UNIVERSITE D’ALGER ANNEE UNIVERSITAIRE 2013 / 2014

FACULTE DE MEDECINE D’ALGER RESIDANAT BIOCHIMIE

LABORATOIRE DE BIOCHIMIE UNITE DE VALEUR PEDAGOGIQUE I

METABOLISME DES GLUCIDES

LA CYCLE DE KREBS

Introduction

Généralités sur le cycle de Krebs

Transformation du pyruvate en acétyl-CoA

Les réactions du cycle de Krebs

Bilan du cycle de Krebs

Régulation du cycle de Krebs

Le cycle du glyoxylate

Conclusion
Introduction
La voie principale de la dégradation des glucides est la glycolyse ; Une molécule de glucose
se dégrade pour donner : deux Pyruvates, deux ATP et deux NADH,H+.
Cependant, cette dégradation n’est pas complète en effet, le pyruvate formé dans le cytosol
passe dans la mitochondrie où va subir une dégradation complète.
Le pyruvate est converti en acétyl-CoA qui va subir une oxydation complète à travers une
voie cyclique : le cycle de Krebs.

I. Généralités sur le cycle de Krebs

 Définition
Le cycle de Krebs connu sous le nom de cycle des acides tricarboxyliques (ATC) ou cycle
de l’acide citrique est la voie du catabolisme oxydatif aérobie qui assure l’oxydation du
groupement acétyl, activé en acétyl-CoA, en deux molécules de CO2, avec réduction des
coenzymes NAD et FAD. L’énergie libre ainsi libérée permet la synthèse d’ATP lors de la
réoxydation des coenzymes dans la chaîne respiratoire. Bien que ne participant pas au cycle,
l’oxygène est donc indispensable afin de régénérer les coenzymes nécessaires à son
déroulement.

 Localisation
C’est une voie de dégradation oxydative commune aux procaryotes et aux Eucaryotes. Il se
déroule :
Matrice mitochondriale.

 Caractère amphibolique
Le cycle de Krebs est une voie catabolique, puisqu’elle est impliquée dans la dégradation des
substrats énergétiques (catabolisme des glucides, des lipides et des protides), mais c’est
également une voie anabolique dans la mesure où certains de ces intermédiaires peuvent
servir de précurseurs à différentes biosynthèses :
- La néoglucogenèse ;
- La voie de biosynthèse des lipides, dont les acides gras et le cholestérol ;
- Les voies de biosynthèse de certains acides aminés, tels que le glutamate ou l’aspartate ;
- La voie de biosynthèse des porphyrines.
On le qualifie, pour cette raison, de voie amphibolique.
Le cycle de Krebs ne pouvant être interrompu, les intermédiaires qui ont été détournés par les
voies de biosynthèse doivent être remplacés. Les réactions qui réapprovisionnent le cycle sont
qualifiées de réactions anaplérotiques (qui remplissent, du Grec : ana, de nouveau et
plerotikos, remplir).
II. Transformation du pyruvate en acétyl-CoA

 Entrée du pyruvate dans la mitochondrie

En présence d’oxygène, la chaîne respiratoire mitochondriale fonctionne et établit un gradient
de protons à travers la membrane interne ; (la membrane externe: diffusion passive via des
porines). Une protéine membranaire transporteuse d'anions organiques « pyruvate
translocase » transporte le pyruvate à travers la membrane interne en même temps qu'un ion
Potassium chargé positivement.

NB: En cas de phénylcétonurie, Accumulation de phényl-pyruvate dans le sang : puissant

inhibiteur du pyruvate translocase.

 Synthèse de l’acétyl-CoA
Après l’entrée du pyruvate dans la matrice de la mitochondrie, sa décarboxylation oxydative
est réalisée par la pyruvate déshydrogénase avec formation d’une molécule énergétiquement
activée (acétyl‐CoA) et NADH et libération du CO2.

Cette réaction est irréversible (ΔG << 0). Chez les animaux, il n’y a pas de réaction qui
permette la synthèse du pyruvate (ou précurseurs) à partir de l’acétyl‐CoA, donc les animaux
ne peuvent pas utiliser l’acétyl‐CoA pour la gluconéogenèse.
PYRUVATE DÉSHYDROGÉNASE (PDHC):
Complexe multienzymatique de localisation mitochondriale, Chez E.coli, la Pyruvate
déshydrogénase est composée de multiples copies de trois principales enzymes, requièrent 5
coenzymes différents :
E1 : Pyruvate déshydrogénase (EC 1.2.4.1), ayant le TPP (Thiamine Pyrophosphate)
comme groupe prosthétique (nécessaire pour la décarboxylation).
E2 : Dihydrolipoyle transacétylase (EC 2.3.1.12), avec son groupe lipoyle (acide lipoîque)
lié de façon covalente.
E3 : Dihydrolipoyle déshydrogénase (EC 1.8.1.4), à cofacteurs FAD et NAD
(oxydoréduction).

Les 03 enzymes interviennent de manière coordonnée.

- E1 : transfert du résidu sur le coenzyme TPP, décarboxylation du pyruvate (libération CO2)
et oxydation du résidu en acétyle. Transfert de l’acétyle et les équivalents réducteurs (H+ et
e-) sur la lipoate qui passe à l’état réduit (dihydrolipoate).
- E2 : transfert le radical acétyle du lipoate sur le coenzyme A, permettant la libération de
l’acétyle CoA.
- E3: ré-oxyde le dihydrolipoate en lipoate, transfert les électrons et les protons sur le NAD+.

Avantage des complexes multi-enzymatiques:

- Une série de réactions en séquence est accélérée
- Minimisation des réactions collatérales
- Régulation coordonnée
III. Les réactions du cycle de Krebs

Le cycle de Krebs commence à partir de l’acétyl-CoA. L’acétyl-CoA provient des voies

cataboliques, soit de façon directe pour le catabolisme des acides gras et celui des corps
cétoniques, soit indirectement pour celui du glucose, dont l’oxydation via la glycolyse aboutit
au pyruvate, Ce dernier est alors transformé en acétyl-CoA dans la mitochondrie, avant de
rejoindre le cycle.

Le cycle de Krebs peut être divisé en deux phases :

Phase I : Etapes enzymatiques de l’oxydation de l’acétyl-CoA
Phase II : Régénération de l’oxaloacétate
RÉACTION 1: synthèse du citrate

• Enzyme : citrate synthétase : catalyse l'addition de l'acétyl‐CoA sur le groupe carbonyle de

l’oxaloacétate (cétone).
• Produit final = le citrate, un composé à 6 Carbones et 3 fonctions carboxyliques (d'où le nom
cycle tricarboxylique).
• La réaction est très exergonique → réaction irréversible, se produit facilement même lorsque
la concentration d'oxaloacétate est basse dans la mitochondrie.
• Le citrate peut quitter la mitochondrie, pour aller dans le cytoplasme, pour re-synthétiser
l'acétyl-CoA et l'oxaloacétate.

RÉACTION 2: Isomérisation du citrate en isocitrate

• Enzyme : Aconitate hydratase ou Aconitase (protéine Fe-S). Le centre Fe-S assure une
isomérisation réversible par déshydratation du citrate en cis-aconitate, suivi d’une hydratation
en isocitrate.
• Fluorocitrate est un puissant inhibiteur de l’aconitase.

RÉACTION 3: Décarboxylation oxydative de l’isocitrate en  cétoglutarate

Isocitrate Oxalosuccinate α-Cétoglutarate

• 1° réaction d’Ox-Red du cycle ATC.

• Enzyme: Isocitrate Déshydrogénase (2 isoformes).
• Produit : α cétoglutarate, génère du NADH2 et libère du Co2.
Isocitrate + NAD+ -------- α-Cétoglutarate + CO2 + NADH
• Le manganèse (Mn++) est le cofacteur de la réaction (stabilise l’intermédiaire oxalo-
succinate).
• Etape irréversible, limitante: régulation +++
RÉACTION 4: Décarboxylation oxydative de l’ cétoglutarate en succinyl-CoA

• Deuxième décarboxylation oxydative avec la formation d’une autre molécule de NADH

riche en énergie
α-Cétoglutarate + NAD+ + CoA ----------- Succinyl-CoA + CO2 + NADH
• Enzyme: α-Cétoglutarate déshydrogénase, complexe enzymatique très similaire à la
Pyruvate déshydrogénase (3 enzymes et 5 coenzymes)
• Etape irréversible, limitante : régulation +++

RÉACTION 5: transformation de succinyl-CoA en succinate

• Enzyme: La Succinyl‐CoA synthétase (le nom de l’enzyme vient de la réaction inverse),

utilise la liaison riche en énergie du succinyl‐CoA pour synthétiser du GTP à partir de GDP et
phosphate inorganique (Pi).
• Cette étape (réversible) est la seule du cycle à fournir directement une liaison riche en
énergie. Le GTP peut facilement transférer son γ-phosphoryle à l’ADP grâce à l’enzyme
nucléoside diphosphokinase : GTP + ADP  GDP + ATP.

RÉACTION 6: Déshydrogénation du succinate en fumarate

• Enzyme: succinate déshydrogénase, une protéine de la membrane interne liant le cofacteur

FAD (flavine adénine dinucléotide).
• Le FAD est utilisé dans cette réaction redox, car l’énergie d’oxydation du succinate en
fumarate n’est pas suffisamment exergonique pour la réduction du NAD+ en NADH.
Le FADH2 a un rôle similaire à celui‐ci du NADH (molécule riche en énergie utilisée pour la
production d’un gradient de pH et donc d’ATP), mais il a un coefficient redox moins négatif
que le NADH et cède ses électrons au complexe mitochondrial II (auquel il est lié) plutôt
qu’au complexe I
RÉACTION 7: Hydratation du fumarate en malate

Fumarate malate
• La fumarase catalyse l'addition d'une molécule d'eau sur le fumarate et produit
spécifiquement le L‐malate.
• La réaction est faiblement exergonique et réversible.

RÉACTION 8: Déshydrogénation du malate et régénération de l’oxaloacétate

Malate oxaloacétate

• Dernière enzyme du cycle : malate déshydrogénase, Catalyse l'oxydation du malate en

oxaloacétate, couplée à la réduction du NAD+ en NADH, et libère un proton.
• La réaction a un ΔG°’ de +29.4 kJ/mol, donc l'équilibre de la réaction est déplacé en faveur
du malate et la concentration de l’oxaloacétate est très basse. Cependant, la réaction suivante
(Citrate synthase) est très fortement exergonique (ΔG°’ de ‐31.5 kJ/mol) ce qui permet de
faire marcher le cycle.

Toutes les enzymes sont libres, sauf la succinate déshydrogénase.

IV. Bilan du cycle de Krebs

Acétyl-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi + 2 H2O --------- 2 CO2 + 3 NADH + FADH2 + GTP + 2 H+ + CoA

• Quatre paires d'hydrogène sortent du cycle:

– trois sous forme de NADH,H+
– une sous forme de FADH2,
Ce qui permet la formation de 11 liaisons phosphates
riche en énergie au cours des phosphorylations
mitochondriales.
• Une liaison phosphate riche en énergie est formée
sous forme de GTP.
• En conclusion l’oxydation totale de l’acétyl-CoA
permet la formation de 12 liaisons phosphates riches
en énergie (12 ATP).

• La transformation de l’énergie du NADH,H+ et FADH2 en ATP est réalisée par le processus

appelé « phosphorylation oxydative ».
• La phosphorylation oxydative désigne le processus par lequel l’ATP est formé, lorsque des
électrons sont transférés du NADH,H+ ou du FADH2 à l’oxygène, par une série de
transporteurs d’électrons situés dans la membrane interne de la mitochondrie.
• Le NADH,H+ de la glycolyse donne moins d’ATP que celui du cycle de Krebs parce que
son transport dans la mitochondrie demande de l’énergie.

 Devenir du NADH, H+ cytosolique en aérobie (Système des navettes)

• Permettent d’introduire dans la mitochondrie, sous une autre forme, le pouvoir réducteur
porté par NADH, H+ tout en le réoxydant.
• Sont assurées par des composés qui peuvent être transportés, sous forme oxydée ou réduite,
à travers la membrane mitochondriale interne (MMI) grâce à des transporteurs spécifiques
(navettes).
• Deux navettes : - Glycérol-3-phosphate
- Malate-Aspartate

 Navette Glycérol-3-phosphate
• Lieu : Muscles et Cerveau.
• Enzyme : la 3-Phosphate glycérol déshydrogénase à NADH,H+/NAD+ dans le cytoplasme et
à FADH2/FAD dans la matrice mitochondriale.
  Navette Malate – Aspartate
• Lieu : Foie, Cœur et les reins.
• Enzymes : malate déshydrogénase et aspartate transaminase (Cytosol et mitochondrie)
• Formation de l’OA par une réaction de transamination entre l’Aspartate et α cétoglutarate ;
l’OA formé ne dispose pas de transporteur: Il est réduit en malate par les électrons et les
protons de NADH, H+ cytosolique ; Le malate, l’Aspartate et α cétoglutarate sont capables de
traverser la MMI. L’interconversion du malate en OA est catalysée par la malate
déshydrogénase.

Navette Glycérol 3 phosphate Navette Malate – Aspartate

Rapide, Moins de réactions, Moins Rapide, Plusieurs réactions,

2 transporteurs Plusieurs transporteurs

[NADH,H+/ NAD] Active Inactive

Energie FADH2 2 ATP NADH, H 3 ATP

 Bilan énergétique de l’oxydation complète du glucose en CO2

Nous avons vu la glycolyse, la conversion du pyruvate en acétyl-CoA, le cycle du citrate et la
phosphorylation oxydative qui constituent les différents processus d’oxydation complète du
glucose, ce qui nous permet d’en faire le bilan énergétique dans le tableau ci-dessous :

Les étapes de Nombre d’ATP

Nombre d’ATP
l’oxydation ATP/GTP Cofacteurs correspondant
correspondant par
complète du formés réduits par navette
navette
glucose formés Glycérol-3℗/
Malate/ Aspartate
DHAP
Glycolyse 2 ATP 2 2
2 NADH,H+ 4 6
2 Pyruvates 
2 NADH,H+ 6 6
2 acétyl-CoA
2 2
2 tours de 6 NADH,H+
2 GTP 18 18
Cycle de Krebs 2 FADH2
4 4
TOTAL 36 ATP 38 ATP

En anaérobiose, il y a production de 2 ATP alors qu'en aérobiose, il y a production de 38ATP

V. Régulation du cycle de Krebs
But : Adapter la vitesse en fonction des besoins cellulaires en ATP.
Trois niveaux de régulation :
- La disponibilité en substrats.
- La disponibilité en coenzymes (NADH).
- Régulation enzymatique

 Disponibilité en substrats :
Le cycle de Krebs est un carrefour métabolique pour les lipides, les glucides et les protéines.
Il fournit des intermédiaires pour les biosynthèses.
Lorsqu’un intermédiaire du cycle est utilisé pour les biosynthèses, il faut générer
l’oxaloacétate pour que le cycle continue ; Cela est possible grâce au pyruvate carboxylase
(cf. gluconéogenèse) qui carboxyle le pyruvate pour obtenir l’oxaloacétate (exemple d’une
réaction anaplérotique).

L’anaplérose consiste à rétablir la concentration des métabolites au sein du milieu

mitochondrial.

L'oxaloacétate est un substrat limitant qui doit être régénéré en fin du cycle. Il possède des
origines distinctes en fonction des besoins cellulaires
Le cycle de Krebs est une voie de convergence des voies cataboliques (encadré) et le point de départ
de certaines voies de biosynthèse (flèches noires). Il est réalimenté par des réactions anaplérotiques
(flèches rouges).
  Régulation enzymatique :
Les réactions irréversibles sont contrôlées par:
- Rétro-inhibition allostérique (Inhibition du produit, ATP, NADH, H+)
- Modification covalente (Phosphorylation / Déphosphorylation).
- Contrôle transcriptionnel.

1° Niveau : Formation de l’acétyl CoA

Le Complexe pyruvate déshydrogénase (PDHC) est le site régulateur clé du métabolisme
cellulaire aérobie.
Régulation allostérique des composants E2 et E3 du PDHC :
- Acétyl-CoA inhibe la transacétylase
- NADH et acétyl-CoA sont en compétition avec NAD+ et CoA pour les sites de liaison sur
les composants enzymatiques du pyruvate déshydrogénase (Dihydrolipoyl déshydrogénase).
Régulation covalente : phosphorylation / déphosphorylation
- Phosphorilation si ATP, NADH, Acétyl-CoA élevés
- Déphosphorylation si pyruvate élevé

E1 est la sous unité catalytique du pyruvate déshydrogénase

Les PDK et/ou PDP sont sous le contrôle transcriptionnel en réponse à différents stresses.
2° Niveau de régulation : Oxydation de l’acétyl CoA
Citrate synthétase :
• Inhibée allostériquement par ATP (ATP baisse l’affinité de l’enzyme pour l’Acétyl-CoA)
• Inhibée aussi par le citrate, α cétoglutarate, succinyl-CoA, NADH,H+
• Activé par l'OA et CoA-SH.
Isocitrate déshydrogénase :
• Stimulation allostérique par ADP (ADP augmente l’affinité pour les substrats)
• Activé aussi par le Ca2+
• NADH inhibe l’enzyme car déplace le NAD+

-cétoglutarate déshydrogénase :
• Inhibition par succinyl-CoA et par NADH
• Activé par Ca2+

Rq : le NADH et le Succinyl-CoA intervient sur toutes les réactions irréversibles.

VI. Le cycle du glyoxylate

Permet l’utilisation de l’acétyl‐CoA pour le développement chez les végétaux et un grand

nombre de bactéries.
Au contraire du cycle de Krebs, pas de décarboxylation de l’isocitrate, mais un clivage en
glyoxylate et succinate par l’isocitrate lyase.

Le glyoxylate est condensé à une autre molécule d’acétyl-CoA pour former le malate,
précurseur de la néoglucogenèse  ces végétaux et bactéries peuvent fabriquer du glucose à
partir de l’acétyl-CoA et donc des lipides.

Isocitrate lyase et la malate synthase sont les enzymes de court-circuit

Chez les plantes ce cycle peut être utile, par exemple, pendant la germination des graines, qui
ne sont pas encore capable de synthétiser les sucres grâce à la photosynthèse (en particulier
les graines oléagineuses ne disposant comme source de C que les lipides) ; Des réactions du
cycle se produisent dans les glyoxysomes.
VII. Conclusion

• TCA est la voie finale commune de l’oxydation des molécules énergétiques.

• Joue un double rôle: Fournisseur d’énergie et plaque tournante du métabolisme aérobie.
• Est sous le contrôle essentiellement allostérique et covalent afin de l’adapter aux besoins
énergétiques.