a toujours d’autres facteurs qui interviennent !
Objectifs du chapitre :
Comprendre le phénomène de biais de confusion ;
Connaitre le principe de l’ajustement et ses limites ;
Savoir quand c’est possible de réaliser un ajustement et savoir le faire dans des cas simples ;
Comprendre et distinguer les notions : confusion, interaction, causalité.
Sommaire
I- Prise en compte d’un facteur de confusion ........................................................................................................ 2
D. Ajustement ..................................................................................................................................................... 5
A. Causalité ......................................................................................................................................................... 7
1 sur 12
I- Prise en compte d’un facteur de confusion
Exemple : Dans des études, on a mis en évidence une relation significative entre la consommation
excessive d’alcool et le risque de cancer de la vessie. Qu’est-ce qui pourrait expliquer la relation entre
exposition et cancer ? Il existe ici un facteur de confusion dans cette relation alcool-vessie. Quel est ce
facteur ? Qu’est-ce qui pourrait être associé à la fois à la consommation d’alcool et au cancer de la
vessie ? Qu’est-ce que font plus les gens qui boivent que ceux qui ne boivent pas ? En fait, ce qui relie
alcool et cancer, c’est la cigarette. Le facteur de confusion est le tabac. Les personnes qui consomment
de l’alcool fument plus que ceux qui ne boivent pas.
On prend des gens qui fument, d’autres qui ne fument pas. Pour les personnes qui ne fument pas, on
regarde ceux qui boivent et ceux qui ne boivent pas, puis ceux qui ont un cancer de la vessie et ceux qui
n’en ont pas. On fait la même analyse chez ceux qui fument.
En d’autres termes, on divise la population en strates en fonction des différents facteurs de confusion.
On analyse ensuite la relation entre l’exposition et la maladie pour chaque strate.
2 sur 12
On a un dégradé de couleurs car, selon les strates, les individus fument « un peu, beaucoup,
passionnément, à la folie… ». Pour chacune des différentes strates « i », on associe un XRi on a donc
un XR différent dans chaque strate. Si on met tout le monde ensemble, on peut calculer une valeur
XRbrut.
Remarque : XR = OR (odds ratio) ou RR (risque relatif) selon si on est dans une étude de cohortes ou
une étude cas-témoins.
Exemple :
Catégorie « Age 1 » : ce sont les jeunes ; catégorie « Age 2 » : ce sont les individus âgés. On voit que :
Les individus âgés sont plus exposés ;
Les jeunes sont moins exposés en proportion.
Ainsi :
L’âge est lié à l’exposition : les jeunes sont moins exposés que les vieux.
L’âge est aussi lié avec la maladie car les individus âgés sont en proportion plus malades que
les jeunes.
Les deux ORi valent respectivement 2,37 et 2,34 tandis que l’ORbrut est de 3,69 (beaucoup plus élevé) : il
y a un biais de confusion. Ici, l’âge est un facteur de confusion. On constate qu’il exagère le lien entre
l’exposition et la maladie car les jeunes sont moins exposés et moins malades que les vieux.
3 sur 12
Dans l’exemple suivant, selon les strates, l’effet du facteur de confusion n’est pas du tout le même :
le 2ème est associé à la maladie (XRi>1), le 3ème et le 4ème sont protecteurs (XRi <1) il y a interaction !
Ainsi, on ne va pas calculer de valeur moyenne (= valeur ajustée), ce serait idiot. En revanche, on pourra
dire : l’effet du facteur est statistiquement associé à la maladie dans telle strate, il est associé à la
protection dans telle autre strate...
On peut vérifier s’il y a une interaction entre l’exposition et le facteur de confusion en réalisant le test
de l’interaction I aussi nommé le test d’hétérogénéité (formule ci-dessous) puis, évaluer la valeur de p
grâce à la table de khi2 à k-1 ddl. Cependant, on n’utilisera pas ce test. On peut évaluer graphiquement
en observant les XRi et leur intervalle de confiance.
4 sur 12
En observant graphiquement les XRi et leur Intervalle de confiance :
Si les IC se chevauchent bien, on considère qu’il n’y a pas d’interaction, alors on peut continuer
en calculant la valeur ajustée XRajusté.
Si les IC sont distincts : on ne peut pas aller plus loin, il n’y a pas d’homogénéité, il y a
interaction et les résultats seront donnés par strate.
D. Ajustement
La valeur ajustée est une valeur moyenne pondérée par l’inverse de la variance des ln(XRi) pour
chaque strate.
Si sur une strate il y a peu de variations et sur une autre beaucoup de variations, à laquelle faut-il
donner le plus de poids pour calculer la moyenne ?
Celle qui a la plus petite variance a plus de poids, c’est celle qui sera la plus précise.
La formule de calcul de la valeur ajustée n’est pas donnée et n’est pas à connaître. On étudie
simplement l’homogénéité des XRi graphiquement.
5 sur 12
Après ajustement, l’association entre exposition et maladie est-elle significative ?
Soit on vérifie si l’intervalle de confiance à 95% du XRajusté ne contient pas la valeur 1. On estime
l’IC en utilisant l’approximation par la loi normale :
A RETENIR :
Lorsque la valeur observée d’un RR ou d’un OR sur l’ensemble de la population est différente
des valeurs observées pour les différentes strates, il y a un biais de confusion.
Les valeurs observées pour les différentes strates doivent être homogènes (pas d’interaction)
pour pouvoir calculer la valeur ajustée = la valeur moyenne. Dans le cas contraire, on calcule
le résultat par strate uniquement.
Interaction : l’effet combiné de deux facteurs est différent de la somme de leurs effets ;
Confusion : mélange des effets de plusieurs causes : biologique ou seulement statistique ;
XRajustée sur le facteur de confusion ≠ du XR du facteur de confusion
Exemple de facteur de confusion : âge, sexe, type d’élevage, environnement… Lorsqu’il y a plusieurs
facteurs de confusion qui entrent en compte, on utilise des régressions logistiques.
6 sur 12
II- Différence entre association et
causalité
A. Causalité
Pour les maladies infectieuses, les études sont très simples car elles sont liées à un pathogène
qui est la cause nécessaire et suffisante de la maladie : ce sont des maladies monofactorielles (Ex : la
rage). Les postulats de Koch sont surtout bien adaptés pour les maladies monofactorielles. C’est assez
facile de faire de la causalité lors de leur étude. Il n’y a pas besoin d’épidémiologie quand on a une
maladie qui répond aux postulats de Koch.
Malheureusement, la plupart des maladies sont multifactorielles et doivent être étudiées par des
enquêtes épidémiologiques complexes qui tendent à prouver la causalité entre une maladie et une
exposition.
Une cause correspond à tout facteur qui produit un changement dans la fréquence ou dans la
sévérité de la maladie. Une cause peut être physique, chimique, biologique, comportementale ou
sociale. On distingue :
Une cause prédisposante : elle augmente le niveau de sensibilité de l’hôte (âge, race, statut
immunitaire…).
Une cause aggravante : elle n’agit pas sur la fréquence mais sur la sévérité de la maladie. Elle
aggrave les signes (exposition répétée…).
Il existe un gradient au niveau des maladies. On distingue les maladies monofactorielles (les plus rares,
elles sont dues à un seul facteur) et les maladies multifactorielles (dues à plusieurs facteurs : sensibilité
de l’individu, hygiène, microbisme, race, âge…).
7 sur 12
Le cas le plus simple est la maladie monofactorielle. C’est typiquement la rage, pour laquelle le virus
rabique est l'unique facteur à l'origine de la maladie :
il n’y a pas de rage sans virus rabique ;
dès qu’il y a le virus rabique il y a la rage. Le contraire (= avoir le virus de la rage sans développer
la rage) est ultra exceptionnel.
Si on est exposé au virus de la rage, on a la rage. La seule chose à faire pour ne pas attraper la rage,
c’est que la rage ne soit pas à côté de nous ou qu’on soit vaccinés.
La grande majorité des maladies sont beaucoup plus complexes. Les pneumonies, les boiteries… sont
l’archétype des maladies pour lesquelles il y a plein de causes possibles.
Quand on veut rechercher une cause il faut prendre en compte le fait qu’il y en a peut-être beaucoup…
A RETENIR :
Les facteurs d’apparition des maladies (plus ou moins nombreux) agissent ensemble (maladie
monofactorielle vs. multifactorielle).
On peut aller d’un modèle causal avec une cause nécessaire et suffisante à un complexe causal
avec une association de composantes, une interaction entre ces causes qui vont constituer un
réseau de causes (qui peut être assez compliqué).
8 sur 12
B. Association et non causalité
L’objectif est de connaître la vraie relation de cause à effet pour faire ce qu’on appelle une démarche
analytique, pour comprendre quelle est la cause. Certains facteurs associés peuvent être des
indicateurs de risque (utiles pour donner une information) mais ne sont pas des facteurs de risque (qui
montrent une vraie causalité).
B n’est pas une cause, mais si le lien A/B est assez fort, il peut être un indicateur de risque = facteur
dont la présence est associée à un risque plus élevé sans forcément qu’il y ait de relation causale.
Exemple : On sait qu'un chat qui vit dehors a plus de risques d'attraper le FeLV qu'un chat vivant à
l'intérieur. Or, un chat castré aura souvent moins tendance à vivre à l'extérieur. Ce n'est donc pas la
castration qui empêche d'être contaminé par le FeLV mais elle est un indicateur du risque (qui est de
vivre à l'extérieur).
Ils peuvent également être utiles si le vrai facteur causal (A) est non mesuré ou difficile à mesurer.
Ainsi, cela peut servir à trier les individus et avoir des mesures de gestion différentes dans un groupe
ou un autre. Même si ce qu’on mesure n’est pas le vrai facteur causal, il peut y avoir un intérêt pratique.
C’est une démarche pragmatique.
C. Preuve de la causalité
Pour pouvoir affirmer qu’on a à faire à un facteur de risque, il faut pouvoir prouver la causalité.
9 sur 12
On peut s’appuyer sur les critères de Hill pour bien signer la causalité :
Force de l’association (Risque Relatif ou Odds Ratio très élevé alors en faveur d’un lien
causal) ;
Cohérence (répétition des observations dans différentes populations, différentes études,
avec différentes personnes … et retrouver le même résultat) ;
Spécificité (une cause produit un effet) ;
Relation dose-effet : Exemple : si on augmente la consommation en cigarettes, on augmente
les risques d’avoir un cancer.
Relation temporelle : la maladie doit arriver après l’exposition ;
Les causes doivent précéder les conséquences (voire arrêt : suppression des
symptômes) ;
Plausibilité (biologique) ;
Preuve expérimentale (chez l’animal ou chez l’homme) ;
Analogie (par ex entre les molécules d’une même famille).
Le grade des recommandations de l’HAS (Haut Autorité de Santé) permet de voir le niveau de preuve
scientifique associé à chaque type d’étude :
Conséquences méthodologiques :
Exemple : On sait qu’il y a un facteur de risque, donc on peut gommer les effets de l’âge (par
l’échantillonnage et la stratification de la population) puis on regarde les autres facteurs possibles.
10 sur 12
A RETENIR :
Les deux effets confusion et interaction doivent être envisagés dès le protocole et corrigés soit
dans l’échantillonnage soit au cours de l’analyse.
Facteur de risque (cause) ≠ indicateur de risque
CONCLUSION
A réfléchir …
Il n’est jamais possible de prouver une hypothèse, mais il est possible de la réfuter …
→ On n’étudie jamais que l’hypothèse « absence de lien » ;
→ En la réfutant, on ne prouve pas la causalité mais on réfute l’absence de lien donc on apporte des
éléments de preuve.
11 sur 12
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Ce cours était (soit disant) à lire en NP afin de faire des exercices d’application et de traiter des
exemples comme lors du CM4. Le cours est donc entièrement rédigé par la prof et nous avons
rajouté les quelques exemples traités en cours.
Introduction : B
L’objectif de l’épidémiologie évaluative est de mesurer l’efficacité des actions de santé sur le
risque de survenue d’une maladie, ou sur les conséquences de la maladie.
Rappel :
Epidémiologie descriptive : mesurer la fréquence et la répartition des maladies.
Epidémiologie analytique : étudier les causes de la maladie.
Objectifs du chapitre :
Différencier les effets individuel et populationnel d’une mesure de santé ;
Décrire les principaux plans d’expérience de l’épidémiologie évaluative observationnelle et
expérimentale ;
Connaître leurs points clés et leurs limites ;
Expliquer le principe des études d’épidémiologie moléculaire.
1 sur 12
Sommaire
2 sur 12
I- Epidémiologie évaluative
A. Les effets d’une mesure de santé A
Une mesure de santé agit à plusieurs niveaux : à l’échelle de l’individu, l’objectif est de le
protéger ; à l’échelle d’une population, l’objectif peut être de réduire l’incidence, la prévalence (en
diminuant la durée) ou les conséquences résultant de la maladie (transmission à d’autres espèces
par exemple). La différence entre ces deux échelles de travail tient au fait que les effets
populationnels d’une mesure de gestion ne se résument pas à la somme des effets individuels.
De plus, la gestion des maladies se joue à différentes échelles et les enjeux sont différents, ce qui
peut générer des conflits.
Exemple : lors d’une épidémie de maladie contagieuse, un éleveur a intérêt à protéger son troupeau
sain, tandis que pour le gestionnaire à l’échelle du pays, l’abattage de certains troupeaux sains peut
constituer une protection vis-à-vis d’autres troupeaux.
Utilité (= effet au niveau individuel) et efficacité (= effet au niveau d’un groupe) : ces deux
effets biologiques seront ceux étudiés ici ;
Efficience = rendement des moyens mis en œuvre pour atteindre un résultat, incluant
efficacité et évaluation du rapport cout-bénéfice.
3 sur 12
A Le principe des études évaluatives est de comparer des lots d’individus traités ou non traités
par la mesure, chez lesquels on suit au fil du temps la survenue ou non de la maladie :
Si le facteur étudié est appliqué expérimentalement, c’est une étude expérimentale, si le facteur est
observé, c’est une étude observationnelle.
C. Etudes expérimentales B
1) Essai expérimental de prévention
C’est une étude prospective randomisée : les individus non malades sont attribués au hasard au lot
traité ou non traité au début de l’étude, puis ils sont suivis au fil du temps :
Le principal avantage est la forte comparabilité entre les traités et les non traités. Le principal
inconvénient est le biais de contamination, spécifique à ce type d’étude : les non traités peuvent se
soumettre spontanément à la mesure (sortie du protocole prévu), et/ou la mesure appliquée aux
traités peut avoir un effet sur l’exposition des témoins (par exemple via l’immunité de groupe).
L’effet de la mesure sera alors sous-estimé. Le biais de contamination fait partie des biais d’attrition
= biais survenant après la randomisation et consistant dans la perte de comparabilité des lots au fil
du temps. S’agissant d’une étude prospective, il existe aussi un biais de perdu de vue. Par exemple,
on peut devoir arrêter un traitement qui ne marche pas (ou qui marche très bien), et ainsi il n’y aura
plus d’individus traités : ce sont les perdus de vue.
4 sur 12
On obtient 3 courbes de survie. Cependant on remarque que :
Par rapport à l’essai expérimental de prévention, le biais de contamination est minimisé (les lots
étant en général séparés), mais il existe un effet groupe : les individus à l’intérieur d’un groupe se
ressemblent plus que s’ils étaient indépendants, ce qui peut donner une confusion entre effet lot et
effet groupe.
Exemple : pour l’étude du cancer, on prend une étude pilote à l’échelle d’un département, le biais de
contamination est alors minimisé, mais il y a quand même des biais de perte de vue. Toutefois ces
études sont lourdes à réaliser et difficiles surtout si on a peu de groupes. On fait plutôt des études
observationnelles.
D. Etudes observationnelles B
1) Etude prospective : l’étude « ici-ailleurs »
Etude prospective non randomisée, dans laquelle on compare des populations qui appliquent ou
non la mesure, sans attribution au hasard.
5 sur 12
Différence avec l’essai quasi-expérimental de prévention : absence de randomisation, la
comparabilité des populations dépend entièrement de la façon dont elles ont été choisies. Proche
d’une étude de cohorte exposée / non-exposée.
Exemple : lors de programme de dépistages facultatifs de différents cancers chez l’homme, on a peu
de volontaires → des conditions qui semblent optimales pour que la mesure mise en œuvre puisse
marcher. On met alors en place le programme de dépistage et on attend quelques années avant de
généraliser.
Cette démarche est proche d’une étude cas-témoins, avec des biais similaires, notamment de
mémorisation.
6 sur 12
A Résumé des biais et limites possibles en épidémiologie évaluative A
Résumé des biais possibles dans l’essai expérimental de prévention (A), l’essai quasi-expérimental de
prévention (B), l’étude ici-ailleurs (C), l’étude rétrospective d’intervention (D) et l’étude avant-après (E).
4) Biais de sélection
Recrutement : comparabilité des groupes pas évidente en l’absence de randomisation (C, D, E).
Perte de vue : dans les études prospectives (A, B, C).
5) Biais de mesure
Biais de déclaration / mémorisation dans les études rétrospectives (D).
Biais de classification lorsqu’on mesure l’exposition à la mesure de santé (C, D, E).
6) Biais de confusion
Possible dans toute étude d’observation (C, D, E), mais aussi effet groupe (B).
7) Biais de contamination
Surtout dans l’essai expérimental de prévention (A).
Les biais de classifications correspondent au fait qu’il est difficile de savoir si la personne a bien
adopté les mesures, lesquelles,... il est difficile de classifier rétrospectivement.
E. Un exemple C
Pour illustrer les difficultés des études évaluatives,
un exemple développé, le traitement de la toxoplasmose
chez l’homme.
7 sur 12
Depuis les années 1960, les femmes enceintes chez qui une séroconversion est détectée sont traitées
pendant la fin de la grossesse (spiramycine, pour éviter la transmission mère-enfant) et limiter les
conséquences cliniques de l’atteinte fœtale (pyriméthamine et sulfamide).
L’évaluation de l’efficacité du traitement maternel est basée sur la comparaison entre personnes
traitées et non traitées, avec observation de la survenue d’une transmission et de ses séquelles.
Cependant, le risque de transmission materno-fœtale de la toxoplasmose varie suivant l’âge
gestationnel : aux âges précoces, le risque est faible (< 5%) mais ses conséquences sont graves
(atteintes cérébrales), et réciproquement en fin de grossesse le risque est élevé (80%) mais il a peu
de conséquences cliniques (formes bénignes ou inapparentes).
De nombreuses études observationnelles prospectives ont été réalisées, mais les femmes traitées
sont alors celles qui ont un diagnostic précoce (lorsque le diagnostic est tardif il y a moins le temps de
mettre en place le traitement, et moins de motivation du fait des conséquences moins graves). Les
femmes traitées ont donc moins de risque que les autres, ce qui aboutit à une surestimation de
l’effet du traitement (biais de confusion avec l’âge gestationnel).
Les études prospectives randomisées sont actuellement impossibles pour des raisons éthiques. De
plus il existerait alors un biais d’attrition: même avec allocation au hasard, les traités et non traités
diffèrent après randomisation: les cas à pronostic mauvais (séroconversion précoce, mise en
évidence d’une transmission materno-fœtale) ont une meilleure observance et sont mieux suivis. Si
on compare les lots, il s’agit alors d’une analyse « en intention de traiter » et non d’une estimation
d’efficacité de la mesure. Au final, on ne dispose pas à ce jour de preuve définitive de l’efficacité du
traitement maternel de la toxoplasmose.
L’effet d’une mesure de santé se joue à plusieurs niveaux : utilité individuelle, efficacité
collective et efficience économique.
A. Principe B
Etude de la contribution de facteurs génétiques et de facteurs environnementaux identifiés au
niveau moléculaire dans l’étiologie et la distribution des maladies.
8 sur 12
B. Facteurs génétiques de réceptivité ou de sensibilité B
Il s’agit de l’identification de facteurs au niveau génétique chez les hôtes. La recherche de ces
facteurs relève de l’épidémiologie analytique, le terme d’épidémiologie moléculaire est de moins en
moins utilisé pour cette démarche.
Exemple: identification d’un gène codant pour une protéine membranaire des macrophages, dont
certaines formes sont associées à une réceptivité plus ou moins forte à la brucellose chez la chèvre.
A On analyse ici les relations entre séquences génétiques des agents pathogènes. Si elles sont
analysées seules, l’arbre phylogénétique permet de rechercher des groupes et des parentés
entre ces groupes. Si elles sont analysées en parallèle d’autres informations, on réalise souvent la
comparaison entre proximité phylogénétique proximité géographique et/ou proximité d’espèce.
L’analyse de parenté génétique peut aussi permettre d’estimer le risque de transmission entre
espèces à un moment donné, ou la fréquence des transmissions entre espèces.
La principale difficulté de ces études réside dans l’échantillonnage de souches, qui peut conduire à
des interprétations biaisées.
9 sur 12
D. Analyse de chaines de transmission dans une population C
Il s’agit d’une extension des méthodes précédentes, à une échelle plus fine. Lorsqu’on
dispose d’informations relativement complètes sur les cas survenus dans une population, il est
possible d’identifier les chaînes de transmission (source de chaque cas) en combinant des
informations sur les relations génétiques entre isolats et sur la survenue des cas dans l’espace et
dans le temps et sur les contacts possibles entre les individus atteints. Il s’agit d’approches
complexes en termes d’analyse des données, dans lesquelles on fait des hypothèses sur les possibles
scénarios de transmission. On mesure ensuite la vraisemblance (cohérence avec les données) de
chaque scénario ce qui permet de choisir un ou des scénarios plus vraisemblables, donc d’identifier la
relation source/cible la plus cohérente du point de vue phylogénétique pour chaque cas.
10 sur 12
L’identification des chaines de transmission, de plus en plus courante, permet d’identifier les voies de
transmission et donc de mettre en place des mesures de gestion plus efficaces.
11 sur 12
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Objectifs du chapitre :
Introduction :
Un modèle est une représentation simplifiée de la réalité étudiée. Qui dit « simplifié » dit
forcément « faux », mais il doit être aussi fidèle que possible à l’élément qu’on souhaite modéliser.
Il doit répondre à un objectif précis, préalablement défini. Un modèle est toujours faux ! Cependant,
il reste très intéressant car il aide à comprendre la réalité.
Exemple : une carte est toujours fausse mais elle est très pratique, c’est pareil pour un modèle. De
plus elle est réalisée dans un objectif précis. De la même manière un modèle répond à un objectif
précis.
Ils permettent de mieux prévoir et, si besoin est, de mieux prévenir les risques en étudiant
plusieurs moyens de lutte. Exemple : Améliorer le contrôle.
1 sur 16
L'utilisation de modèles dynamiques en épidémiologie n'est pas récente, elle date de plus d’un siècle !
A partir de 1908, Ross (médecin anglais, Prix Nobel de médecine) a mis au point un
modèle sur la propagation du paludisme, qui est une maladie vectorielle. Il est le
découvreur du rôle de l’anophèle dans la transmission du paludisme. De plus, il était
mathématicien et, avec quelques décennies d’avance, il a commencé à représenter
ce qui se passait biologiquement sous forme d’équations mathématiques en
épidémiologie mathématique. Il a introduit la notion de seuil (la maladie ne se
propage que lorsque la transmission atteint un certain seuil dans la population).
Plus tard aux USA, Kermack & McKendrick (un mathématicien et un médecin
en 1927, 1932 et 1933) ont créé des modèles sur la propagation de maladies
non plus à transmission vectorielle, mais à transmission directe. Ils ont
développé le concept de « seuil relié à l'infectivité », c'est-à-dire la capacité à
infecter un autre individu. Ils ont publié dans les années 1920-1930 trois
articles mais peu de gens ont repris ces idées-là… Leurs travaux ont été
republiés plus tard, dans les années 1990, où ils ont eu un plus grand écho (avec le développement
des ordinateurs, ça a tout changé).
Le nombre de travaux, longtemps resté anecdotique, a connu une augmentation quasi exponentielle.
La palette des outils et des domaines d'application s'est beaucoup élargie, en lien avec
l'augmentation de l'utilisation des ordinateurs (calculs plus faciles) puis d'Internet (développement
des connaissances partagées).
2 sur 16
Sommaire
3 sur 16
I- Modèle générique SIRS
Pour illustrer ce qui se passe au cours d’une maladie, prenons l’exemple de la pathologie de
la vache mauve, « Milka ».
Le clinicien voit une vache normale, puis elle commence à avoir des symptômes et enfin elle guérit.
Le début de l’infection a lieu avant l’apparition des symptômes ; cette phase entre infection et
apparition des symptômes, c’est l’incubation.
L’épidémiologiste voit, au départ, une vache sensible. Puis il y a une phase de latence puis une phase
infectieuse. Pendant la période de latence, la vache est infectée et à partir du moment où elle est
infectieuse elle transmet la maladie. Au fur et à mesure le système immunitaire se met en place, la
vache n’est plus infectieuse, elle ne transmet plus la maladie et devient immune.
A. Hypothèses biologiques
Les hypothèses biologiques sont les suivantes :
Les individus sont soit sensibles, soit infectants, soit résistants : il n'y a pas de stade de
latence (stade négligé dès que possible afin d'avoir moins d’équations et de simplifier le
modèle).
4 sur 16
Les nouveaux individus sont tous sensibles (on néglige la protection maternelle).
Le nombre de nouveaux cas infectants par unité de temps est proportionnel au nombre de
contacts entre les individus sensibles et les individus infectants. Exemple : Maladie qui se
propage par des poignées de mains.
La population est suffisamment grande pour utiliser des comportements moyens (si la
population n’est constituée que de 2 individus, il est difficile de parler d’un comportement
moyen…).
Temps continu ou temps discret, c’est-à-dire une équation différentielle de type dx/dt ou
alors sous forme x(t+1) en fonction de x(t).
Stochastique ou déterministe :
Dans un modèle déterministe, quelque soit les conditions initiales, on aboutit au
même résultat final.
Dans un modèle stochastique, on prend en compte la variabilité due au hasard et on
obtient des résultats différents en partant des mêmes conditions initiales.
Exemple : soit une situation où, à un temps t, on a 100 sujets. Si au temps suivant
10% vont mourir dans un modèle déterministe, au temps suivant 10 individus seront
morts. Dans un modèle stochastique, chaque individu à 10% de chance de mourir
(selon les cas 9, 10, 11… ça va varier). On a les mêmes conditions initiales mais le
résultat sera différent.
Etc…
Le modèle le plus simple est le modèle à temps continu, déterministe, autonome et sans
dimension spatiale. C'est le modèle SIRS de Kermack et McKendrick des années 1930.
SIRS : Sensible, Infectant, Résistant, Sensible = évolution de tous les individus : ils sont
sensibles, peuvent devenir infectants puis ils peuvent guérir, devenir résistants et à nouveau
sensibles.
5 sur 16
B. Représentation mathématique
Avant la représentation mathématique, on s’intéresse d’abord à la représentation graphique.
On peut représenter graphiquement ce modèle SIRS. Les individus se déplacent entre les différentes
catégories :
Si les individus R meurent (taux de mortalité μ), il va y avoir une entrée équivalente
d’individus S (il faut compenser par l'entrée d'autant d'individus sensibles, selon les hypothèses du
modèle) afin que la population reste de taille constante.
De la même manière, on remplace les R, I et S morts (même taux de mortalité μ pour simplifier) par
une entrée compensatoire d’individus sensibles.
Remarque : sur la gauche du schéma, les individus sensibles qui meurent ne redeviennent pas
sensibles, « ce n’est pas une réincarnation », il s’agit juste de flux égaux.
D’autre part, la guérison de I est proportionnelle à la population de I : s’il y a deux fois plus
d’individus I il y aura deux fois plus d’individus I qui vont guérir.
En appelant γ le taux de guérison par unité de temps, on a γ*I guérisons par unité de temps (le
nombre de guérisons est bien proportionnel au nombre d’infectés).
De la même manière, la mortalité de R est proportionnelle au nombre de R : s’il y a trois fois plus de
résistants, il y aura trois fois plus d’individus R qui vont mourir.
On a respectivement une mortalité μI, μR, μS, (proportionnelle à chaque fois à I, R ou S).
6 sur 16
Concentrons-nous maintenant sur la contamination des individus sensibles :
Ainsi, par unité de temps chaque sujet a β contacts avec d’autres, donc il y aura β*S contacts avec
des Sensibles. Pour qu’il y ait contamination, il faut qu’il y ait contact avec un I. La proportion
d’infectants dans la population est I/N. Ainsi, parmi les β*S contacts avec les Sensibles, seule une
proportion I/N se fera avec des infectants.
𝜷𝑺𝑰
D’où le taux de contamination : ; (qui est le nombre de contaminés par unité de temps).
𝑵
C’est aussi l’incidence instantanée et cela répond à la loi d’action de masse.
Exemple : Considérons que pour avoir contamination il faut qu’un sensible S serre la main d’un
infectant I. Il y a S sensibles et ceux-ci serrent une main β fois par unité de temps donc il y a βS
poignées de mains par unité de temps. Mais pour qu’il y ait contamination, l’autre personne doit être
contaminée. Ceci est le cas avec la probabilité de I/N qui correspond au taux de prévalence (fréquence
de personnes infectantes).
Rappel :
Comme la population est constante (S + I + R = N), on peut représenter mathématiquement les flux
de population par des équations différentielles :
7 sur 16
𝑑𝑆/𝑑𝑡 est la variation de la population de sensibles au cours du temps :
𝑑𝑆 𝛽𝑆𝐼
= μI + μS + μR – μS -
𝑑𝑡 𝑁
On peut simplifier la relation précédente puisque S + I + R = N, en mettent μ en facteur, on obtient :
𝑑𝑆 𝛽𝑆𝐼
= μN - μS -
𝑑𝑡 𝑁
S(0) = Sin ≥ 0 (le nombre initial de sains est positif, on ne travaille pas avec des populations négatives
!!!)
Attention à bien regarder le sens des flèches pour les signes ! Tous les flux entrants sont
positifs et tous les flux sortants sont négatifs.
A chaque fois les nombres initiaux sont supérieurs ou égaux à zéro !!!
Simulations numériques :
Les équations précédentes permettent de faire des simulations numériques : on fait évoluer la
population N en fonction du temps. On prend pour conditions initiales : taux de mortalité μ= 1/60 ;
taux de guérison γ =1/3 ; 1000 individus dont 0 résistant, 1 infecté, 999 sensibles.
Simulation n°1 avec β = ¼ : on a l’impression que les populations de S, I et R restent stables (1).
En réalité (si l'on « zoome »), elles varient :
8 sur 16
En (4) est représenté ce qu’on appelle un plan de phase, avec en ordonnées les infectants et en
abscisses les sensibles. Cette courbe paramétrée prend également en compte le temps, on regarde
les déplacements le long de cette courbe. On part de conditions initiales et on atteint un point
d'équilibre. Au point d'équilibre, tous les sujets sont sensibles (équilibre trivial).
Simulation n°2 : on choisit d’augmenter le taux de contact en posant β=1 (taux de contact 4 fois plus
élevé), cela correspond à 1 individu qui a 1 contact potentiellement contaminant par unité de temps.
On n’observe pas du tout la même chose :
On observe des vagues successives de l’épidémie jusqu'à un point d'équilibre endémique (avec I ≠
0). Ainsi, au début on observe l’épisode épidémique. Puis l’épidémie se transforme en endémie (=
état d’équilibre) qu’on appelle « équilibre endémique », avec les 3 populations présentes (des
infectés, des résistants et de sensibles).
Exemple : C'est le cas typique de la fièvre aphteuse : quand un pays a « l'habitude » de la maladie, on
n'a plus de « vague » mais seulement un « bruit de fond ». Si elle revenait en France, ce serait une
épidémie.
On a vu le comportement du modèle selon la valeur de β : soit la maladie apparait (I ≠ 0), soit elle
n’apparait pas.
9 sur 16
C. Analyse du comportement du modèle
On a un équilibre trivial : il n'y a que des sensibles (toute la population est saine et reste saine) :
See = (γ+μ)N/β
Iee = μN(N-See)/β.See
Ree = N-See-Iee
10 sur 16
L'équilibre endémique ne peut exister que dans le cas où Iee = μN(N-See)/(β.See) > 0. Cela revient à
avoir N – See > 0 (le nombre de sensibles ne peut pas être supérieur au nombre total d'individus,
sinon l’équilibre endémique n’aurait aucun sens biologique). Or, See = (γ + μ)*N/β. En factorisant par
N qui est positif, on a donc :
1 – (γ + μ)/β > 0 donc β/(γ+μ) > 1.
Dans le 1er cas, on partait d’une certaine condition et on arrivait vers un point qu’est
l’équilibre trivial : Set = N et Iet = Ret= 0. Il n’y a que des sains, pas d’infectés, pas de résistants.
La maladie ne se maintient pas.
Quel que soit l’endroit où on part dans le système, on finit tout le temps à l’équilibre trivial qui
est stable. « Même si j’en suis loin j’arrive à ce point d’équilibre. »
Au contraire dans le 2ème cas : quel que soit l’endroit où on part du triangle, on finira toujours
par revenir vers un point d’équilibre qui est, cette fois, un point d’équilibre endémique. Il est
stable et le point d’équilibre trivial est instable (si on s’en éloigne un peu on ne revient
jamais vers lui).
11 sur 16
Le taux de reproduction de base R0 est une notion fondamentale en épidémiologie
mathématique. C’est le nombre de cas secondaires issus d’un unique cas primaire dans une
population entièrement sensible.
𝛽𝑆𝐼
Mathématiquement, on avait , le nombre de contaminations par unité de temps. Si on considère
𝑁
que le nombre d’infectés est égal à 1, et que la population est entièrement sensible (donc S/N = 1),
on a par unité de temps, β cas secondaires issus d’un unique cas primaire.
1
est le temps moyen que reste un individu au stade infectant.
𝛾+𝜇
On a utilisé un modèle très simple reproduisant avec les mêmes paramètres un épisode épidémique
et un équilibre endémique. Selon la valeur des paramètres et non des conditions initiales, il y a
propagation ou pas de la maladie :
A RETENIR :
Le modèle SIRS est basé sur des hypothèses réductrices : la population est constante et
homogène, il y a trois stades, les nouveaux individus sont sensibles, la population est grande.
12 sur 16
II- Adaptations du modèle générique
Etant donné que nous n’avons plus que 45min de cours, cette partie n’a pas été traitée et par
conséquent, nous ne serons pas interrogés dessus.
Il faut simplement retenir qu’il existe une grande variété d’adaptations du modèle précédent selon
divers paramètres.
Exemples : biologie de la maladie, population étudiée (âge, structure, organisation), adaptation à une
période de latence, adaptation à l’immunité maternelle, adaptation à environnement spatial…
En abscisses, on trouve le taux de guérison γ (peut être variable) et en ordonnée, le taux de contact
β (peut aussi être variable). La droite représente β = γ + μ. Elle croise l’axe des ordonnées en μ.
𝛽
Or R0 = donc cette droite correspond à R0 = 1.
𝛾+𝜇
Lorsqu’on est en dessous de la droite, β est plus petit que γ + μ donc R0 < 1 : on est dans le
cas où la maladie s’éteint.
Au-dessus de la courbe (zone rouge, zone problématique), β > γ + μ c'est-à-dire R0 > 1 : on est
dans le cas où la maladie se propage.
13 sur 16
En tant que vétérinaire ou médecin, on va vouloir sortir de cette zone rouge. Pour cela :
On peut « tirer le point horizontalement vers la droite », ça veut dire qu’on va faire varier γ,
le taux de guérison, et plus particulièrement l’augmenter. C’est une mesure médicale : on
essaye de soigner les individus.
On peut aussi « tirer le point verticalement vers le bas » : on diminue alors β, le taux de
contact : c’est une mesure sanitaire.
Si on ne prend qu’une mesure à la fois, on doit faire un effort considérable pour sortir de la
zone rouge.
On peut aussi associer les deux méthodes (et on aura besoin de trainer le point moins loin) et
l’effort sera moindre.
Les mesures mises en œuvre cherchent à refaire passer le R0 sous la droite d’équation R0 = 1. Les
mesures médicales visent à augmenter le taux de guérison γ et les mesures sanitaires à diminuer le
taux de contact β. Le mieux est donc d’associer les deux types de mesures pour obtenir R 0 <1 et donc
une disparition de la maladie.
Remarque : Dans les cas ci-dessus, on se plaçait en tant que médecin. Cependant, en médecine vétérinaire, lors
de grandes crises, on n’a pas du tout ce schéma-là :
Abattage : avec l’abattage on augmente le taux de mortalité μ donc la zone rouge est réduite (elle «
remonte »).
Des mesures sanitaires sont prises (on agit uniquement sur l’axe vertical).
Il peut y avoir des modèles plus compliqués que dans le cas des maladies à transmission directe : les
maladies à transmission vectorielle. Dans le cas des maladies vectorielles, la formule de R0 change (la
propagation ne se fait pas de la même manière) :
Le taux de contact hôte / vecteur « a » est au carré car il concerne l'infection de l'hôte et le vecteur :
en effet, un contact permet la contamination de l'hôte sain par un vecteur contaminé mais aussi la
contamination d'un vecteur sain par un hôte contaminé.
Exemple : Si on agit sur ce taux de contact avec une moustiquaire, on intervient 2 fois : on empêche le
moustique de contaminer l’humain mais on protège aussi le moustique sain de la contamination via
l’humain contaminé.
R0 permet de réfléchir à quels sont les moyens de lutte efficaces.
14 sur 16
B. Programme de lutte et vaccination (partie importante !)
Exemple de la lutte contre les Cestodes en Australie (pour illustrer l'importance du R0 dans cette
quantification) :
Estimation de R0 :
Echinococcus Granulosus juste au-dessus de 1
Tænia Ovis entre 2,5 et 4,3
Le R0 permet d’avoir une idée de l’effort qu’on doit fournir pour contrôler les maladies. C’est
également valable dans le cadre des vaccinations. En effet, avec le R0, on établit la fraction de la
population à vacciner :
p = la couverture vaccinale
La vaccination dépend de la maladie et de son R0. On dit souvent : il faut que 70% des individus
soient vaccinés pour que la maladie soit contrôlée mais c’est FAUX !!! Il suffit de voir la couverture
vaccinale nécessaire pour certaines maladies dans le tableau précédent. Cela dépend en fait de la
contagiosité de la maladie. Autrefois, les maladies étaient peu contagieuses, on pouvait donc
vacciner que 70% des individus et les autres individus étaient protégés par les vaccinés. Mais ce n’est
plus le cas maintenant. Dans le cas des maladies infantiles, il faut être supérieur à 90%.
Démonstration :
Si p est la couverture vaccinale, les animaux non vaccinés correspondent à 1-p. On veut que R0 ‘ = (1
– p) R0 soit inférieur à 1 pour arriver à contrôler la maladie d’où : (1 – p) R0 < 1 et ainsi : 𝐩 > 𝟏 – 1/𝐑𝟎.
15 sur 16
Plus la maladie se propage, plus il va falloir mettre en place une couverture vaccinale importante…
Les retombées des modèles dynamiques pour les plans de lutte sont :
A RETENIR :
CONCLUSION
Beaucoup de travaux ont déjà été réalisés. Bien qu'imparfaits, les modèles sont de plus en plus
complexes et réalistes.
Exemple : données spatialisées d’un pays où on propage une maladie (la grippe) en prenant en
compte les déplacements de population...
Ils permettent de simuler des stratégies de lutte, de vérifier à posteriori l'efficacité de lutte, d'estimer
le taux de reproduction R0 en temps réel... Cela permet de se rendre parfois compte de cas
d'abattage inutiles...
La notion de taux de reproduction de base se retrouve ailleurs : lors d'une infection intra-hôte, en
écologie.
16 sur 16
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Lorsqu’un chat sain rencontre des puces, il s’infeste et manifeste un prurit, signe de la pulicose. On
met alors en place un traitement antiparasitaire externe sous forme de pipette adulticide afin de le
traiter.
C’est une approche curative thérapeutique.
Si on a un chat sain et on souhaite qu’il reste sain, on lui administre un antiparasitaire externe.
C’est une approche préventive via de la chimio-prévention.
En général, l’environnement d’un chat infesté est également contaminé, il faut donc éliminer toutes
les puces. De plus, si ce chat est en contact avec d’autres chats, il faut également les protéger avant
qu’ils ne manifestent des signes cliniques. On applique ainsi :
Un antiparasitaire externe sur les autres chats approche préventive médicale via la chimio-
prévention.
Traitement du milieu et/ou mise à l’écart du chat infecté pendant le traitement approche
médico-sanitaire préventive.
1 sur 12
Ainsi, on peut approcher la situation selon deux points de vue :
Individuel : on réalise une approche curative (on traite le chat infecté) ;
Collectif : on réalise une approche préventive (ou prophylactique).
On voit naitre ici l’importance du positionnement. Lors de la prophylaxie collective, on réalise une
lutte collective. Tout traitement/prévention d’individus doit être considéré(e) selon une approche
collective !
Quelques définitions : A A
Prévention (ou prophylaxie) : ensemble des mesures visant à éviter ou réduire le nombre et
la gravité des maladies.
Lutte (contre les maladies animales) : terme général qui désigne l’ensemble des actions
menées pour atteindre un objectif.
Pour choisir quelles armes de lutte prendre, il faut respecter un certain nombre de critères :
Réglementaire : Ex : Dans une région touchée par la fièvre aphteuse (maladie extrêmement
contagieuse) → abattage de toutes les espèces sensibles (mêmes saines).
Analyse coût/bénéfice : il faut que les pertes économiques sans le moyen de lutte soient
nettement supérieures aux pertes avec le moyen de lutte pour que cela vaille le coup.
2 sur 12
Objectifs du chapitre : A
Citer les objectifs de la prophylaxie collective ;
Savoir expliquer les stratégies de lutte selon le contexte ;
Citer les principales mesures applicables pour lutter collectivement contre les maladies ;
Savoir expliquer l’utilité des différents indicateurs épidémiologiques dans le choix des
méthodes de lutte.
Sommaire
3 sur 12
I- Développement des stratégies de lutte
A. Définitions
La transmission est le passage d’un agent pathogène entre individus. Il ne faut surtout pas confondre
transmission et propagation. La propagation est utilisée pour décrire la transmission à l’échelle d’une
population. On ne parle donc pas de transmission d’un pays à un autre.
4 sur 12
Si on reprend notre population de Schtroumpfs mais qu’on vaccine 50% de la population (vert). Dans
ce cas-là, le Schtroumpf infecté a une chance sur deux de mordre un Schtroumpf vacciné qui ne sera
donc pas infecté. On observe à J-4 qu’il reste un Schtroumpf non contaminé. Il aura également une
chance sur deux de mordre un Schtroumpf vacciné et ainsi la propagation de la maladie diminue
progressivement.
La vaccination a donc un
réel effet sur la prévention
de la propagation.
1
Afin d’empêcher le plus possible la contagion, il faut que Rμ<1 ce qui correspond à μ > 1- .
R0
Cela revient à vacciner au moins 50% de la population dans notre exemple avec les Schtroumpfs (μ>1-
1/2).
5 sur 12
D. Objectifs de la lutte
On observe alors que lorsque R0>1, il y a une propagation plus ou moins rapide de la maladie, alors
que si R0<1, la maladie s’éteint.
Les objectifs principaux de lutte se situent donc à différentes échelles (a minima, on veut diminuer R0):
Réduire le nombre de malades ;
Eliminer tous les malades si on se situe à l’échelle du troupeau ;
Eradiquer la présence d’un agent pathogène dans une zone donnée lorsqu’on se situe à une
échelle beaucoup plus grande (région, pays…).
Lorsque R0=1, c’est l’endémie.
Exemple de la FCO transmise par les insectes : on ne peut pas empêcher les insectes de rentrer en
contact avec le troupeau. On accepte alors ce contact avec les insectes infectés mais on vaccine le
troupeau afin de prévenir la maladie.
6 sur 12
II- Les mesures de lutte selon les stratégies
A. Choix des mesures prophylactiques
B. Prophylaxie médico-sanitaire
Les deux types de prophylaxie peuvent être réalisés :
7 sur 12
C. Synthèse des mesures prophylactiques A
Dans le cadre de la prophylaxie sanitaire, on réalise une protection principalement défensive avec des
barrières physiques ou chimiques, du dépistage, de l’assainissement…
Dans le cadre de la prophylaxie médicale, on emploie des médicaments à but thérapeutique ou bien
on utilise la vaccination.
Tableau bilan :
Pour la prophylaxie médicale défensive, on peut utiliser des antibiotiques mais cette méthode est
actuellement très remise en cause (voire interdite) à cause des phénomènes de résistance. On préfère
donc la vaccination.
8 sur 12
C. Prophylaxie médicale
En prophylaxie médicale défensive, on va procéder à une vaccination préventive pour favoriser
l’immunité de masse. En prophylaxie médicale offensive, on traite les individus infectés et on vaccine
en anneaux, c'est-à-dire qu’on vaccine d’abord les individus les plus proches des animaux malades.
Résurgence avec infections via des porteurs sains. Pour limiter la résurgence, il faut séparer
les espèces et avoir conscience des risques de leur proximité.
Mitoyenneté : cela revient un peu à la résurgence, il faut donc doubler les barrières afin de
limiter les contacts.
9 sur 12
A B. Garanties sanitaires lors de l’introduction d’un nouvel individu
Lors de l’introduction d’un nouvel individu dans le troupeau, il faut contrôler ses papiers tels que la
carte verte pour les bovins, la carte violette pour les ovins et caprins, le certificat sanitaire pour les
chevaux… Ils doivent faire état des vaccins et du statut indemne de l’animal.
Exemple : interdiction d’importer des chiens en France en provenance du reste du monde car quasiment
tout le reste du monde est atteint de rage.
Le numéro SIRE et le transpondeur sont systématiquement vérifiés chez les chevaux. Ils subissent
également un examen clinique et doivent être à jour dans leurs vaccins. L’examen clinique est assuré
par un agent de la DDPP d’origine, puis vérifié par un vétérinaire sanitaire et enfin par un vétérinaire
officiel.
D. Traduction règlementaire
Au sein de chaque pays, il y a une priorisation des maladies qui est effectuée avec une liste officielle
des maladies qui représentent des dangers sanitaires (DS1>DS2). Les détenteurs d’animaux atteints
de ces maladies doivent faire une déclaration et il y a mise sous surveillance de leurs animaux atteints.
Conclusion
La prophylaxie collective est l’ensemble des mesures visant à éviter ou réduire le nombre et la gravité
des maladies. On peut alors effectuer deux stratégies : défensive dans une population saine et
offensive dans une population comportant des infectés et entreprendre des mesures sanitaires,
médicales et médico-sanitaires. Le choix/évaluation de l’efficacité des mesures vont varier selon le
suivi des indicateurs épidémiologiques. De plus, on accorde une grande importance au
positionnement : la stratégie et les mesures de lutte seront différentes suivant si l’on place d’un point
de vue individuel ou collectif (troupeau, région, pays).
10 sur 12
Le rôle du vétérinaire est de soigner l’animal infecté mais également de regarder autour de cet animal
afin de gérer et prévenir au mieux les maladies. Cela passe par des plans sanitaires d’élevage, la
vaccination, les certificats sanitaires, visites d’achats…
11 sur 12
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Bref historique : La pharmaco/toxicovigilance n’est pas une nouveauté puisqu’elle existe depuis
longtemps. Au 4ème siècle avant Jésus-Christ, en Grèce antique, Hippocrate avait observé que les
chevaux et les humains travaillant à l’extraction du minerai de plomb dans les mines présentaient des
troubles identiques (digestifs, nerveux…). Dans un premier temps, il s’était intéressé aux patients
humains (esclaves et des prisonniers) puis il a constaté que les chevaux qui tiraient les carrioles avaient
les mêmes symptômes. Il a appelé cela la « Maladie des fumées ». Il fût le premier médecin à décrire
l’intoxication au plomb. Plus tard, dans les années 1960, on a constaté des effets (pouvant être
mortels) sur la faune sauvage d’un certain nombre de toxiques, notamment les produits
phytosanitaires. Ex: Rachel Carson (Silent Spring, 1962) a constaté qu'il n'y avait plus d'oiseaux qui
chantaient autour de chez elle et elle a associé ces observations à l'utilisation de produits
phytosanitaires.
1 sur 20
Sommaire
I- La pharmacovigilance .......................................................................................................................... 3
A. Le concept ....................................................................................................................................... 3
1) Objectifs de la pharmacovigilance .............................................................................................. 3
2) Définition de la pharmacovigilance ............................................................................................. 4
3) Détails sur l’effet indésirable grave inattendu ............................................................................ 5
B. Le concept et son application.......................................................................................................... 6
1) Collecte des cas ........................................................................................................................... 8
2) L’imputation ................................................................................................................................ 9
3) Les conséquences ...................................................................................................................... 10
4) Vigilance passive ....................................................................................................................... 11
5) Vigilance active.......................................................................................................................... 11
II - La toxicovigilance............................................................................................................................. 11
A. Le concept ................................................................................................................................. 11
1) Définition de la toxicovigilance ................................................................................................. 11
2) Développement ......................................................................................................................... 12
3) Les difficultés de la toxicovigilance ........................................................................................... 12
B. Le concept et son application........................................................................................................ 13
1) Déclaration ................................................................................................................................ 13
2) Exploitation des données........................................................................................................... 13
3) Les limites de la toxicovigilance................................................................................................. 16
C. Exemple de toxicovigilance passive : la lutte contre le sanglier ................................................... 16
D. Exemple de toxicovigilance active : Maïs...................................................................................... 17
E. Les conséquences pour un médicament vétérinaire .................................................................... 17
III - Compléments .................................................................................................................................. 18
2 sur 20
I- La pharmacovigilance
A. Le concept
En épidémiologie on fait des enquêtes cas-témoins, des études de cohortes, des calculs de prévalence…
On analyse les malades, les non malades, les exposés, les non exposés. En pharmacovigilance, on ne
reçoit l’information que sur les sujets exposés malades.
1) Objectifs de la pharmacovigilance
L’objectif principal est la collecte de notifications individuelles d’un effet indésirable suspecté.
Cette collecte est passive (il n’y a pas de recherche de cas, pas d’enquête sur le terrain)
et spontanée : « une personne attend passivement derrière son bureau que d'autres
personnes (propriétaires d’animaux, médecins, pharmaciens et vétérinaires) l’appellent
et lui transmettent des cas suspects ». Ex : le centre de pharmacovigilance ici à l’école.
L’autre possibilité est de déclarer l’effet indésirable en ligne.
Cette collecte est obligatoire pour les cas graves et fait partie de nos obligations
professionnelles ! On doit signaler tous les cas graves car ils ont des conséquences non
négligeables pour l’animal. Il faut donc les déclarer pour y remédier.
Un objectif secondaire est d’arriver à mieux évaluer les effets indésirables dans la réalité du
terrain et dans un contexte d’utilisation clinique :
Recueillir des données sur des effets indésirables rares, non observés en essais
cliniques. En effet, lors des essais cliniques avant la mise sur le marché, les études
concernent un petit nombre d’animaux de l’espèce cible (200 animaux c’est déjà une
bonne étude) qu’on compare éventuellement avec un placebo ou un traitement de
référence. Ainsi, on verra des effets indésirables dont la fréquence est de l’ordre du %,
ce qui est très élevé. Cependant, la plupart des effets indésirables sont à fréquence plus
faible donc il faut attendre que le médicament soit mis sur le marché pour les voir (Ex :
quand 100 000 doses d’un produit sont vendues, on voit les effets rares).
Il s’agit aussi de rechercher les causes, les mécanismes, les facteurs… pour établir comment ça
se passe et donc prendre des mesures de gestion pour réduire ces risques.
3 sur 20
2) Définition de la pharmacovigilance
En médecine vétérinaire, elle a été créée il y a bientôt 20 ans (décret 99‐553 du 2 juillet 1999).
Il s’agit de la surveillance des médicaments vétérinaires après mise sur le marché (post AMM), dans les
conditions d’utilisation de terrain.
Pour rappel, le vétérinaire a une particularité réglementaire par rapport au médecin : il peut prescrire
hors AMM, c’est-à-dire qu’il peut prescrire un médicament prévu pour un chien, dans la mesure où il n’a
rien d’autre, chez un chat, un NAC... Ainsi, il étend le spectre d’utilisation du médicament à d’autres
espèces non incluses dans l’AMM et donc il y aura forcément des situations auxquelles il ne s’attendait
pas.
Effets indésirables chez l’animal : nocifs, survenant dans les conditions normales d’emploi
(AMM)
Ex: On met de l’antipuce sur le dos d’un chien, il fait une réaction cutanée, c’est un effet indésirable dans
les conditions normales d’emploi.
Effets indésirables chez l’homme : on DOIT les déclarer immédiatement car ce sont des
effets indésirables considérés comme graves par principe.
Ex : Un homme est irrité car il a appliqué une pipette d’antipuces sur son chien, le chien a beaucoup remué
et il a été en contact avec le produit. Ce n’est pas bien méchant, il se lave les mains et c’est fini. C’est banal
mais officiellement on doit le déclarer.
Tout effet indésirable chez l’homme, en tant qu’applicateur/utilisateur doit être déclaré.
o Les temps d’attente : ils sont fixés grâce à des statistiques mais non fiables à 100% donc
il faut absolument faire une déclaration si le temps d’attente est modifié.
Un problème de temps d’attente au regard des résidus est à déclarer, car ça peut
permettre de réévaluer les délais d’attente et de les augmenter le cas échéant.
Absence d’efficacité : si un produit périme plus vite que prévu ou qu’un agent pathogène y est
résistant. En pratique, les remontées sont quasiment inexistantes mais il faut les signaler ! C’est
très important de nos jours avec les problèmes d’antibiorésistance.
4 sur 20
Les effets indésirables des médicaments humains de la réserve hospitalière. En effet, on a
accès à des médicaments de la réserve hospitalière prescrits uniquement en milieu hospitalier
humain (anticancéreux, anesthésiques, analgésiques…). On doit faire remonter les effets
indésirables survenus sur ces médicaments-là à la pharmacovigilance vétérinaire (pas à
l’humaine).
Rôle central de l’ANSES / ANMV et du Centre de Pharmacovigilance vétérinaire (le seul qui
existe en France est basé sur notre campus). On peut également faire remonter un cas au niveau
du laboratoire fabriquant (dans chaque laboratoire pharmaceutique, il y a obligatoirement un
responsable pharmacovigilance qui peut enregistrer notre déclaration).
Y compris hors RCP (en dehors des conditions d’application) : on distingue « adverse event » (=
effet non décrit dans le RCP) et « adverse reaction » (= effet décrit dans le RCP).
Même quand ce n’est pas dans les recommandations de l’AMM on doit déclarer.
Ex: Si l’éleveur donne 3 fois la dose indiquée et que ses effectifs traités meurent, ceci change la donne mais
il faut quand même qu’il le déclare.
« Effet qui entraine la mort ou qui est susceptible de mettre en danger la vie de l’animal »
Ex: les états de choc, coma, l’œdème aigu du poumon (OAP)... sont des effets graves car le pronostic vital
est engagé.
« qui provoque des symptômes permanents ou prolongés » et laissent des séquelles graves
Ex: cécité, troubles locomoteurs avec paralysie permanente, surdité, insuffisances fonctionnelles type
insuffisance rénale ou hépatique prolongées, développement de tumeurs… font partie des séquelles
considérées comme graves.
« qui se traduit par une malformation congénitale ou qui provoque un handicap ou une incapacité
importants chez l’animal traité » (CNMV, 2013)
Ex: Tout traitement qui provoquerait des avortements, de la mortalité postnatale (mortinatalité), des
malformations visibles…
Il faut distinguer : animaux de compagnie et de sport VS des animaux de rentes (troupeau). Chez les
animaux de rente, on ne s’arrête pas à l’individu. On observe l’augmentation du taux de mortalité via
un indicateur. En effet, quand on parle d’un chien, d’un chat, d’une vache… déclarer un effet indésirable,
ça se conçoit. Quand on parle « d’une poule morte au milieu de 60 000 », ce n’est pas possible de le
voir. Dans ce contexte-là, on ne considère pas UN animal, mais on fait une déclaration s’il y a une
augmentation du taux de mortalité par rapport au taux de mortalité attendu. Si, au lieu de trouver 5
poules mortes, on en trouve 10, il faut le déclarer car il y a peut-être souci lié au médicament.
Proposition de l’ANMV (09/2016) : estimer à partir de quel effectif on peut considérer qu’on a un
effet indésirable grave.
5 sur 20
Ex: pour les truies, pour une mortalité
annuelle de 6% dans un élevage de 100
truies soit une moyenne de 0,5/mois, une
perte de 2 truies sur une période d’un
mois sera considérée comme un
événement grave.
La déclaration des effets indésirables chez l’Homme devrait aussi être faite par le pharmacien le cas
échéant.
Il y a tout d’abord la collecte des cas. Les acteurs qui récupèrent les données sont :
- Le Centre de Pharmacovigilance Vétérinaire (CPVL) ;
Ensuite, il y a enregistrement dans une base de données (pour en faire l’analyse a posteriori) :
6 sur 20
7 sur 20
1) Collecte des cas
Pour rappel, la déclaration est volontaire (obligatoire en pharmacovigilance vétérinaire pour les cas
graves) et passive. Une déclaration comprend la collecte des informations suivantes :
- Les conditions de vie, d’élevage, d’alimentation (tout ce qui est autour de l’animal)
- L’état de l’animal avant le traitement. Pour un traitement préventif sur des animaux qui vont
bien et qui se retrouvent avec une grosse plaque suintante suite à l’application d’un
antiparasitaire, le lien de cause à effet est relativement facile à établir. En revanche, pour
un chien qui a déjà une maladie sévère et à qui on fait un traitement, la relation de causalité
est plus difficile à établir : l’effet observé est-il la conséquence de l’évolution de la maladie
ou du traitement ? Les conditions initiales et la gravité de la maladie sont importants.
8 sur 20
2) L’imputation
A ce stade, le vétérinaire n’intervient plus (sauf s’il est responsable de pharmacovigilance dans une
entreprise pharmaceutique). L’imputation est réalisée par le pharmacovigilant qualifié et non par le
vétérinaire praticien. L’imputation est l’évaluation de la relation de causalité entre le produit suspect
et l’effet constaté. Les 4 éléments fondamentaux (à connaître !!!) à prendre en compte sont :
Bibliographie (françaises et étrangères) : est-ce que ce genre de choses est déjà décrit
dans la bibliographie ou pas ? C’est ce qu’on appelle l’imputation extrinsèque.
9 sur 20
On arrive à un classement A, B, O ou N qui caractérise le lien de cause à effet entre le médicament et
l’effet produit :
A : probable, il n’y pas trop de doutes sur la relation de cause à effet, c’est certain.
B : possible : généralement il manque une information ou pas cohérent.
O : inclassable : 50% des cas sont rangés dans cette catégorie. Logique, l’effet est souvent
inattendu donc on ne sait pas trop quoi en dire… Avec le temps et la répétition des accidents
dans les mêmes circonstances, le cas peut basculer dans une autre classe (A, B ou N).
N : exclu : Vraiment impossible. Ex: un chien reçoit un médicament et déclenche une insuffisance
rénale 24h plus tard. Le délai est beaucoup trop court pour que le médicament en soit la cause.
Exemple avec le cas d’un Boxer de 25 kilos, âgé de 7 ans (adulte limite âgé) traité aux AINS (Nimésulide)
pour une boiterie banale.
Autre exemple : Le « chat parachutiste » qui avait pour habitude de sauter du 6ème étage. Un vétérinaire
de garde intervient, lui prescrit de la Tolfédine, un AINS (car il est boiteux depuis sa chute). Suite à ça,
son vétérinaire « classique » constate une augmentation de la créatinine quelques jours après, avec
PUPD. Il le traite et le chat récupère correctement. Deux mois plus tard, le chat refait un vol plané, re-
véto de garde et à nouveau, traitement avec de la Tolfédine = il fait un dechallenge et un rechallenge.
On peut classer ce cas dans la catégorie A sans trop de difficultés.
3) Les conséquences
10 sur 20
4) Vigilance passive
5) Vigilance active
La vigilance active est intéressante en épidémiologie. Elle est de plus en plus utilisée en
pharmaco/toxicovigilance. C’est lorsqu’on a détecté quelque chose et qu’on va stimuler la remontée des
cas et non pas attendre que les cas remontent. Ainsi, en cas d'alerte, on met en œuvre des moyens
supplémentaires pour assurer une meilleure surveillance de la zone potentiellement à risque, d’une
espèce ou d’un produit toxique ciblé…
Vigilance accrue
On essaye d’avoir une collecte systématique et non plus spontanée des accidents dans la zone,
sur l’espèce, sur le produit considéré… Pour cela sont utilisés des questionnaires, des cas
cliniques, des données biologiques, des cadavres (de la faune sauvage)…
Ex: Si l’usage d’un produit phytosanitaire (utilisé dans le traitement du maïs par exemple), d’un anti
limaces… pose problème, à chaque fois qu’il est utilisé sur une culture on demande aux acteurs du réseau
de faire remonter les informations. On essaye de collecter tous les cas = quelque chose de systématique.
II - La toxicovigilance
Valable pour toute la partie : PPV = Phytopharmacovigilance et GT PPV = Groupe de travail pour la
phytopharmacovigilance.
A. Le concept
1) Définition de la toxicovigilance
La toxicovigilance est identique à la pharmacovigilance, sauf que l'on ne considère plus un médicament
mais n'importe quelle substance. C’est l’obtention d’informations sur un produit et ses effets secondaires
potentiels mais au-delà d’une espèce, sur les espèces non cibles (en particulier les animaux domestiques).
11 sur 20
Les objectifs sont les même que précédemment :
Identification d’un effet secondaire
Evaluation de l’effet et de son impact sur des populations animales ou végétales ou un individu
Mise en œuvre de moyens de prévention de l’effet ou de sa cause (avec des moyens de gestion)
Collecte « passive » et spontanée des cas, comme pour la pharmacovigilance (CNITV), mais ils
remontent par des voies beaucoup plus compliquées, comme on va le voir.
2) Développement
Chez l’homme, la toxicovigilance est obligatoire depuis le 30/09/99 en France. Elle passe :
Par les centres antipoison (SANS « S », à savoir orthographier)
Par la médecine préventive pour le monde agricole (MSA = Mutuelle Sociale Agricole) : elle
répertorie notamment les accidents liés à l’utilisation des traitements phytosanitaire et tous les
effets indésirables observés chez les agriculteurs.
Pour les produits phytosanitaires, une action est coordonnée par l’ANSES depuis 2016 : tous les produits
chimiques mais surtout les pesticides, dans beaucoup de situations, sont surveillés. En cours : loi
d’Avenir pour l’Agriculture. Ex: on a signalé des accidents aux anti-limaces bio = phosphate de fer qui ne marche
pas bien sur les limaces mais tue des chiens (mention « inoffensif » sur l’emballage…).
Chez l’animal, il n’existe rien d’officiel au niveau français. Mais la toxicovigilance est envisagée dans les
textes officiels et ce, dès 1991 dans la directive qui met en place les AMM pour les produits
phytosanitaires (les pesticides) et cela a été renforcé dans le règlement qui a pris le relai en 2011. Elle
est maintenant exigée pour les produits biocides (réforme du règlement européen de 2013).
Remarque : les biocides sont des substances actives ou des préparations contenant une ou plusieurs substances
actives qui sont destinées à détruire, repousser ou rendre inoffensifs les nuisibles (animaux, végétaux…), à en
prévenir l’action ou à les combattre de tout autre manière, par une action chimique ou biologique. Les biocides
sont communément désignés comme des pesticides à usage non-agricole (dans un environnement domestique et
professionnel).
Toutes les espèces : homme, plantes, animaux d’élevage y compris les abeilles, faune sauvage,
mais aussi eau, air, sol, aliments…
12 sur 20
D’autre part, il y a peu de structuration actuellement. Elle est en cours par la Loi d’avenir pour
l’agriculture, l’alimentation et la forêt (LAAF) 13/10/2014 :
En fait, elle est surtout le fait d'initiatives individuelles et de groupes mais sans structure nationale
comparable à la pharmacovigilance. Il y a beaucoup de monde partout, il faut essayer de fédérer tout
ça en particulier pour la partie animale.
13 sur 20
Par une analyse descriptive simple (la plus simple) :
o Synthèse des cas, analyse des répartitions des toxiques/des médicaments incriminés…
On fait des graphiques mais il n’y a pas de stats.
o Comparaison bibliographique éventuellement : des accidents similaires sont-ils décrits
dans d’autres pays ?
o Analyse temporelle des données : c’est un suivi à très long terme, il permet de voir les
changements en fonction des nouvelles arrivées des produits… Cette approche est très
développée à l’école, avec des données de plus de 30 ans !
Par une analyse statistique : toujours limitée à cause des outils statistiques à disposition.
Comment évaluer une prévalence ? Quelles informations nous faut-il ? Il s’agit tout d’abord de définir
les populations concernées :
Numérateur : Population malade (=nombre de cas avec un effet indésirable ou toxique) MAIS :
La collecte est non systématique !
Les « cas » ou les déclarations volontaires peuvent être biaisés.
14 sur 20
Ce calcul d’incidence (un nombre d’accidents par nombre de boites) est le mieux qu’on peut faire. On
l’utilise, c’est un indicateur. De plus, l’agence du médicament doit demander aux industriels combien ils
ont vendu de médicaments de tel et tel type pour essayer de calculer cette incidence…
Avec ça on essaie de proposer des fréquences relatives des cas (cf TD) :
On peut faire des analyses spatiales et temporelles, donc des études chronologiques très longues
pour lesquelles on peut suivre les fluctuations, analyser des tendances, identifier des « points chauds »
(zones où ressortent plus de cas) ou encore des « périodes de recrudescence des cas » (pics mensuels,
saisonniers, annuels…). Des outils statistiques existent mais on ne sera pas embêtés avec ça.
Enfin, IL NE FAUT PAS OUBLIER que TOUTE DONNEE COLLECTEE est une INFORMATION ! Cette
information, issue de la pharmacovigilance, même si elle est biaisée par plein de raisons (tout le monde
ne déclare pas tout, pas de données sur animaux potentiellement à risque…), c’est quand même une
information, elle a cette valeur d’exister et de permettre de modifier éventuellement la vie du produit.
Nb cas/mois
Moyenne
mensuelle
Variable
saisonnière
Caractère aléatoire
15 sur 20
3) Les limites de la toxicovigilance
Cette méthode possède des limites. La toxicovigilance (et la pharmacovigilance) n'est pas du tout
adaptée au cas des :
Effets à long terme : les cancers pharmaco-induits, les maladies dégénératives… aujourd’hui on
est incapable de dire si un médicament aura un effet cancéro à long terme. Donc l’UE demande
un suivi individuel des cas.
La pharmacovigilance ne détecte pas les cas à long terme : les études à très long terme sont
des études épidémiologiques rétrospectives puis prospectives.
Ce qui ressort de la pharmacovigilance c’est l’effet aigu, court terme et c’est souvent un préalable à
des études complémentaires = UNE PREMIERE ETAPE AVANT D’AUTRES EN EPIDEMIOLOGIE.
Remarque : C’est totalement illicite. L’empoisonnement de la faune sauvage passe uniquement par
l’utilisation de rodenticides dans des conditions bien définies.
Ayant pris connaissance de ce texte, on peut s’interroger sur la possible traduction concrète de ces
propos. On regarde donc, dans les
départements concernés (13, 34, 30), le
nombre d'intoxications de sangliers
(intoxications confirmées par le laboratoire)
au cours du temps. Sur le moment, au
laboratoire on n’a rien vu mais quelques
années plus tard, en faisant un bilan « ah
bah oui, il y a eu quelque chose » : il y a un
pic entre 2001 et 2004. Il n’y a pas eu
beaucoup de cas mais malgré tout, il y a eu
une augmentation non seulement des cas
transmis mais aussi des intoxications
avérées.
16 sur 20
Un système de toxicovigilance peut faire ressortir l’inhabituel dans ces séries chronologiques. On est
capables de voir si un pic qui ressort. Et s’il y a un pic il y a peut- être eu un petit souci.
Définition du cas : des animaux sont retrouvés morts (mortalité particulièrement élevée de plusieurs
espèces animales) à proximité de semis de maïs avec un insecticide en enrobage de la semence quelque
jours après le semis.
Plusieurs facteurs cités plus haut laissent penser à l'effet d'une substance toxique :
Une vigilance toxicologique active a donc été mise en place pour comprendre et gérer le phénomène,
dans la zone à problème :
Protocole de collecte passé à toutes les fédérations de chasseurs des départements, à tous les
agents de l’ONF, et aux techniciens de terrain
Suivi régulier et systématique dans cette zone : autopsies des animaux collectés avec des
examens histologiques et des recherches de parasites et de bactéries pour éliminer les autres
causes de mortalité. Une analyse systématique de toxiques (axée sur 2 produits en particulier)
a également été menée.
3ème niveau : l’alerte. L’agence du médicament y a recours régulièrement, elle passe d’abord
par le réseau professionnel (presse vétérinaire, syndicat vétérinaire, l’Ordre…) et permet de
17 sur 20
diffuser l’information très vite (avant de la diffuser au grand public, c’est mieux) . L’alerte, c’est
pour dire : « attention on a eu des soucis avec le produit, on a eu des remontées inhabituelles
donc c’est à surveiller ». Ça peut générer un suivi actif par la suite. Comme on l’a vu, la vigilance
active est plutôt mise en place pour des produits toxiques mais ça peut se faire aussi en
pharmacovigilance.
Ex : le dernier cas en date est le Closamectin ®, un antiparasitaire pour bovins. L’alerte a entraîné une
augmentation des remontées de cas, suffisante pour qu’il y ait une suspension d’AMM.
4ème niveau : la suspension d’AMM. C’est lorsqu’il y a eu trop d’accidents identiques toujours
associés à ce produit. L’AMM est suspendue jusqu’à ce qu’on comprenne ce qui se passe et
qu’on ait trouvé le moyen de gérer le problème (troubles de la cécité, troubles nerveux)…
Ex: Pour le Closamectin ®, l’UE vient tout juste d’évaluer l’ensemble des effets indésirables et de donner
un avis favorable. La suspension d’AMM a été retirée et le produit a été remis sur le marché.
5ème et dernier niveau : la suppression d’AMM. L’AMM est supprimée quand les cas sont
suffisamment graves ou récurrents pour que l’agence ou le CVNP à Londres déclarent que le
rapport bénéfice/risque est défavorable au produit.
Ex: Cas de l’antiparasitaire externe Promeris ®. Il y a eu suffisamment d’accidents cutanés (Pemphigus
Foliaceus) pour proposer la suppression d’AMM !
D’où la nécessité et l’intérêt de faire remonter les cas qui posent problème quand on utilise un
médicament !!!
III - Compléments
Pour sa thèse (en 2008) cet étudiant s’est concentré sur les accidents ayant pour cause les
antiparasitaires externes, surtout chez le chat. C’est un phénomène récurrent. L’effet indésirable de la
Perméthrine sur le chat avait été mis en évidence, et depuis plusieurs années (2004), il existait un logo
sur tous les antiparasitaires à base de Perméthrine pour rappeler au propriétaire qu’on ne doit pas
mettre ça sur un chat.
De plus, il est précisé : « ne pas utiliser chez le chat, peut entrainer des convulsions
pouvant être mortelles ». Quand on lit ça on n’a pas envie de le mettre sur le dos de son
chat...
Il s’est intéressé au nombre d’accidents survenus après 2004 par rapport à avant : est-ce que ces
indications ont changé les choses ? Les mesures de gestion sont-elles efficaces ?
18 sur 20
Tout d’abord il a étudié la répartition des ventes de spot-on à base de Perméthrine en fonction du site
de vente :
Il a ensuite essayé de savoir à la suite de quel type de vente survenaient les accidents :
Qu’en conclure ?
En fait, le vétérinaire a conscience de ce problème mais la connaissance du médicament
vétérinaire n’est pas spontanée chez les pharmaciens. De plus, en grande surface ou en jardinerie, il n’y
a pas de conseil : il y a le même logo et la mention « peut entrainer des troubles mortels » mais pas de
conseil. Cette étude montre l’importance de la formation, du conseil professionnel.
Voyons maintenant si les mesures de gestion sont efficaces :
Globalement, le nombre de déclarations concernant les chats a très fortement augmenté mais
le nombre d’accidents concernant la Perméthrine est resté stable.
19 sur 20
Si on ramène des déclarations relatives aux sprays et spot-on à base de Perméthrine par rapport à toutes
les déclarations d’effets indésirables :
Ca a tendance à diminuer. Les mesures de gestion semblent être efficaces, mais la part des
déclarations diminue sûrement aussi parce que d’autres médicaments arrivent sur le marché :
la Perméthrine c’était le « must » dans les années 2000, aujourd’hui il y a plein de nouveaux
produits disponibles (D’ailleurs le prof doit refaire ses cours sur les antiparasitaires externes
tous les 6 mois car chaque laboratoire sort sa nouvelle molécule, en retire…).
Remarque : aujourd’hui on ne pourrait plus faire ce genre de travail car l’agence du médicament ne veut
plus entendre parler de Perméthrine. A elle toute seule, elle représente 40% des accidents et des effets
indésirables suite à l’utilisation d’un antiparasitaire…à tel point que ce n’est même plus enregistré.
20 sur 20
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Ce tableau présente les principales formules à utiliser ainsi que leur place dans les différents cours
afin que vous vous y retrouviez plus rapidement durant les TDs ou le partiel.
Nombre de cas
Prévalence réelle CM2 p 17
𝑃𝑎 + 𝑆𝑝 − 1 TD2 p1
(formule avec la Pa) 𝑃𝑟 =
𝑆𝑒 + 𝑆𝑝 − 1
1 sur 4
Indicateur Formules Cf
Proportion de Fréquence de la maladie
prévalence = Taux de 𝑛𝑜𝑚𝑏𝑟𝑒 𝑑𝑒 𝑐𝑎𝑠 à 𝑢𝑛 𝑖𝑛𝑠𝑡𝑎𝑛𝑡 𝑇
P = 𝑛𝑜𝑚𝑏𝑟𝑒 𝑑𝑒 𝑠𝑢𝑗𝑒𝑡𝑠 à 𝑟𝑖𝑠𝑞𝑢𝑒 𝑎𝑢 𝑚ê𝑚𝑒 𝑖𝑛𝑠𝑡𝑎𝑛𝑡
prévalence instantanée
CM3 p5
Taux de prévalence cumulée
Taux de prévalence au 𝑛𝑜𝑚𝑏𝑟𝑒 𝑑𝑒 𝑐𝑎𝑠 𝑝𝑒𝑛𝑑𝑎𝑛𝑡 𝑢𝑛𝑒 𝑝é𝑟𝑖𝑜𝑑𝑒 𝑇
cours d’une période TP = 𝑛𝑜𝑚𝑏𝑟𝑒 𝑚𝑜𝑦𝑒𝑛 𝑑𝑒 𝑠𝑢𝑗𝑒𝑡𝑠 𝑝𝑒𝑛𝑑𝑎𝑛𝑡 𝑝é𝑟𝑖𝑜𝑑𝑒 𝑇
𝑁𝑏 (𝑎𝑛𝑛𝑢𝑒𝑙) 𝑑𝑒 𝑛𝑎𝑖𝑠𝑠𝑎𝑛𝑐𝑒𝑠
Taux de fécondité =
𝑁𝑏 𝑚𝑜𝑦𝑒𝑛 𝑑𝑒 𝑓𝑒𝑚𝑒𝑙𝑙𝑒𝑠 𝑒𝑛 â𝑔𝑒 𝑑𝑒 𝑝𝑟𝑜𝑐𝑟é𝑒𝑟
Facteurs de confusion
Biais de confusion si les XRi ≠
XRbrut (CM7 p3)
Biais d’interaction si les XRi non
homogènes entre eux (CM7 p 4)
Avec les intervalles de confiance
(CM7 p 5) :
2 sur 4
Taux de guérison 𝛾 𝛾 ∗ 𝐼 guérisons par unité de temps
CM9 p6
Taux de mortalité 𝜇 𝜇 ∗ 𝑅 morts par unité de temps
Taux de contamination 𝛽𝑆𝐼
avec β nb de contacts par unité de temps CM9 p7
= incidence instantanée 𝑁
(𝛾+𝜇)∗𝑁 𝜇∗𝑁∗(𝑁−𝑆)
Cas d’un équilibre endémique (R0>1) See = ; Iee = ; Ree= N-See-Iee CM9 p10
𝛽 𝛽∗𝑆
1 CM9 p16
Fraction à vacciner P>1- CM10 p5
𝑅0
𝑎
Comparaison des fréquences de la maladie dans la catégorie « exposée » (f1 = 𝑎+𝑏) et dans la
𝑐
catégorie « non exposée » (f2 = ) test du Khi² d’indépendance
𝑐+𝑑
𝑅1 𝑎∗𝑛0
Risque relatif RR = =
𝑅0 𝑏∗𝑛1
𝑎∗𝑑 CM6
Odds ratio p11
𝑏∗𝑐
3 sur 4
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
ETUDE EVALUATIVE : Mesure de l’efficacité des actions d santé sur le risque de M ou conséquences de M
Etudes expérimentales
Essai expérimental de prévention : étude prospective randomisée : les individus non malades sont attribués au
hasard au lot traité ou non traité au début de l’étude, puis ils sont suivis au fil du temps
Biais de Sélection (Perte de vue)
Contamination
Essai quasi-expérimental de prévention : étude prospective randomisée mais par groupe : des groupes d’individus
constitués d’individus non malades sont attribués au hasard au lot traité ou non traité ; effet groupe
Biais de Sélection (Perte de vue)
Etudes observationelles
Etude prospective : l’étude « ici-ailleurs » : Etude prospective non randomisée, dans laquelle on compare des
populations qui appliquent ou non la mesure, sans attribution au hasard. (~cohorte)
Biais de Sélection (recrutement)
Sélection (Perte de vue)
Mesure (classification)
Confusion
Etude rétrospective : l’étude rétrospective d’intervention : Dans une étude rétrospective, on compare des lots de
malades et de non-malades sur lesquels on cherche rétrospectivement à savoir si la mesure de prévention a été
appliquée ou non (~cas témoin)
Biais de Sélection (recrutement)
Mesure (déclaration / mémorisation)
Mesure (classification)
Confusion
Etude transversale répétée : l’étude « avant-après » Etude répétée de la prévalence ou de l’incidence dans une
même population, avant et après la mise en oeuvre d’une mesure. On observe la concomitance entre l’application
de la mesure et le changement de dynamique de la maladie
Biais de Sélection (recrutement)
Mesure (classification)
Confusion
EPIDEMIO – CM 2
Tests Diagnostiques
SENSIBBILITE - SPECIFICITE
Sensibilité (Se) capacité du test à fournir un résultat positif lorsque la condition est présente. Cela correspond à la
probabilité que le test soit positif parmi les vrais malades.
La sensibilité « groupe » ou « troupeau » (SeT) est la probabilité de trouver au moins 1 positif dans un cheptel
infecté et donc de trouver le troupeau atteint. dépend de la sensibilité du test mais aussi du nombre d’atteints.
Spécificité (Sp) capacité à fournir un résultat négatif lorsque la condition est absente Cela correspond à la
probabilité que le test soit négatif parmi les vrais non malades.
La spécificité « groupe » ou « troupeau » (SpT) est la probabilité de trouver tous les individus négatifs dans un
cheptel indemne. Le troupeau est considéré comme indemne si tous les tests donnent des résultats négatifs. dépend
donc de la spécificité individuelle et de la taille du troupeau, mais pas du nombre d’infectés.
La sensibilité et la spécificité sont estimées par des proportions.
On fixe un seuil pour les définir :
Plus le seuil diminue, plus la sensibilité augmente mais plus la spécificité diminue.
➢Au contraire, plus le seuil augmente, plus la sensibilité diminue et plus la spécificité augmente.
➢Si on veut une meilleure sensibilité on aura une moins bonne spécificité.
il faut retenir que plus le nombre de testés augmente :
plus la SeT augmente (à fréquence de cas équivalente).
plus la SpT diminue.
Même avec un bon test, la spécificité de troupeau diminue au fur et à mesure que la taille du troupeau augmente.
Ces propriétés sont importantes dans le cas des dépistages.
La courbe ROC a pour but de rassembler sensibilité et spécificité dans un même graphique. Elle indique la qualité
du test et va permettre de faire des comparaisons de tests. Le meilleur test est celui qui maximise la spécificité et la
sensibilité.
La concordance est la similitude entre deux ou plusieurs jugements de même nature, qui se rapportent au même
objet, réalisés par des observateurs ou des techniques différents. Sert à comparer les résultats de différents tests ou
les résultats d’études faites avec différents tests.
VALURS PREDICTIVES
Se et Sp sont les probabilités de réponse du test si l’individu est de statut connu (infecté, sain). Cela signifie que :
Si l’individu est atteint, Se est la probabilité que le test soit positif ;
Si l’individu est sain, Sp est la probabilité que le test soit négatif.
➢Si le test est positif, quelle est la probabilité que l'individu soit infecté ? Valeur prédictive positive (VPP)
➢Si le test est négatif, quelle est la probabilité d’être sain ? Valeur prédictive négative (VPN)
De façon générale plus la maladie est rare, plus la VPP diminue et la VPN augmente donc on aura un risque
important de trouver des FP, mais peu voire pas de FN. La VPP pose problème, tandis que la VPN ne devient faible
que lorsque la fréquence est très très élevée.
Prévalence apparente Pa : proportion d’individus positifs d’après le test
A RETENIR :
- Utilisation des tests dans un groupe ou un troupeau : dans les groupes c’est plus facile d’avoir une bonne sensibilité
mais il peut être très difficile d’avoir une bonne spécificité :
Indicateurs d'état donnent le niveau de présence d'une maladie dans une population, c'est à dire sa prévalence
nature, qui se rapportent au même objet, réalisés par des observateurs ou des techniques différents. Sert à
comparer les résultats de différents tests ou les résultats d’études faites avec différents tests.
VALEURS PREDICTIVES
Se et Sp sont les probabilités de réponse du test si l’individu est de statut connu (infecté, sain). Cela signifie que :
Si l’individu est atteint, Se est la probabilité que le test soit positif ;
Si l’individu est sain, Sp est la probabilité que le test soit négatif.
➢Si le test est positif, quelle est la probabilité que l'individu soit infecté ? Valeur prédictive positive (VPP)
➢Si le test est négatif, quelle est la probabilité d’être sain ? Valeur prédictive négative (VPN)
De façon générale plus la maladie est rare, plus la VPP diminue et la VPN augmente donc on aura un risque
important de trouver des FP, mais peu voire pas de FN. La VPP pose problème, tandis que la VPN ne devient faible
que lorsque la fréquence est très très élevée.
Prévalence apparente Pa : proportion d’individus positifs d’après le test
ECHANTILLONAGE
Echantillonnage = ensemble des opérations qui visent à prélever (« tirage ») un échantillon dans une population.On veut des échantillons
informatifs.
La stratégie d’échantillonnage inclut trois éléments :
-Définir les niveaux d’échantillonnage : Est-ce qu’on échantillonne des régions, communes, troupeaux, indiv…
- Constituer une base de sondage liste dans laquelle tirer les individus
-Définir une méthode de tirage d’échantillon = comment obtenir les individus à partir de la base de sondage ?
Aléatoire
* Aléatoire simple : chaque membre d'une population a une chance égale d'être inclus à l'intérieur de l'échantillon.
* Systématique : parfois appelé échantillonnage par intervalles ; il existe un écart entre chaque unité sélectionnée qui est incluse dans
l'échantillon.
* Stratifié : on divise la population en groupes mutuellement exclusifs, puis on sélectionne à partir de chaque strate des échantillons
indépendants. On peut utiliser n'importe laquelle des
méthodes d'échantillonnage mentionnées dans la présente
* En grappes Il est préférable de sonder un grand nombre de petites grappes, plutôt qu'un petit nombre de grandes grappes.
* A plusieurs degrés ressemble à la méthode d'échantillonnage en grappes, sauf qu'il faut dans son cas prélever un échantillon à l'intérieur de
chaque grappe sélectionnée, plutôt que d'inclure toutes les unités dans la grappe. Ce type d'échantillonnage exige au moins deux degrés.
* A plusieurs phases : un échantillonnage à plusieurs phases entraîne la collecte de données de base auprès d'un échantillon d'unités de
grande taille et ensuite, pour un sous-échantillon de ces unités, la collecte de données plus détaillées
Non aléatoire
* De commodité ou à l’aveuglette : pas normalement représentatif de la population cible, parce qu'on ne sélectionne des unités
d'échantillonnage dans son cas que si on peut y avoir facilement et commodément accès.
* Volontaire des gens offrent volontairement leurs services pour l'étude dont il est question.
* Au jugé : on utilise la méthode d'échantillonnage au jugé lorsqu'on prélève un échantillon en se fondant sur certains jugements au sujet de
l'ensemble de la population.
* Par quotas : Très fréquent. Il s'effectue jusqu'à ce qu'un nombre précis d'unités (de quotas) pour diverses sous-populations ait été
sélectionné.
VOIR TD1 ET 3 pour les details
BIAIS
Biais de sélection : ils correspondent à une erreur au moment du choix des sujets :
- Biais de recrutement : le protocole (ou sa mise en oeuvre) ne permettent pas d’obtenir un échantillon
- Biais de non-réponse et biais de perte de vue : perte sélective de sujets ;
Biais de mesure : erreur au moment du recueil des données :
-Biais d’observation : liés à l’enquêteur : autant que possible, travailler en aveugle = l’enquêteur ne connait pas le résultat de la mesure du
phénomène de santé ;
- Biais de déclaration (en particulier, de mémorisation) : liés au sujet interrogé ;
- Biais liés aux techniques de mesure
Lorsque des biais ont été identifiés avant ou pendant l’étude il est possible de les prendre en compte à postériori pour améliorer l’estimation.
EPIDEMIO – CM 5
Epidémiologie Descriptive LONGITUDINALE
PREVALENCE ET INCIDENCE
prévalence instantanée (nombre de malades à un instant donné, unité : nb de cas)
Incidence instantanée (entrée, nouveaux cas, unité : nb de nouveaux cas par unité de temps)
Incidence cumulée nombre de nouveaux cas déclarés entre t1 et t2. Unité : nombre de nouveaux cas (sur la période étudiée).
Prévalence cumulée (= prévalence instantanée à t2 !!) nombre total de cas à t2 (anciens cas à t1 + tous les nouveaux entre t1 et t2) : somme
de la prévalence instantanée en t1 et de l‘incidence cumulée entre t1 et t2.
Unité : nombre de cas.
nombre de sujet-temps = somme des temps de participation des individus étudiés
ATTENTION AUX INTERVALLES DE CONFIANCE (CM5)
Unités :
- Prévalence instantanée : nombre de cas ;
- Taux de prévalence instantanée : pourcentage (prévalence instantanée/population totale)
- Incidence cumulée : nombre de nouveaux cas sur la période étudiée ;
- Taux d’incidence cumulée : nombre de nouveaux cas par SUJET-TEMPS (sur la période étudiée).
A RETENIR :
➢Le taux de prévalence représente la proportion de cas dans la population soumise au risque. Il est particulièrement intéressant à étudier
lors d’enzooties = endémie et pour les maladies chroniques (car évolution lente) ;
➢Le taux d’incidence représente le nombre de nouveaux cas pour un nombre de sujets-temps de la population soumise au risque. Il est
particulièrement intéressant à étudier lors d’épizooties = épidémie et pour les maladies aiguës.
EPIDEMIO – CM 6
Epidémiologie Analytique
Risque Relatif (RR) signifie que le risque d’être malade chez les exposés est RR fois celui d’être malade chez les
non exposés.
IC de RR
Cet intervalle permet de savoir si l’association entre l’exposition et la maladie est significative. Cela revient donc à
comparer le RR à 1 (Est-il significativement différent de 1 ?). Pour cela concrètement :
-Soit on réalise un test statistique (khi2 d’indépendance, Fisher,… cf. S6) ;
-Soit on vérifie si l’intervalle de confiance (IC) du RR contient ou pas 1. S’il contient 1 (ou 0 si on est en ln), alors
l’association entre l’exposition et la maladie n’est pas significative.
Si IC>1 alors RR significativement >1 exposition associé à la maladie ;
Si IC<1 alors RR significative <1 exposition associée à la protection.
Facteur de confusion
Facteur de confusion : facteur perturbant la relation entre l’exposition et la maladie.
Pour y faire face, On stratifie la population selon l’exposition.
Pour chacune des différentes strates « i », on associe un XRi on a donc un XR différent dans chaque strate. Si on
met tout le monde ensemble, on peut calculer une valeur XRbrut.
Remarque : XR = OR (odds ratio) ou RR (risque relatif) selon si on est dans une étude de cohortes ou une étude cas-
témoins.
On considère qu’il y a un biais de confusion si les XRi sont différents de l’XRbrut.
Si on souhaite étudier la relation en ayant gommé l’effet du facteur de confusion, on étudie la valeur moyenne de
ces différents XRi : le XRajusté. AttentionIl ne doit pas y avoir d’interaction avec la strate du facteur de confusion.
Ajustement
valeur ajustée : valeur moyenne pondérée par l’inverse de la variance des ln(XRi) pour chaque strate.
On compare XRajusté à 1 :
-Soit on vérifie si l’intervalle de confiance à 95% du XRajusté ne contient pas la valeur 1. On estime l’IC en utilisant
l’approximation par la loi normale
-Soit on réalise le test statistique du X² ajusté de Mantel-Haenszel avec R. Si l’IC du XRajusté ne contient pas la valeur
1, le XR est significativement différent de 1 et il y a association entre exposition et maladie.
A RETENIR :
➢Lorsque la valeur observée d’un RR ou d’un OR sur l’ensemble de la population est différente des valeurs
observées pour les différentes strates, il y a un biais de confusion.
➢Les valeurs observées pour les différentes strates doivent être homogènes (pas d’interaction) pour pouvoir
calculer la valeur ajustée = la valeur moyenne. Dans le cas contraire, on calcule le résultat par strate uniquement.
➢La valeur ajustée permet de connaître la relation propre entre l’exposition et la maladie, en gommant le biais de
confusion.
Applications - Ro
Taux de reproduction de base et moyen de lutte quantification du R0 et des moyens de lutte.
R0 permet de réfléchir à quels sont les moyens de lutte efficaces
Les mesures mises en oeuvre cherchent à refaire passer le R0 sous la droite d’équation R0 = 1. Les mesures médicales visent à augmenter le
taux de guérison γ et les mesures sanitaires à diminuer le taux de contact β. Le mieux est donc d’associer les deux types de mesures pour
obtenir R0 <1 et donc une disparition de la maladie.
Programme de lutte et de vaccination
R0 permet de quantifier les efforts à fournir pour éradiquer les maladies.
Avec le R0, on établit la fraction de la population à vacciner : p = la couverture vaccinale , 1 – p = les non vaccinés
La vaccination dépend de la maladie et de son R0.
La couverture vaccinale dépend de la capacité de la maladie à se propager. C’est très important.
A RETENIR :
-L’estimation de R0 est réalisée d'après les données épidémiologiques : endémie ou épidémie.
- La quantification de R0 et des paramètres :
- Sert à établir un scénario de stratégie de lutte ;
- Sert à quantifier l’effort (ex : couverture vaccinale p > 𝟏 – 𝟏/𝑹𝟎) ;
- Association de plusieurs moyens de lutte.
-Il n’est pas nécessaire de tout éliminer, il faut juste arriver à R0 < 1.
EPIDEMIO – CM 10
Application aux luttes contre les maladies
DEFINITIONS
Prévention (ou prophylaxie) : ensemble des mesures visant à éviter ou réduire le nombre et la gravité des maladies.
Lutte (contre les maladies animales) : terme général qui désigne l’ensemble des actions menées pour atteindre un
objectif.
Dépistage : diagnostic précoce d’une maladie/infection en absence de signes cliniques. Il peut entrer dans la
prophylaxie
transmission est le passage d’un agent pathogène entre individus
propagation est utilisée pour décrire la transmission à l’échelle d’une population.
TAUX DE VACCINATION Rμ
Rμ =(1-μ)*R0
Afin d’empêcher le plus possible la contagion, il faut que Rμ<1 ce qui correspond à μ > 1- 1 R0.
STRATEGIES
Défensive : Population indemne (non infectée)/saine (sans signes cliniques)
- Prévenir l’introduction d’un agent pathogène ;
- Prévenir la survenue d’une maladie.
Offensive : Population infectée
- Maîtriser (contrôler) le nombre d’individus infectés/malades ;
- Eliminer les individus infectés / la maladie dans une population ;
- Eradiquer un agent pathogène d’une zone/région/pays/monde.
On réalise les observations sur un échantillon puis on effectue une extrapolation à la population pour
estimer une prévalence.
Ici il s’agit de faire une enquête descriptive car on cherche à connaître la prévalence de la dysplasie au
sein d’une population de chiens. Il s'agit d'un protocole transversal, c'est à dire que l'étude est menée
à un moment donné.
Avant d’entamer toute mesure, il faut connaître quelques informations sur la dysplasie : c’est une
anomalie du développement qui entraîne une mauvaise coaptation de l’articulation de la hanche. Cela
peut provoquer des boiteries et d’autres problèmes locomoteurs importants. La dysplasie est une
maladie transmissible dite « contagieuse » (voir CM1, une maladie non contagieuse est forcément
vectorielle : la dysplasie est donc contagieuse en épidémio au sens où elle se transmet sans l’aide d’un
vecteur) car elle se transmet à la descendance de manière héréditaire par une transmission verticale
vraie.
On peut classer les différentes causes de la dysplasie suivant les types de causes vues au CM1:
Déterminante : nécessaire voire suffisante. Ici il s’agit des gènes de la dysplasie. Les chiens
apparentés ne sont pas indépendants donc il faut faire attention au choix des chiens pour
l’étude ; il faut éviter de prendre un élevage complet ou une famille complète.
Prédisposante : sensibilité des individus. Ici c’est la race qui influe.
Favorisante : qui accélère le déclenchement du problème. L’activité du chiot en croissance est
un facteur favorisant. Les signes de la dysplasie apparaitront plus vite avec un chiot qui bouge
beaucoup, qui monte ou descend les escaliers …
Aggravante : elle rend le problème plus grave une fois qu’il est déclenché. Dans notre cas, c’est
une mauvaise alimentation entrainant un surpoids, une carence (aggravante ou favorisante).
Il faut également prendre en compte l’âge ou ne s’intéresser qu’à une certaine classe d’âge.
1 sur 6
Question 2 : Avant de lancer votre enquête épidémiologique pour étudier l’importance de
la dysplasie, vous avez fait une revue de la littérature. Que vous inspirent les résultats
présentés au tableau I ? Quelles hypothèses formuler pour expliquer ces différences ?
Quelles informations faut-il encore récolter au Lichtenbourg sur cette maladie ?
On observe des variations entre les différentes données trouvées dans les revues scientifiques. On
n’observe pas de tendance générale au fil du temps bien qu’on ait l’impression que la prévalence
augmente légèrement. Il peut y avoir des vraies variations entre les populations mais également des
erreurs systématiques, on parle alors de biais (cf CM4).
Objectif : Eviter les biais de mesure, les biais de sélection (recrutement, non réponse) et contrôler la
taille de l’échantillon pour avoir une idée précise.
2 sur 6
Il faut déterminer la taille de l’échantillon à approcher pour pouvoir réaliser l’enquête correctement.
On ne cherche pas un nombre précis mais un ordre de grandeur.
De plus, il faut que l’échantillon soit représentatif de la population : les animaux doivent être pris au
hasard (ie de manière aléatoire) pour que chaque individu ait la même probabilité de se retrouver dans
l’échantillon que dans la population. La représentativité n’a rien à voir avec la taille de l’échantillon.
NB : Pour les nouvelles maladies et les maladies émergentes, on peut faire des hypothèses et on
préfèrera l’incidence à la prévalence car la maladie n’est pas stable.
Pour p=0.3 d= 0.1 et α=0.05 alors n=81 : l’étude sera moins précise mais réalisable.
Pour p=0.3, d=0.05 et α=0.05 alors n=323 l’étude sera très précise mais moins facilement
réalisable.
Remarque : Si on a besoin de 2 fois plus de précision (d/2), il faudra 4 fois plus d’individus dans
l’échantillon.
La ligne de Morgan :
3 sur 6
Question 3 : Une enquête (Paster et al. 2005) a
comparé les scores lus à l’aide des deux méthodes
(avec et sans CCO = caudolateral curvilinear
osteophyte = ligne de Morgan), sur 140 Rottweiler
sans signes cliniques. Les animaux sont ici classés en
7 catégories. Quelle méthode est meilleure ?
Une bonne sensibilité c'est-à-dire une bonne capacité à détecter les vrais positifs parmi les
atteints : VP/(VP+FN).
Une bonne spécificité c'est-à-dire une bonne capacité à détecter les vrais négatifs parmi les
sains : VN/(VN+FP).
Il faut prendre un test de base pour pouvoir comparer, ici on utilise le test Norbert-Olsson car c’est un
test empirique, il sert donc de Gold-standard.
Dans la catégorie « borderline » on ne trouve pas d’individus car si on mettait un individu dedans cela
signifierait qu’on ne sait pas si le chien est réellement atteint de la dysplasie. On ne peut pas dire cela
à un propriétaire. Dans d’autres cas, cette catégorie correspondrait à tout le monde (on ne se prononce
pas). C’est donc une question de perception et de concepts.
Pour remplir le tableau, on commence par remplir les totaux grâce aux deux graphiques, puis on calcule
les VP, FP, VN et FN par déduction et soustraction.
Le test de Morgan semble donc meilleur si on souhaite faire de la reproduction, on est sûr de détecter
tous les positifs et donc on élimine de la reproduction tous les atteints. Mais on élimine de la
reproduction beaucoup de positifs au test mais non atteints…
4 sur 6
Question 4 : L’enquête de Paster et al. étudie également les scores radiographiques de 93
chiens vus à la clinique vétérinaire de l’Université de Pennsylvanie. Elle compare la
distribution des scores chez les chiens dont les radiographies sont ensuite envoyées pour
lecture officielle (49, histogramme du haut, barres blanches et noires correspondant à deux
lectures par deux personnes différentes) et ceux qui ne le sont pas (44, histogramme du
bas). Parmi les chiens qui souhaitent un agrément officiel, 45/49 ont un score bon à moyen.
Parmi ceux dont les propriétaires ne demandent pas d’agrément, 24/44.
Que signifient ces résultats pour votre enquête ?
Question 5 : Cette année au Lichtenbourg, les radiographies des hanches de 100 Rottweiler
ont été envoyées au vétérinaire de la Société des Amis du Rottweiler pour interprétation
officielle. Les résultats sont les suivants:
Stade A: 37 chiens (37%)
Stade B: 23 chiens (23%)
Stade C: 15 chiens (15%)
Stade D: 18 chiens (18%)
Stade E: 7 chiens (7%)
Quelle estimation pouvez-vous faire de la fréquence de la dysplasie dans cette race ?
L’estimation donne 0.25 [0,17 ; 0,33] mais cette étude est également biaisée si elle est faite à partir
d’une lecture officielle.
5 sur 6
RETENIR QUE :
Des objectifs ;
Une population cible ;
Des tests (biais de mesure) ;
Une stratégie d’échantillonnage (éviter les biais de sélection) ;
Choix de la taille de l’échantillon (précision).
Conclusion
Cet exercice nous a permis d’aborder les objectifs d’apprentissage suivants :
6 sur 6
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Rappels :
Sensibilité : probabilité que le test soit positif pour un individu atteint
𝑽𝑷
𝑺𝒆 =
𝑽𝑷 + 𝑭𝑵
Spécificité : probabilité que le test soit négatif pour un individu sain
𝑽𝑵
𝑺𝒑 =
𝑽𝑵 + 𝑭𝑷
𝑽𝑷+𝑽𝑵
Proportion de sujets bien classés : 𝑩𝑪 = avec n la population totale.
𝒏
Distinctions entre :
Test de dépistage de masse pour une maladie de fréquence modérée : on veut éviter les faux
positifs et on privilégie la spécificité.
Test de diagnostic individuel pour une maladie grave. On veut éviter les faux négatifs et on
privilégie la sensibilité.
Différence entre le taux de prévalence apparente (TPA) et le taux de prévalence réelle (TPR) :
𝑽𝑷 + 𝑭𝑷
𝑻𝑷𝑨 =
𝒏
𝑽𝑷 + 𝑭𝑵
𝑻𝑷𝑹 =
𝒏
1 sur 6
Il existe une relation entre les deux :
𝑻𝑷𝑨 + 𝑺𝒑 − 𝟏 𝑻𝑷𝑨 + 𝑺𝒑 − 𝟏
𝑻𝑷𝑹 = =
𝑱 𝑺𝒆 + 𝑺𝒑 − 𝟏
Exemple : on étudie la probabilité d’être réellement enceinte avant et après avoir effectué le test de
grossesse.
Si le test est positif, la probabilité d’être vraiment enceinte augmente : Ppré-test < Ppost-test
Si le test est négatif, la probabilité d’être enceinte diminue : Ppré-test > Ppost-test .
La VPP est la probabilité que l’animal soit malade sachant que le test est positif :
𝑽𝑷 𝑺𝒆 ∗ 𝑷(𝒎)
𝑽𝑷𝑷 = =
𝑽𝑷 + 𝑭𝑷 𝑺𝒆 ∗ 𝑷(𝒎) + (𝟏 − 𝑺𝒑)(𝟏 − 𝑷(𝒎))
La VPN est la probabilité que l’animal soit sain sachant que le test est négatif :
𝑽𝑵 𝑺𝒑 ∗ (𝟏 − 𝑷(𝒎))
𝑽𝑷𝑵 = =
𝑽𝑵 + 𝑭𝑵 𝑺𝒑 ∗ (𝟏 − 𝑷(𝒎)) + (𝟏 − 𝑺𝒆) ∗ 𝑷(𝒎)
Si le test est positif, la probabilité que l’animal ne soit pas malade est : 1- VPP.
Si le test est négatif, la probabilité que l’animal soit malade est : 1-VPN.
Les valeurs des VPP et VPN dépendent de la valeur de la probabilité pré-test d’être malade P(m). Plus
P(m) est faible et plus la VPP sera faible et risque de ne pas atteindre 50%.
Exercice 1
On regarde le nombre de réponses affirmatives sur les 4 questions posées. L’étude porte sur 117
sujets malades et 401 sujets non malades.
Nombre de
Non
réponses Malades VP FN VN FP Se Sp BC J
malades
affirmatives
3 ou 4 60 1 60 57 400 1 51.3% 99.7% 88.8% 51%
2 28 14 88 29 386 15 75.2% 96.2% 91.5% 71.4%
1 11 28 99 18 358 43 84.6% 89.3% 88.2% 73.9%
0 18 358 117 0 0 401 100% 0.0% 22.6% 0.0%
Plus on baisse le seuil (nombre de réponses affirmatives pour considérer le test positif), plus on
diminue la spécificité et on augmente la sensibilité.
2 sur 6
Dans le cas où l’on ne privilégie ni la spécificité ni la sensibilité, on utilise l’indice J qui permet de
trouver le meilleur compromis. Le meilleur compromis est obtenu pour un seuil à une réponse
positive, qui correspond à l’indice de Youden maximum J = 73,9%. Ainsi, à partir d’une réponse
affirmative dans le questionnaire, le sujet sera considéré comme positif.
Si on considère l’indice BC, BCmax = 91.5 % est obtenu pour deux réponses affirmatives. L’indice BC
est influencé car il y a beaucoup plus de non malades que de malades donc il donne plus de poids à la
spécificité qu’à la sensibilité.
Exercice 2
La grande différence entre PA et PR (qui vaut pratiquement le quart de la valeur de PA) est très
majoritairement due à la mauvaise spécificité du test (90%). Quand une maladie n’est pas
extrêmement fréquente, le test doit être spécifique afin de diminuer la part des FP. Dans cet
exemple, les FP représentent pratiquement 75% des positifs.
Exercice 3
Données de l’énoncé : Se=0.75 ; Sp=0.60 ; DAPP=0.2
0.75∗0.2
VPP = 0.75∗0.2+(1−0.6)∗(1−0.2) = 0.319 = 32%.
Donc, si l’on considère qu’un chien a une DAPP car il se gratte et a une réaction positive au test, il y a
presque 32% de chance que cela soit juste et 68% que cela soit faux ! Il y a donc encore 68% de
risque que le chien souffre d’autre chose. En effet, la probabilité pré-test de faire la maladie est faible
(20%) et le test est peu spécifique (Sp=60%). Il ne faut pas faire un test sans connaître ses qualités
intrinsèques (Se+Sp), sinon on risque d’aboutir à des conclusions erronées.
Exercice 4
Données de l’énoncé : Se=0.92 ; Sp=0.95 ; Pr=0.01 en France ; Pr=0.80 en Suède
La gale sarcoptique est beaucoup plus fréquente en Suède qu’en France. La question revient à
calculer la VPP avec une P(m) de 80% en Suède et de 1% en France.
0.92∗0.01 0.92∗0.8
VPPfr = = 0.157 = 15,7% et VPPs = = 0.987 = 98,7%
0.92∗0.01+(1−0.95)∗(1−0.01) 0.92∗0.8+(1−0.95)∗(1−0.8)
3 sur 6
La question revient à calculer la VPN avec une P(m) de 80% en Suède et de 1% en France :
0.95∗0.99 0.95∗0.2
VPNfr = = 0.999 = 99,9% et VPNs = = 0.748 = 74,8%.
0.95∗0.99+(1−0.92)∗0.01 0.95∗0.2+(1−0.92)∗0.8
VPP VPN
Tableau récapitulatif : France 15,7% 99.9%
Suède 98.7% 74,8%
Bien que les qualités du test soient très bonnes, la VPP est mauvaise en France car la probabilité de
faire la maladie pré-test est très faible. Il faut faire un test que si la probabilité pré-test n’est pas trop
faible. Lorsque l’on aucune idée sur la pathologie et que l’on fait des tests dans l’espoir dans en
avoir un de positif, on a toute les chances d’avoir une VPP très faible et donc qu’un positif soit
majoritairement un FP.
A)
4 sur 6
C) La meilleure méthode est M1 car elle
possède le point le plus proche de (0.1) avec
Se= 0.75 et Sp=0.7
- M2 si on considère la
sensibilité avec Se=0.86 et
Sp=0.62.
- M3 si on considère la
spécificité avec Se=0.58,
Sp=0.85
Exercice 6
des malades vraiment très malades (à l’hôpital) dont on peut s’attendre à ce qu’il n’y ait pas
de faux négatifs pour calculer la sensibilité du test.
des sains vraiment très sains dont on peut s’attendre à ce qu’il n’y ait pas de faux positifs
pour calculer la spécificité du test.
plus de faux négatifs car les sujet seront moins malades (ex. sujets non hospitalisés) pouvant
être au-dessous le seuil de détection.
plus de faux positifs car les sujet seront moins sains (ex. sujets saints ayant d’autres
pathologie pouvant croiser avec la maladie étudiée) pouvant être au-dessus du seuil de
détection.
Remarque : si on augmente le nombre d’individus, on gagne en précision.
5 sur 6
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Introduction : Nous vous avons remis les définitions de l’énoncé du TD. Celles-ci ne sont pas à
apprendre puisque nous aurons le droit à nos documents lors du partiel.
Echantillonnage aléatoire
L'échantillonnage aléatoire entraîne la sélection d'un échantillon à partir d'une population, sélection
qui repose sur le principe de la randomisation (la sélection au hasard ou aléatoire) ou la chance. Il est
plus complexe, prend plus de temps et est habituellement plus coûteux que l'échantillonnage non
aléatoire. Toutefois, on peut, grâce à l'échantillonnage aléatoire, produire des estimations fiables, de
même que des estimations de l'erreur d'échantillonnage et réaliser des inférences au sujet de la
population.
Lorsque vous choisirez un plan d'échantillonnage aléatoire, votre but devrait consister à réduire le plus
possible l'erreur d'échantillonnage des estimations pour les variables d'enquête les plus importantes,
tout en réduisant le plus possible également le délai et le coût de réalisation de l'enquête.
Aléatoire simple : dans un échantillonnage aléatoire simple (EAS), chaque membre d'une
population a une chance égale d'être inclus à l'intérieur de l'échantillon. Chaque combinaison
de membres de la population a aussi une chance égale de composer l'échantillon. C’est une
technique simple mais s’il y a une grande variabilité dans la population, les effectifs doivent
être importants. Ex : on veut analyser les vétérinaires praticiens de France. On prend 1 par
tranche de 100 vétérinaires listés.
1 sur 6
méthodes d'échantillonnage mentionnées dans la présente section (et il en existe d'autres)
pour sélectionner l'échantillon à l'intérieur de chaque strate. Pourquoi doit-on créer des
strates? Pour bien des raisons, la principale étant que leur création peut rendre la stratégie
d'échantillonnage plus efficace. La stratification est des plus utiles lorsque les variables de
stratification sont :
(i) simples à utiliser
(ii) faciles à observer
(iii) étroitement reliées au thème de l'enquête.
Malgré ces inconvénients, les méthodes d'échantillonnage non aléatoire peuvent être utiles
lorsqu'on désire des commentaires descriptifs au sujet des échantillons eux-mêmes. Deuxièmement,
leur utilisation prend peu de temps tout en étant plus économique et plus pratique. Il existe aussi des
domaines, comme la recherche sociale appliquée, où il est impossible ou presque impossible
d'effectuer un échantillonnage aléatoire.
2 sur 6
représentatif de la population cible, parce qu'on ne sélectionne des unités d'échantillonnage
dans son cas que si on peut y avoir facilement et commodément accès. L'avantage évident de
la méthode, c'est qu'elle est facile à utiliser, mais la présence de biais annule énormément ce
dernier. Même si ses applications utiles sont limitées, la technique peut donner des résultats
exacts lorsque la population est homogène. Ex : lors de l’échantillonnage des rats dans une
cage, si on prend le premier qui vient, on a plus de chance de tomber sur le mourant, la femelle
gestante, le plus sociale… Pour tirer au hasard, il faudrait les numéroter et tirer au hasard les
numéros.
Par quotas : l'échantillonnage par quotas est l'une des formes les plus courantes
d'échantillonnage non aléatoire. Il s'effectue jusqu'à ce qu'un nombre précis d'unités (de
quotas) pour diverses sous-populations ait été sélectionné. La méthode est réalisée la plus part
du temps sur les quotas marginaux et non pas croisés (e.g., tant de femmes, tant d’homme,
tant de jeunes, tant de vieux,.. et non pas tant de jeunes femme, de vieilles femmes, de jeunes
hommes..). On peut penser que l'échantillonnage par quotas est préférable à d'autres formes
d'échantillonnage non aléatoire (comme l'échantillonnage au jugé), parce qu'il impose
l'inclusion dans l'échantillon de membres de différentes sous-populations. Comme dans le cas
de toutes les autres méthodes d'échantillonnage non aléatoire, il faut supposer pour
l'échantillonnage par quotas que les personnes sélectionnées sont semblables à celles qu'on
ne sélectionne pas, afin de formuler des inférences au sujet de la population. Des hypothèses
aussi audacieuses sont rarement valables. L'échantillonnage par quotas est généralement
moins coûteux que l'échantillonnage aléatoire et c’est une méthode d'échantillonnage efficace
lorsqu'on a instamment besoin d'information. Il peut être la seule méthode d'échantillonnage
appropriée dans bien des cas où il n'existe pas de base de sondage convenable pour la
population étudiée. Exemple : on le réalise en fonction des cartes d’électeurs, des lignes
téléphoniques. Mais ceci est non représentatif de toute la population car certains n’avait pas
de téléphone fixe auparavant.
3 sur 6
Exercice 1 : Quels échantillons ?
a) Afin de pouvoir étudier les facteurs de risque de maladie, il est nécessaire de pouvoir comparer la
répartition chez les malades et chez les non malades. Hors contrairement aux idées reçues, les
répartitions des populations d’animaux non malades est globalement très mal connus (ex. pyramide
des âges ou répartition des races chez les chiens). Donc, il est nécessaire d’avoir une population de
non malade qui sert de témoin.
b)
i. Pour étudier la fréquence d’animaux atteints chez les chats âgés, il suffit d’avoir un
échantillon. Si l’on veut comparer cette fréquence pour d’autre tranche d’âge ceci revient à étudier la
relation entre l’âge et la maladie.
ii. Pour étudier la relation entre l’âge et la maladie, il est nécessaire d’avoir des animaux de
différentes tranches d’âge dont des jeunes.
𝑓∗(1−𝑓) 1.96²∗0.3∗0.7
Données de l’énoncé : d=±10%, α=95% f=30%. On a donc : 𝑛 = 𝑢² ∗ = = 80.7. Il faut
𝑑² 0.1²
donc 81 individus.
On vérifie a posteriori que les conditions d’utilisation : nf = 80.6736*0.3 ≈ 24>20. Comme f<50%, il
n’est pas nécessaire de vérifier n(1- f) .
b) Il ne faut pas confondre la représentativité qui est obtenue par un échantillonnage aléatoire et la
précision qui elle dépend comme nous l’avons vu dans l’exercice précédent de p et de n. On pourrait
répondre de manière caricaturale qu’à partir de n=1 un échantillon est représentatif si l’échantillon est
aléatoire. Mais dans ce cas on a un résultat qui n’est absolument pas précis.
d) Nous avons vu précédemment que le risque de n’avoir aucun animal infecté sur n animaux est (1-
P)n . Donc, le risque d’avoir au moins un positif, c’est-à-dire de mettre en évidence la présence de la
maladie, est 1 - (1-P)n. Par ailleurs, nous souhaitons que ce risque soit de 1-α.
log(𝛼)
Nous avons 1 - (1-P)n = 1-α = 95% d’où 𝑛 = = 498
log(1−𝑃)
4 sur 6
Exercice 3 : Echantillonnage
a) Non, ceci n’est pas un échantillonnage aléatoire : il n’y pas de tirage au sort avec une probabilité
d’être choisi identique pour tous les sujets. C’est un échantillonnage de commodité ou à l’aveuglette.
On sélectionne par cet échantillonnage les animaux les plus faciles à attraper (les plus malades, les plus
vieux,…).
b) Non, dans un échantillonnage en grappe, on souhaite que les grappes soient les plus hétérogènes
possibles et l’effet grappe est un inconvénient car toutes les grappes ne seront pas représentés.
Exemple de grappes : communes, départements,… Au contraire dans un échantillonnage en strate, on
souhaite que les strates soient les plus homogènes possibles et l’effet strate est connu et toutes les
strates sont représentées et un échantillon est tiré dans chaque strate. La stratification permet d’avoir
des estimations plus précises pour un même nombre de sujet. Exemples de strates : âge, sexe,
catégorie socio-professionnelle…
Strates Grappes
Individus sélectionnés à partir de Individus sélectionnés dans UNE
TOUTE la population PARTIE de la population
Pas de tirage au sort Tirage au sort
Homogène pour la variable étudiée Hétérogène pour la variable étudiée
Contrastées entre elles Semblables entre elles (effet grappe)
c) Non. Ce n’est pas l’unique moyen d’échantillonner. Il n’est pas toujours possible d’avoir une base de
sondage où sont répertoriés tous les sujets d’une population ex. les populations d’animaux sauvages.
Lorsque l’on recherche la présence d’une maladie, il est plus intéressant d’avoir un échantillon
représentant une population à risque qui par exemple sort plus, se contamine plus, se fait plus piéger
qu’un échantillon représentatif de la population générale.
d) Cette méthode d’échantillonnage est un échantillonnage par grappe à deux degrés. Le premier
degré correspond à la grappe et le deuxième degré à des unités dans la grappe. Cette méthode permet
de limiter les déplacements. Mais elle nécessite d’avoir la connaissance de toutes les populations pour
pouvoir les tiré au sort. Il est important d’avoir un nombre suffisant de grappe.
e) L’exhaustivité n’est pas toujours nécessaire pour avoir une bonne image de la population car ceci
nécessite parfois beaucoup de moyens. D’ailleurs maintenant, le recensement n’est plus exhaustif à
l’échelle nationale. Dans l’exemple de l’énoncé, on aura une image de la région et non pas de la France.
f) Cette méthode est un échantillonnage en strate avec l’âge étant la variable de stratification. Cette
stratification permet d’avoir une image plus précise pour le même nombre de sujet.
g) Du fait de la rapidité de l’obtention des résultats, il est classiquement réalisé un échantillonnage par
quota. Dans l’exemple, différent échantillons ont été fait dans chaque canton (strate et non pas
grappes = tous les cantons). Les quotas portent sur les variables (sexe, âge, profession du chef de
famille). C’est-à-dire qu’ils ont fixé le nombre d’individu dans chaque canton en fonction des
pourcentages de la population cible, puis ils ont appliqué avec la méthode des quotas, avec soit des
quotas différents pour chaque canton, soit des quotas identiques selon l’objectif. Les interviews ont
eu lieu par téléphone au domicile des personnes interrogées. Ceci devient de moins en moins
représentatif de la population générale.
5 sur 6
Exercice 4 : Elaboration du questionnaire
a) Il faut être très précis si l’on veut obtenir des variables quantitatives : en particulier, les cases pour
forcer à écrire lisiblement, bien indiquer les unités, les délais.
b) Non, les modalités indiquées dans « autres » seront, de fait, sous estimées. Il faut privilégier les
questions fermées exhaustives et faire des sous catégories.
c) Certaines personnes cocheront une croix d’autres trois croix. Les réponses ne sont pas exclusives et
les questions tendancieuses : c’est donc difficile à analyser. On ne sait pas distinguer la non réponse
d’un vrai non. Il faut mieux présenter avec 4 questions qui ont des réponses exclusives : Que reprochez-
vous au cours de biostat ?
C’est inutile ? □ oui □ non □ sans avis
C’est compliqué ? □ oui □ non □ sans avis
C’est trop long ? □ oui □ non □ sans avis
C’est ennuyeux ? □ oui □ non □ sans avis
Ce n’est pas assez appliqué □ oui □ non □ sans avis
La modalité « sans avis » est nécessaire si l’interviewé répond seul.
d) Ces questions sont très tendancieuses. Il faut mieux présenter dans 50% des cas la première phrase
et dans 50% des cas la seconde. En effet, on a tendance à choisir plus souvent la première modalité.
Dans un sondage, les questions sont posées de telle sorte que l’on réponde dans le sens de
l’interviewer, il faut dont bien faire attention.
e) L’exhaustivité et l’exclusivité ne sont pas des qualités suffisantes. Quand on a trop de modalités, les
statistiques sont très délicates voire impossibles. Un conseil : pas plus de 5 modalités.
b) C’est indispensable :
Pour corriger ces erreurs. Une erreur classique est de ne pas se mettre dans le mode de pensée
de l’interviewé et ceci est pourtant primordial ;
Pour raccourcir car le questionnaire est dans ses premières ébauches toujours trop long.
6 sur 6
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Exercice 1
Prévalence et incidence :
La prévalence correspond au nombre de cas à un moment donné. L’incidence correspond aux
nouveaux cas sur une période donnée.
1 sur 4
Exercice 2
1) Taux d’incidence :
Calcul à la main : Le nombre de nouveaux cas dans l’étude est de 8 et le nombre de chevaux-
mois est de 43.
𝑛𝑜𝑚𝑏𝑟𝑒 𝑑𝑒 𝑐𝑎𝑠 8
TI = = = 0.186 nouveaux cas par cheval.mois (ou encore
𝑠𝑜𝑚𝑚𝑒 𝑑𝑒𝑠 𝑡𝑒𝑚𝑝𝑠 𝑑𝑒 𝑐ℎ𝑎𝑞𝑢𝑒 𝑐ℎ𝑒𝑣𝑎𝑙 𝑑𝑎𝑛𝑠 𝑙′é𝑡𝑢𝑑𝑒 43
18.6 nouveaux cas pour 100 chevaux.mois).
Avec Excel : on trouvera cette fois 1315 chevaux.jours ce qui correspond à 43.2 chevaux.mois
(résultat très similaire à celui obtenu à la main).
Explications : on calcule à l’aide d’Excel le nombre de mois restés dans l’étude par chaque cheval tel
que :
- pour une période < 15 jours 0 mois
- pour une période ≥15 jours et < à un mois et demi 1 mois
- etc…
Attention ! Dès lors qu’un cheval tombe malade, il sort de l’étude.
Pour obtenir facilement le temps de participation, il faut trouver la date à laquelle le cheval sort de
l’observation, c'est-à-dire qu’on prend le minimum entre la date de dernière vue et la date d’entrée
en maladie. Ensuite, on calcule le nombre de jours en faisant la différence entre la date d’entrée dans
l’étude et la date de sortie de l’étude pour chaque animal.
- Date de sortie d’étude (« date fin TP » dans le tableau) =min(13/04/07 ;19/03/07) = 19/03/07
- Temps de participation TP en jours = 19/03/07 – 06/03/07 = 13 jours ce qui correspond à 0 mois
d’après les conditions ci-dessus.
Temps Temps
N° DO DDN DM DFM état date fin TP
en mois en jours
27/10/200
1 31/01/2008 NA NA 0 3 96 31/01/2008
7
12/06/200
2 02/07/2007 NA NA 0 1 20 02/07/2007
7
21/08/200
3 20/09/2007 NA NA 0 1 30 20/09/2007
7
11/02/200
4 23/02/2007 NA NA 0 0 12 23/02/2007
7
14/11/200
5 07/12/2007 NA NA 0 1 23 07/12/2007
7
06/03/200 19/03/200
6 13/04/2007 08/04/2007 1 0 13 19/03/2007
7 7
2 sur 4
2) Intervalle de confiance du taux d’incidence :
Le nombre de nouveaux cas durant la période est de 4 cas. Le nombre de chevaux-jours est de 609 (
calculé avec excel). Ce qui correspond à 20.00821 chevaux-mois. Donc le taux d’incidence pour la
période du 1er avril 2007 au 31 octobre 2007 est de 4/20=0.200 nouveau cas par cheval-mois ou
encore 20.0 nouveaux cas pour 100 chevaux-mois avec un IC = [5.4 ; 51.2] nouveaux cas pour 100
chevaux-mois.
Explications :
On calcule la date d’entrée dans l’étude en prenant le maximum entre la date d’entrée du cheval dans
l’étude et le début de la période d’étude (01/04/2007) pour chaque cheval.
On calcule également la date de sortie de l’étude en prenant le minimum entre la date d’arrêt
d’observation initiale, la date d’entrée en maladie (puisque l’animal malade sort de l’étude) et la date
de fin de période étudiée (31/10/2007).
On calcule ensuite le temps de participation sur la période étudiée via le maximum entre 0 et la
différence des dates de début et fin de TP. On prend le maximum avec 0 afin de ne pas avoir des
résultats négatifs correspondant aux chevaux qui ne sont pas entrés dans la période étudiée.
Tps Date
Tps date début fin Date Tps
N° DO DDN DM DFM état en début
en j fin TP étude étude fin TP en j
mois TP
27/10 31/01 31/01 01/04 31/10 31/10 27/10/
1 NA NA 0 3 96 4
/2007 /2008 /2008 /2007 /2007 /2007 2007
12/06 02/07 02/07 01/04 31/10 02/07 12/06/
2 NA NA 0 1 20 20
/2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 2007
21/08 20/09 20/09 01/04 31/10 20/09 21/08/
3 NA NA 0 1 30 30
/2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 2007
11/02 23/02 23/02 01/04 31/10 23/02 01/04/
4 NA NA 0 0 12 0
/2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 2007
14/11 07/12 07/12 01/04 31/10 31/10 14/11/
5 NA NA 0 1 23 0
/2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 2007
06/03 13/04 19/03 08/04 19/03 01/04 31/10 19/03 01/04/
6 1 0 13 0
/2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 2007
3 sur 4
04/04 21/05 21/05 01/04 31/10 21/05 04/04/
7 NA NA 0 2 47 47
/2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 2007
24/02 04/05 04/05 01/04 31/10 04/05 01/04/
8 NA NA 0 2 69 33
/2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 2007
16/04 20/07 20/07 01/04 31/10 20/07 16/04/
9 NA NA 0 3 95 95
/2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 2007
03/01 09/01 09/01 01/04 31/10 09/01 01/04/
10 NA NA 0 0 6 0
/2007 /2007 /2007 /2007 /2007 /2007 2007
Ainsi, en faisant la somme des temps de participation pour les 37 chevaux, on obtient 609
chevaux.jours soit 609/(365.25*12) = 20.008 chevaux.mois.
Remarque : dans ce TD, tous les intervalles de confiance sont très larges car les effectifs sont très petits.
4 sur 4
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Une cohorte de sujets séropositifs vis-à-vis du virus HIV a été réalisée entre le 1er janvier 1984 et le 1er aout
1992. La variable « SIDA » indique si le sujet a développé le sida (1) ou n’a pas développé le sida (0). S’il a
développé le sida, la date de début de période de sida «DP4S » est renseignée. Pour tous les sujets de l’étude
est indiquée la date d’inclusion de l’étude « DTINC » et la date de dernières nouvelles « DDN ».
DP4S correspond à la date d’entrée en maladie, c'est-à-dire lorsque le taux de LT4 devient
inférieur à un seuil. De plus, les individus qui tombent malades, restent malades jusqu’à la fin de leur
vie. On travaille ici sur des personnes qui ont le SIDA parmi une population de séropositifs.
Pour pouvoir répondre aux questions suivantes, il nous faut créer deux jeux de données : une feuille
« hommes » et une feuille « femme » sur Excel.
Méthode : Pour trier les hommes et les femmes dans le premier fichier, on va dans « Trier et filtrer »
puis on sélectionne la colonne SEXE avec 1 pour les hommes et 2 pour les femmes. Attention : il faut
que la case « mes données ont des en-têtes » soit cochée. On colle ensuite tous les hommes sur une
feuille et toutes les femmes sur une autre. Attention à bien prendre la première ligne !
a) Taux de prévalence
On cherche d’abord ceux qui étaient présents au 01/01/1985 et ceux qui étaient malades à cette même
date. On note DP = date de point.
1 sur 4
Calcul du nombre d’individus malades à la date 01/01/1985 :
On ajoute une troisième condition : il faut que l’individu soit tombé malade avant la date de
point d’où si(DP4S<DP;1;0). Ainsi pour compter le nombre de malades, il faut que l’individu soit
présent ET malade à la date du 01/01/1985 d’où si(Cond3+présent=2;1;0).
On a 4 femmes malades et 4 hommes malades à la date du 01/01/1985.
Pour les femmes, il y a 4 malades parmi les 58 présentes à cette date, d’où :
On crée donc un tableau de contingence regroupant les données calculées précédemment avec :
2 sur 4
A partir de ce tableau, on utilise le test de Fisher :
3 sur 4
Pour les femmes : 36/875 = 0,041 = 4,1 nouveaux cas pour 100 sujets-années avec un
intervalle de confiance de [2,9 ; 5,7] nouveaux cas pour 100 sujets-années.
2. Calcul du rapport de taux d’incidence en prenant les hommes comme valeur de référence
On dispose de trois indicateurs pour comparer le risque. Dans R, on utilise les fonctions suivantes
(package epitools) :
rateratio(c) pour calculer le rapport du taux d’incidence avec c, un vecteur colonne tel que
c(nombre de nouveaux malades dans le groupe référence (non exposés) ; nombre de nouveaux malades
chez les exposés, nombre de sujets.temps chez les exposés, nombre de sujets.temps chez les non exposés)
Ici, pour comparer le taux d’incidence entre les femmes et les hommes, on utilise rateratio en prenant
les hommes comme groupe de référence : rateratio(c(134,36,2353,875)).
3. Conclusion
On ne met pas en évidence de différence significative entre les taux d’incidence chez les hommes et
les femmes.
4 sur 4
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Introduction :
Vous (inspecteur de santé publique vétérinaire à la Direction des Services Vétérinaires de la
principauté de Berlingo) êtes chargé par votre responsable de service, toutes affaires cessantes, de
vous occuper d’un foyer de tuberculose : alors que la principauté est indemne de tuberculose
(prévalence de moins de 0,1%), deux élevages ont été déclarés atteints en un mois, suite à l’abattage
d’animaux présentant des lésions évocatrices, confirmées par la culture bactérienne. Les deux
troupeaux ont été abattus, mais les animaux étaient en alpage de moyenne montagne avec d’autres
bovins : en tout 5000 animaux issus de 60 troupeaux sont concernés.
La tuberculose est une maladie provoquée par une bactérie, Mycobacterium bovis, qui provoque des
problèmes respiratoires chez la vache, un amaigrissement progressif, une baisse de la production de
lait… et une faiblesse généralisée due à une réaction immunitaire cellulaire assez importante. Il est
interdit de soigner cette maladie car la bactérie pathogène est résistante à de nombreuses molécules.
En conséquence, les transactions d’animaux atteints sont interdites, ce qui engendre des répercussions
économiques importantes (risque de boycott des produits animaux). Le problème est qu'il s'agit d'une
zoonose ; l’agent est proche de Mycobacterium tuberculosis, responsable de la maladie chez l’homme.
Il existe des problèmes de traitements en humaine.
Le but est donc de préserver le plus possible le statut indemne de la région et des élevages.
Question 2 : Les deux troupeaux atteints ont été abattus et tous les animaux ont fait l’objet
d’une recherche de tuberculose par PCR pour estimer la prévalence dans ces troupeaux. Sur
les 200 animaux inspectés, 16 ont donné des résultats positifs par PCR. On sait qu’en général,
13% des animaux atteints ne sont pas détectés par PCR. Que concluez-vous ?
1 sur 6
𝟏𝟔
En se focalisant uniquement sur le résultat de la PCR : Prévalence apparente (brute) = Pa = = 8%.
𝟐𝟎𝟎
Comme 13% des animaux atteints ne sont pas détectés par PCR, cela signifie qu’en plus des 16 positifs
détectés, il doit aussi y en avoir d’autres car l’analyse de la PCR peut être mal faite, le site de
prélèvement mauvais... Le test PCR a donc ici un problème de sensibilité. En effet Se = 1-13% = 87%
(ce qui est relativement faible). Lorsque la PCR est bien faite et avec la bonne amorce, la spécificité
vaut 1.
On peut estimer la prévalence réelle à partir de la prévalence apparente (cf CM2, p17) :
𝑃𝑎 + 𝑆𝑝 − 1 0.08+1−1
Pr = = = 9,2%
𝑆𝑒 + 𝑆𝑝 − 1 0.87+1−1
Question 3 : Votre responsable de service vous demande votre avis concernant les autres
troupeaux ayant partagé l’alpage avec les troupeaux infectés : faut-il mettre en place une
démarche diagnostique, un dépistage, une démarche d’épidémiosurveillance, une étude
d’épidémiologie descriptive?
Dépistage : Utilisation d’un test de manière systématique pour avoir des informations sur
tous les animaux. Il s’agit d’une recherche systématique en vue de l’identification, dans une
population en bonne santé, de sujets qui risquent de développer une maladie afin de mettre
en œuvre une action de lutte collective pour éliminer l’infection ou pour conserver le caractère
indemne processus global, on teste tous les animaux. Quand le test s’avère positif, il y a une
probabilité que ce soit un vrai positif (VP) mais également un faux positif (FP). Ce qui permet
d’évaluer la confiance qu’on peut accorder au test, c’est la valeur prédictive positive VPP.
Quand l’animal présente des signes cliniques et que le test est positif, il y a plus de chances que ce soit
un VP. Exemple : C’est pour cela qu’on dépiste un chat qui présente des signes cliniques pour la leucose
plutôt qu’un chat n’en présentant pas… Le dépistage est un processus coûteux (abattage diagnostic) !
Diagnostic : recherche des symptômes visibles chez l’animal on applique le test qu’aux
individus malades.
Epidémiosurveillance : suivi d’une situation dans l’espace et dans le temps grâce à un recueil
en continu des cas via un système pérenne actif (on cherche un échantillon) ou passif (quand
il y a un nouveau cas, un système de surveillance récupère l’information). Exemple : Pour
l’homme, il existe le réseau Sentinelles pour les grippes en France. L’épidémiosurveillance est
utile pour améliorer les mesures de protection et sensibiliser le public.
Les tests ne sont pas forcément les mêmes et on ne va pas les utiliser de la même manière selon les
cas.
NB : Dans le cas d’un diagnostic, si on veut confirmer une hypothèse, on s’attend à un résultat positif
donc on va privilégier la spécificité. Lorsqu’on veut exclure une hypothèse, on privilégie, à l’inverse, la
sensibilité.
2 sur 6
Enquête
Diagnostic Dépistage Epidémiosurveillance
descriptive
Hypothèses Déterminer le Décrire, comparer
Suivre (décision
Motivation (exclusion ou statut (cadre de (prévalence,
sanitaire)
confirmation lutte) incidence)
Fréquence de Ponctuelle ou
Ponctuelle/
collecte des Ponctuelle Continue limitée dans le
répétée
données temps
On limite les FP Test Se et Sp (avec
Reproductible
donc test Se possibilité de
Méthode (facile à Reproductible
(exclure) ou Sp corriger
réaliser)
(confirmer) prévalence aussi)
Faible (car
beaucoup
Quantité de Intermédiaire Importante,
Importante d’animaux et
données (dépend du réseau) détaillée
interprétation
difficile du test)
Interprétation (VP Complexe,
Statut individu Tendances spatiales
Analyse ou FP via les valeurs recherche de
ou troupeau et temporelles
prédictives) facteurs associés
Rapide, régulière,
Diffusion des Eleveurs, Publication
Propriétaire large (sans perte de
résultats administration scientifique
confidentialité)
Emission de
Traitement ou Révision de la gestion
Conséquences Action prévue nouvelles
mesures de gestion sanitaire
hypothèses
« prophylaxie Réseau Sentinelles,
Exemples
obligatoire » RESPE en équine
3 sur 6
Ici, le but est de déterminer le statut de tous les individus en un seul coup. Se pose le problème de la
spécificité : si un animal répond positif alors qu’il ne l’est pas, cela entraine l’abattage. La majorité des
cas représente des individus non atteints.
Les deux tests sont comparables en termes de coût, plus ou moins reproductibles (dépendant de la
contention) et des conditions de réalisation du test.
Le risque d’erreur est lié à la détection de FP et FN. Si on a trop de faux négatifs, on laisse l’infection
se propager, si on a trop de faux positifs, on abat beaucoup d’animaux pour rien.
On calcule donc les valeurs prédictives positives et négatives pour ces deux tests :
IDS IDC
VPP 0.041 0.107
Pr=1/1000
VPN 0.9998 0.9996
VPP 0.81 0.92
Pr=0.092
VPN 0.984 0.96
Dans les deux cas, il faut prendre en compte la VPN, on est plus sûr qu’un test négatif donne bien un
animal sain. Par contre, pour la VPP, si on prend l’IDS on a 4% de chance que l’animal soit tuberculeux
! Donc 96% de chance pour qu’il ne le soit pas !!
Est-ce que cela sert à quelque chose de faire encore ces tests ?
Cela permet d'avoir une confirmation pour les individus négatifs (VPN ≈ 100%) ; pour les individus
positifs au test IDS, il y a 4% de chance d’être réellement positif donc c’est un premier tri pour ces
animaux sur lesquels on effectuera ensuite un test de confirmation. Ils apportent donc quand même
une information. Un tel test de confirmation n'existe pas actuellement mais est en voie de
développement.
On peut conclure que le test IDC est le plus adapté dans le cadre de notre étude : c'est un "moindre
mal" côté VPP, il est meilleur pour éviter le sur-diagnostic.
Remarque : On peut faire confiance au test pour détecter les malades quand la prévalence est forte,
plus la prévalence diminue, moins les tests sont bons pour détecter les malades. Tout dépend de la
situation épidémiologique.
Question 5 : Les éleveurs de la région s’inquiètent : le dépistage est effectué chez tous les
animaux de chaque troupeau, donc, avec des erreurs aussi importantes au test, répétées
d’un animal à l’autre, le statut infecté ou non du troupeau va être très mal déterminé ! Qu’en
pensez-vous ?
Un animal qui réagit au test est suspect donc le troupeau dans lequel il se trouve est aussi suspect. On
se demande quelle est la capacité du test à détecter un troupeau atteint ou non atteint. Pour cela, on
utilise les notions de sensibilité et spécificité GROUPE ! Le risque avec les faux positifs est de mal
classer les troupeaux (ceux qui sont indemnes peuvent être classés, à cause d’un test, non indemnes).
4 sur 6
Sur les troupeaux suspectés, on calcule la sensibilité groupe :
SeT = P(troupeau suspect/atteint) = P(au moins un test positif) = 1-P(tous les négatifs) d’où
SeT = 1-(1-Se)A avec A le nombre d’atteints variant entre 1 et 3 pour la tuberculose car elle se
propage lentement.
L’erreur est elle plus fréquente sur les troupeaux que sur les individus ?
Si A = 2 :
- SeT(IDS)=0.98
- SeT(IDC)=0.84 On a donc de bonnes chances de détecter les troupeaux atteints.
→ SeT augmente avec le nombre de cas et est souvent élevée même si Se reste faible.
Attention cependant, car 80% des troupeaux possèdent un seul cas de tuberculose !
SpT = P(troupeau indemne/sain) = P(tous les tests négatifs) d’où SpT = Spn avec n la taille du
troupeau.
Si n=83 : plus le troupeau est grand, plus on a de chance de mal classer des troupeaux indemnes.
- SpT(IDS) = 0.19 80% des troupeaux sains vont être suspectés en première intention.
- SpT(IDC) = 0.66 parmi tous les troupeaux sains, 1/3 va être suspecté, il vaut donc mieux
choisir ce test plutôt que l’IDS.
→ SpT est souvent faible même si Sp est élevée. Même avec une bonne spécificité individuelle, on a
une mauvaise spécificité troupeau.
Pour les troupeaux atteints, ils seront bien classés, mais pour les troupeaux indemnes, certains seront
classés « atteints » à tort.
Exemple de la ferme des 1000 vaches où on trouvera forcément des faux positifs. Il faut donc faire
attention à avoir des résultats cohérents avec l’état réel du troupeau. Des troupeaux d’aussi grande
taille posent problème en ce qui concerne l’efficacité des tests.
Conclusion :
Le principe du dépistage repose sur la détection de la maladie chez des animaux cliniquement
sains. On utilise des tests dans un contexte de lutte collective. Ainsi, la VPP est importante et
on utilise un test spécifique. On replace donc la sensibilité et la spécificité à l’échelle du
troupeau. Pour des tests apparaissant « mauvais », on peut réestimer la prévalence.
5 sur 6
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Exercice 2
Enoncé : Enquête réalisée sur 80 chevaux séropositifs au virus de West-Nile et 160 chevaux séronégatifs (variable
RES). Pour chacun des chevaux, on a recherché s’ils étaient dehors le soir (variable SOIRDEHO). Le fait d’être
dehors le soir est-il associé ou non à la séropositivité vis-à-vis de West-Nile ?
Type d’étude
On calcule un odd ratio car on dispose d’une étude où on a fixé le nombre de malades et de non
malades. C’est donc une étude cas témoins. Comme on ne dispose pas des temps de participation,
on ne peut calculer ni un taux d’incidence ni un risque relatif.
Remarque : Ici, on ne connait pas les temps de participation, on ne peut donc pas calculer de rapport
des taux d’incidence. Par conséquent, on ne peut pas non plus savoir si les temps de participation sont
identiques pour les deux groupes donc on ne peut pas non plus calculer de risque relatif.
1 sur 4
Intervalle de confiance pour l’OR
On observe donc une différence significative entre l’exposition des chevaux qui dorment
dehors et les autres.
Remarque : on n’a pas le droit de dire que les chevaux qui dorment dehors sont plus exposés que les
autres.
Enoncé : Lors d’une intoxication alimentaire durant un banquet, une enquête réalisée sur l’ensemble de la
population présente (452 personnes dont 219 ont été malades). On a reconstitué pour les 452 personnes les
différents plats qu’elles ont goûtés et leur statut vis-à-vis de l’intoxication.
2 sur 4
Calcul des risques relatifs et leur intervalle de confiance
Aliment Résultats
RR = 1.019
Rillettes
IC = [7.83 ; 1.32]
RR = 9.94
Thon-mayo
IC = [6.58 ; 15.02]
RR = 0.81
Ile flottante
IC = [0.65 ; 1.01]
Remarque : Lors d’un grand buffet de 400 personnes, plusieurs personnes tombent malades
(intoxication alimentaire). Le cuisinier veut rechercher ce que les individus ont mangé et ce qui aurait
pu les rendre malades.
3 sur 4
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Objectifs :
- Démarche d’étude d’un foyer
- Connaître la démarche de l’enquête amont – aval
- Connaître les différents types d’études épidémiologiques
- Savoir construire une enquête épidémiologique
Contexte : “Re emergence of brucellosis in cattle in France and risk for human health” (Mailles et al. 2012)
L’article traite d’un cas de brucellose décelé chez un enfant. A travers ce cas, c’est de la
réémergence de la brucellose dont parle l’article. Ce qui est atypique ici, c’est que c’est l’homme qui a
servi de sentinelle pour pouvoir remonter jusqu’au foyer bovin (en général, c’est plutôt l’animal). Ce
cas de brucellose est resté sans source identifiée pendant un certain temps. En effet, les symptômes
sont apparus chez l’enfant en novembre 2011 alors que le premier cas de brucellose bovine n’a été
identifié qu’en janvier 2012 (par hémoculture). La 1ère conclusion était donc de dire que le cas de
l’enfant était d’origine indéterminée et qu’il avait probablement contracté la maladie à l’étranger.
L’article explique que les mesures de surveillance des avortements ont permis d’identifier, en avril
2012, Brucella melitensis BV3 dans le lait d’une vache ayant avorté en janvier.
Après quelques recherches, ils se sont aperçus que l’enfant avait eu un lien avec la ferme dans laquelle
se trouvait la vache infectée. Une enquête a donc été menée afin de connaître sa nature et ils ont
trouvé que l’enfant avait consommé du Reblochon produit par la ferme. Le lait n’étant pas pasteurisé
(fromage au lait cru), cela en fait un site de fort pouvoir infectieux.
A savoir sur la brucellose : La France est officiellement indemne de brucellose bovine depuis 2001 grâce
à la mise en place d’une politique de lutte. Cependant, on continue de dénombrer une quarantaine de
nouveaux cas humains par an. Il s’agit en réalité de cas importés de l’étranger : ces derniers s’infectent
lors de voyages dans des pays où la brucellose est endémique (pourtour méditerranéen comme l’Italie,
l’Espagne…). Les cas ne sont donc pas autochtones mais sont régulièrement importés de l’étranger. Par
ailleurs, cette maladie fait l’objet d’une surveillance accrue : tous les avortements doivent être déclarés
et il y a obligation de faire analyser des prélèvements pour préserver le statut indemne.
1 sur 8
Vous êtes invité(e) à prendre le rôle d’un enquêteur pour expliquer l’origine d’une maladie transmissible
et en déduire les mesures à prendre pour endiguer la propagation locale de la maladie, ainsi que les
règles générales de prévention, qu’on appelle « mesures de biosécurité ».
Note: la biosécurité est à l’échelle de l’élevage, ce qu’est l’hygiène au niveau de l’individu.
Question 1 : Enjeux
Enjeu médiatique : Lors de l’enquête, les médias ont été sollicités afin de recruter les
autres cas possibles, ce qui a fait « mauvaise presse » au Reblochon et a eu un réel
impact négatif vis-à-vis de cette filière.
Autres : le tourisme de la ferme et, à plus large échelle, de la région peut également être
impacté.
On observe donc des conséquences importantes tant au niveau local que national.
2 sur 8
Cycle de transmission au sein d’un troupeau :
La transmission verticale qui peut être congénitale (in utéro) car les bactéries ont un tropisme
pour l’appareil reproducteur. On observera donc une placentite, un défaut d’oxygénation du
fœtus aboutissant à l’avortement ou à la naissance d’un veau viable mais infecté de manière
permanente dans 5 à 10% des cas. Dans les autres cas, le veau meurt de septicémie ou réussi
à se débarrasser de l’infection.
Il existe également une transmission interspécifique avec les porcs, les ovins, les caprins et même
les chiens bien que chacune de ses espèces possèdent un type de Brucella plus spécifique.
Chez l’homme, la transmission se fait indirectement via l’ingestion de fromages ou de lait non
pasteurisés. Auparavant, les éleveurs et vétérinaires s’infectaient également lors de vêlage à mains
nues, ce qui en faisait une population très à risque. Désormais, grâce au statut indemne et aux
nouvelles pratiques, ce mode d’infection reste rare.
L’animal index (ou cas zéro) est le 1er cas d’une population à partir duquel s’est propagé la
maladie/infection. Il est l’origine de l’infection des autres individus infectés. Son identification est
essentielle pour mener une enquête amont-aval.
Le foyer correspond au troupeau atteint dans lequel on réalise une enquête (tests sérologiques…).
3 sur 8
Enquête en amont : Enquête effectuée à partir d’un foyer de maladie, pour essayer d’en déterminer
l’origine.
Remarque 1 : une enquête en amont qui permet l’identification de la source d’un foyer peut conduire à
identifier d’autres foyers ayant la même source.
Remarque 2 : pour un foyer donné, l’enquête en amont devrait être complétée par une enquête en aval.
Fenêtre épidémiologique amont : Période pendant laquelle un cas ou un foyer d’une maladie
d’une maladie a pu être contaminé par un agent pathogène biologique, déduite de la connaissance
de caractéristiques de la maladie et d’informations recueillies au cours d’une enquête amont.
Remarque 1 : la détermination de cette période repose sur la connaissance des durées minimale et
maximale de l’incubation de la maladie ainsi que sur la date d’apparition des symptômes sur le(s)
premiers sujet(s) atteint(s) (dans le foyer) (cf figure fenêtre épidémiologique amont).
Remarque 2 : si l’on pense que l’introduction de l’agent pathogène biologique a été faite probablement
par l’introduction d’animaux ou d’aliments, le calcul de la fenêtre épidémiologique amont permet de
focaliser les investigations sur l’origine des livraisons reçues pendant cette période.
Remarque 3 : pour une maladie à incubation longue (leucose bovine enzootique) ou une infection à
évolution chronique, le plus souvent sans expression clinique (comme la tuberculose bovine), la fenêtre
épidémiologique amont peut être large.
Remarque 4 : ne pas confondre avec la « fenêtre épidémiologique aval ».
Le délai d’incubation peut varier d’un individu à un autre mais on peut estimer un intervalle plus ou
moins précis par la fenêtre. Le délai d’incubation minimal est d’au moins une semaine (c’est une
estimation) avant que l’animal exprime des signes cliniques de la maladie (avortement). Le délai
d’incubation maximal est de quelques mois.
Le délai d’incubation varie donc globalement de plusieurs semaines à plusieurs mois…
Par ailleurs, les vaches gestantes sont les plus à risque car les jeunes et adultes non gestants peuvent
éliminer les bactéries. En général, il n’y a qu’un avortement brucellique.
4 sur 8
Question 3 : Enquête d’amont
Hypothèse de l’exposition pendant la gestation
Dans ce cas, la fenêtre épidémiologique amont commence lors du début de gestation jusqu’à une
semaine avant l’avortement. On recherche, au cours de cette période, les contacts, les introductions
de bovins, l’environnement potentiellement contaminé…
Résultat de l’enquête : Comme les vaches n’ont pas fait de transhumance et qu’elles ne partagent pas
de pâtures avec d’autres animaux alors il n’y a pas de problème de contamination croisée entre les
élevages voisins. De plus, les fermes où ont été achetés les bovins se sont révélées négatives au
dépistage.
Hypothèse vénérienne
Une autre possibilité à envisager est la transmission lors de la saillie. Il faudrait donc recenser toutes
les saillies et les différents taureaux utilisés pour les tester. De plus en plus, les éleveurs ont recours
aux IA et dans ce cas, les taureaux utilisés sont déjà testés avant d’être mis à la reproduction.
Enquête en aval : Enquête effectuée à partir d’un foyer de maladie afin de rechercher d’éventuels
foyers secondaires.
Remarque 1 : l’enquête en aval d’un foyer est le complément d’une enquête en amont de ce foyer. Elle
permet d’estimer l’ampleur d’une épizootie débutante et d’identifier des foyers secondaires.
Remarque 2 : une enquête en aval peut permettre de prendre des mesures préventives vis-à-vis de
foyers secondaires non encore connus mais identifiés grâce à des investigations.
Fenêtre épidémiologique aval : période pendant laquelle un cas ou foyer d’une maladie a pu jouer
le rôle de source de contamination par l’agent de cette maladie, déduite de la connaissance de
caractéristiques de la maladie et d’informations recueillies au cours d’une enquête aval.
Remarque 1 : la détermination du début de cette fenêtre repose par exemple sur la connaissance du
« délai d’infectiosité » ou de « contagiosité », du temps d’incubation maximal et de la date d’apparition
des symptômes sur le(s) premiers sujet(s) atteint(s). Elle ne permet pas d’avoir une estimation unique
de date mais aboutit, le plus souvent, à une fourchette au sein de laquelle se situe plus probablement
le début du rôle potentiel, il est suggéré de prendre en compte la valeur maximale de l’incubation et le
délai minimal d’infectiosité ou de contagiosité. Comme la fenêtre épidémiologique amont, la fenêtre
épidémiologique aval d’une maladie à longue incubation (leucose bovine enzootique) ou d’une
infection chronique sub-clinique (tuberculose bovine) peut être large.
5 sur 8
Remarque 2 : la fin de cette période correspond à la date de mise en place de mesures de mise en
interdit ou d’abattage des animaux du foyer.
Remarque 3 : l’estimation de la fenêtre épidémiologique aval permet d’identifier des élevages ou des
animaux plus particulièrement à risque d’avoir contaminés et, donc, de focaliser les investigations sur
les destinataires des animaux ou des produits issus du foyer pendant cette période.
On débute la fenêtre aval lorsque l’animal commence à excréter. L’excrétion est maximale au moment
de l’avortement/mise bas mais elle est possible bien avant ces premiers signes cliniques. Ici, l’enfant
contaminé présentait des signes en novembre, alors que l’avortement de la vache n’a eu lieu qu’en
janvier. De plus, l’affinage du Reblochon dure 3 semaines donc l’excrétion a forcément débuté avant
ces 3 semaines d’affinage, avant que l’enfant consomme le fromage. La vache excrétait donc déjà en
octobre. On peut aussi prendre le délai le plus large possible : ici, le début de la gestation de la vache.
La fin de la fenêtre aval correspond à l’abattage du troupeau suivi de la désinfection des locaux et du
matériel contaminé par sécrétions utérines (3 semaines), lait (quelques jours) et du milieu extérieur
contaminé (30 jours).
Lors de l’enquête aval, on recense tous les contacts qu’il y a eu avec le foyer infecté pendant cette
fenêtre là (échange de bovin, matériel agricole…) et on vérifie si le contact a été infectieux, c'est-à-dire
s’il a été à l’origine de foyer secondaire. On réalise donc un dépistage des bovins des élevages ayant
eu un contact direct ou indirect avec le foyer infectieux. On recense aussi toutes les personnes ayant
consommé des fromages au lait cru.
D’un point de vue de la santé publique, on peut sensibiliser la population afin de recruter les cas qui
seraient passés inaperçus. On réalise donc des campagnes de communication sur les symptômes de la
maladie et les risques de celle-ci. On sensibilise également le corps médical de la région. Enfin, on
essaie de récupérer les fromages chez les particuliers pour prévenir l’exposition d’autres personnes.
On retire aussi tous les fromages de la vente et on bloque les productions de la ferme. Il s’agit de
restreindre et bloquer les productions tant que le statut n’est pas clarifié.
6 sur 8
Question 6 : Hypothèses
L’hypothèse la plus probable expliquant le phénomène de réémergence de la brucellose dans
ce cheptel bovin est le contact avec la faune sauvage.
Par la suite, l’enquête réalisée dans les élevages de la région a montré qu’ils étaient tous indemnes
sachant que le dernier foyer de brucellose chez les ruminants en Haute Savoie avait été déclaré en 1999
dans une commune du nord du massif du Bargy (Le Reposoir). Pour trouver l’origine inexpliquée du
foyer bovin de 2012, les regards se sont alors tournés vers la faune sauvage : a-t-elle pu assurer un relai
« silencieux » pendant plus de 10 ans entre les foyers domestiques de 1999 à 2012 ?
- Chamois avec un échantillonnage via le réseau SAGIR ou un réseau qui s’occupe des animaux
morts et réalise des prélèvements pour déterminer la cause de la mort, ou via la chasse…Et
puisqu’on ne chasse généralement pas que le chamois, autant étudier aussi les cerfs,
chevreuils…
- Bouquetins mais c’est une espèce protégée donc il faut réaliser le dépistage via la capture et
la pose d’un collier émetteur pour les retrouver et les euthanasier si test s’avère positif.
Cependant, il est nécessaire d’avoir un arrêté préfectoral car il s’agit d’une espèce protégée.
On peut alors réaliser une étude via le piégeage d’animaux sauvages que l’on dépisterait ensuite.
On observe deux types de surveillances :
- Surveillance programmée sur les espèces chassables : c’est une démarche active pour
rechercher la maladie dans une population. On met de l’argent pour prélever les animaux et
faire de la prophylaxie (Ex : la pique bovine).
- Surveillance évènementielle : c’est une démarche passive basée sur des cas cliniques (Ex : tous
les bouquetins avec arthrite sont dépistés) sur l’espèce protégée.
7 sur 8
Mais pour calculer une prévalence, il faut aussi un dénominateur : il faut dénombrer ou au moins avoir
une idée globale de l’effectif total de la population. Différentes méthodes sont possibles :
Remarque : Il existe une « règle de 3 » que l’on peut appliquer pour obtenir une approximation de la
prévalence dans la population totale en s’affranchissant de l’effet lié à cet échantillon particulier. Il
suffit de diviser 300 par la taille de notre échantillon et on obtient la prévalence que l’on peut détecter.
En conclusion, il a été démontré la circulation active de B. melitensis chez les bouquetins du Bargy. Il
se pourrait qu’ils soient la principale source des cas bovins. Des mesures ont été entreprises et
consistaient à euthasier les vieux bouquetins mais un an après la mesure, il a été constaté une
augmentation de la prévalence chez les jeunes car l’élimination des vieux a favorisé la reproduction
des jeunes, ce qui a augmenté la transmission verticale et vénérienne de la brucellose.
On peut expliquer le fait que la maladie soit passée inaperçue pendant plus de 10 ans par la
réintroduction dans des zones non surveillées et non protégées de bouquetins. Cela a favorisé la
circulation active de la bactérie chez les bouquetins de Bargy et la transmission inter-espèce vers les
bovins.
8 sur 8
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
Introduction :
Lors d’une analyse de risque, on préfère les analyses quantitatives (à partir de données
chiffrées). Cependant, les données chiffrées sont rarement disponibles et l’approche devient donc
semi-quantitative ou qualitative, ce qui fait appel à une part de subjectivité.
Objectifs pédagogiques :
Savoir :
Citer les composantes de l’analyse de risque
Connaître la nature des informations nécessaires pour analyser le risque de contagion
Savoir-faire :
Comprendre et discuter une analyse de risque publiée ou une méthode de lutte
Pouvoir trouver la documentation scientifique pertinente
Mettre en œuvre une analyse qualitative
Contexte :
Vous êtes vétérinaire en clientèle mixte à Lamballe (ville moyenne du 22). La jardinerie
de la ville organise régulièrement des expositions canines et vous sollicite pour assurer les
missions sanitaires requises dans ce cadre. Prochainement, la jardinerie souhaite organiser
pour la première fois une exposition de reptiles. Le responsable a entendu parlé d’un enfant
ayant contracté une salmonellose grave suite à un contact avec un reptile. Il vous demande de
faire une analyse du risque de salmonellose chez les visiteurs et de lui proposer des mesures de
gestion afin de garantir un risque zéro à ses visiteurs.
Définitions (A+++) :
Risque : probabilité de survenue d’un événement indésirable (maladie, accident, panne,…).
Dans le domaine de la santé, le risque est une fréquence (Ex: taux de prévalence de l’IBR dans
le cheptel bovin, taux d’incidence de la parvovirose dans un élevage canin).
Danger : agent biologique, chimique ou physique pouvant avoir un effet néfaste sur la santé
(Ex: virus aphteux).
Il faut bien faire la différence entre le danger et le risque. Le danger cause le risque.
Ex: risque associé au danger UV est le cancer, les mutations de l’ADN.
1 sur 8
Définition et intérêts de l’analyse du risque
La démarche scientifique vise à rendre homogène et transparent le processus d’analyse. Elle comporte
4 étapes (à connaître) :
L’objectif final de la démarche est de gérer le risque, autrement dit, de mettre en œuvre les
mesures nécessaires afin d’assurer que ce risque est en deçà d’un seuil d’acceptabilité.
Par conséquent, l’analyse du risque est un outil d’aide à la décision. Il existe un bénéfice et un coût
dans toute action: vacciner, traiter, opérer… ou ne rien faire. Mesurer le bénéfice et le coût associés
à chaque action possible dans une situation donnée permet de faire un choix raisonné.
Dans un contexte particulier, il faut lister les dangers afin de hiérarchiser les dangers. Le
scénario est le contexte dans lequel le danger peut être transmis (exemple : zoonose de loisir
transmise lors du sport). L’appréciation du risque se divise en l’estimation et l’évaluation du
risque. S’il est acceptable, on ne le gère pas, sinon, on met en place des mesures de gestions.
A la mise en place de ces mesures, il faut réévaluer le risque réduit (retour à l’étape 2). Chacune
des étapes fait l’objet d’une communication afin que les mesures mises en place soient bien
suivies et respectées. Il faut donc adapté son discours à son interlocuteur.
2 sur 8
Dans le contexte d’une exposition du public aux reptiles, le responsable vous demande
d’analyser le risque de salmonellose car il a entendu parler de cette maladie. Toutefois,
d’autres risques associés à la présence de reptiles existent.
1) Les zoonoses potentiellement transmises par les reptiles sont la Salmonellose, la tuberculose (mais
encore en cours d’étude), l’Aeromonose (maladie respiratoire due à Aeromonas), la
Campylobactériose, des parasitoses de type zygomycètes (Basidiobolus)… La salmonellose est la plus
fréquente.
2) Concernant les autres dangers (non biologiques) pouvant être associés à la présence de reptiles, on
observe les morsures, l’étranglement, l’intoxication par les venins, l’effet anxiogène…
Les dangers sont hiérarchisés selon la gravité (Ex: engagement du pronostic vital, séquelles,
…), la situation épidémiologique (Ex: danger rapporté en France ?, …). Vous êtes informé que
ce travail de hiérarchisation a été réalisé en amont et identifie la Salmonella comme le danger
prioritaire lors de contact avec les reptiles.
Remarque: Les reptiles exposés sont principalement des serpents laitiers, des couleuvres faux-corail,
des lézards, des tortues et des iguanes.
A. Probabilité de survenue
Le danger survient s’il y a à la fois émission, c’est-à-dire présence de l’agent causal émis par la source,
et exposition, c’est-à-dire contact entre l’individu sensible et l’agent pathogène. On considère que ces
deux événements sont indépendants, donc la probabilité de survenue du danger est le produit de
probabilité d’émission (P.em) et de la probabilité d’exposition (P.exp). La voie d’excrétion des
salmonelles est essentiellement fécale. Cette émission pose un problème de santé publique : il s’agit
de l’exposition. Le risque est donc :
Psurvenue = Pemission*Pexposition : probabilité d’avoir une salmonellose lorsqu’on est exposé à des reptiles.
Avec Pemission qui tient compte de la prévalence et de la force de l’infection et Pexposition qui tient compte
de la fréquence et de l’intensité du contact entre les personnes et le milieu contaminé.
3 sur 8
Le risque tient également compte de facteurs de sensibilité (âge, immunité…). La salmonellose chez
l’homme est responsable d’un large panel de variabilité en termes de manifestations cliniques.
Certains individus ne manifesteront aucun signes cliniques tandis que d’autres déclareront une gastro-
entérite ou nécessiteront une hospitalisation.
3) D’après les articles, la probabilité d’émission est élevée car Salmonella est présente en tant que
bactérie commensale dans le tube digestif des reptiles donc l’émission se produit potentiellement tout
le temps. D’après les données de Wilkström et al 2004 : 49% reptiles (31/63), 80% terrarium (50/63),
63% litières (39/62) sont infectés. Les bactéries sont donc majoritairement présentes dans le milieu
extérieur. De plus, la dose infectante est de 1000 bactéries.
4) La voie de transmission à l’homme peut être directe lors du bisou de l’enfant à la tortue. La
transmission est cependant le plus fréquemment indirecte, via l’ingestion ou le contact avec les
bactéries provenant du milieu extérieur.
Les odds ratio sont très élevés ! Il y a une part liée à l’immunité l’enfant et une part liée à l’individu :
les enfants ont tendance à toucher à tout sans forcément se laver les mains. Il faut donc inclure un
facteur de sensibilité.
4 sur 8
Pem et Pexp peuvent être estimées soit qualitativement soit quantitativement. Une échelle
qualitative à 4 degrés : négligeable / faible / modéré / élevé, est proposée ici. Le tableau qui
croise Pem et Pexp pour obtenir la probabilité de survenue du danger est le suivant :
9) D’après l’article de Aiken et al, 2010, la probabilité d’exposition chez les gens ayant une
salmonellose est inférieure à 1%.
Remarque : selon l’article de Cotinat et al. 2014, 3% des foyers détiennent un reptile (≈1 million) et on
observe 13 cas avérés. Cela montre que l’intoxication principale par des salmonelloses n’est pas due
aux reptiles mais est essentiellement alimentaire. Cependant, après avoir mis en place des mesures
sanitaires, on observe une diminution des cas liés à l’alimentation et donc, un augmentation relative
de la proportion des cas liés aux reptiles.
Ces cas publiés sont des cas avérés, c'est-à-dire qu’ils ont été référencés et déclarés. Or ceux-ci ne
représentent qu’une petite partie de la population. Dans les données disponibles, on ne trouve que
les données des cas graves et déclarés.
10) Ainsi, en comparant nos résultats et ceux des articles, on doit trouver une probabilité de survenue
entre ces deux résultats, c'est-à-dire modérée.
5 sur 8
B. Valeur de la gravité
Pour la mesurer il est nécessaire de prendre en compte les conséquences possibles lorsque
l’évènement indésirable (exemple salmonellose) survient (gravité de la maladie, morbidité,
séquelles, nombre de malades, coût de prise en charge des malades …).
11) La gravité dépend de plusieurs facteurs notamment la forme clinique et la sensibilité de l’individu.
On réunit donc des experts afin d’évaluer la gravité. Ici, la gravité est modérée avec des douleurs
abdominales plus ou moins graves pouvant aller jusqu’à l’hospitalisation, un taux de létalité faible, des
pertes économiques (hospitalisation, absentéisme…). Le coût est également important à prendre en
compte.
12) Ainsi, le niveau final de risque est élevé (probabilité de survenue élevée et gravité du risque
élevée) !
Si le risque est acceptable, l’exposition de reptiles pourra avoir lieu sans restriction
particulière.
En revanche, si le risque est inacceptable, il faudra mettre en place des mesures de
gestion afin de diminuer le risque en deçà d’un seuil acceptable. Si les mesures de
gestion du risque ne permettent pas de réduire suffisamment le risque, l’exposition doit
être annulée.
13) Ici le risque n’est pas acceptable, la probabilité de survenue est trop élevée ainsi que la gravité. Il
y a également des enjeux hygiéniques, médiatiques et économiques à prendre en compte.
6 sur 8
Dans le déroulement de l’exposition, il peut également proposer d’interdire les contacts hommes-
animaux ou mettre à disposition des gants pour manipuler les animaux dans une salle confinée avec
passage obligatoire par un poste de lavage des mains. On peut aussi interdire la nourriture dans
l’exposition afin de limiter l’ingestion. Il faut rééquilibrer la balance bénéfices/coûts en parlant avec le
directeur et les mesures envisageables pour l’établissement.
15) Le responsable voulait un risque zéro. Seulement, puisque le risque est avéré, l’unique solution
d’assurer le risque zéro serait d’annuler l’exposition. On ne peut donc pas assurer de risque zéro car il
y aura toujours une possibilité de transmission lors de contacts indirects.
16) On s’assure que les mesures sont suffisantes si la probabilité de survenue diminue une fois les
mesures mises en place. Les mesures de gestion agissent seulement sur la probabilité d’exposition, on
ne peut rien faire sur la probabilité d’émission. Or ici, la probabilité d’émission est très élevée donc,
dans le meilleur des cas, on arrive à une probabilité de survenue modérée.
17) Pour les employés, on organise une formation afin de leur transmettre les informations relatives
à la transmission de la maladie et ses conséquences. On se doit également de les rassurer en les tenant
informés des mesures de gestion. Il ne faut pas cacher le risque mais dire qu’il existe et le replacer
dans son contexte pour ne pas effrayer : la probabilité de contracter une salmonellose est bien plus
importante lors de leur vie courante que lors de l’exposition.
Pour les visiteurs, il faut leur communiquer la nature du risque (sans insister autant qu’avec les
employés) afin qu’ils respectent et comprennent au mieux les mesures de gestion du risque. Il faut
également convaincre le directeur que c’est la seule façon de faire pour que les gens respectent les
règles mises en place.
18) Concernant les moyens de communication, on propose une formation réalisée par un vétérinaire
pour former les employés. Pour les visiteurs, on peut proposer une vidéo expliquant les mesures de
sécurité, distribuer une plaquette à l’entrée de l’exposition (et non pas à la fin !), des affichages à
différents endroits stratégiques de l’exposition... La meilleure solution en termes de communication
reste d’employer une personne disponible pour répondre aux questions des visiteurs et qui les invite
à prendre connaissance des différentes mesures de gestion.
La communication est un point essentiel lors de la gestion du risque mais elle doit être adaptée à
l’interlocuteur pour qu’elle puisse être comprise et appliquée !
7 sur 8
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
1. Enjeux
La demande « sociétale » qui a conduit à faire l’étude (intérêt général ou particulier des
connaissances) : importance du projet (innovation, aspects éthiques ou économiques).
L’étude a été réalisée dans un objectif de biologie de la conservation. L’objectif était d’évaluer le
"risque" de transmission par les chiens domestiques de deux virus, à des carnivores sauvages, dans le
sud tunisien.
Les animaux domestiques peuvent contaminer les animaux sauvages par contact direct pour la
Maladie de Carré et par contact indirect pour la Parvovirose. Le risque de transmission existe mais on
ne le connait pas très bien. Le vrai risque étant déterminé par l'excrétion. On souhaite donc la
quantifier.
2. Problématique
L’expression du besoin de connaissance sous forme d’une problématique ou question de recherche :
en épidémiologie, cette/ces question(s) repose(nt) (idéalement) sur une quantification, et le plus
souvent sur une comparaison (avant/après, ici/ailleurs, sains/malades).
Dans l’analyse de risque, il faut prendre en compte l’excrétion virale par la source ainsi que
l’exposition de la cible. Il faut donc avoir une idée du niveau d’excrétion virale. Ici, on utilise la
séroprévalence comme indicateur et moyen de mesure. Les deux maladies s’expriment chez les chiens
de façon aigüe avec quelques variabilités selon les individus. L’excrétion virale se produit après
l’infection (jusqu’à environ 1 semaine). Ainsi, les animaux qui excrètent le virus ne produisent pas
encore d’Ig G.
1 sur 6
3. Type d’étude
Plusieurs approches sont possibles en épidémiologie, notamment : les études descriptives,
analytiques ou évaluatives. A quel type d’approche, l’étude à évaluer se rattache-t-elle ?
On réalise ici une étude descriptive transversale. Il ne peut s’agir d’une étude analytique car ici il n’y
a pas d’hypothèse à tester. De plus, une étude analytique fait appel à un protocol longitudinal
(cohortes, cas-témoins…) au cours du temps, ce qui n’est pas possible ici.
4. Indicateur
La quantification du phénomène de santé fait appel à un (ou plusieurs) indicateur(s), qui sont le
plus souvent des rapports (par ex. : prévalence). Le choix de l’indicateur est-il en adéquation avec la
problématique ?
L'indicateur choisi est la séroprévalence (= prévalence des anticorps). Cet indicateur a l'avantage
d'être facile à utiliser mais il s’agit d’une méthode indirecte qui présente certains défauts…
De plus, la séroprévalence est plutôt un « mauvais » indicateur pour détecter l’excrétion virale car ceux
qui excrètent le virus ne présentent pas encore d’anticorps (cf plus haut). Ainsi, si on détecte des
anticorps (IgG), c’est que ces animaux ont sécrété le virus auparavant, ils sont en fin d’excrétion voire
la phase d’excrétion est terminée. Par conséquent, ils ne représentent plus un risque.
Le problème de ces maladies est qu’elles sont mortelles ce qui crée un biais car certains individus
seront morts et ne pourront pas faire partie de l’échantillon (ils n’auront pas pu aller jusqu’au stade
de guérison et de production des Ac).
5. Définition du cas
Le calcul de l’indicateur fait appel à la définition d’un cas. Cette définition est-elle clairement
indiquée dans le paragraphe de « matériel et méthode », précise et juste ?
Un cas est défini comme un porteur d’anticorps. Le nombre d’anticorps qu’il porte doit être au dessus
d’un seuil de positivité qui dépend du test.
2 sur 6
6. Population d’étude
La population d’étude est-elle clairement définie et délimitée ? Les structures (âge, sexe, utilisation,
habitat, mode de vie…) de cette population sont-elles connues, voire enregistrées dans des bases
de données ?
La population cible est la population à laquelle on voudrait appliquer les résultats. Les chiens choisis
pour l'enquête sont des chiens domestiques en zone rurale du Sud de la Tunisie (toujours définir
géographiquement le cas) utilisés pour la garde des troupeaux (donc avec un mode de vie particulier)
et non vaccinés. L'échantillonnage n'a tenu compte ni de l'âge, ni du sexe, paramètres retenus comme
informations complémentaires. Cependant, les résultats qu’on obtient ne sont à extrapoler que dans
cette population là car l’échantillon n’est pas représentatif de tous les chiens dans le monde. Comme
la population est difficile à connaître, il est difficile de valider l’échantillon.
7. Stratégie d’échantillonnage
Le recrutement des sujets étudiés suit-il une procédure rigoureuse, par tirage au sort ou selon un
plan d’échantillonnage clairement décrit ? Conséquence de la structure de l’échantillon sur
l’estimation et sur les comparaisons : risque de confusion, interactions.
Cinq régions ont été échantillonnées. L'échantillonnage est stratifié par région, ce qui assure la
représentativité de l’ensemble des 5 régions du sud tunisien. Le nombre de chiens à prendre dans
chaque région a été estimé afin d’avoir la même proportion de chiens dans l’étude que dans les
différentes régions.
C'est un échantillonnage de convenance, puisqu’on a utilisé la campagne anti-rabique pour aller au
contact de gens et tester leurs animaux. Il s’agissait d’une solution simple. Par ailleurs, il existe un biais
d'échantillonnage à l'intérieur de chaque région, lié à la mortalité des maladies virales étudiées (les
animaux morts sortent de l'étude). C'est parfois problématique : on ne trouve pas de cas, non pas
parce qu’il n’y en a pas, mais parce que les animaux sont morts. On sous-estime nécessairement la
prévalence et donc l’incidence dans la population. Un autre biais possible peut être dû à la non
indépendance des certains chiens entres eux, comme par exemple des chiens sélectionnés de la même
famille.
Remarque : pour réaliser un échantillonnage au hasard, il aurait fallu avoir une base de données.
Il y beaucoup d’informations tels que l’état de santé, l’âge, la race, la date de prélèvement…
Il existe par ailleurs un biais de confusion : il est possible qu'il existe des interactions entre les
paramètres de région et de saison/date puisqu’il y a eu deux campagnes de prélèvements. En effet,
pour certaines régions, la totalité des chiens ont été choisi en août et pour d’autres régions, en
novembre. Ainsi, il est possible qu’on n’ait pas la même prévalence selon si les chiens sont étudiés en
août ou novembre. Il faut faire attention à interpréter correctement les résultats !
Pour rappel, l’interaction correspond à l’effet d’une variable dépendant de l’effet d’une autre. Afin
de mettre en évidence le biais de confusion, on étudie l’effet de la date dans une seule région ou l’effet
de la région à une seule date. Comme l’échantillon est très déséquilibré, il est très difficile d’étudier
les interactions ; ici on ne peut pas les étudier.
3 sur 6
/!\ Attention : BIEN SE SOUVENIR DE LA NOTION DE CONFUSION ET D’INTERACTION, ET LEUR
INFLUENCE SUR LES RESULTATS !
Parfois dans une région on a une prévalence plus forte en novembre qu’en aout et inversement dans
une autre région : l’effet de la saison dépend aussi de la région. Il faudrait donc des informations de
prévalence pour toutes les régions et pour les deux saisons afin de pouvoir réellement comparer.
Prélèvement
novembre
Région 1
Ici on a donc une interaction entre région et
Prélèvement
saison. Région 2
août
8. Test diagnostic
La définition du cas (et le statut indemne = non-cas) repose t’elle sur un test reconnu, fiable et pour
lequel la sensibilité et la spécificité sont mentionnées ?
Les caractéristiques des tests ne sont pas expliquées en tant que telles. Mais dans la discussion, on
observe un biais de mesure : « peuvent conduire à l’apparition de réponse faussement positives au
test ». Il y a donc un problème de spécificité ce qui implique une surestimation de la prévalence.
Les deux maladies sont présentes dans le pays et il semblerait que la Parvovirose soit plus présente
(on constate plus d’Ac) mais globalement la prévalence des deux maladies n’est pas si différente étant
donné que de nombreux chiens atteints de la maladie de Carré sont euthanasiés car les symptômes
sont semblables à ceux de la rage.
Dans le Tableau 2, on compare les mâles et les femelles, malades et non malades afin de tester
l’influence du sexe sur la prévalence des maladies. On aurait pu faire un test du Khi² avec comme
hypothèse nulle l’absence de différence entre les mâles et les femelles.
4 sur 6
On retrouve les résultats du tableau 2 grâce au tableau suivant :
Pour avoir une idée de la différence entre les mâles et les femelles, on calcule le
risque relatif :
0.68
RR = = 1.94
0.35
Les mâles ont donc environ 2 fois plus de risque que les femelles d’être porteur d’anticorps.
Le RR est l’indicateur qui a la plus grande signification biologique.
Remarque : on prend le risque le plus élevé en numérateur pour avoir un résultat >1 qui est plus parlant.
Les mâles ont 3.94 fois plus de risque d’être positifs que les femelles.
Habituellement, on utilise l’Odd ratio pour des études de cas témoins où l’on fixe des positifs et
négatifs. Le risque relatif n’a donc pas de sens dans cette étude de cas témoins. De plus, l’Odd ratio
est symétrique contrairement au risque relatif. Il permet donc une homogénéité avec d’autres études
et on peut également l’ajuster. Attention, il surestime le risque relatif !!!
5 sur 6
Il est important de prendre en compte les deux facteurs reliés à la maladie simultanément : le sexe et
la date du prélèvement. La maladie peut être saisonnière (survie du virus dans le milieu extérieur...).
On peut avoir mesuré beaucoup de mâles au mois d’Août et peu de femelles au mois de Novembre. Il
y a un biais de confusion. C'est ce que les chercheurs ont réalisé dans le tableau 3. On fait un OR ajusté,
une fois pris en compte les deux facteurs. Le but est de prendre chaque facteur indépendamment de
l’autre.
o OR ajusté en fonction du sexe, une fois pris en compte la date de prélèvement = 4,4
NB : il s'agit bien d'un OR !
o OR ajusté en fonction de la date, une fois pris en compte l’effet du sexe = 2,5
Les deux facteurs restent significatifs puisque les intervalles de confiance ne contiennent pas 1 : ainsi,
ils n’ont pas d’influence majeure.
Ici, les résultats sont présentés sous forme de tableau regroupant toutes les valeurs et indicateurs
utilisés avec leur intervalle de confiance, cela suffit pour ce type d’étude.
10*. Discussion
La discussion de l’étude met elle en relation les découvertes de l’étude et les connaissances
antérieures ? La qualité du résultat de l’étude est-elle prise en compte en fonction des critères
évoqués dans les questions 7 à 9, ci-dessus. La pertinence de l’approche et l’utilité de l’étude sont-
elles évoquées ? Une étude descriptive ne doit généralement pas permettre de donner d’explication
à la variabilité (spatiale ou temporelle) d’un phénomène, la discussion est-elle assez prudente, le
cas échéant, sur ce point ?
Les auteurs comparent leurs résultats avec les quelques études réalisées auparavant. Il y a prise en
compte de la spécificité. De plus, le niveau d’interprétation propose une explication entre les mâles et
les femelles au niveau du comportement qui impliquerait une exposition différente.
L’hypothèse à tester dans une autre étude serait l’influence du comportement.
11. Conclusion
Enfin, la conclusion constitue-t-elle une réponse à la question de recherche présentée au début du
document ? Cette réponse vous paraît-elle pertinente ?
La conclusion de l’article est la présence d’un risque avec les animaux sauvages. La discussion est donc
correcte et la conclusion revient à apporter des éléments de réponses à la question de départ. A la fin
de l’étude d’un tel article, il est possible de faire un tableau avec les points positifs et les points négatifs
de l’enquête.
6 sur 6
CE DOCUMENT A ETE OFFERT AUX VETERINAIRES ALGERIENS PAR
A. Cas cliniques
Le 20/09/17
NESTEA est une chienne non stérilisée braque allemand de 11 semaines présentée en médecine
préventive pour un rappel de primo-vaccination.
VACCIN : Nom commercial : Nobivac et Versican plus
Valence : CHP Bb/Pi2 L4
Numéro de lot : A095B01 (CHP) (péremption 01/2018) ; 425423A01 (L4) Péremption 04/2018
Injection sous-cutanée en deux points
Anti-parasitaire interne : Spécialité : Milbemax ; Protocole : 1 fois par mois jusqu'à l'âge de 6 mois puis
4 fois par an
Anti-parasitaire externe : Spécialité Vectra 3D ; Protocole : 1 fois par mois pendant 1 an
Consultation du 25/09/17 : présence de 2 masses de 3 cm de diamètre, mobiles, non douloureuses, sans
atteinte de l’EG.
Rappel envisagé le 25/10/17. Appel du 17/10/17 : les deux masses ont disparu en 5 jours environ.
Aucune douleur. Aucun traitement administré.
Pour effectuer la déclaration, il faut se créer un compte utilisateur en utilisant comme identifiant
« ENVL-NOM » puis on peut saisir la déclaration…
1 sur 5
Dans le cas présent, la déclaration est facultative. Il s’agit d’un effet indésirable attendu (selon les
connaissances générales des vaccins) puisqu’on peut lire dans le RCP : « Dans de rares cas, une réaction
d'hypersensibilité de type anaphylactique caractérisée par un œdème facial limité a pu être observée après la
vaccination ; à chaque fois, celle-ci était modérée et sans gravité. Un œdème diffus localisé et transitoire peut
survenir au point d'injection. ». Cependant, on emploie ici plusieurs produits ensembles, on ne peut donc
pas définir quel vaccin est en cause (pour la fréquence).
Si le vaccin est récent, on peut éventuellement mettre une notification de fréquence dans le RCP.
D’après l’ANSES/ANMV, le cas est typiquement classé A.
Cas clinique 2
Description : Chien Doberman mâle, 2 ans, 30kg, traité pour une pyodermite (coques, Gram+) environ
1 main (zone lombaire), depuis 1 semaine.
Administration Clamoxyl®comprimés 200, 1,5 comprimé matin et soir
Ordonnance pour 2 semaines
Lot AMOX5487, péremption 11/2017.
Au 7ème jour :
Petits boutons rouges, prurit (autour de la gueule). Bon état général.
Pas de traitement à ce stade
Ce cas n’est pas à déclaration obligatoire, car ce n’est pas un cas grave sauf s’il intervient durant la
période PSUR définie par les laboratoires (3 ans après la mise sur le marché d’un médicament). La
relation doit cependant être analysée par un pharmacovigilant afin de prendre en compte l’effet
(réaction de type HS classique avec cette famille), la compatibilité du délai, la dose (celle de l’AMM est
ici compatible), la description antérieure (ici nous n’avons pas d’info), ainsi que les autres explications
telle que la vérification de l’absence d’extension de la maladie traitée qui est peu plausible car les
lésions ne sont ni purulentes ni suintantes.
Ceci permet de classer le cas en A, B, O ou N. Selon P. Berny, c’est un cas « A » mais on ne modifie pas
le RCP car il y a déjà une description des effets secondaires et un seul cas ne justifie pas un changement
de RCP.
Cas clinique 3
Description : Vous deviez faire un vaccin (Coryza-Rage-Parvo) à un chat un peu récalcitrant (FELIGEN-
CRP/R®). La seringue a fini dans votre main.
30 minutes après vous avez une zone douloureuse chaude, gonflée autour du point d’injec4on
(environ 2cm).
Lot FLG2013-54-65, péremption 02/18
Pas de traitement à ce stade
Ce cas est à déclaration obligatoire puisqu’il touche l’homme. Il faudra sûrement modifier le RCP si
plusieurs cas similaires sont rapportés (pas de modification avec ce seul cas). Il faut donc prendre en
compte une notion de fréquence avec un classement A ou B ici. On devra indiquer dans le RCP : « en
cas d’injection accidentelle, risque de réaction locale… » en plus de la mention déjà présente sur le fait
de contacter le médecin.
2 sur 5
B. Bilans de PVV
Bilan PVV 1
Remarque : on ne peut pas utiliser le nombre de cas à la place du nombre de chevaux affectés puisque
certains vétérinaires vont faire une déclaration unique pour plusieurs chevaux présentant les mêmes
symptômes, au même moment, suite à la même situation (vaccination de plusieurs chevaux dans une
écurie).
On constate une disparité entre les incidences mesurées dans différents pays : 0,26% (UK) ; 0,14% (EI)
et 0.08% (France).
3 sur 5
Différentes hypothèses peuvent être envisagées :
Il faut vérifier que la fréquence est statistiquement différente avec la fonction binom.test de
R:
Il peut exister une sensibilité raciale et des distributions géographiques différentes selon les
pays.
Le suivi peut être plus rigoureux aux UK et EI.
Les informations sont différentes selon les pays. C’est le cas : les publications préalables
rappelant les accidents et la nécessité de déclarer varient selon les pays.
En France, la maladie est sous-déclarée car le cas est connu et les vétérinaires ont donc
tendance à ne pas les déclarer.
Bilan PVV 2
Source : European Medicine Agency , 2016
• VELACTIS® (cabergoline):
- diminuer la production de lait lors de tarissement (perte de lait), risque d’infection bactérienne
au tarissement, gêne au tarissement
- taux d’infections mammaires PP 20% (au lieu de 26% placebo), diminution de 9% des BV
présentant une douleur à 48h post-tarissement.
- IM, 5 mL
- éviter contact cutané / oral ; éviter contact pour femmes enceintes ou allaitant.
- éviter l’accès des BV aux eaux de surface pendant 5j.
- Effets indésirables : réactions locales au point d’injection fréquentes (1-10% des animaux).
Analyse :
Incidence : elle est déterminée par le nombre de cas bovins/nombre de doses vendues. Le
319
nombre de doses vendues correspond au nombre de bovins traités. D’où I= 40 000 = 𝟕. 𝟗%0, la
fréquence est donc jugée peu fréquente.
4 sur 5
Que peut-on proposer pour résoudre le problème (outils réglementaires, données
scientifiques…) ?
- sur l’AMM ou le RCP : on peut suspendre provisoirement l’AMM pour déterminer l’origine du
problème.
5 sur 5
القرآن
األذكار
تالوة
الحديث
دعاء ختم القرآن الكريم أذكار الحج والعمرة أذكار الطعام أذكار الخالء