Bactériologie

Par bactérie
Par prélèvement
Interprétation de l'antibiogramme
Pathologies bactériennes
Techniques utilisées en bactériologie
Traitement de certaines pathologies infectieuses

Bactéries
Cocci Gram positif Cocci Gram négatif
• Staphylococcus aureus
• Streptococcus pyogenes • Neisseria meningitidis
• Streptococcus agalactiae • Neisseria gonorrhoeae
• Streptococcus pneumoniae • Branhamella catarrhalis
• Enterococcus sp.

Bacilles Gram positif Bacilles Gram négatif

• Entérobactéries
• Pseudomonas aeruginosa
• Haemophilus influenzae
• Listeria monocytogenes • Legionella pneumophila
• Corynebacterium sp. • Campylobacter sp.
• Helicobacter pylori
• Bordetella pertussis
• Bartonella henselae

Actinomycètes aérobies Cocci anaérobies

• Nocardia sp.
• Mycobacterium tuberculosis

Bacilles Gram positif anaérobies Bacilles Gram négatif anaérobies

• Clostridium sp.

Intracellulaires stricts Mollicutes

• Chlamydia trachomatis
• Chlamydophila pneumoniae • Mycoplasma - Ureaplasma
• Chlamydophila psittaci

1
 Bactériologie en fonction du prélèvement

Prélèvements
• Examen cytobactériologique des urines
(ECBU)
• Coprocultures
• Prélèvements ano-génitaux
• Examen cytobactériologique des crachats
(ECBC)
• Prélèvements cutanés
• Prélèvements de gorge

ECBU : examen cytobactériologique des urines

Pour plus de renseignements sur l'ECBU cliquez ici : ECBU.

Prélèvement des urines à mi-jet après nettoyage et rinçage de la vulve (ou du gland)
d

E. coli
Autres entérobactéries : Proteus spp. Klebsiella spp. Enterobacter spp. …
Staphylococcus saprophyticus (surtout chez la femme jeune)
Pseudomonas aeruginosa
Enterococcus spp.
Levures : C. albicans …
d

Quantification de la leucocyturie (significative à partir de 104/ml) et de l’hématurie

Evaluation qualitative et semi-quantitative de la bactériurie (coloration de Gram)
Présence de cellules épithéliales (en faveur d’une contamination vaginale)
Présence de cylindres témoignant d’une atteinte rénale (cylindres hématiques, cylindres
2
 granuleux)
d

Ensemencement permettant une quantification de la bactériurie (2 seuils : 103 et 105 UFC/ml)

Gélose non sélective : CLED, BCP …
Gélose chromogène

Coproculture

Selles liquides, molles, glaireuses, hémorragiques (selles solides uniquement sur indication
spécifique)
d

- Coproculture standard : Campylobacter spp. Salmonella spp. Shigella spp. (Yersinia

enterocolitica en cas de diarrhée)
- E. coli entéropathogène (enfant de moins de 2ans), entérotoxinogène, entérohémorragique
(O157 H7 : responsable du SHU), entéro-invasif
- Vibrio spp., Aeromonas spp. Pleisiomonas shigelloides …
- Dysmicrobisme : Clostridium difficile (colite pseudo-membraneuse, diarrhée post-
antibiothérapie) voire S. aureus, P. aeruginosa …
- Toxine préformée : Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium perfringens (toxine
préformée)
d

- Examen microscopique : présence de leucocytes dans les diarrhées invasives (Salmonella,

Shigella, Campylobacter…), absence de leucocytes dans les diarrhées toxinogènes (V. cholerae,
ETEC, C. difficile …)

3
 - Bouillon d’enrichissement pour les salmonelles : Sélénite, Müller Kauffmann … (eau
peptonnée alcaline pour le Vibrio)
- Milieux non sélectifs pour diagnostiquer les dysmicrobismes (autre que C. difficile)
- Milieux sélectifs de Gram négatif : Mac Conkey, Drigalski, Hektoën, SS …
- Milieux sélectifs et enrichis (incubés en microaérophilie) pour l’isolement
de Campylobacter spp. : Karmali, Skirrow … (une incubation à 42°C augmente la sélectivité
pour C. jejuni)
- Milieu CIN (Cefsulodine-Irgasan-Novobiocine) pour la recherche de Yersinia
- Milieux sélectifs et enrichis (incubés en anaérobie) pour la recherche de C. difficile
- Milieu TCBS (Thiosulfate Citrate Bile Saccharose) pour la recherche de Vibrio (V. cholerae :
saccharose +)
- Milieu Sorbitol-Mac Conkey en cas de suspicion de SHU (E. coli O157H7 : sorbitol -)
- Milieux pour la recherche de BMR : ERV, SARM, EBLSE …
d

- Recherche des toxines (A et B) de C. difficile sur le prélèvement et la culture.

- Recherche des toxines SLT1 et SLT2 (ECEH)
- Typage des souches d’E.coli, de Salmonella …

Prélèvements ano-génitaux

- Prélèvement vaginal, prélèvement au niveau de l’endocol, prélèvement urétral

d

4
- Microorganismes toujours pathogènes :
Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi, Trichomonas vaginalis
- Microorganismes potentiellement pathogènes (au sein d’une flore déséquilibrée) :
Candida albicans, Gardnerella vaginalis, Staphylococcus aureus, Streptococcus spp.,
Entérobactéries, Mobiluncus spp, Mycoplasma spp., Ureaplasma spp., bactéries anaérobies
strictes
- Microorganismes à rechercher chez la femme enceinte : Streptococcus agalactiae
d

- Examen direct entre lame et lamelle puis coloration au MGG pour la recherche de T. vaginalis
- Coloration de Gram avec recherche de "Clue Cells" (signe de vaginose)
d

- Gélose au sang + gélose chocolat (état de la flore normale, H. ducreyi, S. aureus,

Entérobactéries …)
- Gélose chocolat + mélange polyvitaminique + VCAT + CO2 (N. gonorrhoeae)
- Gélose Sabouraud + Chloramphénicol, voire milieux chromogènes pour la recherche de levures
(C. albicans)
- Gélose sélective au sang humain pour l’isolement de G. vaginalis (hémolyse β)
- Gélose type granada pour la recherche de S. agalactiae
- Milieux liquides sélectifs des mycoplasmes à base d’urée et d’arginine (U. urealyticum, M.
hominis)
d

- PCR pour C. trachomatis (germe intracellulaire : culture difficile)

5
 ECBC : Examen cytobactériologique des
crachats

Le matin, au réveil, après rinçage bucco-dentaire à l’eau du robinet, lors d’un effort de
toux ou aidé par kinésithérapie
d

- Pneumopathie communautaire (50% bactérienne) : S. pneumoniae, H. influenzae, S.

aureus, B. catarrhalis, K. pneumoniae …
- Pneumopathie nosocomiale : S. pneumoniae, H. influenzae, S. aureus, B. catarrhalis, K.
pneumoniae, P. aeruginosa, B. cepacia, Enterobacter spp., Serratia spp. …
- Surinfection de BPCO : S. pneumoniae, H. influenzae, S. aureus, B. catarrhalis, K.
pneumoniae, P. aeruginosa, Enterobacter, Serratia …
- Dans certaines conditions : C. pneumoniae, M. pneumoniae, L. pneumophila,
Nocardia spp., Mycobactéries, C. burnetii, anaérobies, Candida spp., Aspergillus spp. …
d

Cellules
Leucocytes/champ Conduite à tenir
épithéliales/champ

>25 <25 Ensemencement

<25 >25 Pas d’ensemencent ; contamination salivaire trop

Frottis coloré au Gram, observé à l’objectif 100 : faire une moyenne sur 10 champs des
cellules épithéliales (témoins d’une contamination salivaire) et des leucocytes (en faveur
d’un phénomène infectieux). Les macrophages alvéolaires et les cellules bronchiques
témoignent d’une origine basse des sécrétions.

6
 importante

>25 >25 En fonction du contexte clinique

Prélèvements cutanés

- Nettoyer délicatement la lésion à l'eau physiologique stérile

- Prélever la lésion à l’aide d’un écouvillon humidifié à l’eau physiologique stérile
d

- S. aureus
- S. pyogenes
- P. aeruginosa
- Enterobactéries
- C. minutissimum (infection des plis)
- M. marinum, M. ulcerans, autres mycobactéries atypiques, E. rhusiopathiae (rouget), N.
meningitidis (purpura), Nocardia spp. C. diphteriae …
d

- Coloration de Gram, coloration au bleu de méthylène

d

- Gélose au sang
- Bouillon
d

- Erythème migrant de la maladie de Lyme : pose le diagnostic dans sa forme clinique typique.

7
 D

Fluidification du prélèvement et ensemencement avec une dilution permettant de

dénombrer > 105UFC/ml
- Gélose chocolat +/- antibiotiques (Bacitracine, Vancomycine, Clindamycine) : H. influenzae

- Gélose au sang +/- ANC, CAP … : S. pneumoniae

- Gélose sélective des BGN : Hektoën …
- Gélose Sabouraud + ATB (ou chromogène) : Candida, Aspergillus
d

- Antigénémie ou antigénurie Pneumocoque

- Antigénurie Legionella pneumophila sérotype 1

Prélèvements de gorge

- Amygdales (voire, palais ou pharynx)

d

- Streptococcus pyogenes, streptocoques des groupes C et G

- Association fusospirochétienne (Fusobacterium necrophorum + Treponema vincenti) : angine
ulcéro-nécrotique
- Arcanobacterium haemolyticum (angine aiguë + rash cutané)
- Corynebacterium diphteriae (angine pseudo-membraneuse)
- Candida albicans
- N. gonorrhoeae
d

- Coloration de Gram, coloration au bleu de méthylène

8
 - Gélose au sang +/- ANC sous CO2 +/- en anaérobie
- Recherche de gonocoque : gélose chocolat + mélange polyvitaminique + VCAT + CO2
- Recherche de C. diphteriae : gélose au sang ou milieu de Tynsdale

Interprétation de l'antibiogramme
Cocci Gram positif Cocci Gram négatif
• Staphylococcus aureus
• Streptococcus sp. (sauf pneumocoque) • Neisseria meningitidis
• Streptococcus pneumoniae • Neisseria gonorrhoeae
• Enterococcus sp.

Antibiotiques Bacilles Gram négatif

• Entérobactéries
• Mécanismes d'action et de résistance • Pseudomonas aeruginosa
• Haemophilus influenzae

9
 Staphylococcus aureus
Staphylococcus aureus
Des explications sur ce schéma sont présentes ici : Antibiogramme
de Staphylococcus aureus.

10
 Staphylococcus aureus
I) Résistance aux béta-lactamines

A) Pénicillinase (pénicilline G)
Environ 95% des staphylocoques dorés possèdent une pénicilinase : enzymes
hydrolysant toutes les pénicillines sauf l’oxacilline et la cloxacilline (et inhibée par
les inhibiteurs de b-lactamases : acide clavulanique, sulbactam, tazobactam)
Elle est détectée par l’utilisation de pénicilline G. Etant donné la fréquence de
cette résistance, lorsqu’une souche est détectée sensible à la pénicilline G, il faut
confirmer le résultat par un test chromogénique de détection de la pénicillinase :
seule les souches pour lesquelles le test chromogénique est négatif seront
rendues sensibles.

11
 B) Méticillino-résistance (oxacilline ou céfoxitine ou moxalactam)
La mutation des PLP (PLP additionelle : PLP2a) confère aux staphylocoques une
résistance à toutes les b-lactamines. Cette résistance peut être hétérogène et est
alors mal détectée par les techniques phénotypiques d’antibiogramme.
On utilise :
- soit de l’oxacilline avec un inoculum fort (107UFC/ml) sur un milieu Mueller-
Hinton avec incubation à 30°C ou sur un milieu Mueller-Hinton hypersalé avec
incubation à 37°C. La lecture se fera à 24-48H
- soit de la céfoxitine ou du moxalactam avec un inoculum à 106UFC/ml, une
incubation de 18-24H à 35°C En cas de doute sur la sensibilité du staphylocoque
doré, il faut réaliser un détection génotypique de la résistance (recherche du gène
mecA) ou une détection phénotypique de l’expression de la PLP2a après induction
par une b-lactamine.

C) Autres résistances (plus rares)

BORSA (Borderline Staphylococcus aureus) : hypersécrétion de pénicillinase
provoquant une hydrolyse des pénicillines M. On observe une résistance de bas
niveau à l’oxacilline. Ces enzymes sont plus ou moins inhibés par les inhibiteurs de
b-lactamases. Ces souches restent sensibles aux céphalosporines, carbapénèmes
… MODSA (Modified Staphylococcus aureus) : modification des PLP autre que la
PLP2a. Ces souches présentent une résistance isolée et de bas niveau à l’oxacilline.
II) Résistance aux aminosides (gentamicine)
Résistance principalement par acquisition d’enzymes inactivant l’aminoside. La
gentamicine est l’aminoside le plus souvent actif sur le staphylocoque doré. En cas
de résistance à la gentamicine, la bactérie sera résistante à tous les aminosides
(phénotype KTG). L’utilisation de kanamycine et de tobramycine dans
l’antibiogramme sert à détecter les phénotypes K et KT. - phénotype K :
présence d’une APH(3’)-III - phénotype KT : présence d’une ANT-(4’) -
phénotype KTG : présence d’une APH(2’’) – AAC(6’) Environ 80% des SARM
(Staphylococcus aureus résistant à la méticilline) sont de phénotype KT.
III) Résistance aux MLS (érythromycine, lincomycine, pristinamycine)
Dans environ 90% des cas, la résistance aux MLS des staphylocoques dorés est de
type MLSB (plutôt constitutive chez les SARM et plutôt inductible chez les SAMS).
Le phénotype MLSB constitutif touche aussi les kétolides. La résistance à la
pristinamycine est rare, elle s’acquiert par association de mécanisme de résistance
(ex : MLSB + SA) En cas de résistance au composé B des synergistines, leur activité
ne repose plus que sur le composé A, on ne peut donc pas affirmer le caractère
bactéricide de la synergistine.

12
IV) Résistance aux fluoroquinolones (1 fluoroquinolone)
Le principal mécanisme de résistance du staphylocoque doré aux fluoroquinolone
est une mutation de la cible (ADN gyrase ou topoisomérase IV). Il confère une
résistance croisée à toutes les fluoroquinolones. D’autres mécanismes d’efflux ou
de défaut de pénétration sont plus rares.
V) Résistance au cotrimoxazole
Résistance par modification ou hyperproduction de la cible.
VI) Résistance à l’acide fusidique, la rifampicine, la fosfomycine
Ces 3 résistances surviennent à haute fréquence, il est donc déconseillé d’utiliser
ces molécules en monothérapie (apparition rapide de mutants résistants).
VII) Résistance aux glycopeptides
VISA (Vancomycin Intermediate Staphylococcus aureus), GISA (Glycopeptide
Intermediate Staphylococcus aureus) : résistance rare, généralement de bas
niveau et chez des sujets ayant eu des traitements au long court par
glycopeptides.
Des souches avec des CMI très élevées pour les glycopeptides ont été décrite :
VRSA, GRSA

13
 Streptococcus sp. (sauf pneumocoque)

Streptococcus sp.
I) Résistance aux b-lactamines (pénicilline G, ampicilline ou amoxicilline,
oxacilline)
L’oxacilline permet de dépister une diminution de sensibilité des streptocoques
aux pénicillines. Si le diamètre est inférieur à 21mm, il faut réaliser les CMI de
l’ampicilline, de l’amoxicilline ou du céfotaxime.
Les streptocoques A et B sont toujours sensibles aux pénicillines : en cas de
phénotype intermédiaire ou résistant, il faut vérifier la pureté et l’identification du
germe.

14
II) Résistance aux aminosides (gentamicine)

A) Résistance de bas niveau

Résistance naturelle de bas niveau par faible efficacité du transport membranaire.
Leur synergie avec les antibiotiques actifs sur la paroi des bactéries (glycopeptides
et b-lactamines) est conservée.

B) Résistance de haut niveau

Principalement par production d’enzymes inactivatrices. La résistance de haut
niveau ne permet plus l’utilisation des aminosides même en association.
- Streptomycine HC : ne répond que pour la streptomycine (mutation ou ANT)
- Kanamycine HC : répond pour la kanamycine, l’amikacine et l’isepamycine (APH(3’)-
III) On peut observer l’association de ces 2 mécanismes d’action.
- Gentamicine HC : une résistance à la gentamicine HC confère une résistance à tous
les aminosides.
III) Résistance aux MLS (érythromycine, lincomycine, pristinamycine)
- Méthylation de la cible : phénotype MLSB qui peut inductible (kétolides : S) ou
constitutif (kétolides : R).
- Efflux : confère une résistance isolé à l’érythromycine (et par extension aux
macrolides à 14 et 15 atomes : érythromycine, roxithromycine, clarythromycine,
dirithromycine, azithromycine).
S.pyogenes : moins de 10% de résistance (environ 55% de MLSB constitutif et 45%
d’efflux).

15
 Streptococcus pneumoniae

Streptococcus pneumoniae
I) Résistance aux béta-lactamines
Pneumocoque à Sensibilité Diminuée aux Pénicillines (PSDP) : résistance par
modification qualitative et quantitative des PLP (PLP issues de recombinaison de
l’ADN du pneumocoque avec l’ADN de streptocoques oraux).
Cette résistance s’exprime à des niveaux différents selon la béta-lactamine
concernée.
Les PSDP sont détectés par l’utilisation de l’oxacilline : en cas de diamètre <26mm,
on doit réaliser les CMI de la pénicilline G, de l’amoxicilline, d’une céphalosporine
de 3ème génération (ceftriaxone, céfotaxime), de l’antibiotique utilisé pour le
traitement …
Les béta-lactamines les plus actives sur les PSDP sont l’amoxicilline, la ceftriaxone,
le céfotaxime et l’imipénème.
16
II) Résistance aux aminosides (gentamicine)

A) Résistance de bas niveau

Résistance naturelle de bas niveau par faible efficacité du transport membranaire.
Leur synergie avec les antibiotiques actifs sur la paroi des bactéries (glycopeptides
et b-lactamines) est conservée.

B) Résistance de haut niveau

Principalement par production d’enzymes inactivatrices. La résistance de haut
niveau ne permet plus l’utilisation des aminosides même en association.
Streptomycine HC : ne répond que pour la streptomycine (mutation ou ANT)
Kanamycine HC : répond pour la kanamycine, l’amikacine et l’isepamycine (APH(3’)-
III) On peut observer l’association de ces 2 mécanismes d’action.
Gentamicine HC : une résistance à la gentamicine HC confère une résistance à tous
les aminosides.

Kanamycine Gentamicine Netilmycine Tobramycine Amikacine

R S S S R APH(3’)

R R S R S/R ANT(4’)

R R R R R APH(2’’) + AAC(6’)

III) Résistance aux MLS (érythromycine, lincomycine, pristinamycine,

télithromycine)
- Méthylation de la cible : phénotype MLSB qui peut inductible (kétolides : S) ou
constitutif (kétolide : R)
- Efflux : confère une résistance isolé à l’érythromycine (et par extension aux
macrolides à 14 et 15 atomes : érythromycine, roxithromycine, clarythromycine,
dirithromycine, azithromycine) En France, le phénotype de résistance le plus
fréquent est le phénotype MLSB inductible.
IV) Résistance aux fluoroquinolones (norfloxacine)
Les fluoroquinolones les plus actives sur le pneumocoque sont la moxifloxacine et
la lévofloxacine (les autres fluoroquinolones sont peu actives). Une diminution de
sensibilité des pneumocoques aux fluoroquinolones est détectée par l’utilisation de
la norfloxacine. En cas de sensibilité diminuée, l’utilisation de fluoroquinolone ne
sera envisagée qu’après réalisation des CMI de la moxifloxacine (et éventuellement
de la lévofloxacine).

17
 Enterococcus sp.
Des explications sur ce schéma sont présentes ici : Antibiogramme
d'Enterococcus sp.

I) Résistance aux béta-lactamines (ampicilline)

Résistance naturelle de bas niveau lié à une PLP de faible affinité pour les β-
lactamines : résistance aux céphalosporines, à l’aztréonam …
Résistance de haut niveau (surtout chez E. faecium) lié à l’hyperproduction de la
PLP5 : résistance croisée à toutes les pénicillines.

18
II) Résistance aux aminosides (gentamicine haute concentration)

A) Résistance de bas niveau

Résistance naturelle de bas niveau par faible efficacité du transport membranaire.
Leur synergie avec les antibiotiques actifs sur la paroi des bactéries (glycopeptides
et β-lactamines) est conservée.

B) Résistance de haut niveau

Principalement par production d’enzymes inactivatrices.
La résistance de haut niveau ne permet plus l’utilisation des aminosides même en
association.
E. faecium : production naturelle d’aminosides acétylase (AAC(6’)) qui hydrolyse la
kanamycine, la tobramycine, la nétilmicine et l’amikacine.
Kanamycine Gentamicine Netilmycine Tobramycine Amikacine

R S S S R APH(3’)

R R S R S/R ANT(4’)

R R R R R APH(2’’) + AAC(6’)

III) Résistance aux glycopeptides

Résistance par modification de la cible : remplacement du résidu D-ALA – D-ALA
par D-ALA – D-SER (vanC, vanE, vanG) ou D-ALA – D-Lac (vanA, vanB, vanD).
E. gallinarum, E. casseliflavus, E. flavescens : présence du gène vanC : résistance de
bas niveau à la vancomycine.
Cette résistance peut être mal diagnostiquée par les méthodes automatisées
d’antibiogramme.
Pour vérifier l’identification d’espèce, on peut réaliser un test de mobilité : seules
ces 3 espèces sont mobiles.
VanA : résistance de haut niveau à la vancomycine et à la teicoplanine.
VanB : résistance de niveau variable à la vancomycine.
VanD : résistance de niveau moyen à la vancomycine et à la teicoplanine
VanG, vanE : résistance de bas niveau à vancomycine
IV) Résistance aux MLS (érythromycine, lincomycine, pristinamycine)
E. faecalis : résistance naturelle aux lincosamides et au composé A des
streptogramines.
Méthylation de la cible : phénotype MLSB (touche aussi les kétolides)
Enzymes inactivatrices : résistance au composé A des streptogramines (acétylase),
résistance aux lincosamides (lincomycine nucléotidyl transférase)

19
Enterobactéries

20
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Entérobactéries
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Antibiotiques : mécanismes d'action et de résistance

21
Enterobactéries

22
 Entérobactéries
I) Résistance naturelle des entérobactéries
Toutes les Entérobactéries : Pénicilline G, oxacilline, macrolides, kétolides,
lincosamides, acide fusidique, streptogramines, glycopeptides, oxazolidinones
Klebsiella spp. : amoxicilline, ticarcilline, pipéracilline
Citrobacter diversus : amoxicilline, ticarcilline, pipéracilline
Citrobacter freundii : amoxicilline, amoxicilline + acide clavulanique, C1G,
céphamycines
Enterobacter cloacae : amoxicilline, amoxicilline + acide clavulanique, C1G,
céphamycines
Enterobacter aerogenes : amoxicilline, amoxicilline + acide clavulanique, C1G,
céphamycines
Serratia marcescens : amoxicilline, amoxicilline + acide clavulanique, C1G,
céfamandole, céfuroxime, colistine, polymyxine B
23
Proteus mirabilis : cyclines, colistines, polymyxine B, nitrofuranes
Proteus vulgaris : amoxicilline, C1G, céfamandole, céfuroxime, cyclines, colistines,
polymyxine B, nitrofuranes
Morganella morganii : amoxicilline, amoxicilline + acide clavulanique, C1G, cyclines,
colistines, polymyxine B, nitrofuranes
Providencia stuartii : amoxicilline, amoxicilline + acide clavulanique, C1G, cyclines,
colistines, polymyxine B, nitrofuranes, gentamicine
Yersinia enterocolitica : amoxicilline, ticarcilline, pipéracilline, amoxicilline + acide
clavulanique, C1G, céfoxitine, céfamandole, céfuroxime
II) Antibiogramme

A) Résistance aux aminosides (gentamicine, amikacine)

La gentamicine (principalement en cas d’AAC(6’)-I +/- BLSE) et l’amikacine (pour
les autres phénotypes) sont les 2 aminosides les plus souvent actifs sur les
entérobactéries. L’utilisation des autres aminosides au sein de l’antibiogramme
permet de préciser le type d’enzyme inactivatrice. Providencia spp. : résistance
naturelle à la gentamicine, la tobramycine et la nétilmicine par production d’une
AAC(2’)-I.

B) Résistance aux quinolones

1) Quinolones de 1ère génération
L’interprétation est valable pour toutes les quinolones de 1ère génération mais
uniquement pour les souches isolées dans les urines.

2) Fluoroquinolones
La norlfoxacine est la 1ère fluoroquinolone touchée par les résistances : - si la
norfloxacine est sensible, toutes les fluoroquinolones sont sensibles - si la
norfloxacine est intermédiaire ou résistante : la résistance s’exprime à différents
niveaux selon la fluoroquinolone concernée (la réponse est donc indépendante
pour chaque fluoroquinolone).

C) Résistance aux β-lactamines

Selon les auteurs, les entérobactéries sont classées en 4-6 groupes de résistance
aux b-lactamines

24
 1) Groupe 0
Résistance chromosomique : aucun gène de résistance aux b-lactamines. Le
phénotype sauvage est sensible à toutes les b-lactamines. Résistance
plasmidique : principalement des pénicillinases de bas ou haut niveau, des TEM
résistantes aux inhibiteurs ou des b-lactamases à spectre élargie.

2) Groupe 1
Résistance chromosomique : gène codant pour une céphalosporinase (ampC) mais
l’expression de ce gène est réprimée à l’état sauvage. Les souches sauvages sont
donc sensibles à toutes les b-lactamines mais une mutation sur le promoteur du
gène ampC peut provoquer l’expression phénotypique de la céphalosporinase
chromosomique. Certaines souches peuvent exprimer à haut niveau cette
céphalosporinase. Résistance plasmidique : principalement des pénicillinases de
bas ou haut niveau, des TEM résistantes aux inhibiteurs ou des b-lactamases à
spectre élargie (BLSE).

3) Groupe 2
Résistance chromosomique : expression naturelle d’une pénicillinase de bas
niveau. Des souches mutées peuvent avoir un haut niveau d’expression de cette
pénicillinase. Résistance plasmidique : principalement pénicillinases de haut
niveau, des BLSE, des TEM résistantes aux inhibiteurs (voir très rarement des
céphalosporinases de haut niveau).

4) Groupe 3
Résistance chromosomique : expression naturelle d’une céphalosporinase (ampC)
inductible. Des souches mutées peuvent avoir un haut niveau d’expression de
cette céphalosporinase. Résistance plasmidique : principalement des pénicillinases
de haut niveau, des BLSE (voir des TEM résistante aux inhibiteurs ou des
céphalosporinases de haut niveau).

5) Groupe 4
Résistance chromosomique : expression naturelle d’une céphalosporinase et
d’une pénicillinase Résistance plasmidique : principalement des BLSE

6) Groupe 5
Résistance chromosomique : expression naturelle d’une céfuroximase
(céphalosporinase inhibée par l’acide clavulanique). Il n’y a pas d’expression à haut
niveau de cette céphalosporinase. Résistance plasmidique : principalement des
pénicillinases de haut niveau et des BLSE
25
 Différencier une BLSE d’une céphalosporinase de haut niveau : Test
de synergie
Les BLSE sont plus ou moins inhibées par l’acide clavulanique contrairement aux
céphalosporinases de haut niveau. En cas de BLSE on peut observer une synergie
d’action entre l’acide clavulanique et une céphalosporinase de 3ème génération.
On place sur un milieu Mueller-Hinton un disque contenant de l’acide clavulanique
(amoxicilline + acide clavulanique) entouré à 30mm de 4 disques : céfépime (ou
cefpirome), céfotaxime, ceftazidime, aztréonam.
Pour les Proteus spp. et Morganella morganii, la BLSE s’exprime à bas niveau et il
est conseillé d’espacer les disques à 40-45mm.
L’espacement des disques peut être modifié en fonction des CMI obtenues lors de
l’antibiogramme.

26
NB : l’acide clavulanique est un inducteur de céphalosporinase. Il est donc parfois
difficile de visualiser le test de synergie chez les entérobactéries exprimant une
céphalosporinase inductible (inhibition de la BLSE et induction de la
céphalosporinase).
On peut alors utiliser des géloses contenant de la cloxacilline qui inhibe in vitro la
céphalosporinase.
De plus la céphalosporinase de haut niveau ne touche généralement pas la
céfépime : l’image de synergie sera donc plus nette entre AMC et FEP.

Règles d’interprétation
Céfotaxime, ceftriaxone, ceftazidime et aztréonam : si une molécule est I/R, elles
doivent être toutes rendus I/R.
En cas de test de synergie positif : rendre céfotaxime, ceftriaxone, ceftazidime,
céfépime, céfpirome, céfixime et aztréonam : I/R
P. mirabilis : interpréter I un résultat S pour carboxy et uréido-pénicilline si l’amino-
pénicilline est R (acquisition d’une pénicillinase de bas niveau).
K. oxytoca : possibilité d’hyperproduction d’une β-lactamase naturelle
chromosomique : synergie avec aztréonam et ceftriaxone mais pas avec
ceftazidime. Interpréter I/R les antibiotiques où est observée une synergie.
P. vulgaris, P. diversus, P. penneri : une synergie avec céfotaxime et/ou aztréonam
évoque une hyperproduction de la béta-lactamase naturelle plutôt qu’une BLSE.

D) Résistance aux autres antibiotiques

Sulfamides, triméthoprime, quinolones de 1ère génération : interprétation valable
uniquement pour les souches isolées dans les urines Fosfomycine : la présence de
colonies dans la zone d’inhibition ne doit pas être prise en compte
Tygécycline : si le diamètre est <22m : réaliser des CMI

27
 Pseudomonas aeruginosa

Pseudomonas aeruginosa
I) Résistance aux béta-lactamines (ticarcilline, pipéracilline, ceftazidime,
imipénème, aztréonam)
Pseudomonas aeruginosa présente naturellement une céphalosporinase, une
oxacillinase, des systèmes d’efflux et une imperméabilité : il est donc naturellement
résistant aux aminopénicilline +/- ac. clavulanique, aux céphalosporines de 1ère et
de 2ème génération, à la ceftriaxone, à la céfotaxime et à l’ertapénème.
De nombreux mécanismes de résistance acquis peuvent être retrouvés.

28
Régle d’interprétation (CASFM 2007)
- Résistance de haut niveau à la ticarcilline (CMI>256mg/L, disque contact) :
rendre I/R la ticarcilline + ac. clavulanique, la pipéracilline +/- tazobactam, la
céfopérazone et la cefsulodine.
- Ticarcilline + ac. clavulanique : I/R et ticarcilline : S : ne pas modifier la
ticarcilline (induction de la céphalosporinase)
- Pipéracilline : I/R, ceftazidime : I/R et ticarcilline : S : rendre I/R la ticarcilline
+/- ac. clavulanique, la pipéracilline + tazobactam, la céfopérazone, la cefsulodine,
la cefpirome et l’aztréonam
- Ticarcilline +/- ac. clavulanique : I/R et/ou aztréonam : I/R : ne changer aucune
catégorisation (mécanisme d’efflux)
La recherche d’une BLSE peut être réalisé par un test de synergie (en utilisant
éventuellement une gélose contenant de la cloxacilline inhibant la
céphalosporinase).

II) Résistance aux aminosides (gentamicine, tobramycine, amikacine)

Les différents mécanismes de résistance aux aminosides ainsi que les phénotypes
correspondants sont détaillés dans le tableau suivant : l’amikacine est l’aminoside
le plus fréquemment actif sur le P. aeruginosa.
III) Résistance aux autres antibiotiques
Le Pseudomonas aeruginosa est presque toujours sensible à la colistine.
Le Pseudomonas aeruginosa est toujours résistant au cotrimoxazole (Bactrim®).

29
Haemophilus influenzae

Neisseria gonorrhoeae

Neisseria meningitidis

30
31
Antibiotiques : mécanismes d'action et de
résistance

PLP : protéines liant les pénicillines PAB : acide para-amino-benzoïque

NB : les antibiotiques bactériostatiques sont entourés en pointillés.
Mécanismes
Famille d’ATB Principales molécules Mécanismes de résistance
d’action

β- Inhibition de la Enzymes inactivatrices

Pénicillines :
lactamines - Pénicilline G : synthèse du Pénicillinase (haut et bas
benzylpénicilline : peptidoglycane niveau), TRI (pénicillinase
Pénicilline G® par analogie résistant aux inhibiteurs),
forme retard : de structure céphalosporinase,
Extencilline® avec le céphalosporinase
- Pénicilline V : substrat des déréprimée, b-lactamase à
32
Oracilline® PLP (D-ALA – spectre élargie,
- Pénicilline M : D-ALA) et carbapénémases ….
oxacilline : Bristopen®, agissent donc Modification de la cible -
cloxacilline : Orbenine® par inhibition Mutation sur les PLP :
- Pénicilline A : compétitive. PLP2a des SARM PLP1a, 2x,
ampicilline : Totapen®, Elles 2a … des pneumocoques -
amoxicilline : possèdent une Hyperproduction de PLP :
Clamoxyl®, activité PLP5 des entérocoques (E.
bacampicilline : bactéricide faecium) Imperméabilité
Penglobe®, temps- Mutation de la porine D2
pivampicilline :
dépendante. (P. aeruginosa) Efflux P.
Proampi®
aeruginosa
- Pénicilline A +
inhibiteurs de b-
lactamases (IBL) :
amoxicilline + acide
clavulanique :
Augmentin®,
ampicilline +
sulbactam : Unacim®
- Amidino-pénicilline :
pivmécillinam :
Sélexid® -
Carboxy-pénicilline :
ticarcilline : Ticarpen® -
Carboxy-pénicilline +
inhibiteur de b-
lactamases :
ticarcilline + acide
clavulanique :
Claventin®
- Uréido-pénicilline :
pipéracilline :
Pipérilline®,
mezlocilline : Baypen®
- Uréido-pénicilline +
inhibiteurs de b-
lactamases :
pipéracilline +
tazobactam :
33
Tazocilline®
Céphalosporines :
-Céphalosporines de 1ère
génération (C1G) -
Injectables :
céfalotine : Kéflin®,
céfapirine : Céfaloject®,
céfazoline : Céfacidal®
- Orales :
céfalexine : Kéforal®,
céfadroxil : Oracéfal®,
céfaclor : Alfatil®,
céfatrizine : Céfaperos®,
cefradine : Kelsef® -
Céphalosporines de 2ème
génération (C2G) :
céfamandole :
Kéfandol®,
céfuroxime : Zinatt®
Céphamycines :
céfoxitine : Méfoxin®,
céfotétan : Apacef®
- Céphalosporines de
3ème génération (C3G) :
- Injectables :
céfotaxime : Claforan®,
ceftriaxone :
Rocéphine®,
ceftazidime : Fortum®,
cefsulodine : Pyocéfal®
- Orales :
céfopérazone : Céfobis®,
céfotiam : Texodil®,
céfixime : Oroken®,
cefpodoxime : Orelox®,
Oxacéphème :
latamoxef :
Moxalactam® -
Céphalosporine à large
spectre ou céphalosporine

34
 de 4ème
génération (C4G) :
céfépime : Axépim®,
cefpirome : Céfrom®
Monobactams :
Aztréonam : Azactam®
Carbapénèmes :
Imipènème : Tiénam®
Méropénème :
Méronem®
Ertapénème : Invanz®
Glycopeptid Vancomycine : Inhibition de la Modification de la cible
es Vancocine® synthèse du Remplacement du résidu
Teicoplanine : Targocid® peptidoglycane D-ALA – D-ALA par D-ALA –
par fixation sur D-SER ou D-ALA – D-Lac
le résidu D-ALA
– D-ALA
empêchant
l’action des
PLP par
encombremen
t stérique

Fosfomycine Fosfomycine : Inhibition de la Défaut de transport de

Fosfocine®, Uridoz®, synthèse d’un l’antibiotique Enzymes
Monuril® précurseur du inactivatrices Glutathion
peptidoglycane transférase, hydrolase …
par inhibition
compétitive
par analogie
de substrat de
la pyruvyl-
transférase Le
franchissemen
t de la
membrane
plasmique se
fait par un
système de

35
 transport
spécifique (glp
T, uhp T)

Sulfamides Sulfamides : Inhibition de la Mutation de la

et 2,4 Sulfadiazine : Adiazine® synthèse des cible Hyperproduction des
diamino- Sulfaméthisol : Rufol® bases enzymes cibles
pyridines 2,4 diaminopyridines puriques. Les
Triméthoprime (+ sulfamides
sulfaméthoxazole) : sont des
Bactrim® analogues
Pyriméthamine (+ compétitifs de
sulfadoxine) : Fansidar® la
dihydroptéroat
e synthétase.
Les 2,4
diaminopyridin
es sont des
analogues
compétitifs de
la
dihydrofolate
réductase.

Nitrofurane Nitrofurantoïne : Altération de

s Furadantine® l'ADN après
Nifuroxazide : Ercéfuryl® réduction du
groupement
NO2

5 nitro- Métronidazole : Flagyl® Coupure des

imidazolés Métronidazole + brins d’ADN
spiramycine : Rodogyl® par formation
de radicaux
libres

Quinolones Inhibition des Mutation de la cible ADN

Quinolones de 1ère
génération : étapes de gyrase (gyrA, gyrB)
Acide nalidixique : réplication et topoisomérase IV (parC,
Négram® de parE) Imperméabilité
36
 Acide pipémidique : transcription Déficit de l’expression des
Pipram® de l’ADN. Les porines Efflux
Quinolones de 2ème quinolones
génération ou forment un
fluoroquinolones : complexe avec
Péfloxacine : Péflacine® l’ADN et la
Norfloxacine : gyrase ou la
Noroxine®
topoisomérase
Ofloxacine : Oflocet®
Ciprofloxacine : Ciflox® IV (enzymes
Enoxacine : Enoxor® assurant le
Levofloxacine : déroulement
Tavanic® ou le
Moxifloxacine : Izilox® surenroulemen
t de l’ADN)
Antibiotiques à
activité
bactéricide.

Oxazilidone Linézolide : Zyvoxid® Inhibition de la

s phase
d’initiation de
la synthèse
protéique

Rifampicine Rifampicine : Rifadine® Inhibition de la

transcription
par inhibition
de l’ARN
polymérase
ADN
dépendante

Cyclines Tétracycline : Fixation

Hexacycline® irréversible sur
Doxycycline : la sous-unité
Vibramycine® 30S du
Minocycline : Minocine® ribosome et
Métacycline : Lysocline® inhibition de la
Lymécycline : Tetralysal® phase
d’élongation
37
 Tigécycline : Tigacyl® de la synthèse
protéique.
Antibiotique à
activité
bactériostatiqu
e

Aminosides Streptomycine : Fixation sur les Enzymes inactivatrices -

Streptomycine® sous-unités Aminosides phospho-
Kanamycine 30S ± 50S du transférases (APH) -
Tobramycine : Nebcine®, ribosome et Aminosides nucléotidyl-
Tobrex® inhibition de transférases (ANT) -
Gentamicine : toutes les Aminosides acétyl-
Gentalline® étapes de la transférases (AAC) Il existe
Amikacine : Amiklin® synthèse plusieurs sous groupes de
Dibékacine : Débékacyl® protéique : chaque enzyme.
Nétilmicine : initiation, Imperméabilité
Nétromycine® élongation, Modification du LPS,
Spectinomycine : terminaison diminution des porines
Trobicine® Activité Modification de la cible
bactéricide Modification du ribosome
rapide et
concentration
dépendante
Synergie
d’action avec
les
antibiotiques
détruisant la
membrane

MLS Fixation sur la Modification de la cible

Macrolides
- Macrolides à 14 sous-unité 50S Méthylation de la sous-
atomes : du ribosome et unité 50S (erm) Enzymes
Erythromycine : blocage de inactivatrices Acétyl-
Erythrocine® l’élongation. transférase, hydrolase,
Roxithromycine : Les macrolides acétylase Efflux
Rulid® et les
Clarythromycine :
lincosamides
Zéclar®, Naxy®
38
 Dirithromycine : possèdent une
Dynabac® activité
- Macrolides à 15 bactériostatiqu
atomes : e Les
Azithromycine : synergistines
Zithromax® sont
- Macrolides à 16 bactéricides.
atomes :
Josamycine : Josacine®
Spiramycine :
Rovamycine®
Spiramycine +
métronidazole :
Rodogyl®
Midécamycine : Mosil®
Lincosamides
Lincomycine :
Lincocine®
Clindamycine :
Dalacine®
Synergistines
Pristinamycine :
Pyostacine®
Dalfopristine +
quinupristine :
Synercid®
Kétolides
Télithromycine : Ketec®
Phénicolés Chloramphénicol : Inhibition de la Enzymes
Tifomycine® Thiamphéni phase inactivatrices Chloramphé
col : Thiophénicol® d’élongation nicol acétyltransférase
de la synthèse
protéique par
fixation sur la
sous-unité 50S
du ribosome

Acide Acide fusidique : Inhibition de la

fusidique Fucidine® phase
d’élongation
39
 de la synthèse
protéique par
formation d’un
complexe avec
le ribosome

Polymyxines Colistine : Colimycine® Altération de

B et la membrane
colistine plasmatique
par formation
de pores

Pathologies

Syphilis Maladie de Lyme

• Evolution d'une syphilis non traitée
• Dépistage selon l'HAS 2007
• Diagnostic biologique de la syphilis • Maladie de Lyme
• Interprétation VDRL/TPHA
• Fiche sur la syphilis

40
 Evolution d'une syphilis non traitée

Autre forme de syphilis : syphilis congénitale

Transmission à partir du 4ème mois de grossesse (70% de transmission en cas de
syphilis précoce, 10% en cas de syphilis tardive) à mort in utero, avortements,
manifestations cutanéo-muqueuses, viscérales, séquelles sensorielles, retard mental
…

41
 Dépistage de la syphilis selon l'HAS
2007

I) Personnes à dépister
Le dépistage de la syphilis acquise concerne les sujets à risque
- Hommes ayant des rapports sexuels non protégés avec des hommes, fellation
comprise
- Travailleurs du sexe ayant des rapports non protégés
- Personnes ayant des rapports non protégés avec des travailleurs du sexe
- Personnes ayant des antécédents ou une infection active telle que gonococcie,
lymphogranulomatose vénérienne ou infection par le Virus de l’Immunodéficience
Humaine (VIH)
- Personnes ayant des rapports non protégés avec plusieurs partenaires par an
- Migrants en provenance de pays d’endémie (Afrique, Asie, Europe de l’Est,
Amérique du Sud)
42
 - Personnes incarcérées
- Victimes de viols
Un dépistage systématique est réalisé lors d'un don de sang.
En cas de prise de risque récurrente, il faut réaliser un dépistage 1 fois par an.
II) Dépistage de la syphilis congénitale
- Dépister toutes les femmes enceintes lors du 1er examen prénatal
- Renouveler le dépistage au 3ème trimestre si la femme ou son conjoint ont eu des
rapports sexuels non protégés avec un nouveau partenaire après le 1er dépistage
- Dépister autour de l’accouchement si cela n’a pas été fait avant
- Vérifier la présence d’une sérologie syphilitique dans le dossier obstétrical avant
le départ de la maternité
- Dépister les femmes ayant des antécédents de fausse-couche spontanée ou
d’enfant mort-né

Diagnostic biologique de la syphilis

A) Diagnostic direct
Prélèvement : au niveau du chancre ou des lésions secondaires cutanéo-muqueuses
Nettoyer les lésions avec du sérum physiologique stérile et gratter le fond du
chancre au vaccinostyle (en évitant de faire saigner)
Observer rapidement entre lame et lamelle au microscope à fond noir
Faux positifs : présence de tréponèmes saprophytes
Augmentation de la sensibilité et de la spécificité par des techniques
d’immunofluorescence directe
B) PCR du gène de l’ADN polymérase
Intérêt dans les lésions cutanéo-muqueuses précoces de localisation atypique
(lésions buccale et anale), dans les syphilis congénitales (liquide amniotique), dans
la neurosyphilis (LCR : résultats inconstants)

43
C) Diagnostic sérologique

Aucun test sérologique ne permet de différencier la syphilis des autres

tréponématoses.
Nomenclature : 1 réaction cardiolipidique (VDRL) + 1 réaction tréponémique
(TPHA, FTA-Abs, ELISA)

1) VDRL
Agglutination des réaginines syphilitiques en présence d’un Ag cardiolipidique (Ag
RPR) complexé à des particules de charbon
- Positif 10 à 20 j après apparition du chancre
- Permet suivi sérologique après traitement
- Faux positifs : PR, LES, MNI, paludisme, grossesse, hépatite
virale, cirrhose, SAPL …
- Faux négatifs : phénomène de zone (excès d’Ac)

2) TPHA
Agglutination d’hématies sensibilisées par des antigènes de T. pallidum (réaction
rendue plus spécifique par une adsorption des Ac du sérum avec des tréponèmes
saprophytes)
- Sensible et spécifique sauf aux stades précoces
- 8ème j du chancre, reste positif longtemps
- Faux positifs : MNI, MAI, grossesse
- Faux négatifs : phénomène de zone, syphilis très précoce

3) FTA-Abs
Immunofluorescence indirecte après adsorption du sérum sur des tréponèmes
saprophytes
44
- Positif à partir du 5ème jour du chancre
- Faux positifs : réactions croisées avec autres spirochétoses et maladies auto-
immunes

4) Détection des IgM (SPHA, FTA-IgM, ELISA IgM, blot IgM)

Elle peut présenter un intérêt en phase précoce de syphilis primaire, en cas de
recontamination, de syphilis congénitale ou de neurosyphilis.
Les IgM diminuent rapidement après traitement.

5) Technique de Western Blot

L’intérêt est d’essayer de définir des profils protéiques spécifiques des différentes
phases de la maladie.
D) Diagnostic d'une neurosyphilis
LCR : PCR et sérologie : TPHA (très sensible mais non spécifique d'une atteinte du
système nerveux), VDRL (un VDRL positif affirme presque toujours une
neurosyphilis). La présence d’IgM est en faveur d’une neurosyphilis.
E) Diagnostic d'une syphilis congénitale
Sérologie chez l’enfant :
- IgM
- VDRL > 4 fois le taux de la mère
- ascension des Ac sur 2 sérums successifs

Interprétation VDRL/TPHA

45
Aucun test sérologique ne permet de différencier la syphilis des autres
tréponématoses.
Nomenclature : 1 réaction cardiolipidique (VDRL) + 1 réaction tréponémique
(TPHA, FTA-Abs, ELISA)

1) VDRL
Agglutination des réaginines syphilitiques en présence d’un Ag cardiolipidique (Ag
RPR) complexé à des particules de charbon
- Positif 10 à 20 j après apparition du chancre
- Permet suivi sérologique après traitement
- Faux positifs : PR, LES, MNI, paludisme, grossesse, hépatite
virale, cirrhose, SAPL …
- Faux négatifs : phénomène de zone (excès d’Ac)

2) TPHA
Agglutination d’hématies sensibilisées par des antigènes de T. pallidum (réaction
rendue plus spécifique par une adsorption des Ac du sérum avec des tréponèmes
saprophytes)
- Sensible et spécifique sauf aux stades précoces
- 8ème j du chancre, reste positif longtemps
- Faux positifs : MNI, MAI, grossesse
- Faux négatifs : phénomène de zone, syphilis très précoce

3) FTA-Abs
Immunofluorescence indirecte après adsorption du sérum sur des tréponèmes
saprophytes
- Positif à partir du 5ème jour du chancre
- Faux positifs : réactions croisées avec autres spirochétoses et maladies auto-
immunes

4) Détection des IgM (SPHA, FTA-IgM, ELISA IgM, blot IgM)

Elle peut présenter un intérêt en phase précoce de syphilis primaire, en cas de
recontamination, de syphilis congénitale ou de neurosyphilis.
Les IgM diminuent rapidement après traitement.

5) Technique de Western Blot

L’intérêt est d’essayer de définir des profils protéiques spécifiques des différentes
phases de la maladie.

46
 La syphilis
I) Agent pathogène
Treponema pallidum : bactérie mobile appartenant au groupe des spirochètes
(bactéries spiralées)
Pathogène strictement humain, non cultivable
II) Epidémiologie
Réémergence des cas de syphilis en France : 455 nouveaux cas en 2006 contre 37
nouveaux cas en 2000.
Moyenne d’âge : 35 ans
III) Mode de transmission
Principalement sexuelle : ~60% des partenaires développent une infection dans les
30j suivant le rapport contaùinant (le sujet est contagieux pendant la 1ère voire les
2 1ères années de la maladie correspondant aux stades primaire et secondaire)
IV) Population à risque
Touche plus souvent les hommes (95%), les homosexuels (80%), les sujets infectés
par le VIH (58% : atteinte syphilitique plus grave : chancres multiples, extensifs,
atteinte ophtalmique, risque de neurosyphilis très important …).
La syphilis augmente le risque de transmission du VIH.

47
V) Evolution d’une syphilis non traitée

Autre forme de syphilis : syphilis congénitale

Transmission à partir du 4ème mois de grossesse (70% de transmission en cas de
syphilis précoce, 10% en cas de syphilis tardive) → mort in utero, avortement,
manifestations cutanéo-muqueuses, viscérales, séquelles sensorielles, retard mental
…

48
VI) Dépistage de la Syphilis

A) Personnes à dépister
Le dépistage de la syphilis acquise concerne les sujets à risque.
- Hommes ayant des rapports sexuels non protégés avec des hommes, fellation
comprise.
- Travailleurs du sexe ayant des rapports non protégés.
- Personnes ayant des rapports non protégés avec des travailleurs du sexe.
- Personnes ayant des antécédents ou une infection active à telle que gonococcie,
lymphogranulomatose vénérienne ou infection par le Virus de l’Immunodéficience
Humaine (VIH).
- Personnes ayant des rapports non protégés avec plusieurs partenaires par an.
- Migrants en provenance de pays d’endémie (Afrique, Asie, Europe de l’Est,
Amérique du Sud).
- Personnes incarcérées.
- Victimes de viols.
Un dépistage systématique est réalisé lors d'un don de sang.
En cas de prise de risque récurrente, il faut réaliser un dépistage 1 fois par an.

49
 B) Dépistage de la syphilis congénitale
- Dépister toutes les femmes enceintes lors du 1er examen prénatal
- Renouveler le dépistage au 3ème trimestre si la femme ou son conjoint ont eu des
rapports sexuels non protégés avec un nouveau partenaire après le 1er dépistage
- Dépister autour de l’accouchement si cela n’a pas été fait avant
- Vérifier la présence d’une sérologie syphilitique dans le dossier obstétrical avant
le départ de la maternité
- Dépister les femmes ayant des antécédents de fausse-couche spontanée ou
d’enfant mort-né

C) Diagnostic biologique
1) Diagnostic direct
Prélèvement : au niveau du chancre ou des lésions secondaires cutanéo-muqueuses
Nettoyer les lésions avec du sérum physiologique stérile et gratter le fond du
chancre au vaccinostyle (en évitant de faire saigner)
Observer rapidement entre lame et lamelle au microscope à fond noir
Faux positifs : présence de tréponèmes saprophytes.
Augmentation de la sensibilité et de la spécificité par des techniques
d’immunofluorescence directe
2) PCR du gène de l’ADN polymérase
Intérêt dans les lésions cutanéo-muqueuses précoces de localisation atypique
(lésions buccale et anale), dans les syphilis congénitales (liquide amniotique), dans
la neurosyphilis (LCR : résultats inconstants)
3) Diagnostic sérologique

50
Aucun test sérologique ne permet de différencier la syphilis des autres
tréponématoses.
Nomenclature : 1 réaction cardiolipidique (VDRL) + 1 réaction tréponémique
(TPHA, FTA-Abs, ELISA)
1) VDRL
Agglutination des réaginines syphilitiques en présence d’un Ag cardiolipidique (Ag
RPR) complexé à des particules de charbon

- Positif 10 à 20j après apparition du chancre

- Permet suivi sérologique après traitement
- Faux positifs : PR, LES, MNI, paludisme, grossesse, hépatite
virale, cirrhose, SAPL …
- Faux négatifs : phénomène de zone (excès d’Ac)
2) TPHA
Agglutination d’hématies sensibilisées par des antigènes de T. pallidum (réaction
rendue plus spécifique par une adsorption des Ac du sérum avec des tréponèmes
saprophytes)
- Sensible et spécifique sauf aux stades précoces
- 8ème j du chancre, reste positif longtemps
- Faux positifs : MNI, MAI, grossesse
- Faux négatifs : phénomène de zone, syphilis très précoce
3) FTA-Abs
Immunofluorescence indirecte après adsorption du sérum sur des tréponèmes
saprophytes
- Positif à partir du 5ème jour du chancre
- Faux positifs : réactions croisées avec autres spirochétoses et maladies auto-
immunes.
4) Détection des IgM (SPHA, FTA-IgM, ELISA IgM, blot IgM)
Elle peut présenter un intérêt en phase précoce de syphilis primaire, en cas de
recontamination, de syphilis congénitale ou de neurosyphilis.
Les IgM diminuent rapidement après traitement.
5) Technique de Western Blot
L’intérêt est d’essayer de définir des profils protéiques spécifiques des différentes
phases de la maladie.

51
 D) Diagnostic d'une neurosyphilis
LCR : PCR et sérologie : TPHA (très sensible mais non spécifique d'une atteinte du
système nerveux), VDRL (un VDRL positif affirme presque toujours une
neurosyphilis). La présence d’IgM est en faveur d’une neurosyphilis.

E) Diagnostic d'une syphilis congénitale

Sérologie chez l’enfant :
- IgM
- VDRL > 4 fois le taux de la mère
- ascension des Ac sur 2 sérums successifs

VII) Traitement
Extencilline® 1 injection IM (alternatives : Doxycycline, Tétracycline,
Azithromycine, Ceftriaxone).
Surveillance sérologique du VDRL à 1, 3, 6, 12, 24 mois.
Efficacité thérapeutique : mise en évidence par
- une diminution du VDRL de 2 dilutions en 3 mois ou de 3 dilutions en 6 mois
- une négativation des IgM dans les 3-9 mois (parfois jusqu’à 18 mois)
En cas de traitement précoce, il n’y a pas de cicatrice sérologique.

Neurosyphilis : vérification du LCR tous les 3 mois jusqu’à normalisation.

VIII) Prévention
Education de la population
Utilisation du préservatif
Dépistage des groupes à risque (+ dépistage systématique des femmes enceintes)
Traitement curatif des sujets atteints et traitement prophylactique des partenaires
(Pénicilline G)

52
 Maladie de Lyme

- Plusieurs espèces peuvent être responsables de la maladie de Lyme : Borrelia

burgdorferi sensu stricto, Borrelia garinii, Borrelia afzelii, Borrelia spielmanii … (groupe des
spirochètes)
d

- 16 nouveaux cas / 100 000 hab /an

- Zoonose transmise par un piqûre de tique (Ixodes ricinus)
- Risque de contamination par morsure : < 1%, transmission d’autant plus importante que la
tique reste accrochée longtemps
d

Sujets exposés : activité en extérieur, de mai à octobre

- Phase primaire : érythème migrant +/- fièvre, asthénie …
- Phase secondaire : fièvre inconstante et manifestations neurologiques, rhumatologiques
(arthrite du genou), cardiaques, cutanées …
- Phase tertiaire : passage à la chronicité des atteintes de la phase secondaire
- Syndrome post Lyme : asthénie, algies diffuses, plaintes cognitives …
Le tableau clinique est plus ou moins spécifique d’espèce (B. burgdorferi ss et atteinte
articulaire, B. afzelii et acrodermatite atrophiante, B. garinii et neuroborréliose /
lymphocytomes borréliens)
d

- Sérologique : dépistage par ELISA et confirmation si positif ou douteux par Western Blot
- IgM : apparaissent environ 8j après le début de l’érythème migrant
- IgG : apparaissent environ 4-6 semaines après le début de l’érythème migrant
Risque de faux positifs chez les patients atteints d’autres spirochétoses (syphilis,
leptospirose), l’EBV, le CMV …
- Neuroborréliose : index de synthèse intra-thécale (à partir du dosage des Ig totales du sang et
du LCR) ± PCR (mauvaise sensibilité)
Remarque : aucun dosage ne doit être réalisé sur un LCR hémorragique
d

53
Il doit être instauré le plus précocement possible
Les antibiotiques les plus souvent actifs sont la Doxycycline, l’Amoxicilline voire l’Azithromycine

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 Techniques de laboratoire en
Bactériologie
Géloses non sélectives, non enrichies Géloses non sélectives, enrichies
• Trypticase soja
• Gélose au sang
• BCP
• Gélose au sang cuit (chocolat)
• CLED

Géloses sélectives non enrichies Géloses sélectives, enrichies

• Mac Conkey
• Drigalski
• SS • Gélose au sang + antibiotiques
• Hektoën • Gélose chocolat + antibiotiques
• Chapman
• Granada

Milieux chromogènes

Techniques biochimiques Colorations

• Catalase
• Oxydase
• Coagulase libre
• DNAse
• Hydrolyse de l'esculine • Coloration de Gram
• Urée-tryptophane • Coloration de Ziehl-Neelsen
• Mobilité • Coloration à l'auramine
• Test à la potasse • Coloration à l'acridine orange
• Test à la porphyrine • Coloration de Kinyoun
• ONPG
• Réaction de Voges-Proskauer
• Camp-test
• Techniques d'agglutination

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Choix d'un milieu de culture

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 Non sélectifs, non enrichis

o Trypticase soja
o BCP
o CLED

Gélose Trypticase soja (TSA)

Milieu de culture ordinaire qui permet le développement de germes non exigeants.
C'est une gélose non sélective, qui ne contient pas d'indicateur coloré et dont le
principal substrat est le glucose.

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Milieux sélectifs non enrichie

Gélose Mac Conkey

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 Gélose Drigalski
Gélose sélective des bactéries Gram négatif par l'ajout de désoxycholate de sodium
et de cristal violet
Cette gélose contient du lactose et un indicateur coloré (le bleu de bromothymol)
qui vire du bleu-vert au jaune lors de la fermentation du lactose.

Cette gélose permet donc d'identifier 2 types de colonies :

• colonies jaunes : bactéries Gram négatif, lactose + : Escherichia, Citrobacter,

Enterobacter, Klebsiella
• colonies bleu-vert : bactéries Gram négatif, lactose - : Serratia, Salmonella,
Shigella, Proteus, Providencia, Yersinia, Pseudomonas ...

Gélose SS
La gélose SS (Salmonella-Shigella) est une gélose sélective des Gram négatif par
l'ajout de sels biliaires.

Elle contient du lactose et du thiosulfate qui permettent respectivement d'observer :

• la fermentation du lactose : virage de l'indicateur coloré (le rouge neutre)

du rose pâle au rose foncé
• la production d'H2S qui réduit le citrate de fer en sulfure de fer, ce qui
forme un précipité noir au centre des colonies

Elle est principalement utilisée pour les coprocultures : elle permet de dissocier
différents types de bactéries

• des bactéries non exigeantes, Gram négatif, lactose +, H2S -

: Escherichia, Klebsiella, Enterobacter ...
• des bactéries non exigeantes, Gram négatif, lactose -, H2S - : Shigella, S.
paratyphi A ...

59
• des bactéries non exigeantes, Gram négatif, lactose -, H2S + : Salmonella
Enteritidis, S. Typhimurium, P. mirabilis, P. vulgaris ...
• des bactéries non exigeantes, Gram négatif, lactose +, H2S + : certaines
espèces de Citrobacter

Gélose Hektoën

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Gélose Chapman

61
Gélose Granada

62
 Milieux sélectif non enrichie
Gélose au sang

Gélose chocolat (au sang cuit)

La gélose au sang cuit (ou gélose chocolat) permet l'isolement de bactéries
exigeantes comme H. influenzae, les Neisseria ...

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 Gélose au sang sélective
Une gélose peut être rendu sélective par l'ajout d'antibiotiques.
Cette gélose est particulièrement intéressante pour l'identification des Gram positif
(du fait de leur hémolyse), on rajoute donc des antibiotiques qui inhibent les Gram
négatif : acide nalidixique, colistine, Aztréonam ... (gélose ANC, CAP, ...)

Gélose chocolat sélective

La gélose au sang cuit (ou gélose chocolat) peut être rendue sélective pour la
recherche de germes exigeants au sein de prélèvements polymicrobiens. On ajoute
donc des antibiotiques qui inhibent la flore du prélèvement mais qui sont sans effet
sur l'agent pathogène recherché.

Exemples d'utilisation :

• Identification de N. gonorrhoeae dans un prélèvement vaginal ou urétral :

utilisation d'une gélose chocolat + Vancomycine, Colistine, Amphotéricine
B, Triméthoprime
• Identification de H. influenzae dans certains prélèvements respiratoires :
utilisation d'une gélose chocolat + Bacitracine, Vancomycine,
Amphotéricine B

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 Techniques biochimiques

Catalase
Enzyme qui détruit les peroxydes toxiques pour les bactéries
Elle catalyse la transformation de péroxyde d’hydrogène en eau avec libération
d’O2
2 H2O2 –(catalase)à 2 H2O + O2

Réalisation
Mettre en contact la colonie avec de l’eau oxygénée 10 volume (sur une lame ou
dans un tube à hémolyse).
La réaction est positive si on observe un dégagement gazeux.
Attention : le sang possède une activité catalasique. Il faut donc prendre des
précautions lorsqu’on réalise le test à partir d’une colonie ayant cultivée sur gélose
au sang (si l’on emporte un peu de gélose en récupérant une colonie catalase
négative, le test sera faussement positif).
Rq : l’ajout d’un tensio-actif permet de stabiliser la formation de bulles d’oxygène
et facilite ainsi la lecture du test.

Oxydase (ou cytochrome oxydase)

Enzyme qui permet le transfert d’électrons vers une molécule d’oxygène
Elle est mise en évidence par la transformation d’un substrat incolor (N, N, N’, N’
tétraméthyl paraphénylènediamine dihydrochloride ou N, N’ diméthyl
paraphénylène diamine hydrochloride) en un produit coloré en violet.
La coloration violette apparaît dans les 5-10s

Coagulase libre
Elle est principalement réalisée pour S. aureus.
Mélanger 500µL d’une culture de staphylocoques de 18H à 500µl de plasma de
lapin oxalaté.
Une réaction positive se traduit par la coagulation du plasma de lapin dans les 4H
(voire dans les 24H)

65
 DNAse
Enzyme qui dégrade l'ADN
Elle est principalement recherchée pour S. aureus et S. marcescens
Réalisation
On ensemence par une strie en surface une gélose contenant de l'ADN dénaturé
Après incubation, la révélation se fait par ajout de bleu de toluidine.
Une réaction positive est objectivée par l'apparition d'un halo rose autour de la strie

Esculine
Mise en évidence d'une esculine hydrolase : enzyme qui hydrolyse l'esculine en
glucose + esculétine.
L'esculétine donne en présence de citrate ferrique une coloration noire d'esculétine
ferrique.
Utilisé principalement pour l'identification du genre Enterococcus, de Listeria
monocytogenes, certains Streptococcus, Pseudomonas ...

66
Milieu Urée-tryptophane (ou urée-indole)
Permet la mise en évidence de 3 enzymes :
- l’uréase
- la tryptophane désaminase (TDA)
- la tryptophanase : hydrolyse le tryptophane en indole
Ce milieu contient des substrats (L-tryptophane et urée) et un indicateur coloré
(rouge de phénol). L’ajout de réactif de Kovacs et de perchlorure de fer permet de
détecter repectivement la présence de tryptophanase et de tryptophane désaminase.
Réalisation
Réaliser une suspension bactérienne dans le milieu et incuber à 37°C.
La lecture peut être réalisée jusqu’à 24H (une suspension dense permet une lecture
rapide <3H)
L’hydrolyse de l’urée par l’uréase libère de l’ammoniaque qui alcalinise le milieu
et fait virer l’indicateur coloré du jaune au rouge
La tryptophanase hydrolyse le tryptophane en indole qui réagit avec le réactif de
Kovacs (jaune) et forme un anneau rouge
La tryptophane désaminase catalyse la transformation du tryptophane en acide
indole pyruvique qui donne un composé marron avec du perchlorure de fer (jaune).

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 Mobilité
Ensemencer la souche dans un bouillon ordinaire Incuber pendant au moins 3H
Observer la mobilité au microscope entre lame et lamelle
Permet de différencier les entérocoques mobiles naturellement résistant à la
vancomycine (E. gallinarum, E. casseliflavus, E. flavescens) des autres
entérocoques immobiles (qui peuvent avoir une résistance acquise à la
vancomycine : cf antibiogramme des entérocoques).
Diagnostic différentiel au sein des entérobactéries (mobiles sauf les klebsielles, les
shigelles et les Yersinia (à 37°C))
Gélose mannitol-mobilité (ou milieu gélosé à 0,4% d’agar)
Gélose molle ensemencée par piqûre centrale.
Contient du mannitol, du rouge de phénol et du nitrate de potassium
Les germes immobiles ne poussent qu’au niveau de la piqûre central alors que les
germes mobiles diffusent dans la gélose

Test à la potasse (KOH)

Sur une lame : déposer une goutte de réactif + colonies de l’espèce à tester
Mélanger avec une oëse et l’élever d’1-2 cm
Bactérie GRAM - : formation d’une filament (mélange visqueux)
Bactérie GRAM + : absence de filament
Ce test marche mal avec Acinetobacter et Moraxella

Test à la porphyrine (d-ALA)

Permet de différencier H. influenzae (exigeant en facteur X : hémine) d’H.
parainfluenzae capable de synthétiser de l’héme à partir d’acide delta-
aminolévulinique selon la chaine réactionnelle suivante : Acide delta-
aminolévulinique à porphobilinogène à protoporphyrines IX à hème
Le porphobilinogène donne un composé rouge en présence de réactif de Kovacs
Les protoporphyrines IX présente une fluorescence rouge sous UV (360nm)
Réalisation
On mélange une suspension de la souche à étudier avec un comprimé de d-ALA, on
incube à 37°C pendant 4-6H (jusqu’à 24H) La réaction est positive si l’on observe
une fluorescence rouge sous UV (360nm : lampe de Wood) ou si l’on observe une
coloration rouge en présence de réactif de Kovacs (au bout d’environ 10 min)

68
 ONPG
Permet de mettre en évidence une ONPG hydrolase.
Elle hydrolyse l'ONPG en galactose et ortho nitro phénol de couleur jaune en
milieu basique.

Réaction de Voges-Proskauer
Elle permet de mettre en évidence la production d’acétoine (acétyl méthyl carbinol)
à partir du glucose.
Cette voie fermentative définit le groupe des KES
(Klebsiella, Enterobacter, Serratia).
On réalise une suspension bactérienne en bouillon Clark et Lubs, on incube à 37°C.
Après 24-48H, on peut réaliser les réactions de VP et RM.
En milieu alcalin, l’acétoine se transforme en butandione qui réagit avec l’α-
naphtol et donne une coloration rouge (dont l’intensité est augmentée en présence
de créatine)
NB : le test de rouge de méthyl permet de mettre en évidence l’autre grande voie
fermentative des entérobactéries : voie des acides mixtes (le pH devient <4,5 et
l’indicateur coloré vire au rouge)

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 Camp-test et Reverse Camp-test
Amplification ou inhibition de l’hémolysine de Staphylococcus aureus en présence
de certaines espèces bactériennes.
Réalisation :
Gélose au sang, strie de S. aureus + strie perpendiculaire d’une autre espèce
Incubation à 37°C, 5%CO2
Lecture à 24-48h
Espèces camp-test positif : S. agalactiae, L. monocytogenes …
Espèces reverse CAMP-test : Arcanobacterium haemolyticum, Corynebacterium
ulcerans

Ex : Strie de S. agalactiae (horizontale) + strie de S. aureus (verticale) :

Techniques d'agglutination
Elles utilisent généralement des particules de latex sensibilisées avec des anticorps
dirigés contre l’Ag recherché : Antigène K1 d’E. coli, clumping factor, protéine A
ou Ag de groupe du staphylocoque doré, Ag polysaccharidique de paroi des
streptocoques …

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 Colorations

Coloration de Gram
Réalisation
- Fixer le frottis à la flamme ou à l’alcool
- Coloration
- Violet de gentiane ou cristal violet : 1 min
- Rincer à l’eau
- Lugol : 1 min
- Rincer à l’eau
- Alcool-acétone : le temps de décoloration (quelques secondes) dépend de
l’épaisseur du frottis
- Rincer à l’eau
- Fuchsine ou safranine : 1 min
- Rincer à l’eau
- Laisser sécher et lire à l’immersion (objectif 100)
Interprétation
Les bactéries violettes sont Gram positif
Les bactéries roses sont Gram négatif

Coloration de Ziehl-Neelsen
Réalisation
- Couvrir la lame par de la fuchsine phéniquée
- Chauffer 3 fois 10 minutes jusqu'à l'émission de vapeurs (rajouter du colorant
s'il s'évapore trop)
- Rincer à l’eau
- Couvrir la lame d'acide nitrique dilué au 1/3, laisser agir 45 secondes
- Rincer à l’eau
- Couvrir la lame d'alcool éthylique à 95° et laisser agir 5 minutes
- Rincer à l’eau
- Couvrir la lame de bleu de méthylène et laisser agir 2 minutes
- Rincer à l’eau
- Laisser sécher et lire à l’immersion (objectif 100)
Variantes
Coloration de Ziehl-Neelsen à froid : les lames sont immergées pendant au moins
3H dans la solution de fuchsine.
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On peut utiliser de l'acide sulfurique dilué au 1/4 au lieu de l'acide nitrique
On peut remplacer la double décoloration par une décoloration unique avec un
mélange acide-alcool pendant 2 minutes
On peut remplacer les 3 dernières étapes (décoloration et contre-coloration) par une
étape unique en utilisant du réactif d'Armand (mélange acide + alcool + bleu de
méthylène).
Interprétation
Cette coloration est utilisée prinipalement pour la mise en évidence de
mycobactéries (apparaissent en rouge sur fond bleu)

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