Les anaerobies

• I / Introduction :
– Les anaérobies : microorganismes qui n’ont pas besoin
d’O2. L’O2 étant toxique.
– Anaérobies modérés : capables de se multiplier dans une
atmosphère contenant 2 à 8% d’O2.
– Anaérobies stricts : atmosphère d’O2 < 5%.
– Origine endogène ou origine tellurique.
– Rôle de pathogènes opportunistes
– Responsables d’intoxications spécifiques ou de toxi
infections.
– Diagnostic clinique car diagnostic bactériologique long
– Diagnostic bactériologique nécessite des conditions
rigoureuses
– Le traitement s’appuie sur l’antibiotherapie , la
chirurgie et l’O2 hyperbar.
– Objectif :
• Définir les anaérobies
• Connaitre la localisation de la flore endogène
• Reconnaitre cliniquement une intoxication à anaérobies
• Conduire le diagnostic au laboratoire
• Connaitre le traitement des germes à anaérobies
• II / CLASSIFICATION :

– Les germes anaérobies se répartissent en 2 groupes :

• Flore exogène d’origine tellurique

• Flore endogène ou flore de Veillon

 FLORE TELLURIQUE EXOGENE FLORE ENDOGENE DE
VEILLON

HABITAT SOL , PLANTES COMMENSALE DES CAVITES

NATURELLES

BACTERIO HOMOGENE : VARIEE : BACILLES ET COCCI

BGP DU GENRE CLOSTRIDIUM

SPORULATION PRESENTE ABSENTES

TOXINES PRESENTES ABSENTES

TABLEAUX CLINIQUES PARALYSIE INFECTIONS PYOGENES

PREVENTION ANATOXINES ABSENTES

TRAITEMENT ATB ANTIBIOGRAMME

ANTITOXINE
• III / Germes anaérobies d’origine tellurique :

– 1/ Caractères généraux :

• Bacilles gram positifs

• Anaérobies stricts
• Sporulés
• Généralement mobiles par une ciliature péritriche
• Produisent des endospores qui peuvent déformer la bactérie

– 2 /Caractères morphologiques :
 Formes végétatives Formes sporulées

Clostridium botulinium BGP Spore ovoide déformante

Extrémités arrondies Favorisée par des conditions
Mobiles ciliature péritriche difficiles
Non capsulé Spore thermorésistante

Clostridium difficile BGP Spore ovale deformante

Mobile par ciliature peritriche
Peut etre capsulée

Clostridium perfringens BGP Déformante

Trapu bord parrallele Subterminale
Immobile Thermo sensible ou thermo
Peut etre capsulé résistante

Clostridium tetani BGP Spore terminale avec aspect

Long et fin en tète d’epingle
Extremement mobile
• 3 /Caractères épidemiologiques
Clostridium botulinium
-Germes tellurique , tres répandu dans la
nature.
-La bactérie éxiste sous forme de spore dans la
boue , la terre et l’eau.
-Les végétaux sont contaminés par la spore.
-La spore est présente dans l’intestin de
nombreux animaux.
-La persistance des spores est favorisée par la
mauvaise conservation et la mauvaise
stérilisation
Clostridium difficile
-Intestin de l’homme ainsi que de nombreux
animaux.
-Clostridium difficile est capable de survivre
plusieurs mois dans l’environnement grâce à
ses spores.
-Suite à un déséquilibre de la flore intestinale
surtout en milieux hospitalier
Clostridium perfringens
-Présent dans la flore intestinale de l’homme et -Clostridium tétani se trouve dans le sol ou il
de nombreux animaux.
-Le sol contient des spores de clostridium
perfringens.
-L’homme se contamine à partir d’une source
endogène ou à partir d’une source exogène.
Clostridium tetani
persiste indéfiniment grâce à ses spores.
-Présent dans l’intestin et les déjections de
l’homme.
-Le germe peut persister dans l’organisme à la
faveur de lésions diverses
plaies souillées de terre
ou acte chirurgical avec asepsie
insuffisante.
• 4 / Physiopathologie :
Clostridium botulinium
1. Ingestion de la bactérie
2. Libération de la toxine dans l’intestin
3. Dissémination dans les lymphatiques et le
sang
4. Fixation sur les tissus nerveux
5. L’intoxication se traduit par une paralysie
générale de l’activité neuromusculaire et du
système nerveux autonome.
Clostridium difficile
1. Antibiothérapie (aminopenicilline ,
céphalosporine , clindamycine )
2. Déséquilibre de la flore intestinale
3. Diarrhées , colites et colites
pseudomembraneuse qui s’observent suite au
déséquilibre de la flore intestinale
4. Les toxines produites par C.difficile
provoquent une lésion inflammatoire de la
paroi colique entrainant des diarrhées.
5. Colite pseudomembraneuse
Clostridium perfringens
1. Contamination à partir d’une souche
endogene (intestin) à l’occasion d’une
effraction cutannée ou d’une intervention
chirurgicale.
2. Contamination à partir d’une souche exogène:
• Plaie : Le germe pénètre puis se multiplie dans
les tissus ou il libère des toxines et des
enzymes.
• Aliments contaminés : Toxi infection
alimentaire .
Clostridium tetani
1. L’infection débute par l’introduction des
spores de Clostridium tétani dans
l’organisme à la faveur d’une effraction
cutanée.
2. Les spores qui se trouvent dans des
conditions d’anaérobiose vont germer et
redonner la forme bactérienne produisant
des toxines.
3. La toxine se fixe sur le SNC remonte le lon
des axones se fixe sur le tronc puis la
substance grise des cornes antérieures de
la moelle et entraine une paralysie.
• 5 / Pouvoir pathogene :
Clostridium botulinium Clostridium difficile

1. Intoxication liée à l’ingestion de la toxine 1. Diverses pathologies intestinales allant du

préformée. portage asymptomatique à la colite
pseudomembraneuse.
2. Période d’incubation : 8 à 12h.
2. Les troubles digestifs apparaissent en
3. Phase d’invasion : moyenne moins d’une semaine après le
Signes digestifs : Nausées, vomissement, début du traitement
diarrhée .
3. Responsable de 15 à 20 % des diarrhées
4. Phase d’état : Troubles moteurs oculaire post antibiotique.
,bucco pharyngée .
Pas de fièvre , pas d’atteinte 4. La colite pseudo membraneuse peut
cardio respiratoire pas de troubles de la évoluer vers la perforation.
conscience.

5. Le pronostic varie avec la quantité ingérée.

Clostridium perfringens
1. Toxi infection alimentaire. 1.
2.
2. Les symptômes apparaissent 8 à 12 h âpres 3.
le repas infectant crampes abdominales , 4.
diarrhées , nausées. 5.
3. Les troubles diminuent dans les 24h
4. Autres : infections tissulaires , cellulite et
fasceites , gangrène gazeuse , bactériémie.
Clostridium tetani
Forme habituel : le tétanos
Incubation : 3 à 15 jours
Trismus
Contracture généralisée
Crises très douloureuse provoquant des
postures diverses : opistotonos
6. La fonction respiratoire peut etre touchée
• 6 / Diagnostic biologique :
Clostridium botulinium Clostridium difficile

1. Recherche de la toxine dans le sérum du 1. Recherche dans les selles fraichement

malade. émises.

2. Culture sur Gélose au sang en anaérobiose : 2. Milieux spécifique.

colonies lisses de 2 à 8 mm de diamètre
visible après 48h d’incubation. 3. Incubation en anaérobiose / 48h.

3. Recherche de la toxine dans l’aliment. 4. Colonies : aspect typiques : margination

filamenteuse irréguliere.

5. Identification par galerie API.

Clostridium perfringens
1. Prélèvement : pus, pièces anatomiques
,selles.
2. Culture : milieux anaérobies spécifique en
anaérobiose.
3. Identification Galerie API anaérobie
Clostridium tetani
1. Le rôle du laboratoire est secondaire.
2. Le diagnostic est exclusivement clinique.
3. Le bacille tétanique reste localisé au niveau
du point de pénétration .il ne diffuse jamais.
4. Au moment du prélèvement dans 80 % des
cas le germe a disparu de la plaie au profit
d’autre espèce bactérienne.
• 7 / Traitement :

• Hospitalisation
• Traitement symptomatique
• Antibiothérapie
• Si Clostridium difficile : arret de toute antibiothérapie
• Sérothérapie pour Clostridium tétani
• IV / Anaérobies d’origine endogène :

– 1/ Epidémiologie :

• Localisé à des tissus profonds

• Commensaux des cavités naturelles
• Font partie de la flore endogène normale de l’homme
• Sont confinés à certains sites par des structures anatomiques
qui les empêchent normalement de coloniser d’autres
territoires.
• Ils sont retrouvés dans de nombreuses situations.
• IL est important de connaitre la répartition des anaérobies
dans l’organisme et la prévalence des différentes espèces car
elle conditionne la thérapeutique des infections endogènes.
– Flore cutanée :
• Propionibactérium acnès
• Peptostreptococcus

– Flore buccopharyngée :
• Fusobactérium
• Prévotella
• Veillonella
• Cocci gram +

– Tractus digestif :
• Bacteroides du groupe fragilis
• Clostridium
– Flore vaginale :
• Flore de doderline
• Lactobacillus
• Bifidobacterium
• Cocci gram + ; baciles Gram -
– 2 / Physiopathologie :

• Les anaérobies peuvent entrainer des infections pathogènes à

chaque fois que les conditions sont favorables:

– Diminution de la pression en O2
– Diminution du débit sanguin
– Diminution du potentiel rédox.

• Ces conditions sont réunies en cas d’ischémie , de nécrose ou

d’obstacle.
– 3 / Clinique :

• Clinique : fondamentale car le diagnostic biologique est tres

long et le pronostic vital est souvent mis en jeu.
• L’antibiothérapie doit être commencée juste après les
prélèvements.
• Odeur fétide
• Crépitation neigeuse à la palpation
• Proximité d’un foyer normlement colonisé par des anaérobies
• Chirurgie digestive
• Chirurgie pelvienne
• Avortements septiques
• Morsure d’animal
– Les signes fonctionnels :

• Fièvre
• Frissons
• Altération de l’état général
• Oligoanurie
• Etat de choc

– Prélèvement bactériologique et antibiothérapie en urgence

– 4 / Diagnostic biologique :

• A / Le prélèvement :

– Hémoculture
– Liquide de ponction
– Abcès du poumon
– Ostéite
– Abcès du cerveau
– Péritonite
– Abcès abdominaux ou gynécologique

• L’une des principales causes d’échec du diagnostic

bacteriologique est la mauvaise qualité du prélèvement :
– Milieux de transport pour anaérobies
– Seringues purgées de l’air
– Protéger les bactéries de l’O2
• B /Examen direct :

– Le pus anaérobies présente des caractéristiques particulières.

» Odeur fétide
» Quantité importante
» Peu de PN
» Nombreuses bactéries de toutes formes Gram + et Gram –

– Ces deux derniers caractères réalisent la dissociation

cytobactériologique de Prévost.
• Ex microscopique : GRAM
– Flore polymorphe
– On recherche des formes caracteristiques :
» Aspect en fuseau de BGN
» BGP ramifiés
» Un bacille ramifié évoque du propionibactérium , de l’actinomyces,
du fusobactérium.

• C / Culture :
– Milieux desoxygénés avant leur utilisation.
– Milieux contenant de nombreux facteurs de croissance : gélose
schaedler.
– Conditions d’anaérobiose :
» Jarres avec sachets générateurs d’anaérobiose.
» Chambres anaérobies : Laboratoire spécialisés.
• D / Identification :

– Mobilité entre lames et lamelles

– Coloration de GRAM
– Recherche d’une oxydase , d’une catalase
– Galerie API Anaérobies.

• E / Sensibilité aux antibiotiques :

– Les anaérobies provoquent un nombre important d’infection qui nécessitent une

thérapeutique spécifique.
– Les antibiotiques à tester pour une bactérie anaérobie :
» Amoxicilline
» Amoxicilline + ac clavulanique
» Céfoxitine
» Céfotaxime
» Imipénème
» Clindamycine
» Métronidazole
» Vancomycine
» Ofloxacine
• 5 / Traitement :
– A / Médical
• Infection tete , cou , ORL :
– Amoxicilline + Ac clavulanique

• Infections intra abdominale :

– Ticarcilline + ac clavulanique

• Infections dentaire :
– Macrolides + métronidazole

• Infections sévères :
– Imipénème.

– B / Chirurgical :
• Mise à plat de la plaie

– C / Oxygénothérapie hyperbar
• 6 / Conclusions :

– Infections fréquentes
– Peuvent toucher tous les organes
– Diagnostic biologique long
– Clinique importante
– L’antibiothérapie doit être débutée après les
prélèvements bactériologique