10/10/2017

S.V.T oujda s1 a s6

Chapitre 1
Caractéristiques générales des acides nucléiques (ADN et ARN)

1. Définition
Les acides nucléiques sont des macromolécules formées d’une longue
chaîne (brin) de monomère, appelés nucléotides.

La fonction principale des acides nucléiques

 Stockage sous forme stable de l’information génétique
 La transmission de l’information génétique
 L’expression de l’information génétique
 La réparation de l’information génétique

Les acides nucléiques sont de deux types :

- l’acide désoxyribonucléique (ADN)
- l’acide ribonucléique (ARN).

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1.1. L’ADN : Acide DésoxyriboNucléique:

une molécule essentielle dans tout système vivant :
♦ Elle constitue le support biochimique de l’information génétique.
♦ Elle contient sous forme codée les instructions qui déterminent
le développement et le fonctionnement d’un organisme
♦ Elle assure la transmission de cette information de
génération en génération, et cela avec la plus grande fidélité
possible. C’est ce qu’on appelle l’hérédité.

Chromosome

Réplication de l’ADN

Deux molécules d’ADN

1.2. Les ARN: Acides RiboNucléiques

Rôle de support de l’information afin :
♦ d’être traduit en protéines (ARN messager),
♦ ou bien un rôle structurale (ARN ribosomiques),
♦ ou de transport (ARN de transfert),
♦ Ils peuvent aussi être impliqués dans certains processus cellulaires comme la
transcription, l’épissage, la régulation de l’expression des gènes (petits ARN :
Sn RNA).

Noyau

Protéine

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1.3. Structure de l’ADN

- L'ADN est un polymère non ramifié formé d’un enchaînement de monomères appelés
nucléotides.
- Chez les eucaryotes,: Localisation : noyau cellulaire, mitochondries, chloroplastes.
- Dans le noyau, l’ADN est linéaire et représenté sous forme de chromosomes.

1.3. Structure de l’ADN

- Chez les procaryotes (organismes unicellulaires sans noyau), tels que les bactéries,
l’ADN est en général présent dans le cytoplasme sous la forme d’un seul chromosome
circulaire superenroulé.
Chromosome bactérien Plasmides

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Structure de l’ADN

Unité structurale de l’ADN

Les nucléotides :
Un nucléotide comporte trois
composants :

3
2

2-oxy-4-aminopyrimidine
5-méthyl-2, 4-dioxypyrimidine 2, 4-dioxypyrimidine

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Les sucres: quelques caractéristiques

- 2’ H est moins attaquable qu’un OH.

 Le désoxyribose confère à cet acide nucléique une plus
grande stabilité propre à sa fonction de conservation de
l’information génétique.
 En 3’ la position sera bloquée par la liaison phosphodiester

Phosphates
Le phosphate inorganique est un ion stable formé à partir de
l’acide phosphorique PO4H3. On l’écrit souvent Pi.

 Le groupement acide phosphorique donne aux acides nucléiques

leur caractère acide (chargés négativement à pH neutre).

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Liaisons

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Structure des acides nucléiques :

les nucléosides mono-, di- et tri-Phosphates

Polymérisation des Acides nucléiques

Enchaînement des nucléotides

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Le premier nucléotide de la chaîne porte, par une

Enchaînement des nucléotides
liaison ester sur le carbone 5’ de son ribose un
phosphate dont les deux autres fonctions acides
ne sont pas estérifiées. C’est l’extrémité 5’-
phosphate terminale de l’acide nucléique, qu’on
désigne par convention comme le début de la
séquence ou du fragment d’acide nucléique

PPi

1 molécule d’eau est éliminée entre un OH de

l’acide phosphorique et l’H de la fonction alcool
située en 3’ de l’ose
Liaison Phosphodiester
Nucléotide + Nucléotide Dinucléotide

Enchaînement des nucléotides

 Dans un acide nucléique, les nucléotides sont assemblés
entre eux par des liaisons phosphodiester associant le
désoxyribose de nucléotides voisins.
 Chaque phosphate lie le groupement hydroxyle (OH) du
carbone 3’ du désoxyribose d’un nucléotide à l’hydroxyle
du carbone 5’ du désoxyribose du nucléotide adjacent.
 Ainsi, le squelette désoxyribophosphate de la chaîne
polynucléotidique a la polarité spécifiée par les liaisons
phosphodiesters.
 La condensation se fait à partir d’un substrat « activé » :
un des nucléosides triphosphates.

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Sens de lecture d’un acide nucléique

Le squelette de l’ADN est formé
d’une succession de séquence de
sucre - phosphate.

Les 3'-hydroxyl et 5'-hydroxyl

groupements du désoxyribose sont
liés aux groupements phosphate

Le dernier nucléotide de la chaîne

porte une fonction alcool sur le
carbone 3’ de son ribose. Cette
fonction alcool n’est pas estérifiée.
C’est l’extrémité 3’-OH terminale de
l’acide nucléique, qu’on désigne par
convention comme la fin de la
séquence ou du fragment d’acide
nucléique.

Les expériences de Chargaff :

• Chargaff détermina la quantité relative de différentes bases dans des échantillons d’ADN.

• les rapports entre les 4 bases étaient assez variables suivant les types d’organismes
• Le nombre de purines égalait toujours le nombre de pyrimidines dans un
échantillon d’ADN donné :

• Ces observations ont suggéré que les nucléotides puriques et pyrimidiques soient
appariés dans l’ADN et ont mené à l’idée que des liaisons hydrogènes entre purines
d’une chaîne et pyrimidines de l’autre chaîne associent les brins de la double hélice.

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l’ADN est une double hélice car :

On dispose des données suivantes:

 Composition chimique de l’ADN est sucre, base et

phosphate
 Clichés de diffraction X en croix caractérisant la structure en
hélice
 Travaux de Chargaff sur le contenu en bases (A=T et G=C)
 Travaux en microscopie électronique montrant que le
diamètre de l’ADN est de 20 A suggérant que cette molécule
comportait 2 chaînes sucre - P

La double hélice d’ADN. Une molécule d’ADN est formée par deux brins d’ADN qui s’associent en
orientation opposée, avec les bases orientées vers l’intérieur et les squelettes sucre-phosphate en
surface. Les 2 brins s’enroulent en double hélice. La double hélice est stabilisée par des liaisons
hydrogène qui s’établissent entre les bases: les bases A ne peuvent s’apparier qu’avec les bases T, et
les bases C qu’avec les bases G. De ce fait, on dit que les 2 brins d’ADN sont de séquence inverse
complémentaire.

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L’enroulement en double hélice créé deux sillons, un majeur et un

mineur.

Caractéristiques de l'ADN
- elle est antiparallèle : L’ADN est formé de deux brins de
nucléotides. Ces deux brins sont disposés dans des directions
opposées. Un brin est orienté dans une direction 5’_3’, et le second
brin sera parallèle au premier et dans la direction inverse 3’-5’.
- elle est complémentaire : l’appariement des bases des deux
brins d’une molécule d’ADN se fait suivant la règle de
complémentarité: A toujours apparié avec T, C toujours apparié
avec G. Cette complémentarité repose sur des raisons stériques
(encombrement dans l’espace) et sur la formation de liaisons
hydrogène
- elle est hélicoïdale : dans l’espace les deux chaînes présentent une
configuration hélicoïdale. Elles s’enroulent autour d’un axe imaginaire
pour constituer une double hélice à rotation droite. L’ADN est en fait
composé de deux brins se faisant face, et formant une double hélice
-Comme une molécule d’ADN est double-brin, on dit qu’elle est
bicaténaire
- La double hélice de l’ADN est stabilisée par :
1- les liaisons hydrogènes entre les bases ;
2 - Les interactions hydrophobes et électroniques entre les bases ;
3- Les interactions des groupements sucre et phosphate avec le milieu aqueux
(interactions hydrophiles).

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La double hélice (travers) : La double hélice (axe):

les bases azotées sont parallèles entre • Les désoxyriboses et les

elles, leurs noyaux empilés comme des phosphates se trouve à l’extérieur
assiettes au centre de la double hélice. de la molécule.

• Les bases azotées sont tournées vers l’intérieur

de la double hélice. Les nucléotides
complémentaires n’étant pas tout à fait
diamétralement opposés, l’axe de l’hélice est vide.

Des changements de conformation des sucres et des bases

produisent différentes formes d’hélices: A, B & Z

La forme (B) La plus répandue dans la cellule

une double hélice droite.
♦ Les bases qui la composent sont planes et forment des
plans parallèles dans la double hélice.
♦ Ces plans sont perpendiculaires au grand axe de la double
hélice. Un tour = un pas = 10 paires de bases =34A.
♦ Les groupements phosphates créent des arêtes formant
deux sillons.
♦ C’est au niveau des ces sillons que s’effectuent les
interactions avec les facteurs de transcription permettant la
régulation de l’expression des gènes.

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La forme (A)
 Une hélice droite,
 diamètre plus grand,
 de pas plus petit (donc, plus resserre que l’hélice (B) Les plans
de paires de bases sont inclinés de 20° par rapport au plan
perpendiculaire au grand axe.
 Elles se trouvent en très faible quantité.
 Stable en milieu anhydre: apparaît si hygrométrie < 75%

La forme (Z)

 Hélice gauche (lévogyre).

 Physiologique mais présente en très faible quantité.

 Elle est stable à haute concentration en sel dans laquelle

la ligne qui joint les centres de gravite des
désoxyribonucléiques semblent former un zigzag lorsqu’on
les regarde de côté.

1- Taille des acides nucléiques :

La taille des acides nucléiques est exprimée en trois unités selon l'usage :
- la longueur
- la masse moléculaire en Dalton (Da).
- le nombre de nucléotides (ou bases), noté b, pour les molécules simple brin et le
nombre de paires de base, noté pb, pour les molécules double brin.
Pour les ARN, le nombre de nucléotides varie de plusieurs dizaines à plusieurs milliers :
- ARN ribosomaux : de 100 à 5000 b
- ARN de transfert : de 75 à 90 b
- ARN messagers : fonction du gène transcrit

Pour les ADN, le nombre de nucléotides varie de 5000 à plus de 100 millions de pb.

2- Solubilité :

L’ADN devient un sel d’acide en milieux aqueux et est ainsi soluble.

Il précipite en présence d’éthanol et d’une forte concentration saline. Cette

propriété permet sa purification.

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3- La charge :
- La charge de ces molécules à pH physiologique est négative.
- Charge dont la contribution est uniquement due aux groupements phosphates (à ce
pH, les bases ne portent aucune charge).
- Cette propriété est utilisée pour les séparer par électrophorèse.

4- Spectre d’absorption
Les hétérocycles des différentes bases ainsi que leurs dérivés, nucléosides ou
nucléotides, présentent des spectres d'absorption caractéristiques dans l'ultraviolet
et sous forme de courbe en cloche entre 230 et 320 nm avec un pic à 260 nm
L’absorbance à 260 nm est beaucoup plus intense
lorsque l’ADN est sous forme simple brin (facteur 12
à 40% à quantité de base égales évidemment).
Les protéines absorbent un peu à 260 nm, mais
surtout à 280 nm. Cette absorption dans l’UV
permet de détecter, de doser les acides nucléiques
et d’estimer la contamination par les protéines lors
de la purification des acides nucléiques.

5- Dénaturation et renaturation :
hybridation des brins de la double hélice :
 Les liaisons hydrogène qui maintiennent la structure en double hélice sont des
forces faibles
 Des quantités relativement petites d’énergie peuvent séparer les deux brins- un
processus appelée : dénaturation ou fusion.
 En solution, l’ADN en double hélice est aisément dénaturé en ses chaînes
polynucléotidiques simples, par chauffage à près de 100°C, ou par des agents déstabilisent
les liaisons hydrogènes comme les solutions alcalines ou les solutions concentrées de
formamide ou d’urée.
 La dénaturation se fait également si les liaisons hydrogènes entre les bases des deux
chaînes sont rompues à des PH extrêmes (inférieur à 3 ou supérieur 10).

Renaturation
(exige des
Chaleur, conditions
OH- particulières

État natif État dénaturé simple brin État renaturé

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Température de fusion « melting temperature » Tm

Tm = la température pour parvenir à 50% de séparation de deux brins.
La Tm est influencée par deux facteurs principaux :
- sa taille (exprimée en nombre de bases, kb ou Mb …)
- son rapport (A+T)/(C+G) (composition en bases de l’ADN)
- par une variété de facteurs (tels que les cations monovalents ou divalents (Mg, Cu), les
polyamines et les protéines). Les brins d’une molécule donnée d’ADN se séparent à
l’intérieur d’une échelle de températures.

- Détermination de la température de fusion (Tm ) :

L’ADN est dissoute dans une solution saline standard à pH avoisinant

la neutralité.

La solution est placée dans une cuve de quartz dans un

spectrophotomètre puis la cuvette est chauffée doucement et on la
lecture se fait à 260 puis on trace la courbe DO en fonction de la
température.

La propriété de dénaturation est visible par lecture de l’absorption

optique de la solution contenant l’ADN à 260 nm. la densité optique
augmente au cours du désappariement (effet hyperchrome), dû à une
perte de l’empilement des bases (stacking) conduisant une meilleure
excitabilité des e- des cycles aromatiques des bases azotées.
L’énergie thermique apportée devient alors suffisante
pour rompre les liaisons H inter-brins.

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Ce sont d’abord les appariements A-T

qui se séparent les premiers au cours
de la montée de la température suivis
des G-C. Lors d’une élévation
progressive de la température, il se
forme des yeux d’ouvertures dans
l’ADN.

La température de fusion correspond au

domaine de température étroit dont le point
moyen est la Tm.
Un poly AT a une Tm de 70°C ; un poly GC a
une température entre 100 et 130°C.

L’effet hyperchrome :
L’effet hyperchrome de l’ADN consiste en un chauffage d’une solution d’ADN.
On assiste alors à une diminution de la viscosité et une augmentation
concomitante de la densité optique à 260 nm.

Variation de Tm en fonction de contenu en G et C

• L’ADN riche en paires G-C, qui ont trois liaisons hydrogène, fond à une température
plus élevée que celui riche en paires A-T, qui ont deux liaisons hydrogène.
• Plusieurs formules empiriques permettent de calculer la valeur de la
température de fusion. Elles tiennent compte du pourcentage de bases (G+C), la
taille de la molécule, de la salinité du milieu ainsi que de divers facteurs
correctifs, tels que la présence de structures secondaires intra ou extra
moléculaires (repliement de l’ADN sur lui-même, formation d’appariements
entre deux brins).
• Calcul du Tm:
Oligonucléotide inférieur à 20nt : Tm = (A+T)x2 + (G+C)x4
Oligonucléotide supérieur à 20nt : Tm =[ (A+T)x2 + (G+C)x4] x (1+{(N-20)/20})
Polynucléotide supérieur à 100nt : Tm = 81,5 + 16,6(log10[Na+]) + 0,41[(G+C)/N] – (600/N)

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Renaturation de l’ADN
 La dénaturation est un processus réversible et la reformation de la double hélice
d’ADN peut se faire même lorsque les deux brins ont été totalement séparés.

 Ce processus, appelé renaturation ou réassociation se produit si la température ou

le pH sont diminués. Si le changement de température ou de pH est graduel, les deux
brins s’alignent correctement et reforment toutes les paires de bases originelles.

 Cette propriété est également employée dans les techniques d’hybridation

nucléaire avec les sondes d’acide nucléiques (southern blot pour l’ADN et northern
blot pour l’ARN…).
Hybridation = Association spontanée, spécifique et réversible de deux brins d’ADN
complémentaires.
– spécifique : une séquence d’ADN monobrin ne peut s’apparier qu’à la séquence qui
lui est complémentaire dans le génome.

– réversible : En jouant sur les conditions expérimentales (température) on peut

entraîner ou briser (dissociation) l’hybridation de deux molécules d’ADN.

Les ARN présentent plusieurs caractéristiques propres et qui les opposent à l'ADN :
- Ils sont plus courts : (70 à 10000 nucléotides).
- Le sucre : le ribose (à la place du 2’-désoxyribose présent dans les ADN).

Les bases pyrimidiques et puriques qui sont A, C, G et U. L’uracile (U) remplace donc
la thymine (T) présent dans l'ADN;

 Une seule chaîne nucléotidique au lieu de deux dans les ADN. On dit que les ARN
sont monocaténaire (ou simple brin), (exception : certains virus possèdent un ARN
bicaténaire). Cette unique chaîne est plus courte que les chaînes d’ADN.
Structures secondaires : dans une même chaîne d’ARN des portions peuvent être sous
forme bicaténaire (ou double brin) avec un appariement suivant la règle : A apparié avec U
(deux liaisons hydrogène) et C apparié avec G (trois liaisons hydrogène). Dès lors, au niveau
des appariements.
on aura la constitution de sortes de tiges et des boucles.

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Boucle Epingle à cheveux

a- Les ARN messager (ou ARNm) :

• Les ARN messagers constituent le support essentiel de l’information
génétique entre l’ADN et le ribosome où s’effectuera la synthèse
protéique.

• Les ARNm sont très rapidement synthétisés et dégradés, leur durée de

vie est très courte.

• Ils sont formés d’une seule chaîne de nucléotides avec les bases
communes aux ARN : A, U, C et G. Cette chaîne comporte une succession
de triplets nucléotidiques. Chaque triplet nucléotidique constitue un
codon.

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b- Les ARN de transfert (ou ARNt) :

Les ARNt présentent la structure générale des ARN, mais ils possèdent en plus
quelques particularités propres : certaines portions de la séquence
nucléotidique s'apparient entre elles pour former un ARN double brin. En
structure spatiale, on présente souvent les ARNt sous forme de trèfle.

c- Les ARN ribosomiques (ou ARNr) :

Les ribosomes sont des organites intra-cellulaires situés dans le cytoplasme et
qui sont l’usine de fabrication des protéines de la cellule (voir la partie du
cours sur la traduction). Les ARNr jouent un rôle essentiel dans la structure et
le maintien de l’intégrité des ribosomes en association avec les protéines
ribosomales.

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Caryotype : ensemble des chromosomes d'un

individu classés par paires d'homologues, par
morphologie identique, par la place du
centromère, par bandes identiques
(sombres/claires) et par ordre décroissant de
taille.
Les chromosomes ont des tailles et des formes
variées, avec des caractéristiques qui permettent
aux cytogénéticiens de les identifier

Les chromosomes = structures filiformes qui

contiennent l’ADN .

1 Chromosome = 1 molécule d’ADN

 Un chromosome non mitotique correspond à une chromatide.

 Les chromosomes se dupliquent lors de la phase S du

cycle cellulaire avant d’entrer en mitose.

 Un chromosome mitotique donne deux chromosomes identiques attachés l’un à l’autre

au niveau du centromère.

 Lors de la mitose, les chromosomes se condensent et sont inactifs sur le plan

transcriptionnel (les gènes ne s’expriment pas, sauf ceux des histones).

 Si l’on considère les molécules d’ADN humain porté par les 46 chromosomes:
 représente l’équivalent de 3.109 paires de bases.
 Le plus grand chr. = 85 mm (85000 µm)

 Or, cette molécule d’ADN rentre dans un noyau cellulaire de quelques µmètres (6 µm).

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Chaque molécule d’ADN présente différents niveaux d'enroulement et de compaction.

Dans le noyau des cellules eucaryote, l’ADN n’est pas nu, il est associé à d’autres
constituants pour constituer la chromatine.
La chromatine est constituée de : l’ADN, des ARN, d’une classe bien définie de protéines
appelée : les histones, ainsi que de nombreuses autres protéines.

Euchromatine : claire, décompactée et active (riche en gènes transcrits).

Hétérochromatine : dense, compacte, inactive sur le plan transcriptionnel.
les dernières à se répliquer lors de la phase S.
L’hétérochromatine facultative

- L’état de condensation de la chromatine change d’une cellule à

une autre et d’un moment à un autre. Elle peut passer à l’état de
l’euchromatine.

L’hétérochromatine constitutive
- Ne se décondense pas durant l’interphase et qui se situe dans les régions
juxta-centromériques de tous les chromosomes chez presque toutes les
espèces, mais parfois dans d’autres régions aussi, par exemple sur le
chromosome Y.
- Fonction inconnue.

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Portion de la double
hélice d’ADN

Enroulement en ‘chapelet de perles’ de la

chromatine (une ‘perle’=un nucléosome

Surenroulement en hélice
nucléosomes empilés : solénoïde

Le solénoïde forme des boucles

qui se fixent à l’armature centrale.

L’armature et les boucles s’organisent en

un superenroulement géant.

La compaction est maximale dans le

chromosome métaphasique : chaque molécule
d’ADN et 50000 fois plus courte.

Le nucléosome :

L’unité structurale de base de la chromatine est constituée de petites

boules de 100 Å de diamètre appelées : Nucléosome. Les nucléosomes sont
reliés entre eux par une séquence d’ADN : l’ADN linker.
Un nucléosome est formé de : 8 histones (2 fois : H2a, H2b, H3 et H4)
autour duquel s’enroule une portion d’ADN double brin de 146 paires de
bases et qui est répété indéfiniment, donnant un aspect en “ chapelet de
perles ” à la fibre de chromatine d’environ 11 nm d’épaisseur.

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Solénoïde

Les protéines histones :

• Protéines de petit poids moléculaire (11-14 kDa), riches en acides aminés
basiques.
• Elles ont un rôle de protection de l’ADN vis-à-vis des enzymes qui le
dégradent.
• Elles permettent aussi l’accessibilité du grand et de petit sillon de l’ADN, lieu
d’interaction : ADN-facteurs de transcription.
• Très conservées.
• Au niveau des extrémités NH2 et COOH, on trouve deux bras riches en
acides aminés basiques (Lysine et Arginine). Ces régions sont chargées
positivement, ce qui permet d’interagir avec les charges négatives des
groupements phosphates des molécules d’ADN.

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Chromosome humain en métaphase après élimination des histones.

Notion du gène
♦ Le mot gène, introduit par W. Johannsen en 1910 = une hypothétique unité d’information
qui contrôle la transmission héréditaire d’un trait distinctif chez un organisme particulier.

Gène = d'acide désoxyribonucléique, constituant une unité physique et fonctionnelle, qui

mène à la formation d’un produit spécifique et fonctionnel du gène qui peut être soit une
molécule d’ARN, soit une protéine.

Unité de transcription
Un gène englobe:
• les nucléotides spécifiant la protéine (c'est-à-dire la région codantes) ou un ARN
fonctionnel (ARNr ou ARNt),
• et toutes les séquences d'ADN nécessaires à la formation du transcrit primaire.

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1- Les gènes procaryotes * Généralement, des régions codantes non interrompues.

Promoteur

1- Les gènes procaryotes : gènes polycistroniques

• Les gènes codant pour des enzymes contribuant à une fonction commune
sont d'habitude groupés sur le chromosome bactérien;
• Exemple: les cinq gènes codant les enzymes nécessaires à la synthèse de
tryptophane à partir de petites molécules précurseur se trouvent serrés
sur un morceau de 7 kb du génome de E. coli.
• Les gènes de cet amas forment une seule unité de transcription appelée
opéron.
• Une seule mutation peut influencer l'expression de plusieurs protéines.

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2- Les gènes eucaryotes

Eléments de
contrôle proximaux Promoteur Unité de transcription

Le promoteur : Les séquences minimales exigées pour une initiation de la

transcription correcte.
C’est l'emplacement où se lie l'ensemble de l'appareil de transcription et de
ses facteurs accessoires pour ouvrir l'ADN et initier la transcription

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Région régulatrice : Les éléments de séquence qui déterminent la fréquence d’initiation

de la transcription ; ceci comprend les séquences responsables de l’inductibilité et de la
répressibilité de la transcription et de la spécificité cellulaire, tissulaire et temporelle de
la transcription. Parmi celles-ci, il y a les éléments activateurs ou amplificateurs
(Enhancers) et les éléments modérateurs (Silencers).

L’unité de transcription : constituée par le segment d’ADN continu codant pour la séquence
du transcrit primaire ; ceci inclut :
1. les exons, c’est la séquence codante de l’ARN mature (ARNm, ARNt, ou ARNr..) ou de la
protéine produite
2. les introns
3. les séquences leader 5’ (5’ UTR) la queue 3’ (3’UTR).

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2- Les gènes des eucaryotes

Modifications post-transcriptionnelles :

Coiffe : Me-G-ppp-5’
Excision - épissage Queue poly-A

Modifications post-transcriptionnelles :

Coiffe : Me-G-ppp-5’

Une enzyme ajoute un nucléotide à Guanine sur les phosphates du Carbone 5’ du premier
nucléotide du transcrit et transfère des radicaux méthyle sur les premiers nucléotides. Ces
modifications font un début commun à tous les transcrits primaires précurseurs des RNA
messagers.

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Modifications post-transcriptionnelles :
Excision - épissage : les parties non codantes de la structure primaire du
transcrit sont coupées et les parties codantes rassemblées

Après l’excision des introns et l’épissage des exons, le messager ne contient

plus que les exons réunis en une seule séquence codante.

Modifications post-transcriptionnelles :

ARNm mature
Queue poly-A

Une enzyme coupe le transcrit environ 10 à 20 nucléotides au delà de

la séquence AAUAAA et synthétise sur le Carbone 3’ libre du dernier
nucléotide du transcrit restant une longue chaîne de 500 à 2000
nucléotides à Adénine polycondensés.

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Organisation des génomes

Structure des génomes

Tailles comparées de différents génomes: Les tailles des génomes sont

données en paire de nucléotides par génomes haploïdes.

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Le paradoxe de la valeur C

La valeur C = la quantité d’ADN dans un génome haploïde.

Cette valeur est de 3. 109 pb pour le génome humain.

• Si on compare la valeur C de différentes espèces, on devrait

s’attendre à ce qu’elle augmente en fonction de la complexité
d’un organisme.

• Certaines amibes ont un génome 200 fois plus grand que celui
de l’homme.
Il y a donc beaucoup plus d’ADN que prévu. Il y a donc un
paradoxe.

Taille du génome Nbre de gènes

(nucléotides) (protein-coding)

Amoeba dubia ~ 670 000 000 000 ?

Psilotum nudum ~ 250 000 000 000 ?

Fritillaria assyriaca ~ 100 000 000 000 ?

Necturus lewisi ~100 000 000 000 ?

Homo sapiens 3.200 000 000 30 000

Vitis vinifera 487 000 000 30 400

Drosophila melanogaster 160 000 000 14 000

Arabidopsis thaliana 115 000 000 28 000

Caenorhabditis elegans 98 000 000 19 400

Saccharomyces cerevisiae 12 500 000 5 800

Escherichia coli 4 600 000 4 300

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• E. coli possède environ 4,300 gènes, pour un génome de 4.6 x 106 pb

l’homme 30,000 gènes, pour un génome de 3 x 109 pb.

Donc le génome humain est environ 600x plus grand, mais ne contient
qu’environ 5 fois plus de gènes.

Donc le génome humain est environ 600x plus grand, mais ne contient
qu’environ 5 fois plus de gènes.

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Génome humain
3100 Mb

Gènes et séquences de gènes ADN intergénique

Séquences Répétitions Autres régions

Gènes (Exons) apparentées intercalées intergéniques

Pseudogènes Microsatellites
LINES

Fragments de Divers
gènes SINES

Introns, UTRs
Eléments LTR

Transposons ADN

Types de séquences dans un génome

Pour comprendre comment on évalue la complexité du génome, on a
considère deux propriétés très importantes de la double hélice :
- la possibilité de se séparer en deux brins élémentaires lorsqu’ on
chauffe progressivement la solution d’ADN, c’est la dénaturation,
- la possibilité des molécules d’ADN monocaténaires
complémentaires de se réassocier lorsque la solution est refroidie
lentement. C’est la renaturation.
Facteurs influencent la vitesse de renaturation d’une préparation
d’ADN
1) la force ionique de la solution. +++
2) la température.
3) la concentration d’ADN.
4) la durée d’incubation.
5) la taille des molécules qui interagissent.

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Expérience :

Dénaturer puis à réassocier une molécule d’ADN dont

l’appariement des bases est parfait.

Si on a un grand génome, il faut au préalable casser

mécaniquement l’ADN en fragments de quelques milliers de
paires de bases pour favoriser l’association. Ce procédé est
exécuté par les ultrasons.

• Concentration de l’ADN et temps : notion de Cot et de Rot.

L’hybridation des séquences nucléiques est aléatoire. Cependant, si la

concentration de l’ADN est grande, le nombre de copies hybridées sera grand.
 Il en résulte donc que la vitesse d’hybridation augmente lorsque
la concentration de l’ADN augmente.
 la probabilité d’association des brins complémentaires est
importante lorsque le temps est long.
L’hybridation est quantifiée en fonction de ces deux variables prises ensembles
: C0 et t
Pour le cas des ADN, cette variable est nommée le Cot,
Pour le cas des hybrides ADN/ARN, elle est dite le Rot :

C0 =
concentration initiale en DNA monocaténaire T = temps exprimé en secondes
au temps 0 ( mol de nucléotide/l)

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 10/10/2017

courbe cot
Méthode d’estimation de l’hétérogénéité des séquences d’une préparation
d’ADN, basée sur l’observation que plus l’ADN est homogène et plus facilement
(plus rapidement) la réassociation d’un ADN simple brin peut se produire.
La courbe de cot représente la concentration en ADN double brin en fonction du
produit de la concentration totale en ADN par le temps d’incubation.

Cot (1/2) :
Le cot (produit de la concentration initiale et du temps) auquel la moitié de l’ADN a
été renaturé est le demi-cot, un paramètre indiquant le degré d’hétérogénéité d’un
mélange complexe et l’étendue de la complémentarité, dans un mélange de deux
molécules, d’ADN simple brin.

Complexité des génomes viraux et bactériens

Cot 1/2 (E. Coli) = 9 mol.s/l,

Cot 1/2 (T4) = 0,3 mol.s/l.

Le DNA d’E. Coli se réassocie environ 30 fois plus lentement que celui du phage T4.
La raison de cette différence est due au fait que le génome E. Coli est plus grand
que celui du phage T4

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 10/10/2017

Complexité des génomes eucaryotes

Trois types d'ADN différents : le premier type se renature très rapidement, le

second se renature nettement plus lentement, le troisième il ne se renature que
très lentement.

Interprétation

1. L'ADN qui se renature rapidement n'a 3

aucun mal à retrouver un brin qui lui soit
complémentaire parce qu'il contient une (ou
2
des) séquence très fréquente.

1
2. Le second se renature nettement plus
lentement.

3. Le troisième type a beaucoup de mal à

retrouver son complément parce que cette
séquence est " unique ".

L’hybridation moléculaire va permettre de mettre en évidence l’existence de

séquences hautement répétées et moyennement répétées, et de séquences
uniques dans les génomes d’eucaryotes.

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 10/10/2017

Séquences
uniques
Génome humain
3100 Mb

Gènes et séquences de gènes ADN intergénique

Séquences Répétitions Autres régions

Gènes (Exons) apparentées intercalées intergéniques

Microsatellites
Minisatellites
Pseudogènes LINES Satellites

ADN modérément Divers

Fragments de
répété gènes SINES
(voir cours S4-génét.molé.)

Introns, UTRs
Eléments LTR
ADN fortement
répété (5 – 300 pb)
(105 copies) Familles de gènes
(Histones, ARNt..) Transposons ADN

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S.V.T oujda s1 a s6

REPLICATION DE L’ADN

• Les acides nucléiques sont des acteurs majeurs de différents processus cellulaires et
principalement de la transmission et du décodage de l’information génétique par des
mécanismes centraux et universels que sont:
- la réplication de l’ADN,
- la transcription de l’ARN
- et la traduction du message génétique en protéines

• La duplication intégrale de l'ADN afin de générer deux copies exactes au

niveau moléculaire est appelé réplication.

ADN parental

2 ADN identiques

1
 10/10/2017

REPLICATION DE L’ADN

1. La réplication de l’ADN doit être absolument parfaite et il ne peut pas se

permettre de faire même une seule erreur.
Même si de telles erreurs sont faites, elles doivent être réparées
immédiatement. Ceci est exactement ce qui se passe lors de la réplication.

2. La réplication permet de transmettre l’information contenue dans l’ADN de

générations en générations par la division cellulaire.
Les cellules filles ont le même patrimoine génétique : celui de la cellule mère.
C’est une reproduction à l’identique de l’ADN .

3. Pour la cellule procaryote, la réplication de l’ADN se fait simultanément a la

division cellulaire.

4. Pour la cellule eucaryote, la cellule obéit a un cycle cellulaire : la réplication de

l’ADN et la division de la cellule sont séparées dans le temps :
- Phase S = synthèse d’ADN.
- Phase M = Mitose : Ségrégation des chromosomes et division cellulaire.

Les principes de la réplication

Quel est le mode de réplication de l’ADN ?
3 hypothèses:

1. Dans le modèle semi-conservatif, les deux

brins parentaux sont séparés et chacun fait
une copie de lui-même.

2. Après un tour de la réplication, les deux

molécules filles comprennent chacune un
ancien et un nouveau brin.

3. Notez que, après deux tours, deux des

molécules d'ADN se composent uniquement
d'un nouveau matériau, tandis que les deux
autres contiennent un ancien et un nouveau
brin.

2
 10/10/2017

Dans le modèle conservatif:

1. La molécule parentale dirige la

synthèse d'une toute nouvelle
molécule double brin, de sorte
qu'après un tour de réplication,
une molécule fille a conservé les
deux brins anciens.

2. Ceci est répété dans la

deuxième réplication.

Dans le modèle dispersif:

L’ADN dans les deux brins

parentaux est répartie plus ou
moins aléatoirement entre deux
molécules filles.

3
 10/10/2017

Croisssance des bactéries ds N15

Transférer les cell. dans N14,

1. Culture des bactéries
Croissance pour plusieurs générations dans un milieu
pour 1 génération
contenant des ions ammonium (NH4+) constitués d'azote 15 (N15)
(isotope lourd), comme source d’azote:
Les bactéries fabriquent leurs nucléotides à partir de ces ions ammonium
et les utilisent pour synthétiser leur ADN.
Au début de l'expérience, la quasi-totalité L'ADN a été marqué
uniformément avec N15
Croissance pour La 2ème
génération dans N14,
2. Centrifugation de l’ADN par ultra-centrifugation sur gradient du ClCs
pour séparer les molécules d’ADN selon leur densité :

ADN (N14) : léger (haut du tube du gradient) +Densité

ADN (N15) : Dense (bas du tube du gradient)

Croisssance des bactéries ds N15 0 0 1 2

Transférer les cell. dans N14, La densité de N15 est

Croissance pour 1 génération supérieure à la densité de
1 N14

ADN lourd (N15/N15)

ADN hybride (N15/N14)

Croissance pour La 2ème
génération dans N14,
2
ADN léger (N14/N14)

ADN hybride (N15/N14)

4
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Croisssance des bactéries ds N15

ADN parental
Transférer les cell. dans N14,
Croissance pour 1 génération

Croissance pour La 2ème

génération dans N14,

5
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La réplication est semi-conservative

Modèle semi-conservatif Modèle conservatif Modèle dispersif

Après
1ère
réplication

Après
XX Après
1ère
réplication

Après
Après
1ère
réplication

Après
2ème 2ème 2ème
répli. répli. répli.

Exercice 1.

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Exercice 2.

Les principes de la réplication

7
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1. La polymérisation s’effectue dans le sens 5’ → 3’. L’ADN polymérase transfère le

5’-phosphate du dNTP au 3’-OH de la chaîne qui s’allonge. Cette réaction est
couplée à l’hydrolyse du dNTP avec libération de pyrophosphate (PPi).

5’
Nouveau brin Brin matrice 5’ 3’

Liaison
Phosphodiester

Polymérisation :
sens 5’ → 3’.

Les principes de la réplication

2. La réplication est semi-conservative
3. La réplication est bidirectionnelle (de façon antiparallèle):
un sens pour un brin et l’autre sens pour l’autre brin.

4. La polymérisation se fait de façon complémentaire A-T et G-C.

5. L’ADN est répliqué par des enzymes appelées ADN polymérases, des enzymes
qui utilisent un brin d’ADN comme matrice pour synthétiser le brin
complémentaire.

6. La polymérisation s’effectue en utilisant des désoxyribonucléotides triphosphate

(dNTP) comme substrats : dATP, dCTP, dGTP et dTTP.

8
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Les principes de la réplication

7. La réplication, commence ou initie à un site prédéterminé appelé Origine (ORI) de
la réplication formé de deux fourches de réplication. Elle se propage simultanément
de part et d’autre de l’origine de réplication.

Fourche de
Procaryotes réplication

Origine de réplication (ORI)

Eucaryotes

8. La réplication se termine au niveau d’un site prédéterminé appelé TER. Un

ADN ayant une origine et un site TER est appelé un réplicon.

Les principes de la réplication

9. Les ADN polymérases ont besoin d’une amorce d’ARN.
Elles ne peuvent pas initier une chaîne d’ADN à zéro, elles ne peuvent qu’allonger
une chaîne polynucléotidique existante à partir d’une fonction 3’-OH libre.

(Ceci est une différence importante entre les ADN et ARN polymérases, ces dernières
initiant la transcription sans amorce).

Amorce

Réplication

9
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1. Les hélicases :
Enzymes spécialisées dans la séparation des deux brins d’ADN grâce a l’énérgie
fournie par l’hydrolyse de l’ATP.

2. Les SSB (Single-Strand Binding proteins):

Protéines de liaison de l’ADN monobrin, elles maintiennent les deux brins d’ADN
séparés et les empêchent de se réassocier. Elles agissent suite aux hélicases.

3. Les Primases :
• Les ADN polymérases ne peuvent fonctionner qu'a partir d'une amorce.
• La primase est une enzyme (appartenant à un complexe protéique = primosome) qui
synthétise ces amorces.
• C'est une ARN polymérase, qui est capable de synthétiser un brin d'ARN.
• Elle synthétise des amorces de 2 à 5 bases pour les procaryotes et de 4 a 10 bases
pour les eucaryotes.
• Les substrats utilisés sont des NTP.
Les amorces étant constituées d'ARN, elles seront ensuite éliminées.

10
 10/10/2017

4. Les Topo-isomérases
la séparation de l’ADN par les hélicases entraine la formation de super-tours aux deux
extrémités de l’ADN, car celui-ci est ≪ fixe ≫ à ses extrémités. Le rôle des topo-isomérases
est de supprimer ces super-tours. Pour ce faire, elle va couper l’un des deux brins au niveau
d’une liaison phosphodiester, puis resynthétiser cette liaison.

5. Les ADN polymérases (voir plus loin)

6. L’ADN Ligase :
• C'est l'enzyme qui va unir deux d’ADN synthétisés (fragments d'Okazaki).
• L’ADN polymérase I supprime la matrice d'ARN (après élongation avec l’ADN polymérase
III) grâce a son activité5'-exonucléase puis re-synthétise la suite du brin.
• Lorsque l’ADN polymérase I arrive au niveau du fragment suivant, il manque une liaison
phosphodiester entre les deux fragments, qui sera synthetisée par la ligase.

Enzyme Gène Fonction

Protéine dnaA Initie la réplication en se fixant sur les
initiatrice boîtes de 9 bp de la région Ori
Hélicase dnaB Protéine qui sépare le double brin d'ADN

DnaC dnaC Se lie à l’hélicase pour l’amener à Ori.

SSB ssb Protéine qui fixe les simples brins d'ADN

pour les empêcher de se réassocier
Primase DnaG Synthèse des amorces d’ARN
Ligase lig Lie entre eux les différents fragments
d'ADN du brin suivant
Gyrases gyrA, gyrB Réduit les torsades formées par la
progression de la fourche et catalyse le
Super-enroulement de l’ADN répliqué
TBP (ter binding tus Bloque les fourches de réplication
protein) (Terminaison de la réplication)
DNA polymérases Synthèse d’ADN, réparation

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 10/10/2017

1. Initiation de la réplication
- L’ origine de réplication :
• Elle est nécessaire pour initier le processus de réplication de l’ADN et maintenir le
nombre de copies chromosomiques. Ces origines de réplication sont appelées ARS :
Autonomously Replication Sequence, caractérisées initialement chez la levure.
• La réplication commence à l’origine de réplication (OriC) puis elle progresse autour.

Origine de Brin matrice

réplication ADN noeuf

Fourches de
réplication

ADN

• Quand on réplique la moitié du chromosome on obtient une structure

intermédiaire sous forme de la lettre grec téta θ. Le site de l’origine de la
réplication qui est unique a été identifié par après. Il s’agit d’ séquence de 245
nucléotides riche en AT (oriC) reconnue par les protéines spécifiques de la
réplication.
• La réplication du chromosome bactérien commence donc au niveau de l’origine
oriC et progresse jusqu’à la réplication compète de tout le chromosome ce qui
constitue une seule unité de réplication.
2 ADN filles
Fourches de Forme téta θ
Bulle de réplication
réplication

Origine de réplication chez E. coli

• Une unité d’ADN qui se réplique sous le contrôle d’une seule origine de réplication
est dite réplicon.

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Preuve de la polymérisation dans les deux sens des chaînes d'ADN

La microscopie électronique nous montre
que la progression de la réplication est
bidirectionnelle ce qui est confirmé par
une expérience de marquage à la
thymidine tritiée.

1. Reconnaissance de la séquence d’origine

Le chromosome circulaire de E. coli a une origine de réplication unique (oriC). La
séquence minimale requise est de 245 pb qui contient plusieurs sites critiques. Les
protéines initiatrices se lient à oriC et provoquent une courte section de l'ADN pour
se détendre.

DnaA : Les protéines

initiatrices se fixent à
oriC

Déroulement de l’ADN

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Origine de réplication :
4 Sites (9 pb) de fixation des protéines initiatrices
DnaA
3 Répétions en tandem de 13 pb

5’
3’

3’
5’

2. Formation de primosome, ouverture du double et stabilisation des brins simples:

Le dénouement permet à l’hélicase et d'autres protéines (SSB) de s’attacher au brin d’ADN:

(DnaB)

-Les Hélicases se lient à chaque brin à chaque fourche de réplication et se déplacent dans
le sens 5’: 3’ déplaçant ainsi également la fourche de réplication en coupant les liaisons
hydrogènes entre les bases.
- Les SSB stabilisent les brins simples.

Déroulement de Déroulement de
l’ADN l’ADN

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3. L’ADN gyrase (topoisomérase) réduit la tension de torsion qui se forme en avant

sur la fourche de réplication à la suite du dénouement de la double hélice en faisant
une cassure double brin.
4. La primase synthétise de courts segments d’ARN, fournissant un groupe 3'-OH
dans lequel l'ADN polymérase peut ajouter des nucléotides.
Ces amorces sont plus tard enlevés et remplacés par des nucléotides d'ADN.
Amorce

2. Elongation
Réplication continue Amorce

L’ADN polymérase allonge le brin d’ADN en catalysant la polymérisation.

Primosome = Hélicase (dnaB) + Primase (dnaG)

Les ADN polymérases

• Un pas important vers la compréhension du mécanisme de la réplication

bactérienne, fut la découverte par Arthur Kornberg d’une enzyme catalysant la
synthèse de l’ADN in vitro. Cette enzyme appelée DNA polymérase I a été isolée
d’E. coli.

• L’activité de cette enzyme nécessite une amorce (un segment de quelques

nucléotides) et un ADN matrice relativement long et des désoxyribonucléotides
(dATP, dCTP, dAGTP et dTTP). La réaction catalysée par cette enzyme est :

Matrice + ions
(DNMP) n + dNTP bivalents (dNMP) n+1 + PPi
Amorce Amorce allongée

• dNMP = desoxyribonucléotides monophosphate

• dNTP = desoxyribonucléotides triphosphate
• ppi = phosphate inorganique
• La séquence particulière des desoxyribonucléotides ajoutés dépend de
la séquence de l’ADN matrice (complémentarité).

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Les ADN polymérases des procaryotes

ADN polymérase I ADN polymérase II ADN polymérase III
(Gène polA) (Gène polB) (Gène polC)
Structure Monomérique > 4 sous unités > 10 sous unités
(core + clamp +
protéines associées)
Rôle Elimine et remplace les Réparation de Réplication de l’ADN
amorces lors de la réplication l’ADN génomique
+ réparation
Polymérisation 5’ 3’ Oui Oui Oui (sous-unité α)

Exonucléase 3’ 5 ’ Oui (réparation) Oui Oui (sous-unité ε)

Exonucléase 5’ 3’ Oui (élimine les amorces) Non Non

Vitesse de 250-1000 bases / sec

polymérisation
ADN POLYMERASE III = polymérase de la réplication (réplicase).
- Elle est impliquée dans la synthèse des deux brins
- Très grande vitesse de réplication (vitesse de réplication : Bactéries: 1000 pb/sec/fourche)
Chromosome E. Coli fait 4,6x106 pb et réplique en 42 min d’où nécessité de 2 fourches
- Grande processivité.
Il existe d’autres polymérases :
ADN polymérase IV = Réparation de l’ADN
ADN polymérase V = Réparation de l’ADN, réplication translésionelle.

L’ADN polymérase III :

Holoenzyme

Chez E. coli, la dissymétrie de

fonctionnement de l'ADN pol III
(réplicase) correspond à une
dissymétrie de composition en 2
complexes enzymatiques formés
d’une dizaine de sous-unités
différentes.

l'un assure la synthèse du

brin continu et l'autre la
synthèse du brin discontinu

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Brin matrice:
5’ 3’

Brin matrice:
3’ 5’

La réplication est bi-directionelle

L’élongation est monodirectionelle (5’  3’) ?????

- Sur le brin précoce où la synthèse d'ADN est continu, une seule amorce est
nécessaire uniquement à l’extrémité 5’ du brin nouvellement synthétisé.

- Sur le brin retardé, où la réplication est discontinue, une nouvelle amorce doit
être générée au début de chaque fragment Okazaki.

Le clamp glissant (sous-unités β de l’ADN pol III):

• Protéine dimérique (bactéries) ou trimérique (eucaryotes)
qui s’associe en anneau autour de l’ADN.
• Le clamp peut glisser le long de la double-hélice, celle-ci passant
au travers de son trou central.
• Le clamp possède également une affinité pour l’ADN polymérase. Lorsque le clamp
est fixé sur l’ADN et lié à l’ADN polymérase, il augmente fortement la processivité de
l’enzyme, c’est à dire l’efficacité de la polymérisation.
• Le clamp agit en particulier en empêchant l’ADN polymérase de se dissocier de l’ADN,
une fois la synthèse démarrée.
• Lors de la réplication du génome, elle synthétise l’ensemble du brin rapide sans
jamais se dissocier.
Sous-unité β

ADN

Sous-unité β

Chez les eucaryotes = PCNA pour Proliferating Cell Nuclear Antigen

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Le chargeur de clamp (complexe  de l’ADN pol III)

RFC chez les eucaryotes (Replication Factor C).

• La fixation du clamp glissant sur l’ADN au niveau d’un site de réplication pose un
problème topologique. Etant en forme d’anneau, il ne peut en principe ni entrer, ni
se détacher d’une molécule d’ADN. Pour permettre cela, il faut pouvoir ouvrir
l’anneau, afin que l’ADN puisse se glisser dans le trou central.

• Ce problème est particulièrement aigu au niveau du brin lent pour lequel il y a de

nombreux événements de démarrage et d’arrêt de polymérisation en raison de la
nature discontinue de la synthèse. En effet, à chaque fois qu’une ADN polymérase
démarre la synthèse d’un fragment d’Okazaki, il faut lui associer un clamp glissant.
A chaque fois qu’elle a terminé, il faut retirer le clamp de l’ADN pour pouvoir le
réutiliser plus loin.

Chargeur de clamp:
La sous-unité en jaune
sert de levier pour
ouvrir l’anneau.

Le chargeur de clamp (complexe  de l’ADN pol III)

• Structure en anneau incomplet, avec un côté ouvert, qui permet de se glisser

autour de l’ADN.
• Les deux protéines, clamp et chargeur de clamp s’empilent de manière
coaxiale.
• Une des sous-unités du chargeur fait alors levier pour ouvrir le clamp. Pour
cela, le chargeur de clamp possède une activité ATPasique qui fournit l’énergie
nécessaire au changement de conformation .

Chargeur de clamp

Clamp

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 10/10/2017

Mécanique de synthèse des deux brins d'ADN en même temps

On sait depuis les années 1970 que la réplication se produit au sein d’une
structure compacte regroupant un grand nombre de protéines que l’on a appelé
le réplisome.

La composition et le mode de fonctionnement de ce réplisome sont restés flous

jusque dans les années 90, mais sont aujourd’hui relativement bien élucidés, en
particulier grâce aux données structurales.

On sait maintenant que la réplication des deux brins, rapide et lent, se font au
même endroit, par l’intermédiaire de deux ADN polymérases associées au sein
d’un même complexe.

Mécanique de synthèse des deux brins d'ADN en même temps

L’ensemble du processus est concerté et son «chef d’orchestre» en est le chargeur de
clamp qui joue à la fois le rôle d’ossature, en formant le noyau structural du complexe
sur lequel les différents autres acteurs viennent se fixer, et celui d’organisateur en
distribuant les clamps et ADN polymérases aux bons sites, au bon moment.

Brin précoce

Brin retardé

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Mécanique de synthèse des deux brins d'ADN en même temps

• Formation d’une boucle par le brin à synthèse discontinue, sur un tour complet
• Tour de 180° du fragment d’Okazaki en cours de synthèse le plaçant dans la même
orientation que le brin à synthèse continue.
• Synthèse d’ADN assymétrique et simultanée sur les deux brins.
• Complexe enzymatique (ADN polymérase III) avec deux sites catalytiques liés se
déplaçant à la même vitesse dans une seule et même direction.

Réplication de l’ADN procaryote : Réplisome

Réplisome =
L’hélicase + primase + Deux ADN polymérases + Deux clamps + chargeur de clamp.

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3. Le chargeur charge le clamp sur

1. L’hélicase recrute la primase. Le 2. La primase synthétise l’amorce. La primase est déplacée. La
chargeur de clamp fixe un clamp et l’ouvre. une amorce ARN. polymérisation continue de manière
bidirectionnelle et la fourche de
réplication avance.

4. La boucle du brin lent s’agrandit,

l’ADN simple brin démasqué est 5. La polymérase du brin lent 6. Le clamp libre est rechargé sur
protégé par la SSB. La polymérase du quitte son clamp et «saute» sur le chargeur de clamp. Retour à
brin lent termine le fragment le clamp en attente sur l’amorce. l’état initial.
d’Okazaki.

3. Finition du brin retardé

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5. Ligation
Brin matrice

Nouveau brin d’ADN

ARN

ADN polymérase I remplace

les nucléotides de l’ARN par
des nucléotides d’ADN

La ligase ferme la brèche par

une liaison phosphodiester
entre le 5’-P et le 3’-OH.

Vide

4. Terminaison
Présence de séquences « terminator » (TER) situées à l’opposé de l’oriC pour
chacune des deux fourches.

La protéine Tus (terminator utilisation substance) reconnaît les séquences d’arrêt

de réplication et bloque DnaB (hélicase).
Intervention d’une topoisomérase IV pour catalyser la séparation des 2 chromosomes reliés.

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 10/10/2017

Fidélité de la réplication de l’ADN : correction

des erreurs d’élongation : PROOFREADING
- Correction d’une absence de complémentarité entre les nucléotides des deux
brins d’ADN

Taux de mutation faible : 10-9 à 10-12 erreurs/pb insérées, grâce à :

1. Règles d’appariement des bases sur le modèle du brin matriciel
2. Activité correctrice des enzymes ADN Pol I et ADN Pol III
Activité exonucléasique 3’ >>5’ (enlever un nucléotide mal apparié et le
remplacer par le bon nucléotide).

Base L’ADN pol III

L’ADN pol III enlève la base
Base complémentaire incorrecte s’arrête
incorrecte et remet la base
insérée complémentaire

La réplication chez les eucaryotes

• Grande similarité avec la réplication chez les procaryotes.
• Présence de nombreuses origines de réplication sur les chromosomes.
• Plusieurs ADN polymérases ayant différentes fonctions : Réplisome plus complexe.
• Assemblage de l’ADN en nucléosomes immédiatement après la réplication.

1. Origines de réplication
= ARSs = Autonomously Replicating Sequences
d ’≈ 100 à 200 kpb reconnues par le complexe de reconnaissance d’origine(=DnaA)

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1. Origines de réplication

Chez la levure:
• Le CRO se fixe à l’ORI
• Recrutement des protéines Cdc6 et cdt1.
• CRO + Cdc6 et Cdt1 recrutent l’hélicase (=
MCM = minichromosome maintenance proteins).
• La réplication est liée au cycle cellulaire en
dépendant de la disponibilité de Cdc6 et Cdt1.
• Chez la levure, Cdc6 et Cdt1 sont synthétisées
à la fin de la mitose et pendant la phase G1 et
sont détruites après le début de la réplication.
• Donc le réplisome se forme uniquement avant
la phase S, et lorsque la réplication commence,
de nouveaux réplisomes ne peuvent plus se
former à l’origine de réplication car Cdc6 et Cdt1
sont déjà dégradées.

Cdc6 = Cell division control protein 6

Cdt1 = DNA replication factor

Réplication bi-directionnelle à partir de plusieurs origines de réplication

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Enzymes de la fourche de réplication

RPA = Replication Protein A

ADN polymérases eucaryotes

Nombre de sous-unités Fonction

- Synthèse de l’amorce
- Réparation (base excision)
- Réplication et réparation de l’ADN mitochondrial
- Réplication du brin retardé, réparation

- Réplication du brin précoce, réparation

- réparation
- Réplication translésionelle
- Réparation
- Hypermutation somatique
- Réplication translésionelle
- Réplication translésionelle
- Réplication translésionelle
- Réplication translésionelle

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ADN polymérases eucaryotes

• La réplication de l'ADN chromosomique chez les eucaryotes requiert l'activité de trois
ADN-polymérases : ADN Polα , ADN Pol δ et ADN Pol ε.
• Trois ADN polymérases sont présentes dans chaque fourche de réplication
.(réplisome), et chaque polymérase contient de multiples sous-unités.
• En outre, alors que le réplicon de E. coli contient 13 protéines connues, les réplisomes
de levures et des mammifères contiennent au moins 27 polypeptides différents.

• L’ADN Pol δ et ADN Pol ε doivent interagir avec les protéines PCNA (proliferating cell
nuclear antigen) et le Fatceur de réplication C (Rf-C) pour être active.
PCNA est le clamp qui attache la Pol δ à l'ADN pour être processive(équivalent de la
sous-unité β d’E. coli).
Rf-C est nécessaire pour charger le PCNA sur l’ADN.

δ ou ε

En raison de sa processivité relativement faible, l'ADN Polα /primase est rapidement remplacée par
l'ADN Pol δ et ADN Pol ε très processives.
Le procédé de remplacement de l'ADN Pol α / primase par l'ADN Pol δ ou Pol ε est appelé
commutation de la polymérase (polymerase Switching) et donne trois ADN polymérases différentes
fonctionnant à la fourche de réplication eucaryote.

: Séquence de 30 nucleotides

Extension par la pol δ (brin retardé : Fragments

d’Okazaki)
ou pol ε (brin précoce).

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La réplication chez les eucaryotes

Brin précoce

Brin retardé

• Les ADN Polymérases δ et ε possèdent une activité exonucléase 3’→ 5’

nécessaire pour la correction d’épreuves.

• Pas d’activité exonucléase 5’ → 3’ :

donc elles ne peuvent pas éliminer les amorces ARN comme l’ADN polymérase I
d’E. coli.

• Les ribonucléases H1 et FEN-1 (nucléase F1) dégradent les amorces d'ARN.

• La polymérase δ remplit les lacunes, et l'ADN ligase scelle les fragments, tout
comme dans E. coli.

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Réplication des extrémités des chromosomes

• Un télomère est une région hautement répétitive, donc à
priori non codante, d'ADN à l'extrémité d'un chromosome.
Il assure une protection des terminaisons chromosomiques.
• A la fin de la molécule d'ADN étant répliquée de façon discontinue, il
n'y aurait pas de brin d'ADN pour fournir un 3’-OH (amorce) libre pour
la polymérisation de désoxyribonucléotides après que l'amorce d'ARN
du fragment Okazaki terminal a été excisée.

Si c'était le cas, les brins d'ADN seraient plus courts chaque fois qu'ils se répliquent
?????

Solution:
• La télomérase, une ADN polymérase qui contient un ARN intégré qui agit comme son
propre amorce, est utilisée pour reproduire l'ADN aux extrémités des chromosomes.
• Cette enzyme unique a été découverte en 1985 par Elizabeth Blackburn et Carol
Greider.
Ils ont partagé le Prix Nobel 2009 de physiologie ou de médecine avec Jack Szostak qui,
avec Blackburn, a déterminé comment les structures uniques de télomères les
protégeaient de la dégradation.

ARN de la télomèrase Protéine télomèrase

(doigt) Structure d’une portion de la
télomérase:
• L’ARN (en bleu) contient une
Région de l’ARN séquence matrice pour la synthèse
utilisé comme
matrice de l’ADN des télomères par le
domaine « Reverse transcriptase »
(vert).
• La télomèrase possède plusieurs
domaines (non montrés dans cette
figure) nécessaires pour assembler
Site actif de la correctement l’enzyme au niveau
télomèrase des télomères.
Reste du ADN
chromosome synthétisé

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Les télomérases
• Les télomérases, enzymes transcriptases inverses spécialisées, assurent la synthèse et
la croissance des télomères, chez l'humain et chez la plupart des autres organismes

• Ces enzymes sont très actives surtout pour les cellules qui se divisent de nombreuses
fois (exemple : les cellules-souches).

• Ainsi, dans beaucoup de types cellulaires humains, la réplication de l'ADN et

l'expression du gène TERT, codant la télomérase inverse transcriptase, sont réprimés,
les télomères de ces cellules se raccourcissent donc progressivement à chaque
division : on dit qu'ils constituent des horloges biologiques.

• Ce manque d’activité dans les cellules somatiques induit une entrée en sénescence
des cellules.
• Au contraire, dans les tissus à multiplication cellulaire intense, comme les cellules-
souches ou les globules blancs du sang, le gène TERT est exprimé et la longueur des
télomères reste constante.
• Chez l'humain, la séquence répétitive des télomères est TTAGGG, sur une
longueur de 3 à 20 kilobases.
• Ces répétitions varient d'une espèce à l'autre mais comportent beaucoup
de bases guanine-cytosine.

Réplication des télomères de chromosomes humains

Brin parental

Brin retardé incomplet

La télomérase se fixe sur le télomère

Télomérase

la télomérase
allonge
l’extrémité 3’
du brin
parental par
complémentari ARN de
té à l’ARN la télomérase
matrice

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Réplication des télomères de chromosomes humains

Translocation

Extension répétée et
translocation plusieurs
fois Puis libération de
la télomérase.

Réplication des télomères de chromosomes humains

Achèvement de la synthèse du brin

complémentaire par l’ADN polymérase:
1. Synthèse de l’amorce.
2. Polymérisation .

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Chapitre III : Transcription

Cellule procaryote Cellule eucaryote

Les ARN
• Classe de molécules extrêmement importantes dans la cellule. Ce
sont des composés très abondants, dans une bactérie comme
Escherichia coli, par exemple, ils représentent environ 25 % du poids
sec de la cellule, à comparer à seulement 2 % du poids sec pour
l’ADN (le reste est essentiellement composé de protéines, de lipides
et du peptidoglycane de la paroi).
• Ce sont surtout des molécules qui jouent des rôles extrêmement
divers dont certains n’ont été découverts que très récemment.
ARN : Rôles génétiques

• Comme l’ADN, l’ARN joue un rôle bien connu de support de

l’information génétique. Les ARN messagers sont des copies de
l’information contenue dans l’ADN, correspondant aux gènes.

• Ils ne portent donc qu’une information réduite par rapport à

l’ensemble du génome et leur durée de vie est limitée, les ARN
messagers étant dégradés après usage.
• Cette information portée par les ARN possède toutefois un rôle
opérationnel très important puisque les ARN messagers sont les copies
«actives» des gènes, celles qui vont servir à la machinerie cellulaire
pour fabriquer les protéines.

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ARN : Rôles enzymatiques

• Les ARN ribosomiques, constituants majoritaires du ribosome.
• Les ARN de transfert qui participent à la traduction au niveau du ribosome .
• Les petits ARN nucléaires (ARNsn), constituants de la machinerie d’épissage des ARN m.
• Ces ARN ont une structure tridimensionnelle stable, bien définie. Ils sont parfois associés à
des protéines au sein d’un complexe ribonucléoprotéique.
• On sait maintenant que certains d’entre eux sont doués de capacités de fixation spécifique
de ligands et/ou de propriétés catalytiques. Ce sont des enzymes constituées d’ARN, que l’on
appelle donc des ribozymes.
• Dans le ribosome, par exemple, on sait maintenant que c’est l’ARN ribosomique qui catalyse
la formation de la liaison peptidique, non les protéines qui ne jouent vraisemblablement
qu’un rôle de stabilisation structurale.
• Il existe une dernière classe de fonction pour les ARN, celle de guide pour des enzymes ciblant
d’autres acides nucléiques, ARN ou ADN.
• Ces ARN guides sont associés au sein de complexes ribonucléoprotéiques, ils peuvent
s’apparier par une région de leur séquence avec un ADN ou un ARN de séquence
complémentaire. Cette interaction ARN:ARN ou ARN:ADN permet ensuite à l’enzyme associée
d’agir sur un site précis, ciblé par la séquence de l’ARN guide.

• Parmi les ARN guides, on trouve entre autres :

Les petits ARN nucléolaires (snoRNA) qui interviennent dans la maturation du ribosome. Ils
servent à guider l’introduction de bases modifiées dans l’ARN ribosomique.
Les micro-ARN qui interviennent de le processus d’interférence par ARN où ils permettent
d’éteindre sélectivement l’expression de certains ARN messagers.

Propriétés de l’ARN
• Malgré une structure analogue à celle de l’ADN, les
propriétés de l’ARN dans la cellule sont très différentes.
• Ceci est lié d’une part à des différences intrinsèques
dans la structure et la réactivité chimique de ces deux
molécules et d’autre part à des différences dans la
manière dont l’ARN et l’ADN sont produits et utilisés.
• Alors que l’ADN est toujours sous forme de duplex,
l’ARN existe le plus souvent sous forme de simple-brin,
ce qui a un impact important sur sa structure.

• L’absence de brin complémentaire pour l’ARN va permettre à ce dernier d’adopter

des repliements complexes bien plus diversifiés que la double hélice de l’ADN.
• Ces repliements sont à la base de capacités fonctionnelles variées : régulations,
interactions, propriétés catalytiques.
• La plupart des ARN, y compris les ARN messagers, vont ainsi se replier suivant une ou
plusieurs conformations.

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Structure secondaire
Les ARN d’une certaine taille
contiennent en général plusieurs
séquences répétées inversées, qu’il
est possible de combiner pour former
des structures plus complexes, avec
plusieurs tiges et des boucles de
topologies variées. Il est en effet
possible d’emboîter ou de mettre
bout à bout différentes structures, à
condition de respecter certaines
règles.

Les ARN d’une certaine taille contiennent en général plusieurs séquences répétées
inversées, qu’il est possible de combiner pour former des structures plus complexes, avec
plusieurs tiges et des boucles de topologies variées. Il est en effet possible d’emboîter ou de
mettre bout à bout différentes structures, à condition de respecter certaines règles.
On distingue habituellement quatre types de boucles
dans les structures d’ARN :
Les boucles terminales (ou boucles apicales), qui sont
situées à l’extrémité d’une tige. Les boucles terminales
sont constituées d’un seul segment non-apparié.
Les boucles internes qui sont situées entre deux tiges
consécutives. La boucle interne est constituée de deux
segments non-appariés, un sur chaque brin en vis-à-
vis.
Les hernies (en anglais, bulge) sont des boucles
internes particulières qui ne contiennent qu’un seul
segment non-apparié sur un des deux brins. A la
différence des boucles internes, on considère qu’une
hernie ne rompt pas la continuité de l’hélice : les tiges
de part et d’autre de la hernie sont empilées de
manière coaxiale.
Les boucles multiples sont des boucles où viennent se
brancher trois tiges ou plus. Elles sont constituées de
plusieurs segments non-appariés.

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ARN de transfert

Structure chimique des ARN

• Par rapport à l’ADN, la nature chimique de l’ARN semble à première vue extrêmement
proche. Comme l’ADN, l’ARN est composé d’un brin de nucléotides avec un squelette sucre-
phosphate et des bases azotées branchées sur le sucre

Il n’existe que deux différences :

•on trouve de l’uracile à la place de la thymine (ce qui n’en change pas les propriétés
d’appariement)
• et le sucre est un ribose au lieu d’un désoxyribose.
Effet structural (interaction avec les protéines)
Effet sur la stabilité chimique.

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Autres différences entre ARN et ADN

1. L’ARN est court (de quelques dizaines à quelques milliers de nucléotides). L’ADN est long (de
quelques millions à quelques milliards de nucléotides).

2. L’ARN est labile. Certains ARN messagers ont des durées de vie qui ne dépassent pas
quelques minutes. Ils sont synthétisés, traduits et aussitôt dégradés. Certains ARN structurés
sont beaucoup plus stables, sans que leur durée de vie atteigne celle de l’ADN qui est pérenne.
(L’ADN doit en effet perdurer pendant toute la vie de la cellule et être transmis à sa
descendance, quitte à être réparé).

3. Les ARN cellulaires sont simple-brin (les génomes de certains virus peuvent sont toutefois
constitués d’ARN double-brin). L’ADN est toujours sous forme de double brin apparié.

Relation entre les trois ARN : ribosomal, transfert et messager pendant la synthèse des
protéines: les trois ARN se retrouvent ensembles dans le ribosome lors de la traduction

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Principes de la transcription
• Dans toutes les cellules vivantes, l’ARN est produit par transcription à partir de l’ADN
génomique.
• Cette étape de transcription est assurée par des protéines appelées ARN polymérases.

L’ARN polymérase parcourt l’ADN, sépare les deux brins et ajoute les
ribonucléotides pour synthétiser l’ARN complémentaire à l’un des brins de l’ADN.

Principes de la transcription
• Les ARN polymérases se fixent sur des séquences spécifiques de l’ADN, appelées
promoteurs de transcription, et ouvrent le duplexe d’ADN en séparant les brins, ce qui lui
permet alors d’utiliser l’un des deux brins d’ADN comme matrice pour polymériser un
brin d’ARN complémentaire. Comme les ADN polymérases, les ARN polymérases
fonctionnent toutes dans le sens 5’ → 3’. Elles utilisent des ribonucléotides triphosphates
ou NTP (ATP, GTP, CTP et UTP) pour allonger l’ARN, de la même manière que les ADN
polymérases utilisent des dNTP.

• La polymérisation se produit avec

hydrolyse du triphosphate. Une partie
de l’énergie ainsi libérée est utilisée
pour permettre l’avancement de
l’enzyme qui doit ouvrir
progressivement la double hélice
d’ADN à mesure qu’elle avance. La
région de l’ADN ouverte par l’ARN
polymérase s’appelle la bulle de
transcription.

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Comme pour la réplication: polymérase synthétise de 5’ vers 3’

L’ARN polymérase
• La synthèse de l’ARN qui se fait en copiant un ADN matrice est catalysée par une enzyme
appelée ARN polymérase. Cette enzyme assure l’ajout séquentiel de ribonucléotides à l’ARN
en cours de synthèse selon la réaction suivante :

ADN Matrice
(NMP) n + NTP (NMP) n+1 + PPi

Brin d’ARN ARN allongée

NMP = ribonucléoside monophosphate

NTP = ribonucléoside triphosphate
PPi = phosphate inorganique.

• Contrairement à la réplication l’initiation de la synthèse de l’ARN ne nécessite pas une

amorce et la synthèse de l’ARN ’’de novo’’ commence par le premier nucléotide de la
chaîne en cours de synthèse.

• L’ARN qui en résulte est donc entièrement neuf.

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Copie d’un seul brin d’ADN par l’ARN polymérase

L’ARN polymérase ne nécessite pas d’amorces pour initier la polymérisation de l’ARN.

Les gènes peuvent résider sur un brin ou l’autre de l’ADN

Exemple de transcription dans une région génomique: il y a des gènes sur les deux brins.
Sens de la transcription sur le brin matrice

• L’ARN m est complémentaire au brin matrice

• L’ARNm est identique au brin codant (non matrice)

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La transcription chez les procayotes

• Chez les bactéries, tous les gènes peuvent être transcrits par une seule ARN polymérase.
polymérase
• Protéine oligomérique codée par plusieurs gènes de structures.
• Chez E. coli la molécule complète (holoenzyme) est formée par cinq polypeptides : α, β,
β’, σ et ω, dans des proportions 2 : 1 : 1 : 1. On pense que le site catalytique de l’enzyme
est au niveau de la sous unité β

Core enzyme Holoenzyme

Sous unité Nombre Poids moléculaire Fonction probable
D’exemplaire

α 2 40 000 Adhésion au promoteur

β 1 155 000 Fixation des nucléotides (site catalytique)

β’ 1 160 000 Adhésion à l’ADN

ω 1 35 000 Stabilisation de l’enzyme

σ70 1 70 000 (variable) Reconnaissance du promoteur, initiation

Les étapes de la transcription chez les procayotes

Initiation

La polymérase se fixe au promoteur sur l’ADN

duplex

La polymérase dénature le duplex. Formation

de la bulle de transcription

La polymérase catalyse la liaison

phosphodiester des deux premiers rNTP

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Elongation
La polymérase avance 3’>5’ sur le
brin matrice en dénaturant le
duplex et en ajoutant des rNTP à
l’ARN

Terminaison

Au site d’arrêt de transcription, la

polymérase relargue l’ARN terminé
et se dissocie de l’ADN

Initiation de la transcription chez les procaryotes

• L’initiation de la transcription se fait au niveau de point précis de l’ADN au niveau de
régions particulière du gène qu’on appel promoteurs.
• Chez E. coli l’ARN polymérase se lie à un segment d’ADN qui s’étend de -70 à +30 (par
convention le premier nucléotide de l’ARN synthétisé porte le numéro 1 les nucléotides
avants sont noté négativement et ceux après positivement).
• L’analyse et la comparaison des principales classes de promoteurs bactériens reconnues
par l’holoenzyme (ayant le facteur σ70) ont révélé deux régions conservées aux positions -
10 et -35.

Reconnaissance du promoteur par le facteur sigma

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L’ARN polymérase se fixe au promoteur pour initier la

transcription

TATA box

- Le taux de transcription d’un gène dépend du taux de formation d’un complexe

d’initiation stable entre le promoteur et l’holoenzyme de l’ARN pol.
- Plus la séquence du promoteur est proche de la consensus, plus le promoteur est
fort.

Rôles du facteur sigma:

• Reconnaissance des séquences du promoteur.
• Positionne l’ARN pol sur le promoteur et l’oriente dans une direction.
• Facilite l’ouverture de l’hélice.
• Synthèse de 7 – 8 ribonucléotides sous forme d’un polymère hybridé au brin matrice.
• Forte affinité de l’ARN pol avec l’hybride ARN/ADN d’où le décrochage du facteur  et
la liaison d’une protéine NusA permettant la stabilisation de l’enzyme.

Il existe plusieurs types de facteurs  chez les bactéries qui reconnaissent différents
promoteurs:

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ARNm

ARNm

1. L’initiation de la transcription commence par la liaison non covalente de l’ARN polymérase au promoteur.
L’holoenzyme reconnaît les séquences promotrices à travers certains nucléotides bien conservés.

2. L’étape suivante consiste en l’ouverture de la double hélice d’ADN au niveau de deux tours dans la région
du point +1 par l’ARN polymérase

3. L’initiation de la synthèse d’ARN commence par l’incorporation du premier nucléotide (en général un A
ou un G) dans sa forme nucléoside triphosphate. Contrairement aux nucléotides suivants ce premier
nucléotide ne perd pas ces phosphates terminaux : PPi. Chaque transcrit ARN commence donc par pppN
(généralement pppA ou pppG) au niveau le l’extrémité 5’.

4. Après l’initiation commence l’élongation par l’ajout séquentiel de nucléotides suite à l’établissement de
liaisons phosphodiesters.
Après l’incorporation de 8 à 10 nucléotides, la soue-unité σ est larguée et le core de l’enzyme continue
l’élongation.

5. L’élongation continue jusqu’à ce que l’enzyme atteint la séquence de terminaison.

6. L’enzyme et l’ARN complété se séparent selon un mécanisme nécessitant certains facteurs protéiques.

7. Il y a deux types de séquence de terminaisons.

• Un premier type ne nécessitant aucun facteur auxiliaire connu.
• Un second type nécessite un facteur de protéique (exemple du facteur rho : ρ).

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Terminaison rhô-indépendante
• Lieu au niveau d’une séquence répétée inversée située après la partie codante et riche en G-C
et suivie de 6 A:
• Formation d’une structure en tige-boucle (en épingle à cheveux) dans l’ARN transcrit. Cette
structure interagit avec l’ARN polymérase et provoque l’arrêt momentané de l’élongation
(pause).
• Rupture facile des liaisons entre le brin complémentaire poly-U et libération du brin d’ARN de
l’ADN matrice, (liaison A-U faibles)

3. Les séquences
répétées inversées
dans l’ARN forme une
structure Tige-Boucle
qui force l’ADN pol à
1. Transcription des marquer une pause.
séquences répétées
inversées dans l’ARN 4. Rupture des liaisons
hydrogènes A-U

5. L’ARN
transcrit se
2. Transcription de 6 sépare du brin
Adénines et repliement de matrice, et la
l’ARN transcrit transcription se
termine.

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 02/11/2017

Terminaison rhô dépendante:

ARN polymérase
1. Fixation de rhô au site
spécifique

2. A la rencontre de séquences de
terminaison, l’ADN pol marque
une pause, et la protéine rho la
rattrape.
3. En utilisant son activité hélicase
rho dissocie l’hybride ARN-ADN et
libération du brin néo-synthétisé
du brin d’ADN matrice.

4. Enroulement de l’ARN autour de

la protéine Rho au niveau d’une
région d’environ 70 nucléotides
(jusqu’à 100 nucléotides).

Les ARN polymérases eucaryotes

• ARN Polymérase I: La plus active. Synthétise les ARNr (18S- 5.8S-28S) sauf 5S dans le
nucléole.
• ARN Polymérase II: Synthétise les précurseurs d’ARNm dans le noyau.
• ARN Polymérase III: Activité faible. Synthétise les ARNt et autres petits ARN nucléaires
(snRNA), et ARNr 5S dans le noyau.
• ARN Polymérase IV: Spécialisée dans la transcription de l’ADN mitochondrial.
 Les ARN polymérases n’ont pas de facteur sigma présent chez les procaryotes.
 L’ARN polymérase est recrutée au site d’initiation par d’autres protéines accessoires qui
reconnaissent le promoteur : les facteurs généraux de transcription (GTFs).
 Chaque type d’ARN polymérase reconnait un promoteur différent

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Eléments du promoteurs eucaryotes

L’ARN polymérase II peut reconnaître des milliers de promoteurs divers qui diffèrent
grandement par leurs séquences.
Nombreux promoteurs reconnus par la Pol II ont, en commun, certaines séquences
comme la TATA box (séquence consensus eucaryote TATAAA) en position -30 et Inr
(initiator) au voisinage de +1.

Le promoteur de classe II = promoteur de l’ARN polymérase II formé de:

1. Promoteur central (core promoter) :
• Il attire les facteurs de transcription généraux et l'ARN polymérase II à un niveau basal et
définit le site de départ de la transcription et la direction de la transcription.
• Il se compose d'éléments situés dans environ 37 pb du site de départ de la transcription, de
chaque côté.
2. Le promoteur proximal :
• Il aide à attirer les facteurs de transcription généraux et l'ARN polymérase et comprend des
éléments promoteurs qui peuvent s'étendre d'environ 37 pb jusqu'à 250 pb en amont du site
de départ de la transcription. Les éléments du promoteur proximal sont aussi parfois appelés
éléments promoteurs amont.
3. Eléments régulateurs distaux

Eléments du promoteurs eucaryotes

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Le promoteur de classe II = promoteur de l’ARN polymérase II:

Promoteur central
TATA box : (position -28 de -31 à -26 ), séquence consensus = TATA(A/T)AA(G/A).
(appelée aussi : Goldberg-Hogness box).
BRE : TFIIB recognition element , situé près de TATA box (position -37 à -32),
séquence consensus = (G/C)(G/C)(G/A)CGCC.
Inr : Initiator (-2 à +4) (PyPyAN(T/A)PyPy)
Cet initiateur, conjointement avec la boîte TATA, constitue un promoteur central qui
peut entraîner la transcription de tout gène placé en aval de celui-ci, bien qu'à un
niveau très faible.
MTE : Motif Ten element (+18 à +27) (CTTC, CTGT, et AGC)
DPE : Downstream promoter element (+28 à +32)

Les éléments TATA et Inr spécifient le lieu de l’assemblage de la machinerie de

transcription le lieu de début de la transcription.

Le promoteur de classe II = promoteur de l’ARN polymérase II:

• Au-delà du promoteur central, il existe d'autres éléments de séquence snécessaires pour
une transcription précise et efficace in vivo.
• Ensemble, ces éléments constituent les séquences régulatrices et peuvent être regroupés
en différentes catégories reflétant leur localisation et l'organisme en question, ainsi que
leur fonction.
• Ces éléments comprennent des éléments proximaux proximaux, des séquences
d'activation en amont (UAS), des amplificateurs et une série d'autres éléments appelés
silenceurs ...
• Tous ces éléments d'ADN se lient aux protéines régulatrices (activateurs et répresseurs),
qui aident ou entravent la transcription à partir du promoteur de noyau. Certaines de ces
séquences régulatrices peuvent être situées à plusieurs dizaines voire des centaines de
kilobases à partir des promoteurs central sur lesquels ils agissent.
2. Des éléments promoteurs proximaux
• sont habituellement trouvés en amont des promoteurs centraux de classe II.
• Ils diffèrent du promoteur de noyau en ce qu'ils se lient à des facteurs de transcription
relativement spécifiques d'un gène. Par exemple,
•les boîtes GGGCGG (situées à -90) lient le facteur de transcription Sp1,
• tandis que les boîtes CAAT (à -75) lient CTF.
• Les éléments promoteurs proximaux, contrairement au promoteur centraux, peuvent être
indépendants de l'orientation, mais ils sont relativement dépendants de la position,
contrairement aux amplificateurs classiques.
• Importants pour l’efficacité du promoteur.

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3. Eléments régulateurs distaux : Séquences ‘Enhancers’ = Amplificateurs

• Séquences nécessaires pour la transcription maximale du gène.

• Les amplificateurs fonctionnent en amont ou en aval du site d'initiation de la

transcription,
• Bien que, communément, ils soient en amont du gène qu'ils contrôlent, parfois des
milliers de paires de bases.
• En d'autres termes, les amplificateurs modulent la transcription à distance. Les
amplificateurs contiennent une variété d'éléments de séquence courtes, certains d'entre
eux identiques à ceux trouvés dans le promoteur.

Le promoteur de l’ARN polymérase III

• L’ARN polymérase III (Pol III) est responsable de la transcription des ARNt de
l’ARNr 5S et certaines petites ARN spécialisées.
• Les séquences promotrices reconnues par cette enzyme sont bien caractérisées.
• Certaine de ces séquences promotrices ont la particularité de se situer dans le
gène lui-même.

Box A, Box B et Box C = séquences spécifiques reconnues par les facteurs de transcription.
DSE = distal and sequence elements.
PSE = proximal sequence elements.

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Le promoteur de l’ARN polymérase I

Promoteur central nécessaire

pour initier la transcription

Les éléments du contrôle en amont

augmentent l’efficacité de la transcription

Les facteurs UBF se fixent au

promoteur central et aux
éléments du contrôle …

Ils permettent la fixation de

SL1 au promoteur

SL1 recrute l’ARN polymérase I

au niveau du promoteur

Les éléments de base nécessaires à la transcription par l’ARN polymérase I à partir

du promoteur.

Initiation de la transcription chez les eucaryotes

• L'initiation précise de la transcription d'un gène codant pour une protéine implique
l'assemblage de l'ARN polymérase II et d'un certain nombre d'autres protéines
appelées facteurs de transcription généraux (GTF) sur le promoteur central.

• Contrairement aux ARN polymérase bactériennes, aucune des trois ARN polymérases
eucaryotes ne peut se lier directement à l'ADN.
• Au lieu de cela, des GTF particuliers se lient d'abord et recrutent l'ARN polymérase
pour former un complexe

• D'autres GTF se lient alors, et la transcription peut commencer.

• Les GTFs sont numérotés pour l'ARN polymérase avec laquelle ils travaillent et sont
et numéroté en lettres (A, B,..) pour refléter leur ordre de découverte.
Par exemple:
TFIID est le quatrième facteur de transcription général (D) découvert qui travaille
avec l'ARN polymérase II.

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 02/11/2017

Initiation de la transcription chez les eucaryotes

(ARN polymérase II)

Pour les gènes codant les protéines:

• les GTF et l'ARN polymérase II se lient aux éléments promoteurs dans un ordre
particulier in vitro pour produire le complexe complet d'initiation de la transcription,
également appelé le complexe de pré-initiation (PIC) parce qu'il est prêt à
commencer la transcription.

• Comme mentionné précédemment, la liaison des activateurs aux éléments

proximaux du promoteur et aux éléments amplificateurs détermine l'efficacité
globale de l'initiation de la transcription à un promoteur particulier.

Assemblage du complexe de pré-initiation

TFIID se fixe à la boîte
TATA pour former le
complexe initial.

Le TFIID a une sous-unité appelée la

protéine TATA binding (TBP), qui
reconnaît la séquence TATA box et
plusieurs autres protéines appelées
facteurs associés à TBP (TAF).

Le complexe TATA-TFIID constitue le site de fixation

séquentielle des autres facteurs de transcription

TFIIA puis TFIIB se fixent , suivis de l’ARN polymérase II

et TFIIF pour former le complexe minimal d’initiation de
la transcription.

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Complexe minimal d’initiation

de la transcription

• Fixation de TFIIE et TFIIH pour former le:

Complexe complet d’initiation de la
transcription = complexe de pré-initiation.

•L’activité hélicase-like de TFIIH ouvre

l’ADN au niveau du promoteur pour
commencer la transcription

Initiation de la transcription

Les facteurs généraux de transcription nécessaires dans l’initiation de la

transcription par l’ARN polymérase II

•TFIID :
•Sous unité TBP : Reconnait la boite TATA
• Sous-unités TAF : Reconnaissent d’autres séquences près du site d’initiation
de la transcription; régule la fixation des TBP à l’ADN.
• TFIIB : Reconnait les éléments BRE du promoteur; positionne correctement l’ARN
polymérase au site d’initiation.

•TFIIF : Stabilise l’interaction de l’ARN polymérase avec TBP et TFIIB; attire TFIIE et
TFIIH.
• TFIIE : Attire et régule FIIH.
•TFIIH : Sépare l’ADN au site d’initiation, phosphoryle le CTD de l’ARN polymérase;
libère l’ARN polymérase du promoteur.

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Elongation de la transcription chez les eucaryotes

Après l'initiation de la transcription, l'ARN polymérase II se dissocie de la plupart
des GTF pour allonger le transcrit d'ARN primaire. Certains des GTF restent au
promoteur pour attirer l’ARN polymérase suivante.
De cette manière, plusieurs enzymes d'ARN polymérase II peuvent simultanément
synthétiser des transcrits à partir d'un seul gène.

- Souvent plusieurs transcrits de la même matrice d’ADN.

Elongation de la transcription chez les eucaryotes

Après l'initiation de la transcription, l'ARN polymérase II se dissocie de la plupart des GTF pour
allonger le transcrit d'ARN primaire. Certains des GTF restent au promoteur pour attirer l’ARN
polymérase suivante.
De cette manière, plusieurs enzymes d'ARN polymérase II peuvent simultanément synthétiser
des transcrits à partir d'un seul gène.
• Comment le noyau de l'ARN polymérase II peut-il se séparer des GTF et commencer la
transcription?
• Bien que les détails de ce processus soient encore à l'étude, on sait que la sous-unité de
l'ARN polymérase II contient une queue protéique, appelée carboxyl tail domain (CTD), qui
joue un rôle clé.
• Le CTD est stratégiquement situé à proximité du site où l'ARN naissant sortira de la
polymérase. La phase d'initiation se termine et la phase d'élongation commence après que
le CTD a été phosphorylé par l'un des GTF.
• On pense que cette phosphorylation affaiblit en quelque sorte la liaison de l'ARN
polymérase II aux autres protéines du complexe de pré-initiation et permet l'allongement.
• Le CTD participe également à plusieurs autres phases critiques de la synthèse et de
modification de l'ARN.

ARN polymérase II

ARNm

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Résumé
• Après avoir formé un complexe d'initiation de la transcription sur l'ADN du promoteur,
l'ARN polymérase II doit avoir accès au brin matrice au point de départ de la transcription.

•Le TFIIH, qui contient une ADN hélicase comme l'une de ses sous-unités, rend cette
étape possible en hydrolysant l'ATP et en déroulant l'ADN, exposant ainsi le brin
matrice.

•Ensuite, l'ARN polymérase II, comme la polymérase bactérienne, reste au promoteur

synthétisant de courtes longueurs d'ARN jusqu'à ce qu'elle subisse une série de
changements conformationnels qui lui permettent de s'éloigner du promoteur et
d'entrer dans la phase d'élongation de la transcription.

•Une étape clé dans cette transition est l'addition de groupes phosphate à la
«queue» de l'ARN polymérase (connue sous le nom de domaine CTD ou C-terminal).

Résumé
• Chez l'homme, le CTD consiste en 52 répétitions en tandem d'une séquence de sept
acides aminés, qui s'étendent à partir de la structure de noyau d'ARN polymérase.
• Une fois que la polymérase II a commencé à allonger le transcrit d'ARN, la plupart des
facteurs de transcription généraux sont libérés de l'ADN de sorte qu'ils soient disponibles
pour initier un autre cycle de transcription avec une nouvelle molécule d'ARN polymérase
• La phosphorylation de la queue de l'ARN polymérase II provoque également le
recrutement des composants de la machinerie de l’épissage d'ARN sur la polymérase et
ainsi être positionnée pour modifier l'ARN nouvellement transcrit à mesure qu'il sort de la
polymérase.
• L'initiation de la transcription dans une cellule eucaryote est plus complexe que dans
une cellule procaryote et nécessite encore plus de protéines.
• out d'abord, les protéines régulatrices des gènes, connues sous le nom d'activateurs
transcriptionnels, doivent se lier à des séquences spécifiques dans l'ADN et aider à attirer
l'ARN polymérase II vers le point de départ de la transcription.
•Les activateurs sont l'un des principaux moyens par lesquels les cellules régulent
l'expression de leurs gènes. Ici, nous notons simplement que leur présence sur l'ADN est
nécessaire pour l'initiation de la transcription dans une cellule eucaryote.

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•Deuxièmement, l'initiation de la transcription eucaryote in vivo requiert la présence d'un

complexe protéique connu sous le nom de Mediateur, qui permet aux protéines
activatrices de communiquer correctement avec la polymérase II et avec les facteurs
généraux de transcription.
• Enfin, l'initiation de la transcription dans une cellule eucaryote nécessite typiquement le
recrutement local d'enzymes modifiant la chromatine (complexes de remodelage de la
chromatine et des enzymes modifiant les histones). Les deux types d'enzymes peuvent
permettre un meilleur accès à l'ADN présent dans la chromatine et, ce faisant, ils facilitent
l'assemblage du mécanisme d'initiation de la transcription sur l'ADN.

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La terminaison de la transcription
La terminaison de la transcription dans les gènes eucaryotes est moins bien comprise
que dans les gènes bactériens.
Les trois ARN polymérases eucaryotes utilisent différents mécanismes pour la
terminaison.

L'ARN polymérase I
Elle nécessite un facteur de terminaison, comme le facteur rho utilisé dans la
terminaison de certains gènes bactériens. Contrairement au rho, qui se lie à la
molécule d'ARN nouvellement transcrite, le facteur de terminaison de l'ARN
polymérase I se lie à une séquence d'ADN en aval du site de terminaison.

L'ARN polymerase III

Elle termine la transcription après transcription d'une séquence de terminaison qui
produit une chaîne de Us dans la molécule d'ARN, comme celle produite par les
terminateurs rho-indépendants des bactéries. Contrairement aux terminateurs rho-
indépendants dans les cellules bactériennes, l'ARN polymérase III ne nécessite pas
qu'une structure en épingle à cheveux précède la chaîne de bases U.

• Dans de nombreux gènes transcrits par l'ARN polymérase II, la transcription peut
aboutir à de multiples sites situés dans une plage de centaines ou de milliers de
paires de bases

• La transcription de ces gènes se poursuit bien au-delà de la séquence codante

nécessaire pour produire l'ARNm.

• Après la transcription, l’extrémité 3’ du l’ARN pré-messager est clivé à un site

spécifique, désigné par une séquence consensus, produisant l'ARNm mature.
• Les résultats de la recherche suggèrent que la terminaison est couplée au clivage
qui est réalisé par un complexe de clivage probablement associé à l'ARN
polymérase.
• Ce complexe peut réprimer la terminaison jusqu'à ce que la séquence consensus
qui marque le site de clivage soit rencontrée. l’extrémité 3’ du l’ARN pré-messager
alors clivée par le complexe, et la transcription est terminée en aval.

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 02/11/2017

Maturation de l’ARN : Addition de la coiffe “5’Cap”

• Presque tous les pré-ARNm eucaryotes sont modifiés à leur extrémité 5’ par
l'addition d'une structure appelée la coiffe .
• Il s’agit de l'addition d'un nucléotide supplémentaire (7-methyl guanosine) et la
méthylation par addition d'un groupe méthyle (CH3) à la base dans le nucléotide
nouvellement ajouté et à l'extrémité 2 ' -OH du sucre d'un ou plusieurs nucléotides
à l’extrémité 5’.
• L’addition de la coiffe s'effectue rapidement après l'initiation de la transcription de
La structure ‘Cap’ joue un rôle dans l'initiation de la traduction.
• Des protéines spécifiques reconnaissent la coiffe et s’y fixent permettant au
ribosomes d’attirer les ARNm.
Le ribosome se déplace en aval le long de l'ARNm jusqu'à ce que le codon d'initiation
est atteint et la traduction commence.
• La présence de la coiffe augmente également la stabilité de l'ARNm et influence
l’élimination des introns.

ARNm

Maturation de l’ARN : Addition de la queue Poly(A)

• La plupart des pré-ARNm eucaryotes sont modifiés à leurs extrémités 3’ par l'addition
d'une séquence d'environ 50 à 250 nucleotides d'adénine appelée queue poly (A).

• Il n'y a pas de matrice d’ADN pour la queue poly (A).

• La queue poly (A) reste quand le pré-ARNm est modifié en ARNm mature.
• Les molécules d'ARNm avec des queues poly (A) de 3’ sont appelées ARNm polyA+.

•La queue poly (A) est requise pour une exportation efficace de l'ARNm du noyau vers le
cytoplasme.
• Une fois dans le cytoplasme, la queue poly (A) protège l'extrémité 3 'de l'ARNm en
protégeant les séquences codantes contre une dégradation précoce par des
exonucléases.

• La queue poly (A) joue également un rôle important dans l'initiation de la traduction
par les ribosomes et dans les processus qui régulent la stabilité de l'ARNm.

ARNm

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 02/11/2017

Addition de la queue Poly(A) • L'addition de la queue poly (A) définit

l'extrémité 3’ d'un brin d'ARNm et est
associée à la terminaison de la transcription
des gènes codant pour la protéine.

• Ajout de la queue poly (A) est signalée

lorsque la transcription de l'ARNm passe au-
delà du site poly (A), un site dans l'ARN
transcrit qui est d'environ 10 à 30
nucléotides en aval de la séquence
consensus poly A 5’-AAUAAA-3’.

• Un certain nombre de protéines, y compris

la protéine CPSF (facteur de spécificité de
clivage et de polyadénylation), la protéine
CstF (facteur de stimulation de clivage), et
deux protéines facteurs de clivage (CFI et
CFII), se lient et coupent l'ARN au site poly
(A).
• CPSF se fixe à 5’-AAUAAA-3’
• CstF se fixe sur la séquence riche en GU ou
en U (GU / U).
• CFI et CFII coupent l’ARN.

Addition de la queue Poly(A)

• Ensuite, l'enzyme poly (A) polymérase (PAP), qui est liée à CPSF, ajoute des
nucléotides A à l'extrémité 3 'de l'ARN en utilisant l'ATP comme substrat pour
produire la queue poly (A).

•Les protéines de liaison au poly (A) ,II (PABII) se lient à la queue poly (A) lorsqu'elle
est synthétisée.

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 02/11/2017

Maturation de l’ARN : Excision et épissage des introns : “RNA splicing”

Séquence codante d’ARN

ADN

Addition de la coiffe
Addition de la queue polyA
ARN pré-messager

Excision et épissage des introns

ARN messager

Traduction

Excision et épissage des introns : “RNA splicing”

séquences consensus 5’ point de séquences consensus 3’

branchement
Des séquences consensus critiques sont présentes au site d'épissage 5 ', au
point de branchement et au site d'épissage 3'.

Y = pyrimidine, R = purine, A i= adenine, and N = base quelconque

Les introns commencent typiquement par 5’-GU et finissent par AG-3’.

Ces nucléotides sont nécessaires pour spécifier une jonction entre un intron et
un exon.
Dans l’ARN pré-messager les introns sont éliminés et les exons réunis dans le noyau
par épissage d'ARNm.
Les étapes d'épissage se produisent dans un spliceosome: un complexe du pré-ARNm
lié à de petites particules de ribonucléoprotéines (SnRNP)

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 02/11/2017

• SnRNPs : sont de petits ARN nucléaires (snRNAs) associés à des protéines.

• Les cinq principaux snRNAs sont U1, U2, U4, U5 et U6;
• Chacun est associé à un certain nombre de protéines pour former les snRNP.
• Les snRNAs U4 et U6 se retrouvent dans le même snRNP (U4 / U6 snRNP),
• et les autres sont trouvés dans leur propre snRNPs spécial.
• Chaque type snRNP est abondant dans le noyau, avec au moins 105 copies par cellule

Point de branchement Adénine

Jonction d’épissage5’ Jonction d’épissage 3’

Fixation de U1 et U2 par
Fixation de snRNP U1 au sité GU appariement de bases

Fixation de snRNP U2 au point de

branchement

Interaction entre snRNP U4/U6 avec

snRNP U5 puis leur fixation sur U1 et U2
Ceci provoque la formation d’une boucle
dans l’intron pour ainsi rapprocher ses
deux jonctions.

L’extrémité 5’ de l’intron se lie à

l’Adénine du point de branchement

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 02/11/2017

U4 snRNP se dissocie, ce qui entraîne la formation du

spliceosome actif.

Les snRNPs dans le spliceosome clivent l'intron de l'exon 1

à la jonction d'épissage 5’ et l'extrémité 5’ libre de l'intron
se lie à un nucléotide A particulier
Spliceosome actif dans la séquence de points de branchement.

La structure en boucle est appelée une structure en lasso.

Le point de branchement dans l'ARN qui produit la
structure en lasso implique une liaison phosphodiester
insolite 2’-5’ formée entre le 2’ OH du nucléotide
d'adénine dans la séquence de point de branchement et le
phosphate 5’ du nucléotide de guanine à la fin de L'intron.
Le A reste lui-même dans une liaison normale de 3’ à 5’
avec ses nucléotides adjacents de l'intron.
Epissage
Ensuite, le spliceosome excise l'intron (encore en forme
de lasso) en le clivant à la jonction d'épissage 3’, puis lie
les exons 1 et 2 ensemble.
Les snRNP sont libérés à ce moment. Le processus est
ARNm mature répété pour chaque intron.

Intron excisé

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Traduction des protéines

Chez les procaryotes, les transcrits ARN ne sont pas modifiés et la traduction des ces dernier
peut se faire immédiatement après leurs synthèse et même en cours de synthèse (pas de
compartimentation noyau cytoplasme).

Chez les eucaryotes, les prés ARNm subissent une maturation qui consiste en l’ajout d’une
cap à l’extrémité 5’ et une queue polyA à l’extrémité 3’. De plus les introns sont excisés pour
donner les ARNm mature prêts à la traduction.
• Les ARNm des procaryotes sont généralement polycistroniques (porte le message de
plusieurs gènes)

Gène procaryote

• Les ARNm des eucaryotes sont monocistroniques.

Gène eucaryote

1
 19/11/2017

Généralités
• Des séquences non codantes en 5’ et 3’ encadrent les séquences codantes chez les
procaryotes et les eucaryotes.

• Les régions codantes des ARNm consistent en codons qui sont des triplets.
• Chaque codon spécifie un acide aminé particulier du polypeptide.
• Il existe une colinéarité entre la molécule ARNm et le polypeptide pour lequel elle code.
• Le code génétique est dégénéré (un acide aminé peut être codé par plusieurs codons).

Les protéines
• Les protéines sont au centre de tous les processus vitaux. De nombreuses protéines sont
des enzymes, les catalyseurs biologiques qui conduisent les réactions chimiques de la
cellule; D'autres sont des composants structurels, fournissant un échafaudage et un
support pour les membranes, les filaments, les os et les cheveux. Certaines protéines aident
à transporter des substances; D'autres ont une fonction régulatrice, de communication ou
de défense.

• Toutes les protéines sont composées d'acides aminés, lié bout à bout. Il ya 20 acides
aminés communs trouvés dans les protéines.
• Les 20 acides aminés communs sont semblables dans la structure, différant seulement
dans les structures des groupes de R (radical).
• Les acides aminés dans les protéines sont joints par des liaisons peptidiques pour
former des chaînes polypeptidiques, et une protéine consiste en une ou plusieurs chaînes
polypeptidiques.
• Comme les acides nucléiques, les polypeptides ont une polarité avec une extrémité
possédant un groupe amino libre (NH2) et l'autre extrémité possédant un groupe
carboxyle libre (CO2H).
• Certaines protéines ne contiennent que quelques acides aminés, tandis que d'autres
peuvent avoir des milliers.

Liaison peptidique

2
 19/11/2017

la structure moléculaire des protéines a plusieurs niveaux d'organisation.

La table du code génétique

2ème base 3ème base
1ère base

3
 19/11/2017

• Un acide aminé est codé par trois nucléotides consécutifs dans l'ARNm, et chaque
nucléotide peut avoir une des quatre bases possibles (A, G, C et U) à chaque position de
nucléotide, ce qui permet d'obtenir 43 = 64 codons possibles .

• Trois de ces codons sont des codons d'arrêt, spécifiant la fin de la traduction. Ainsi, 61
codons, appelés codons de détection, codent pour les acides aminés.

• Parce qu'il ya 61 codons sens et seulement 20 acides aminés différents couramment

trouvés dans les protéines, le code contient plus d'informations que nécessaire pour
spécifier les acides aminés et est dit être un code dégénéré.

• La dégénérescence du code génétique signifie que les acides aminés peuvent être
spécifiés par plus d'un codon.
• Seuls le tryptophane et la méthionine sont codés par un seul codon.
• D'autres acides aminés sont spécifiés par deux codons,
• et certains, tels que la leucine, sont spécifiés par six codons différents.

• Les codons qui spécifient le même acide aminé sont dits synonymes.

• Le code génétique est universel (en général).

• Le code comporte des signaux de démarrage et d'arrêt. Des signaux de départ
et d'arrêt spécifiques pour la synthèse des protéines sont contenus dans le code.

Le code génétique n’est pas chevauchant

• Dans un code non chevauchant, chaque nucléotide appartient à un seul codon.

• Dans un code se chevauchant, certains nucléotides appartiennent à plus d'un
codon.
• Le code génétique utilisé dans presque tous les organismes vivants est le code non
chevauchant.

4
 19/11/2017

• Trente à 40 ARNt différentes ont été identifiés chez les cellules bactériennes et de 50 à
100 chez les eucaryotes.
• Le nombre des ARNt est donc plus grand que le nombre des acides aminés (20 AA) dans
la plus part des cellules.
• Ce nombre est aussi différent de celui du nombre des codons. Il en découle que,
plusieurs acides aminés ont plus d’un ARNt auquel il peuvent être attaché (ce qui
explique pourquoi il y a plus d’ARNt que d’ AA) et que plusieurs ARNt peuvent s’apparier
à plus d’un codon (ce qui explique pourquoi il y a plus de codons que d’ARNt).
La fonction des ARNt dépend de leur structure tridimensionnelle. Ces ARNt ont 70 à 80
nucléotides et en solution ils adoptent une structure en feuille de trèfle caractéristique.

Le code génétique « revisité » Appariement Appariement

Le nombre de codons pour un seul acide normal Alternatif
aminé varie, allant d'un codon (UGG
pour le tryptophane) à jusqu'à six (UCC,
UCU, UCA, UCG, AGC ou AGU pour la
serine)
L'ensemble de 61 codons de
détection peut être lu par moins de
61 ARNt distincts, en raison des
propriétés d'appariement des bases
dans l'anticodon
Certaines espèces d'ARNt chargées
peuvent amener leurs acides aminés
spécifiques à plus d’un type de
codons. Ces ARNt reconnaissent et
se lient à plusieurs codons
alternatifs, non seulement ceux qui
ont une séquence complémentaire,
à travers un appariement de base en
vrac à l'extrémité 3’du codon et
l'extrémité 5’ de l'anticodon. Cette
liaison lâche s'appelle : flottement.

5
 19/11/2017

Le Ribosome : machine de synthèse des protéines

L’efficacité de la synthèse est grandement facilitée par la fixation de l’ARNm et
les aminoacyl-ARNt par les ribosomes qui assurent une vitesse de synthèse de
3 à 5 résidus d’acides aminés par seconde.
Un ribosome est constitué par 3 (chez les bactéries) ou 4 (chez les eucaryotes) ARNr
différents ainsi que plusieurs protéines (jusqu’à 83) et est organisé en deux sous
unités, une grande et une petite sous unité. Les unités ribosomales et les ARNr sont
communément désignés en Svedberg (S).

Un ribosome contient une grande et une petite sous-

unités. Chaque sous-unité est formée d’ARNr de
longueurs variées et d’un ensemble de protéines. Il y a
deux molécules principales d’ARNr dans tous les
ribosomes (représentées dans la colonne de gauche).
Les ribosomes procaryotes contiennent également un
ARNr de 120 bases qui sédimente avec un coefficient
de 55, tandis que les ribosomes eucaryotes comportent
deux petits ARNr: une molécule d’ARNr 55 analogue à
l’ARNr 55 procaryote et une molécule d’ARNr 5,85 de
160 bases de long. Les protéines de la grande (large)
sous-unité sont appelées L1, L2, etc. et les protéines de
la petite (small) sous-unité, S1, S2, etc.

Les molécules de protéine et d'ARN composent les deux sous-unités d'un ribosome

6
 19/11/2017

Caractéristiques d'un ribosome

Le ribosome rassemble les autres acteurs importants de la synthèse des protéines -

ARNt et ARNm - pour traduire la séquence nucléotidique d'un ARNm dans la
séquence d'acides aminés d'une protéine. Les molécules d'ARNt et d'ARNm sont
positionnées dans le ribosome de sorte que le codon de l'ARNm puisse interagir avec
l'anticodon de l'ARNt.

ARNt dé-acétylé,
libéré

Il existe trois sites de liaison pour les molécules d'ARNt. Chaque ARNt lié relie les
sous-unités 30S et 50S, positionnées avec son extrémité anticodon dans la
première et son extrémité aminoacyle (portant l'acide aminé) dans la deuxième.

ARNt désacétylé,
libéré

Le site A (pour aminoacyle) se lie à

un aminoacyl-ARNt entrant dont
l'anticodon correspond au codon
dans le site A de la sous-unité 30S.

7
 19/11/2017

En avançant dans la direction 5’ sur

l'ARNm, le codon suivant interagit avec
l'anticodon de l'ARNt dans le site P (pour
le peptidyle) de la sous-unité 30S.
L'ARNt dans le site P se lie à la chaîne
peptidique croissante, dont une partie
s'insère dans une structure en forme de
tunnel dans la sous-unité 50S.

Le site E (pour la sortie) contient un ARNt

désacylé (il ne porte plus d'acide aminé)
qui est prêt à être libéré du ribosome.
Il n'est pas clair si les interactions codon-
anticodon ont également lieu entre
l'ARNm et l'ARNt dans le site E.

Deux régions supplémentaires dans le ribosome sont critiques pour la synthèse des
protéines.
Le centre du décodage dans la sous-unité 30S assure que seuls les ARNt portant des
anticodons qui correspondent au codon (appelés ARNt apparentés) seront acceptés
dans le site A.
Le centre peptidyltransférase dans la sous-unité 50S est le site où la formation de
liaisons peptidiques est catalysée.

Les étapes de la traduction

• La traduction se fait sur les ribosomes, en effet, les ribosomes peuvent être considérés
comme des machines mobiles de synthèse de protéines. Grâce à une variété de
techniques, une vue détaillée de la structure du ribosome a été produite ces dernières
années, ce qui a considérablement amélioré notre compréhension du processus de
traduction.

• Un ribosome s’attache près de l’extrémité 5'un brin d'ARNm et se déplace vers la partie
3’ terminale, en traduisant les codon un par un.

8
 19/11/2017

Les étapes de la traduction

• La traduction commence à l'extrémité amine de la protéine, et la protéine est
allongée par l'addition de nouveaux acides aminés à l'extrémité carboxyle.

• La synthèse de protéines peut être divisée de manière pratique en quatre étapes:

(1) la liaison d'acides aminés aux ARNt;

(2) initiation, dans laquelle les composants nécessaires à la traduction sont

assemblés au niveau du ribosome;

(3) l'allongement, dans lequel des acides aminés sont joints, un à la fois, à la chaîne
polypeptidique croissante;

(4) la terminaison, dans laquelle la synthèse protéique s'arrête au niveau du codon

de terminaison et les composants de traduction sont libérés du ribosome.

(1) la liaison d'acides aminés aux ARNt

Acide aminé Les 3 derniers

nucléotides de tous
les ARNt sont :
-CCA-3’

ARNt

L'acide aminé correct est attaché à l'ARNt par une enzyme appelée aminoacyl-ARNt
Synthétase.
Le processus est appelé amino-acylation,et produit un amino-acyl-tRNA .

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 19/11/2017

(1) la liaison d'acides aminés aux ARNt

(2) initiation, dans laquelle les composants nécessaires à la traduction sont

assemblés au niveau du ribosome

• La tâche principale de l'initiation est de placer le premier aminoacyl-ARNt dans le site

P du ribosome et, de cette manière, d'établir le cadre de lecture correct de l'ARNm.
• Dans la plupart des procaryotes et tous les eucaryotes, le premier acide aminé dans
n'importe quel polypeptide nouvellement synthétisé est la méthionine, spécifiée par le
codon AUG.
• Il est inséré un ARNt spécial appelé Initiator , symbolisé par ARNtMeti.
• Dans les bactéries, un groupe formyle est ajouté à la méthionine tandis que l'acide
aminé est attaché à l'initiateur, formant la N-formylméthionine. (Le groupe formyle sur
la N-formylméthionine est éliminé plus tard).

Comment le mécanisme de traduction sait-il par où commencer? En d'autres termes,

comment le codon AUG d'initiation est-il choisi parmi les nombreux codons AUG dans
une molécule d'ARNm?
Rappelons que, tant chez les procaryotes que chez les eucaryotes, l'ARNm a une région
5’ non traduite consistant en la séquence entre le site de départ de la transcription et le
site de départ de la traduction. La séquence nucléotidique de l'UTR 5’ adjacente à
l'initiateur AUG est critique pour la liaison des ribosomes chez les procaryotes mais pas
chez les eucaryotes.

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Initiation de la traduction chez les procaryotes

• Les codons d'initiation sont précédés de séquences spéciales appelées « séquence
Shine-Dalgarno » qui s’hybrident avec l'extrémité 3’de l’ARNr 16S, dans la sous-unité
ribosomale 30S.
• Cet appariement positionne correctement le codon initiateur dans le site P où l'ARNt
de l'initiateur se lie.
• L'ARNm peut s’hybrider seulement avec une sous-unité 30S qui est dissociée du reste
du ribosome.
• Notez à nouveau que l'ARNr remplit la fonction clé pour s'assurer que le ribosome est
au bon endroit pour commencer la traduction.

Complémentarité entre l’extrémité 3’ de l’ARNr 16S et la séquence Shine-Dalgarno

Initiation de la traduction chez les procaryotes

• Trois protéines - IF1, IF2 et IF3 (Facteurs d’initiation) sont nécessaires pour une
initiation correcte.
• IF3 est nécessaire pour maintenir la sous-unité 30S dissociée de la sous-unité 50S.
• IF1 et IF2 agissent pour s'assurer que seul l‘ARNt initiateur pénètre dans le site P.
• La sous-unité 30S, l'ARNm et l'ARNt initiateur constituent le complexe d'initiation.
• Le ribosome 70S complet est formé par l'association de la grande sous-unité 50S avec
le complexe d'initiation et la libération des facteurs d'initiation.

Facteurs d’initiation

Sous-unité
ribosomale 30S S

Complexe d’initiation 30S

Complexe
d’initiation 70S

S Sous-unité 50S
IF1 + IF2

Assemblage du ribosome assisté par les facteurs d’initiation au niveau du site

d’initiation de la traduction.

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Initiation de la traduction chez les eucaryotes

• Chez les eucaryotes, il n’ya pas de séquence Shine-Dalgarno dans l’ARNm .

• La structure CAP (5’) de l'ARNm eucaryote joue un rôle critique dans

l'initiation de la traduction.

•La petite sous-unité du ribosome eucaryote, à l'aide de facteurs d'initiation,

reconnaît la « cap » et s'y fixe;
• La petite sous-unité migre alors le long de l'ARNm jusqu'à ce qu'il localise le
premier codon AUG.
• L'identification du codon d'initiation est facilitée par la présence d'une
séquence consensus (appelée la séquence de Kozak) qui entoure le codon
d'initiation:
Séquence Kozak

Initiation de la traduction chez les eucaryotes

Région 5’ non traduite Région 3’ non Queue

(5’UTR) Traduite ; (3’UTR) poly A

Les protéines qui se fixent à la queue

Poly A interagissent avec les
Protéines Poly A (PAP) protéines fixées à la CAP…..

Protéines fixées à la CAP

….. et activent la fixation du ribosome

à l’extrémité 5’ de l’ARNm.

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Initiation de la traduction chez les eucaryotes

• A son arrivée dans le cytoplasme, l'ARNm est habituellement recouvert de protéines.

• Les régions peuvent être à double hélice en raison de l'appariement intramoléculaire
de bases.
• Ces régions de structure secondaire doivent être éliminées pour exposer le codon
initiateur AUG.
• Cette élimination est assurée par les facteurs d’initiation eucaryotes : eIF4A, B et G.
• Ces facteurs d'initiation s'associaient à la structure cap et avec la sous-unité 40S et
l'ARNt pour former un complexe d'initiation .

Facteurs d’initiation +
GTP + ARNti-Met +
sous-unité 40S

Sous-unité 40S avec les

composants d’initiation

• Une fois en place, le complexe se déplace dans la direction 5’-3’ and et déroule les
régions appariées de base.

• Dans le même temps, la séquence exposée est «balayée» pour un codon AUG où la
traduction peut commencer.
• Après que le codon AUG est correctement aligné avec l'ARNt initiateur, le complexe
d'initiation est assemblé avec la sous-unité 60S pour former le ribosome 80S.

sous-unité Facteurs
60S d’initiation

les facteurs d'initiation

eucaryotes se dissocient
du ribosome avant que
la phase d'allongement Complexe d’initiation 80S
de la traduction
commence

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Elongation
L'ARNm agit comme un matrice spécifiant la l’acheminement d'ARNt reconnaissant les
codons et portant chacun un acide aminé.
Chaque acide aminé est ajouté à la chaîne polypeptidique croissante tandis que l'ARNt
désacétylé est recyclé par addition d'un autre acide aminé.
Deux facteurs protéiques appelés facteur d’élongation Tu (EF-Tu) et facteur d ’élongation
G (EF-G participent à l’élongation.

Complexe ternaire

1- Début d’élongation avec

un ARNt initiateur portant
l’acide aminé méthionine
dans le site P du ribosome; le
site A est prêt à accepter un
complexe ternaire

L’aminoacyl-ARNt 2- Un complexe ternaire

se fixe au site A formé d’ARNt-aminoacétylé
attaché à EF-Tu se fixe au site
A

3- Le choix parmi les 20 complexes ternaires

est déterminé par la reconnaissance du codon-
anticodon dans le centre du décodage de la
petite sous-unité.

4- Quand le bon appariement est réalisé, le

ribosome change de forme, l'EF-Tu quitte le
complexe ternaire et les deux extrémités
aminoacyle sont juxtaposées dans le centre
Liaison peptidique peptidyltransférase de la grande sous-unité.

5- Là, une liaison peptidique est formée

avec le transfert de la méthionine dans le
site P vers l'acide aminé dans le site A. À ce
stade, le deuxième facteur de protéine, EF-
G, joue son rôle. Le facteur EF-G semble
s'insérer dans le site A.

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6- Parce que les ARNt dans le site P et A sont

encore attachés à l'ARNm par l'appariement
codon-anticodon, ils ne se déplacent pas avec le
ribosome lorsqu'il transloque.
Par conséquent, le ribosome se déplace de sorte
que l'ARNt qui occupait auparavant le site P
occupe maintenant le site E, à partir duquel il se
déplace dans le cytoplasme où il peut être
rechargé avec un autre acide aminé.
La translocation provoque également que l'ARNt
qui occupe le site A (qui est attaché à la chaîne
polypeptidique en croissance) soit dans le P
Site, en laissant le site A ouvert.
L’entrée du facteur EF-G dans le site A déplace
les ARNt dans les sites A et P vers les sites P et E,
respectivement.

7- L'ARNm se déplace à travers le ribosome

de sorte que le codon suivant est positionné
dans le site A
- Cette étape nécessite l’hydrolyse d’un GTP
en GDP.

8- Lorsque EF-G quitte le ribosome, le site A

est ouvert pour accepter le complexe ternaire
suivant.

9- Dans les cycles suivants, le site A est rempli

d'un nouveau complexe ternaire lorsque l'ARNt
désacétylé quitte le site E.

Au fur et à mesure que l’élongation continue, le

nombre d'acides aminés sur le peptidyl-ARNt (au
Fixation de site P) augmente.
l’aminoacy-ARNt
au site A Finalement, l'extrémité amino-terminale du
polypeptide en croissance émerge du tunnel
ARNt du site E dans la sous-unité 50S et fait saillie du ribosome.
quitte le ribosome

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Terminaison Le cycle se poursuit jusqu'à ce que le codon dans

le site A soit l'un des trois codons d'arrêt: UGA,
UAA ou UAG.

Rappelons qu'aucun ARNt ne reconnaît ces

codons.
Au lieu de cela, les protéines appelées (RF1, RF2
et RF3 dans les bactéries) reconnaissent les
codons d'arrêt

Dans les bactéries, RF1 reconnaît UAA ou UAG,

tandis que RF2 reconnaît UAA ou UGA; Les
deux sont assistés par RF3.
L'interaction entre les facteurs de libération 1
et 2 et le site A diffère de celui du complexe
ternaire de deux façons importantes.
Tout d'abord, les codons d'arrêt sont reconnus
par les tripeptides dans les protéines RF, et non
par un anticodon.

Terminaison

Deuxièmement, les facteurs de libération se

fixent dans le site A de la sous-unité 30S mais ne
participent pas à la formation de liaisons
peptidiques.

Au lieu de cela, une molécule d'eau (H2O)

pénètre dans le centre de la peptidyltransférase
et sa présence conduit à la libération du
polypeptide à partir de l'ARNt dans le site P.

Les sous-unités ribosomiques se séparent, et la

sous-unité 30S est maintenant prête à former un
nouveau complexe d'initiation.

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Chapitre 5
Régulation de l’expression génique

Régulation de l’expression des gènes

• Les différents types cellulaires qui caractérisent un organisme possèdent tous le même
génome, mais se distinguent par la spécificité de leur composition en protéines.

Qu'est-ce qui détermine le type et la quantité de ces protéines dans une cellule
particulière?
• la régulation de l’expression des gènes est cruciale pour la survie des organismes.
• Chaque étape doit être régulé , depuis les gènes jusqu'à la formation des protéines.

• Les mécanismes de régulation sont différents entre les procaryotes et les eucaryotes:

Chez les organismes unicellulaires, la régulation génique servira principalement à

s'ajuster aux modifications de l'environnement, par exemple à la présence de nutriments et
à l'optimisation de l'utilisation de la ressource.

Chez les organismes pluricellulaires où l'on retrouve une complexité et une diversité
de types cellulaires, l'emphase de la régulation génique sera principalement axée sur
l'expression du programme génétique nécessaire au développement embryonnaire et à la
différentiation cellulaire.

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I. Régulation génique des procaryotes

• Chez un organisme unicellulaire, qu'est-ce qui détermine sa capacité de répondre aux

modifications de son environnement ?
• Un organisme unicellulaire doit pouvoir répondre rapidement à des changements de
son environnement (temps de génération très court chez les procaryotes).
• la demi-vie de la plupart des ARNm est courtes (quelques minutes)
• La transcription et la traduction se réalisent au même temps et dans le même
compartiment.

La régulation génique doit s’effectuer très tôt

Le moment majeur de la régulation = Initiation de la transcription

Qu’est-ce-que la régulation génétique?

C’est moyen pour la cellule de développer des mécanismes qui lui permettent
de réprimer les gènes qui codent pour des protéines inutiles et de les activer au
moment ou ils deviennent nécessaires.

1. Les opérons
= Unité de régulation d’un ensemble de gènes appelés « cistrons »)qui seront transcrits à
l’aide d’un même promoteur sous forme d’1 seul ARNm traduit cependant en plusieurs
protéines différentes.
Cette unité comprend les gènes de structure, 1 ou plusieurs gènes régulateurs codant des
protéines régulatrices et des éléments de contrôle présent dans la séquence ADN
(promoteur, opérateur.).
2. L’opérateur = Site cible de la protéine répresseur (souvent proche du site d’initiation
de la transcription
3. Répresseur = Protéine qui inhibe la transcription et empêche l’expression d’un gène.
4. Activateur = Protéine qui stimule la transcription et favorise l’expression d’un gène.

Structure d’un opéron

Début de la transcription

RBS (‘ribosome binding site’) : fixation du ribosome

CDS (‘coding sequence’): séquence codant pour une protéine

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Autres définitions:
Trans : Les produits sont libres de diffuser pour trouver une cible (activateur,
répresseur).

Cis : Pour toute séquence d’ADN non transformée en une autre molécule, elle agit in
situ et touche l’ADN au quel elle est liée (promoteur et opérateur).

Deux modes de régulation de l’expression d’un gène cible par une molécule régulatrice:
1. Régulation positive :
• Pour certains gènes, une protéine activatrice doit se lier à son site d'ADN cible comme
condition préalable nécessaire pour commencer la transcription.
•La présence de la protéine liée est requise pour la transcription
l’interaction déclenche la transcription du gène

2. Régulation négative : l’interaction empêche la transcription du gène

• Une protéine répresseur doit être empêchée de se lier à son site cible comme
condition préalable nécessaire pour commencer la transcription.
• L'absence du répresseur lié permet la transcription de commencer.

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Opérons inductibles Exemple : l’opéron lactose

Site CAP
Promoteur Opérateur
Lac I

Enzymes nécessaires au clivage et à l’utilisation du

lactose comme substrat nutritif

• L’expression des gènes Z, Y et A est sous le contrôle négatif du produit du gène I, le

répresseur.
• Quand le répresseur se lie à l’inducteur, l’opéron est exprimé.

Opérons inductibles
Exemple : l’opéron lactose

Le métabolisme du lactose nécessite deux enzymes:

(1) une perméase pour transporter le lactose dans la cellule et
(2) β-galactosidase pour cliver la molécule de lactose pour produire du glucose et
du galactose

NB1: LacA code pour la β-thiogalactoside acétyltransférase qui permet à la cellule d'utiliser les
thiogalactosides.
NB2: Une mutation dans lacA ne donne aucun effet à court terme. Alors que dans lacZ ou lacY donne
une perte de la fonction.

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Les inducteurs de l’opéron lac

Lactose, (substrat de l’opéron), converti en son isomère (par transglycosylation),
l’allolactose.
Allolactose, inducteur naturel (ou inducteur physiologique, isomère du lactose).
Inducteur synthétique: induit l’opéron mais pas hydrolysé par la B-galactosidase.
Par exemple : isopropylthiogalactoside (IPTG)

Lactose Allolactose

IPTG

En absence du lactose

Inhibition de la transcription des gènes

de structure

absence de lactose :
• Transcription du gène lac I et synthèse du répresseur.
• Le répresseur se fixe sur l’opérateur sous forme d’un homo-tétramère
• Pas de synthèse de lac Z, lac Y et lac A.

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En présence du lactose

• La liaison du lactose change la forme du répresseur de sorte que le répresseur ne se

lie plus à O et se détache de l'ADN.
• L'ARN polymérase est alors capable de transcrire les gènes structurels Z, Y et A, et
ainsi les trois enzymes sont produites.
• Le lactose et ses analogues qui inactivent allostériquement le répresseur, conduisant
à l'expression des gènes lac, sont appelés inducteurs.

En présence du lactose et du glucose ???

• E. coli et de nombreuses autres bactéries vont métaboliser le glucose préférentiellement
en présence de lactose et d'autres sucres.
• Elles le font parce que le glucose entre dans la glycolyse sans autre modification et
nécessite donc moins d'énergie pour métaboliser que d'autres sucres.
• Lorsque le glucose est disponible, les gènes qui participent au métabolisme des autres
sucres sont réprimés, dans un phénomène connu sous le nom de répression catabolique.
catabolique
• Par exemple, la transcription efficace de l'opéron lac n'a lieu que si le lactose est
présent et le glucose est absent.

•Mais comment l'expression de l'opéron lac est –elle influencée par le glucose?
•Qu'est-ce qui provoque la répression catabolique?

• La répression catabolique résulte d'un contrôle positif en réponse au glucose.

(Cette régulation s'ajoute au contrôle négatif provoqué par la liaison du répresseur au
site opérateur de l'opéron lac lorsque le lactose est absent).
• Le contrôle positif est réalisé par la liaison d'une protéine dimère appelée protéine
activatrice de catabolite (CAP
CAP) à Un site d'environ 22 nucléotides de longueur et situé
dans ou légèrement en amont du promoteur des gènes lac .

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• Avant que CAP ne puisse se lier à l'ADN, elle doit

former un complexe avec un nucléotide modifié
appelé Adénosine 3’-5’ monophosphate cyclique Protéine
activatrice des
(AMP cyclique ou AMPc), qui est important dans catabolites
les processus de signalisation cellulaire dans les
cellules bactériennes et eucaryotes.

• L’ARN polymérase ne se fixe au promoteur qu’après que la CAP se fixe à l’ADN.

•Chez E. coli, la concentration d'AMPc est inversement proportionnelle au taux de glucose
disponible:
•Une concentration élevée de glucose dans la cellule abaisse la quantité d'AMPc, ainsi,
peu de complexe AMPc-CAP est disponible pour se lier à l'ADN.
Par la suite, l'ARN polymérase a une faible affinité pour le promoteur lac, et il se produit
peu de transcription de l'opéron lac.
•De faibles concentrations de glucose stimulent des taux élevés d'AMPc, ce qui entraîne
une augmentation de la liaison de l'AMPc-CAP à l'ADN. Cette augmentation augmente la
liaison de l'ARN polymérase au promoteur et augmente la transcription des gènes lac de
quelque 50 fois.

Les bases de la répression catabolique: Choisir le meilleur sucre à métaboliser

Présence faible du glucose

1. Quand le niveau du 2. CAP forme un 3. Augmente l’efficacité
glucose est faible, le complexe avec AMPc et de la fixation de l’ARN
taux de l’AMPc est élevé se fixe sur l’ADN polymérase

4. Transcription élevée
des gènes de structure

5. Production du glucose à
partir du lactose

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Les bases de la répression catabolique: Choisir le meilleur sucre à métaboliser

Glucose élevé
1. Quand le niveau du
glucose est élevé, le
taux de l’AMPc est
faible.. 3. L’ARN polymérase ne
2. Pas de formation de se fixe pas à l’ADN
complexe CAP-AMPc

4. Transcription très faible des

gènes de structure.

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Opérons répressibles: Responsable de l’anabolisme (processus

de biosynthèse). Exemple : l’opéron tryptophane.
• Le tryptophane est un acide aminé nécessaire à la synthèse des protéines. Peu fréquent
dans les protéines.
• L’opéron trp code pour les enzymes nécessaires pour la synthèse du tryptophane
(trpA - trpE)
• La synthèse de l’ARNm de l’opéron est contrôlée par un répresseur qui bloque la
transcription lorsqu’il est lié par le tryptophane (co-répresseur)
Nous appelons les opérons de biosynthèse des acides aminés contrôlés de cette
manière les opérons répressibles. En général, les opérons pour les voies
anaboliques (biosynthétiques) sont réprimés (arrêtés) lorsque le produit final est
facilement disponible.

• 5 gènes structurels (A-E) se localisés dans l'opéron trp

trp.

• Les régions promoteur et opérateur sont en amont du gène trpE.

• Entre la région promoteur-opérateur et trpE est une région courte appelée trpL, la
région leader. Dans trpL, proche de trpE, se trouve un site atténuateur (att) qui joue un
rôle important dans la régulation de l'opéron trp.

• L'opéron trp total est d'environ 7.000 paires de bases de long. La transcription de
l'opéron conduit à la production d'un ARNm polycistronique pour les cinq gènes.

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L’opéron tryptophane

Mécanismes de régulation de l’opéron tryptophane

Deux mécanismes de régulation sont impliqués dans le contrôle de l'expression de
l'opéron trp.
• Un mécanisme utilise une interaction répresseur-opérateur ,
• l'autre détermine si les transcrits initiés comprennent les gènes structurels ou
sont terminés avant que ces gènes soient atteints.

1. Expression de l’opéron trp en présence de tryptophane.

• Le gène régulateur de l'opéron trp est trpR
trpR, situé à une certaine distance de l'opéron
• Le produit de trpR est une protéine aporepresseur, qui est essentiellement un
répresseur inactif qui seul ne peut pas se lier à l'opérateur.
Lorsque le tryptophane est abondant dans la cellule, il interagit avec l'aporepresseur
et le convertit en un répresseur actif de Trp.
(Le tryptophane est un exemple d'une molécule effectrice)

• Le répresseur Trp actif se lie à l'opérateur et empêche l'initiation de la transcription des

gènes codant pour les protéines de l’ opéron trp par l'ARN polymerase.
En conséquence, les enzymes de biosynthèse du tryptophane ne sont pas produites. Par
répression, la transcription de l'opéron trp peut être réduite d'environ 70 fois.

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Absence de tryptophane : pas de repression

[tryptophane] élevée : repression

2. Expression de l’opéron trp en présence d’un faible taux de

tryptophane.
• Le second mécanisme de régulation est impliqué dans l'expression de l'opéron trp dans
des conditions de privation de tryptophane ou de limitation du tryptophane.

• Sous une forte carence de tryptophane, les gènes trp sont exprimés au maximum.
• Dans des conditions de carence moins sévère, les gènes trp sont exprimés à des niveaux
inférieurs aux niveaux maximaux.
• Ceci est accompli par un mécanisme qui contrôle le rapport des transcrits entiers qui
incluent les cinq gènes structuraux trp à des transcrits courts de 140 pb qui se sont
terminés au niveau du site atténuateur dans la région trpL

• Les transcrits courts sont terminés par un processus appelé atténuation.

La proportion des transcrits qui incluent les gènes structurels est inversement
proportionnelle à la quantité de tryptophane dans la cellule : plus il y a de tryptophane,
plus grande est la proportion de transcriptions courts.

• L'atténuation peut réduire la transcription de l'opéron trp d'un facteur de 8 à 10.

Ainsi, la répression et l'atténuation ensembles peuvent réguler la transcription de
l'opéron trp d'un facteur d'environ 560 à 700.

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Modèle moléculaire de l’atténuation

Le transcrit d'ARNm de la région « Leader » comprend une séquence qui peut être traduite
pour produire un polypeptide court.

Juste avant le codon d'arrêt dans le transcrit se trouve deux codons adjacents pour le
tryptophane qui jouent un rôle important dans l'atténuation.
Il ya quatre régions de l'ARNm du peptide leader qui peuvent se plier et former des
structures secondaires par appariement de bases complémentaires. L'appariement des
régions 1 et 2 résulte en un signal de pause de transcription, celui de 3 et 4 est un signal de
terminaison de la transcription, et l'appariement de 2 et 3 est un signal d'anti-terminaison
pour que la transcription continue.

Modèle moléculaire de l’atténuation

Dans le système de régulation trp, une pause de l'ARN polymérase est provoquée
par l'appariement des régions ARN 1 et 2 juste après qu'elles soient synthétisées.
La pause permet au ribosome de se charger sur l'ARNm et de commencer à traduire
le peptide leader de sorte que la traduction du transcrit d'ARNm Leader se produit
juste derrière la transcription par l'ARN polymérase.

Organisation de la région « Leader »

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A) Carence en tryptophane : Anti-terminaison

Lorsque la transcription et la traduction couplées se poursuivent, la position du ribosome
sur le transcrit « leader » joue un rôle important dans la régulation de la terminaison de
la transcription à l'atténuateur.
Si les cellules sont privées de tryptophane, la quantité de molécules de Trp-ARNt
(tryptophanyl-ARNt chargé) chute de façon spectaculaire, car très peu de molécules de
tryptophane sont disponibles pour l'aminoacylation de l'ARNt.
Un ribosome traduisant le transcrit « Leader » s'arrête au niveau des codons Trp en
tandem dans la région 1 parce que l'acide aminé spécifié suivant dans le peptide est
insuffisant; le peptide leader ne peut pas être terminé.

Puisque le ribosome couvre maintenant la zone 1 de la région d'atténuateur,

l'appariement 1: 2 ne peut pas se produire, la région 1 n'étant plus disponible.
Cependant, la région d'ARN 2 s’appariera avec la région d'ARN 3

Une fois que la région 3 est synthétisée. Du fait que la région 3 est complémentaire à la
région 2, la région 3 ne peut pas s’apparier avec la région 4 lorsqu'elle est synthétisée.
L'appariement 2: 3 est un signal d'anti-termination, puisque le signal de terminaison
de 3 hybridé à 4 ne se forme pas, permettant ainsi à l'ARN polymérase de continuer
au-delà de l'atténuateur et de transcrire les gènes structurels.

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A) Présence du tryptophan : Terminaison

le tryptophane est abondant:
1- le ribosome ne s’arrête pas au niveau des codons trp; il continue à traduire la séquence
leader, s’arrêtant au niveau de la région 2.
2- la région 2 ne peut pas s’apparier avec la région 3; cette dernière s’apparie alors avec la
région 4.
3- cet appariement 3-4 constitue la séquence « atténuateur » et fonctionne comme signal
de terminaison
4- la transcription s’achève avant que l’ARN polymérase atteigne les gènes permettant la
synthèse du tryptophane

II. Régulation génique des eucaryotes

Pour répondre à un environnement changeant ou permettre la différenciation, les
cellules doivent souvent activer ou désactiver plusieurs gènes de manière coordonnée.

Dans les eucaryotes, à la fois unicellulaires et multicellulaires, le contrôle de l'expression

des gènes est plus compliqué que dans les procaryotes.
• La raison, en partie, provient de la compartimentation des cellules eucaryotes et des
exigences imposées par la nécessité d'eucaryotes multicellulaires pour générer un grand
nombre et des types de cellules.
• La présence d'un noyau dans une cellule eucaryote sépare les processus de
transcription et de traduction.
• Il n’existe pas d’opérons dans les cellules eucayotes.
•Par conséquent, il existe davantage de niveaux auxquels l'expression des gènes codant les
protéines peut être régulée dans les eucaryotes.
II. Régulation génique des eucaryotes
1. Régulation chromatinienne
2. Régulation transcriptionnelle
3. Régulation post transcriptionnelle
4. Régulation traductionnelle
5. Régulation post-traductionnelle

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Niveaux de la régulation génique des eucaryotes

1. Régulation chromatinienne
• L'organisation de l'ADN à l'intérieur de la chromatine et des chromosomes joue un rôle
central dans la régulation des processus cellulaires.
• La structure de la chromatine n'est pas figée: elle est influencée par de nombreux
facteurs qui peuvent la modifier. La chromatine est localement fluidifiée notamment par
des protéines non-histones. Lorsque les chromosomes sont traités par des produits
chimiques qui réagissent avec l'ADN, tels que le réactif de Feulgen, des régions distinctes
avec des caractéristiques de marquage différentes apparaissent. Les régions fortement
colorées sont appelées hétérochromatine et reflètent un haut degré de compacité même
après la mitose. Les régions faiblement colorées sont appelées euchromatine et
correspondent aux régions empaquetées de façon plus lâche.
• La décondensation relative de la chromatine
semble associée à l'activité génique, la plupart des
gènes actifs se trouvent dans l'euchromatine.
• La chromatine, de par sa structure condensée,
représente une barrière à l'accessibilité de l'ADN.
Elle est en perpétuel équilibre entre état relâché et
état condensé suivant les effets antagonistes de
multiples complexes protéiques et il ne fait guère
de doute que l'état condensé est défavorable à la
transcription.
• Le remodelage de la chromatine est donc une
étape cruciale dans la régulation de la transcription.

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1. Régulation chromatinienne
La structure de la chromatine affecte l'expression des gènes dans les cellules eucaryotes;
L'ADN doit se dérouler des protéines histones avant que la transcription puisse avoir lieu.
Un type de contrôle de gène dans des cellules eucaryotes est accompli par la modification
de la structure génique.
Dans le noyau, les protéines histones s'associent pour former des octamères, autour
desquels l'ADN hélicoïdal s'enroule étroitement pour créer la chromatine

Euchromatine

Hétérochromatine

1. Régulation chromatinienne
Si on met de très faibles quantités d’enzymes ADNases (qui dégradent l’ADN) pendant des
temps courts dans le noyau, il y a coupure de l’ADN en des endroits précis, qui
correspondent à des gènes activement transcrits au moment de l’extraction des noyaux.
On a pu mettre en évidence de cette manière l’existence de sites sensibles et
hypersensibles de l’ADN.
Hétérochromatine : état condensé, transcriptionnellement inactive, constitutive ou
facultative
Euchromatine : transcriptionnellement active, sensible à la DNAse, organisée en
boucles de 40-100 kpb fixées à une structure protéique = la matrice nucléaire (formant des
régions asssociées à la matrice = MAR = matrix associated regions).
La chromatine est constituée essentiellement de l'ADN du génome complexé avec de
petites protéines basiques, les histones.
C'est l'interaction du génome avec les histones qui permet sa condensation dans le
noyau à la fois de façon extrême, ordonnée et souple.
L'unité structurale de base de la chromatine est le
nucléosome, il résulte de l'enroulement de la
double hélice d'ADN autour d'un octamère
d'histones formé d'un cœur tétramérique fait de 2
H3 et de 2 H4 et de par et d'autre de ce trétramère
central, 2 hétérodimères H2A et H2B.

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1. Régulation chromatinienne : modification des histones

Le contrôle de la structure de la chromatine peut se faire au niveau de la modification
des histones.
Il existe des enzymes qui vont constamment modifier l’état de ces histones
Une dérégulation de ces modifications épi -génétiques peut entraîner des maladies
telles que le cancer.

Des extrémités saillantes appelées queues d'histones Protéines histone ADN

contiennent des résidus d'acides aminés basiques
spécifiques (lysine et arginine) qui peuvent être
modifiés de manière covalente par la fixation des
groupes acétyle et méthyle.
Ces réactions ont lieu après que la protéine histone a
été traduite et même après que l'histone a été
incorporée dans un nucléosome. Queue chargée +

1.1. Modifications des histones : acétylation, désacétylation

Acétylation
Méthylation

• Les histones associées aux nucléosomes des gènes actifs sont riches en groupes acétyles
(dits hyperacétylées), tandis que les gènes inactifs sont sous-acétylés (hypoacétylés).
• L'enzyme responsable de l'addition des groupements acétyles est l'histone
acétyltransférase (HAT).
• L’enzyme responsable de l’élimination des groupements acétyles, l'histone
déacétyltransférase (HDAC).

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Acétylation des histones et expression des gènes

1. L’acétylation des lysine des histones annule les charges positives, diminuant ainsi les
forces d’attraction négatives avec les groupements phosphates de l’ADN, de sorte
que l'octamère est plus susceptible de glisser le long de l'ADN à une nouvelle
position et conduisant à une ouverture plus large de la chromatine

2. Au contraire, la dé-acétylation des lysines libère les charges positives et favorise

ainsi une attraction étroite avec l’ADN, conduisant à la formation de la chromatine
condensée.

L'ajout de groupes acétyle peut altérer l'interaction entre les nucléosomes

adjacents, ce qui entraîne une chromatine plus ouverte

L'acétylation des histones, associée à d'autres modifications des histones,

influence la liaison des protéines régulatrices à l'ADN

1.2. Modifications des histones : Méthylation

C'est l'introduction d'un groupe fonctionnel méthyle à la lysine ou à l'arginine de

la queue histone.
Ces réactions sont catalysées par des enzymes "histone méthyltransférase" 'Arg'
peut être méthyléeune ou deux fois, et 'Lys' une fois, deux fois trois fois.

Les histones H2B, H3 et H4 peuvent être méthylées et la méthylation peut être

associée avec les formes acétylées de H3 et H4, suggérant alors que
méthylation, acétylation et transcription sont corrélées.

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La méthylation peut entraîner une activation ou une répression de l'expression:

La triméthylation de l'histone H3 à la lysine 4 (H3K4) est un signal actif pour la

transcription.

Diméthylation de l'histone H3 à la lysine 9 (H3K9), un signal de silencieux

transcriptionnel
La méthylation ne neutralise pas la charge mais recrute des protéines régulatrices ou
silencieuses qui lient les histones méthylées.

Répression de la transcription

1.3. Modifications des histones : phosphorylation, ubiquitination

 La phosphorylation des histones Hl et H3 est
quant à elle, impliquée dans la condensation des
chromosomes lors de la mitose et celle de H3
est liée à une activité transcriptionnelle
augmentée.
‘Sérines/Tyrosines :
Phosphorylation : Kinases
Déphosphorylation : phosphatases’

 Les histones H2A, H2B et H3 peuvent subir

une ubiquitination (addition de l’ubiquitine
(petite protéine régulatrice) et cette
modification est associée à un ADN
transcriptionnellement actif.

Le rôle de l'ubiquitination et de la méthylation

est encore mal compris.
L'ensemble de ces modifications interviennent
dans la formation d'une surface d'interaction sur
la chromatine pour d'autres protéines
responsables de la traduction du "code des
histones" en un pattern d'expression
transcriptionnelle .

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1. Régulation chromatinienne :
1.4. structure de l’ADN
La structure de la double hélice d’ADN peut influer sur son état de transcription:

La double hélice de l’ADN : forme Z

modifie la compaction de l’ADN

Elle est inactive au niveau

transcriptionnel car elle va
modifier l’interaction des enzymes
telles que l’ARN polymérase avec
l’ADN.

1.4. Méthylation des bases de l’ADN

La méthylation de l’ADN est un phénomène physiologique,
car 5 à 10 % des cytosines sont méthylées.
La méthylation concerne essentiellement des régions en
motifs CGCGCG… = îlots CpG
• La méthylation des bases est réalisées par des enzymes appelées méthylases. Elles
sont aussi capables d’enlever ces groupements CH3.
• Remarque : La méthylation est conservée au cours des divisions cellulaires

Chacun des 2 brins

présentent des sites
méthylés

Les méthylases reconstruisent un profil de méthylatioin strictement identique à celui de la molécule

mère avant la réplication. Donc les propréités de régulation sont également conservées.

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1.4. Méthylation des bases de l’ADN

• La méthylation des cytosines a pour effet de diminuer la transcription:
• Les sites méthylés sont reconnus par des enzymes et déclenche la condensation de
l'ADN, et conduit donc à l'inactivation des gènes.

Observations :
- L’ADN dans les cellules cancéreuses est hypométhylé (profilératioin importante).

2. Régulation transcriptionnelle

Séquence promoteur
Séquences régulatrices
• Activatrice
•Modératrices

Séquences de régulation en « cis »

1. Région promotrice : fixation de l’ARN polymérase

2. Séquences régulatrices : qui peuvent être soit activatrices, soit modératrice s

Ces séquences vont interagir avec un certain nombre de protéines :

-Séquence promotrice, avec : ARN polymérase, facteurs de transcription.
-Séquences régulatrice, s avec de nombreux facteurs dits facteurs de régulation de la
transcription
Suivant la nature de ces facteurs et leur interaction, il y’aura modulation
différentielle de la reconnaissance des séquences promoteur par l’ARN pol et donc de la
transcription.

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Séquences de régulation en « cis »

Localisées à la proximité du gène soumis à la régulation:
-Promoteur : nécessaire à la fixation de l’ARN polymérase
- Autres séquences régulatrices
de localisation variable (éloignement de qqs dizaines de pb à qqs milliers de
pb du gène à réguler; et de position variable : 5’, 3’ ou dans le gène lui-même
au niveau des introns)
Ces séquences, en combinaison avec leur interaction avec des facteurs Trans,
peuvent moduler l’expression du gène en fonction du tissu, de type cellulaire
et du stade du développement.
-Insulateurs : séquences de l’ADN éloignées du site d’initiation de la transcription,
permettent d’isoler le gène du reste du contexte chromatique.
- Séquences de réponses : séquences régulatrices qui répondent spécifiquement d’un
ligand régulateur particulier
-Exemple : l’élément de séquence ERE sera impliqué dans la régulation de
l’expression de certains gènes en réponse aux oestrogènes
- Combinaisons de séquences régulatrices: Souvent, les mécanismes de régulation
impliqueront plusieurs séquences régulatrices permettant des réponses
variables en fonction des combinaisons des différentes séquences mises en jeu

Protéines « trans » régulatrices

• Les séquences régulatrices de la transcription vont interagir avec des protéines appelées :
protéines Trans-régulatrices.

• Elles sont formées de :

- Facteurs de transcription, dont on distingue :
- Facteurs généraux : qui interviennent de manière générale dans la transcription.
- Facteurs spécifiques (du tissu, ou de stade de développement)
- Facteurs inductibles : ils ne sont actifs qu’à la suite d’une modification telle
qu’une protéolyse, phosphorylation…

• L’analyse de ces différents facteurs a montré qu’ils partagent des motifs particuliers en
commun tels qu’un domaine de fixation sur l’ADN, ou un domaine de reconnaissance d’un
ligand.

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Le domaine de fixation des facteurs trans est souvent constitué des structures suivantes :

Dimère hélice-boucle-
hélice

Hélice-coude-hélice

Doigts de Zinc Glissière à leucine (leucine zipper)

2. Régulation transcriptionnelle
• La modulation de la transcription implique très souvent de nombreux facteurs.
• On a différentes situations permettant de rendre compte de différents niveaux
d’expression d’un gène
• Ces situations sont gouvernées par une interaction entre des facteurs et les
séquences régulatrices situées en amont du gène
Situation 1 : Un répresseur fixé sur les séquences régulatrices va empêcher la
transcription du gène

Niveau de transcription

Situation2 : Un activateur fixé sur les séquences régulatrices va favoriser un niveau

plus élevé de la transcription du gène

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La modification des différents facteurs interagissant les séquences de régulation va

aboutir à des niveaux plus au moins efficaces d’interaction avec la région
promotrice du gène.
Niveaux d’expression plus ou moins élevé

Exemple : gènes modulés par la présence de l’hormone Estrogène

L’estrogène est présente chez l’homme et la femme, Elle est présente en quantités
significativement plus importante chez la femme que chez l’homme.
Elle favorise le développement des caractères sexuels chez la femme.
-Rôle dans la reproduction
- Rôle dans le développement du système nerveux central
- Rôle dans le développement du système cardiovasculaire….
De nombreux gènes seraient sensibles à la présence d’estrogènes.

Les estrogènes n’agissent pas directement sur l’ADN, elles se lient à des protéines
spécifiques : récepteurs nucléaires d’estrogène.

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La fixation des estrogènes sur leur récepteur modifie sa conformation, ce qui va lui
permettre d’interagir avec une séquence spécifique au niveau de l’ADN = Elément de
réponse aux eostrogènes = ERE.
La fixation du récepteur des estrogènes sur l’ERE va activer la transcription du gène dont
le promoteur est situé à proximité de cet ERE et induire l’expression du gène.

Si la production des estrogènes s’arrête :

1. les estrogènes présentes dans les cellules seront métabolisées.
2. Libération des sites de fixation des récepteurs qui retrouveront leur conformation du
départ .
3. Pas d’interaction avec les éléments ERE.
4. Arrêt de l’activation de la transcription des gènes en question.

Présence ou absence Estrogènes = interrupteur hormonal pour la production

de certaines protéines

Les récepteurs nucléaires hormonaux sont des cibles privilégiées de molécules

thérapeutiques .
On peut utiliser des molécules agonistes ou antagonistes mimant la structure
stéroïdienne des hormones et activant ou réprimant le récepteur.

Ex: Le tamoxifène est un antagoniste reconnaît le récepteur des estrogènes et va

inhiber son activation.
Il est utilisé dans le traitement de certaines tumeur du sein dont le développement
est contrôlé par les estrogènes.

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Il existe différentes manières de modulation de l’expression d’un gène:

Situation 1 : Modulation par compétition entre différents facteurs vis-à-vis d’une
séquence régulatrice .

S’il y’a plus de répresseurs, il y’aura répression de l’expression du gène.

S’il y’a plus d’activateur, il y’aura activation du gène.
Situation 2 : Masquage de la surface d’activation:
Il y’a fixation à la fois du répresseur et d’activateur sur leurs séquences respectives.
Le répresseur est capable de se fixer sur l’activateur et d’empêcher son interaction avec l’ADN.

Situation 3: Interaction directe avec les facteurs de transcription

Exemple:
- Le répresseur est fixé sur sa séquence régulatrice.
- Il va interagir avec le facteur de transcription TFIID.
- Par cette fixation, le répresseur va maintenir à distance l’activateur qui ne peut plus
se fixer sur la facteur de transcription TFIID et ne pourra plus activer la transcription.

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2. Régulation post-transcriptionnelle
Une fois l’ARN est transcrit, un certain nombre de systèmes de régulation peuvent
intervenir, on a :
2.1. L’épissage alternatif
- La première étape de la transcription fournit ARN pré-mature dont lequel sont encore
présents les différents introns.
-Ces introns sont éliminés pour fournir l’ARNm mature
- Des épissages alternatifs peuvent produire des ARNm différents et donc, des protéines
distinctes à partir du même transcrit primaire. Les différentes formes de la même protéine
produites par l’épissage alternatif sont généralement utilisées dans des types cellulaires
distincts ou à des stades différents du développement.

2.1. L’épissage alternatif

Exemple 1

Suivant le type tissulaire, l’épissage des des exons va se faire de manière différente:
Dans la thyroïde: Il y’aura excesion et épissage des exons 1,2,3 et 4. L’ARN obtenu sera
traduit en calcitonine , hormone impliquée dans le métabolisme du calcium et de
phosphore.

- Dans le cerveau : le gène sera épissé de manière différente

L’excesion et épissage donnera l’ARNm mature avec les exons 1,2,3, 5 et 6 qui sera traduit
en protéine CGRP. Cette protéine a un effet vasodilatateur.

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2.1. L’épissage alternatif

Gène de l’α-tropomyosine (α-TM) chez le rat  protéine : contraction musculaire

La complexité de l’épissage des ARNm eucaryotes. Le prè-ARNm transcrit à partir du gène de l’-
tropomyosine de rat subit un épissage alternatif dans des types cellulaires différents. Les rectangles
vert clair représentent les introns; les autres couleurs correspondent aux exons. Les signaux de
polyadénylation sont indiqués par un A. Les lignes en pointillés dans les ARN matures indiquent des
régions excisées.
Cet exemple :
1. illustre la complexité de l’épissage chez les eucaryotes.
2. Montre comment un nombre limité de gènes (20 à 30000 gènes) peut permettre la
synthèse de 200 à 300000 protéines.

 Il existe plusieurs modèles d’épissage

Exon

Intron

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2.2.Modification de l’édition de l’ARNm

L’expression de certains gènes sera modulée par une modification éditoriale directe du
transcrit primaire, pouvant générer des produits différents du même gène
Exemple : gène de l’apolipoprotéine B (protéine qui transporte les lipides)
 Dans le foie, le gène Apo B est transcrit en un transcrit primaire de grande taille
permettant la synthèse de la protéine ApoB100.
 Dans les cellules intestinales, le transcrit primaire subit une modification qui
introduit un Uracile à la place de la cytosine à la position 2153.
Cette modification génère un codon stop qui provoque un arrêt prématuré de la
synthèse de la protéine.
Production d’une protéine plus courte : ApoB48 (215 kDa)

2.3.Modification du site de coupure-polyadénylation

 La modification du site de coupure et de polyadénylation situé à l’extrémité 3’

des ARNm est un autre type de régulation.

Exemple : gènes codant les anticorps

Ce type de mécanisme permet la synthèse de protéines différentes ayant une
extrémité C-terminale différente :
En fonction d’une coupure-polyadénylation différentielle de l’ARNm, les
lymphocytes peuvent produire des anticorps soit sous forme membranaire soit
forme soluble à partir d’un même gène.

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2.4.Modification de la stabilité des ARNm

Les études ont montré que 40 à 50% de variations d’expression des gènes observées en
réponse à un signal cellulaire surviennent au niveau de la stabilité des ARNm.
Il existe plusieurs mécanismes qui modulent la stabilité des ARNm:
A. Stabilisation de l’ARN en 3’ et polyadénylation différentielle:
L’utilisation d’un motif de polyadénylation particulier parmi les sites présents en 3’,
permettrait de mieux protéger l’extrémité 3’ de l’ARNm en le rendant ainsi plus stable.
B. Présence de séquences de stabilisation dans la partie 3’ non traduite de l’ARNm
- Séquences riches en AU
- Séquences riches en UG
- Séquences riches en pyrimidine
C. Stabilisation de l’ARNm impliquant des séquences de type RE (= élément de réponse)
Exemple :
La stabilité de l’ARNm codant pour le récepteur de la transferrine est régulée est régulée
à l’aide d’un élément de réponse au fer appelé IRE (Iron response element).
La transferrine est une protéine circulante qui assure le transport du fer les cellules.
Le récepteur à la transferrine va permettre l’entrée du fer associé à la transferrine dans
la cellule.

C. Stabilisation de l’ARNm impliquant des séquences de type RE (= élément de réponse)

Exemple :
La stabilité de l’ARNm codant pour le récepteur de la transferrine est régulée est régulée
à l’aide d’un élément de réponse au fer appelé IRE (Iron response element).
Le récepteur à la transferrine va permettre l’entrée du fer associé à la transferrine dans
la cellule.

-En absence du fer (ou présence de très faibles quantités du fer),

 les cellules ont besoin de capter le maximum de transferrine
 Donc de synthétiser un grand nombre de récepteur à la transferrine

 Le facteur IRP (Iron Response Protein) interagit avec la séquence IRE située dans
l’extrémité 3’ de l’ARNm
 Elle stabilise donc l’ARNm permettant une traduction élevée et une synthèse
importante de récepteurs à la transferrine

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En présence du fer:

Les cellules n’ont plus besoin de faire entrer le fer à l’intérieur

 Il n’ya plus nécessité de synthétiser le récepteur à la transferrine.

 Le fer en excès interagit avec la facteur IRP. Cette interaction déstabilise le facteur
IRP de son site de fixation (IRE).
 L’ARNm n’est plus protégé dans sa partie 3’ sera plus instable et sera moins traduit
 Donc diminution de la synthèse du récepteur à la transferrine

2.4.Modification de la stabilité des ARNm

D. Dégradation de l’ARNm par le produit de traduction

Exemple :
La présence d’un excès de B_tubuline (fait partie des micotubules) va induire la propre
dégradation de l’ARNm qui donne la tubuline.

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2.4.Modification de la stabilité des ARNm

E. Dégradation spécifique d’ARNm comportant un codon stop prématuré (résultant
d’une mutation) par le mécanisme NMD (Non-sens Mediated Decay)
La stabilité de l’ARNm peut être impliquée dans situations de protection vis-à-vis de
certaines mutations.
Exemple:
 Lorsqu’une mutation crée un codon stop prématuré dans une protéine,
 Il y’aura maturation normale de l’ARNm:

Une mutation crée un codon stop

ARNm mature

Système NMD
ARNm mature

Decapping et dégradation

Lors de l’exportation vers le cytoplasme:

 certains facteurs vont reconnaitre spécifiquement le codon stop anormal (qui est
causé par la mutation).
 Induction d’un décoiffage (élimination de la coiffe 5’).
 ceci favorise la dégradation de l’ARNm et diminue la possibilité de sa traduction en
protéine incomplète anormale qui pourrait avoir des effets délétères sur la cellule.

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3. Régulation traductionnelle
A. Inhibition de la lecture de l’ARN par RE en 5’

Exemple : Régulation de la synthèse de la ferritine

 La ferritine est une protéine de stockage qu permet de séquestrer le fer présent en
excès dans la cellule.

En absence du fer:

 Il est évident qu’il n’a pas de nécessité de synthétiser une protéine de stockage
 Donc me niveau de la ferritine est très faible:
 Au niveau de l’ARNm codant la ferritine, existe un élément de régulation au fer
situé du côté 5’ (5’-UTR).
 Cet élément de régulation au fer interagit avec une protéine e régulation au fer
(IRP).
 Le complexe formé empêche donc la machinerie de traduction de lire l’ARNm
Synthèse faible de la ferritine.

3. Régulation traductionnelle
A. Inhibition de la lecture de l’ARN par RE en 5’

En présence du fer:

La cellule va avoir tendance à favoriser la synthèse de la ferritine de manière à

séquestrer ce fer et empêcher son effet toxique pour la cellule (oxydant).
 Le fer présent va interagir avec le facteur IRP et empêchera sa fixation sur la
séquence régulatrice IRE.
 La partie 5’ non traduite de l’ARNm est libre et pourra être reconnue par les
ribosomes.
 Traduction de la ferritine qui va utiliser le fer disponible dans la cellule.

Il y’a ajustement du niveau de la ferritine en fonction de la présence ou

l’absence du fer.

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3. Régulation traductionnelle
B. Inhibition des facteurs de traduction (initiation, élongation et terminaison):
Exemple: Synthèse de la B-globine (une chaine de l’hémoglobine importante dans le
transport de l’O2.
La synthèse de l’hémoglobine à partir de la globine nécessite son ineraction avec
co-facteur qui est la molécule d’hème.

En absence d’hème:
Il n’ya aucun intérêt à produire de la B-globine qui ne pourrait s’associer à aucune
molécule d’hème.
1. La facteur d’initiation eIF2 se trouve sous une forme inactive phosphorylée.
2. Cette phosphorylation est assurée par une kinase elle-même activée par
phosphorylation.

1. La kinase eIF2 active va phosphoryler le facteur eIF2 et le rend inactif.

2. Donc il n’y aura pas de synthèse de b-Globine.

3. Régulation traductionnelle
B. Inhibition des facteurs de traduction (initiation, élongation et terminaison):

En présence d’hème dans la cellule:

 En présence de l’hème, la cellule aura besoin de synthétiser les chaines de B-globine pour
former de l’hémoglobine.
 L’hème inactive l’activation de la kinase eIF2.
 La Kinase inactivée sera incapable d’inactiver le facteur de transcription eIF2.
 Le facteur d’initiation eIF2 étant actif, il y’aura traduction de l’ARNm de la B-globine.

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3. Régulation traductionnelle C. Régulation par les micro-ARN

a. Transcription des gènes des micro-ARN

en pri-miARN

b. Coupure des micro-ARN en pré-miARN

Repliement du pré-miARN

c. Transport du pré-miARN vers le cytoplasme

d. Coupure du pré-miARN en petit miARN

e. Prise en charge du miARN par le complexe RISC

(RNA Induced Silencing Complex)

Le miARN agit soit en dégradant l’ARNm cible (A) , soit en bloquant la traduction par les
ribosomes (B).

4. Régulation post-traductionnelle
C’est une régulation va survenir après même la synthèse des protéines par la
modification de ces dernières:
-Modification par phosphorylation
- Modification protéolytique, etc…

Exemple1 : Modification par protéolyse : Protéine Ubiquitine

- Protéine impliquée dans les voies de dégradation des protéines au niveau cellulaire.
UbB = Gène de l’Ubiquitine

1. Transcription d’un ARNm à partir du gène de l’Ubiquitine : gène UbB.

2. Cet ARNm comporte des motifs répétés qui vont être traduits en une protéine
comportant des motifs répétés.
3. La production de l’Ubiquitine mature sera une étape de protéolyse qui va permettre la
coupure entre les motifs répétés.

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4. Régulation post-traductionnelle
Exemple2 : Protéine Myostatine : clivage protéolytique
- Protéine impliquée dans la différenciation de la cellule musculaire.

1. Transcription du gène de la mystatine en un ARN pré-messager puis en ARNm mature.

2. L’ARN mature comporte deux régions dont une codant pour un peptide signal.
3. La myostatine est secrétée à l’extérieur de la cellule - après le clivage du peptide signal-
mais elle ne sera pas encore active.
4. Elle va subir un clivage protéolytique puis une dimérisation entre les fragments ainsi
coupés pour obtenir une protéine active.

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