Bioingenierie Et Mic Indus 2 PDF

Bioingenieurie et microbiologie industrielle
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Bio-ingénierie
• est l’application des principes et des
méthodes de l’ingénierie aux domaines
Microbiologie industrielle
• couvre l'ensemble des procédés de
bioconversion ou biosynthèse réalisé
par un microorganisme
2
3
• L'obtention des microorganismes en quantité importante

(production de biomasse cellulaire)
• L'obtention des produits sécrétés naturellement par les
01 microorganismes (enzymes et métabolites)
• La transformation des produits complexe en éléments simples

(traitement des eaux usés, valorisation des déchets industriels)
• favoriser une flore utile au détriment d'une flore indésirable afin
de prévenir les risques sanitaires pouvant survenir chez les
02 consommateurs puisque certaines fermentations susceptibles de
se produire dans des denrées alimentaires sont indésirables.
4
Recherche
développement
Industrialisation
5
Les Fermenteurs ou Bioréacteurs permettent de fournir un

environnement contrôlé voir régulé, pour la croissance des
micro-organismes et/ou la production de métabolites.
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Dans les systèmes de fermentation en phase liquide, trois
procédés peuvent être utilisés :
7
8
9
Partie 01: microbiologie industrielle

Chapitre 01: Microorganismes d’intérêts
industriel et leurs caractéristiques.
Chapitre 02: Exemples des produits
industriels.
Partie 02: bio-ingénieurie
Chapitre 01: Fermentation et
fermenteur.
Chapitre 02: Cinétique microbienne.
Partie 03: exemples des production industrielle.
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1.Microbiologie industrielle
Produits visés Microorganisme
Grande échelle
Question: quel est la différence

entre la microbiologie industrielle
et la biotechnologie microbienne?
2. Microorganismes d’intérêts industriel
Métabolismes spécialisés
Produits avec rendement élevés
Modification génomique
Collections nationales
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3.Propriétés des microorganismes d’interêt industriel

Produire la substance d’interet
Produire des cellules ou spores
Pouvoir croitre dans des milieu
Pathogène, pouvoir être manipulé
génétiquement et stable…
4. Microorganismes industriels
Levures
Bactéries acétiques
Moisissures
Actinomycètes Bactéries lactiques

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4.1. Bactéries lactiques les bactéries lactiques occupent une
place importante dans le secteur
agroalimentaire (industrie laitière,
charcuterie, œnologie…).
Les probiotiques sont des produits à base de microorganismes
vivants qui, ingérés en quantités déterminées engendrent un effet
bénéfique pour l’hôte.
Les bactéries lactiques produisent une grande variété de peptides
phages ayant une activité antibactérienne. Ces molécules appelées
bactériocines sont utilisées pour assurer la sécurité sanitaire des
produits laitiers.
La nisine, par exemple, est une bactériocine produite par des
souches de Lactococcus. Elle permet de lutter contre le
gonflement butyrique des fromages fondus et pour inhiber la
croissance de germes pathogènes comme Listeria
monocytogenes ou Staphylococcus aureus dans certains
fromages (des camemberts ont été fabriqués avec des souches 13
produisant de la nisine).
4.2. Bactéries acétiques
Présentes naturellement sur les fruits, dans l'air, dans le vin, les
bactéries acétiques appartiennent, en majorité, exemples: genre
Acetobacter. Gluconobacter
Ces bactéries oxydent l’éthanol en acide éthanoïque. Elles interviennent notamment lors
de la fabrication du vinaigre. L'acétification se déroule en aérobiose et aux alentours de
25°C.
Domaine Bacteria
Phylum Protebacteria
Classe Alphaproteobacteria
Ordre Rhodospirillales
Famille Acetobacteraceae
Genres Acetobacter
Gluconobacter
Bactérie aérobie, capable d'oxyder l'alcool éthylique en
Espèces Acetobacter aceti acide acétique intervenant dans l'élaboration du vinaigre et
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Gluconobacter oxydans responsable d'une altération des boissons alcoolisées
4.3. Actinomycètes
Les Streptomyces sont des eubactéries filamenteuses, Gram-positives
vivant dans le sol. Ce genre bactérien est caractérisé par une morphologie
proche de celle des champignons filamenteux (production de spores de
dissémination). Il s’agit du genre microbien le plus riche en producteurs de
métabolites secondaires (antibiotiques, antifongiques, antitumoraux,
insecticides).
Actinomycètes sont des Gram-positives
formant généralement des hyphes
ramifiés et des spores asexuées. La
chimie de leur paroi, en particulier celle
du peptidoglycane, la séquence de l'
ARNr 16S et la forte teneur en G+C de
leur ADN (70%)
caséinase
amylase
β-lactamase
15
xylanase
4.4. Levures
Si l'utilisation des levures pour la panification et la vinification est
connue depuis l'époque préhistorique, la compréhension des
mécanismes en jeu date des travaux de Pasteur au XIXe siècle.
Elles sont aujourd’hui utilisées pour la production de
vitamines, d’enzymes, de biocarburants…
L'utilisation des levures recouvre plusieurs secteurs
Boulangerie et produits de panification
La levure de boulangerie est Saccharomyces cerevisiae. Production : 1,7
million de tonnes /an.
Substrat : mélasse de canne ou de betterave.
Procédé : aérobie car on produit de la biomasse et continu, pour
ajuster la [glucose] à une valeur faible mais permettre un apport
continu. Les levures sont concentrées par centrifugation puis filtration,
le « gâteau » obtenu est à environ 30% de matières sèches et se
conserve quelques semaines à 4°C.
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4.4. Levures
Brasseries
Les levures utilisées en brasserie sont du genre Saccharomyces. Saccharomyces cerevisiae
classiquement; fermentation dite haute car la levure reste en surface : réalisée à 18-22°C.
Saccharomyces carlsbergensis : fermentation dite basse car la levure flocule en fin de
fermentation : réalisée à 7-15°C.
Vinification
Distillerie et spiritueux
Levures-aliments
Une levure est riche en vitamines (B) et en protéines, donc en acides aminés (notamment lysine,
les acides aminés soufrés) et peut être utilisée comme additif alimentaire. Apport aussi d'acides
gras insaturés. Substrat utilisé = lactosérum.
Le % protéines obtenu (matière sèche) varie de 35 à 55% .
Produits dérivés des levures
Levures utilisées pour le production de protéines recombinantes (vaccin contre l'hépatite B, la chymosine).
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Ethanol industriel et carburant
4.5. Moisissures
Les moisissures sont connues principalement en tant qu’agents
responsables de l’altération des aliments. Elles sont cependant utiles
pour la production d’antibiotiques (Penicillium chrysogenum,
Cephalosporium acremonium), d’enzymes (Aspergillus niger), d’acide
citrique (Aspergillus niger), de protéines alimentaires (Fusarium
graminearum). Elles interviennent également dans diverses
fabrications (fromages).
Intérêt industriel des moisissures

Actuellement, les moisissures jouent un rôle primordial dans divers domaines
d’applications ; elles sont utilisées dans les industrie alimentaires, chimiques, la
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biolixiviation et la biotransformation, etc
Il s’agit essentiellement de l’utilisation des
protéases alcalines d’Aspergillus oryzae et de
Les champignons filamenteux sont des grands Stachybotrys chartarum dans les détergents.
producteurs d’antibiotiques tel que la pénicilline La production de cellulase par Aspergillus niger
Les champignons filamenteux sont des produite par le genre Penicillium et la et Trichoderma harzianum présente une
producteurs importants d’acides organiques tels céphalosporine produite par Cephalosporium. diversité d’applications industrielles, où 48% de
que l’acide gluconique, l’acide malique, l’acide Cependant les sa production par ces deux espèces fongiques et
acétique et l’acide citrique Les enzymes acides organiques d’origine fongique n’ont pas le genre Penicillium est utilisée pour
fongiques restent toujours les outils clés de la une application pharmaceutique importante. l’industrialisation des papiers et les textules.
biotechnologie Les premiers produits d’origine fongique en Certains genres fongiques tels que Aspergillus,
médecine sont les alcaloïdes de l’ergot de seigle Mucor et Penicillium sont capables de produire
(ergotamine), utilisés en gynécologie des lipides en quantités importantes et
constituent une source potentielle d’utilisation
chimique.
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5. Etapes d’avoir des Microorganismes industriels
5.1. Sélection
Les premières souches utilisées en microbiologie industrielle avaient pour origine le sol,
l’eau, les aliments avariés… L’utilisation industrielle des microorganismes exige l’obtention
de souches pures. Chacune de ces souches est donc isolée sur milieu solide puis
caractérisée. Les caractères morphologiques, culturaux, biochimiques, antigéniques,
lysotypiques et moléculaires sont confirmés suite à des réisolements successifs. Une fois
qu’un microorganisme convenable est sélectionné, il est cultivé de façon à assurer la
production des métabolites désirés.
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5.2. Amélioration
Dès la découverte d’une souche prometteuse, on utilise pour l’améliorer des techniques de
mutagenèse chimique ou physique (ultra-violets). Par exemple, les premières cultures de
Penicillium notatum ne produisaient que de faibles quantités de pénicilline, en culture
statique. En 1943, on isola une souche de Penicillium chrysogenum qui après plusieurs
améliorations, présente un rendement 55 fois supérieur à la culture originale, la production
ayant lieu dans de grands fermenteurs à agitation rotative.
fusion de protoplastes
Actuellement, l’utilisation des techniques de l’ADN recombinant permettent d’améliorer les

21
souches productrices de façon beaucoup plus ciblée.
AMÉLIORATION PAR MODIFICATION DES SOUCHES
Les stratégies d’amélioration visent à accroître la concentration finale en produit, à réduire la
production de co-métabolites indésirables. Des considérations telles que le mode d’utilisation
des souches productrices sont aussi prises en compte. Deux grandes catégories d’approches
sont utilisées pour l’amélioration : la mutagenèse aléatoire et le génie métabolique
22
La mutagenèse aléatoire ne nécessite pas de connaissance préalable, ni du génome ni de la
physiologie des souches traitées. La mutagenèse induit des modifications génétiques au sein du
génome sans que la localisation de ces dernières puisse a priori être connue.
Le génie métabolique peut être défini comme l’amélioration des potentialités d’une cellule par
la manipulation de fonctions enzymatiques bien ciblées, grâce à l’emploi de la technologie de
l’ADN recombiné …
23
5.3. Conservation
Lorsqu’un microorganisme a été sélectionné pour une production particulière, sa
stabilité génétique devient prépondérante : les caractéristiques de la souche initiale
doivent être maintenues.
Transfert périodique Congélation Dessiccation
• Streptomyces griseus • Les microorganismes sont • Les microorganismes, déposés sur

perd la moitié de sa généralement revivifiables après des disques de papier filtre stériles
capacité à produire de congélation. Pour maintenir les ou inclus dans des gouttes de
la streptomycine au structures cellulaires intactes, il gélatine, sont soumis à de la chaleur
bout de quatre convient d’abaisser rapidement la sèche ou à de l’anhydride
repiquages successifs. température jusqu’à –80°C (ou – phosphorique. La lyophilisation est
La fréquence du 196°C dans l’azote liquide) en une dessiccation sous vide : après
repiquage, le milieu présence d’une substance congélation, l’abaissement de la
utilisé et la cryoprotectrice (glycérol à 20 %, pression entraîne une sublimation
température de diméthylsulfoxyde). Les bactéries de la glace. Des agents
stockage sont des lactiques par exemple, peuvent être cryoprotecteurs sont également
variables importantes. congelées dans du lait ; les spores utilisés
non thermorésistantes des
Streptomyces sont conservées à –
20°C dans une solution de glycérol.
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5. Production des souches et des levains
Préparation de l’inoculum
L’inoculum se définit comme l’ensemble de la biomasse nécessaire pour ensemencer un
fermenteur de production de grande capacité.
MISE EN ŒUVRE INDUSTRIELLE

Les performances d’une culture en vue de la production industrielle tiennent dans la
capacité technologique à atteindre les trois objectifs majeurs suivants :
obtenir une croissance efficace aboutissant à une quantité importante de biomasse
dans un état physiologique compatible avec la production. Dans certains cas, une très
bonne croissance peut aboutir à la production d’une biomasse impropre à la synthèse
d’un produit ;
maintenir pendant une période la plus longue possible la biomasse dans des
conditions de production optimales ;
faire en sorte que ces phases de croissance, de production, ainsi que les étapes
d’extraction et de purification soient les moins coûteuses possibles.
25
1. Procédés de fermentation et bioréacteurs Définitions
En biochimie, les fermentations sont des
voies cataboliques anaérobies au cours
desquelles des composés organiques servent
à la fois de donneurs et d’accepteurs
d’électrons, la synthèse d’ATP étant réalisée
par phosphorylation au niveau du substrat.
Le bioréacteur (ou fermenteur) est une

enceinte permettant d’assurer une
croissance des micro-organismes et une
En microbiologie industrielle, le terme de production optimale dans un environnement
fermentation désigne l’opération unitaire dont les paramètres physiques et chimiques
qui permet de produire de la biomasse ou de la fermentation sont contrôlés
des produits de bioconversion par la culture
de micro-organismes.
26
1. Procédés de fermentation et bioréacteurs
27
2. Aération et agitation
Les systèmes d'aération

Les gaz sont introduits dans le milieu par l'air séparer ou bulleur ou diffuseur. Il en existe
différentes formes qui vont du tuyau creux, en passant par le verre fritté, au bulleur à pores .
L'oxygénation du milieu peut être améliorée par les dispositifs suivants :
pâles anti-vortex qui favorisent l'homogénéisation du milieu donc de l'oxygène, ceci en
augmentant la convection.
bullage de l'air proche des mobiles d'agitation.
la taille des bulles dans le milieu
28
la structure du fermenteur (rapport h/D)
2. Aération et agitation
Agitation
Définition:
L'agitation se définit comme l'opération qui crée ou accélère le contact entre deux ou plusieurs
phases : particulaire (biotique), gazeuse et liquidienne (abiotiques).
L'agitation a donc pour but d'assurer :
Homogénéisation du milieu : minimiser les différences de concentration existant entre les
régions du fermenteur et de faciliter le transfert de chaleur.
Mise en suspension des particules : surtout lors de la formation de structures pluricellulaires
(amas, chaînette, mycéliums et « pellets »)
Émulsion des produits non miscibles : ex huiles végétales entrant dans la composition des
milieux industriels
Distribution de l'oxygène : dispersion des bulles d'air dans le milieu en ralentissant la
coalescence des bulles
Augmentation du temps de résidence (temps durant lequel une bulle reste dans le milieu avant
de s'échapper en surface) : les bulles d'air de part l'agitation parcours une distance plus
importante au contact du milieu ce qui augmente la quantité d'oxygène transférée
29
2. Aération et agitation Partie 02: bio-ingénieurie
Les mobiles d'agitation

Définition:
ce sont des structures
métalliques (acier
inoxydable) fixées sur un axe
d'agitation tournant sur lui
même et animé par un
moteur électrique ou à
essence (gros fermenteur),
ils assurent par leur rotation
les mouvements du milieu.
Les mobiles d'agitation sont couplés à un moteur de puissance variable situé

généralement au dessus ou au dessous de la cuve, parfois un même moteur alimente
plusieurs fermenteurs (couplage indirect)
30
3. Phases et mise à l’échelle d’une fermentation
31
3. Processus de mise à l’échelle (ou extrapolation) : scale up
Le scale up (ou mise à l’échelle) est le transfert du procédé d’un bioréacteur de
laboratoire de petit volume à celui d’un bioréacteur industriel à grande échelle.
32
4. Différents procédés de fermentation

Procédé discontinu (batch)
Un procédé discontinu est un procédé où le
produit fini est obtenu en quantité déterminée
lors d’une seule procédure de fabrication
complète.
Principe
Le procédé est réalisé dans un système clos dans
lequel un même volume de milieu non renouvelé
est utilisé pour la croissance des micro-
organismes ; la quantité de nutriments est donc
limitée.
Courbe de croissance
La courbe de croissance microbienne en mode
discontinu fait apparaître différentes phases
33
a : Phase de latence : Période d'adaptation, au cours de laquelle la cellule synthétise les
enzymes et perméases ... qui lui seront nécessaires pour métaboliser les nutriments présents
dans le milieu de culture.
Durant cette première phase, il n'y a pas de reproduction cellulaire : A =A0
b : Phase d'accélération : Démarrage de la croissance, la reproduction cellulaire commence.
A600 augmente, lentement puis de plus en plus vite.
c : Phase exponentielle de croissance : Durant cette phase, la vitesse de reproduction cellulaire
est au maximum.
Cette phase varie d'un micro-organisme à l'autre et pour un même micro-organisme. En effet,
elle est fonction des conditions de culture : milieu de culture, température, 02, pH etc...
d : Phase de ralentissement ou décélération : Durant cette phase, il y a épuisement du milieu
de culture en nutriments nécessaires à la croissance, et accumulation de produits inhibiteurs
résultant du métabolisme.
e : Phase stationnaire : A600 est à son maximum, la croissance s'arrête. Cet arrêt est du à une
carence nutritionnelle et / ou à des variations physico-chimiques du milieux (forte acidification
ou alcalinisation). Les cellules y demeurent vivantes grâce à leur produits de réserve ou au
développement de formes de résistance (ex : spore).
Rq : Cette phase est de durée variable : de quelques heures à plusieurs jours.
34
f : Phase de déclin : Les cellules se lysent et meurent (autolysines).
Dans un procédé continu le produit fini est élaboré d’une façon ininterrompue, c’est le cas
du dépropaniseur de la figure suivante où à partir d’une charge (alimentation)
butane/propane, introduite en continu dans la colonne de fractionnement, on soutire de
façon continue, le propane en tête et le butane en fond de colonne. 35
Quantification du substrat :
Électrodes spécifiques (glucose par exemple) : dosages en continu...
Dosage enzymatique après prélèvements
Vitesse de production
Productivité horaire globale : biomasse ou quantité de produit obtenu(e) dans le volume
total par unité de temps, en g.h-1
Nature de ces facteurs
Qualitatif : nature de source de carbone ou d'azote ...
Quantitatif : température, concentration en substrat .. 36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
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• L'obtention des microorganismes en quantité importante

• La transformation des produits complexe en éléments simples

Les Fermenteurs ou Bioréacteurs permettent de fournir un

Partie 01: microbiologie industrielle

Produits visés Microorganisme

Question: quel est la différence

3.Propriétés des microorganismes d’interêt industriel

Actinomycètes Bactéries lactiques

Intérêt industriel des moisissures

Actuellement, l’utilisation des techniques de l’ADN recombinant permettent d’améliorer les

Transfert périodique Congélation Dessiccation

• Streptomyces griseus • Les microorganismes sont • Les microorganismes, déposés sur

MISE EN ŒUVRE INDUSTRIELLE

Le bioréacteur (ou fermenteur) est une

Les systèmes d'aération

Les mobiles d'agitation

Les mobiles d'agitation sont couplés à un moteur de puissance variable situé

4. Différents procédés de fermentation

4. Différents procédés de fermentation

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