QCM Proteines PDF

FACULTE DE MEDECINE
PIERRE & MARIE CURIE
PCEM1
1. Protines
CAHIER D'EXERCICES
de BIOCHIMIE
2005-2006
EDITE PAR LES ENSEIGNANTS DE BIOCHIMIE
Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1
Protine / 2
CAHIER D'EXERCICES POUR PCEM1

BIOCHIMIE
I. PROTEINES
SOMMAIRE
Page
1. Techniques d'tude des protines . . . . . . . .
2. Fonctions des protines. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3. Structure des protines . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4. Enzymologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13
4.1 Gnralits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2 Enzyme Michalien . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3 Enzyme Allostrique . . . . . . . . . . . . . . . .
4.4 Problme de rvision . . . . . . . . . . . . .
13
14
16
17
5. QCM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
19
6. Annales du concours . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
22
Image de couverture :
Structure d'un cristal de BRCA2, une protine dficiente dans des formes hrditaires de
cancer du sein (Science-13sep2002 : www.sciencemag.org)
Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie
Protine / 3
1. TECHNIQUES DETUDE DES PROTEINES

1.1
Le volume ncessaire llution (Vel) dune protine sur une colonne de gel filtration est
fonction inverse du poids molculaire(Mr). La courbe dtalonnage ci-dessous est trace
partir des rsultats reports dans le tableau:
Protine
Mr
Vel (ml))
106
85
lysosyme
14 000
200
chymotrypsinogne
25 000
190
ovalbumine
45 000
170
srum albumine
65 000
150
aldolase
150 000
125
urase
500 000
90
130
bleu de dextran*
* le bleu dextran est un polymre de haut PM
a. Expliquer lordre dlution des protines.

b. Evaluer le PM de la protine inconnue X.
1.2
Une protine tudie par gel filtration dans un tampon aqueux pH7 prsente un poids
molculaire apparent de 160.000 daltons. Si cette protine est soumise une
lectrophorse sur gel en prsence de SDS la rvlation montre 2 bandes
correspondant des poids molculaires apparents de 50000 et 30000.
Expliquer ces rsultats.
1.3
Expliquer et commenter ces affirmations.

a. Les protines sont trs peu solubles leur point isolectrique (pHi).
b. Pour une valeur de pH suprieure son pHi une protine est charge ngativement et
pour une valeur de pH infrieure son pHi une protine est charge positivement.
1.4
Une solution contenant de lalbumine (pHi= 4,6), de la -lactoglobuline (pHi = 5,2) et du

chymotrypsinogne (pHi= 9,5) est charge sur une colonne de DEAE cellulose pH 5,4.
(Le DEAE est une molcule charge positivement)
La colonne est lue par un gradient de NaCl de concentration croissante.
Proposer un ordre dlution de la colonne pour ces protines.
1.5
Soit une protine oligomrique dun poids molculaire (PM) de 240 000 Daltons. Sa
structure quaternaire est tudie par la dtermination des poids molculaires lissue de
divers traitements :
a. Traitement par le mercaptothanol 0,1M : donne uniquement des structures
protiques dun PM de 120 000 D.
b. Traitement par lure 4M : donne uniquement des structures protiques dun PM de 80
000 D.
c. Traitement par le mercaptothanol 0,1M et lure 4M : donne uniquement des
structures protiques dun PM de 40 000 D.
Quels sont les effets des diffrents traitements ?

Quelle est la structure quaternaire de cette protine ?
1.6
Protine / 4
On se propose de purifier, partir de srum humain, une protine liant avec une forte
affinit une hormone strode, la testostrone: la TEBG ou testosterone estradiol binding
globulin. Comme elle lie galement lestradiol, hormone strode oestrognique, cette
protine est appele aussi SBP (sex steroid binding protein).
Ces proprits sont utilises pour suivre les diffrentes tapes de la purification de la
protine. Aprs incubation du srum avec de la testostrone radioactive qui joue le rle de
traceur, on suit le complexe protine srique-testostrone radioactive.
Ces tapes sont rsumes ci-dessous:
a.
Prcipitation au sulfate dammonium 50% de saturation.
b.
Solubilisation du prcipit suivie de dialyse contre un tampon phosphate 20 mM, pH 6,

NaCl 50 mM.
c.
Chromatographie sur rsine changeuse danions; diverses protines, dont le complexe

TEBG-testostrone radioactive, sont lues par diminution progressive du pH jusqu 5.
d.
La fraction radioactive est dpose sur une colonne de chromatographie par filtration sur
gel de Sephadex G100 et lue par un tampon phosphate 20 mM, pH 7, NaCl 150 mM.
Nous rapportons le profil dlution sur le schma ci-dessous (D.O = densit optique 280
nm; R.A. = radioactivit; dps = dsintgration par seconde ou becquerel). La colonne de
Sephadex G100 a t pralablement calibre avec 4 protines de masses molculaires
connues dont les volumes dlution respectifs sont indiqus par les flches.
e. La puret de la fraction radioactive

est vrifie par une lectrophorse en gel
de polyacrylamide aprs coloration par le
bleu de Coomassie(figure A); le gel est
ensuite dcoup afin de pouvoir quantifier
la radioactivit correspondant la bande
colore (figure B).
1.6.1- Donner le principe de chaque tape de purification.

1.6.2- Daprs les rsultats obtenus au cours des tapes c et d, que pouvez-vous
dduire sur le pHi et la masse molculaire de la protine(utiliser la feuille semilogarithmique ci-aprs)?
Protine / 5
1.6.3- Interprtez les rsultats obtenus en e.

1.6.4- Citer une technique de purification de la TEBG, en tenant compte de ses
proprits biologiques de liaison.
f. La protine purifie est ensuite

caractrise par filtration sur gel selon
le protocole suivant et aprs
talonnage par des protines de
masse molculaire connue:
1- dpt simple (fig.4A)
2- traitement par lure 8M (fig.4B)
3- traitement par lure 8M et
mercaptothanol (fig.4B)
1.6.5- Que pouvez-vous dduire sur la

structure quaternaire de cette
protine?
1.7
Protine / 6
Electrophorse bidimensionnelle
On veut sparer 5 protines de 390 acides amins (Wt, A, B, C, D) :
soit une protine sauvage (Wt) et 4 protines mutantes qui diffrent entre elles par une
permutation d'un aa pour les 4 premires et la perte des 50 aa C-terminaux pour la
dernire. Les modifications sont les suivantes :
Potine Wt
Mutant A
Mutant B
Mutant C
Mutation
aa charg ngativement
aa apolaire
(rsidu acide)
(rsidu sans charge)
aa charg ngativement
aa charg positivement
(rsidu acide)
(rsidu basique)
aa apolaire
aa apolaire avec deux rsidus CH3 de plus
(rsidu sans charge)

Mutant D
suppression des 50aa C-terminaux
Expliquer les modifications (ou non) de migration de ces protines sur une
lectrophorse bidimensionnelle.
Montrer sur un schma les positions respectives des protines A, B, C, D et Wt.
Si une ou plusieurs protines ne sont pas spares par cette technique, comment
peut-on les sparer?
2. FONCTIONS DES PROTEINES

2.1
Transport d'O2
Lorsque vous courrez, votre organisme ragit pour bien oxygner vos muscles.
a. Quelles protines sont mises en jeu et dans quel compartiment de lorganisme?
b. Comment expliquez le transfert dO2 des poumons vers les muscles?
c. Selon les diffrentes classifications des protines, comment ces protines seront-elles
dfinies?
d. Les acides amins de ces protines sont-ils mis directement en jeu pour fixer lO2?
Justifier
e. Du CO dgag par un pole mal rgl peut vous asphyxier en privant toutes vos cellules de
lapport dO2
Pourquoi?
2.2
Mcanisme de fixation de O2
a. A saturation, la myoglobine fixe 1 molcule dO 2 alors que lhmoglobine (Hb) fixe 4
molcules dO2.
En quoi ces 2 protines ont-elles une structure diffrente? Dcrivez-les.
b. La constante daffinit de lHb pour la 1re molcule d'O2 est plus faible que la constante
daffinit pour la seconde molcule dO2, elle mme plus faible pour la 3me etc....
Comment nomme-t-on ce phnomne?
Comment lexplique-t-on au niveau molculaire?
c. En altitude il y a adaptation de lorganisme par diminution de laffinit de Hb pour le
dioxygne en quelques jours
Pourquoi?
2.3
2.4
Protine / 7
Hmoglobine
a. Pourquoi les chanes et de lhmoglobine sont-elles capables de sassocier alors que les
chanes de myoglobine ne le font pas?
b. A haute altitude, la concentration en DPG (2,3-diphospho glycerate) augmente de 50%
(aprs 2 jours 4000 m). Pourquoi?
c. Par quel mcanisme loxyhmoglobine est elle capable de librer plus de dioxygne dans les
tissus mtabolisme rapide?
Comparaison de lhmoglobine ftale et
maternelle.
a. Soient les courbes ci-contre de saturation en O2 de
lhmoglobine ftale et maternelle.
Dans les conditions physiologiques, quelle est
lhmoglobine qui a la plus forte affinit pour O2
?
b. Quelle est la signification physiologique de ces
diffrences daffinit pour lO2?
c.
Quand
on
supprime
tout
le
2,3
diphosphoglycrate (DPG) li, les courbes se
dplacent vers la gauche, supprimant la diffrence
entre les 2 hmoglobines.
Quel est leffet du DPG sur laffinit des Hb
pour lO2 ?
Comment expliquer leffet plus important sur lHbA ?
2.5
2.6
La migration d'un anticorps monoclonal (issu du mme clone de plasmocytes) en

lectrophorse sur gel de polyacrylamide conduit une seule bande. Aprs tratement par
le -mercapto-thanol, 2 bandes apparaissent
Quelle caractristique structurale de ces anticorps est ainsi mise en vidence?
Ces anticorps sont digrs par la papane et gnrent 2 types de fragments.
Quelles sont les fonctions respectives de ces 2 types de fragments?
Faire un schma de la structure complte d'une immunoglobuline.
La figure ci-contre est un

diagramme schmatique d'un
segment longitudinal d'une
myofibrille d'un muscle
squelettique.
Marquer les structures
indiques sur la figure en les
associant celles fournies dans
la liste:
Bande I / Bande A / Filaments
fins / Ligne M / Zone H /
Filaments pais / Ligne Z /
Sarcomre
Parmi les structures reprsentes, lesquelles modifient leurs dimensions ou altrent
leurs positions les unes par rapport aux autres au cours de la contraction musculaire?
2.7
Contraction musculaire
a. Dans une fibre musculaire lors
de la contraction, identifier sur le
schma ci-contre les protines qui
participent ce mcanisme.
prciser la nature de ces

interactions entre ces protines.
classer ces protines en

protines structurales et en
protines de rgulation.
Justifier votre rponse en
dcrivant brivement le rle de
ces protines.
b . Le mcanisme de la contraction
du muscle squelettique met en jeu
une hydrolyse de l'ATP qui permet
une a s s o c i a t i o n
et
une
dissociation cycliques de l'actine
et de la myosine.
Identifier sur le schma ci-contre
les 5 phases du cycle partir des
figures A E proposes cidessous.
Lgende:
FF: filament fin
FE: filament pais
ext - ext +: extrmit moins et plus
Protine / 8
2.8
Protine / 9
Rgulation de la contraction musculaire.

Aprs un accident de ski, un patient suit une rducation comprenant des sances de
stimulation musculaire lectrique externe: des lectrodes parcourues par des pulsions
rgulires de courant trs faible sont places sur un muscle, ce qui conduit des
contractions musculaires successives.
a. Sur le schma suivant, qui reprsente un . , remplir les cases
blanches:
b. Proposer une hypothse trs simple pour expliquer leffet de cette stimulation musculaire
lectrique externe sur la contraction musculaire.
3. STRUCTURE DES PROTEINES

3.1
Parmi les acides amins constitutifs des protines lesquels prsentent la proprit
suivante:
a. Petit radical polaire contenant un hydroxyle. Acide amin important dans le site actif de
certains enzymes.
b. Le plus grand encombrement strique.
c. Groupement thiol.
d. Chane hydrocarbone sature, importante dans les interactions hydrophobes.
e. Le seul avoir un groupement amin substitu.
f. Faire des ponts disulfures.
g. L'hydrolyse partielle du radical le convertit en un acide amin prsentant une charge
ngative pH7.
3.2
Caractristiques des acides amins

Quelle partie de la molcule d'un acide amin permet de le classer dans les acides amins
polaires ou apolaires ?
Dfinir les sries D et L pour les acides amins.
A quelle srie appartiennent les acides amins constitutifs des protines ?
Protine / 10
3.3
La liaison peptidique :
Donner une dfinition et dcrire son mode de formation.
Citer les trois principales caractristiques structurales d'une liaison peptidique.
La mesure de la longueur de la liaison C-N entre deux acides amins est de 0,132 nm,
donc intermdiaire entre une liaison simple C-N (0,149 nm) et une double liaison C=N
(0,127 nm).
Quelles indications ce rsultat donne-t-il sur certaines proprits de la liaison peptidique et
sur les possibilits de rotation autour de cette liaison ?
3.4
Un peptide X dont la composition globale en acide amin est la suivante : 2 Arg, 2 Asp,1
Gly, 2 Met, 1 Phe, est soumis diffrents traitements puis dune analyse sparative des
produits :
1/ Traitement par du bromure de cyanogne (qui coupe aprs le segment carboxyle du rsidu
amino-acide de la Mthionine), suivi dune sparation des fragments obtenus par
chromatographie en couche mince: on observe la prsence de 2 taches correspondant 1
dipeptide et 1 tripeptide.
2/ Traitement par la trypsine suivi dune chromatographie: on observe 1 dipeptide et 2
tripeptides
3/ Traitement par la chymotrypsine (qui coupe les liaisons peptidiques sur le versant
carboxylique des AA aromatiques) suivie dune chromatographie: on observe 1 AA et 1
peptide.
Quelle est la squence des acides amins du peptide X ?
3.5
Expliquer brivement pourquoi la prsence dune proline est incompatible avec la

structure secondaire dune protine en hlice alpha.
3.6
Dans une protine globulaire hydrosoluble, quels amino-acides dans la liste suivante:
mthionine, histidine, arginine, phnylalanine, valine, glutamine, acide glutamique, pensez
vous trouver:
a. la surface de la protine?
b. lintrieur de la protine?
3.7 Dcrire les liaisons labiles impliques dans la formation de l'hlice du type le plus souvent
rencontr dans la structure secondaire des protines.
Quels sont les traitements qui permettent la rupture de ces interactions?
Quel est leffet de ces traitements sur les feuillets ?
Quelles peuvent tre les consquences de ces traitements sur les protines.
3.8 Le droulement d'une hlice s'accompagne d'une

diminution de son pouvoir rotatoire. L'acide
polyglutamique (Glu)n est en conformation d'hlice
pH3. Quand le pH augmente, le pouvoir rotatoire
diminue. De la mme faon la polylysine (Lys)n est
hlicodale pH 10, mais son pouvoir rotatoire dcroit
pH acide.
Expliquez l'effet du pH sur la conformation de (Lys)n
et (Glu)n.
3.9 Le traitement par un ractif rducteur (-mercapto-thanol) d'une protine modifie son
diagramme lectrophortique. A partir d'une bande unique, on obtient aprs rduction
deux bandes diffrentes.
a. Quel est le phnomne chimique en cause ?
b. Aprs roxydation, on obtient trois bandes dont une seule est identique la protine
initiale. Expliquer.
3.10
Protine / 11
Dnaturation rversible de la ribonuclase.

La ribonuclase, petite protine de 100 acides amins contient 8 cystines associes par
4 ponts disulfures intra-catnaires.
a. Dcrire les modalits de rduction rversible dun pont disulfure par thiol exogne.
b. La rduction de cette protine ltat natif par le 2 mercaptothanol est impossible.
On applique la protine les traitements suivants :
Effet du traitement
Protine utilise
Cas 1
protine native
Traitement suivi
Nombre de
thiols libres
Activit
enzymatique
8M ure +
++
dialyse contre 8M ure
~ 1%
dialyse sans ure +
++
2-Mercaptothanol
Cas 2
protine dnature et
rduite
dialyse contre tampon

sans ure et
sans 2-Mercaptothanol
Cas 3
protine dnature et
rduite
Cas 4
protine obtenue par le

traitement en 3
traces 2-Mercaptothanol
Interprter les rsultats observs pour lactivit enzymatique.
3.11 Les molcules d'-kratine du cheveu sont associes initialement par 3 au sein d'un
protofibrille par l'intermdiaire de ponts disulfures interchanes.
Pouvez-vous expliquer la nature des traitements appliqus pour modifier de faon stable,
par le biais de ces ponts disulfures, la configuration du cheveu lors de la ralisation
d'une permanente ?
3.12
Les mutations pathologiques de la protine 1-antitrypsine par les mthodes de la

protomique.
La protine 1-antitrypsine est importante pour la rgulation par inhibition de lactivit de
plusieurs srine-protases. En
particulier lorsque
l1antitrypsine est dficiente, la
limitation dans le poumon de
lactivit de lenzyme lastase
nest pas assure et le
dveloppement dun emphysme
pulmonaire est acclr. La
dtection
de
lanomalie
molculaire
devient
alors
ncessaire.
1- Le tableau ci-contre montre la
squence primaire des 394
acides amins de "lantienzyme" 1-antitrypsine de type
sauvage (Wt).
On peut isoler chez des patients
emphysmateux des protines
anti-enzymes anormales prsentant des mutations faux-sens (substitution dun
aminoacide par un autre).
On isole en particulier:
mutant S: E(Glu)264V(Val)
mutant Z: E(Glu)342K(Lys)
mutant DRCW: V(Val)213A(Ala)
Protine / 12
On dispose galement dun mutant Sarrebruck o une partie de la squence est tronque
(suppression des 19 aminoacides C-terminaux).
Quelle(s) technique(s) de sparation de protines peut tre applique sur le srum du

patient pour mettre en vidence la mutation?
Indiquer pour chacune des 4 mutations le principe de la sparation utilise.
2- Chacune des tches (spot) correspondant la protine 1-antitrypsine type sauvage ou

aux diffrents mutants est soumise une digestion par lenzyme protolytique trypsine.
Indiquez le principe de cette manipulation et son objectif.
3- Le fragment de la squence entre les aminoacides 192 et 217 rsultant de lhydrolyse

trypsique est analys par spectromtrie de masse MALDI-TOF (dsorption et ionisation assiste
par un clair laser et sparation des peptides ioniss par leur temps de vol ; plus la masse du
peptide est lev et moins il vole vite).
Lhydrolyse par la trypsine est mnage, donc seules les coupures ractives se produisent.
On obtient le spectre de masse A pour
le peptide trypsique driv du type
sauvage et le spectre de masse B
pour le peptide trypsique driv du
mutant DRCW.
Expliquez la diffrence de masse

enregistre.
Expliquez pour ce peptide le

clivage obtenu par laction de la
trypsine.
Protine / 13
4. ENZYMOLOGIE
4.1 Gnralits
4.1.1
Quelle est la fonction dun enzyme?

Quelle partie d'un enzyme est responsable de son activit ? de sa spcificit ? de son
action de catalyseur?
Expliquer.
4.1.2 La lactate dshydrognase du muscle catalyse la raction suivante :

+
+
Pyruvate + NADH + H Lactate + NAD
L'absorption de la lumire (D.O : densit optique) diffrentes longueurs d'ondes est
mesure pour la mme concentration de NAD, de NADH :
(nm)
D.O (NAD )
D.O (NADH)
220
0,150
0,160
260
0,840
0,850
300
0,160
0,150
340
0,00
0,860
380
0,00
0,140
Proposer une mthode de suivi de la raction de transformation du pyruvate en

lactate?
4.1.3 Interprtez les diffrents effets immdiats du pH sur lactivit des 3 enzymes suivantes :
papane, pepsine et trypsine :
PAPANE
PEPSINE
TRYPSINE
100 %
100 %
Activit enzymatique
100 %
pH
4.1.4
pH
pH
Qu'appelle-t-on protolyse mnage ?

Donner un exemple en donnant les substrats et produits de la raction :
a. d'un enzyme pancratique,
b. d'une hormone peptidique
10
Protine / 14
4.2 Enzyme Michalien

4.2.1
Dcrire et prciser la fonction des tapes essentielles d'une raction enzymatique

michalienne.
4.2.2 On veut dterminer la vitesse initiale dune raction enzymatique. On utilise une mesure
potentiomtrique pour suivre le droulement de la raction en mesurant la quantit de
substrat transform en fonction du temps. On a les donnes suivantes:
Temps
Quantit de substrat transform
(minutes)
(nmoles)
0
0
1
29,6
Quel est le temps le plus long
2
59,2
o il est possible de
3
88,8
dterminer la vitesse initiale?
5
111
Quelle en sera la valeur?
10
170
20
226
4.2.3 On tudie la variation de la vitesse d'une raction en fonction
de la concentration x d'enzyme.
Tracer sur le mme graphique :
a. La courbe obtenue en prsence d'une concentration 2x
d'enzyme.
b. La courbe obtenue en prsence d'une mme concentration
x d'un enzyme qui aurait plus d'affinit pour le substrat.
c. La courbe obtenue lorsque la raction est effectue pH 1
chaud (70C).
4.2.4 La constante de Michaelis de lhexokinase pour le glucose est
S
de 0,15 mM tandis quelle est de 1,5 mM pour le fructose avec
des vitesse maximales pratiquement gales.
a. Calculer pour chacun des deux oses les vitesses de ractions , exprimes en
pourcentage de la vitesse maximale Vm, pour des concentrations initiales (c.a.d au
temps 0) de substrats gales 0,15mM et 1,5mM.
b. Lequel de ces deux oses prsente laffinit la plus grande pour lhexokinase?
c. Dessiner (en choisissant arbitrairement la vitesse maximale) les droites de LineweaverBurke correspondant chacun des deux oses.
4.2.5 L'addition d'un compos X dans une raction enzymatique entraine des modifications
cintiques responsables d'un dplacement de la courbe Vi = f(S ) selon le profil ci-dessous
(la flche indique l'effet obtenu sous l'action de concentrations croissantes du compos X) .
Quelle est parmi les courbes prsentes ci-dessous
(reprsentation de Lineweaver-Burk) celle qui
correspond cette situation?
Justifier votre rponse.
Protine / 15
4.2.6 Supposons que la concentration en 1 composant X soit d'environ 10-4M.

Supposons que soient prsents un enzyme A qui a pour ce compos un Km = 10-3 M et un
enzyme B qui a pour ce mme compos un Km cent fois plus petit (10-5 M).
a. Dans ces conditions par quel enzyme doit-on s'attendre ce que le compos X soit
modifi essentiellement ?
b . Une multiplication par 10 de la concentration en compos X acclrerait-elle de
faon apprciable son attaque par l'enzyme B ?
c. Justifiez vos rponses par une brve explication.
4.2.7 En prsence de son substrat spcifique, une prparation de succino-deshydrognase a

fourni les rsultats cintiques suivants :
(S)
S transform
mole/l
( mmole/mn)
1 x 10
-3
3,3
2 x 10
-3
5,0
4 x 10
-3
6,6
8 x 10
-3
8,0
a. Dterminer par une reprsentation graphique aproprie la Km de lenzyme pour le

substrat
b. On ajoute au milieu, au cours de deux expriences spares, d'une part de l'acide
malonique COOH-CH2- C O O H , d'autre part un autre compos. On obtient les deux
rsultats suivants.
(S)
S transform
mole/l
( mmole/mn)
b
1 x 10
-3
1,75
2,0
2 x 10
-3
3,00
3,0
4 x 10
-3
4,50
4,0
8 x 10
-3
6,30
4,5
Quel est celui qui correspond l'addition d'acide malonique ?

Expliquer pourquoi.
4.2.8 Soit le diagramme (incomplet) d'une cintique

enzymatique :
a. Complter la figure en indiquant les units et les
principaux paramtres des cintiques I et II. (choisir
une ordre de grandeur possible pour les units)
b. On passe de I la cintique II en ajoutant 4
picomoles (10-12 mole) de produit X la solution
enzymatique.
De quel type d'inhibition s'agit-il ?
Protine / 16
4.3 Enzyme Allostrique

4.3.1
La phosphofructokinase (PFK) catalyse la raction :

Fructose 6P + ATP Fructose 1-6 diP + ADP
L'activit de la PFK varie en fonction de la concentration en fructose 6P et en ATP de la
manire suivante :
Quelle est la rgulation par le fructose-6P

pour une concentration donne d'ATP?
Quel paramtre permet de caractriser la

variation d'activit en fonction de la
concentration en ATP?
Quelles sont les 2 rles de l'ATP pour la PFK,

et pourquoi peuvent-ils coexister?
4.3.2
Ltude cintique dune enzyme allostrique E a donn les rsultats dcrits par les
courbes ci-dessous o la vitesse de raction est porte en fonction de la concentration en
substrat, en absence et en prsence des effecteurs F1, F2, F3.
vi
Enzyme+F1
Enzyme
Enzyme+F2
Enzyme+F3
(S)
Toutes ces expriences ont t effectues avec une concentration denzyme constante.
Prciser le rle et les caractristiques des effecteurs F1, F2 et F3.
Quelles expriences supplmentaires permettraient de confirmer la nature
allostrique de cet enzyme (illustrer de courbes et de donnes exprimentales les
plus prcises possibles)?
A quelle catgorie appartiendrait cet enzyme allostrique?
4.3.3 Un chercheur tudie une enzyme qui possde 4 sous-units et se comporte de faon
michalienne vis--vis de son substrat. Il fait lhypothse quil pourrait sagir dune enzyme
allostrique appartenant au systme V.
a. Quelle sera lallure de la courbe de saturation de cette enzyme:
par un activateur allostrique ?
par un inhibiteur allostrique ?
b. Quelle sera lallure de la courbe de saturation par le substrat :
en prsence dactivateur ?
en prsence d inhibiteur ?
Protine / 17
4.3.4 Soient trois enzymes diffrents E1, E2 et E3 , qui sont activables dans certaines
conditions:
a. lactivation de E1 saccompagne dun changement de configuration quaternaire, sans
changement de poids molculaire ;
b. lactivation de E2 saccompagne dune diminution de poids molculaire de lenzyme;
c. lactivation de E3 est contrarie par laddition dune phosphatase .
Indiquer les modles dactivation rendant compte de chacune de ces trois
situations.
Donner un exemple de chacun des modles.
4.3.5 Parmi les proprits suivantes censes caractriser un enzyme rgulation allostrique :
1. Indiquez celle(s) qui est (sont) exacte(s.)
a.
Sa courbe des vitesses (v= f [S]) prsente toujours la forme dune sigmode.
b. Contrle le fonctionnement dune raction rversible dans une chane mtabolique.
c. Change de poids molculaire lorsquil passe de ltat T ltat R.
d. Renferme plusieurs sites actifs.
e. Peut tre form de dimres associant chacun une sous-unit rgulatrice et une sousunit catalytique.
f. Est plac de prfrence au dbut dune chane mtabolique.
2. Corrigez en une phrase justificative celle(s) qui est (sont) inexacte(s)
4.4 Problme de rvision

1- On sintresse une enzyme E, ubiquitaire. dont on souhaite prciser les principales
caractristiques biochimiques. On utilise comme source biologique du tissu musculaire obtenu
par biopsie. Dans un premier temps lchantillon est broy et lon obtient un lysat cellulaire.
1.1. Ce lysat est centrifug basse vitesse (1000xg). Le surnageant de cette premire
centrifugation est nouveau centrifug 20000xg.
Que contient le culot de cette seconde centrifugation?
1.2. On veut savoir si au moins lun des organites ci-dessus contient lenzyme E. Pour cela, on
dispose dune mthode de mesure de lactivit enzymatique dans laquelle la fraction
rsultant de la centrifugation moyenne vitesse est mlange avec un substrat. Les
rsultats des mesures sont reprsents dans les 3 graphiques ci-dessous:
6
5
4
3
2
1
1
Quantit de lysat
(ml)
10 15 20 25 30 35
Concentration du substrat
(M)
pH
Quelle est linformation apporte par chaque graphique?
1.3. Compte tenu de lensemble de vos connaissances et des donnes exprimentales, quel est,
votre avis, lorganite qui contient lenzyme E?
1.4. Comment sappelle la mthode utilise pour la mesure de lactivit enzymatique ?
Protine / 18
2. On ralise la mme exprience que celle ralise dans le graphique B ci-dessus en changeant
quelques conditions:
2.1. on diminue de moiti la quantit denzyme E.
2.2. on ralise lincubation aprs avoir chauff le lysat cellulaire 100C pendant 30 minutes.
2.3. on ralise lincubation en prsence dun inhibiteur comptitif.
Reprsenter les rsultats obtenus dans les 3 conditions sur les graphiques suivants:
condition 2.1
condition 2.2
10 15 20 25 30 35
condition 2.3
10 15 20 25 30 35
(M)
(M)
10 15 20 25 30 35
(M)
NB : la courbe obtenue dans le graphique B a t reproduite pour servir de comparaison.
3. On veut isoler la protine responsable de cette activit enzymatique. Dans ce but on ralise une
analyse biochimique de la fraction rsultant de la centrifugation moyenne vitesse. Le rsultat
est prsent dans la figure ci-contre:
pH3
pH10
aa
3.1. Comment sappelle cette analyse?

3.2. Sur quel critre sont spares les protines dans le
sens horizontal?
3.3. Sur quel critre sont spares les protines dans le
sens vertical?
cc
b
b
actin
e
dd
ee
gg
3.4. On dcoupe les spots nots de a

g et lon mesure lactivit
enzymatique spcifique de ces spots. Les
rsultats sont prsents sur le
graphique suivant:
Daprs ces rsultats, quel est le spot
qui contient lenzyme E?
Comment expliquer les rsultats
observs pour les spots a et d?
a
b
c
d
e
Activit enzymatique
Activit enzymatique mesure en

prsence dun inhibiteur spcifique
4. Pour vrifier lhypothse formule ci-dessus pour le spot d, on ralise une exprience dans
laquelle, la protine contenue dans le spot d est soumise plusieurs traitements dans des
conditions standard de mesure de lactivit enzymatique:
Protine / 19
Traitement
Rsultat
mesure de lactivit pH 8
baisse dactivit
incubation pralable avec une enzyme protolytique
forte augmentation dactivit
incubation pralable avec de laspirine
aucun effet
Quelles conclusions pouvez-vous en tirer?
5. QCM
1. Dans une colonne de chromatographie par
change dions dont le support est compos de
billes charges positivement
a. les molcules charges ngativement sortiront dans
les premires fractions
b. les molcules charges positivement sortiront dans
les premires fractions
c. les molcules de grande taille sortiront dans les
premires fractions
d. les molcules possdant deux charges ngatives
sortiront avant celles possdant une charge ngative
e. les molcules possdant deux charges ngatives
sortiront aprs celles possdant une charge ngative
2. On se propose danalyser lensemble des
protines exprimes par un type cellulaire donn :
a. cette analyse sappelle une tude du protome.
b. une tape pralable indispensable consiste
pratiquer une chromato-graphie daffinit.
c. cette analyse comporte notamment une
lectrophorse en gel dnaturant SDS.
d. Dans une lectrophorse bidimen-sionnelle, les
protines sont spares en fonction de leur taille et de
leur polarit
e. La spectromtrie de masse permet dtudier la
composition des protines isoles par une
lectrophorse bidimensionnelle.
3.
4.
La fonction dune protine

a. dpend de sa structure primaire.
b. ne dpend pas de sa structure tridimensionnelle.
c. varie avec le pH.
d. est insensible la temprature.
e. est toujours sensible aux agents rducteurs.
Soit le modle haute rsolution dune protine
reprsent ci-dessous.
a. Cette protine possde un groupement

prosthtique.
b. Cette protine contient un atome de fer et fixe
loxyde de carbone avec une trs forte affinit et
loxygne avec une plus faible affinit.
c. Parmi les rsidus dacides amins importants

pour la fonction de la protine on trouve deux
rsidus dhistidine.
d. Lhistidine distale (E7) partage une liaison de
coordination avec loxygne.
e. Cette protine est lhmoglobine
5. Le schma ci-dessous dcrit les courbes de
saturation en oxygne de lhmoglobine et
de la myoglobine en fonction de la pression
partielle en oxygne.
a. La courbe 1 correspond la myoglobine et la

courbe 2 correspond lhmoglobine
b. En prsence de 2,3 DPG, seule la courbe 1
est observe
c. Pour une pression partielle en oxygne de 26
torrs, correspondant la valeur moyenne
observe dans les tissus priphriques, laffinit
de lhmoglobine pour loxygne est plus forte
que celle de la myoglobine
d. Pour une pression partielle de 100 torrs,
correspondant la pression partielle observe
dans les poumons, lhmoglobine prsente
encore des proprits de cooprativit.
e. Le point not a sur la courbe 2 correspond
prfrentiellement la forme T de la protine.
6. Lhmoglobine ftale a une affinit plus forte
pour loxygne que lhmoglobine adulte
a. parce que ses chanes alpha fixent mieux
loxygne que les chanes alpha adultes
b. parce que la chane gamma a moins daffinit
pour le 2,3 DPG que la chane bta
c. parce que la chane gamma a moins daffinit
pour le 2,3 DPG que la chane alpha
d. parce que la chane bta de lhmoglobine
ftale fixe mieux loxygne que la chane bta
adulte
e. parce que la chane bta de lhmoglobine
ftale possde une poche hydrophobe
7.
Les immunoglobulines
a. sont des anticorps
b. sont des antignes
c. sont toujours un ttramre comportant un domaine
constant et un domaine variable
d. comprennent toujours deux types de chanes :
chanes lourdes et chanes lgres
e. possdent toujours deux sites identiques de
reconnaissance dun antigne
8. Limmunoglobuline G (IgG)
a. est implique dans la rponse immunitaire secondaire
b. possde deux chanes lgres et deux chanes
lourdes
c. possde une rgion variable compose dun domaine
dune chane lgre et de deux domaines dune chane
lourde
e. est stabilise par des ponts disulfure interchane et
intrachane entre domaine variable et domaine constant
f. possde une structure tridimension-nelle rptitive
base sur des hlices alpha
9. Parmi les propositions relatives aux protines
lesquelles sont exactes ?
a. la liaison peptidique est plane et les groupes CO et
NH sont orients en "trans"
b. c'est la rotation des plans des liaisons peptidiques
successives qui dtermine la structure secondaire
c .la structure en hlice a est absente des protines
globulaires solubles dans l'eau.
d. en milieu aqueux les groupements hydrophobes des
protines sont pour la plupart orients vers l'intrieur
de la molcule
e. la structure quaternaire est celle qui est relative aux
protines pluricatnaires
10. Quelles sont les vraies propositions concernant
lhlice ?
a. elle est stabilise par des liaisons hydrognes
b .elle est stabilise par des interactions hydrophobes
c .les rsidus de proline tendent l'interrompre
d. son pas est de l'ordre de 5 10
e. son pas est de l'ordre 5 10 m
11. Parmi les affirmations suivantes relatives la
structure de lhlice alpha des protines, laquelle
ou lesquelles sont exactes?
a. Elle constitue le mme pourcentage de structure
secondaire dans toutes les protines.
b. Elle contient 10 rsidus d'acides amins par tour de
spire.
c. Elle est maintenue par des liaisons hydrogne
entre les chanes latrales des acides amins.
d. Les rsidus de Glycine et de Tyrosine y sont
frquemment rencontrs.
e. Elle oriente les chanes latrales des acides
amins vers l'extrieur.
12. Dans une protine possdant une structure
quaternaire :
a. on trouve plusieurs chanes polypeptidiques
associes entre elles.
b. les chanes polypeptidiques sont ncessairement
diffrentes.
c. les chanes polypeptidiques sont maintenues entre
elles par des liaisons faibles
Protine / 20
d. les chanes polypeptidiques peuvent tre

maintenues entre elles par des liaisons
covalentes, comme dans le cas de l'hmoglobine.
e. on peut trouver des molcules de nature non
protique associes par des liaisons covalentes
ou non.
13. Un acide amin est caractris par deux pK
prsentant les valeurs suivantes : 2,32 ; 9,68.
Existe-t-il en solution aqueuse pH6 une
forme majeure de cet acide amin?
Si oui, laquelle?
a.
b.
c.
d.
e.
14. Est-il exact de dire que la chane latrale ou

"groupement R" d'un acide amin
a .est responsable du rle que jouera l'acide
amin dans la protine?
b. est utilise pour l'tablissement d'une
classification des acides amins ?
c. ne contient jamais d'autres atomes que C, H,
O et N ?
d. n'est jamais charge pH physiologique ?
e. est constitue, par exemple, d'une chane
aliphatique dans le cas de la srine et de
l'arginine.
15. La liaison qui s'tablit entre deux acides
amins successifs
a. s'appelle la liaison peptidique.
b. est une liaison ionique de faible nergie .
c. peut tre rompue en utilisant des fortes
concentrations d'ure.
d. est rigide et organise dans un plan
e. est form entre le carbone N-terminal et
l'azote C-terminal
16. L'enchanement des acides amins dans une
chane polypeptidique
a.met en jeu des liaisons peptidiques .
b.se fait dans un ordre quelconque pour une
protine donne
c.constitue la structure primaire d'une protine.
d.est reprsent de telle sorte que le premier
acide amin de la chane, numrot 1, a son
radical carboxyle libre.
e.intervient dans la structure secondaire
17. Parmi les propositions suivantes, indiquer
celle(s) qui sapplique(nt) toute molcule de
protine.
a Elle est obtenue par traduction dun ARN
messager.
b Elle est forme par lenchanement dacides
amins unis entre eux par des liaisons
phosphodesters
c La squence de ses acides amins dtermine sa

structure dans lespace.
d Sa charge lectrique nette dpend du pH du milieu
dans lequel elle se trouve.
e Chez les eucaryotes, elle est prsenteexclusivement
dans le noyau de la cellule.
18. Parmi les propositions suivantes, indiquer celle(s)
qui sapplique(nt) toute molcule de peptide.
a Elle est forme par lenchanement de nuclobases
unies entre elles par des liaisons amides.
b Elle est le premier produit de la traduction dun ARN
messager
c Elle est toujours charg ngativement au pH habituel
des cellules.
d Elle peut tre spare dautres molcules de peptides
par lectrophorse.
e Son poids molculaire est toujours suprieur celui
dune protine.
19. Est-il vrai que les enzymes
a. sont des molcules catalytiques possdant un site
particulier, appel site actif
b. sont des catalyseurs biologiques capables de
modifier les quilibres ractionnels
c. ont toutes la mme structure mais,selon les
conditions du milieu (pH, temprature), c'est une partie
diffrente de la molcule qui donne le site spcifique.
d. fonctionnent avec la mme efficacit, tous les pH,
pourvu qu'ils ne soient pas trop extrmes.
e. sont spcifiques de leurs substrats
20. Soient les proprits gnrales des enzymes
a. Ils augmentent l'nergie d'activation des composs
impliqus dans la raction.
b. Ils stabilisent les tats activs des ractants.
c. Les enzymes peuvent subir des modifications
covalentes au cours de la raction.
d. La liaison du substrat par l'enzyme implique des
liaisons non covalentes .
e. La liaison du substrat par l'enzyme est une raction
irrversible.
21. Un enzyme qui enlve un groupement au substrat
en crant une double liaison ou qui fixe un
groupement sur une double liaison est une
a. ligase
b. dshydrognase
c. kinase
d. lyase
e. transfrase
22. Parmi les propositions suivantes sur les enzymes
a. un enzyme augmente la vitesse de la raction
qu'elle catalyse
b. un enzyme diminue l'nergie d'activation de la
raction qu'elle catalyse
c. un enzyme dplace l'quilibre de la raction qu'elle
catalyse
d. un enzyme n'agit gnralement que dans une zone
de pH (pH optimal) qui ne dpend pas de la nature de
l'enzyme elle-mme
e. la valeur de la temprature optimum d'une raction
enzymatique dpend de la nature de l'enzyme utilis
Protine / 21
23. Pour rguler l'activit catalytique des

enzymes la cellule possde plusieurs
possibilits
a. certains enzymes possdent des sites de
liaison pour de petites molcules qui stimulent ou
diminuent leur activit
b. la spcificit de certains enzymes est sous
contrle hormonal
c. certains enzymes sont synthtiss sous la
forme d'un prcurseur inactif qui est activ en
temps et en lieu appropris selon les besoins
physiologiques
d. l'insertion par la liaison covalente d'un groupe
fonctionnel de petite dimension sur un enzyme
est un mcanisme de rgulation
e. dans une voie de biosynthse les enzymes
qui en catalysent les diffrentes tapes sont
toujours inhibs par le produit final
24. On a purifi un enzyme du tissu hpatique .
Au dbut de la purification on avait 1000
units enzymatiques et 100mg de protine ,
la fin de la purification , on a 500 units
enzymatiques et 1 mg de protine. De
combien de fois a-t-on purifi l'enzyme ?
a. 10 fois
b. 20 fois
c. 30 fois
d. 50 fois
e. 100 fois
25. Pour mesurer l'activit d'une prparation
enzymatique il faut tre exprimentalement
dans des conditions :
a. d'excs de substrat
b. d'excs d'enzyme
c. il faut maintenir le pH 7,4
d. il faut que la vitesse de formation du produit
soit constante
e. il faut chauffer la prparation au-dessus de
37C
26. Parmi les propositions suivantes, lesquelles
s'appliquent aux inhibiteurs comptitifs ?
a. Ce sont des molcules qui se fixent toujours
au niveau du site actif.
b. Ils diminuent l'efficacit catalytique de
l'enzyme qu'ils inhibent.
c. Ils diminuent la valeur de KM.
d. Ils sont plus actifs aux fortes concentrations
en substrat.
e. Ils peuvent tre utiliss en thrapeutique.
27. On considre un complexe enzyme-substrat
fonctionnant dans les conditions " d'tat
stationnaire" Quelle est la concentration (ES)
du complexe enzyme-substrat dans les
conditions suivantes?
-4
-8
-4
(S)=10 M ; Et = 10 M ; KM = 10 M
a.
b.
c.
d.
e.
-8
5.10 M
-8
0,5.10 M
-8
10 M
-4
10 M
-4
0.5.10 M
Protine / 22
c. Leur activit catalytique peut tre module par

des effecteurs allostriques.
d. Ils participent activement la rgulation des
voies de biosynthse.
e. Ils sont toujours plus efficaces que les
enzymes Michaeliens.
28. La raction catalyse par l'urase pour les

concentrations initiales suivantes Eo=1mg/l
So=0,04M, donne une vitesse maximum VM=4.10-5
M/s. La mesure est refaite avec de nouvelles
concentrations initiales Eo=2mg/l So= 0,08 M . A
quelle valeur de VM pouvez-vous vous attendre?
-5
a.
2.10 M/s
-5
b.
4.10 M/s
-5
c.
8.10 M/s
-5
d.
16.10 M/s
-5
e.
32.10 M/s
29. Soient les composs appels effecteurs
enzymatiques, qui modifient l'activit d'un enzyme
a. Pour agir ces effecteurs ne se lient pas toujours
l'enzyme
b. Les effecteurs comptitifs modifient la vitesse
maximum de l'enzyme
c. Les inhibiteurs non comptitifs modifient la
constante de Michalis de l'enzyme.
d. Les effecteurs non comptitifs peuvent augmenter
l'activit de l'enzyme
e. Les effecteurs non comptitifs agissent par
modification de la structure tridimensionnelle de
l'enzyme
30. Parmi les propositions suivantes relatives
l'intrt physiologique des enzymes allostriques,
relevez les propositions exactes.
a. Ils sont surtout actifs aux trs faibles concentrations
en substrat.
b. Ils sont trs sensibles de faibles variations de la
concentration en substrat autour de la valeur de KM.
31. Les courbes de saturation d'une enzyme

ralises en l'absence (courbe N) ou en
prsence de diffrents effecteurs sont
prsentes ci-dessous.
Quelle est celle qui correspond une enzyme
allostrique agissant en prsence d'un
inhibiteur allostrique?
a.
b.
c.
d.
e.
6. ANNALES DU CONCOURS
QCM 2005
1. Parmi les propositions suivantes concernant
les liaisons hydrogne, indiquer celle(s)
qui est (sont) exacte(s):
a. Ce sont des liaisons covalentes de faible
nergie
b. Interviennent dans les interactions entre
molcules deau
c. Interviennent dans les interactions entre sousunits au sein dune protine oligomrique
d. Interviennent dans la stabilisation des hlices
a aussi bien que des feuillets
e. Interviennent dans les interactions entre
antigne et anticorps
la fixation de loxygne sur lhmoglobine,
indiquer celle(s) qui est (sont) exacte(s) :
a. Se fait sur la chane latrale dun rsidu
dhistidine
b. Induit le dplacement de latome de fer par
rapport au plan de lhme
c. Se fait avec une plus grande affinit sur ltat
relch (R) que sur ltat tendu (T)
d. Est facilite par la prsence de 2,3 diphosphoglycrate
e. Est trs fortement diminue par la prsence de
monoxyde de carbone la mme pression
partielle que loxygne

les mcanismes molculaires de la contraction
musculaire, indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s):
a. La contraction est slectivement dclenche par
une diminution de la concentration intracellulaire en
ions calcium
b. En l'absence de calcium, la troponine et la
tropomyosine empchent la fixation de la myosine
sur lactine
c. Le site de liaison de lactine est localis sur la
queue de la myosine
d. Cest lhydrolyse de lATP au niveau de la tte de
la myosine qui permet la fixation de la myosine sur
lactine
e. Lhydrolyse de lATP entrane un changement
conformationnel au niveau de la tte de la myosine
4. Parmi les propositions suivantes concernant la
squence peptidique
gly-val-cys-gly-ser-lys-lys-arg-pro-cys-thr-gly
indiquer celle(s) qui est (sont) exacte(s) :
a. Les prdictions bioinforma-tiques suggrent une
forte probabilit dhlice
b. Elle est basique
c. Elle peut contenir un pont disulfure
d. Elle absorbe fortement dans lultra-violet parce
qu'elle contient des rsidus dacides amins
aromatiques
e. Elle contient des squences rptitives
caractristiques du collagne.

la liaison peptidique indiquer celle(s) qui est
(sont) exacte(s) :
a. Est une liaison ester particulire
b. A son niveau, les lectrons sont distribus sur
une orbitale molculaire p recouvrant les atomes
O, C , N
c. Prsente des configurations variables en
fonction des chanes latrales des acides amins
impliqus
d. Les configurations CIS et TRANS sont
dtermines par langle de torsion autour de la
liaison C-N
e. Ce sont les valeurs des angles et qui
dterminent la conformation spatiale de la chane
polypeptidique
les feuillets indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Ils sont stabiliss par des liaisons hydrogne
b. Ils sont associs des valeurs particulires des
angles et
c. Ils participent la constitution des motifs
immunoglobuliniques
d. Leur prsence dans la structure dune protine
est incompatible avec la prsence dhlices
e. Les feuillets parallles sont plus stables que
les feuillets anti-parallles
la proline indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Sa chane latrale contient une fonction alcool
b. Sa chane latrale est lie la fois au carbone
et lazote
c. Cest un acide amin apolaire chane
aromatique
d. Cest un rsidu lorigine de coudes dans la
structure des protines
e. Elle est implique dans les squences
rptitives de la myosine
Protine / 23
8. Parmi les affirmations suivantes concernant

toute protine enzymatique, indiquer celle(s)
qui est (sont) exacte(s) :
a. Elle agit faible concentration
b. Son action ncessite la prsence dun cofacteur
c. Elle est inchange la fin de la raction quelle
catalyse
d. Elle naffecte pas lquilibre dune raction
rversible
e. Elle naffecte pas la vitesse laquelle cet
quilibre est atteint
9. Parmi les proprits suivantes indiquer celle(s)
qui est (sont) attribuables laspirine (acide
actylsalicylique) :
a. Est un inhibiteur enzymatique irrversible
b. Est un inhibiteur enzymatique rversible
c. A des proprits anti-infectieuses
d. Est un inhibiteur des cyclo-oxygnases (COX)
e. Est un inhibiteur des phosphodiest-rases
qui est (sont) attribuables un antiinflammatoire non-strodien (AINS) autre que
laspirine :
e. Est un inhibiteur des phosphodiestrases
qui nest (sont) attribuables aucun des AINS,
aspirine comprise :
e. Est un inhibiteur des phosphodiest-rases
QROC 2005
On se propose d'tudier deux protines A et B dont l'importance biologique a t souligne dans le cours de biochimie
des protines. On a produit une protine A particulire capable d'interagir avec la protine B. Pour tudier ces deux
protines on utilise une approche classique qui consiste soit digrer chacune des protines d'intrt par une ou
plusieurs enzymes dont les spcificits de
clivage sont connues, soit appliquer des
traitements physiques ou chimiques.
1. Etude de la protine A
- La protine A est tout d'abord traite par
du -mercapto-ethanol (-ME) puis soumise
une lectrophorse monodimensionnelle
en prsence de Sodium Dodecyl Sulfate
(SDS). Le rsultat de l'lectrophorse est
schmatis sur la figure 1A.
- La protine A est galement traite (de
manire indpendante l'exprience
prcdente) par une enzyme E1. Le produit
de la digestion enzymatique est galement
analys par lectrophorse monodimensionnelle en SDS. Cette analyse est
effectue dans deux conditions : soit le
produit de la digestion enzymatique est
analys directement, soit ce produit est
trait par du -ME avant d'tre analys. Les
Protine / 24
rsultats de cette exprience sont schmatiss sur la figure 1B.

ATTENTION : (1) la prsence d'une bande un poids molculaire donn signifie qu'au moins un polypeptide de cette
masse est prsent. (2) la masse totale de la protine est gale la somme des masses de ses constituants.
Q1.1. A quoi sert le -ME ?
Q 1.2. Quel est l'acide amin susceptible de gnrer une liaison chimique sensible au -ME ?
Q 1.3. Comment s'appelle la molcule rsultant de la formation de cette liaison chimique sensible au -ME ?
Q 1.4. Interprtez brivement le rsultat de la figure 1A
Q 1.5. Interprtez brivement le rsultat de la figure 1B.
Q 1.6. En fonction de ces rsultats et de vos connaissances de cours, donnez le nom de la famille laquelle appartient
la protine A.
2. Etude de la protine B.
La protine B est une protine multimrique. On ne considre ici que
l'un des monomres de grande taille. Ce monomre est trait par
deux enzymes E1 (la mme que celle utilise pour l'tude de la
protine A) et E2. Plusieurs protocoles exprimentaux sont raliss
dans lesquels soit E1, soit E2 soit les 2 enzymes E1 et E2 sont
utiliss (d'abord E2 puis E1). Le produit de la ou des digestion(s)
enzymatique(s) est analys par lectrophorse monodimensionnelle
en SDS. Les rsultats sont schmatiss sur la figure 2 (page
suivante).
Q 2.1. Expliquer brivement le rsultat obtenu sur la piste 1
Q 2.5. En fonction de ces rsultats et de vos connaissances de cours
donnez le nom de la protine B.
Q 2.6. Quel est le nom de l'enzyme E1 ?
Q 2.7. Quel est le nom de l'enzyme E2 ?
3. Etude fonctionnelle des protines A et B.
La bande de 50 kDa correspondant la protine A digre par
l'enzyme 1 (figure 1B, piste 2) est excise du gel et les fragments
protiques contenus dans cette bande sont purifis et analyss. On
obtient deux fragments identiques qu'on nomme "a et b" et un
troisime fragment diffrent qu'on appelle "c".
On ralise alors trois colonnes de
chromatographie d'affinit contenant des billes
sur lesquelles on fixe soit le fragment a
(colonne n1) soit le fragment b (colonne n2)
soit le fragment c (colonne n3). Ces trois
colonnes sont ensuite utilises pour analyser
les fragments obtenus par la double digestion
enzymatique de la protine B (figure 2, piste
4). Les rsultats obtenus sont schmatiss sur
les graphiques de la figure 3 dans lesquels
l'axe des ordonnes reprsente la quantit de
protine lue par un tampon spcifique.
Q 3.1. Que conclure de l'exprience de la
figure 3 sur la fonction des fragments a et b de
la protine A ?
Les protines contenues dans les pics 1, 2, 1',
2' et 1'' sont ensuite tudies dans un essai enzymatique dans lequel on mesure la capacit de ces protines raliser
32
32
la transformation suivante : ATP (marqu au P) ADP + P (libre). Pour mesurer cette transformation il est possible
32
de quantifier la radioactivit (coups par minute ou "cpm") associe avec le P libre. La mme quantit de protine est
ajoute dans chaque essai. Les rsultats sont reprsents dans le tableau suivant :
Q 3.2. Que conclure sur la fonction des
protines contenues dans les pics 2, et 2'
de la protine B ?
cpm dans
32
le P libre
Pas de protine (contrle)
10 000
100
1
10 000
103
Q 3.3. Compte tenu de ces rsultats et
2
10
000
7954
de vos connaissances quel est le nom
1'
10 000
101
donn aux fragments a, b, c de la
protine A ?
2'
10 000
7958
1''
10 000
99
Q 3.4. Compte tenu de ces rsultats et de vos connaissances comment s'appelle la molcule isole dans les pics 2
et 2' ?
Protine provenant du pic
cpm de dpart

QCM Proteines PDF

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

QCM Proteines PDF

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

FACULTE DE MEDECINE

PIERRE & MARIE CURIE

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

CAHIER D'EXERCICES POUR PCEM1

1. Techniques d'tude des protines . . . . . . . .

2. Fonctions des protines. . . . . . . . . . . . . . . . . . .

3. Structure des protines . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

1. TECHNIQUES DETUDE DES PROTEINES

* le bleu dextran est un polymre de haut PM

a. Expliquer lordre dlution des protines.

Expliquer et commenter ces affirmations.

Une solution contenant de lalbumine (pHi= 4,6), de la -lactoglobuline (pHi = 5,2) et du

Quels sont les effets des diffrents traitements ?

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

Prcipitation au sulfate dammonium 50% de saturation.

Solubilisation du prcipit suivie de dialyse contre un tampon phosphate 20 mM, pH 6,

Chromatographie sur rsine changeuse danions; diverses protines, dont le complexe

e. La puret de la fraction radioactive

1.6.1- Donner le principe de chaque tape de purification.

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

1.6.3- Interprtez les rsultats obtenus en e.

f. La protine purifie est ensuite

1.6.5- Que pouvez-vous dduire sur la

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

(rsidu sans charge)

aa apolaire avec deux rsidus CH3 de plus

(rsidu sans charge)

suppression des 50aa C-terminaux

2. FONCTIONS DES PROTEINES

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

La migration d'un anticorps monoclonal (issu du mme clone de plasmocytes) en

La figure ci-contre est un

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

prciser la nature de ces

classer ces protines en

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

Rgulation de la contraction musculaire.

3. STRUCTURE DES PROTEINES

Caractristiques des acides amins

A quelle srie appartiennent les acides amins constitutifs des protines ?

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

Expliquer brivement pourquoi la prsence dune proline est incompatible avec la

3.8 Le droulement d'une hlice s'accompagne d'une

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1

Dnaturation rversible de la ribonuclase.

dialyse contre 8M ure

dialyse sans ure +

dialyse contre tampon

protine obtenue par le

Interprter les rsultats observs pour lactivit enzymatique.

Les mutations pathologiques de la protine 1-antitrypsine par les mthodes de la

Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1