GENETIQUE DES POPULATIONS

Introduction
I – La Variabilité Génétique

II – Calcul des fréquences génotypiques et alléliques

III – Loi de Hardy-Weinberg

IV - Ecarts à l’équilibre génétique (Mécanismes évolutifs)

1
Introduction
La GP initiée en 1920-1940 par RA Fischer, JBS
Haldane et S Wright
* Etude des conséquences des lois de Mendel et
d’autres lois de la génétique sur les populations d’êtres
vivants considérées dans leur globalité
* Etude de la variabilité génétique des caractères
qualitatifs dont le déterminisme est connu et implique
peu de locus

2
  G P : Transmettre ses gènes dans les conditions
naturelles
Génétique Mendélienne Génétique des populations
Femelle Mâle Mâles Femelles
AA Aa AA
Aa X Aa aa AA AA aa AA
AA AA
Aa Aa
Aa aa aa
AA
X

AA = ¼ Aa = ½ aa = ¼ AA = ? Aa = ? aa = ?
A la différence de la génétique mendélienne, la génétique des populations étudie les proportions des
génotypes au sein d'un ensemble d'individus issus de
croisements non contrôlés entre de nombreux parents

5
 La génétique des populations étudie la variabilité génétique présente dans et
entre les populations avec 3 principaux objectifs :

1- mesurer la variabilité génétique, appelé aussi diversité génétique,

par la fréquence des différents allèles d' un même gène.

2- comprendre comment la variabilité génétique se transmet d'une

génération à l'autre

3- comprendre comment et pourquoi la variabilité génétique évolue

au fil des générations

6
I - La Variabilité Génétique
Déterminisme des variations : notion de polymorphisme

Définition (Ford, 1940)

Coexistence dans une population pour un caractère donné,
de plusieurs formes phénotypiques discontinues,
déterminées génétiquement et dont la plus fréquente ne
dépasse pas 95% ou 99% de la population

Population polymorphe
7
Définition plus large du polymorphisme
Variation de séquence d’ADN codante ou non codante
correspondant à plusieurs formes alléliques dont la plus
fréquente ne dépasse pas 95% ou 99% de la population
Polymorphisme chromosomique

Polymorphisme biochimique
Polymorphisme nucléotidique

L’état mono ou polymorphe : caractéristique d’un gène et

d’une population

8
1- Étendue et méthodes d’étude de la variabilité
1-a Polymorphisme morphologique :

Couleur et
ornementation
de la coquille
d’escargot du
genre Cepaea

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 1-b Polymorphisme chromosomique :
* Variation nombre de chromosomes
* Changement de structure
Exemple : polymorphisme des inversions chr 3 chez Drosophila pseudoobscura
Inversion

population standard arrowwhead chiricahua pikespeak autres

Mount San Jacinto 0.390 0.262 0.310 0.000 0.038
(Californie)
Prescott, Arizona 0.110 0.790 0.090 0.010 0.000
Texas 0.002 0.117 0.000 0.703 0.178
Californie 1937 0.138 0.674 0.184 0.000 0.004
1957 0.255 0.589 0.112 0.009 0.0045
1963 0.243 0.409 0.053 0.129 0.166

T.Dobzhansky et al. Evolution 18, 1964, 164-76

10
1-c Polymorphisme biochimique :
Extraits protéiques * Polymorphisme enzymatique
Variation
gène
Dépôt sur gel

Variation séquence aa
Champ électrique
Changement charge
ionique totale protéine
Séparation protéines
+ Révélation
selon leurs charges Variation vitesse
enzymatique
électrophorétique
Variants alléliques à ce locus =
Alloenzymes
13
 1-c Polymorphisme biochimique :

* Polymorphisme enzymatique
Représentation schématique d'un gel d'électrophorèse pour différents
systèmes génétiques :

Sens de
migration

Ligne
de
dépôt génotypes SS FF FS

Cas d'une protéine monomérique codée par un gène à deux allèles (F =

Fast et S = Slow)

15
 1-c Polymorphisme biochimique :

* Polymorphisme enzymatique
Sens de Sens de
migration migration

Ligne Ligne
de de
dépôt dépôt
génotypes SS VV FF FS SV génotypes SS FF FS

Cas d'une protéine monomérique codée par un Cas d'une protéine dimérique codée par un gène à
gène à trois allèles deux allèles (F = Fast et S = Slow) où les
(V = very Fast, F = Fast et S = Slow) hétérozygotes sont représentés par 3 bandes.

16
Nb de bandes = n+1
avec n=nb de polypeptides composant l'enzyme
n=1 si monomère, n=2 si dimère…

Loci polymorphes à 3 allèles

3 génotypes hétérozygotes différents (a+b+c)n

 1-c Polymorphisme biochimique :

* Polymorphisme enzymatique

Structure de l’enzyme Nb bandes chez Htz/zone

Nombre bandes Nombre de locus codant
totales dépend pour l’enzyme Nombre zones (isoenzymes)
Nombred’allèles
par locus Nb Hmz différents

Alloenzymes (polymorphisme masqué) : appréciation indirecte des

fréquences alléliques

Degré variabilité génétique d’une pop

18
1-c Polymorphisme biochimique :

* Polymorphisme immunologique Système ABO

Globules rouges humains : 40 antigènes ≠
Système MN
Groupe rhésus

________________________________________________________
Population IA IB i
________________________________________________________
Esquimau 0.333 0.026 0.641
Sioux 0.035 0.010 0.955
Belge 0.257 0.058 0.684
Japonais 0.279 0.172 0.549
Pigmée 0.227 0.219 0.554
_________________________________________________________
Boyd W.C., Genetics and the races of Man. D.C.Heath, 1950

19
1-c Polymorphisme biochimique :

* Polymorphisme immunologique

Leucocytes et plaquettes sanguines : système HLA

Polymorphisme très étendu

Diversité quasi infinie

Identité immunitaire

20
 1-d Polymorphisme nucléotidique : Marqueurs moléculaires
Empreinte génétique
Variabilité des régions non codantes
Caractériser des populations

Cartographier des gènes

Empreinte Génétique : Profil génétique très spécifique d’un individu obtenu grâce à une
combinaison de marqueurs tres informatifs, principalement les minisatellites, ou en associant
plusieurs microsatellites.
Principaux marqueurs moléculaires

* Polymorphisme RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism

* Polymorphisme SNP : Single nucleotide Polymorphism (substitution simple de nucleotide)

Minisatellites (Motifs 10 à 60 pb)

* VNTR : Variable Number of Tandem Repeat Microsatellites (Motifs 1 à 6 pb)
 Conclusion
Populations naturelles : polymorphisme extrême d’ordre
morphologique, chromosomique, enzymatique, ou moléculaire
Grand nombre espèces analysées
* 1/3 loci gènes structure sont polymorphes
* L’hétérozygotie moyenne d’une population pour
tous les loci : 10%

Énorme potentiel de variation pour l’évolution

23
 Conclusion

Populations naturelles Polymorphisme extrême

Réponse et adaptation Maintien de la diversité

aux changements de
milieu

24
Mesure de la variabilité génétique

Pour quantifier la variabilité d'une population étudiée sur plusieurs gènes, différents
paramètres peuvent être calculés

- Taux de polymorphisme

- Taux d'hétérozygotie

- Diversité allélique

- Fréquences alléliques ….
Taux de polymorphisme P
C'est la proportion des gènes polymorphes parmi l'ensemble des gènes étudiés

Exemple : 30 loci enzymatiques ont été étudiés par la méthode d'électrophorèse

avec 12 loci monomorphes et 18 polymorphes, le taux de polymorphisme P est
18/30 = 0,6.

Ce paramètre présente cependant l'inconvénient de ne pas prendre en compte le

nombre d'allèles rencontrés à chacun des loci polymorphes, ni leurs fréquences. Il est
évident par exemple qu'un locus possédant 10 allèles de fréquences voisines apporte
plus de variation génétique à la population qu'un locus n'ayant que deux allèles dont un
faiblement représenté.
 Taux d'hétérozygotie Ho

Moyenne des fréquences des hétérozygotes observées

à chacun des locus étudiés.

Ho = 1/N Somme Hi

N étant le nombre total de loci étudiés qu'ils soient monomorphes ou

polymorphes

Hi hétérozygotie au locus i
Diversité allélique

moyenne du nombre d'allèles par locus appelée :

diversité allélique A= nombre total d'allèles / nombre de loci

Loci Nombre d’allèles

Gène 1 2
Gène 2 4
Gène 3 3
Gène 4 2

diversité allélique = 11 / 4 = 2,75

 L’étude génétique des populations passe par l’estimation
de la fréquence des allèles, basée sur l’examen d’un échantillon
d’individus.

29
 II - Estimation des fréquences alléliques

1- Gène autosomique
1. Dominance incomplète (codominance)

Exemple 1 : Système sanguin MN

Par des tests sérologiques réalisés au moyen d’anticorps produits chez le

lapin, on peut identifier les trois génotypes (LM//LM) (LM//LN) et (LN//LN)
Le sang M (LM//LM) est coagulé par les anti-M seulement,
le sang N (LN//LN) est coagulé par les anti-N
le sang MN (LM//LN) est coagulé par les deux types d’anticorps.

3 groupes : M ; MN ; N
3 génotypes : MM ; MN ; NN

1phénotype 1 génotype
30
 Test sérologique est effectué sur 6.129 personnes

phénotype 1787 [M] ; 3039 [MN] et 1303 [N]

fréquences des deux allèles :

LM : 2 x 1787 + 3039 = 6613

p = 6613 /2*6129 = 0,54

LN : 2 x 1303 + 3039 = 5645

q = 5645 / 2*6129 = 0,46 = 1 - 0,54 p+q=1

31
2. Dominance complète

Soit 1 gène à 2 allèles A et a A>a

fréquence
[A] AA D
Aa H
[a] aa R

D + H/2 R + H/2
= D + H/2 Fréq a = = R + H/2
Fréq A =
D+H+R
D+H+R

32
Exemple :

Chez l’homme, les individus qui possèdent l’allèle T sont capables de goûter le
phénylthiourée, qu’ils soient homozygotes TT ou hétérozygotes Tt.
les récessifs ne goûtent pas ce produit.

Un test réalisé dans un groupe de 228 étudiants a révélé

160 sensibles et 68 insensibles (70% et 30%)

TT p2
Goutteur G 160
Tt 2pq

Non goutteur g 68 tt q2

Fréq Goutteur = 160/ 228 = 0,70 Fréq non goutteur = 68/ 228 = 0,30
Fréq non goutteur = q2 = 0,30

Fréq allèle t = q = √0,30 = 0,55

Fréq T = p = 1- q = 0,45

D’où

TT : p2 = 0,452 = 0,20

Tt : 2pq = 2 x 0,45 x 0,55 = 0,50

34
2. Gène lié au Sexe
– chromosome X: nombreux gènes chromosome Y: très peu de gènes

– Gène lié à l’ X: 2 allèles A et a

• femelles : 3 génotypes AA , Aa , et aa
• males : 2 génotypes A et a

35
3. Allèles multiples
Gène à 3 allèles : a1 : p a2 : q a3 : r
p+q+r= 1

Exemple : Système ABO

Gène à 3 allèles : IA (p) ; IB (q) ; IO (r)

6 génotypes

IAIA IAIO IAIB IBIB IBIO IOIO

36
Phénotypes Génotypes Fréquences Fréquences
génotypiques phénotypiques

A IAIA p² p²+2pr
IAIO 2pr
B IBIB q² q²+2qr
IBIO 2qr
AB IAIB 2pq 2pq
O IOIO r² r²

37
 Dans un groupe de 173 étudiants, on a dénombré

71 individus de type A (0,41), 17 B (0,10), 7 AB (0,04) et 78 0 (0,45).

Les fréquences alléliques se calculent par étapes

Pour l’allèle 0 : r² = 78/173 = 0,45

Donc la fréquence de O : r = √0,45 = 0,67

38
Pour les deux allèles A et O, les proportions des deux phénotypes A et O
sont représentées par :

O + A = r² + (2pr + p²) = (r + p)²

r + p = √O + A = √0,45 + 0,41 = √0,86 = 0,93

Donc la fréquence de A: p = 0,93 – 0,67 = 0,26

39
Pour les deux allèles B et O :

O + B = r² + (2qr + q²) = (r + q)²

r + q = √O + B = √0,45 + 0,10 = √0,55 = 0,74

Donc la fréquence de B, q = 0,74 – 0,67 = 0,07 = 1–0,6– 0,26

r = 0,67

p = 0,26
p+q+r = 1
q = 0,07

40
III - La loi de Hardy-Weinberg

En 1908, un mathématicien anglais, G.H. Hardy, et un médecin

allemand W. Weinberg ont formulé une loi connue sous le nom de
loi de Hardy-Weinberg..

Selon cette loi, les fréquences alléliques restent stables de génération en génération
dans une population diploïde idéale et ne dépendent que des fréquences de la
génération initiale. De plus, les fréquences génotypiques ne dépendent que des
fréquences alléliques

41
 Propriétés d'une "population idéale"

Population de grande taille, idéalement de taille infinie.

Les individus s'y unissent aléatoirement, impliquant l'union aléatoire des gamètes.
Il n'y a donc pas de choix du conjoint en fonction de son génotype.
la population est panmictique.

Pas de migration. Aucune copie allélique n'est apportée de l'extérieur.

Pas de mutation.

Pas de sélection

Les générations sont séparées.

42
 Démonstration de la loi de Hardy-Weiberg

Supposons que la taille de la population est égale à N

et considérons 1 locus à 2 allèles A et a possédant respectivement des fréquences p et

q = 1-p à la génération t.

Quelles vont être les fréquences des différents

génotypes AA, Aa et aa à la génération t + 1 ?

43
On peut aussi représenter les fréquences génotypiques en fonction des
fréquences alléliques:

Si les fréquences alléliques sont

comprises entre 1/3 et 2/3, les
hétérozygotes seront le génotype
le plus fréquent
dans la population

Fréquence génotypiques attendues sous

l'hypothèse d'équilibre d'Hardy-Weinberg ,
en fonction des fréquences alléliques

47
cette situation est généralisable à un locus avec plusieurs allèles A1, A2, ... , Ak.
Les fréquences des homozygotes AiAi sont égales à

et celles des hétérozygotes AiAj sont égales à

48
 Quelle est la fréquence p' de l'allèle A à la génération t + 1 ?
Par simple comptage, on a

soit respectivement la proportion des allèles A portés par les homozygotes et les
hétérozygotes, et donc

La fréquence de l'allèle A à la génération t + 1 est donc identique à

celle de la génération précédente et donc aussi à celle de la
génération initiale.

49
 Conséquences de la loi de Hardy-Weinberg

Les relations de dominance entre allèles n'ont aucun effet sur l'évolution des
fréquences alléliques.

Dans une population en équilibre de H.-W., il est possible de prédire les fréquences
des différents génotypes à partir des seules fréquences alléliques.

Les fréquences alléliques restent stables au cours du temps.

La ségrégation mendélienne aléatoire des chromosomes préserve la variabilité

génétique des populations.

L'évolution étant définie par un changement des fréquences alléliques, une

population diploïde idéale n'évolue pas.

Seules les violations des propriétés de la population idéale permettent le processus

évolutif
50
 Applicabilité de la loi de Hardy-Weinberg

Bien que les propriétés d'une population idéale apparaissent un

peu surréalistes, la plupart des populations présentent des
fréquences génotypiques en équilibre de H.-W. pour une grande
majorité des locus. Ceci est dû au fait que cet équilibre est avant
tout dû à la ségrégation aléatoire des chromosomes qui a lieu à
chaque génération

51
 Test de conformité

Teste si les observations faites dans une population naturelle sont conformes
aux valeurs théoriques attendues sous l’hypothèse que cette population est
en équilibre de H-W pour le gène considéré

Test CHI 2

52
Exemple

Groupes
sanguins
[M] [MN] [N]

Effectifs
observés
350 500 150

Fréq
phenotypiques
350/1000= 500/1000 = 150/1000 =
0,35 0,50 0,15

Fréq M = 0,35 +0,5/2 = 0,6 Fréq N + 0,15 + 0,5/2 = 0,4

53
Si population en équilibre de HW ( Ho) , on doit s’attendre à ce que les fréquences
génotypiques ne soient pas très différentes des valeurs

p2 2pq q2

Fréq theoriques
MM = p2 = 0,6 * 0,6
MN = 2pq = 2* 0,6 * 0,4 =
NN = 0,4 * 0,4

54
Groupes sanguins [M] [MN] [N]

Effectifs observés Oi 350 500 150 1000

Effectifs théoriques ti p*p*1000 = 360 2.p.q.1000 = *q*1000 = 1000

480 160

(ti-Oi)2 /ti 0,277 0,833 0,625

Somme (Oi- ti )2 /ti 1,736

Chi 2 cal = 1,736

55
 Chi 2 cal = 1,736

ddl = nombre de comparaisons effectuées pour le calcul de Chi2 moins le nombre de

paramètres expérimentaux distincts nécessaires pour le calcul des valeurs théoriques

On a ici 3 comparaisons ( 3 classes)

Param exp nécessaires pour le calcul des val théor : effectif total et fréq p (ou q) = 2

ddl = 3 – 2 = 1

56
 X suit la loi chi2 .
Pour n nombre de degrés de liberté et seuil de vraisemblance
(donc 1- risque d'erreur acceptée)
donnée la table fournit t tel que la probabilité p(X<T) =

n 0,01 0,025 0,05 0,1 0,5 0,9 0,95 0,975 0,99

1 0,0002 0,001 0,004 0,02 0,45 2,71 3,84 5,02 6,63

2 0,02 0,05 0,10 0,21 1,39 4,61 5,99 7,38 9,21

3 0,11 0,22 0,35 0,58 2,37 6,25 7,81 9,35 11,34

4 0,30 0,48 0,71 1,06 3,36 7,78 9,49 11,14 13,28

5 0,55 0,83 1,15 1,61 4,35 9,24 11,07 12,83 15,09

6 0,87 1,24 1,64 2,20 5,35 10,64 12,59 14,45 16,81

7 1,24 1,69 2,17 2,83 6,35 12,02 14,07 16,01 18,48

8 1,65 2,18 2,73 3,49 7,34 13,36 15,51 17,53 20,09

9 2,09 2,70 3,33 4,17 8,34 14,68 16,92 19,02 21,67

Chi 2 cal = 1,736 <3,84

57
 Chi 2 cal = 1,736 < 3,84

On accepte l’hypothèse Ho : population en équilibre de HW

c.à.d
Ecart des valeurs theo et observés est dû au hasard

58
 Exercice :

L’étude des groupes sanguins dans une population de 1000

personnes a donné les résultats suivants :

Groupe A : 460 B : 140 AB : 50 O : 350

Est-ce que cette population est en équilibre?

 Ho : cette population est en équilibre de HW

Phén Eff Fréq Génot Fré génotyp Eff theor

obs obs ypes si HW si HW
(ti-Oi)2 /ti

[A] p² p²+2pr 0.222

460 0,46 IAIA 2pr
IAIO

[B] q² q²+2qr 0.769

140 0.14 IBIB 2qr
IBIO

[AB] 50 0.05 IAIB 2pq 2pq 1.666

[O] 350 0.35 IOIO r² r² 0.277

TOTAL 1000 1
2.936

60
 On a 4 classes

On a 3 paramétres expérimentaux distincts nécessaires pour le calcul

des valeurs théoriques

3= 1 : effectifs théoriques + 2 (estimations à partir des

observations de p et q ( r est déduit de p et q: r=1-p-q)

Ddl = 4 – 3 = 1

2.936 < 3,84 donc , on accepte Ho : population en équilibre de HW

61