Partie I – Antibiotiques et microbiome humain

1. Regardez le chiffre qu'Amelia a trouvé dans Wired concernant les antibiotiques et le

microbiote. Quelles conclusions pouvez-vous tirer de ce chiffre ?
RÉPONSE : Conformément au graphique de Wired, on peut en déduire que les
antibiotiques tuent sans discernement (à la fois les "bons" et les "mauvais") le
microbiome lorsqu'ils sont mal utilisés, ce qui pourrait conduire à des maladies. Cela
peut également perturber la biodiversité du microbiote dans le corps d’une personne et
pourrait prendre des années à se rétablir.

2. Étant donné qu’Amelia a trouvé cet article dans un magazine scientifique en ligne sur la
culture pop, croyez-vous aux données présentées ? Faites des recherches sur l’impact
des antibiotiques sur le microbiome humain à l’aide de la littérature évaluée par des
pairs. Résumez vos conclusions d’au moins trois articles dans un court paragraphe.
RÉPONSE : Étant donné que les chiffres utilisés dans Wired proviennent de sources, on
peut alors conclure que les données présentées sont effectivement légitimes. Des
articles similaires et d’autres études ont également abordé l’impact des antibiotiques sur
le microbiome humain, et toutes ces références aboutissent à une conclusion commune
selon laquelle les antibiotiques finissent par perturber le microbiome normal (intestin) de
l’organisme, essentiel à la lutte contre les maladies et au maintien de l’homéostasie.

Références : https://www.taconic.com/taconic-insights/microbiome-and-germ-free/
antibiotics-affect-microbiome.html

https://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev-micro-091313-103456

https://www.technologynetworks.com/biopharma/news/how-antibiotics-change-human-
microbiome-diversity-long-term-317454

3. Sur la base des chiffres de Wired et de vos recherches, pensez-vous que les
antibiotiques ont causé la maladie de Crohn d'Amelia ? Pourquoi ou pourquoi pas?
RÉPONSE : Non, il est peu probable que les antibiotiques aient causé la maladie de
Crohn d'Amelia. Il a été démontré dans des études que la maladie de Crohn est
principalement causée par le système immunitaire qui attaque les bactéries présentes
dans le tractus gastro-intestinal des personnes, et que l'utilisation d'antibiotiques aurait
tué les bactéries, ce qui aurait initialement déclenché une réaction du système
immunitaire de cette manière. Il faut savoir que les antibiotiques sont le premier
traitement ou médicament recommandé par les médecins aux patients atteints de la
maladie de Crohn. Mais s'il est mal utilisé ou si un patient utilise le mauvais type
d'antibiotique, il peut déclencher des poussées chez les personnes atteintes de la
maladie de Crohn et peut également provoquer de la diarrhée chez des personnes qui
ne souffrent même pas de cette maladie.

4. Si un microbiome intestinal diversifié est important pour une santé optimale, à quelles
mesures pouvez-vous penser pour protéger et/ou rétablir la flore intestinale à la suite
d’une maladie comme une intoxication alimentaire ?
RÉPONSE : La mesure la meilleure et la plus simple pour protéger la flore intestinale
est d’éviter la prise inutile d’antibiotiques. De plus, les gens doivent également équilibrer
 cela en prenant également des probiotiques (levures et bactéries vivantes qui sont
mauvaises pour le système digestif).

Partie II – Maladies du monde développé

1. Quelles sont les raisons possibles pour lesquelles Amelia a contracté la maladie de
Crohn alors que son frère n'en a pas eu ?
RÉPONSE : Cela est dû au fait que le système immunitaire des individus varie
considérablement dans la manière dont ils réagissent aux agents pathogènes. Les
personnes dont le système immunitaire est hyperactif sont plus sensibles aux maladies
auto-immunes. Un autre facteur pourrait être le fait que la maladie de Crohn est plus
fréquente chez les femmes que chez les hommes.

Références : https://www.healthline.com/health/crohns-disease/facts-statistics-
infographic#1
https://www.umcg.nl/EN/corporate/News/Paginas/why-every-immune-system-is-différent.aspx

Quels schémas d’apparition de maladies pouvez-vous observer à partir du tableau ci-

dessus et de l’article référencé ?
RÉPONSE : Sur la base du tableau et de l'article référencé , on peut observer ou
déduire que la maladie de Crohn est plus fréquente dans les pays
développés/industrialisés que dans les pays sous-développés.

2. Énumérez trois hypothèses qui pourraient expliquer ces tendances.

RÉPONDRE:
1. La prévalence des maladies auto-immunes est élevée dans les pays industrialisés et
faible dans les pays en développement.
2. La consommation fréquente d’antibiotiques peut entraîner une augmentation de la
fréquence des maladies auto-immunes.
3. Les pays sous-développés traitent généralement les maladies avec des remèdes
naturels et utilisent moins d’antibiotiques.

3. Notez que le tableau ci-dessus montre les taux de maladie en termes de prévalence,
tandis que l'article d'Economou et Pappas (2008) montre l'incidence de la maladie.
Quelle est la différence entre incidence et prévalence ?
RÉPONSE : Le mot « incidence » est utilisé pour identifier la possibilité d'attraper ou de
contracter une maladie. Alors que le mot « prévalence » est utilisé pour indiquer le degré de
prévalence ou d’ampleur de la maladie.

Partie III – Explorer l’hypothèse de l’hygiène

1. Pensez-vous que l'hypothèse hygiénique pourrait être applicable au cas de maladie de
Crohn d'Amelia ? Pourquoi ou pourquoi ou pourquoi pas ?
1. RÉPONSE : Oui, l'hypothèse de l'hygiène pourrait s'appliquer à Amelia car elle était peu
exposée aux bactéries étant donné qu'elle vivait dans un pays bien développé et
hygiénique. Il convient de noter que la maladie de Crohn d'Amelia n'a commencé à s'aggraver
qu'après un voyage dans un pays moins développé. Il est possible qu'Amelia ait été faiblement
exposée aux bactéries en Amérique, ce qui a ensuite réduit sa tolérance aux (nouvelles) bactéries ou
à d'autres maladies.

2. Développer une étude qui puisse tester l’hypothèse de l’hygiène en tant que moteur des
maladies allergiques et auto-immunes. (Notez qu'il pourrait être plus facile de choisir une
seule maladie, comme l'asthme ou la maladie de Crohn.) Dessinez un graphique de
données hypothétiques qui étayeraient l'hypothèse d'hygiène.
RÉPONDRE:

Sujet : Démêler l'hypothèse d'hygiène et l'auto-immunité : une étude sur l'exposition

précoce aux germes et sa relation avec l'asthme

Problème : existe-t-il une relation significative entre l’exposition précoce aux germes et
l’asthme ?

Hypothèse : il existe une relation inverse entre l'exposition précoce aux germes et la
possibilité de contracter l'asthme.

Graphique (hypothétique) avec données hypothétiques :

3.5

3
Possibility of Contracting Asthma

2.5

1.5 Asthma
Linear (Asthma)
1

0.5

0
0 5 10 15 20 25 30 35
Early Germ Exposure

3. Pensez à toutes les façons dont un scientifique pourrait tester l’hypothèse de l’hygiène.
Si vous faisiez une étude corrélationnelle chez l’humain, quelles variables
indépendantes devriez-vous prendre en compte ? Si vous faisiez une étude
manipulatrice chez la souris, quelles variables auriez-vous besoin de contrôler ? Quelle
variable dépendante mesureriez-vous ?

RÉPONSE : L'hypothèse d'hygiène pourrait être testée en définissant le niveau d'hygiène

environnementale d'un pays comme variable et (la probabilité de contracter) l'asthme
 comme autre variable indépendante de l'étude. Une recherche corrélationnelle pourrait alors
être menée pour vérifier la relation entre les deux variables.

Quant à l'étude manipulatrice utilisant des souris, certaines variables telles que la variation
de son environnement (de insalubre, stérile et non traité) pourraient être manipulées pour
tester l'incidence de l'asthme chez les souris.

Partie IV – Explorer les options

1. Les stéroïdes, les transplantations fécales et la thérapie helminthique sont trois

approches très différentes d’une même maladie. Si vous deviez décider d'un plan de
traitement, de quelles informations supplémentaires auriez-vous besoin pour faire un
choix éclairé ?
RÉPONSE : Même si ces traitements ont un dénominateur commun : résoudre la même
maladie, différents patients peuvent la recevoir différemment selon le traitement et leur
corps. Avant tout, il faut d'abord vérifier si ces traitements sont vérifiés par la FDA pour
leur mise en œuvre. Il serait également préférable d'identifier d'abord si le patient a des
allergies à certains composants ou substances qui seraient utilisés dans chaque plan de
traitement. Troisièmement, il serait préférable d'identifier le type de bactérie présente
chez le patient. Et enfin, il serait préférable de recueillir des informations indiquant si le
patient souffre d'autres problèmes de santé qui pourraient être affectés négativement
par l'utilisation des traitements.

2. Sur la base de votre compréhension de la maladie de Crohn jusqu'à présent, quelles

sont, selon vous, les principales différences entre ces trois approches différentes ? Par
exemple, réfléchissez à la cible et à l’objectif sous-jacent de chaque traitement.
RÉPONDRE:
1.) Stéroïdes : ils traitent les symptômes mais pas la cause ou la source de ces
symptômes.
2. Transplantations fécales : tente de traiter la cause, mais peut involontairement
détériorer la réponse immunitaire à une augmentation du nombre de bactéries.
3.) Greffe d'helminthes : En revanche, c'est le seul traitement qui traite spécifiquement
les maladies auto-immunes. Mais il n’a pas encore été approuvé par la FDA et peut faire
l’objet d’études plus approfondies.

3. Comment l’approbation de la FDA influence-t-elle votre décision concernant les options

de traitement ? Est-ce que cela devrait être une considération ? (Voici un lien vers le site
Web de la FDA pour plus d'informations sur le processus d'approbation des
médicaments : http://www.fda.gov/Drugs/ DevelopmentApprovalProcess/.)
RÉPONSE : L'approbation de la FDA a une influence significative sur le choix entre les
options de traitement. En effet, la FDA établit des protocoles de sécurité pour garantir la
fiabilité et atténuer les facteurs de risque liés auxdits traitements.

4. Si vous souffriez d’une maladie auto-immune grave, envisageriez-vous un traitement par

helminthes comme traitement possible ? Pourquoi ou pourquoi pas?
RÉPONSE : L'étudiant ne le considérera que comme un traitement de dernière option
lorsqu'aucun autre traitement approuvé par la FDA ne fonctionnera. L’introduction d’un
parasite dans le traitement n’est pas une norme actuelle en matière de traitement et
 pourrait s’avérer dangereuse. Il faut d’abord avoir l’assurance que cela n’aura pas
d’effets négatifs à long terme.

5. Une base de données des essais cliniques en cours se trouve ici :

https://clinicaltrials.gov/. Recherchez des exemples d’essais cliniques sur la maladie de
Crohn. Existe-t-il des essais utilisant la transplantation fécale ou la thérapie helminthique
qu'Amelia pourrait envisager ? Existe-t-il des traitements alternatifs ne figurant pas dans
la liste ci-dessus et qu'elle pourrait ajouter à son tableau ?
RÉPONSE : À l'heure actuelle, il n'y a pas eu beaucoup d'essais cliniques ou d'études
utilisant un traitement par helminthes et transplantation fécale. Bien que la greffe de
cellules souches, les tests de dépistage de drogues et la radiothérapie soient également
des thérapies actuellement testées par des médecins qui pourraient fournir des solutions
thérapeutiques alternatives à l'état d'Amelia.

Partie V – Le corps humain en tant qu'écosystème

1. Selon vous, quel impact les facteurs énumérés ci-dessus ont-ils sur la biodiversité
humaine ?
RÉPONSE : Ils sont plus en contact avec les bactéries et vivent dans un environnement
moins stérile, ce qui signifie qu'ils entrent en contact et apprennent à faire face à
davantage de maladies. De plus, la biodiversité humaine est continuellement mise à
rude épreuve par l’utilisation d’antibiotiques, ainsi que par la faible exposition de micro-
organismes particuliers.

2. Si nous considérons le corps humain comme un écosystème, quels parallèles

écologiques pouvez-vous établir entre les conséquences de la diminution de la
biodiversité dans la nature et votre corps ? Par exemple, si vous repensez au graphique
initial de l'article de Wired dans la première partie, imaginez que vous regardiez des
espèces de poissons dans un récif de corail ou des espèces d'oiseaux dans une forêt
tropicale plutôt que des espèces de bactéries dans l'intestin d'une personne.
RÉPONSE : Les antibiotiques sont comme la déforestation. Cela ouvre la porte à des
plantes envahissantes et à l’extinction massive d’animaux, de la même manière qu’une
mauvaise utilisation des antibiotiques peut ouvrir la porte à la mort des bactéries dont
notre corps a besoin pour lutter contre les maladies. Les maladies auto-immunes sont
comme si le système immunitaire d'une personne était une espèce envahissante qui
détruit tout parce qu'elle n'a plus rien d'autre sur laquelle s'attaquer (de vraies bactéries).

3. Quelles sont les implications possibles d’une diminution de la biodiversité pour la santé
humaine ?
RÉPONSE : Une implication possible est que la fréquence des réactions aux nouvelles
bactéries sera plus grave. La perte de diversité peut imposer des contraintes inutiles à la
réponse immunitaire normale.

4. Cette information devrait-elle changer notre attitude à l’égard des microbes ?

RÉPONSE : À tout le moins, les gens devraient être conscients que les microbes sont
dans certains cas vitaux pour notre vie et ne sont pas nécessairement pathogènes à tout
moment.

5. Pourquoi pensez-vous que 1950 est la période autour de laquelle l’incidence de

nombreuses maladies auto-immunes a commencé à augmenter ?
RÉPONSE : Cela peut être dû au fait que l'utilisation d'antibiotiques est devenue
courante dans les années 1950 et que la population a augmenté rapidement.